src/views.cpp

   1 /*****************************************************************************
   2 ** FILE IDENTIFICATION
   3 **
   4 **   Name:          view.cpp
   5 **   Purpose:       View & Canvas routines for CTSim program
   6 **   Programmer:    Kevin Rosenberg
   7 **   Date Started:  July 2000
   8 **
   9 **  This is part of the CTSim program
  10 **  Copyright (C) 1983-2000 Kevin Rosenberg
  11 **
  12 **  $Id: views.cpp,v 1.74 2001/01/26 21:33:06 kevin Exp $
  13 **
  14 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
  15 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
  16 **  published by the Free Software Foundation.
  17 **
  18 **  This program is distributed in the hope that it will be useful,
  19 **  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20 **  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  21 **  GNU General Public License for more details.
  22 **
  23 **  You should have received a copy of the GNU General Public License
  24 **  along with this program; if not, write to the Free Software
  25 **  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
  26 ******************************************************************************/
  27
  28 // For compilers that support precompilation, includes "wx/wx.h".
  29 #include "wx/wxprec.h"
  30
  31 #ifdef __BORLANDC__
  32 #pragma hdrstop
  33 #endif
  34
  35 #ifndef WX_PRECOMP
  36 #include "wx/wx.h"
  37 #endif
  38
  39 #if !wxUSE_DOC_VIEW_ARCHITECTURE
  40 #error You must set wxUSE_DOC_VIEW_ARCHITECTURE to 1 in setup.h!
  41 #endif
  42
  43 #include "wx/image.h"
  44 #include "wx/progdlg.h"
  45
  46 #include "ct.h"
  47 #include "ctsim.h"
  48 #include "docs.h"
  49 #include "views.h"
  50 #include "dialogs.h"
  51 #include "dlgprojections.h"
  52 #include "dlgreconstruct.h"
  53 #include "backprojectors.h"
  54 #include "reconstruct.h"
  55 #include "timer.h"
  56
  57 #if defined(MSVC) || HAVE_SSTREAM
  58 #include <sstream>
  59 #else
  60 #include <sstream_subst>
  61 #endif
  62
  63
  64 // ImageFileCanvas
  65
  66 BEGIN_EVENT_TABLE(ImageFileCanvas, wxScrolledWindow)
  67 EVT_MOUSE_EVENTS(ImageFileCanvas::OnMouseEvent)
  68 END_EVENT_TABLE()
  69
  70
  71 ImageFileCanvas::ImageFileCanvas (ImageFileView* v, wxFrame *frame, const wxPoint& pos, const wxSize& size, const long style)
  72 : wxScrolledWindow(frame, -1, pos, size, style)
  73 {
  74   m_pView = v;
  75   m_xCursor = -1;
  76   m_yCursor = -1;
  77 }
  78
  79 ImageFileCanvas::~ImageFileCanvas()
  80 {
  81   if (m_pView) {
  82     wxMenu* pMenu = m_pView->getFileMenu();
  83     theApp->getDocManager()->FileHistoryRemoveMenu (pMenu);
  84     m_pView->canvasClosed();
  85     m_pView = NULL;
  86   }
  87 }
  88
  89 void
  90 ImageFileCanvas::OnDraw(wxDC& dc)
  91 {
  92   if (m_pView)
  93     m_pView->OnDraw(& dc);
  94 }
  95
  96 void
  97 ImageFileCanvas::DrawRubberBandCursor (wxDC& dc, int x, int y)
  98 {
  99   const ImageFile& rIF = m_pView->GetDocument()->getImageFile();
 100   int nx = rIF.nx();
 101   int ny = rIF.ny();
 102
 103   int yPt = ny - y - 1;
 104   dc.SetLogicalFunction (wxINVERT);
 105   dc.SetPen (*wxGREEN_PEN);
 106   dc.DrawLine (0, yPt, nx, yPt);
 107   dc.DrawLine (x, 0, x, ny);
 108   dc.SetLogicalFunction (wxCOPY);
 109 }
 110
 111 bool
 112 ImageFileCanvas::GetCurrentCursor (int& x, int& y)
 113 {
 114   x = m_xCursor;
 115   y = m_yCursor;
 116
 117   if (m_xCursor >= 0 && m_yCursor >= 0)
 118     return true;
 119   else
 120     return false;
 121 }
 122
 123 void
 124 ImageFileCanvas::OnMouseEvent(wxMouseEvent& event)
 125 {
 126   if (! m_pView)
 127     return;
 128
 129   wxClientDC dc(this);
 130   PrepareDC(dc);
 131
 132   wxPoint pt(event.GetLogicalPosition(dc));
 133
 134   const ImageFileDocument* pIFDoc = m_pView->GetDocument();
 135   if (! pIFDoc)
 136     return;
 137   const ImageFile& rIF = pIFDoc->getImageFile();
 138   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
 139   int nx = rIF.nx();
 140   int ny = rIF.ny();
 141   const int yPt = ny - 1 - pt.y;
 142   if (event.RightIsDown()) {
 143     if (pt.x >= 0 && pt.x < nx && pt.y >= 0 && pt.y < ny) {
 144       std::ostringstream os;
 145       os << "Image value (" << pt.x << "," << yPt << ") = " << v[pt.x][yPt];
 146       if (rIF.isComplex()) {
 147         double dImag = rIF.getImaginaryArray()[pt.x][yPt];
 148         if (dImag < 0)
 149           os << " - " << -dImag;
 150         else
 151           os << " + " << dImag;
 152         os << "i\n";
 153       } else
 154         os << "\n";
 155       *theApp->getLog() << os.str().c_str();
 156     } else
 157       *theApp->getLog() << "Mouse out of image range (" << pt.x << "," << yPt << ")\n";
 158   }
 159   else if (event.LeftIsDown() || event.LeftUp() || event.RightUp()) {
 160     if (pt.x >= 0 && pt.x < nx && pt.y >= 0 && pt.y < ny) {
 161       if (m_xCursor >= 0 && m_yCursor >= 0) {
 162         DrawRubberBandCursor (dc, m_xCursor, m_yCursor);
 163       }
 164       DrawRubberBandCursor (dc, pt.x, yPt);
 165       m_xCursor = pt.x;
 166       m_yCursor = yPt;
 167     } else
 168       *theApp->getLog() << "Mouse out of image range (" << pt.x << "," << yPt << ")\n";
 169   }
 170   if (event.LeftUp()) {
 171     std::ostringstream os;
 172     os << "Selected column " << pt.x << " , row " << yPt << "\n";
 173     *theApp->getLog() << os.str().c_str();
 174   }
 175 }
 176
 177 wxSize
 178 ImageFileCanvas::GetBestSize() const
 179 {
 180   if (! m_pView)
 181     return wxSize(0,0);
 182
 183   const ImageFile& rIF = m_pView->GetDocument()->getImageFile();
 184   return wxSize (rIF.nx(), rIF.ny());
 185 }
 186
 187
 188 // ImageFileView
 189
 190 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(ImageFileView, wxView)
 191
 192 BEGIN_EVENT_TABLE(ImageFileView, wxView)
 193 EVT_MENU(IFMENU_FILE_EXPORT, ImageFileView::OnExport)
 194 EVT_MENU(IFMENU_FILE_PROPERTIES, ImageFileView::OnProperties)
 195 EVT_MENU(IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, ImageFileView::OnScaleMinMax)
 196 EVT_MENU(IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO, ImageFileView::OnScaleAuto)
 197 EVT_MENU(IFMENU_VIEW_SCALE_FULL, ImageFileView::OnScaleFull)
 198 EVT_MENU(IFMENU_COMPARE_IMAGES, ImageFileView::OnCompare)
 199 EVT_MENU(IFMENU_COMPARE_ROW, ImageFileView::OnCompareRow)
 200 EVT_MENU(IFMENU_COMPARE_COL, ImageFileView::OnCompareCol)
 201 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_INVERTVALUES, ImageFileView::OnInvertValues)
 202 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_SQUARE, ImageFileView::OnSquare)
 203 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_SQRT, ImageFileView::OnSquareRoot)
 204 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_LOG, ImageFileView::OnLog)
 205 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_EXP, ImageFileView::OnExp)
 206 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_FOURIER, ImageFileView::OnFourier)
 207 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, ImageFileView::OnInverseFourier)
 208 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_SHUFFLEFOURIERTONATURALORDER, ImageFileView::OnShuffleFourierToNaturalOrder)
 209 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_SHUFFLENATURALTOFOURIERORDER, ImageFileView::OnShuffleNaturalToFourierOrder)
 210 EVT_MENU(IFMENU_IMAGE_ADD, ImageFileView::OnAdd)
 211 EVT_MENU(IFMENU_IMAGE_SUBTRACT, ImageFileView::OnSubtract)
 212 EVT_MENU(IFMENU_IMAGE_MULTIPLY, ImageFileView::OnMultiply)
 213 EVT_MENU(IFMENU_IMAGE_DIVIDE, ImageFileView::OnDivide)
 214 EVT_MENU(IFMENU_IMAGE_SCALESIZE, ImageFileView::OnScaleSize)
 215 #ifdef HAVE_FFT
 216 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_FFT, ImageFileView::OnFFT)
 217 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_IFFT, ImageFileView::OnIFFT)
 218 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_FFT_ROWS, ImageFileView::OnFFTRows)
 219 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_IFFT_ROWS, ImageFileView::OnIFFTRows)
 220 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_FFT_COLS, ImageFileView::OnFFTCols)
 221 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_IFFT_COLS, ImageFileView::OnIFFTCols)
 222 #endif
 223 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_MAGNITUDE, ImageFileView::OnMagnitude)
 224 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_PHASE, ImageFileView::OnPhase)
 225 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_ROW, ImageFileView::OnPlotRow)
 226 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_COL, ImageFileView::OnPlotCol)
 227 #ifdef HAVE_FFT
 228 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_FFT_ROW, ImageFileView::OnPlotFFTRow)
 229 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_FFT_COL, ImageFileView::OnPlotFFTCol)
 230 #endif
 231 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_HISTOGRAM, ImageFileView::OnPlotHistogram)
 232 END_EVENT_TABLE()
 233
 234 ImageFileView::ImageFileView()
 235 : wxView(), m_canvas(NULL), m_frame(NULL), m_bMinSpecified(false), m_bMaxSpecified(false), m_pFileMenu(0)
 236 {
 237   m_iDefaultExportFormatID = ImageFile::FORMAT_PNG;
 238 }
 239
 240 ImageFileView::~ImageFileView()
 241 {
 242
 243 }
 244
 245 void
 246 ImageFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
 247 {
 248   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 249   if (rIF.nx() == 0 || rIF.ny() == 0)
 250     *theApp->getLog() << "Properties: empty imagefile\n";
 251   else {
 252     const std::string& rFilename = rIF.getFilename();
 253     std::ostringstream os;
 254     double min, max, mean, mode, median, stddev;
 255     rIF.statistics (rIF.getArray(), min, max, mean, mode, median, stddev);
 256     os << "Filename: " << rFilename << "\n";
 257     os << "Size: (" << rIF.nx() << "," << rIF.ny() << ")\n";
 258     os << "Data type: ";
 259     if (rIF.isComplex())
 260       os << "Complex\n";
 261     else
 262       os << "Real\n";
 263     os << "\nMinimum: "<<min<<"\nMaximum: "<<max<<"\nMean: "<<mean<<"\nMedian: "<<median<<"\nMode: "<<mode<<"\nStandard Deviation: "<<stddev << "\n";
 264     if (rIF.isComplex()) {
 265       rIF.statistics (rIF.getImaginaryArray(), min, max, mean, mode, median, stddev);
 266       os << "\nImaginary: min: "<<min<<"\nmax: "<<max<<"\nmean: "<<mean<<"\nmedian: "<<median<<"\nmode: "<<mode<<"\nstddev: "<<stddev << "\n";
 267     }
 268     if (rIF.nLabels() > 0) {
 269       os << "\n";
 270       rIF.printLabelsBrief (os);
 271     }
 272     *theApp->getLog() << os.str().c_str();
 273     wxMessageDialog dialogMsg (getFrameForChild(), os.str().c_str(), "Imagefile Properties", wxOK | wxICON_INFORMATION);
 274     dialogMsg.ShowModal();
 275   }
 276 }
 277
 278 void
 279 ImageFileView::OnScaleAuto (wxCommandEvent& event)
 280 {
 281   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 282   double min, max, mean, mode, median, stddev;
 283   rIF.statistics(min, max, mean, mode, median, stddev);
 284   DialogAutoScaleParameters dialogAutoScale (getFrameForChild(), mean, mode, median, stddev, m_dAutoScaleFactor);
 285   int iRetVal = dialogAutoScale.ShowModal();
 286   if (iRetVal == wxID_OK) {
 287     m_bMinSpecified = true;
 288     m_bMaxSpecified = true;
 289     double dMin, dMax;
 290     if (dialogAutoScale.getMinMax (&dMin, &dMax)) {
 291       m_dMinPixel = dMin;
 292       m_dMaxPixel = dMax;
 293       m_dAutoScaleFactor = dialogAutoScale.getAutoScaleFactor();
 294       OnUpdate (this, NULL);
 295     }
 296   }
 297 }
 298
 299 void
 300 ImageFileView::OnScaleMinMax (wxCommandEvent& event)
 301 {
 302   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 303   double min, max;
 304   if (! m_bMinSpecified && ! m_bMaxSpecified)
 305     rIF.getMinMax (min, max);
 306
 307   if (m_bMinSpecified)
 308     min = m_dMinPixel;
 309   if (m_bMaxSpecified)
 310     max = m_dMaxPixel;
 311
 312   DialogGetMinMax dialogMinMax (getFrameForChild(), "Set Image Minimum & Maximum", min, max);
 313   int retVal = dialogMinMax.ShowModal();
 314   if (retVal == wxID_OK) {
 315     m_bMinSpecified = true;
 316     m_bMaxSpecified = true;
 317     m_dMinPixel = dialogMinMax.getMinimum();
 318     m_dMaxPixel = dialogMinMax.getMaximum();
 319     OnUpdate (this, NULL);
 320   }
 321 }
 322
 323 void
 324 ImageFileView::OnScaleFull (wxCommandEvent& event)
 325 {
 326   if (m_bMinSpecified || m_bMaxSpecified) {
 327     m_bMinSpecified = false;
 328     m_bMaxSpecified = false;
 329     OnUpdate (this, NULL);
 330   }
 331 }
 332
 333 void
 334 ImageFileView::OnCompare (wxCommandEvent& event)
 335 {
 336   std::vector<ImageFileDocument*> vecIF;
 337   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIF);
 338
 339   if (vecIF.size() == 0) {
 340     wxMessageBox("There are no compatible image files open for comparision", "No comparison images");
 341   } else {
 342     DialogGetComparisonImage dialogGetCompare(getFrameForChild(), "Get Comparison Image", vecIF, true);
 343
 344     if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
 345       const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 346       ImageFileDocument* pCompareDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
 347       const ImageFile& rCompareIF = pCompareDoc->getImageFile();
 348       std::ostringstream os;
 349       double min, max, mean, mode, median, stddev;
 350       rIF.statistics (min, max, mean, mode, median, stddev);
 351       os << GetFrame()->GetTitle().c_str() << ": minimum=" << min << ", maximum=" << max << ", mean=" << mean << ", mode=" << mode << ", median=" << median << ", stddev=" << stddev << "\n";
 352       rCompareIF.statistics (min, max, mean, mode, median, stddev);
 353       os << pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << ": minimum=" << min << ", maximum=" << max << ", mean=" << mean << ", mode=" << mode << ", median=" << median << ", stddev=" << stddev << "\n";
 354       os << "\n";
 355       double d, r, e;
 356       rIF.comparativeStatistics (rCompareIF, d, r, e);
 357       os << "Comparative Statistics: d=" << d << ", r=" << r << ", e=" << e << "\n";
 358       *theApp->getLog() << os.str().c_str();
 359       if (dialogGetCompare.getMakeDifferenceImage()) {
 360         ImageFileDocument* pDifferenceDoc = theApp->newImageDoc();
 361         if (! pDifferenceDoc) {
 362           sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
