ChangeLog

   1 3.1.0 - Released 2//01
   2
   3         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
   4
   5         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
   6         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
   7         projection files are not incompatible with previous version of
   8         CTSim.
   9
  10         * ctsim: Added generic threaded tasks and background manager for
  11         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  12         on SMP systems.
  13
  14         * ctsim: Added PPM/PGM and PNG file import to imagefile.
  15
  16         * ctsim: Added import of DICOM grayscale files.
  17
  18         * ctsim: Added imagefile export to DICOM files.
  19
  20         * ctsim: Added background and SMP processing for reconstructions.
  21
  22         * ctsim: Added background and SMP processing for scanning.
  23
  24         * ctsim: Added background and SMP processing for rasterization.
  25
  26         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  27         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  28
  29         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  30
  31         * views.cpp: Added out of memory checks to display for huge
  32         image and projection files.
  33
  34         * distribution: fixed problem with documentation files not
  35         being included with the distribution [Reported by Ian Kay].
  36
  37 3.0.3 - Released 2/20/01
  38
  39         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  40
  41         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  42
  43         * ctsim: Fixed About box on Linux
  44
  45 3.0.2 - Released 2/20/01
  46
  47         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  48
  49         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  50         divergent projections into polar form.
  51
  52 3.0.1 - Released 2/19/01
  53
  54         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  55         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  56         of the dialog box.
  57
  58         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  59
  60         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  61         options changed.
  62
  63 3.0.0 - Released 2/19/01
  64
  65         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  66
  67         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  68
  69         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  70
  71         * ctsim: Improved accelerator key handling
  72
  73         * global: Added Hanning filter.
  74
  75         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  76         sensible output.
  77
  78 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
  79
  80         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
  81         registry storage between executions.
  82
  83         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
  84
  85         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
  86
  87         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
  88
  89         * ctsim: Added graphical About box
  90
  91         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
  92
  93         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
  94
  95         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
  96
  97         * ctsim: Online help added!
  98
  99         * backprojector: Added cubic interpolation
 100
 101         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 102
 103         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 104         reconstruction dialogs.
 105
 106         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 107
 108         * global: Projection files are not compatible with previous version
 109         due to new scanner definitions.
 110
 111         * global: deleted concept of field-of-view and added
 112           view ratio and scan ratio concepts.
 113
 114         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 115
 116         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 117
 118         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 119
 120         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 121
 122
 123 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 124
 125         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 126         procsignal.cpp
 127
 128         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 129         bug in parsing command-line parameters.
 130
 131         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 132         plotfiles
 133
 134         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 135
 136         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 137
 138         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 139         for frequency/inverse-fourier filtering
 140
 141 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 142
 143         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 144
 145         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 146         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 147
 148         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 149         for math tips]
 150
 151         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 152
 153         * ctsim: Added more analyze menuitems
 154
 155         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 156         through this master shell. Has both command-line and interactive
 157         interface
 158
 159         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 160
 161         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 162
 163         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 164
 165 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 166
 167         * ctsim: Added plotting of histograms
 168
 169         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 170
 171         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 172
 173 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 174
 175         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 176
 177         * ctsim: added generation of filter images
 178
 179         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 180
 181         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 182
 183         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 184
 185         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 186         text files suitable for reading.
 187
 188         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 189         when performing properties of images.
 190
 191         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 192         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 193         fourier.cpp
 194
 195         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 196         image math functions to complex-valued math.
 197
 198         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 199
 200 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 201
 202         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 203         and column plots and comparison plots
 204
 205         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 206
 207         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 208
 209         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 210         files.
 211
 212         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 213         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 214         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 215
 216         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 217         imagefile and plotfile classes.
 218
 219         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 220         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 221         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 222         images.
 223
 224         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 225         images.
 226
 227         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 228         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 229
 230         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 231         math functions
 232
 233         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 234
 235         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 236         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 237         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 238
 239         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 240         class.
 241
 242         * sgp: Added linestyle settings
 243
 244 2.5.0 - 12/18/00
 245    First Microsoft Windows GUI version
 246    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 247    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 248         when manually compiling phantoms that vary during projection
 249         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 250    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 251    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 252    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 253    Fixed display of plotting in Projection views
 254    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 255    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 256         "namespace using std" statements
 257    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 258    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 259
 260 2.0.6 - 12/03/00
 261    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 262    Updated README file
 263    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 264    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 265
 266 2.0.5 - 12/01/00
 267    Improved compilation on RedHat 7
 268    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 269    Removed README.RedHat7
 270
 271 2.0.4 - 11/25/00
 272    Added documentation for --geometry setting
 273    Added README.RedHat7 document
 274
 275 2.0.3 - 11/20/00
 276    Fixed bug in generation of binary PGM files
 277    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 278    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 279
