ChangeLog

   1 3.1.0 - Released 2//01
   2
   3         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
   4
   5         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
   6         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
   7         projection files are not incompatible with previous version of
   8         CTSim.
   9
  10         * ctsim: Added generic threaded tasks and background manager for
  11         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  12         on SMP systems.
  13
  14         * ctsim: Added PPM/PGM and PNG file import to imagefile.
  15
  16         * ctsim: Added import of DICOM grayscale files.
  17
  18         * ctsim: Added background and SMP processing for reconstructions.
  19
  20         * ctsim: Added background and SMP processing for scanning.
  21
  22         * ctsim: Added background and SMP processing for rasterization.
  23
  24         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  25         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  26
  27         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  28
  29         * views.cpp: Added out of memory checks to display for huge
  30         image and projection files.
  31
  32         * distribution: fixed problem with documentation files not
  33         being included with the distribution [Reported by Ian Kay].
  34
  35 3.0.3 - Released 2/20/01
  36
  37         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  38
  39         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  40
  41         * ctsim: Fixed About box on Linux
  42
  43 3.0.2 - Released 2/20/01
  44
  45         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  46
  47         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  48         divergent projections into polar form.
  49
  50 3.0.1 - Released 2/19/01
  51
  52         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  53         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  54         of the dialog box.
  55
  56         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  57
  58         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  59         options changed.
  60
  61 3.0.0 - Released 2/19/01
  62
  63         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  64
  65         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  66
  67         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  68
  69         * ctsim: Improved accelerator key handling
  70
  71         * global: Added Hanning filter.
  72
  73         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  74         sensible output.
  75
  76 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
  77
  78         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
  79         registry storage between executions.
  80
  81         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
  82
  83         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
  84
  85         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
  86
  87         * ctsim: Added graphical About box
  88
  89         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
  90
  91         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
  92
  93         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
  94
  95         * ctsim: Online help added!
  96
  97         * backprojector: Added cubic interpolation
  98
  99         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 100
 101         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 102         reconstruction dialogs.
 103
 104         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 105
 106         * global: Projection files are not compatible with previous version
 107         due to new scanner definitions.
 108
 109         * global: deleted concept of field-of-view and added
 110           view ratio and scan ratio concepts.
 111
 112         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 113
 114         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 115
 116         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 117
 118         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 119
 120
 121 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 122
 123         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 124         procsignal.cpp
 125
 126         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 127         bug in parsing command-line parameters.
 128
 129         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 130         plotfiles
 131
 132         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 133
 134         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 135
 136         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 137         for frequency/inverse-fourier filtering
 138
 139 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 140
 141         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 142
 143         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 144         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 145
 146         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 147         for math tips]
 148
 149         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 150
 151         * ctsim: Added more analyze menuitems
 152
 153         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 154         through this master shell. Has both command-line and interactive
 155         interface
 156
 157         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 158
 159         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 160
 161         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 162
 163 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 164
 165         * ctsim: Added plotting of histograms
 166
 167         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 168
 169         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 170
 171 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 172
 173         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 174
 175         * ctsim: added generation of filter images
 176
 177         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 178
 179         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 180
 181         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 182
 183         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 184         text files suitable for reading.
 185
 186         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 187         when performing properties of images.
 188
 189         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 190         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 191         fourier.cpp
 192
 193         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 194         image math functions to complex-valued math.
 195
 196         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 197
 198 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 199
 200         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 201         and column plots and comparison plots
 202
 203         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 204
 205         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 206
 207         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 208         files.
 209
 210         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 211         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 212         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 213
 214         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 215         imagefile and plotfile classes.
 216
 217         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 218         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 219         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 220         images.
 221
 222         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 223         images.
 224
 225         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 226         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 227
 228         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 229         math functions
 230
 231         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 232
 233         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 234         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 235         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 236
 237         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 238         class.
 239
 240         * sgp: Added linestyle settings
 241
 242 2.5.0 - 12/18/00
 243    First Microsoft Windows GUI version
 244    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 245    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 246         when manually compiling phantoms that vary during projection
 247         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 248    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 249    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 250    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 251    Fixed display of plotting in Projection views
 252    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 253    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 254         "namespace using std" statements
 255    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 256    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 257
 258 2.0.6 - 12/03/00
 259    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 260    Updated README file
 261    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 262    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 263
 264 2.0.5 - 12/01/00
 265    Improved compilation on RedHat 7
 266    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 267    Removed README.RedHat7
 268
 269 2.0.4 - 11/25/00
 270    Added documentation for --geometry setting
 271    Added README.RedHat7 document
 272
 273 2.0.3 - 11/20/00
 274    Fixed bug in generation of binary PGM files
 275    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 276    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 277
