include/ir.h

   1 /*****************************************************************************
   2 **  This is part of the CTSim program
   3 **  Copyright (C) 1983-2000 Kevin Rosenberg
   4 **
   5 **  $Id: ir.h,v 1.17 2000/06/03 06:29:08 kevin Exp $
   6 **  $Log: ir.h,v $
   7 **  Revision 1.17  2000/06/03 06:29:08  kevin
   8 **  *** empty log message ***
   9 **
  10 **  Revision 1.16  2000/05/24 22:48:17  kevin
  11 **  First functional version of SDF library for X-window
  12 **
  13 **  Revision 1.15  2000/05/16 04:33:17  kevin
  14 **  Updated documentation
  15 **
  16 **  Revision 1.14  2000/05/11 14:07:00  kevin
  17 **  Added support for Windows NT
  18 **
  19 **  Revision 1.13  2000/05/08 20:00:48  kevin
  20 **  ANSI C changes
  21 **
  22 **  Revision 1.12  2000/05/07 12:46:19  kevin
  23 **  made c++ compatible
  24 **
  25 **  Revision 1.11  2000/05/05 02:37:31  kevin
  26 **  renamed phmelm to pelm
  27 **
  28 **  Revision 1.10  2000/05/04 18:16:34  kevin
  29 **  renamed filter definitions
  30 **
  31 **  Revision 1.9  2000/05/04 04:29:18  kevin
  32 **  *** empty log message ***
  33 **
  34 **  Revision 1.8  2000/05/04 04:25:55  kevin
  35 **  Renamed phantom and phantom-element functions/variables
  36 **
  37 **  Revision 1.7  2000/05/03 19:51:41  kevin
  38 **  function renaming for phantoms and phantom elements
  39 **
  40 **  Revision 1.6  2000/05/03 08:49:49  kevin
  41 **  Code cleanup
  42 **
  43 **  Revision 1.5  2000/05/02 20:00:25  kevin
  44 **  *** empty log message ***
  45 **
  46 **  Revision 1.4  2000/05/02 15:31:39  kevin
  47 **  code cleaning
  48 **
  49 **  Revision 1.3  2000/04/29 23:24:29  kevin
  50 **  *** empty log message ***
  51 **
  52 **  Revision 1.2  2000/04/28 14:14:16  kevin
  53 **  *** empty log message ***
  54 **
  55 **  Revision 1.1.1.1  2000/04/28 13:02:43  kevin
  56 **  Initial CVS import for first public release
  57 **
  58 **
  59 **
  60 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
  61 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
  62 **  published by the Free Software Foundation.
  63 **
  64 **  This program is distributed in the hope that it will be useful,
  65 **  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  66 **  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  67 **  GNU General Public License for more details.
  68 **
  69 **  You should have received a copy of the GNU General Public License
  70 **  along with this program; if not, write to the Free Software
  71 **  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
  72 ******************************************************************************/
  73
  74 /*      ir.h        Header File for Image Reconstruction System
  75  *      Programmer:   Kevin Rosenberg
  76  *      Date Started: 7-1-84
  77  */
  78
  79 #ifndef IR_H
  80 #define IR_H
  81
  82 #ifdef __cplusplus
  83 extern "C" {
  84 #endif /* __cplusplus */
  85
  86 #ifdef MPI_CT
  87 #define MPI_MAX_PROCESS 128
  88 struct mpi_ct_st
  89 {
  90   int my_rank;
  91   int nproc;
  92   int base_local_work_units;
  93   int remainder_work_units;
  94   int local_work_units[MPI_MAX_PROCESS];
  95   int start_work_unit[MPI_MAX_PROCESS];
  96   MPI_Comm comm;
  97 };
  98
  99 extern struct mpi_ct_st mpi_ct;
 100 void mpi_ct_calc_work_units(const unsigned int global_work_units);
 101 #endif
 102
 103
 104 struct histo_st {
 105     int *b;                     /* Histogram array (# of elements in each bin) */
 106     int nbin;                   /* Number of histogram bins */
 107     double xmin, xmax, xinc;    /* Limits of histogram boundaries */
 108 };
 109
 110 typedef struct histo_st HISTOGRAM;
 111
 112 /*---------------------------------------------------------------------------*/
 113
