src/ctrec.cpp

   1 /*****************************************************************************
   2 ** FILE IDENTIFICATION
   3 **
   4 **   Name:          ctrec.cpp
   5 **   Purpose:       Reconstruct an image from projections
   6 **   Programmer:    Kevin Rosenberg
   7 **   Date Started:  Aug 1984
   8 **
   9 **  This is part of the CTSim program
  10 **  Copyright (C) 1983-2000 Kevin Rosenberg
  11 **
  12 **  $Id: ctrec.cpp,v 1.10 2000/06/17 20:12:15 kevin Exp $
  13 **
  14 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
  15 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
  16 **  published by the Free Software Foundation.
  17 **
  18 **  This program is distributed in the hope that it will be useful,
  19 **  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20 **  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  21 **  GNU General Public License for more details.
  22 **
  23 **  You should have received a copy of the GNU General Public License
  24 **  along with this program; if not, write to the Free Software
  25 **  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
  26 ******************************************************************************/
  27
  28 #include "ct.h"
  29 #include "timer.h"
  30
  31
  32 enum {O_INTERP, O_FILTER, O_FILTER_PARAM, O_BACKPROJ, O_VERBOSE, O_TRACE, O_HELP, O_DEBUG, O_VERSION};
  33
  34 static struct option my_options[] =
  35 {
  36   {"interp", 1, 0, O_INTERP},
  37   {"filter", 1, 0, O_FILTER},
  38   {"filter-param", 1, 0, O_FILTER_PARAM},
  39   {"backproj", 1, 0, O_BACKPROJ},
  40   {"trace", 1, 0, O_TRACE},
  41   {"debug", 0, 0, O_DEBUG},
  42   {"verbose", 0, 0, O_VERBOSE},
  43   {"help", 0, 0, O_HELP},
  44   {"version", 0, 0, O_VERSION},
  45   {0, 0, 0, 0}
  46 };
  47
  48
  49 void
  50 ctrec_usage (const char *program)
  51 {
  52   cout << "usage: " << fileBasename(program) << " raysum-file image-file nx-image ny-image [OPTIONS]" << endl;
  53   cout << "Image reconstruction from raysum projections" << endl;
  54   cout << endl;
  55   cout << "   raysum-file     Input raysum file" << endl;
  56   cout << "   image-file      Output image file in SDF2D format" << endl;
  57   cout << "   nx-image        Number of columns in output image" << endl;
  58   cout << "   ny-image        Number of rows in output image" << endl;
  59   cout << "   --interp        Interpolation method during backprojection" << endl;
  60   cout << "       nearest     Nearest neighbor interpolation" << endl;
  61   cout << "       linear      Linear interpolation" << endl;
  62 #if HAVE_BSPLINE_INTERP
  63   cout << "       bspline     B-spline interpolation" << endl;
  64 #endif
  65   cout << "    --filter       Filter name" << endl;
  66   cout << "       abs_bandlimit Abs * Bandlimiting (default)" << endl;
  67   cout << "       abs_sinc      Abs * Sinc" << endl;
  68   cout << "       abs_cos       Abs * Cosine" << endl;
  69   cout << "       abs_hamming   Abs * Hamming" << endl;
  70   cout << "       shepp         Shepp-Logan" << endl;
  71   cout << "       bandlimit     Bandlimiting" << endl;
  72   cout << "       sinc          Sinc" << endl;
  73   cout << "       cos           Cosine" << endl;
  74   cout << "       triangle      Triangle" << endl;
  75   cout << "       hamming       Hamming" << endl;
  76   cout << "    --backproj     Backprojection Method" << endl;
  77   cout << "       trig        Trigometric functions at every point" << endl;
  78   cout << "       table       Trigometric functions with precalculated table" << endl;
