ChangeLog

   1 3.5.0 - Released 4//01
   2
   3         New Features:
   4
   5         -- ctsim: Added direct Fourier reconstructions (Thanks to
   6         Edgar Angeles for help with understanding FFT symmetry of
   7         the projections)
   8
   9         -- ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  10         -- ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  11         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  12         projection files are not incompatible with previous version of
  13         CTSim.
  14         -- ctsim: Added background and SMP processing for reconstructions,
  15         scanning, and rasterization.
  16         -- ctsim: Added generic threaded tasks and background manager for
  17         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  18         on SMP systems.
  19         -- ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  20         -- ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  21         divergent beam reconstructions.
  22         -- ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  23         -- ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  24         -- ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  25         -- ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  26         -- ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  27         -- ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  28         -- ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  29         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  30         -- ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  31         -- plotfile: Added scattergram plot functions
  32         -- ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  33         -- ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  34         surfaces.
  35         -- views.cpp: Added out of memory checks to display for huge
  36         image and projection files.
  37         -- backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  38         to reconstructions.
  39
  40         Bug Fixes:
  41         -- filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  42         -- imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  43         -- imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  44         image.
  45         -- sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  46         -- distribution: fixed problem with documentation files not
  47         being included with the distribution [Reported by Ian Kay].
  48         -- sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  49
  50 3.0.3 - Released 2/20/01
  51
  52         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  53
  54         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  55
  56         * ctsim: Fixed About box on Linux
  57
  58 3.0.2 - Released 2/20/01
  59
  60         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  61
  62         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  63         divergent projections into polar form.
  64
  65 3.0.1 - Released 2/19/01
  66
  67         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  68         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  69         of the dialog box.
  70
  71         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  72
  73         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  74         options changed.
  75
  76 3.0.0 - Released 2/19/01
  77
  78         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  79
  80         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  81
  82         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  83
  84         * ctsim: Improved accelerator key handling
  85
  86         * global: Added Hanning filter.
  87
  88         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  89         sensible output.
  90
  91 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
  92
  93         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
  94         registry storage between executions.
  95
  96         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
  97
  98         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
  99
 100         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 101
 102         * ctsim: Added graphical About box
 103
 104         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 105
 106         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 107
 108         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 109
 110         * ctsim: Online help added!
 111
 112         * backprojector: Added cubic interpolation
 113
 114         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 115
 116         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 117         reconstruction dialogs.
 118
 119         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 120
 121         * global: Projection files are not compatible with previous version
 122         due to new scanner definitions.
 123
 124         * global: deleted concept of field-of-view and added
 125           view ratio and scan ratio concepts.
 126
 127         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 128
 129         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 130
 131         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 132
 133         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 134
 135
 136 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 137
 138         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 139         procsignal.cpp
 140
 141         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 142         bug in parsing command-line parameters.
 143
 144         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 145         plotfiles
 146
 147         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 148
 149         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 150
 151         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 152         for frequency/inverse-fourier filtering
 153
 154 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 155
 156         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 157
 158         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 159         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 160
 161         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 162         for math tips]
 163
 164         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 165
 166         * ctsim: Added more analyze menuitems
 167
 168         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 169         through this master shell. Has both command-line and interactive
 170         interface
 171
 172         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 173
 174         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 175
 176         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 177
 178 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 179
 180         * ctsim: Added plotting of histograms
 181
 182         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 183
 184         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 185
 186 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 187
 188         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 189
 190         * ctsim: added generation of filter images
 191
 192         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 193
 194         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 195
 196         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 197
 198         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 199         text files suitable for reading.
 200
 201         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 202         when performing properties of images.
 203
 204         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 205         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 206         fourier.cpp
 207
 208         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 209         image math functions to complex-valued math.
 210
 211         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 212
 213 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 214
 215         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 216         and column plots and comparison plots
 217
 218         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 219
 220         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 221
 222         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 223         files.
