r10662: new upstream: 4.4.0. Changes to support X.org
[ctsim.git] / ChangeLog
1 Aug 22, 2005  Version 4.4.0
2         * Changes in configure.ac for X.org compatibility with Debian Etch
3         and FC4. May not be backward compatibility with XFree86.
4         
5 Aug 10, 2004  Version 4.3.2, Version 4.3.3
6         * Minor changes in man pages to fix groff warnings
7
8 Nov 1, 2003  Version 4.3.1
9         * Add support for SuSE AMD64
10
11 Oct 5, 2003  Version 4.3.0
12         * Ported to incompatible FFTW3 library. CTSim will no longer compile or run with FFTW2. 
13         * Save FFTW3 in $HOME/.fftw3-wisdom on platforms where getenv function is available
14         
15 Oct 3, 2003  Version 4.2.7
16         * Add support for building on RedHat AMD64 
17
18 Sep 30, 2003  Version 4.2.7
19         * Fix minor issue with floating point difference backprojection, add
20         optimization
21         
22         * Fix building with newest versions of automake 1.7
23
24         * Add support for 8-byte longs [for example, Athlon64] in
25         integer difference backprojection allowing for 64-bit integer
26         math.
27
28 Mar 22, 2003  Version 4.2.3
29
30         * Added Fourier reconstruction method
31
32         * Support gcc 3.2, wxWindows 2.4, and MacOS X
33
34         * Fix polar interpolation
35         
36 Jun 26, 2002  Version 3.5.6
37
38         * Fix minor color PNG image importing bug
39         
40         * Bug fix for building on Debian alpha platform
41
42         * Fix g++ compilation warnings
43         
44 Jun 13, 2002  Version 3.5.5
45         
46         * Fix printing of version number
47         
48         * Minor bug fixes
49
50         * Updated Win32 compatibility
51         
52 Jun 8, 2002  Version 3.5.4
53
54         * Print version number in log window with About command
55         
56         * Fix problem with captions not showing on some windows. Reworked
57         creation of new windows.
58         
59         * Disabled status bar on 3d views
60         
61         * Fix bug in configure.ac that prevented using compiler
62         optimizations.
63
64         * Updated About splash screen
65         
66 May 29, 2002  Version 3.5.3
67         * Added support for g++ 3.04 compiler
68         
69 May 8, 2002  Version 3.5.2
70         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
71         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
72
73 May 5, 2002  Version 3.5.1
74
75         New Features:
76
77         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
78         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
79         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
80         projection files are not incompatible with previous version of
81         CTSim.
82         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for 
83         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's 
84         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
85         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
86         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
87         divergent beam reconstructions.
88         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
89         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
90         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
91         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
92         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
93         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
94         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
95         "Background processes" options  to Preferences dialog.
96         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
97         * plotfile: Added scattergram plot functions
98         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
99         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
100         surfaces.
101         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
102         to reconstructions.
103         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
104         projection data files.
105         
106         Bug Fixes:
107
108         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
109         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
110         not being displayed on Unix platforms.
111         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
112         image and projection files.
113         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
114         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
115         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
116         image.
117         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
118         * distribution: fixed problem with documentation files not
119         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
120         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
121         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
122         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
123         
124 3.0.3 - Released 2/20/01
125
126         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
127
128         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
129
130         * ctsim: Fixed About box on Linux
131         
132 3.0.2 - Released 2/20/01
133
134         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
135
136         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
137         divergent projections into polar form.
138         
139 3.0.1 - Released 2/19/01
140
141         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
142         rotation angle setting will stay fixed in-between use
143         of the dialog box.
144
145         * syserror: Fixed display bug for trace messages
146
147         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler 
148         options changed.
149         
150 3.0.0 - Released 2/19/01
151
152         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
153
154         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
155         
156         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
157         
158         * ctsim: Improved accelerator key handling
159         
160         * global: Added Hanning filter.
161
162         * global: Improved default parameters to that all defaults give
163         sensible output.
164         
165 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
166
167         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
168         registry storage between executions.
169
170         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
171         
172         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
173
174         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
175         
176         * ctsim: Added graphical About box
177
178         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
179
180         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
181         
182         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
183
184         * ctsim: Online help added!
185
186         * backprojector: Added cubic interpolation
187         
188         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
189
190         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
191         reconstruction dialogs.
192
193         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
194
195         * global: Projection files are not compatible with previous version
196         due to new scanner definitions.
197         
198         * global: deleted concept of field-of-view and added
199           view ratio and scan ratio concepts.
200         
201         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
202
203         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
204
205         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
206         
207         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
208
209         
210 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
211
212         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
213         procsignal.cpp
214         
215         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed 
216         bug in parsing command-line parameters.