  79   cout << "       diff        Difference method" << endl;
  80   cout << "       diff2       Optimized difference method (default)" << endl;
  81   cout << "       idiff2      Optimized difference method with integer math" << endl;
  82   cout << "    --filter-param Alpha level for Hamming filter" << endl;
  83   cout << "    --trace        Set tracing to level" << endl;
  84   cout << "         none      No tracing (default)" << endl;
  85   cout << "         text      Text level tracing" << endl;
  86   cout << "         phm       Trace phantom" << endl;
  87   cout << "         rays      Trace allrays" << endl;
  88   cout << "         plot      Trace plotting" << endl;
  89   cout << "         clipping  Trace clipping" << endl;
  90   cout << "    --verbose      Turn on verbose mode" << endl;
  91   cout << "    --debug        Turn on debug mode" << endl;
  92   cout << "    --version      Print version" << endl;
  93   cout << "    --help         Print this help message" << endl;
  94 }
  95
  96
  97 #ifdef HAVE_MPI
  98 static void ScatterProjectionsMPI (MPIWorld& mpiWorld, Projections& projGlobal, Projections& projLocal, const int debug);
  99 static void ReduceImageMPI (MPIWorld& mpiWorld, ImageFile* imLocal, ImageFile* imGlobal);
 100 #endif
 101
 102
 103 int
 104 ctrec_main (int argc, char * argv[])
 105 {
 106   ImageFile *imGlobal = NULL;
 107   Projections projGlobal;
 108   char *pj_name, *im_filename = NULL;
 109   string remark;
 110   char filt_name[80];
 111   char *endptr;
 112   int opt_verbose = 0;
 113   int opt_debug = 0;
 114   int opt_trace = TRACE_NONE;
 115   double opt_filter_param = 1;
 116   FilterType opt_filter = FILTER_ABS_BANDLIMIT;
 117   InterpolationType opt_interp = I_LINEAR;
 118   int opt_interp_param = 1;
 119   BackprojType opt_backproj = O_BPROJ_DIFF2;
 120   int nx, ny;
 121 #ifdef HAVE_MPI
 122   ImageFile *imLocal;
 123   int mpi_nview, mpi_ndet;
 124   double mpi_detinc, mpi_rotinc, mpi_phmlen;
 125   MPIWorld mpiWorld (argc, argv);
 126 #endif
 127
 128   Timer timerProgram;
 129
 130 #ifdef HAVE_MPI
 131   if (mpiWorld.getRank() == 0) {
 132 #endif
 133     while (1) {
 134       int c = getopt_long(argc, argv, "", my_options, NULL);
 135       char *endptr = NULL;
 136
 137       if (c == -1)
 138         break;
 139
 140       switch (c)
 141         {
 142         case O_INTERP:
 143           if ((opt_interp = opt_set_interpolation(optarg)) < 0) {
 144             ctrec_usage(argv[0]);
 145             return (1);
 146           }
 147           break;
 148         case O_FILTER:
 149           if ((opt_filter = opt_set_filter(optarg)) < 0) {
 150             ctrec_usage(argv[0]);
 151             return (1);
 152           }
 153           break;
 154         case O_BACKPROJ:
 155           if ((opt_backproj = opt_set_backproj(optarg)) < 0) {
 156               ctrec_usage(argv[0]);
 157               return (1);
 158           }
 159           break;
 160         case O_FILTER_PARAM:
 161           opt_filter_param = strtod(optarg, &endptr);
 162           if (endptr != optarg + strlen(optarg)) {
 163             ctrec_usage(argv[0]);
 164           }
 165           break;
 166         case O_VERBOSE:
 167           opt_verbose = 1;
 168           break;
 169         case O_DEBUG:
 170           opt_debug = 1;
 171           break;
 172         case O_TRACE:
 173           if ((opt_trace = opt_set_trace(optarg)) < 0) {
 174             ctrec_usage(argv[0]);
 175             return (1);
 176           }
 177           break;
 178         case O_VERSION:
 179 #ifdef VERSION
 180         cout <<  "Version " <<  VERSION << endl;