 363           return;
 364         }
 365         ImageFile& differenceImage = pDifferenceDoc->getImageFile();
 366
 367         differenceImage.setArraySize (rIF.nx(), rIF.ny());
 368         if (! rIF.subtractImages (rCompareIF, differenceImage)) {
 369           pDifferenceDoc->DeleteAllViews();
 370           return;
 371         }
 372
 373         wxString s = GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 374         differenceImage.labelsCopy (rIF, s.c_str());
 375         s = pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 376         differenceImage.labelsCopy (rCompareIF, s.c_str());
 377         std::ostringstream osLabel;
 378         osLabel << "Compare image " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str()
 379           << " and " << pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << ": "
 380           << os.str().c_str();
 381         differenceImage.labelAdd (os.str().c_str());
 382         if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 383           pDifferenceDoc->Modify(true);
 384         pDifferenceDoc->UpdateAllViews(this);
 385         pDifferenceDoc->GetFirstView()->OnUpdate (this, NULL);
 386       }
 387       wxMessageBox(os.str().c_str(), "Image Comparison");
 388     }
 389   }
 390 }
 391
 392 void
 393 ImageFileView::OnInvertValues (wxCommandEvent& event)
 394 {
 395   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 396   rIF.invertPixelValues (rIF);
 397   rIF.labelAdd ("Invert Pixel Values");
 398   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 399     GetDocument()->Modify(TRUE);
 400   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 401 }
 402
 403 void
 404 ImageFileView::OnSquare (wxCommandEvent& event)
 405 {
 406   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 407   rIF.square (rIF);
 408   rIF.labelAdd ("Square Pixel Values");
 409   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 410     GetDocument()->Modify(TRUE);
 411   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 412 }
 413
 414 void
 415 ImageFileView::OnSquareRoot (wxCommandEvent& event)
 416 {
 417   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 418   rIF.sqrt (rIF);
 419   rIF.labelAdd ("Square-root Pixel Values");
 420   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 421     GetDocument()->Modify(TRUE);
 422   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 423 }
 424
 425 void
 426 ImageFileView::OnLog (wxCommandEvent& event)
 427 {
 428   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 429   rIF.log (rIF);
 430   rIF.labelAdd ("Logrithm base-e Pixel Values");
 431   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 432     GetDocument()->Modify(TRUE);
 433   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 434 }
 435
 436 void
 437 ImageFileView::OnExp (wxCommandEvent& event)
 438 {
 439   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 440   rIF.exp (rIF);
 441   rIF.labelAdd ("Exponent base-e Pixel Values");
 442   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 443     GetDocument()->Modify(TRUE);
 444   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 445 }
 446
 447 void
 448 ImageFileView::OnAdd (wxCommandEvent& event)
 449 {
 450   std::vector<ImageFileDocument*> vecIF;
 451   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIF);
 452
 453   if (vecIF.size() == 0) {
 454     wxMessageBox ("There are no compatible image files open for comparision", "No comparison images");
 455   } else {
 456     DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Image to Add", vecIF, false);
 457
 458     if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
 459       ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 460       ImageFileDocument* pRHSDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
 461       const ImageFile& rRHSIF = pRHSDoc->getImageFile();
 462       ImageFileDocument* pNewDoc = theApp->newImageDoc();
 463       if (! pNewDoc) {
 464         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
 465         return;
 466       }
 467       ImageFile& newImage = pNewDoc->getImageFile();
 468       newImage.setArraySize (rIF.nx(), rIF.ny());
 469       rIF.addImages (rRHSIF, newImage);
 470       std::ostringstream os;
 471       os << "Add image " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " and "
 472         << pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
 473       wxString s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 474       newImage.labelsCopy (rIF, s.c_str());
 475       s = pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 476       newImage.labelsCopy (rRHSIF, s.c_str());
 477       newImage.labelAdd (os.str().c_str());
 478       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
 479       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 480         pNewDoc->Modify(TRUE);
 481       pNewDoc->UpdateAllViews(this);
 482       pNewDoc->GetFirstView()->OnUpdate (this, NULL);
 483     }
 484   }
 485 }
 486
 487 void
 488 ImageFileView::OnSubtract (wxCommandEvent& event)
 489 {
 490   std::vector<ImageFileDocument*> vecIF;
 491   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIF);
 492
 493   if (vecIF.size() == 0) {
 494     wxMessageBox ("There are no compatible image files open for comparision", "No comparison images");
 495   } else {
 496     DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Image to Subtract", vecIF, false);
 497
 498     if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
 499       ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 500       ImageFileDocument* pRHSDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
 501       const ImageFile& rRHSIF = pRHSDoc->getImageFile();
 502       ImageFileDocument* pNewDoc = theApp->newImageDoc();
 503       if (! pNewDoc) {
 504         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
 505         return;
 506       }
 507       ImageFile& newImage = pNewDoc->getImageFile();
 508       newImage.setArraySize (rIF.nx(), rIF.ny());
 509       rIF.subtractImages (rRHSIF, newImage);
 510       std::ostringstream os;
 511       os << "Subtract image " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " and "
 512         << pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
 513       wxString s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 514       newImage.labelsCopy (rIF, s.c_str());
 515       s = pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 516       newImage.labelsCopy (rRHSIF, s.c_str());
 517       newImage.labelAdd (os.str().c_str());
 518       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
 519       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 520         pNewDoc->Modify(TRUE);
 521       pNewDoc->UpdateAllViews(this);
 522       pNewDoc->GetFirstView()->OnUpdate (this, NULL);
 523     }
 524   }
 525 }
 526
 527 void
 528 ImageFileView::OnMultiply (wxCommandEvent& event)
 529 {
 530   std::vector<ImageFileDocument*> vecIF;
 531   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIF);
 532
 533   if (vecIF.size() == 0) {
 534     wxMessageBox ("There are no compatible image files open for comparision", "No comparison images");
 535   } else {
 536     DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Image to Multiply", vecIF, false);
 537
 538     if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
 539       ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 540       ImageFileDocument* pRHSDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
 541       const ImageFile& rRHSIF = pRHSDoc->getImageFile();
 542       ImageFileDocument* pNewDoc = theApp->newImageDoc();
 543       if (! pNewDoc) {
 544         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
 545         return;
 546       }
 547       ImageFile& newImage = pNewDoc->getImageFile();
 548       newImage.setArraySize (rIF.nx(), rIF.ny());
 549       rIF.multiplyImages (rRHSIF, newImage);
 550       std::ostringstream os;
 551       os << "Multiply image " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " and "
 552         << pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
 553       wxString s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 554       newImage.labelsCopy (rIF, s.c_str());
 555       s = pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 556       newImage.labelsCopy (rRHSIF, s.c_str());
 557       newImage.labelAdd (os.str().c_str());
 558       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
 559       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 560         pNewDoc->Modify(TRUE);
 561       pNewDoc->UpdateAllViews(this);
 562       pNewDoc->GetFirstView()->OnUpdate (this, NULL);
 563     }
 564   }
 565 }
 566
 567 void
 568 ImageFileView::OnDivide (wxCommandEvent& event)
 569 {
 570   std::vector<ImageFileDocument*> vecIF;
 571   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIF);
 572
 573   if (vecIF.size() == 0) {
 574     wxMessageBox ("There are no compatible image files open for comparision", "No comparison images");
 575   } else {
 576     DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Image to Divide", vecIF, false);
 577
 578     if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
 579       ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 580       ImageFileDocument* pRHSDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
 581       const ImageFile& rRHSIF = pRHSDoc->getImageFile();
 582       ImageFileDocument* pNewDoc = theApp->newImageDoc();
 583       if (! pNewDoc) {
 584         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
 585         return;
 586       }
 587       ImageFile& newImage = pNewDoc->getImageFile();
 588       newImage.setArraySize (rIF.nx(), rIF.ny());
 589       rIF.divideImages (rRHSIF, newImage);
 590       std::ostringstream os;
 591       os << "Divide image " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " by "
 592         << pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
 593       wxString s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 594       newImage.labelsCopy (rIF, s.c_str());
 595       s = pRHSDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
 596       newImage.labelsCopy (rRHSIF, s.c_str());
 597       newImage.labelAdd (os.str().c_str());
 598       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
 599       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 600         pNewDoc->Modify(TRUE);
 601       pNewDoc->UpdateAllViews(this);
 602       pNewDoc->GetFirstView()->OnUpdate (this, NULL);
 603     }
 604   }
 605 }
 606
 607
 608 #ifdef HAVE_FFT
 609 void
 610 ImageFileView::OnFFT (wxCommandEvent& event)
 611 {
 612   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 613   rIF.fft (rIF);
 614   rIF.labelAdd ("FFT Image");
 615   m_bMinSpecified = false;
 616   m_bMaxSpecified = false;
 617   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 618     GetDocument()->Modify(TRUE);
 619   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 620 }
 621
 622 void
 623 ImageFileView::OnIFFT (wxCommandEvent& event)
 624 {
 625   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 626   rIF.ifft (rIF);
 627   rIF.labelAdd ("IFFT Image");
 628   m_bMinSpecified = false;
 629   m_bMaxSpecified = false;
 630   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 631     GetDocument()->Modify(TRUE);
 632   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 633 }
 634
 635 void
 636 ImageFileView::OnFFTRows (wxCommandEvent& event)
 637 {
 638   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 639   rIF.fftRows (rIF);
 640   rIF.labelAdd ("FFT Rows");
 641   m_bMinSpecified = false;
 642   m_bMaxSpecified = false;
 643   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 644     GetDocument()->Modify(TRUE);
 645   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 646 }
 647
 648 void
 649 ImageFileView::OnIFFTRows (wxCommandEvent& event)
 650 {
 651   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 652   rIF.ifftRows (rIF);
 653   rIF.labelAdd ("IFFT Rows");
 654   m_bMinSpecified = false;
 655   m_bMaxSpecified = false;
 656   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 657     GetDocument()->Modify(TRUE);
 658   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 659 }
 660
 661 void
 662 ImageFileView::OnFFTCols (wxCommandEvent& event)
 663 {
 664   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 665   rIF.fftCols (rIF);
 666   rIF.labelAdd ("FFT Columns");
 667   m_bMinSpecified = false;
 668   m_bMaxSpecified = false;
 669   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 670     GetDocument()->Modify(TRUE);
 671   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 672 }
 673
 674 void
 675 ImageFileView::OnIFFTCols (wxCommandEvent& event)
 676 {
 677   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 678   rIF.ifftCols (rIF);
 679   rIF.labelAdd ("IFFT Columns");
 680   m_bMinSpecified = false;
 681   m_bMaxSpecified = false;
 682   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 683     GetDocument()->Modify(TRUE);
 684   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 685 }
 686 #endif
 687
 688 void
 689 ImageFileView::OnFourier (wxCommandEvent& event)
 690 {
 691   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 692   wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Fourier"), wxString("Fourier Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
 693   rIF.fourier (rIF);
 694   rIF.labelAdd ("Fourier Image");
 695   m_bMinSpecified = false;
 696   m_bMaxSpecified = false;
 697   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 698     GetDocument()->Modify(TRUE);
 699   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 700 }
 701
 702 void
 703 ImageFileView::OnInverseFourier (wxCommandEvent& event)
 704 {
 705   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 706   wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Inverse Fourier"), wxString("Inverse Fourier Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
 707   rIF.inverseFourier (rIF);
 708   rIF.labelAdd ("Inverse Fourier Image");
 709   m_bMinSpecified = false;
 710   m_bMaxSpecified = false;
 711   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 712     GetDocument()->Modify(TRUE);
 713   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 714 }
 715
 716 void
 717 ImageFileView::OnShuffleNaturalToFourierOrder (wxCommandEvent& event)