 114 static const int POINTS_PER_CIRCLE=90;
 115 #define MAXREMARK  99
 116
 117 typedef FMTX_2D         IMAGE_ARRAY;    /* use 2d floating point matrix */
 118 typedef float           IMAGE_ELEM_VAL; /* use floats for image storing */
 119
 120 struct image_st {
 121     IMAGE_ARRAY v;                      /* values of voxels in matrix form */
 122     SDF_2D *dfp_2d;                     /* Pointer to disk image file */
 123     int nx, ny;                         /* size of voxel matrix */
 124     double xmin, xmax, ymin, ymax;      /* extent of voxel matrix in phm coord */
 125     char remark[MAXREMARK+1];           /* description of voxel data */
 126     float calctime;                     /* time to calculate voxels in seconds */
 127 };
 128 typedef struct image_st  IMAGE;
 129
 130 typedef enum {
 131   RECTANGLE,
 132   TRIANGLE,
 133   ELLIPSE,
 134   SECTOR,
 135   SEGMENT
 136 } PElmType;
 137
 138 struct pelm_st {
 139     PElmType type;           /* pelm type (box, ellipse, etc) */
 140     double atten;            /* X-ray attenuation coefficient */
 141     double cx,cy;            /* center of pelm */
 142     double u,v;              /* size of pelm */
 143     double rot;              /* pelm rotation angle (in radians) */
 144     double *x, *y;           /* ptr to array of points in obj world coord */
 145     int pts;                 /* number of points in outline arrays */
 146     double xmin, xmax, ymin, ymax; /* pelm limits */
 147     double radius;           /*   "   */
 148     GRFMTX_2D p_to_o;        /* map from phantom to standard pelm coords */
 149     GRFMTX_2D o_to_p;        /* map from std pelm coords to phantom coords */
 150     struct pelm_st *next;    /* pointer to next pelm in phantom */
 151 };
 152 typedef struct pelm_st PELM;
 153
 154 typedef enum {
 155   P_PELMS,        /* Phantom made of Pelms */
 156   P_UNIT_PULSE,   /* Special phantom, not made of pelms */
 157   P_FILTER        /* defined only by this type */
 158 } PhmType;
 159
 160 struct phm_st {                    /* Phantom structure */
 161     PELM *pelm_list;               /* pelm linked-list */
 162     PhmType type;
 163     int n_pelm;                    /* number of pelms in phantom */
 164     double xmin, xmax, ymin, ymax; /* extent of pelms in pelm coordinates */
 165     double radius;                 /*      " "    */
 166 };
 167 typedef struct phm_st    PHANTOM;
 168
 169
 170 /*----------------------------------------------------------------------*/
 171 /*                              RAYSUM SYMBOLS                          */
 172 /*----------------------------------------------------------------------*/
 173
 174 /* Ray sums are collected along an array of ndet detectors.  The data
 175  * for these detectors is stored in the structure DETECTARRAY
 176  */
 177
 178 typedef float DETECT_TYPE;
 179
 180 struct detarray_st {
 181   DETECT_TYPE *detval;  /* Pointer to array of values recorded by detector */
 182   int ndet;             /* Number of detectors in array */
 183   double view_angle;    /* View angle in radians */
 184 };
 185 typedef struct detarray_st DETARRAY;
 186
 187
 188 typedef enum {
 189     DETECTOR_PARALLEL,
 190     DETECTOR_EQUIANGLE,
 191     DETECTOR_EQUILINEAR
 192 } ScannerGeometry;
 193
 194 struct detector_st {
 195   ScannerGeometry geometry;     /* Geometry of detectory */
 196   int ndet;                     /* Number of detectors in array */
 197   int nview;                    /* Number of rotated views */
 198   int nsample;                  /* Number of rays per detector */
 199   double detlen;                /* Total length of detector array */
 200   double rotlen;                /* Rotation angle length in radians (norm 2PI) */
 201   double det_inc;               /* Increment between centers of detectors */