 224
 225         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 226         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 227         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 228
 229         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 230         imagefile and plotfile classes.
 231
 232         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 233         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 234         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 235         images.
 236
 237         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 238         images.
 239
 240         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 241         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 242
 243         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 244         math functions
 245
 246         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 247
 248         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 249         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 250         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 251
 252         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 253         class.
 254
 255         * sgp: Added linestyle settings
 256
 257 2.5.0 - 12/18/00
 258    First Microsoft Windows GUI version
 259    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 260    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 261         when manually compiling phantoms that vary during projection
 262         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 263    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 264    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 265    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 266    Fixed display of plotting in Projection views
 267    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 268    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 269         "namespace using std" statements
 270    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 271    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 272
 273 2.0.6 - 12/03/00
 274    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 275    Updated README file
 276    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 277    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 278
 279 2.0.5 - 12/01/00
 280    Improved compilation on RedHat 7
 281    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 282    Removed README.RedHat7
 283
 284 2.0.4 - 11/25/00
 285    Added documentation for --geometry setting
 286    Added README.RedHat7 document
 287
 288 2.0.3 - 11/20/00
 289    Fixed bug in generation of binary PGM files
 290    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 291    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 292
 293 2.0.2 - 11/8/00
 294    Additions to man pages (Ian Kay)
 295    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 296
 297 2.0.1 - 10/1/00
 298    Fixed syntax error in fftw configuration
 299    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 300
 301 2.0.0 - 9/7/00
 302    Version 2.0.0 released!
 303    ctsim: Added Window menu to Main frame
 304    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 305    Fixed obscure bug in sys_error
 306    Fixed compilation in mingw environment not present
 307    Fixed compilation in non-graphical environments
 308
 309 2.0.0-b12 - 9/4/00
 310    ctsim: Added animation of reconstruction
 311    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 312    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 313    ctsim: used setpriority to set lower priority
 314    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 315    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 316
 317 2.0.0-b11 - 9/1/00
 318    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 319    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 320    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 321    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 322    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 323    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 324    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 325    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 326    Separated reconstruction into Reconstructor class
 327    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 328    Added --enable-static to generate statically linked programs
 329
 330 2.0.0-b10 - 8/25/00
 331    ctsim: Added animation of projection collection processs
 332    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 333    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 334    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 335    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 336    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 337    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 338    Fixed bug in backprojection selection
 339
 340 2.0.0-b9 - 8/22/00
 341    Added RCS Id strings to executable files
 342    Added RPM Spec file for RPM package creation
 343    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 344    Fixed compilation for non-SGP architectures
 345    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 346    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 347         inverse_fourier construction of filters
 348    Added median to statistics and to auto-windowing
 349
 350 2.0.0-b8 - 8/1/00
 351    Added line color support to SGP
 352    Fixed lineAbs bug
 353
 354 2.0.0-b7 - 7/25/00
 355    Finished support for dmallocxx library
 356    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 357    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 358         G2 windows and well as WXWindows.