 718 {
 719   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 720   Fourier::shuffleNaturalToFourierOrder (rIF);
 721   rIF.labelAdd ("Shuffle Natural To Fourier Order");
 722   m_bMinSpecified = false;
 723   m_bMaxSpecified = false;
 724   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 725     GetDocument()->Modify(TRUE);
 726   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 727 }
 728
 729 void
 730 ImageFileView::OnShuffleFourierToNaturalOrder (wxCommandEvent& event)
 731 {
 732   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 733   Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (rIF);
 734   rIF.labelAdd ("Shuffle Fourier To Natural Order");
 735   m_bMinSpecified = false;
 736   m_bMaxSpecified = false;
 737   if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 738     GetDocument()->Modify(TRUE);
 739   GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 740 }
 741
 742 void
 743 ImageFileView::OnMagnitude (wxCommandEvent& event)
 744 {
 745   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 746   if (rIF.isComplex()) {
 747     rIF.magnitude (rIF);
 748     rIF.labelAdd ("Magnitude of complex-image");
 749     m_bMinSpecified = false;
 750     m_bMaxSpecified = false;
 751     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 752       GetDocument()->Modify(TRUE);
 753     GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 754   }
 755 }
 756
 757 void
 758 ImageFileView::OnPhase (wxCommandEvent& event)
 759 {
 760   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
 761   if (rIF.isComplex()) {
 762     rIF.phase (rIF);
 763     rIF.labelAdd ("Phase of complex-image");
 764     m_bMinSpecified = false;
 765     m_bMaxSpecified = false;
 766     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
 767       GetDocument()->Modify(TRUE);
 768     GetDocument()->UpdateAllViews(this);
 769   }
 770 }
 771
 772
 773 ImageFileCanvas*
 774 ImageFileView::CreateCanvas (wxView *view, wxFrame *parent)
 775 {
 776   ImageFileCanvas* pCanvas;
 777   int width, height;
 778   parent->GetClientSize(&width, &height);
 779
 780   pCanvas = new ImageFileCanvas (dynamic_cast<ImageFileView*>(view), parent, wxPoint(0, 0), wxSize(width, height), 0);
 781
 782   pCanvas->SetScrollbars(20, 20, 50, 50);
 783   pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
 784   pCanvas->Clear();
 785
 786   return pCanvas;
 787 }
 788
 789 wxFrame*
 790 ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
 791 {
 792 #if CTSIM_MDI
 793   wxDocMDIChildFrame* subframe = new wxDocMDIChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "ImageFile Frame", wxPoint(-1, -1), wxSize(0, 0), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
 794 #else
 795   wxDocChildFrame* subframe = new wxDocChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "ImageFile Frame", wxPoint(-1, -1), wxSize(0, 0), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
 796 #endif
 797   theApp->setIconForFrame (subframe);
 798
 799   wxMenu *m_pFileMenu = new wxMenu;
 800
 801   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
 802   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
 803   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
 804   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVE, "&Save\tCtrl-S");
 805   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVEAS, "Save &As...");
 806   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close\tCtrl-W");
 807
 808   m_pFileMenu->AppendSeparator();
 809   m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
 810   m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_EXPORT, "&Export...");
 811
 812   m_pFileMenu->AppendSeparator();
 813   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
 814   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
 815   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
 816 #ifdef CTSIM_MDI
 817   m_pFileMenu->AppendSeparator();
 818   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_EXIT, "E&xit");
 819 #endif
 820   theApp->getDocManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
 821   theApp->getDocManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
 822
 823   wxMenu *view_menu = new wxMenu;
 824   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, "Display Scale S&et...\tCtrl-E");
 825   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO, "Display Scale &Auto...\tCtrl-A");
 826   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_FULL, "Display F&ull Scale\tCtrl-U");
 827
 828   wxMenu* filter_menu = new wxMenu;
 829   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERTVALUES, "&Invert Values");
 830   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SQUARE, "&Square");
 831   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SQRT, "Square &Root");
 832   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_LOG, "&Log");
 833   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_EXP, "&Exp");
 834   filter_menu->AppendSeparator();
 835 #ifdef HAVE_FFT
 836   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT, "2D &FFT");
 837   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT, "2D &IFFT");
 838   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_ROWS, "FFT Rows");
 839   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_ROWS, "IFFT Rows");
 840   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_COLS, "FFT Columns");
 841   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_COLS, "IFFT Columns");
 842   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "F&ourier");
 843   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "Inverse Fo&urier");
 844 #else
 845   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "&Fourier");
 846   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "&Inverse Fourier");
 847 #endif
 848   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLEFOURIERTONATURALORDER, "S&huffle Fourier to Natural Order");
 849   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLENATURALTOFOURIERORDER, "Shu&ffle Natural to Fourier Order");
 850   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_MAGNITUDE, "&Magnitude");
 851   filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_PHASE, "&Phase");
 852
 853   wxMenu* image_menu = new wxMenu;
 854   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_ADD, "&Add...");
 855   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_SUBTRACT, "&Subtract...");
 856   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_MULTIPLY, "&Multiply...");
 857   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_DIVIDE, "&Divide...");
 858   image_menu->AppendSeparator();
 859   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_SCALESIZE, "S&cale Size...");
 860
 861   wxMenu *analyze_menu = new wxMenu;
 862   analyze_menu->Append (IFMENU_PLOT_ROW, "Plot &Row");
 863   analyze_menu->Append (IFMENU_PLOT_COL, "Plot &Column");
 864   analyze_menu->Append (IFMENU_PLOT_HISTOGRAM, "Plot &Histogram");
 865   analyze_menu->AppendSeparator();
 866   analyze_menu->Append (IFMENU_PLOT_FFT_ROW, "Plot FFT Row");
 867   analyze_menu->Append (IFMENU_PLOT_FFT_COL, "Plot FFT Column");
 868   analyze_menu->AppendSeparator();
 869   analyze_menu->Append (IFMENU_COMPARE_IMAGES, "Compare &Images...");
 870   analyze_menu->Append (IFMENU_COMPARE_ROW, "Compare &Row");
 871   analyze_menu->Append (IFMENU_COMPARE_COL, "Compare &Column");
 872
 873   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
 874   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
 875   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_TOPICS, "&Topics\tCtrl-H");
 876   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_ABOUT, "&About");
 877
 878   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
 879
 880   menu_bar->Append(m_pFileMenu, "&File");
 881   menu_bar->Append(view_menu, "&View");
 882   menu_bar->Append(image_menu, "&Image");
 883   menu_bar->Append(filter_menu, "Fi&lter");
 884   menu_bar->Append(analyze_menu, "&Analyze");
 885   menu_bar->Append(help_menu, "&Help");
 886
 887   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
 888
 889   subframe->Centre(wxBOTH);
 890
 891   wxAcceleratorEntry accelEntries[10];
 892   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('O'), wxID_OPEN);
 893   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('S'), wxID_SAVE);
 894   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('W'), wxID_CLOSE);
 895   accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), MAINMENU_HELP_TOPICS);
 896   accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('P'), MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM);
 897   accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('F'), MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER);
 898   accelEntries[6].Set (wxACCEL_NORMAL, WXK_F1, MAINMENU_HELP_CONTENTS);
 899   accelEntries[7].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('A'), IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO);
 900   accelEntries[8].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('U'), IFMENU_VIEW_SCALE_FULL);
 901   accelEntries[9].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX);
 902   wxAcceleratorTable accelTable (10, accelEntries);
 903   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
 904
 905   return subframe;
 906 }
 907
 908
 909 bool
 910 ImageFileView::OnCreate (wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
 911 {
 912   m_frame = CreateChildFrame(doc, this);
 913   SetFrame (m_frame);
 914
 915   m_bMinSpecified = false;
 916   m_bMaxSpecified = false;
 917   m_dAutoScaleFactor = 1.;
 918
 919   int width, height;
 920   m_frame->GetClientSize (&width, &height);
 921   m_frame->SetTitle("ImageFileView");
 922   m_canvas = CreateCanvas (this, m_frame);
 923
 924   int x, y;  // X requires a forced resize
 925   m_frame->GetSize(&x, &y);
 926   m_frame->SetSize(-1, -1, x, y);
 927   m_frame->SetFocus();
 928   m_frame->Show(true);
 929   Activate(true);
 930
 931   return true;
 932 }
 933
 934 void
 935 ImageFileView::OnDraw (wxDC* dc)
 936 {
 937   wxSize sizeWindow = m_frame->GetClientSize();
 938   wxSize sizeBest = m_canvas->GetBestSize();
 939   if (sizeWindow.x > sizeBest.x || sizeWindow.y > sizeBest.y)
 940     m_frame->SetClientSize (sizeBest);
 941
 942   if (m_bitmap.Ok())
 943     dc->DrawBitmap(m_bitmap, 0, 0, false);
 944
 945   int xCursor, yCursor;
 946   if (m_canvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor))
 947     m_canvas->DrawRubberBandCursor (*dc, xCursor, yCursor);
 948 }
 949
 950
 951 void
 952 ImageFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
 953 {
 954   const ImageFile& rIF = dynamic_cast<ImageFileDocument*>(GetDocument())->getImageFile();
 955   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
 956   int nx = rIF.nx();
 957   int ny = rIF.ny();
 958   if (v != NULL && nx != 0 && ny != 0) {
 959     if (! m_bMinSpecified || ! m_bMaxSpecified) {
 960       double min, max;
 961       rIF.getMinMax (min, max);
 962       if (! m_bMinSpecified)
 963         m_dMinPixel = min;
 964       if (! m_bMaxSpecified)
 965         m_dMaxPixel = max;
 966     }
 967     double scaleWidth = m_dMaxPixel - m_dMinPixel;
 968
 969     unsigned char* imageData = new unsigned char [nx * ny * 3];
 970     for (int ix = 0; ix < nx; ix++) {
 971       for (int iy = 0; iy < ny; iy++) {
 972         double scaleValue = ((v[ix][iy] - m_dMinPixel) / scaleWidth) * 255;
 973         int intensity = static_cast<int>(scaleValue + 0.5);
 974         intensity = clamp (intensity, 0, 255);
 975         int baseAddr = ((ny - 1 - iy) * nx + ix) * 3;
 976         imageData[baseAddr] = imageData[baseAddr+1] = imageData[baseAddr+2] = intensity;
 977       }
 978     }
 979     wxImage image (nx, ny, imageData, true);
 980     m_bitmap = image.ConvertToBitmap();
 981     delete imageData;
 982     int xSize = nx;
 983     int ySize = ny;
 984     ySize = clamp (ySize, 0, 800);
 985     m_frame->SetClientSize (xSize, ySize);
 986     m_canvas->SetScrollbars(20, 20, nx/20, ny/20);
 987     m_canvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
 988   }
 989
 990   if (m_canvas)
 991     m_canvas->Refresh();
 992 }
 993
 994 bool
 995 ImageFileView::OnClose (bool deleteWindow)
 996 {
 997   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
 998     return false;
 999
1000   if (m_canvas) {
1001   //  m_canvas->Clear();
1002     m_canvas->setView(NULL);
1003     m_canvas = NULL;
1004   }
1005   wxString s(theApp->GetAppName());
1006 //  if (m_frame)
1007 //    m_frame->SetTitle(s);
1008   SetFrame(NULL);
1009
1010   Activate(false);
1011
1012   if (deleteWindow) {
1013     delete m_frame;
1014     return true;
1015   }
1016   return true;
1017 }
1018
1019 void
1020 ImageFileView::OnExport (wxCommandEvent& event)
1021 {
1022   ImageFile& rIF = dynamic_cast<ImageFileDocument*>(GetDocument())->getImageFile();
1023   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1024   int nx = rIF.nx();
1025   int ny = rIF.ny();
1026   if (v != NULL && nx != 0 && ny != 0) {
1027     if (! m_bMinSpecified || ! m_bMaxSpecified) {
1028       double min, max;
1029       rIF.getMinMax (min, max);
1030       if (! m_bMinSpecified)
1031         m_dMinPixel = min;
1032       if (! m_bMaxSpecified)
1033         m_dMaxPixel = max;
1034     }
1035
1036     DialogExportParameters dialogExport (getFrameForChild(), m_iDefaultExportFormatID);
1037     if (dialogExport.ShowModal() == wxID_OK) {
1038       wxString strFormatName (dialogExport.getFormatName ());
1039       m_iDefaultExportFormatID = ImageFile::convertFormatNameToID (strFormatName.c_str());
1040
1041       wxString strExt;
1042       wxString strWildcard;
1043       if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PGM || m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PGMASCII) {
1044         strExt = ".pgm";
1045         strWildcard = "PGM Files (*.pgm)|*.pgm";
1046       }
1047 #ifdef HAVE_PNG
1048       else if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PNG || m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PNG16) {
1049         strExt = ".png";
1050         strWildcard = "PNG Files (*.png)|*.png";
1051       }
1052 #endif
1053
1054       const wxString& strFilename = wxFileSelector (wxString("Export Filename"), wxString(""),
