ChangeLog

   1 3.5.0 - Released May 2002
   2
   3         New Features:
   4
   5         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
   6         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
   7         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
   8         projection files are not incompatible with previous version of
   9         CTSim.
  10         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  11         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  12         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  13         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  14         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  15         divergent beam reconstructions.
  16         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  17         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  18         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  19         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  20         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  21         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  22         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  23         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  24         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  25         * plotfile: Added scattergram plot functions
  26         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  27         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  28         surfaces.
  29         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  30         to reconstructions.
  31         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  32         projection data files.
  33
  34         Bug Fixes:
  35
  36         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  37         not being displayed on Unix platforms.
  38         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  39         image and projection files.
  40         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  41         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  42         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  43         image.
  44         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  45         * distribution: fixed problem with documentation files not
  46         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  47         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  48         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  49         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  50
  51 3.0.3 - Released 2/20/01
  52
  53         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  54
  55         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  56
  57         * ctsim: Fixed About box on Linux
  58
  59 3.0.2 - Released 2/20/01
  60
  61         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  62
  63         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  64         divergent projections into polar form.
  65
  66 3.0.1 - Released 2/19/01
  67
  68         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  69         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  70         of the dialog box.
  71
  72         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  73
  74         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  75         options changed.
  76
  77 3.0.0 - Released 2/19/01
  78
  79         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  80
  81         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  82
  83         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  84
  85         * ctsim: Improved accelerator key handling
  86
  87         * global: Added Hanning filter.
  88
  89         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  90         sensible output.
  91
  92 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
  93
  94         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
  95         registry storage between executions.
  96
  97         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
  98
  99         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 100
 101         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 102
 103         * ctsim: Added graphical About box
 104
 105         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 106
 107         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 108
 109         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 110
 111         * ctsim: Online help added!
 112
 113         * backprojector: Added cubic interpolation
 114
 115         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 116
 117         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 118         reconstruction dialogs.
 119
 120         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 121
 122         * global: Projection files are not compatible with previous version
 123         due to new scanner definitions.
 124
 125         * global: deleted concept of field-of-view and added
 126           view ratio and scan ratio concepts.
 127
 128         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 129
 130         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 131
 132         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 133
 134         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 135
 136
 137 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 138
 139         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 140         procsignal.cpp
 141
 142         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 143         bug in parsing command-line parameters.
 144
 145         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 146         plotfiles
 147
 148         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 149
 150         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 151
 152         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 153         for frequency/inverse-fourier filtering
 154
 155 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 156
 157         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 158
 159         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 160         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 161
 162         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 163         for math tips]
 164
 165         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 166
 167         * ctsim: Added more analyze menuitems
 168
 169         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 170         through this master shell. Has both command-line and interactive
 171         interface
 172
 173         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 174
 175         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 176
 177         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 178
 179 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 180
 181         * ctsim: Added plotting of histograms
 182
 183         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 184
 185         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 186
 187 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 188
 189         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 190
 191         * ctsim: added generation of filter images
 192
 193         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 194
 195         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 196
 197         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 198
 199         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 200         text files suitable for reading.
 201
 202         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 203         when performing properties of images.
 204
 205         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 206         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 207         fourier.cpp
 208
 209         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 210         image math functions to complex-valued math.
 211
 212         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 213
 214 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 215
 216         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 217         and column plots and comparison plots
 218
 219         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 220
 221         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 222
 223         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 224         files.
 225
 226         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 227         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 228         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 229
 230         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 231         imagefile and plotfile classes.
 232
 233         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 234         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 235         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 236         images.
 237
 238         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 239         images.
 240
 241         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 242         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 243
 244         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 245         math functions
 246
 247         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 248
 249         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 250         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 251         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 252
 253         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 254         class.
 255
 256         * sgp: Added linestyle settings
 257
 258 2.5.0 - 12/18/00
 259    First Microsoft Windows GUI version
 260    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 261    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 262         when manually compiling phantoms that vary during projection
 263         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 264    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 265    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 266    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 267    Fixed display of plotting in Projection views
 268    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 269    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 270         "namespace using std" statements
 271    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 272    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 273
 274 2.0.6 - 12/03/00
 275    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 276    Updated README file
 277    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 278    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 279
 280 2.0.5 - 12/01/00
 281    Improved compilation on RedHat 7
 282    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 283    Removed README.RedHat7
 284
 285 2.0.4 - 11/25/00
 286    Added documentation for --geometry setting
 287    Added README.RedHat7 document
 288
 289 2.0.3 - 11/20/00
 290    Fixed bug in generation of binary PGM files
 291    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 292    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 293
 294 2.0.2 - 11/8/00
 295    Additions to man pages (Ian Kay)
 296    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 297
 298 2.0.1 - 10/1/00
 299    Fixed syntax error in fftw configuration
 300    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 301
 302 2.0.0 - 9/7/00
 303    Version 2.0.0 released!
 304    ctsim: Added Window menu to Main frame
 305    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 306    Fixed obscure bug in sys_error
 307    Fixed compilation in mingw environment not present
 308    Fixed compilation in non-graphical environments
 309
 310 2.0.0-b12 - 9/4/00
 311    ctsim: Added animation of reconstruction
 312    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 313    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 314    ctsim: used setpriority to set lower priority
 315    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 316    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 317
 318 2.0.0-b11 - 9/1/00
 319    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 320    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 321    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 322    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 323    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 324    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 325    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 326    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 327    Separated reconstruction into Reconstructor class
 328    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 329    Added --enable-static to generate statically linked programs
 330
 331 2.0.0-b10 - 8/25/00
 332    ctsim: Added animation of projection collection processs
 333    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 334    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 335    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 336    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 337    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 338    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 339    Fixed bug in backprojection selection
 340
 341 2.0.0-b9 - 8/22/00
 342    Added RCS Id strings to executable files
 343    Added RPM Spec file for RPM package creation
 344    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 345    Fixed compilation for non-SGP architectures
 346    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 347    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 348         inverse_fourier construction of filters
 349    Added median to statistics and to auto-windowing
 350
 351 2.0.0-b8 - 8/1/00
 352    Added line color support to SGP
 353    Fixed lineAbs bug
 354
 355 2.0.0-b7 - 7/25/00
 356    Finished support for dmallocxx library
 357    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 358    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 359         G2 windows and well as WXWindows.