 359    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 360    Fixed row-plot bug in if-2
 361    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 362
 363 2.0.0-b6 - 7/22/00
 364    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 365         and projection files
 366    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 367         and reconstruction parameters dialogs
 368    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 369    Completely reorganized option processing in classes to improve
 370         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 371
 372 2.0.0-b5 - 7/17/00
 373    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 374    Started ctsim.tex document file
 375
 376 2.0.0-b4 - 7/13/00
 377    Fixed compiler warnings at -Wall level
 378    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 379    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 380    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 381
 382 2.0.0-b3 - 7/10/00
 383    Added highly optimized backprojection method idiff3
 384    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 385    Fixed image display in if2img using G2 library
 386    Added column-plot and row-plot options to if-2
 387    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 388    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 389         backprojection method. Currently, this technique is still under
 390         development and debugging
 391    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 392
 393 2.0.0-b2 - 7/07/00
 394    Cleaned up SignalFilter class
 395    Added zeropad option to pjrec
 396    Added zeropad options to html and cgi files
 397    Added fourier_table and rfttw filter methods
 398    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 399
 400 2.0.0-b1 - 7/05/00
 401    Updated trace level processing
 402    Added trace level to SignalFilter
 403    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 404
 405 1.9.9 - 7/04/00
 406    Fixed const issue with ImageFileArray
 407    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 408    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 409    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 410    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 411    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 412         between convolution, dft, & fft filtering
 413    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 414    Added support for FFTW library
 415
 416 1.9.8 - 6/27/2000
 417    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 418    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 419    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 420    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 421    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 422    Added signature tag and creation date/time to projection files
 423
 424 1.9.7 - 6/25/2000
 425    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 426         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 427         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 428    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 429    Rewrote ImageFile class
 430    Started support for dmallocxx library, not finished
 431    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 432    Updated ifinfo to show comparative statistics
 433    Added printLabels() to Array2dFile class
 434    Added printStatistics() to ImageFile class
 435
 436 1.9.6 - 6/22/2000
 437    Moved conversion filter name/id to Filter class
 438    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 439    Added MPI broadcasting of strings
 440
 441 1.9.5 - 6/21/2000
 442    Merged proj_reconstr into class Projections
 443    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 444    Code cleanup in projections.cpp
 445    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 446
 447 1.9.4 - 6/20/2000
 448    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 449    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 450    Converted filter and convolution to object-oriented code
 451    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 452    Optimized image file writing on little-endian architectures
 453    Updated README and INSTALL
 454
 455 1.9.3 - 6/19/2000
 456    Reorganized source files
 457    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 458
 459 1.9.2 - 6/18/2000
 460    Reorganized include files
 461    Fixed const pointers in strfuncs
 462
 463 1.9.1 - 6/16/2000
 464    Renamed directories, moved source files, combined source files
 465    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 466    and libctgraphics)
 467
 468 1.9.0 - 6/15/2000
 469    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 470    Renamed Raysums to Projections throughout files
 471    Renamed Detector to Scanner
 472    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 473
 474 0.6.1 - 6/12/2000
 475    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 476    Converted Detector to Object-Oriented
 477
 478 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 479    Improved Integer backprojection method
 480         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 481         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 482    Finished converting all C files to C++
 483    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 484    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 485
 486 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 487    Converted MPI data structures to C++ object
 488    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 489
 490 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 491    First C++ conversions
 492    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 493         - Now all data files are cross-platform compatible
 494    Converted from MPI to MPI++
 495    Converted backprojection to object-oriented
 496    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 497
 498 0.5.4 - 6/4/2000
 499    Simpilifed endian handling
 500
 501 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 502    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 503    Removed broken B-spline interpolation
 504    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 505    Added support for 16-bit PNG graphics
 506
 507 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 508    Added compile-time configuration of endian order
 509
 510 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 511    Modified the raysum file format to be platform independent
 512
 513 0.5.3 - 5/11/2000
 514    Added Microsoft VC compatibility
 515    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 516
 517 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 518    Continued conversion to ANSI C
 519    Removed old CRT routines
 520
 521 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 522    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 523    Continued code cleanup
 524
 525 0.5.2-b3 - 4/30/200
 526     More code cleanup with reorganizing libraries
 527     Added --log and --exp to sdf-1
 528     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 529
 530 0.5.2-b2 - 4/30/200
 531     Continued code cleanup
 532
 533 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 534     Fixed a few MPI bugs
 535     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 536
 537 0.5.1 - 4/28/2000
 538     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 539     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 540
 541 0.5.0 - 4/27/2000
 542     First open source distribution for GNU/Linux
 543
 544 6/1999
 545   Converted to GNU/Linux
 546   added MPI support via LAM library
 547
 548 1983-84
 549   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 550