1055         wxString(""), strExt, strWildcard, wxOVERWRITE_PROMPT | wxHIDE_READONLY | wxSAVE);
1056       if (strFilename) {
1057         rIF.exportImage (strFormatName.c_str(), strFilename.c_str(), 1, 1, m_dMinPixel, m_dMaxPixel);
1058         *theApp->getLog() << "Exported file " << strFilename << "\n";
1059       }
1060     }
1061   }
1062 }
1063
1064 void
1065 ImageFileView::OnScaleSize (wxCommandEvent& event)
1066 {
1067   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1068   unsigned int iOldNX = rIF.nx();
1069   unsigned int iOldNY = rIF.ny();
1070
1071   DialogGetXYSize dialogGetXYSize (getFrameForChild(), "Set New X & Y Dimensions", iOldNX, iOldNY);
1072   if (dialogGetXYSize.ShowModal() == wxID_OK) {
1073     unsigned int iNewNX = dialogGetXYSize.getXSize();
1074     unsigned int iNewNY = dialogGetXYSize.getYSize();
1075     std::ostringstream os;
1076     os << "Scale Size from (" << iOldNX << "," << iOldNY << ") to (" << iNewNX << "," << iNewNY << ")";
1077     ImageFileDocument* pScaledDoc = theApp->newImageDoc();
1078     if (! pScaledDoc) {
1079       sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
1080       return;
1081     }
1082     ImageFile& rScaledIF = pScaledDoc->getImageFile();
1083     rScaledIF.setArraySize (iNewNX, iNewNY);
1084     rScaledIF.labelsCopy (rIF);
1085     rScaledIF.labelAdd (os.str().c_str());
1086     rIF.scaleImage (rScaledIF);
1087     *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1088     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1089       pScaledDoc->Modify(TRUE);
1090     pScaledDoc->UpdateAllViews (this);
1091     pScaledDoc->GetFirstView()->OnUpdate (this, NULL);
1092   }
1093 }
1094
1095 void
1096 ImageFileView::OnPlotRow (wxCommandEvent& event)
1097 {
1098   int xCursor, yCursor;
1099   if (! m_canvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1100     wxMessageBox ("No row selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1101     return;
1102   }
1103
1104   const ImageFile& rIF = dynamic_cast<ImageFileDocument*>(GetDocument())->getImageFile();
1105   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1106   ImageFileArrayConst vImag = rIF.getImaginaryArray();
1107   int nx = rIF.nx();
1108   int ny = rIF.ny();
1109
1110   if (v != NULL && yCursor < ny) {
1111     double* pX = new double [nx];
1112     double* pYReal = new double [nx];
1113     double *pYImag = NULL;
1114     double *pYMag = NULL;
1115     if (rIF.isComplex()) {
1116       pYImag = new double [nx];
1117       pYMag = new double [nx];
1118     }
1119     for (int i = 0; i < nx; i++) {
1120       pX[i] = i;
1121       pYReal[i] = v[i][yCursor];
1122       if (rIF.isComplex()) {
1123         pYImag[i] = vImag[i][yCursor];
1124         pYMag[i] = ::sqrt (v[i][yCursor] * v[i][yCursor] + vImag[i][yCursor] * vImag[i][yCursor]);
1125       }
1126     }
1127     PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1128     if (! pPlotDoc) {
1129       sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1130     } else {
1131       PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1132       std::ostringstream os;
1133       os << "Row " << yCursor;
1134       std::string title("title ");
1135       title += os.str();
1136       rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1137       rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Column");
1138       rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1139       rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1140       rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1141       rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1142       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1143       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 1");
1144       if (rIF.isComplex()) {
1145         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 1");
1146         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1147         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1148         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 3");
1149         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 3");
1150         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 0");
1151         rPlotFile.addEzsetCommand ("solid");
1152         rPlotFile.setCurveSize (4, nx);
1153       } else
1154         rPlotFile.setCurveSize (2, nx);
1155       rPlotFile.addColumn (0, pX);
1156       rPlotFile.addColumn (1, pYReal);
1157       if (rIF.isComplex()) {
1158         rPlotFile.addColumn (2, pYImag);
1159         rPlotFile.addColumn (3, pYMag);
1160       }
1161       for (unsigned int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
1162         rPlotFile.addDescription (rIF.labelGet(iL).getLabelString().c_str());
1163       os << " Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1164       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1165       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1166     }
1167     delete pX;
1168     delete pYReal;
1169     if (rIF.isComplex()) {
1170       delete pYImag;
1171       delete pYMag;
1172     }
1173     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1174       pPlotDoc->Modify(true);
1175     pPlotDoc->UpdateAllViews();
1176   }
1177 }
1178
1179 void
1180 ImageFileView::OnPlotCol (wxCommandEvent& event)
1181 {
1182   int xCursor, yCursor;
1183   if (! m_canvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1184     wxMessageBox ("No column selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1185     return;
1186   }
1187
1188   const ImageFile& rIF = dynamic_cast<ImageFileDocument*>(GetDocument())->getImageFile();
1189   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1190   ImageFileArrayConst vImag = rIF.getImaginaryArray();
1191   int nx = rIF.nx();
1192   int ny = rIF.ny();
1193
1194   if (v != NULL && xCursor < nx) {
1195     double* pX = new double [ny];
1196     double* pYReal = new double [ny];
1197     double* pYImag = NULL;
1198     double* pYMag = NULL;
1199     if (rIF.isComplex()) {
1200       pYImag = new double [ny];
1201       pYMag = new double [ny];
1202     }
1203     for (int i = 0; i < ny; i++) {
1204       pX[i] = i;
1205       pYReal[i] = v[xCursor][i];
1206       if (rIF.isComplex()) {
1207         pYImag[i] = vImag[xCursor][i];
1208         pYMag[i] = ::sqrt (v[xCursor][i] * v[xCursor][i] + vImag[xCursor][i] * vImag[xCursor][i]);
1209       }
1210     }
1211     PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1212     if (! pPlotDoc) {
1213       sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1214     } else {
1215       PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1216       std::ostringstream os;
1217       os << "Column " << xCursor;
1218       std::string title("title ");
1219       title += os.str();
1220       rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1221       rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Row");
1222       rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1223       rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1224       rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1225       rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1226       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1227       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 1");
1228       if (rIF.isComplex()) {
1229         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 1");
1230         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1231         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1232         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 3");
1233         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 3");
1234         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 0");
1235         rPlotFile.addEzsetCommand ("solid");
1236         rPlotFile.setCurveSize (4, ny);
1237       } else
1238         rPlotFile.setCurveSize (2, ny);
1239       rPlotFile.addColumn (0, pX);
1240       rPlotFile.addColumn (1, pYReal);
1241       if (rIF.isComplex()) {
1242         rPlotFile.addColumn (2, pYImag);
1243         rPlotFile.addColumn (3, pYMag);
1244       }
1245       for (unsigned int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
1246         rPlotFile.addDescription (rIF.labelGet(iL).getLabelString().c_str());
1247       os << " Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1248       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1249       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1250     }
1251     delete pX;
1252     delete pYReal;
1253     if (rIF.isComplex()) {
1254       delete pYImag;
1255       delete pYMag;
1256     }
1257     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1258       pPlotDoc->Modify(true);
1259     pPlotDoc->UpdateAllViews();
1260   }
1261 }
1262
1263 #ifdef HAVE_FFT
1264 void
1265 ImageFileView::OnPlotFFTRow (wxCommandEvent& event)
1266 {
1267   int xCursor, yCursor;
1268   if (! m_canvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1269     wxMessageBox ("No row selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1270     return;
1271   }
1272
1273   const ImageFile& rIF = dynamic_cast<ImageFileDocument*>(GetDocument())->getImageFile();
1274   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1275   ImageFileArrayConst vImag = rIF.getImaginaryArray();
1276   int nx = rIF.nx();
1277   int ny = rIF.ny();
1278
1279   if (v != NULL && yCursor < ny) {
1280     fftw_complex* pcIn = new fftw_complex [nx];
1281
1282     int i;
1283     for (i = 0; i < nx; i++) {
1284       pcIn[i].re = v[i][yCursor];
1285       if (rIF.isComplex())
1286         pcIn[i].im = vImag[i][yCursor];
1287       else
1288         pcIn[i].im = 0;
1289     }
1290
1291     fftw_plan plan = fftw_create_plan (nx, FFTW_FORWARD, FFTW_IN_PLACE);
1292     fftw_one (plan, pcIn, NULL);
1293     fftw_destroy_plan (plan);
1294
1295     double* pX = new double [nx];
1296     double* pYReal = new double [nx];
1297     double* pYImag = new double [nx];
1298     double* pYMag = new double [nx];
1299     for (i = 0; i < nx; i++) {
1300       pX[i] = i;
1301       pYReal[i] = pcIn[i].re;
1302       pYImag[i] = pcIn[i].im;
1303       pYMag[i] = ::sqrt (pcIn[i].re * pcIn[i].re + pcIn[i].im * pcIn[i].im);
1304     }
1305     Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (pYReal, nx);
1306     Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (pYImag, nx);
1307     Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (pYMag, nx);
1308
1309     PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1310     if (! pPlotDoc) {
1311       sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1312     } else {
1313       PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1314       std::ostringstream os;
1315       os << "Row " << yCursor;
1316       std::string title("title ");
1317       title += os.str();
1318       rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1319       rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Column");
1320       rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1321       rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1322       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1323       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 1");
1324       rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 1");
1325       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1326       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1327       rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 3");
1328       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 3");
1329       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 0");
1330       rPlotFile.addEzsetCommand ("solid");
1331       rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1332       rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1333       rPlotFile.setCurveSize (4, nx);
1334       rPlotFile.addColumn (0, pX);
1335       rPlotFile.addColumn (1, pYReal);
1336       rPlotFile.addColumn (2, pYImag);
1337       rPlotFile.addColumn (3, pYMag);
1338       for (int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
1339         rPlotFile.addDescription (rIF.labelGet(iL).getLabelString().c_str());
1340       os << " FFT Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1341       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1342       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1343     }
1344     delete pX;
1345     delete pYReal;
1346     delete pYImag;
1347     delete pYMag;
1348     delete [] pcIn;
1349
1350     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1351       pPlotDoc->Modify(true);
1352     pPlotDoc->UpdateAllViews();
1353   }
1354 }
1355
1356 void
1357 ImageFileView::OnPlotFFTCol (wxCommandEvent& event)
1358 {
1359   int xCursor, yCursor;
1360   if (! m_canvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1361     wxMessageBox ("No column selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1362     return;
1363   }
1364
1365   const ImageFile& rIF = dynamic_cast<ImageFileDocument*>(GetDocument())->getImageFile();
1366   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1367   ImageFileArrayConst vImag = rIF.getImaginaryArray();
1368   int nx = rIF.nx();
1369   int ny = rIF.ny();
1370
1371   if (v != NULL && xCursor < nx) {
1372     fftw_complex* pcIn = new fftw_complex [ny];
1373     double *pdTemp = new double [ny];
1374
1375     int i;
1376     for (i = 0; i < ny; i++)
1377       pdTemp[i] = v[xCursor][i];
1378     Fourier::shuffleNaturalToFourierOrder (pdTemp, ny);
1379     for (i = 0; i < ny; i++)
1380       pcIn[i].re = pdTemp[i];
1381
1382     for (i = 0; i < ny; i++) {
1383       if (rIF.isComplex())
1384         pdTemp[i] = vImag[xCursor][i];
1385       else
1386         pdTemp[i] = 0;
1387     }
1388     Fourier::shuffleNaturalToFourierOrder (pdTemp, ny);
1389     for (i = 0; i < ny; i++)
1390       pcIn[i].im = pdTemp[i];
1391
1392     fftw_plan plan = fftw_create_plan (ny, FFTW_BACKWARD, FFTW_IN_PLACE);
1393     fftw_one (plan, pcIn, NULL);
1394     fftw_destroy_plan (plan);
1395
1396     double* pX = new double [ny];
1397     double* pYReal = new double [ny];
1398     double* pYImag = new double [ny];
1399     double* pYMag = new double [ny];
1400     for (i = 0; i < ny; i++) {
1401       pX[i] = i;
1402       pYReal[i] = pcIn[i].re;
1403       pYImag[i] = pcIn[i].im;