 202   double rot_inc;               /* Increment in rotation angle between views */
 203   double radius;                /* Radius of rotation.  Distance from */
 204                                 /*   center of phm to center of det */
 205   double phmlen;                /* Maximum Length of phantom or area of interest */
 206   struct {
 207     double xd1,yd1,xd2,yd2;     /* Coordinates of detector endpoints */
 208     double xs1,ys1,xs2,ys2;     /* Coordinates of source endpoints */
 209     double angle;               /* Starting angle */
 210   } init;
 211 };
 212 typedef struct detector_st DETECTOR;
 213
 214 struct raysum_st {
 215   int fd;                       /* Disk file descriptor */
 216   int file_mode;                /* Current file mode (read or write) */
 217   int header_size;              /* Size of disk file header */
 218   int geometry;                 /* Geometry of scanner */
 219   struct detarray_st **view;    /* Pointer to array of detarray_st pointers */
 220
 221   char remark[MAXREMARK+1];     /* description of raysum data */
 222   double calctime;              /* time required to calculate raysums */
 223
 224   int ndet;                     /* number of detectors in array */
 225   int nview;                    /* number of rotated views */
 226   double rot_start;             /* starting view rotation */
 227   double rot_inc;               /* angle between rotations */
 228   double det_start;             /* distance of beginning detector to center */
 229                                 /*    of PHANTOM */
 230   double det_inc;               /* increment between detectors */
 231   double phmlen;                /* Length of PHANTOM edge (phm is square) */
 232 };
 233 typedef struct raysum_st   RAYSUM;
 234
 235 /*----------------------------------------------------------------------*/
 236 /*                              USER SYMBOLS                            */
 237 /*----------------------------------------------------------------------*/
 238
 239 /* Codes for Coordinate Types      */
 240 /* Defines coords for pelm_is_point_inside() */
 241
 242 typedef enum {
 243   PELM_COORD,         /* Normalized Pelm Coordinates */
 244   PHM_COORD           /* User's phantom Coordinates */
 245 } CoordType;
 246
 247 /* Codes for Filter types */
 248
 249 typedef enum {  /* filter types for filter_generate() */
 250   FILTER_BANDLIMIT,
 251   FILTER_SINC,
 252   FILTER_G_HAMMING,
 253   FILTER_COSINE,
 254   FILTER_TRIANGLE,
 255   FILTER_ABS_BANDLIMIT,         /* filter times |x| */
 256   FILTER_ABS_SINC,
 257   FILTER_ABS_G_HAMMING,
 258   FILTER_ABS_COSINE,
 259   FILTER_SHEPP
 260 } FilterType;
 261
 262 /* function domains */
 263
 264 static const char D_FREQ_STR[]=    "freq";
 265 static const char D_SPATIAL_STR[]= "spatial";
 266
 267 typedef enum {
 268   D_FREQ,
 269   D_SPATIAL
 270 } DomainType;
 271
 272 typedef enum {
 273     FUNC_EVEN,    /* function types, f[-n] = f[n] */
 274     FUNC_ODD,     /* f[-n] = -f[n] */
 275     FUNC_BOTH    /* function has both odd & even components */
 276 } FunctionSymmetry;
 277
 278 /* interpolation methods */
 279 typedef enum {     /* Interpolation methods */
 280   I_NEAREST,       /* Nearest neighbor */
 281   I_LINEAR,        /* Linear interpolation */
 282   I_BSPLINE,
 283   I_1BSPLINE,      /* 1st order B-Spline */
 284   I_2BSPLINE,
 285   I_3BSPLINE
 286 } InterpolationType;
 287
 288 /* Constants for sizing PHANTOM */
 289
 290 static const double PERCENT_PHM_SIZE_INCR=0.0;  /* Fractional increase in phantom limits compared to pelm size */
 291 static const int N_EXTRA_DETECTORS=4;           /* Number of extra detectors widths when calculating detlen */
 292
 293 static const char O_TRACE_NONE_STR[]=     "none";