 181 #else
 182         cout << "Unknown version number" << endl;
 183 #endif
 184           exit(0);
 185         case O_HELP:
 186         case '?':
 187           ctrec_usage(argv[0]);
 188           return (0);
 189         default:
 190           ctrec_usage(argv[0]);
 191           return (1);
 192         }
 193     }
 194
 195     if (optind + 4 != argc) {
 196       ctrec_usage(argv[0]);
 197       return (1);
 198     }
 199
 200     pj_name = argv[optind];
 201
 202     im_filename = argv[optind + 1];
 203
 204     nx = strtol(argv[optind + 2], &endptr, 10);
 205     ny = strtol(argv[optind + 3], &endptr, 10);
 206
 207     if (opt_filter == FILTER_G_HAMMING || opt_filter == FILTER_ABS_G_HAMMING)
 208       snprintf (filt_name, sizeof(filt_name), "%s: alpha = %.2f",
 209                name_of_filter (opt_filter), opt_filter_param);
 210     else
 211       snprintf (filt_name, sizeof(filt_name), "%s", name_of_filter (opt_filter));
 212
 213     ostringstream label;
 214     label << "Reconstruct: " << nx << "x" << ny << ", " << filt_name << ", " << name_of_interpolation (opt_interp) << ", " << name_of_backproj(opt_backproj);
 215     remark = label.str();
 216
 217     if (opt_verbose)
 218       cout << "Remark: " << remark << endl;
 219 #ifdef HAVE_MPI
 220   }
 221 #endif
 222
 223 #ifdef HAVE_MPI
 224   if (mpiWorld.getRank() == 0) {
 225     projGlobal.read (pj_name);
 226     if (opt_verbose)
 227       projGlobal.printScanInfo();
 228
 229     mpi_ndet = projGlobal.nDet();
 230     mpi_nview = projGlobal.nView();
 231     mpi_detinc = projGlobal.detInc();
 232     mpi_phmlen = projGlobal.phmLen();
 233     mpi_rotinc = projGlobal.rotInc();
 234   }
 235
 236   TimerCollectiveMPI timerBcast (mpiWorld.getComm());
 237   mpiWorld.getComm().Bcast (&opt_verbose, 1, MPI::INT, 0);
 238   mpiWorld.getComm().Bcast (&opt_debug, 1, MPI::INT, 0);
 239   mpiWorld.getComm().Bcast (&opt_trace, 1, MPI::INT, 0);
 240   mpiWorld.getComm().Bcast (&opt_filter, 1, MPI::INT, 0);
 241   mpiWorld.getComm().Bcast (&opt_interp, 1, MPI::INT, 0);
 242   mpiWorld.getComm().Bcast (&opt_filter_param, 1, MPI::DOUBLE, 0);
 243   mpiWorld.getComm().Bcast (&opt_interp_param, 1, MPI::INT, 0);
 244   mpiWorld.getComm().Bcast (&opt_backproj, 1, MPI::INT, 0);
 245   mpiWorld.getComm().Bcast (&mpi_ndet, 1, MPI::INT, 0);
 246   mpiWorld.getComm().Bcast (&mpi_nview, 1, MPI::INT, 0);
 247   mpiWorld.getComm().Bcast (&mpi_detinc, 1, MPI::DOUBLE, 0);
 248   mpiWorld.getComm().Bcast (&mpi_phmlen, 1, MPI::DOUBLE, 0);
 249   mpiWorld.getComm().Bcast (&mpi_rotinc, 1, MPI::DOUBLE, 0);
 250   mpiWorld.getComm().Bcast (&nx, 1, MPI::INT, 0);
 251   mpiWorld.getComm().Bcast (&ny, 1, MPI::INT, 0);
 252   if (opt_verbose)
 253       timerBcast.timerEndAndReport ("Time to broadcast variables");
 254
 255   mpiWorld.setTotalWorkUnits (mpi_nview);
 256
 257   Projections projLocal (mpiWorld.getMyLocalWorkUnits(), mpi_ndet);
 258   projLocal.setDetInc (mpi_detinc);
 259   projLocal.setPhmLen (mpi_phmlen);
 260   projLocal.setRotInc (mpi_rotinc);
 261
 262   TimerCollectiveMPI timerScatter (mpiWorld.getComm());
 263   ScatterProjectionsMPI (mpiWorld, projGlobal, projLocal, opt_debug);
 264   if (opt_verbose)
 265       timerScatter.timerEndAndReport ("Time to scatter projections");
 266
 267   if (mpiWorld.getRank() == 0) {
 268     imGlobal = new ImageFile (im_filename, nx, ny);
 269     imGlobal->fileCreate();
 270   }
 271
 272   imLocal = new ImageFile (nx, ny);
 273 #else
 274   projGlobal.read (pj_name);
 275   if (opt_verbose)
 276     projGlobal.printScanInfo();
 277