1404       pYMag[i] = ::sqrt (pcIn[i].re * pcIn[i].re + pcIn[i].im * pcIn[i].im);
1405     }
1406
1407     PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1408     if (! pPlotDoc) {
1409       sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1410     } else {
1411       PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1412       std::ostringstream os;
1413       os << "Column " << xCursor;
1414       std::string title("title ");
1415       title += os.str();
1416       rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1417       rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Column");
1418       rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1419       rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1420       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1421       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 1");
1422       rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 1");
1423       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1424       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1425       rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 3");
1426       rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 3");
1427       rPlotFile.addEzsetCommand ("color 0");
1428       rPlotFile.addEzsetCommand ("solid");
1429       rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1430       rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1431       rPlotFile.setCurveSize (4, ny);
1432       rPlotFile.addColumn (0, pX);
1433       rPlotFile.addColumn (1, pYReal);
1434       rPlotFile.addColumn (2, pYImag);
1435       rPlotFile.addColumn (3, pYMag);
1436       for (int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
1437         rPlotFile.addDescription (rIF.labelGet(iL).getLabelString().c_str());
1438       os << " FFT Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1439       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1440       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1441     }
1442     delete pX;
1443     delete pYReal;
1444     delete pYImag;
1445     delete pYMag;
1446     delete pdTemp;
1447     delete [] pcIn;
1448
1449     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1450       pPlotDoc->Modify(true);
1451     pPlotDoc->UpdateAllViews();
1452   }
1453 }
1454 #endif
1455
1456 void
1457 ImageFileView::OnCompareCol (wxCommandEvent& event)
1458 {
1459   int xCursor, yCursor;
1460   if (! m_canvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1461     wxMessageBox ("No column selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1462     return;
1463   }
1464
1465   std::vector<ImageFileDocument*> vecIFDoc;
1466   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIFDoc);
1467   if (vecIFDoc.size() == 0) {
1468     wxMessageBox ("No compatible images for Column Comparison", "Error");
1469     return;
1470   }
1471   DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Comparison Image", vecIFDoc, false);
1472
1473   if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
1474     ImageFileDocument* pCompareDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
1475     const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1476     const ImageFile& rCompareIF = pCompareDoc->getImageFile();
1477
1478     ImageFileArrayConst v1 = rIF.getArray();
1479     ImageFileArrayConst v2 = rCompareIF.getArray();
1480     int nx = rIF.nx();
1481     int ny = rIF.ny();
1482
1483     if (v1 != NULL && xCursor < nx) {
1484       double* pX = new double [ny];
1485       double* pY1 = new double [ny];
1486       double* pY2 = new double [ny];
1487       for (int i = 0; i < ny; i++) {
1488         pX[i] = i;
1489         pY1[i] = v1[xCursor][i];
1490         pY2[i] = v2[xCursor][i];
1491       }
1492       PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1493       if (! pPlotDoc) {
1494         sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1495       } else {
1496         PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1497         std::ostringstream os;
1498         os << "Column " << xCursor << " Comparison";
1499         std::string title("title ");
1500         title += os.str();
1501         rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1502         rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Row");
1503         rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1504         rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1505         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1506         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 2");
1507         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1508         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1509         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 5");
1510         rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1511         rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1512         rPlotFile.setCurveSize (3, ny);
1513         rPlotFile.addColumn (0, pX);
1514         rPlotFile.addColumn (1, pY1);
1515         rPlotFile.addColumn (2, pY2);
1516
1517         unsigned int iL;
1518         for (iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++) {
1519           std::string s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1520           s += ": ";
1521           s += rIF.labelGet(iL).getLabelString();
1522           rPlotFile.addDescription (s.c_str());
1523         }
1524         for (iL = 0; iL < rCompareIF.nLabels(); iL++) {
1525           std::string s = pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1526           s += ": ";
1527           s += rCompareIF.labelGet(iL).getLabelString();
1528           rPlotFile.addDescription (s.c_str());
1529         }
1530         os << " Between " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " and "
1531           << pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1532         *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1533         rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1534       }
1535       delete pX;
1536       delete pY1;
1537       delete pY2;
1538       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1539         pPlotDoc->Modify(true);
1540       pPlotDoc->UpdateAllViews();
1541     }
1542   }
1543 }
1544
1545 void
1546 ImageFileView::OnCompareRow (wxCommandEvent& event)
1547 {
1548   int xCursor, yCursor;
1549   if (! m_canvas->GetCurrentCursor (xCursor, yCursor)) {
1550     wxMessageBox ("No column selected. Please use left mouse button on image to select column","Error");
1551     return;
1552   }
1553
1554   std::vector<ImageFileDocument*> vecIFDoc;
1555   theApp->getCompatibleImages (GetDocument(), vecIFDoc);
1556
1557   if (vecIFDoc.size() == 0) {
1558     wxMessageBox ("No compatible images for Row Comparison", "Error");
1559     return;
1560   }
1561
1562   DialogGetComparisonImage dialogGetCompare (getFrameForChild(), "Get Comparison Image", vecIFDoc, false);
1563
1564   if (dialogGetCompare.ShowModal() == wxID_OK) {
1565     ImageFileDocument* pCompareDoc = dialogGetCompare.getImageFileDocument();
1566     const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
1567     const ImageFile& rCompareIF = pCompareDoc->getImageFile();
1568
1569     ImageFileArrayConst v1 = rIF.getArray();
1570     ImageFileArrayConst v2 = rCompareIF.getArray();
1571     int nx = rIF.nx();
1572     int ny = rIF.ny();
1573
1574     if (v1 != NULL && yCursor < ny) {
1575       double* pX = new double [nx];
1576       double* pY1 = new double [nx];
1577       double* pY2 = new double [nx];
1578       for (int i = 0; i < nx; i++) {
1579         pX[i] = i;
1580         pY1[i] = v1[i][yCursor];
1581         pY2[i] = v2[i][yCursor];
1582       }
1583       PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1584       if (! pPlotDoc) {
1585         sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1586       } else {
1587         PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1588         std::ostringstream os;
1589         os << "Row " << yCursor << " Comparison";
1590         std::string title("title ");
1591         title += os.str();
1592         rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1593         rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Column");
1594         rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Pixel Value");
1595         rPlotFile.addEzsetCommand ("lxfrac 0");
1596         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 1");
1597         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 2");
1598         rPlotFile.addEzsetCommand ("curve 2");
1599         rPlotFile.addEzsetCommand ("color 4");
1600         rPlotFile.addEzsetCommand ("dash 5");
1601         rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1602         rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1603         rPlotFile.setCurveSize (3, nx);
1604         rPlotFile.addColumn (0, pX);
1605         rPlotFile.addColumn (1, pY1);
1606         rPlotFile.addColumn (2, pY2);
1607         unsigned int iL;
1608         for (iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++) {
1609           std::string s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1610           s += ": ";
1611           s += rIF.labelGet(iL).getLabelString();
1612           rPlotFile.addDescription (s.c_str());
1613         }
1614         for (iL = 0; iL < rCompareIF.nLabels(); iL++) {
1615           std::string s = pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1616           s += ": ";
1617           s += rCompareIF.labelGet(iL).getLabelString();
1618           rPlotFile.addDescription (s.c_str());
1619         }
1620         os << " Between " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str() << " and "
1621           << pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1622         *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1623         rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1624       }
1625       delete pX;
1626       delete pY1;
1627       delete pY2;
1628       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1629         pPlotDoc->Modify(true);
1630       pPlotDoc->UpdateAllViews();
1631     }
1632   }
1633 }
1634
1635 static int NUMBER_HISTOGRAM_BINS = 256;
1636
1637 void
1638 ImageFileView::OnPlotHistogram (wxCommandEvent& event)
1639 {
1640   const ImageFile& rIF = dynamic_cast<ImageFileDocument*>(GetDocument())->getImageFile();
1641   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
1642   int nx = rIF.nx();
1643   int ny = rIF.ny();
1644
1645   if (v != NULL && nx > 0 && ny > 0) {
1646     PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
1647     if (! pPlotDoc) {
1648       sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
1649       return;
1650     }
1651
1652     double* pX = new double [NUMBER_HISTOGRAM_BINS];
1653     double* pY = new double [NUMBER_HISTOGRAM_BINS];
1654     double dMin, dMax;
1655     rIF.getMinMax (dMin, dMax);
1656     double dBinWidth = (dMax - dMin) / NUMBER_HISTOGRAM_BINS;
1657
1658     for (int i = 0; i < NUMBER_HISTOGRAM_BINS; i++) {
1659       pX[i] = dMin + (i + 0.5) * dBinWidth;
1660       pY[i] = 0;
1661     }
1662     for (int ix = 0; ix < nx; ix++)
1663       for (int iy = 0; iy < ny; iy++) {
1664         int iBin = nearest<int> ((v[ix][iy] - dMin) / dBinWidth);
1665         if (iBin >= 0 && iBin < NUMBER_HISTOGRAM_BINS)
1666           pY[iBin] += 1;
1667       }
1668
1669       PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
1670       std::ostringstream os;
1671       os << "Histogram";
1672       std::string title("title ");
1673       title += os.str();
1674       rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
1675       rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Pixel Value");
1676       rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Count");
1677       rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
1678       rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
1679       rPlotFile.setCurveSize (2, NUMBER_HISTOGRAM_BINS);
1680       rPlotFile.addColumn (0, pX);
1681       rPlotFile.addColumn (1, pY);
1682       for (unsigned int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++) {
1683         std::string s = GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1684         s += ": ";
1685         s += rIF.labelGet(iL).getLabelString();
1686         rPlotFile.addDescription (s.c_str());
1687       }
1688       os << " Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
1689       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1690       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
1691       delete pX;
1692       delete pY;
1693       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1694         pPlotDoc->Modify(true);
1695       pPlotDoc->UpdateAllViews();
1696   }
1697 }
1698
1699
1700 // PhantomCanvas
1701
1702 PhantomCanvas::PhantomCanvas (PhantomFileView* v, wxFrame *frame, const wxPoint& pos, const wxSize& size, const long style)
1703 : wxScrolledWindow(frame, -1, pos, size, style)
1704 {
1705   m_pView = v;
1706 }
1707
1708 PhantomCanvas::~PhantomCanvas ()
1709 {
1710   if (m_pView) {
1711     wxMenu* pMenu = m_pView->getFileMenu();
1712     theApp->getDocManager()->FileHistoryRemoveMenu (pMenu);
1713     m_pView->canvasClosed();
1714     m_pView = NULL;
1715   }
1716 }
1717
1718 void
1719 PhantomCanvas::OnDraw (wxDC& dc)
1720 {
1721   if (m_pView)
1722     m_pView->OnDraw(& dc);
1723 }
1724
1725
1726 // PhantomFileView
1727
1728 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(PhantomFileView, wxView)
1729
1730 BEGIN_EVENT_TABLE(PhantomFileView, wxView)
1731 EVT_MENU(PHMMENU_FILE_PROPERTIES, PhantomFileView::OnProperties)
1732 EVT_MENU(PHMMENU_PROCESS_RASTERIZE, PhantomFileView::OnRasterize)
1733 EVT_MENU(PHMMENU_PROCESS_PROJECTIONS, PhantomFileView::OnProjections)
1734 END_EVENT_TABLE()
1735
1736 PhantomFileView::PhantomFileView()
1737 : wxView(), m_canvas(NULL), m_frame(NULL), m_pFileMenu(0)
1738 {
1739   m_iDefaultNDet = 367;
1740   m_iDefaultNView = 320;
1741   m_iDefaultNSample = 2;
1742   m_dDefaultRotation = 1;
1743   m_dDefaultFocalLength = 2;
1744   m_dDefaultFieldOfView = 1;
1745   m_iDefaultGeometry = Scanner::GEOMETRY_PARALLEL;
1746   m_iDefaultTrace = Trace::TRACE_NONE;
1747
1748   m_iDefaultRasterNX = 256;
1749   m_iDefaultRasterNY = 256;
1750   m_iDefaultRasterNSamples = 2;