217
218         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
219         plotfiles
220         
221         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
222
223         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
224
225         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
226         for frequency/inverse-fourier filtering
227         
228 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
229
230         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
231
232         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
233         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
234
235         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
236         for math tips]
237
238         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
239
240         * ctsim: Added more analyze menuitems
241         
242         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
243         through this master shell. Has both command-line and interactive
244         interface
245         
246         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
247
248         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
249
250         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
251         
252 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
253
254         * ctsim: Added plotting of histograms
255         
256         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
257
258         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
259         
260 3.0alpha2 - Released 1/02/01
261         
262         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
263         
264         * ctsim: added generation of filter images
265
266         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
267
268         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
269
270         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
271
272         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
273         text files suitable for reading.
274         
275         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
276         when performing properties of images.
277
278         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
279         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
280         fourier.cpp
281
282         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
283         image math functions to complex-valued math.
284
285         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
286         
287 3.0alpha1 - Released 12/29/00
288
289         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
290         and column plots and comparison plots
291
292         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
293
294         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling 
295
296         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
297         files.
298
299         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
300         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
301         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
302
303         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
304         imagefile and plotfile classes.
305
306         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
307         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
308         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
309         images.
310
311         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
312         images.
313
314         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
315         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
316         
317         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
318         math functions
319
320         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
321
322         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
323         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
324         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
325
326         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
327         class.
328         
329         * sgp: Added linestyle settings
330         
331 2.5.0 - 12/18/00 
332    First Microsoft Windows GUI version
333    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
334    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
335         when manually compiling phantoms that vary during projection
336         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
337    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
338    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay) 
