include/ct.h

   1 /*****************************************************************************
   2 ** FILE IDENTIFICATION
   3 **
   4 **   Name:          ct.h
   5 **   Purpose:       Master header file for CTSim
   6 **   Programmer:    Kevin Rosenberg
   7 **   Date Started:  Aug 1984
   8 **
   9 **  This is part of the CTSim program
  10 **  Copyright (C) 1983-2000 Kevin Rosenberg
  11 **
  12 **  $Id: ct.h,v 1.18 2000/06/19 17:58:20 kevin Exp $
  13 **
  14 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
  15 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
  16 **  published by the Free Software Foundation.
  17 **
  18 **  This program is distributed in the hope that it will be useful,
  19 **  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20 **  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  21 **  GNU General Public License for more details.
  22 **
  23 **  You should have received a copy of the GNU General Public License
  24 **  along with this program; if not, write to the Free Software
  25 **  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
  26 ******************************************************************************/
  27
  28 #ifndef CT_H
  29 #define CT_H
  30
  31 #ifdef _WIN32
  32   typedef long off_t;
  33   #define HAVE_STRING_H 1
  34   #include <fcntl.h>
  35   #define snprintf _snprintf
  36   #define vsnprintf _vsnprintf
  37   #define strcasecmp stricmp
  38   #define strncasecmp strnicmp
  39 #endif
  40
  41 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  42   #include <config.h>
  43 #endif
  44 #ifdef HAVE_PNG
  45   #include "png.h"
  46 #endif
  47 #ifdef HAVE_G2_H
  48 extern "C" {
  49 #include "g2.h"
  50 }
  51 #ifdef HAVE_X11
  52 extern "C" {
  53 #include "g2_X11.h"
  54 }
  55 #endif
  56 #endif
  57 #ifdef HAVE_STDIO_H
  58 #include <stdio.h>
  59 #endif
  60 #ifdef HAVE_STRING_H
  61 #include <string.h>
  62 #endif
  63 #ifdef HAVE_STDDEF_H
  64 #include <stddef.h>
  65 #endif
  66 #ifdef HAVE_STDLIB_H
  67 #include <stdlib.h>
  68 #endif
  69 #ifdef HAVE_STDARG_H
  70 #include <stdarg.h>
  71 #endif
  72 #ifdef  HAVE_SYS_TYPES_H
  73 #include <sys/types.h>
  74 #endif
  75 #ifdef HAVE_SYS_STAT_H
  76 #include <sys/stat.h>
  77 #endif
  78 #ifdef HAVE_CTYPE_H
  79 #include <ctype.h>
  80 #endif
  81 #ifdef HAVE_MATH_H
  82 #include <math.h>
  83 #endif
  84 #ifdef HAVE_SYS_FCNTL_H
  85 #include <sys/fcntl.h>
  86 #endif
  87 #ifdef HAVE_FCNTL_H
  88 #include <fcntl.h>
  89 #endif
  90 #if defined(HAVE_GETOPT_H) || defined(HAVE_GETOPT_LONG)
  91 #include <getopt.h>
  92 #endif
  93 #ifdef HAVE_UNISTD_H
  94 #include <unistd.h>
  95 #endif
  96 #ifdef HAVE_SETJMP_H
  97 #include <setjmp.h>
  98 #endif
  99 #ifdef HAVE_SYS_PARAM_H
 100 #include <sys/param.h>          /* for htonl on FreeBSD */
 101 #endif
 102 #ifdef HAVE_NETINET_IN_H
 103 #include <netinet/in.h>         /* for htonl on Linux/Solaris */
 104 #endif
 105 #ifdef HAVE_INTTYPES_H
 106 #include <inttypes.h>           /* for htonl on Solaris */
 107 #endif
 108 #ifdef HAVE_STDINT_H
 109 #include <stdint.h>             /* Standard ints on Linux */
 110 #endif
 111
 112 #ifdef HAVE_MPI
 113 #include "mpi++.h"
 114 #include "mpiworld.h"
 115 #endif
 116
 117 #include "kstddef.h"
 118 #include "kmath.h"
 119 #include "keyboard.h"
 120 #include "cio.h"
 121 #include "byteorder.h"
 122
 123 #ifdef HAVE_SGP
 124   #include "ezplot.h"
 125   #include "sgp.h"