 278 2.0.2 - 11/8/00
 279    Additions to man pages (Ian Kay)
 280    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 281
 282 2.0.1 - 10/1/00
 283    Fixed syntax error in fftw configuration
 284    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 285
 286 2.0.0 - 9/7/00
 287    Version 2.0.0 released!
 288    ctsim: Added Window menu to Main frame
 289    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 290    Fixed obscure bug in sys_error
 291    Fixed compilation in mingw environment not present
 292    Fixed compilation in non-graphical environments
 293
 294 2.0.0-b12 - 9/4/00
 295    ctsim: Added animation of reconstruction
 296    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 297    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 298    ctsim: used setpriority to set lower priority
 299    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 300    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 301
 302 2.0.0-b11 - 9/1/00
 303    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 304    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 305    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 306    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 307    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 308    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 309    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 310    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 311    Separated reconstruction into Reconstructor class
 312    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 313    Added --enable-static to generate statically linked programs
 314
 315 2.0.0-b10 - 8/25/00
 316    ctsim: Added animation of projection collection processs
 317    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 318    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 319    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 320    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 321    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 322    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 323    Fixed bug in backprojection selection
 324
 325 2.0.0-b9 - 8/22/00
 326    Added RCS Id strings to executable files
 327    Added RPM Spec file for RPM package creation
 328    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 329    Fixed compilation for non-SGP architectures
 330    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 331    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 332         inverse_fourier construction of filters
 333    Added median to statistics and to auto-windowing
 334
 335 2.0.0-b8 - 8/1/00
 336    Added line color support to SGP
 337    Fixed lineAbs bug
 338
 339 2.0.0-b7 - 7/25/00
 340    Finished support for dmallocxx library
 341    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 342    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 343         G2 windows and well as WXWindows.
 344    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 345    Fixed row-plot bug in if-2
 346    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 347
 348 2.0.0-b6 - 7/22/00
 349    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 350         and projection files
 351    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 352         and reconstruction parameters dialogs
 353    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 354    Completely reorganized option processing in classes to improve
 355         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 356
 357 2.0.0-b5 - 7/17/00
 358    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 359    Started ctsim.tex document file
 360
 361 2.0.0-b4 - 7/13/00
 362    Fixed compiler warnings at -Wall level
 363    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 364    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 365    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 366
 367 2.0.0-b3 - 7/10/00
 368    Added highly optimized backprojection method idiff3
 369    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 370    Fixed image display in if2img using G2 library
 371    Added column-plot and row-plot options to if-2
 372    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 373    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 374         backprojection method. Currently, this technique is still under
 375         development and debugging
 376    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 377
 378 2.0.0-b2 - 7/07/00
 379    Cleaned up SignalFilter class
 380    Added zeropad option to pjrec
 381    Added zeropad options to html and cgi files
 382    Added fourier_table and rfttw filter methods
 383    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 384
 385 2.0.0-b1 - 7/05/00
 386    Updated trace level processing
 387    Added trace level to SignalFilter
 388    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 389
 390 1.9.9 - 7/04/00
 391    Fixed const issue with ImageFileArray
 392    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 393    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 394    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 395    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 396    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 397         between convolution, dft, & fft filtering
 398    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 399    Added support for FFTW library
 400
 401 1.9.8 - 6/27/2000
 402    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 403    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 404    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 405    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 406    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 407    Added signature tag and creation date/time to projection files
 408
 409 1.9.7 - 6/25/2000
 410    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 411         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 412         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 413    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 414    Rewrote ImageFile class
 415    Started support for dmallocxx library, not finished
 416    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 417    Updated ifinfo to show comparative statistics
 418    Added printLabels() to Array2dFile class
 419    Added printStatistics() to ImageFile class
 420
 421 1.9.6 - 6/22/2000
 422    Moved conversion filter name/id to Filter class
 423    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 424    Added MPI broadcasting of strings
 425
 426 1.9.5 - 6/21/2000
 427    Merged proj_reconstr into class Projections
 428    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 429    Code cleanup in projections.cpp
 430    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 431
 432 1.9.4 - 6/20/2000
 433    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 434    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 435    Converted filter and convolution to object-oriented code
 436    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 437    Optimized image file writing on little-endian architectures
 438    Updated README and INSTALL
 439
 440 1.9.3 - 6/19/2000
 441    Reorganized source files
 442    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 443
 444 1.9.2 - 6/18/2000
 445    Reorganized include files
 446    Fixed const pointers in strfuncs
 447
 448 1.9.1 - 6/16/2000
 449    Renamed directories, moved source files, combined source files
 450    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 451    and libctgraphics)
 452
 453 1.9.0 - 6/15/2000
 454    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 455    Renamed Raysums to Projections throughout files
 456    Renamed Detector to Scanner
 457    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 458
 459 0.6.1 - 6/12/2000
 460    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 461    Converted Detector to Object-Oriented
 462
 463 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 464    Improved Integer backprojection method
 465         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 466         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 467    Finished converting all C files to C++
 468    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 469    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 470
 471 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 472    Converted MPI data structures to C++ object
 473    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 474
 475 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 476    First C++ conversions
 477    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 478         - Now all data files are cross-platform compatible
 479    Converted from MPI to MPI++
 480    Converted backprojection to object-oriented
 481    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 482
 483 0.5.4 - 6/4/2000
 484    Simpilifed endian handling
 485
 486 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 487    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 488    Removed broken B-spline interpolation
 489    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 490    Added support for 16-bit PNG graphics
 491
 492 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 493    Added compile-time configuration of endian order
 494
 495 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 496    Modified the raysum file format to be platform independent
 497
 498 0.5.3 - 5/11/2000
 499    Added Microsoft VC compatibility
 500    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 501
 502 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 503    Continued conversion to ANSI C
 504    Removed old CRT routines
 505
 506 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 507    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 508    Continued code cleanup
 509
 510 0.5.2-b3 - 4/30/200
 511     More code cleanup with reorganizing libraries
 512     Added --log and --exp to sdf-1
 513     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 514
 515 0.5.2-b2 - 4/30/200
 516     Continued code cleanup
 517
 518 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 519     Fixed a few MPI bugs
 520     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 521
 522 0.5.1 - 4/28/2000
 523     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 524     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 525
 526 0.5.0 - 4/27/2000
 527     First open source distribution for GNU/Linux
 528
 529 6/1999
 530   Converted to GNU/Linux
 531   added MPI support via LAM library
 532
 533 1983-84
 534   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 535