 294 static const char O_TRACE_TEXT_STR[]=     "text";
 295 static const char O_TRACE_PHM_STR[]=      "phm";
 296 static const char O_TRACE_RAYS_STR[]=     "rays";
 297 static const char O_TRACE_PLOT_STR[]=     "plot";
 298 static const char O_TRACE_CLIPPING_STR[]= "clipping";
 299
 300 enum {
 301   TRACE_NONE,           /* No tracing */
 302   TRACE_TEXT,           /* Minimal status */
 303   TRACE_PHM,            /* Show phantom */
 304   TRACE_RAYS,           /* Show all rays */
 305   TRACE_PLOT,           /* Plot raysums */
 306   TRACE_CLIPPING        /* Plot clipping */
 307 };
 308
 309 typedef enum {
 310   O_PHM_HERMAN,               /* Herman head phantom */
 311   O_PHM_ROWLAND,              /* Rowland head phantom */
 312   O_PHM_BROWLAND,             /* Bordered Rowland head phantom */
 313   O_PHM_UNITPULSE             /* Unit pulse phantom */
 314 } PhantomType;
 315
 316 static const char O_PHM_HERMAN_STR[]=    "herman";
 317 static const char O_PHM_ROWLAND_STR[]=   "rowland";
 318 static const char O_PHM_BROWLAND_STR[]=  "browland";
 319 static const char O_PHM_UNITPULSE_STR[]= "unitpulse";
 320
 321 static const char O_INTERP_NEAREST_STR[]=  "nearest";
 322 static const char O_INTERP_LINEAR_STR[]=   "linear";
 323 static const char O_INTERP_BSPLINE_STR[]=  "bspline";
 324
 325 static const char O_FILTER_ABS_BANDLIMIT_STR[]= "abs_bandlimit";
 326 static const char O_FILTER_ABS_SINC_STR[]=      "abs_sinc";
 327 static const char O_FILTER_ABS_COS_STR[]=       "abs_cos";
 328 static const char O_FILTER_ABS_HAMMING_STR[]=   "abs_hamming";
 329 static const char O_FILTER_SHEPP_STR[]=         "shepp";
 330 static const char O_FILTER_BANDLIMIT_STR[]=     "bandlimit";
 331 static const char O_FILTER_SINC_STR[]=          "sinc";
 332 static const char O_FILTER_COS_STR[]=           "cos";
 333 static const char O_FILTER_HAMMING_STR[]=       "hamming";
 334 static const char O_FILTER_TRIANGLE_STR[]=      "triangle";
 335
 336 typedef  enum {
 337   O_BPROJ_TRIG,
 338   O_BPROJ_TABLE,
 339   O_BPROJ_DIFF,
 340   O_BPROJ_DIFF2,
 341   O_BPROJ_IDIFF2
 342 } BackprojType;
 343
 344 static const char O_BPROJ_TRIG_STR[]=     "trig";
 345 static const char O_BPROJ_TABLE_STR[]=    "table";
 346 static const char O_BPROJ_DIFF_STR[]=     "diff";
 347 static const char O_BPROJ_DIFF2_STR[]=    "diff2";
 348 static const char O_BPROJ_IDIFF2_STR[]=   "idiff2";
 349
 350 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_TITLE=1;
 351 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_TITLE2=2;
 352 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_PHANT_ID=4;
 353 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_CHROMATIC=7;
 354 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_SCATTER=8;
 355 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_PHOT_STAT=9;
 356 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_NDET=12;
 357 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_NVIEW=13;
 358 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_SAMPLES=14;
 359 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_CURR_VIEW=17;
 360 const static int RAYSUM_TRACE_ROW_ATTEN=18;
 361
 362
 363 /*************************************************************************
 364  *  FUNCTION DECLARATIONS
 365  ************************************************************************/
 366
 367 void usage (const char *program);
 368
 369 /* From reconstr.c */
 370 IMAGE *image_reconst (IMAGE *im, RAYSUM *rs, const FilterType filt_type, double filt_param, InterpolationType interp_type, int interp_param, const BackprojType backproj_type, int const ir_trace);
 371
 372 /* From bproj.c */
 373 void backproj_init (const RAYSUM *rs, IMAGE *im, const BackprojType bproj_method);
 374 int  backproj_calc (const RAYSUM *rs, IMAGE *im, const double *t, const double view_angle,