1751 }
1752
1753 PhantomFileView::~PhantomFileView()
1754 {
1755
1756 }
1757
1758 void
1759 PhantomFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
1760 {
1761   const int idPhantom = GetDocument()->getPhantomID();
1762   const wxString& namePhantom = GetDocument()->getPhantomName();
1763   std::ostringstream os;
1764   os << "Phantom " << namePhantom.c_str() << " (" << idPhantom << ")" << "\n";
1765   const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
1766   rPhantom.printDefinitions (os);
1767 #if DEBUG
1768   rPhantom.print (os);
1769 #endif
1770   *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1771   wxMessageBox (os.str().c_str(), "Phantom Properties");
1772 }
1773
1774
1775 void
1776 PhantomFileView::OnProjections (wxCommandEvent& event)
1777 {
1778   DialogGetProjectionParameters dialogProjection (getFrameForChild(), m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultNSample, m_dDefaultRotation, m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultFieldOfView, m_iDefaultGeometry, m_iDefaultTrace);
1779   int retVal = dialogProjection.ShowModal();
1780   if (retVal == wxID_OK) {
1781     m_iDefaultNDet = dialogProjection.getNDet();
1782     m_iDefaultNView = dialogProjection.getNView();
1783     m_iDefaultNSample = dialogProjection.getNSamples();
1784     m_iDefaultTrace = dialogProjection.getTrace();
1785     m_dDefaultRotation = dialogProjection.getRotAngle();
1786     m_dDefaultFocalLength = dialogProjection.getFocalLengthRatio();
1787     m_dDefaultFieldOfView = dialogProjection.getFieldOfViewRatio();
1788     wxString sGeometry = dialogProjection.getGeometry();
1789     m_iDefaultGeometry = Scanner::convertGeometryNameToID (sGeometry.c_str());
1790
1791     if (m_iDefaultNDet > 0 && m_iDefaultNView > 0 && sGeometry != "") {
1792       const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
1793       ProjectionFileDocument* pProjectionDoc = theApp->newProjectionDoc();
1794       if (! pProjectionDoc) {
1795         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create projection document");
1796         return;
1797       }
1798       Projections& rProj = pProjectionDoc->getProjections();
1799       Scanner theScanner (rPhantom, sGeometry.c_str(), m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultNSample, m_dDefaultRotation, m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultFieldOfView);
1800       if (theScanner.fail()) {
1801         *theApp->getLog() << "Failed making scanner: " << theScanner.failMessage().c_str() << "\n";
1802         return;
1803       }
1804       rProj.initFromScanner (theScanner);
1805       m_dDefaultRotation /= PI;  // convert back to PI units
1806
1807       Timer timer;
1808       if (m_iDefaultTrace > Trace::TRACE_CONSOLE) {
1809         ProjectionsDialog dialogProjections (theScanner, rProj, rPhantom, m_iDefaultTrace, dynamic_cast<wxWindow*>(getFrameForChild()));
1810         for (int iView = 0; iView < rProj.nView(); iView++) {
1811           ::wxYield();
1812           ::wxYield();
1813           if (dialogProjections.isCancelled() || ! dialogProjections.projectView (iView)) {
1814             pProjectionDoc->DeleteAllViews();
1815             return;
1816           }
1817           ::wxYield();
1818           ::wxYield();
1819           while (dialogProjections.isPaused()) {
1820             ::wxYield();
1821             ::wxUsleep(50);
1822           }
1823         }
1824       } else {
1825         wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Projection"), wxString("Projection Progress"), rProj.nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT);
1826         for (int i = 0; i < rProj.nView(); i++) {
1827           theScanner.collectProjections (rProj, rPhantom, i, 1, true, m_iDefaultTrace);
1828           if (! dlgProgress.Update (i+1)) {
1829             pProjectionDoc->DeleteAllViews();
1830             return;
1831           }
1832         }
1833       }
1834
1835       std::ostringstream os;
1836       os << "Projections for " << rPhantom.name() << ": nDet=" << m_iDefaultNDet << ", nView=" << m_iDefaultNView << ", nSamples=" << m_iDefaultNSample << ", RotAngle=" << m_dDefaultRotation << ", FocalLengthRatio=" << m_dDefaultFocalLength << ", FieldOfViewRatio=" << m_dDefaultFieldOfView << ", Geometry=" << sGeometry.c_str();
1837       rProj.setCalcTime (timer.timerEnd());
1838       rProj.setRemark (os.str());
1839       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1840
1841       m_frame->Lower();
1842       ::wxYield();
1843       ProjectionFileView* projView = dynamic_cast<ProjectionFileView*>(pProjectionDoc->GetFirstView());
1844       if (projView) {
1845         projView->getFrame()->SetFocus();
1846         projView->OnUpdate (projView, NULL);
1847       }
1848       if (wxView* pView = pProjectionDoc->GetFirstView()) {
1849         if (wxFrame* pFrame = pView->GetFrame()) {
1850           pFrame->SetFocus();
1851           pFrame->Raise();
1852         }
1853         theApp->getDocManager()->ActivateView (pView, true, false);
1854       }
1855       ::wxYield();
1856       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1857         pProjectionDoc->Modify(true);
1858       pProjectionDoc->UpdateAllViews(this);
1859     }
1860   }
1861 }
1862
1863
1864 void
1865 PhantomFileView::OnRasterize (wxCommandEvent& event)
1866 {
1867   DialogGetRasterParameters dialogRaster (getFrameForChild(), m_iDefaultRasterNX, m_iDefaultRasterNY, m_iDefaultRasterNSamples);
1868   int retVal = dialogRaster.ShowModal();
1869   if (retVal == wxID_OK) {
1870     m_iDefaultRasterNX = dialogRaster.getXSize();
1871     m_iDefaultRasterNY  = dialogRaster.getYSize();
1872     m_iDefaultRasterNSamples = dialogRaster.getNSamples();
1873     if (m_iDefaultRasterNSamples < 1)
1874       m_iDefaultRasterNSamples = 1;
1875     if (m_iDefaultRasterNX > 0 && m_iDefaultRasterNY > 0) {
1876       const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
1877       ImageFileDocument* pRasterDoc = theApp->newImageDoc();
1878       if (! pRasterDoc) {
1879         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
1880         return;
1881       }
1882       ImageFile& imageFile = pRasterDoc->getImageFile();
1883
1884       imageFile.setArraySize (m_iDefaultRasterNX, m_iDefaultRasterNX);
1885       wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Rasterize"), wxString("Rasterization Progress"), imageFile.nx() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT);
1886       Timer timer;
1887       for (unsigned int i = 0; i < imageFile.nx(); i++) {
1888         rPhantom.convertToImagefile (imageFile, m_iDefaultRasterNSamples, Trace::TRACE_NONE, i, 1, true);
1889         if (! dlgProgress.Update(i+1)) {
1890           pRasterDoc->DeleteAllViews();
1891           return;
1892         }
1893       }
1894       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
1895         pRasterDoc->Modify(true);
1896       pRasterDoc->UpdateAllViews(this);
1897       std::ostringstream os;
1898       os << "Rasterize Phantom " << rPhantom.name() << ": XSize=" << m_iDefaultRasterNX << ", YSize="
1899         << m_iDefaultRasterNY << ", nSamples=" << m_iDefaultRasterNSamples;
1900       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
1901       imageFile.labelAdd (os.str().c_str(), timer.timerEnd());
1902       ImageFileView* rasterView = dynamic_cast<ImageFileView*>(pRasterDoc->GetFirstView());
1903       if (rasterView) {
1904         rasterView->getFrame()->SetFocus();
1905         rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
1906       }
1907
1908     }
1909   }
1910 }
1911
1912
1913 PhantomCanvas*
1914 PhantomFileView::CreateCanvas (wxView *view, wxFrame *parent)
1915 {
1916   PhantomCanvas* pCanvas;
1917   int width, height;
1918   parent->GetClientSize(&width, &height);
1919
1920   pCanvas = new PhantomCanvas (dynamic_cast<PhantomFileView*>(view), parent, wxPoint(0, 0), wxSize(width, height), 0);
1921
1922   pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
1923   pCanvas->Clear();
1924
1925   return pCanvas;
1926 }
1927
1928 wxFrame*
1929 PhantomFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
1930 {
1931 #if CTSIM_MDI
1932   wxDocMDIChildFrame *subframe = new wxDocMDIChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Phantom Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(256, 256), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
1933 #else
1934   wxDocChildFrame *subframe = new wxDocChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Phantom Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(256, 256), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
1935 #endif
1936   theApp->setIconForFrame (subframe);
1937
1938   wxMenu *m_pFileMenu = new wxMenu;
1939
1940   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
1941   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
1942   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
1943   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVEAS, "Save &As...");
1944   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close");
1945
1946   m_pFileMenu->AppendSeparator();
1947   m_pFileMenu->Append(PHMMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
1948
1949   m_pFileMenu->AppendSeparator();
1950   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
1951   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
1952   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
1953 #ifdef CTSIM_MDI
1954   m_pFileMenu->AppendSeparator();
1955   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_EXIT, "E&xit");
1956 #endif
1957   theApp->getDocManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
1958   theApp->getDocManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
1959
1960   wxMenu *process_menu = new wxMenu;
1961   process_menu->Append(PHMMENU_PROCESS_RASTERIZE, "&Rasterize...\tCtrl-R");
1962   process_menu->Append(PHMMENU_PROCESS_PROJECTIONS, "&Projections...\tCtrl-J");
1963
1964   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
1965   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
1966   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_TOPICS, "&Topics\tCtrl-H");
1967   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_ABOUT, "&About");
1968
1969   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
1970
1971   menu_bar->Append(m_pFileMenu, "&File");
1972   menu_bar->Append(process_menu, "&Process");
1973   menu_bar->Append(help_menu, "&Help");
1974
1975   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
1976   subframe->Centre(wxBOTH);
1977
1978   wxAcceleratorEntry accelEntries[8];
1979   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('O'), wxID_OPEN);
1980   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('S'), wxID_SAVE);
1981   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), MAINMENU_HELP_TOPICS);
1982   accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('P'), MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM);
1983   accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('F'), MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER);
1984   accelEntries[5].Set (wxACCEL_NORMAL, WXK_F1, MAINMENU_HELP_CONTENTS);
1985   accelEntries[6].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('J'), PHMMENU_PROCESS_PROJECTIONS);
1986   accelEntries[7].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('R'), PHMMENU_PROCESS_RASTERIZE);
1987   wxAcceleratorTable accelTable (8, accelEntries);
1988   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
1989
1990   return subframe;
1991 }
1992
1993
1994 bool
1995 PhantomFileView::OnCreate(wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
1996 {
1997   m_frame = CreateChildFrame(doc, this);
1998   SetFrame(m_frame);
1999
2000   int width, height;
2001   m_frame->GetClientSize(&width, &height);
2002   m_frame->SetTitle("PhantomFileView");
2003   m_canvas = CreateCanvas (this, m_frame);
2004
2005 #ifdef __X__
2006   int x, y;  // X requires a forced resize
2007   m_frame->GetSize(&x, &y);
2008   m_frame->SetSize(-1, -1, x, y);
2009 #endif
2010
2011   m_frame->Show(true);
2012   Activate(true);
2013
2014   return true;
2015 }
2016
2017 void
2018 PhantomFileView::OnUpdate(wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
2019 {
2020   if (m_canvas)
2021     m_canvas->Refresh();
2022 }
2023
2024 bool
2025 PhantomFileView::OnClose (bool deleteWindow)
2026 {
2027   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
2028     return false;
2029
2030   if (m_canvas) {
2031     m_canvas->Clear();
2032     m_canvas->setView(NULL);
2033     m_canvas = NULL;
2034   }
2035   wxString s(wxTheApp->GetAppName());
2036   if (m_frame)
2037     m_frame->SetTitle(s);
2038   SetFrame(NULL);
2039
2040   Activate(false);
2041
2042   if (deleteWindow) {
2043     delete m_frame;
2044     m_frame = NULL;
2045   }
2046
2047   return true;
2048 }
2049
2050 void
2051 PhantomFileView::OnDraw (wxDC* dc)
2052 {
2053   int xsize, ysize;
2054   m_canvas->GetClientSize (&xsize, &ysize);
2055   SGPDriver driver (dc, xsize, ysize);
2056   SGP sgp (driver);
2057   const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
2058   sgp.setColor (C_RED);
2059   rPhantom.show (sgp);
2060 }
2061
2062 // ProjectionCanvas
2063
2064 ProjectionFileCanvas::ProjectionFileCanvas (ProjectionFileView* v, wxFrame *frame, const wxPoint& pos, const wxSize& size, const long style)
2065 : wxScrolledWindow(frame, -1, pos, size, style)
2066 {
2067   m_pView = v;
2068 }
2069
2070 ProjectionFileCanvas::~ProjectionFileCanvas ()
2071 {
2072   if (m_pView) {
2073     wxMenu* pMenu = m_pView->getFileMenu();
2074     theApp->getDocManager()->FileHistoryRemoveMenu (pMenu);
2075     m_pView->canvasClosed();
2076     m_pView = NULL;
2077   }
2078 }
2079
2080 void
2081 ProjectionFileCanvas::OnDraw(wxDC& dc)
2082 {
2083   if (m_pView)
2084     m_pView->OnDraw(& dc);
2085 }
2086
2087 wxSize
2088 ProjectionFileCanvas::GetBestSize () const
2089 {
2090   wxSize best (0, 0);
2091   if (m_pView) {
2092     Projections& rProj = m_pView->GetDocument()->getProjections();
2093     best.Set (rProj.nDet(), rProj.nView());
2094   }
2095
2096   return best;
2097 }
2098
2099
2100 // ProjectionFileView
2101
2102 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(ProjectionFileView, wxView)
2103
2104 BEGIN_EVENT_TABLE(ProjectionFileView, wxView)
2105 EVT_MENU(PJMENU_FILE_PROPERTIES, ProjectionFileView::OnProperties)