 360    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 361    Fixed row-plot bug in if-2
 362    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 363
 364 2.0.0-b6 - 7/22/00
 365    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 366         and projection files
 367    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 368         and reconstruction parameters dialogs
 369    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 370    Completely reorganized option processing in classes to improve
 371         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 372
 373 2.0.0-b5 - 7/17/00
 374    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 375    Started ctsim.tex document file
 376
 377 2.0.0-b4 - 7/13/00
 378    Fixed compiler warnings at -Wall level
 379    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 380    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 381    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 382
 383 2.0.0-b3 - 7/10/00
 384    Added highly optimized backprojection method idiff3
 385    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 386    Fixed image display in if2img using G2 library
 387    Added column-plot and row-plot options to if-2
 388    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 389    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 390         backprojection method. Currently, this technique is still under
 391         development and debugging
 392    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 393
 394 2.0.0-b2 - 7/07/00
 395    Cleaned up SignalFilter class
 396    Added zeropad option to pjrec
 397    Added zeropad options to html and cgi files
 398    Added fourier_table and rfttw filter methods
 399    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 400
 401 2.0.0-b1 - 7/05/00
 402    Updated trace level processing
 403    Added trace level to SignalFilter
 404    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 405
 406 1.9.9 - 7/04/00
 407    Fixed const issue with ImageFileArray
 408    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 409    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 410    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 411    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 412    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 413         between convolution, dft, & fft filtering
 414    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 415    Added support for FFTW library
 416
 417 1.9.8 - 6/27/2000
 418    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 419    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 420    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 421    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 422    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 423    Added signature tag and creation date/time to projection files
 424
 425 1.9.7 - 6/25/2000
 426    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 427         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 428         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 429    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 430    Rewrote ImageFile class
 431    Started support for dmallocxx library, not finished
 432    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 433    Updated ifinfo to show comparative statistics
 434    Added printLabels() to Array2dFile class
 435    Added printStatistics() to ImageFile class
 436
 437 1.9.6 - 6/22/2000
 438    Moved conversion filter name/id to Filter class
 439    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 440    Added MPI broadcasting of strings
 441
 442 1.9.5 - 6/21/2000
 443    Merged proj_reconstr into class Projections
 444    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 445    Code cleanup in projections.cpp
 446    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 447
 448 1.9.4 - 6/20/2000
 449    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 450    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 451    Converted filter and convolution to object-oriented code
 452    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 453    Optimized image file writing on little-endian architectures
 454    Updated README and INSTALL
 455
 456 1.9.3 - 6/19/2000
 457    Reorganized source files
 458    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 459
 460 1.9.2 - 6/18/2000
 461    Reorganized include files
 462    Fixed const pointers in strfuncs
 463
 464 1.9.1 - 6/16/2000
 465    Renamed directories, moved source files, combined source files
 466    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 467    and libctgraphics)
 468
 469 1.9.0 - 6/15/2000
 470    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 471    Renamed Raysums to Projections throughout files
 472    Renamed Detector to Scanner
 473    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 474
 475 0.6.1 - 6/12/2000
 476    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 477    Converted Detector to Object-Oriented
 478
 479 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 480    Improved Integer backprojection method
 481         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 482         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 483    Finished converting all C files to C++
 484    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 485    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 486
 487 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 488    Converted MPI data structures to C++ object
 489    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 490
 491 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 492    First C++ conversions
 493    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 494         - Now all data files are cross-platform compatible
 495    Converted from MPI to MPI++
 496    Converted backprojection to object-oriented
 497    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 498
 499 0.5.4 - 6/4/2000
 500    Simpilifed endian handling
 501
 502 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 503    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 504    Removed broken B-spline interpolation
 505    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 506    Added support for 16-bit PNG graphics
 507
 508 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 509    Added compile-time configuration of endian order
 510
 511 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 512    Modified the raysum file format to be platform independent
 513
 514 0.5.3 - 5/11/2000
 515    Added Microsoft VC compatibility
 516    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 517
 518 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 519    Continued conversion to ANSI C
 520    Removed old CRT routines
 521
 522 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 523    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 524    Continued code cleanup
 525
 526 0.5.2-b3 - 4/30/200
 527     More code cleanup with reorganizing libraries
 528     Added --log and --exp to sdf-1
 529     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 530
 531 0.5.2-b2 - 4/30/200
 532     Continued code cleanup
 533
 534 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 535     Fixed a few MPI bugs
 536     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 537
 538 0.5.1 - 4/28/2000
 539     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 540     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 541
 542 0.5.0 - 4/27/2000
 543     First open source distribution for GNU/Linux
 544
 545 6/1999
 546   Converted to GNU/Linux
 547   added MPI support via LAM library
 548
 549 1983-84
 550   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 551