ChangeLog

   1 3.5.0 - Released 3//01
   2
   3         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
   4
   5         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
   6         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
   7         projection files are not incompatible with previous version of
   8         CTSim.
   9
  10         * ctsim: Added background and SMP processing for reconstructions,
  11         scanning, and rasterization.
  12
  13         * ctsim: Added generic threaded tasks and background manager for
  14         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  15         on SMP systems.
  16
  17         * ctsim: Added PPM/PGM and PNG file import to imagefile.
  18
  19         * ctsim: Added import of DICOM grayscale files.
  20
  21         * ctsim: Added imagefile export to DICOM files.
  22
  23         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  24
  25         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  26
  27         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  28
  29         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  30         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  31
  32         * plotfile: Added scattergram plot functions
  33
  34         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  35
  36         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  37
  38         * views.cpp: Added out of memory checks to display for huge
  39         image and projection files.
  40
  41         * distribution: fixed problem with documentation files not
  42         being included with the distribution [Reported by Ian Kay].
  43
  44         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle
  45
  46         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  47
  48 3.0.3 - Released 2/20/01
  49
  50         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  51
  52         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  53
  54         * ctsim: Fixed About box on Linux
  55
  56 3.0.2 - Released 2/20/01
  57
  58         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  59
  60         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  61         divergent projections into polar form.
  62
  63 3.0.1 - Released 2/19/01
  64
  65         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  66         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  67         of the dialog box.
  68
  69         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  70
  71         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  72         options changed.
  73
  74 3.0.0 - Released 2/19/01
  75
  76         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  77
  78         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  79
  80         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  81
  82         * ctsim: Improved accelerator key handling
  83
  84         * global: Added Hanning filter.
  85
  86         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  87         sensible output.
  88
  89 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
  90
  91         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
  92         registry storage between executions.
  93
  94         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
  95
  96         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
  97
  98         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
  99
 100         * ctsim: Added graphical About box
 101
 102         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 103
 104         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 105
 106         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 107
 108         * ctsim: Online help added!
 109
 110         * backprojector: Added cubic interpolation
 111
 112         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 113
 114         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 115         reconstruction dialogs.
 116
 117         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 118
 119         * global: Projection files are not compatible with previous version
 120         due to new scanner definitions.
 121
 122         * global: deleted concept of field-of-view and added
 123           view ratio and scan ratio concepts.
 124
 125         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 126
 127         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 128
 129         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 130
 131         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 132
 133
 134 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 135
 136         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 137         procsignal.cpp
 138
 139         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 140         bug in parsing command-line parameters.
 141
 142         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 143         plotfiles
 144
 145         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 146
 147         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 148
 149         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 150         for frequency/inverse-fourier filtering
 151
 152 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 153
 154         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 155
 156         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 157         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 158
 159         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 160         for math tips]
 161
 162         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 163
 164         * ctsim: Added more analyze menuitems
 165
 166         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 167         through this master shell. Has both command-line and interactive
 168         interface
 169
 170         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 171
 172         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 173
 174         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 175
 176 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 177
 178         * ctsim: Added plotting of histograms
 179
 180         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 181
 182         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 183
 184 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 185
 186         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 187
 188         * ctsim: added generation of filter images
 189
 190         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 191
 192         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 193
 194         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 195
 196         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 197         text files suitable for reading.
 198
 199         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 200         when performing properties of images.
 201
 202         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 203         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 204         fourier.cpp
 205
 206         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 207         image math functions to complex-valued math.
 208
 209         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 210
 211 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 212
 213         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 214         and column plots and comparison plots
 215
 216         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 217
 218         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 219
 220         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 221         files.
 222
 223         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 224         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 225         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 226
 227         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 228         imagefile and plotfile classes.
 229
 230         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 231         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 232         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 233         images.
 234
 235         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 236         images.
 237
 238         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 239         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 240
 241         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 242         math functions
 243
 244         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 245
 246         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 247         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 248         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 249
 250         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 251         class.
 252
 253         * sgp: Added linestyle settings
 254
 255 2.5.0 - 12/18/00
 256    First Microsoft Windows GUI version
 257    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 258    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 259         when manually compiling phantoms that vary during projection
 260         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 261    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 262    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 263    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 264    Fixed display of plotting in Projection views
 265    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 266    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 267         "namespace using std" statements
 268    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 269    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 270
 271 2.0.6 - 12/03/00
 272    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 273    Updated README file
 274    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 275    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 276
 277 2.0.5 - 12/01/00
 278    Improved compilation on RedHat 7
 279    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 280    Removed README.RedHat7
 281
 282 2.0.4 - 11/25/00
 283    Added documentation for --geometry setting
 284    Added README.RedHat7 document
 285
 286 2.0.3 - 11/20/00
 287    Fixed bug in generation of binary PGM files
 288    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 289    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 290