 375                     const int interp_type, const int bproj_method);
 376 void backproj_term (const RAYSUM *rs, IMAGE *im, const int bproj_method);
 377
 378 void backproj_init_trig (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 379 int  backproj_calc_trig (const RAYSUM *rs, IMAGE *im, const double *t,
 380                          const double view_angle, const int interp_type);
 381 void backproj_term_trig (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 382 void backproj_init_table (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 383 int  backproj_calc_table (const RAYSUM *rs, IMAGE *im, const double *t,
 384                           const double view_angle, const int interp_type);
 385 void backproj_term_table (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 386 void backproj_init_d (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 387 int  backproj_calc_d (const RAYSUM *rs, IMAGE *im, const double *t,
 388                       const double view_angle, const int interp_type);
 389 void backproj_term_d (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 390 void backproj_init_d2 (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 391 int  backproj_calc_d2 (const RAYSUM *rs, IMAGE *im, const double *t,
 392                        const double view_angle, const int interp_type);
 393 void backproj_term_d2 (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 394 void backproj_init_id (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 395 int  backproj_calc_id (const RAYSUM *rs, IMAGE *im, const double *t,
 396                        const double view_angle, const int interp_type);
 397 void backproj_term_id (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 398 void backproj_init_id2 (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 399 int  backproj_calc_id2 (const RAYSUM *rs, IMAGE *im, const double *t,
 400                         const double view_angle, const int interp_type);
 401 void backproj_term_id2 (const RAYSUM *rs, IMAGE *im);
 402
 403 /* bspline.c */
 404 int bspline(int samples, int zoom_factor, int spline_order, double input[], double output[]);
 405
 406 /* convolve.c */
 407 double convolve(const double f1[], const double f2[], const double dx, const int n, const int np, const FunctionSymmetry func_type);
 408 double convolve_both(const double f1[], const double f2[], const double dx, const int n, const int np);
 409
 410 /* dialogs.c */
 411 int phm_add_pelm_kb(PHANTOM *phm);
 412 PHANTOM *phm_select(void);
 413 int interpolation_select(void);
 414 int filter_select(double *filter_param);
 415
 416 /* filter.c */
 417 double *filter_generate(const FilterType filt_type, double bw, double xmin, double xmax, int n, double param, const DomainType domain, int numint);
 418 double filter_spatial_response_calc(int filt_type, double x, double bw, double param, int n);
 419 double filter_spatial_response_analytic(int filt_type, double x, double bw, double param);
 420 double filter_frequency_response(int filt_type, double u, double bw, double param);
 421 double sinc(double x, double mult);
 422 double integral_abscos(double u, double w);
 423
 424 /* image.c */
 425 IMAGE *image_create(const char *fname, const int nx, const int ny);
 426 int image_clear(IMAGE *im);
 427 int image_save(IMAGE *im);
 428 IMAGE *image_load(const char *fname);
 429 void image_filter_response(IMAGE *im, const DomainType domain, double bw, const FilterType filt_type, double filt_param, const int opt_trace);
 430 int image_display (const IMAGE *im);
 431 int image_display_scale (const IMAGE *im, const int scale, const double pmin, const double pmax);
 432
 433 /* options.c */
 434 int opt_set_trace(const char *optarg);
 435 const char *name_of_phantom(const int phmid);