339    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
340    Fixed display of plotting in Projection views
341    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
342    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than 
343         "namespace using std" statements
344    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
345    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
346         
347 2.0.6 - 12/03/00
348    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
349    Updated README file
350    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
351    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
352         
353 2.0.5 - 12/01/00
354    Improved compilation on RedHat 7
355    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
356    Removed README.RedHat7
357         
358 2.0.4 - 11/25/00
359    Added documentation for --geometry setting
360    Added README.RedHat7 document
361          
362 2.0.3 - 11/20/00
363    Fixed bug in generation of binary PGM files
364    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
365    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
366         
367 2.0.2 - 11/8/00
368    Additions to man pages (Ian Kay)
369    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
370
371 2.0.1 - 10/1/00
372    Fixed syntax error in fftw configuration
373    Slight modifications to support gcc v2.9.6
374         
375 2.0.0 - 9/7/00
376    Version 2.0.0 released!
377    ctsim: Added Window menu to Main frame
378    ctsim: Disabled not support reconstruction method
379    Fixed obscure bug in sys_error
380    Fixed compilation in mingw environment not present
381    Fixed compilation in non-graphical environments      
382         
383 2.0.0-b12 - 9/4/00
384    ctsim: Added animation of reconstruction
385    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
386    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
387    ctsim: used setpriority to set lower priority
388    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
389    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
390
391 2.0.0-b11 - 9/1/00
392    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection  
393    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
394    ctsim: improved File/Properties display for projection files
395    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
396    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
397    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
398    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
399    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
400    Separated reconstruction into Reconstructor class
401    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
402    Added --enable-static to generate statically linked programs
403         
404 2.0.0-b10 - 8/25/00
405    ctsim: Added animation of projection collection processs
406    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
407    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
408    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
409    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
410    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
411    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
412    Fixed bug in backprojection selection
413         
414 2.0.0-b9 - 8/22/00
415    Added RCS Id strings to executable files
416    Added RPM Spec file for RPM package creation
417    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
418    Fixed compilation for non-SGP architectures 
419    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
420    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or 
421         inverse_fourier construction of filters
422    Added median to statistics and to auto-windowing
423         
424 2.0.0-b8 - 8/1/00
425    Added line color support to SGP
426    Fixed lineAbs bug
427         
428 2.0.0-b7 - 7/25/00
429    Finished support for dmallocxx library
430    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
431    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to 
432         G2 windows and well as WXWindows.
433    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
434    Fixed row-plot bug in if-2
435    Reworked EZPlot's multiple plot operation
436         
437 2.0.0-b6 - 7/22/00
438    ctsim program: improved initial size and scroll area for image 
439         and projection files
440    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
441         and reconstruction parameters dialogs
442    Moved char[] static definition from header files to c++ files
443    Completely reorganized option processing in classes to improve
444         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
445         
446 2.0.0-b5 - 7/17/00
447    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels 
448    Started ctsim.tex document file
449         
450 2.0.0-b4 - 7/13/00
451    Fixed compiler warnings at -Wall level
452    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
453    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
454    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
455         
456 2.0.0-b3 - 7/10/00
457    Added highly optimized backprojection method idiff3
458    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
459    Fixed image display in if2img using G2 library
460    Added column-plot and row-plot options to if-2
461    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
462    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
463         backprojection method. Currently, this technique is still under
464         development and debugging
465    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
466
467 2.0.0-b2 - 7/07/00  
468    Cleaned up SignalFilter class
469    Added zeropad option to pjrec
470    Added zeropad options to html and cgi files
471    Added fourier_table and rfttw filter methods
472    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
473         
474 2.0.0-b1 - 7/05/00
475    Updated trace level processing
476    Added trace level to SignalFilter
477    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
478         
479 1.9.9 - 7/04/00
480    Fixed const issue with ImageFileArray
481    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
482    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
483    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
484    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
485    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
486         between convolution, dft, & fft filtering
487    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
488    Added support for FFTW library
489         
490 1.9.8 - 6/27/2000
491    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
492    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
493    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
494    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
495    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
496    Added signature tag and creation date/time to projection files
497         
498 1.9.7 - 6/25/2000
499    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
500         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
501         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
502    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
503    Rewrote ImageFile class
504    Started support for dmallocxx library, not finished
505    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
506    Updated ifinfo to show comparative statistics
507    Added printLabels() to Array2dFile class
508    Added printStatistics() to ImageFile class
509         
510 1.9.6 - 6/22/2000
511    Moved conversion filter name/id to Filter class
512    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
513    Added MPI broadcasting of strings
514         
515 1.9.5 - 6/21/2000
516    Merged proj_reconstr into class Projections
517    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
518    Code cleanup in projections.cpp
519    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
520         
521 1.9.4 - 6/20/2000
522    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
523    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
524    Converted filter and convolution to object-oriented code
525    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
526    Optimized image file writing on little-endian architectures
527    Updated README and INSTALL
528         
529 1.9.3 - 6/19/2000
530    Reorganized source files
531    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
532         
533 1.9.2 - 6/18/2000
534    Reorganized include files
535    Fixed const pointers in strfuncs
536         
537 1.9.1 - 6/16/2000
538    Renamed directories, moved source files, combined source files
539    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
540    and libctgraphics)
541         
542 1.9.0 - 6/15/2000
543    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
544    Renamed Raysums to Projections throughout files
545    Renamed Detector to Scanner
546    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
547         
548 0.6.1 - 6/12/2000
549    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
550    Converted Detector to Object-Oriented
551         
552 0.6.0-b3 - 6/10/2000
553    Improved Integer backprojection method
554         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
555         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
556    Finished converting all C files to C++
557    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
558    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
559         
560 0.6.0-b2 - 6/8/2000
561    Converted MPI data structures to C++ object
562    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
563         
564 0.6.0-b1 - 6/6/2000
565    First C++ conversions
566    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
567         - Now all data files are cross-platform compatible
568    Converted from MPI to MPI++
569    Converted backprojection to object-oriented
570    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices             
571         
572 0.5.4 - 6/4/2000
573    Simpilifed endian handling
574         
575 0.5.4-b3 - 6/1/2000
576    Added support for 64-bit (IA64) CPU
577    Removed broken B-spline interpolation
578    Added support for cygwin platform under Windows 2000
579    Added support for 16-bit PNG graphics
580         
581 0.5.4-b2 - 5/16/2000
582    Added compile-time configuration of endian order
583
584 0.5.4-b1 - 5/14/2000
585    Modified the raysum file format to be platform independent
586         
587 0.5.3 - 5/11/2000
588    Added Microsoft VC compatibility
589    Cleaned up compilation warnings in libgraph
590         
591 0.5.2-b5 - 5/7/2000
592    Continued conversion to ANSI C       
593    Removed old CRT routines
594         
595 0.5.2-b4 - 5/4/2000
596    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
597    Continued code cleanup
598         
599 0.5.2-b3 - 4/30/200
600     More code cleanup with reorganizing libraries
601     Added --log and --exp to sdf-1
602     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
603
604 0.5.2-b2 - 4/30/200
605     Continued code cleanup
606         
607 0.5.2-b1 - 4/29/2000
608     Fixed a few MPI bugs
609     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
610         
611 0.5.1 - 4/28/2000
612     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim  
613     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
614
615 0.5.0 - 4/27/2000 
616     First open source distribution for GNU/Linux
617         
618 6/1999 
619   Converted to GNU/Linux
620   added MPI support via LAM library
621         
622 1983-84 
623   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
624