 126 #endif
 127
 128 #include <fstream>
 129 #include <iostream>
 130 #include <sstream>
 131 #include <string>
 132 #include <iterator>
 133 #include <algorithm>
 134 #include <exception>
 135 #include <stdexcept>
 136
 137 using namespace std;
 138
 139 #include "array2d.h"
 140 #include "imagefile.h"
 141 #include "phantom.h"
 142 #include "projections.h"
 143 #include "scanner.h"
 144
 145 //----------------------------------------------------------------------//
 146 //                              USER SYMBOLS                            //
 147 //----------------------------------------------------------------------//
 148
 149 // Filter types
 150 static const char O_FILTER_ABS_BANDLIMIT_STR[]= "abs_bandlimit";
 151 static const char O_FILTER_ABS_SINC_STR[]=      "abs_sinc";
 152 static const char O_FILTER_ABS_COS_STR[]=       "abs_cos";
 153 static const char O_FILTER_ABS_HAMMING_STR[]=   "abs_hamming";
 154 static const char O_FILTER_SHEPP_STR[]=         "shepp";
 155 static const char O_FILTER_BANDLIMIT_STR[]=     "bandlimit";
 156 static const char O_FILTER_SINC_STR[]=          "sinc";
 157 static const char O_FILTER_COS_STR[]=           "cos";
 158 static const char O_FILTER_HAMMING_STR[]=       "hamming";
 159 static const char O_FILTER_TRIANGLE_STR[]=      "triangle";
 160
 161 typedef enum {
 162   FILTER_BANDLIMIT,
 163   FILTER_SINC,
 164   FILTER_G_HAMMING,
 165   FILTER_COSINE,
 166   FILTER_TRIANGLE,
 167   FILTER_ABS_BANDLIMIT,         // filter times |x|
 168   FILTER_ABS_SINC,
 169   FILTER_ABS_G_HAMMING,
 170   FILTER_ABS_COSINE,
 171   FILTER_SHEPP
 172 } FilterType;
 173
 174
 175 // Function domains
 176 static const char D_FREQ_STR[]=    "freq";
 177 static const char D_SPATIAL_STR[]= "spatial";
 178
 179 typedef enum {
 180   D_FREQ = 1,
 181   D_SPATIAL
 182 } DomainType;
 183
 184
 185 /* interpolation methods */
 186 static const char O_INTERP_NEAREST_STR[]=  "nearest";
 187 static const char O_INTERP_LINEAR_STR[]=   "linear";
 188 static const char O_INTERP_BSPLINE_STR[]=  "bspline";
 189
 190 #undef HAVE_BSPLINE_INTERP
 191 typedef enum {          // Interpolation methods
 192     I_NEAREST = 1,      // Nearest neighbor
 193 #if HAVE_BSPLINE_INTERP
 194     I_BSPLINE,
 195     I_1BSPLINE,      // 1st order B-Spline
 196     I_2BSPLINE,
 197     I_3BSPLINE,
 198 #endif
 199     I_LINEAR        // Linear interpolation
 200 } InterpolationType;
 201
 202
 203 // Trace levels
 204 static const char O_TRACE_NONE_STR[]=     "none";
 205 static const char O_TRACE_TEXT_STR[]=     "text";
 206 static const char O_TRACE_PHM_STR[]=      "phm";
 207 static const char O_TRACE_RAYS_STR[]=     "rays";
 208 static const char O_TRACE_PLOT_STR[]=     "plot";
 209 static const char O_TRACE_CLIPPING_STR[]= "clipping";
 210
 211 enum {
 212   TRACE_NONE,           /* No tracing */
 213   TRACE_TEXT,           /* Minimal status */
 214   TRACE_PHM,            /* Show phantom */
 215   TRACE_RAYS,           /* Show all rays */
 216   TRACE_PLOT,           /* Plot raysums */
 217   TRACE_CLIPPING        /* Plot clipping */
 218 };
 219
 220 // Standard phantomsa
 221 static const char O_PHM_HERMAN_STR[]=    "herman";
 222 static const char O_PHM_ROWLAND_STR[]=   "rowland";
 223 static const char O_PHM_BROWLAND_STR[]=  "browland";
 224 static const char O_PHM_UNITPULSE_STR[]= "unitpulse";
 225 typedef enum {
 226   O_PHM_HERMAN,               /* Herman head phantom */
 227   O_PHM_ROWLAND,              /* Rowland head phantom */