 280 2.0.2 - 11/8/00
 281    Additions to man pages (Ian Kay)
 282    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 283
 284 2.0.1 - 10/1/00
 285    Fixed syntax error in fftw configuration
 286    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 287
 288 2.0.0 - 9/7/00
 289    Version 2.0.0 released!
 290    ctsim: Added Window menu to Main frame
 291    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 292    Fixed obscure bug in sys_error
 293    Fixed compilation in mingw environment not present
 294    Fixed compilation in non-graphical environments
 295
 296 2.0.0-b12 - 9/4/00
 297    ctsim: Added animation of reconstruction
 298    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 299    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 300    ctsim: used setpriority to set lower priority
 301    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 302    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 303
 304 2.0.0-b11 - 9/1/00
 305    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 306    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 307    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 308    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 309    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 310    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 311    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 312    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 313    Separated reconstruction into Reconstructor class
 314    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 315    Added --enable-static to generate statically linked programs
 316
 317 2.0.0-b10 - 8/25/00
 318    ctsim: Added animation of projection collection processs
 319    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 320    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 321    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 322    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 323    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 324    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 325    Fixed bug in backprojection selection
 326
 327 2.0.0-b9 - 8/22/00
 328    Added RCS Id strings to executable files
 329    Added RPM Spec file for RPM package creation
 330    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 331    Fixed compilation for non-SGP architectures
 332    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 333    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 334         inverse_fourier construction of filters
 335    Added median to statistics and to auto-windowing
 336
 337 2.0.0-b8 - 8/1/00
 338    Added line color support to SGP
 339    Fixed lineAbs bug
 340
 341 2.0.0-b7 - 7/25/00
 342    Finished support for dmallocxx library
 343    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 344    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 345         G2 windows and well as WXWindows.
 346    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 347    Fixed row-plot bug in if-2
 348    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 349
 350 2.0.0-b6 - 7/22/00
 351    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 352         and projection files
 353    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 354         and reconstruction parameters dialogs
 355    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 356    Completely reorganized option processing in classes to improve
 357         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 358
 359 2.0.0-b5 - 7/17/00
 360    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 361    Started ctsim.tex document file
 362
 363 2.0.0-b4 - 7/13/00
 364    Fixed compiler warnings at -Wall level
 365    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 366    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 367    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 368
 369 2.0.0-b3 - 7/10/00
 370    Added highly optimized backprojection method idiff3
 371    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 372    Fixed image display in if2img using G2 library
 373    Added column-plot and row-plot options to if-2
 374    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 375    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 376         backprojection method. Currently, this technique is still under
 377         development and debugging
 378    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 379
 380 2.0.0-b2 - 7/07/00
 381    Cleaned up SignalFilter class
 382    Added zeropad option to pjrec
 383    Added zeropad options to html and cgi files
 384    Added fourier_table and rfttw filter methods
 385    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 386
 387 2.0.0-b1 - 7/05/00
 388    Updated trace level processing
 389    Added trace level to SignalFilter
 390    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 391
 392 1.9.9 - 7/04/00
 393    Fixed const issue with ImageFileArray
 394    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 395    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 396    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 397    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 398    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 399         between convolution, dft, & fft filtering
 400    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 401    Added support for FFTW library
 402
 403 1.9.8 - 6/27/2000
 404    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 405    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 406    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 407    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 408    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 409    Added signature tag and creation date/time to projection files
 410
 411 1.9.7 - 6/25/2000
 412    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 413         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 414         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 415    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 416    Rewrote ImageFile class
 417    Started support for dmallocxx library, not finished
 418    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 419    Updated ifinfo to show comparative statistics
 420    Added printLabels() to Array2dFile class
 421    Added printStatistics() to ImageFile class
 422
 423 1.9.6 - 6/22/2000
 424    Moved conversion filter name/id to Filter class
 425    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 426    Added MPI broadcasting of strings
 427
 428 1.9.5 - 6/21/2000
 429    Merged proj_reconstr into class Projections
 430    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 431    Code cleanup in projections.cpp
 432    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 433
 434 1.9.4 - 6/20/2000
 435    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 436    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 437    Converted filter and convolution to object-oriented code
 438    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 439    Optimized image file writing on little-endian architectures
 440    Updated README and INSTALL
 441
 442 1.9.3 - 6/19/2000
 443    Reorganized source files
 444    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 445
 446 1.9.2 - 6/18/2000
 447    Reorganized include files
 448    Fixed const pointers in strfuncs
 449
 450 1.9.1 - 6/16/2000
 451    Renamed directories, moved source files, combined source files
 452    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 453    and libctgraphics)
 454
 455 1.9.0 - 6/15/2000
 456    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 457    Renamed Raysums to Projections throughout files
 458    Renamed Detector to Scanner
 459    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 460
 461 0.6.1 - 6/12/2000
 462    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 463    Converted Detector to Object-Oriented
 464
 465 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 466    Improved Integer backprojection method
 467         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 468         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 469    Finished converting all C files to C++
 470    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 471    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 472
 473 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 474    Converted MPI data structures to C++ object
 475    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 476
 477 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 478    First C++ conversions
 479    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 480         - Now all data files are cross-platform compatible
 481    Converted from MPI to MPI++
 482    Converted backprojection to object-oriented
 483    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 484
 485 0.5.4 - 6/4/2000
 486    Simpilifed endian handling
 487
 488 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 489    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 490    Removed broken B-spline interpolation
 491    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 492    Added support for 16-bit PNG graphics
 493
 494 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 495    Added compile-time configuration of endian order
 496
 497 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 498    Modified the raysum file format to be platform independent
 499
 500 0.5.3 - 5/11/2000
 501    Added Microsoft VC compatibility
 502    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 503
 504 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 505    Continued conversion to ANSI C
 506    Removed old CRT routines
 507
 508 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 509    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 510    Continued code cleanup
 511
 512 0.5.2-b3 - 4/30/200
 513     More code cleanup with reorganizing libraries
 514     Added --log and --exp to sdf-1
 515     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 516
 517 0.5.2-b2 - 4/30/200
 518     Continued code cleanup
 519
 520 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 521     Fixed a few MPI bugs
 522     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 523
 524 0.5.1 - 4/28/2000
 525     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 526     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 527
 528 0.5.0 - 4/27/2000
 529     First open source distribution for GNU/Linux
 530
 531 6/1999
 532   Converted to GNU/Linux
 533   added MPI support via LAM library
 534
 535 1983-84
 536   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 537