2106 EVT_MENU(PJMENU_RECONSTRUCT_FBP, ProjectionFileView::OnReconstructFBP)
2107 EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_POLAR, ProjectionFileView::OnConvertPolar)
2108 EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR, ProjectionFileView::OnConvertFFTPolar)
2109 END_EVENT_TABLE()
2110
2111 ProjectionFileView::ProjectionFileView()
2112 : wxView(), m_canvas(NULL), m_frame(NULL), m_pFileMenu(0)
2113 {
2114   m_iDefaultNX = 256;
2115   m_iDefaultNY = 256;
2116   m_iDefaultFilter = SignalFilter::FILTER_ABS_BANDLIMIT;
2117   m_dDefaultFilterParam = 1.;
2118 #if HAVE_FFTW
2119   m_iDefaultFilterMethod = ProcessSignal::FILTER_METHOD_RFFTW;
2120   m_iDefaultFilterGeneration = ProcessSignal::FILTER_GENERATION_INVERSE_FOURIER;
2121 #else
2122   m_iDefaultFilterMethod = ProcessSignal::FILTER_METHOD_CONVOLUTION;
2123   m_iDefaultFilterGeneration = ProcessSignal::FILTER_GENERATION_DIRECT;
2124 #endif
2125   m_iDefaultZeropad = 1;
2126   m_iDefaultBackprojector = Backprojector::BPROJ_IDIFF3;
2127   m_iDefaultInterpolation = Backprojector::INTERP_LINEAR;
2128   m_iDefaultInterpParam = 1;
2129   m_iDefaultTrace = Trace::TRACE_NONE;
2130
2131   m_iDefaultPolarNX = 256;
2132   m_iDefaultPolarNY = 256;
2133   m_iDefaultPolarInterpolation = Projections::POLAR_INTERP_BILINEAR;
2134   m_iDefaultPolarZeropad = 1;
2135 }
2136
2137 ProjectionFileView::~ProjectionFileView()
2138 {
2139
2140 }
2141
2142 void
2143 ProjectionFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
2144 {
2145   const Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
2146   std::ostringstream os;
2147   rProj.printScanInfo(os);
2148   *theApp->getLog() << os.str().c_str();
2149   wxMessageDialog dialogMsg (getFrameForChild(), os.str().c_str(), "Projection File Properties", wxOK | wxICON_INFORMATION);
2150   dialogMsg.ShowModal();
2151 }
2152
2153
2154 void
2155 ProjectionFileView::OnConvertPolar (wxCommandEvent& event)
2156 {
2157   Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
2158   DialogGetConvertPolarParameters dialogPolar (getFrameForChild(), "Convert Polar", m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY,
2159     m_iDefaultPolarInterpolation, -1);
2160   if (dialogPolar.ShowModal() == wxID_OK) {
2161     wxString strInterpolation (dialogPolar.getInterpolationName());
2162     m_iDefaultPolarNX = dialogPolar.getXSize();
2163     m_iDefaultPolarNY = dialogPolar.getYSize();
2164     ImageFileDocument* pPolarDoc = theApp->newImageDoc();
2165     ImageFile& rIF = pPolarDoc->getImageFile();
2166     if (! pPolarDoc) {
2167       sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
2168       return;
2169     }
2170     rIF.setArraySize (m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY);
2171     m_iDefaultPolarInterpolation = Projections::convertInterpNameToID (strInterpolation.c_str());
2172     rProj.convertPolar (rIF, m_iDefaultPolarInterpolation);
2173     rIF.labelAdd (rProj.getLabel().getLabelString().c_str(), rProj.calcTime());
2174     std::ostringstream os;
2175     os << "Convert projection file " << GetFrame()->GetTitle().c_str() << " to polar image: xSize="
2176       << m_iDefaultPolarNX << ", ySize=" << m_iDefaultPolarNY << ", interpolation="
2177       << strInterpolation.c_str();
2178     *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
2179     rIF.labelAdd (os.str().c_str());
2180     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
2181       pPolarDoc->Modify(true);
2182     pPolarDoc->UpdateAllViews();
2183     pPolarDoc->GetFirstView()->OnUpdate (this, NULL);
2184   }
2185 }
2186
2187 void
2188 ProjectionFileView::OnConvertFFTPolar (wxCommandEvent& event)
2189 {
2190   Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
2191   DialogGetConvertPolarParameters dialogPolar (getFrameForChild(), "Convert to FFT Polar", m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY,
2192     m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad);
2193   if (dialogPolar.ShowModal() == wxID_OK) {
2194     wxString strInterpolation (dialogPolar.getInterpolationName());
2195     m_iDefaultPolarNX = dialogPolar.getXSize();
2196     m_iDefaultPolarNY = dialogPolar.getYSize();
2197     m_iDefaultPolarZeropad = dialogPolar.getZeropad();
2198     ImageFileDocument* pPolarDoc = theApp->newImageDoc();
2199     ImageFile& rIF = pPolarDoc->getImageFile();
2200     if (! pPolarDoc) {
2201       sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
2202       return;
2203     }
2204     rIF.setArraySize (m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY);
2205     m_iDefaultPolarInterpolation = Projections::convertInterpNameToID (strInterpolation.c_str());
2206     rProj.convertFFTPolar (rIF, m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad);
2207     rIF.labelAdd (rProj.getLabel().getLabelString().c_str(), rProj.calcTime());
2208     std::ostringstream os;
2209     os << "Convert projection file " << GetFrame()->GetTitle().c_str() << " to FFT polar image: xSize="
2210       << m_iDefaultPolarNX << ", ySize=" << m_iDefaultPolarNY << ", interpolation="
2211       << strInterpolation.c_str() << ", zeropad=" << m_iDefaultPolarZeropad;
2212     *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
2213     rIF.labelAdd (os.str().c_str());
2214     if (theApp->getSetModifyNewDocs())
2215       pPolarDoc->Modify(true);
2216     pPolarDoc->UpdateAllViews();
2217     pPolarDoc->GetFirstView()->OnUpdate (this, NULL);
2218 }}
2219
2220 void
2221 ProjectionFileView::OnReconstructFourier (wxCommandEvent& event)
2222 {
2223   wxMessageBox ("Fourier Reconstruction is not yet supported", "Unimplemented function");
2224 }
2225
2226 void
2227 ProjectionFileView::OnReconstructFBP (wxCommandEvent& event)
2228 {
2229   DialogGetReconstructionParameters dialogReconstruction (getFrameForChild(), m_iDefaultNX, m_iDefaultNY, m_iDefaultFilter, m_dDefaultFilterParam, m_iDefaultFilterMethod, m_iDefaultFilterGeneration, m_iDefaultZeropad, m_iDefaultInterpolation, m_iDefaultInterpParam, m_iDefaultBackprojector, m_iDefaultTrace);
2230
2231   int retVal = dialogReconstruction.ShowModal();
2232   if (retVal == wxID_OK) {
2233     m_iDefaultNX = dialogReconstruction.getXSize();
2234     m_iDefaultNY = dialogReconstruction.getYSize();
2235     wxString optFilterName = dialogReconstruction.getFilterName();
2236     m_iDefaultFilter = SignalFilter::convertFilterNameToID (optFilterName.c_str());
2237     m_dDefaultFilterParam = dialogReconstruction.getFilterParam();
2238     wxString optFilterMethodName = dialogReconstruction.getFilterMethodName();
2239     m_iDefaultFilterMethod = ProcessSignal::convertFilterMethodNameToID(optFilterMethodName.c_str());
2240     m_iDefaultZeropad = dialogReconstruction.getZeropad();
2241     wxString optFilterGenerationName = dialogReconstruction.getFilterGenerationName();
2242     m_iDefaultFilterGeneration = ProcessSignal::convertFilterGenerationNameToID (optFilterGenerationName.c_str());
2243     wxString optInterpName = dialogReconstruction.getInterpName();
2244     m_iDefaultInterpolation = Backprojector::convertInterpNameToID (optInterpName.c_str());
2245     m_iDefaultInterpParam = dialogReconstruction.getInterpParam();
2246     wxString optBackprojectName = dialogReconstruction.getBackprojectName();
2247     m_iDefaultBackprojector = Backprojector::convertBackprojectNameToID (optBackprojectName.c_str());
2248     m_iDefaultTrace = dialogReconstruction.getTrace();
2249     if (m_iDefaultNX > 0 && m_iDefaultNY > 0) {
2250       ImageFileDocument* pReconDoc = theApp->newImageDoc();
2251       if (! pReconDoc) {
2252         sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
2253         return;
2254       }
2255       ImageFile& imageFile = pReconDoc->getImageFile();
2256       const Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
2257       imageFile.setArraySize (m_iDefaultNX, m_iDefaultNY);
2258
2259       Reconstructor* pReconstruct = new Reconstructor (rProj, imageFile, optFilterName.c_str(), m_dDefaultFilterParam, optFilterMethodName.c_str(), m_iDefaultZeropad, optFilterGenerationName.c_str(), optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, optBackprojectName.c_str(), m_iDefaultTrace);
2260
2261       Timer timerRecon;
2262       if (m_iDefaultTrace > Trace::TRACE_CONSOLE) {
2263         ReconstructDialog* pDlgReconstruct = new ReconstructDialog (*pReconstruct, rProj, imageFile, m_iDefaultTrace, getFrameForChild());
2264         for (int iView = 0; iView < rProj.nView(); iView++) {
2265           ::wxYield();
2266           ::wxYield();
2267           if (pDlgReconstruct->isCancelled() || ! pDlgReconstruct->reconstructView (iView)) {
2268             delete pDlgReconstruct;
2269             delete pReconstruct;
2270             pReconDoc->DeleteAllViews();
2271             return;
2272           }
2273           ::wxYield();
2274           ::wxYield();
2275           while (pDlgReconstruct->isPaused()) {
2276             ::wxYield();
2277             ::wxUsleep(50);
2278           }
2279         }
2280         delete pDlgReconstruct;
2281       } else {
2282         wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Reconstruction"), wxString("Reconstruction Progress"), rProj.nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT);
2283         for (int i = 0; i < rProj.nView(); i++) {
2284           pReconstruct->reconstructView (i, 1);
2285           if (! dlgProgress.Update(i + 1)) {
2286             delete pReconstruct;
2287             pReconDoc->DeleteAllViews();
2288             return;
2289           }
2290         }
2291       }
2292       delete pReconstruct;
2293       if (theApp->getSetModifyNewDocs())
2294         pReconDoc->Modify(true);
2295       pReconDoc->UpdateAllViews(this);
2296       ImageFileView* rasterView = dynamic_cast<ImageFileView*>(pReconDoc->GetFirstView());
2297       if (rasterView) {
2298         rasterView->getFrame()->SetFocus();
2299         rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
2300       }
2301       std::ostringstream os;
2302       os << "Reconstruct " << rProj.getFilename() << ": xSize=" << m_iDefaultNX << ", ySize=" << m_iDefaultNY << ", Filter=" << optFilterName.c_str() << ", FilterParam=" << m_dDefaultFilterParam << ", FilterMethod=" << optFilterMethodName.c_str() << ", FilterGeneration=" << optFilterGenerationName.c_str() << ", Zeropad=" << m_iDefaultZeropad << ", Interpolation=" << optInterpName.c_str() << ", InterpolationParam=" << m_iDefaultInterpParam << ", Backprojection=" << optBackprojectName.c_str();
2303       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
2304       imageFile.labelAdd (rProj.getLabel());
2305       imageFile.labelAdd (os.str().c_str(), timerRecon.timerEnd());
2306     }
2307   }
2308 }
2309
2310
2311 ProjectionFileCanvas*
2312 ProjectionFileView::CreateCanvas (wxView *view, wxFrame *parent)
2313 {
2314   ProjectionFileCanvas* pCanvas;
2315   int width, height;
2316   parent->GetClientSize(&width, &height);
2317
2318   pCanvas = new ProjectionFileCanvas (dynamic_cast<ProjectionFileView*>(view), parent, wxPoint(0, 0), wxSize(width, height), 0);
2319
2320   pCanvas->SetScrollbars(20, 20, 50, 50);
2321   pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
2322   pCanvas->Clear();
2323
2324   return pCanvas;
2325 }
2326
2327 wxFrame*
2328 ProjectionFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
2329 {
2330 #ifdef CTSIM_MDI
2331   wxDocMDIChildFrame *subframe = new wxDocMDIChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Projection Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(0, 0), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2332 #else
2333   wxDocChildFrame *subframe = new wxDocChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Projection Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(0, 0), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2334 #endif
2335   theApp->setIconForFrame (subframe);
2336
2337   wxMenu *m_pFileMenu = new wxMenu;
2338
2339   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
2340   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
2341   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
2342   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVE, "&Save\tCtrl-S");
2343   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVEAS, "Save &As...");
2344   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close\tCtrl-W");
2345
2346   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2347   m_pFileMenu->Append(PJMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
2348
2349   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2350   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
2351   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
2352   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
2353 #ifdef CTSIM_MDI
2354   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2355   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_EXIT, "E&xit");
2356 #endif
2357   theApp->getDocManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
2358   theApp->getDocManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
2359
2360   wxMenu *convert_menu = new wxMenu;
2361   convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_POLAR, "&Polar Image...\tCtrl-L");
2362   convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR, "&FFT->Polar Image...\tCtrl-I");
2363
2364   wxMenu *reconstruct_menu = new wxMenu;
2365   reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FBP, "&Filtered Backprojection...\tCtrl-R");
2366   reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER, "&Fourier...\tCtrl-E");
2367
2368   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
2369   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
2370   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_TOPICS, "&Topics\tCtrl-H");
2371   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_ABOUT, "&About");
2372
2373   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
2374
2375   menu_bar->Append (m_pFileMenu, "&File");
2376   menu_bar->Append (convert_menu, "&Convert");
2377   menu_bar->Append (reconstruct_menu, "&Reconstruct");
2378   menu_bar->Append (help_menu, "&Help");
2379
2380   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
2381   subframe->Centre(wxBOTH);
2382
2383   wxAcceleratorEntry accelEntries[11];
2384   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('O'), wxID_OPEN);
2385   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('S'), wxID_SAVE);