 436 int opt_set_phantom(const char *optarg);
 437 int opt_set_interpolation(const char *optarg);
 438 const char *name_of_interpolation(int interp_type);
 439 int opt_set_filter(const char *optarg);
 440 const char *name_of_filter(const int filter);
 441 DomainType opt_set_filter_domain(const char *optarg);
 442 const char *name_of_filter_domain(const DomainType domain);
 443 int opt_set_backproj(const char *optarg);
 444 const char *name_of_backproj(const BackprojType backproj);
 445
 446 /* phm.c */
 447 PHANTOM *phm_create(const int phmid);
 448 PHANTOM *phm_create_from_file(const char *fname);
 449 PHANTOM *phm_init(void);
 450 void phm_free (PHANTOM *phm);
 451 int phm_add_pelm_file(PHANTOM *phm, const char *fname);
 452 void phm_add_pelm (PHANTOM *phm, const char *type, const double cx, const double cy,
 453                const double u, const double v, const double rot, const double atten);
 454 int pelm_make_points(PELM *obj);
 455 void pelm_make_xform (PELM *obj);
 456 PELM *pelm_alloc(void);
 457 void calc_arc(double x[], double y[], const int pts, const double xcent, const double ycent,
 458               const double r, const double start, const double stop);
 459 void calc_ellipse(double x[], double y[], const int pts, const double u, const double v);
 460 int circle_pts(double theta);
 461 void phm_print(PHANTOM *phm);
 462 #if HAVE_SGP
 463 void phm_show(const PHANTOM *phm);
 464 void phm_draw(const PHANTOM *phm);
 465 #endif
 466
 467 /* phm2image.c */
 468 void phm_to_image(const PHANTOM *phm, IMAGE *im, const int col_start, const int col_count,
 469                   const int nsample, const int trace);
 470 int pelm_is_point_inside(PELM *obj, const double x, const double y, const CoordType coord_type);
 471
 472 /* phmstd.c */
 473 void phm_std_herman (PHANTOM *phm);
 474 void phm_std_rowland (PHANTOM *phm);
 475 void phm_std_rowland_bordered (PHANTOM *phm);
 476
 477 /* raycollect.c */
 478 int raysum_collect(RAYSUM *rs, const DETECTOR *det, const PHANTOM *phm, const int start_view, const int trace, const int unit_pulse);
 479 void rayview(const PHANTOM *phm, DETARRAY *darray, const DETECTOR *det, const double xd1, const double yd1, const double xd2, const double yd2, const double xs1, const double ys1, const double xs2, const double ys2, const int unit_pulse);
 480 double phm_ray_attenuation (const PHANTOM *phm, const double x1, const double y1, const double x2, const double y2);
 481 double pelm_ray_attenuation (PELM *pelm, const double x1, const double y1, const double x2, const double y2);
 482 int pelm_clip_line (const PELM *pelm, double *x1, double *y1, double *x2, double *y2);
 483 void raysum_trace_show_param (const char *label, const char *fmt, int row, int color, ...);
 484
 485 /* scanner.c */
 486 DETECTOR *detector_create(const PHANTOM *phm, int geometry, int ndet, int nview, int nsample, const double rot_anglen);
 487 void detector_free(DETECTOR *det);
 488
 489 /* rayio.c */
 490 RAYSUM *raysum_create(const char *fname, const int nview, const int ndet);
 491 RAYSUM *raysum_create_from_det(const char *fname, const DETECTOR *det);
 492 RAYSUM *raysum_open(const char *filename);
 493 void raysum_alloc_views(RAYSUM *rs);
 494 void raysum_free(RAYSUM *rs);
 495 int raysum_is_open(RAYSUM *rs);
 496 int raysum_close(RAYSUM *rs);
 497 int raysum_read_header(RAYSUM *rs);
 498 int raysum_write_header(RAYSUM *rs);
 499 int raysum_read(RAYSUM *rs);
 500 int raysum_write(RAYSUM *rs);
 501 DETARRAY *detarray_alloc(const int n);
 502 void detarray_free(DETARRAY *darray);
 503 int detarray_read(RAYSUM *rs, DETARRAY *darray, const int view_num);
 504 int detarray_write(RAYSUM *rs, const DETARRAY *darray, const int view_num);
 505 int raysum_print(const RAYSUM *rs);
 506
 507 #ifdef __cplusplus
 508 }
 509 #endif /* __cplusplus */
 510
 511 #endif