 278   imGlobal = new ImageFile (im_filename, nx, ny);
 279   imGlobal->fileCreate();
 280 #endif
 281
 282 #ifdef HAVE_MPI
 283   TimerCollectiveMPI timerReconstruct (mpiWorld.getComm());
 284   proj_reconst (*imLocal, projLocal, opt_filter, opt_filter_param, opt_interp, opt_interp_param, opt_backproj, opt_trace);
 285   if (opt_verbose)
 286       timerReconstruct.timerEndAndReport ("Time to reconstruct");
 287
 288   TimerCollectiveMPI timerReduce (mpiWorld.getComm());
 289   ReduceImageMPI (mpiWorld, imLocal, imGlobal);
 290   if (opt_verbose)
 291       timerReduce.timerEndAndReport ("Time to reduce image");
 292 #else
 293   proj_reconst (*imGlobal, projGlobal, opt_filter, opt_filter_param, opt_interp, opt_interp_param, opt_backproj, opt_trace);
 294 #endif
 295
 296 #ifdef HAVE_MPI
 297   if (mpiWorld.getRank() == 0)
 298 #endif
 299     {
 300       double calcTime = timerProgram.timerEnd();
 301       imGlobal->arrayDataWrite ();
 302       imGlobal->labelAdd (Array2dFileLabel::L_HISTORY, projGlobal.remark(), projGlobal.calcTime());
 303       imGlobal->labelAdd (Array2dFileLabel::L_HISTORY, remark.c_str(), calcTime);
 304       imGlobal->fileClose ();
 305       if (opt_verbose)
 306         cout << "Run time: " << calcTime << " seconds" << endl;
 307     }
 308 #ifdef HAVE_MPI
 309   MPI::Finalize();
 310 #endif
 311
 312   return (0);
 313 }
 314
 315
 316 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 317 // MPI Support Routines
 318 //
 319 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 320
 321 #ifdef HAVE_MPI
 322 static void ScatterProjectionsMPI (MPIWorld& mpiWorld, Projections& projGlobal, Projections& projLocal, const int opt_debug)
 323 {
 324   if (mpiWorld.getRank() == 0) {
 325     for (int iProc = 0; iProc < mpiWorld.getNumProcessors(); iProc++) {
 326       for (int iw = mpiWorld.getStartWorkUnit(iProc); iw <= mpiWorld.getEndWorkUnit(iProc); iw++) {
 327         DetectorArray& detarray = projGlobal.getDetectorArray( iw );
 328         int nDet = detarray.nDet();
 329         DetectorValue* detval = detarray.detValues();
 330
 331         double viewAngle = detarray.viewAngle();
 332         mpiWorld.getComm().Send(&nDet, 1, MPI::INT, iProc, 0);
 333         mpiWorld.getComm().Send(&viewAngle, 1, MPI::DOUBLE, iProc, 0);
 334         mpiWorld.getComm().Send(detval, nDet, MPI::FLOAT, iProc, 0);
 335       }
 336     }
 337   }
 338
 339   for (int iw = 0; iw < mpiWorld.getMyLocalWorkUnits(); iw++) {
 340     MPI::Status status;
 341     int nDet;
 342     double viewAngle;
 343     DetectorValue* detval = projLocal.getDetectorArray(iw).detValues();
 344
 345     mpiWorld.getComm().Recv(&nDet, 1, MPI::INT, 0, 0, status);
 346     mpiWorld.getComm().Recv(&viewAngle, 1, MPI::DOUBLE, 0, 0, status);
 347     mpiWorld.getComm().Recv(detval, nDet, MPI::FLOAT, 0, 0, status);
 348     projLocal.getDetectorArray(iw).setViewAngle( viewAngle );
 349   }
 350 }
 351
 352 static void
 353 ReduceImageMPI (MPIWorld& mpiWorld, ImageFile* imLocal, ImageFile* imGlobal)
 354 {
 355   ImageFileArray vLocal = imLocal->getArray();
 356
 357   for (int ix = 0; ix < imLocal->nx(); ix++) {
 358     void *recvbuf = NULL;
 359     if (mpiWorld.getRank() == 0) {
 360       ImageFileArray vGlobal = imGlobal->getArray();
 361       recvbuf = vGlobal[ix];
 362     }
 363     mpiWorld.getComm().Reduce (vLocal[ix], recvbuf, imLocal->ny(), imLocal->getMPIDataType(), MPI::SUM, 0);
 364   }
 365 }
 366
 367 #endif
 368
 369
 370 #ifndef NO_MAIN
 371 int
 372 main (int argc, char* argv[])
 373 {
 374   return (ctrec_main(argc, argv));
 375 }
 376 #endif
 377