 228   O_PHM_BROWLAND,             /* Bordered Rowland head phantom */
 229   O_PHM_UNITPULSE             /* Unit pulse phantom */
 230 } PhantomType;
 231
 232 // Backproject types
 233 static const char O_BPROJ_TRIG_STR[]=     "trig";
 234 static const char O_BPROJ_TABLE_STR[]=    "table";
 235 static const char O_BPROJ_DIFF_STR[]=     "diff";
 236 static const char O_BPROJ_DIFF2_STR[]=    "diff2";
 237 static const char O_BPROJ_IDIFF2_STR[]=   "idiff2";
 238
 239 typedef  enum {
 240   O_BPROJ_TRIG,
 241   O_BPROJ_TABLE,
 242   O_BPROJ_DIFF,
 243   O_BPROJ_DIFF2,
 244   O_BPROJ_IDIFF2
 245 } BackprojType;
 246
 247 // Convolution symmetries
 248 typedef enum {
 249     FUNC_EVEN = 1,    // function types, f[-n] = f[n]
 250     FUNC_ODD,         // f[-n] = -f[n]
 251     FUNC_BOTH         // function has both odd & even components
 252 } FunctionSymmetry;
 253
 254
 255
 256 #include "backprojectors.h"
 257
 258
 259 /*************************************************************************
 260  *  FUNCTION DECLARATIONS
 261  ************************************************************************/
 262
 263 // convolve.cpp
 264 double convolve (const double f1[], const double f2[], const double dx, const int n, const int np, const FunctionSymmetry func_type);
 265
 266 // dialogs.cpp
 267 bool phm_add_pelem_kb (Phantom& phm);
 268 const Phantom& phm_select (Phantom& phm);
 269 int interpolation_select (void);
 270 int filter_select (double *filter_param);
 271
 272 // filter.cpp
 273 double *filter_generate (const FilterType filt_type, double bw, double xmin, double xmax, int n, double param, const DomainType domain, int numint);
 274 double filter_spatial_response_calc (int filt_type, double x, double bw, double param, int n);
 275 double filter_spatial_response_analytic (int filt_type, double x, double bw, double param);
 276 double filter_frequency_response (int filt_type, double u, double bw, double param);
 277 double sinc (double x, double mult);
 278 double integral_abscos(double u, double w);
 279
 280 // options.cpp
 281 int opt_set_trace(const char *optarg);
 282 const char *name_of_phantom(const int phmid);
 283 int opt_set_phantom(const char *optarg);
 284 InterpolationType opt_set_interpolation(const char *optarg);
 285 const char *name_of_interpolation(int interp_type);
 286 FilterType opt_set_filter(const char *optarg);
 287 const char *name_of_filter(const int filter);
 288 DomainType opt_set_filter_domain(const char *optarg);
 289 const char *name_of_filter_domain(const DomainType domain);
 290 BackprojType opt_set_backproj(const char *optarg);
 291 const char *name_of_backproj(const BackprojType backproj);
 292
 293 // From phm2image.cpp
 294 void phm_to_imagefile (const Phantom& phm, ImageFile& im, const int col_start, const int col_count, const int nsample, const int trace);
 295
 296 // image.cpp
 297 void image_filter_response(ImageFile& im, const DomainType domain, double bw, const FilterType filt_type, double filt_param, const int opt_trace);
 298 int image_display (const ImageFile& im);
 299 int image_display_scale (const ImageFile& im, const int scale, const double pmin, const double pmax);
 300
 301 // From reconstr.cpp
 302 ImageFile& proj_reconst (ImageFile& im, Projections& rs, const FilterType filt_type, double filt_param, InterpolationType interp_type, int interp_param, const BackprojType backproj_type, int const ir_trace);
 303
 304 #endif
 305