 291 2.0.2 - 11/8/00
 292    Additions to man pages (Ian Kay)
 293    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 294
 295 2.0.1 - 10/1/00
 296    Fixed syntax error in fftw configuration
 297    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 298
 299 2.0.0 - 9/7/00
 300    Version 2.0.0 released!
 301    ctsim: Added Window menu to Main frame
 302    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 303    Fixed obscure bug in sys_error
 304    Fixed compilation in mingw environment not present
 305    Fixed compilation in non-graphical environments
 306
 307 2.0.0-b12 - 9/4/00
 308    ctsim: Added animation of reconstruction
 309    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 310    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 311    ctsim: used setpriority to set lower priority
 312    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 313    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 314
 315 2.0.0-b11 - 9/1/00
 316    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 317    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 318    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 319    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 320    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 321    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 322    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 323    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 324    Separated reconstruction into Reconstructor class
 325    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 326    Added --enable-static to generate statically linked programs
 327
 328 2.0.0-b10 - 8/25/00
 329    ctsim: Added animation of projection collection processs
 330    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 331    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 332    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 333    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 334    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 335    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 336    Fixed bug in backprojection selection
 337
 338 2.0.0-b9 - 8/22/00
 339    Added RCS Id strings to executable files
 340    Added RPM Spec file for RPM package creation
 341    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 342    Fixed compilation for non-SGP architectures
 343    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 344    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 345         inverse_fourier construction of filters
 346    Added median to statistics and to auto-windowing
 347
 348 2.0.0-b8 - 8/1/00
 349    Added line color support to SGP
 350    Fixed lineAbs bug
 351
 352 2.0.0-b7 - 7/25/00
 353    Finished support for dmallocxx library
 354    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 355    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 356         G2 windows and well as WXWindows.
 357    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 358    Fixed row-plot bug in if-2
 359    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 360
 361 2.0.0-b6 - 7/22/00
 362    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 363         and projection files
 364    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 365         and reconstruction parameters dialogs
 366    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 367    Completely reorganized option processing in classes to improve
 368         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 369
 370 2.0.0-b5 - 7/17/00
 371    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 372    Started ctsim.tex document file
 373
 374 2.0.0-b4 - 7/13/00
 375    Fixed compiler warnings at -Wall level
 376    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 377    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 378    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 379
 380 2.0.0-b3 - 7/10/00
 381    Added highly optimized backprojection method idiff3
 382    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 383    Fixed image display in if2img using G2 library
 384    Added column-plot and row-plot options to if-2
 385    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 386    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 387         backprojection method. Currently, this technique is still under
 388         development and debugging
 389    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 390
 391 2.0.0-b2 - 7/07/00
 392    Cleaned up SignalFilter class
 393    Added zeropad option to pjrec
 394    Added zeropad options to html and cgi files
 395    Added fourier_table and rfttw filter methods
 396    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 397
 398 2.0.0-b1 - 7/05/00
 399    Updated trace level processing
 400    Added trace level to SignalFilter
 401    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 402
 403 1.9.9 - 7/04/00
 404    Fixed const issue with ImageFileArray
 405    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 406    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 407    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 408    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 409    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 410         between convolution, dft, & fft filtering
 411    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 412    Added support for FFTW library
 413
 414 1.9.8 - 6/27/2000
 415    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 416    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 417    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 418    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 419    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 420    Added signature tag and creation date/time to projection files
 421
 422 1.9.7 - 6/25/2000
 423    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 424         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 425         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 426    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 427    Rewrote ImageFile class
 428    Started support for dmallocxx library, not finished
 429    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 430    Updated ifinfo to show comparative statistics
 431    Added printLabels() to Array2dFile class
 432    Added printStatistics() to ImageFile class
 433
 434 1.9.6 - 6/22/2000
 435    Moved conversion filter name/id to Filter class
 436    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 437    Added MPI broadcasting of strings
 438
 439 1.9.5 - 6/21/2000
 440    Merged proj_reconstr into class Projections
 441    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 442    Code cleanup in projections.cpp
 443    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 444
 445 1.9.4 - 6/20/2000
 446    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 447    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 448    Converted filter and convolution to object-oriented code
 449    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 450    Optimized image file writing on little-endian architectures
 451    Updated README and INSTALL
 452
 453 1.9.3 - 6/19/2000
 454    Reorganized source files
 455    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 456
 457 1.9.2 - 6/18/2000
 458    Reorganized include files
 459    Fixed const pointers in strfuncs
 460
 461 1.9.1 - 6/16/2000
 462    Renamed directories, moved source files, combined source files
 463    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 464    and libctgraphics)
 465
 466 1.9.0 - 6/15/2000
 467    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 468    Renamed Raysums to Projections throughout files
 469    Renamed Detector to Scanner
 470    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 471
 472 0.6.1 - 6/12/2000
 473    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 474    Converted Detector to Object-Oriented
 475
 476 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 477    Improved Integer backprojection method
 478         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 479         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 480    Finished converting all C files to C++
 481    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 482    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 483
 484 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 485    Converted MPI data structures to C++ object
 486    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 487
 488 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 489    First C++ conversions
 490    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 491         - Now all data files are cross-platform compatible
 492    Converted from MPI to MPI++
 493    Converted backprojection to object-oriented
 494    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 495
 496 0.5.4 - 6/4/2000
 497    Simpilifed endian handling
 498
 499 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 500    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 501    Removed broken B-spline interpolation
 502    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 503    Added support for 16-bit PNG graphics
 504
 505 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 506    Added compile-time configuration of endian order
 507
 508 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 509    Modified the raysum file format to be platform independent
 510
 511 0.5.3 - 5/11/2000
 512    Added Microsoft VC compatibility
 513    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 514
 515 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 516    Continued conversion to ANSI C
 517    Removed old CRT routines
 518
 519 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 520    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 521    Continued code cleanup
 522
 523 0.5.2-b3 - 4/30/200
 524     More code cleanup with reorganizing libraries
 525     Added --log and --exp to sdf-1
 526     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 527
 528 0.5.2-b2 - 4/30/200
 529     Continued code cleanup
 530
 531 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 532     Fixed a few MPI bugs
 533     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 534
 535 0.5.1 - 4/28/2000
 536     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 537     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 538
 539 0.5.0 - 4/27/2000
 540     First open source distribution for GNU/Linux
 541
 542 6/1999
 543   Converted to GNU/Linux
 544   added MPI support via LAM library
 545
 546 1983-84
 547   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 548