2386   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('W'), wxID_CLOSE);
2387   accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), MAINMENU_HELP_TOPICS);
2388   accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('P'), MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM);
2389   accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('F'), MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER);
2390   accelEntries[6].Set (wxACCEL_NORMAL, WXK_F1, MAINMENU_HELP_CONTENTS);
2391   accelEntries[7].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('L'), PJMENU_CONVERT_POLAR);
2392   accelEntries[8].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('I'), PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR);
2393   accelEntries[9].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('R'), PJMENU_RECONSTRUCT_FBP);
2394   accelEntries[10].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER);
2395   wxAcceleratorTable accelTable (11, accelEntries);
2396   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
2397
2398   return subframe;
2399 }
2400
2401
2402 bool
2403 ProjectionFileView::OnCreate(wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
2404 {
2405   m_frame = CreateChildFrame(doc, this);
2406   SetFrame(m_frame);
2407
2408   int width, height;
2409   m_frame->GetClientSize(&width, &height);
2410   m_frame->SetTitle("ProjectionFileView");
2411   m_canvas = CreateCanvas(this, m_frame);
2412
2413 #ifdef __X__
2414   int x, y;  // X requires a forced resize
2415   m_frame->GetSize(&x, &y);
2416   m_frame->SetSize(-1, -1, x, y);
2417 #endif
2418
2419   m_frame->Show(true);
2420   Activate(true);
2421
2422   return true;
2423 }
2424
2425 void
2426 ProjectionFileView::OnDraw (wxDC* dc)
2427 {
2428   wxSize clientSize = m_frame->GetClientSize();
2429   wxSize bestSize = m_canvas->GetBestSize();
2430
2431   if (clientSize.x > bestSize.x || clientSize.y > bestSize.y)
2432     m_frame->SetClientSize (bestSize);
2433
2434   if (m_bitmap.Ok())
2435     dc->DrawBitmap (m_bitmap, 0, 0, false);
2436 }
2437
2438
2439 void
2440 ProjectionFileView::OnUpdate(wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
2441 {
2442   const Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
2443   const int nDet = rProj.nDet();
2444   const int nView = rProj.nView();
2445   if (nDet != 0 && nView != 0) {
2446     const DetectorArray& detarray = rProj.getDetectorArray(0);
2447     const DetectorValue* detval = detarray.detValues();
2448     double min = detval[0];
2449     double max = detval[0];
2450     for (int iy = 0; iy < nView; iy++) {
2451       const DetectorArray& detarray = rProj.getDetectorArray(iy);
2452       const DetectorValue* detval = detarray.detValues();
2453       for (int ix = 0; ix < nDet; ix++) {
2454         if (min > detval[ix])
2455           min = detval[ix];
2456         else if (max < detval[ix])
2457           max = detval[ix];
2458       }
2459     }
2460
2461     unsigned char* imageData = new unsigned char [nDet * nView * 3];
2462     double scale = (max - min) / 255;
2463     for (int iy2 = 0; iy2 < nView; iy2++) {
2464       const DetectorArray& detarray = rProj.getDetectorArray (iy2);
2465       const DetectorValue* detval = detarray.detValues();
2466       for (int ix = 0; ix < nDet; ix++) {
2467         int intensity = static_cast<int>(((detval[ix] - min) / scale) + 0.5);
2468         intensity = clamp(intensity, 0, 255);
2469         int baseAddr = (iy2 * nDet + ix) * 3;
2470         imageData[baseAddr] = imageData[baseAddr+1] = imageData[baseAddr+2] = intensity;
2471       }
2472     }
2473     wxImage image (nDet, nView, imageData, true);
2474     m_bitmap = image.ConvertToBitmap();
2475     delete imageData;
2476     int xSize = nDet;
2477     int ySize = nView;
2478     xSize = clamp (xSize, 0, 800);
2479     ySize = clamp (ySize, 0, 800);
2480     m_frame->SetClientSize (xSize, ySize);
2481     m_canvas->SetScrollbars (20, 20, nDet/20, nView/20);
2482   }
2483
2484   if (m_canvas)
2485     m_canvas->Refresh();
2486 }
2487
2488 bool
2489 ProjectionFileView::OnClose (bool deleteWindow)
2490 {
2491   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
2492     return false;
2493
2494   if (m_canvas) {
2495     //m_canvas->Clear();
2496     m_canvas->setView(NULL);
2497     m_canvas = NULL;
2498   }
2499 //  wxString s(wxTheApp->GetAppName());
2500 //  if (m_frame)
2501 //    m_frame->SetTitle(s);
2502   SetFrame(NULL);
2503
2504   Activate(false);
2505
2506   if (deleteWindow) {
2507     delete m_frame;
2508     return true;
2509   }
2510   return true;
2511 }
2512
2513
2514
2515 // PlotFileCanvas
2516 PlotFileCanvas::PlotFileCanvas (PlotFileView* v, wxFrame *frame, const wxPoint& pos, const wxSize& size, const long style)
2517 : wxScrolledWindow(frame, -1, pos, size, style)
2518 {
2519   m_pView = v;
2520 }
2521
2522 PlotFileCanvas::~PlotFileCanvas ()
2523 {
2524   if (m_pView) {
2525     wxMenu* pMenu = m_pView->getFileMenu();
2526     theApp->getDocManager()->FileHistoryRemoveMenu (pMenu);
2527     m_pView->canvasClosed();
2528     m_pView = NULL;
2529   }
2530 }
2531
2532 void
2533 PlotFileCanvas::OnDraw(wxDC& dc)
2534 {
2535   if (m_pView)
2536     m_pView->OnDraw(& dc);
2537 }
2538
2539
2540 // PlotFileView
2541
2542 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(PlotFileView, wxView)
2543
2544 BEGIN_EVENT_TABLE(PlotFileView, wxView)
2545 EVT_MENU(PJMENU_FILE_PROPERTIES, PlotFileView::OnProperties)
2546 EVT_MENU(PLOTMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, PlotFileView::OnScaleMinMax)
2547 EVT_MENU(PLOTMENU_VIEW_SCALE_AUTO, PlotFileView::OnScaleAuto)
2548 EVT_MENU(PLOTMENU_VIEW_SCALE_FULL, PlotFileView::OnScaleFull)
2549 END_EVENT_TABLE()
2550
2551 PlotFileView::PlotFileView()
2552 : wxView(), m_canvas(NULL), m_frame(NULL), m_pEZPlot(NULL), m_pFileMenu(0)
2553 {
2554   m_bMinSpecified = false;
2555   m_bMaxSpecified = false;
2556 }
2557
2558 PlotFileView::~PlotFileView()
2559 {
2560   if (m_pEZPlot)
2561     delete m_pEZPlot;
2562
2563
2564 }
2565
2566 void
2567 PlotFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
2568 {
2569   const PlotFile& rPlot = GetDocument()->getPlotFile();
2570   std::ostringstream os;
2571   os << "Columns: " << rPlot.getNumColumns() << ", Records: " << rPlot.getNumRecords() << "\n";
2572   rPlot.printHeadersBrief (os);
2573   *theApp->getLog() << os.str().c_str();
2574   wxMessageDialog dialogMsg (getFrameForChild(), os.str().c_str(), "Plot File Properties", wxOK | wxICON_INFORMATION);
2575   dialogMsg.ShowModal();
2576 }
2577
2578
2579 void
2580 PlotFileView::OnScaleAuto (wxCommandEvent& event)
2581 {
2582   const PlotFile& rPlotFile = GetDocument()->getPlotFile();
2583   double min, max, mean, mode, median, stddev;
2584   rPlotFile.statistics (1, min, max, mean, mode, median, stddev);
2585   DialogAutoScaleParameters dialogAutoScale (getFrameForChild(), mean, mode, median, stddev, m_dAutoScaleFactor);
2586   int iRetVal = dialogAutoScale.ShowModal();
2587   if (iRetVal == wxID_OK) {
2588     m_bMinSpecified = true;
2589     m_bMaxSpecified = true;
2590     double dMin, dMax;
2591     if (dialogAutoScale.getMinMax (&dMin, &dMax)) {
2592       m_dMinPixel = dMin;
2593       m_dMaxPixel = dMax;
2594       m_dAutoScaleFactor = dialogAutoScale.getAutoScaleFactor();
2595       OnUpdate (this, NULL);
2596     }
2597   }
2598 }
2599
2600 void
2601 PlotFileView::OnScaleMinMax (wxCommandEvent& event)
2602 {
2603   const PlotFile& rPlotFile = GetDocument()->getPlotFile();
2604   double min;
2605   double max;
2606
2607   if (! m_bMinSpecified || ! m_bMaxSpecified) {
2608     if (! rPlotFile.getMinMax (1, min, max)) {
2609       *theApp->getLog() << "Error: unable to find Min/Max\n";
2610       return;
2611     }
2612   }
2613
2614   if (m_bMinSpecified)
2615     min = m_dMinPixel;
2616   if (m_bMaxSpecified)
2617     max = m_dMaxPixel;
2618
2619   DialogGetMinMax dialogMinMax (getFrameForChild(), "Set Y-axis Minimum & Maximum", min, max);
2620   int retVal = dialogMinMax.ShowModal();
2621   if (retVal == wxID_OK) {
2622     m_bMinSpecified = true;
2623     m_bMaxSpecified = true;
2624     m_dMinPixel = dialogMinMax.getMinimum();
2625     m_dMaxPixel = dialogMinMax.getMaximum();
2626     OnUpdate (this, NULL);
2627   }
2628 }
2629
2630 void
2631 PlotFileView::OnScaleFull (wxCommandEvent& event)
2632 {
2633   if (m_bMinSpecified || m_bMaxSpecified) {
2634     m_bMinSpecified = false;
2635     m_bMaxSpecified = false;
2636     OnUpdate (this, NULL);
2637   }
2638 }
2639
2640
2641 PlotFileCanvas*
2642 PlotFileView::CreateCanvas (wxView *view, wxFrame *parent)
2643 {
2644   PlotFileCanvas* pCanvas;
2645   int width, height;
2646   parent->GetClientSize(&width, &height);
2647
2648   pCanvas = new PlotFileCanvas (dynamic_cast<PlotFileView*>(view), parent, wxPoint(0, 0), wxSize(width, height), 0);
2649
2650   pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
2651   pCanvas->Clear();
2652
2653   return pCanvas;
2654 }
2655
2656 wxFrame*
2657 PlotFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
2658 {
2659 #ifdef CTSIM_MDI
2660   wxDocMDIChildFrame *subframe = new wxDocMDIChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Plot Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(500, 300), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2661 #else
2662   wxDocChildFrame *subframe = new wxDocChildFrame(doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "Plot Frame", wxPoint(10, 10), wxSize(500, 300), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2663 #endif
2664   theApp->setIconForFrame (subframe);
2665
2666   wxMenu *m_pFileMenu = new wxMenu;
2667
2668   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
2669   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
2670   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
2671   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVE, "&Save\tCtrl-S");
2672   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVEAS, "Save &As...");
2673   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close\tCtrl-W");
2674
2675   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2676   m_pFileMenu->Append(PJMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
2677
2678   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2679   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
2680   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
2681   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
2682 #ifdef CTSIM_MDI
2683   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2684   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_EXIT, "E&xit");
2685 #endif
2686   theApp->getDocManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
2687   theApp->getDocManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
2688
2689   wxMenu *view_menu = new wxMenu;
2690   view_menu->Append(PLOTMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, "Display Scale &Set...\tCtrl-E");
2691   view_menu->Append(PLOTMENU_VIEW_SCALE_AUTO, "Display Scale &Auto...\tCtrl-A");
2692   view_menu->Append(PLOTMENU_VIEW_SCALE_FULL, "Display &Full Scale\tCtrl-U");
2693
2694   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
2695   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
2696   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_TOPICS, "&Topics\tCtrl-H");
2697   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_ABOUT, "&About");
2698
2699   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
2700
2701   menu_bar->Append(m_pFileMenu, "&File");
2702   menu_bar->Append(view_menu, "&View");
2703   menu_bar->Append(help_menu, "&Help");
2704
2705   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
2706   subframe->Centre(wxBOTH);
2707
2708   wxAcceleratorEntry accelEntries[10];
2709   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('O'), wxID_OPEN);
2710   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('S'), wxID_SAVE);
2711   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('W'), wxID_CLOSE);
2712   accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), MAINMENU_HELP_TOPICS);
2713   accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('P'), MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM);
2714   accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('F'), MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER);
2715   accelEntries[6].Set (wxACCEL_NORMAL, WXK_F1, MAINMENU_HELP_CONTENTS);
2716   accelEntries[7].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), PLOTMENU_VIEW_SCALE_MINMAX);
2717   accelEntries[8].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('A'), PLOTMENU_VIEW_SCALE_AUTO);
2718   accelEntries[9].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('U'), PLOTMENU_VIEW_SCALE_FULL);
2719   wxAcceleratorTable accelTable (10, accelEntries);
2720   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
2721
2722   return subframe;
2723 }
2724
2725
2726 bool
2727 PlotFileView::OnCreate (wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
2728 {
2729   m_frame = CreateChildFrame(doc, this);
2730   SetFrame(m_frame);
2731
2732   m_bMinSpecified = false;
2733   m_bMaxSpecified = false;
2734   m_dAutoScaleFactor = 1.;
2735
2736   int width, height;
2737   m_frame->GetClientSize(&width, &height);
2738   m_frame->SetTitle ("Plot File");
2739   m_canvas = CreateCanvas (this, m_frame);
2740
2741 #ifdef __X__
2742   int x, y;  // X requires a forced resize
2743   m_frame->GetSize(&x, &y);
2744   m_frame->SetSize(-1, -1, x, y);
2745 #endif
2746
2747   m_frame->Show(true);
2748   Activate(true);
2749
2750   return true;
2751 }
2752
2753 void
2754 PlotFileView::OnDraw (wxDC* dc)
2755 {
2756   const PlotFile& rPlotFile = GetDocument()->getPlotFile();
2757   const int iNColumns = rPlotFile.getNumColumns();
2758   const int iNRecords = rPlotFile.getNumRecords();
2759
2760   if (iNColumns > 0 && iNRecords > 0) {
2761     int xsize, ysize;
2762     m_canvas->GetClientSize (&xsize, &ysize);
2763     SGPDriver driver (dc, xsize, ysize);
2764     SGP sgp (driver);
2765     if (m_pEZPlot)
2766       m_pEZPlot->plot (&sgp);
2767   }
2768 }
2769
2770
2771 void
2772 PlotFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
2773 {
2774   const PlotFile& rPlotFile = GetDocument()->getPlotFile();
2775   const int iNColumns = rPlotFile.getNumColumns();
2776   const int iNRecords = rPlotFile.getNumRecords();
2777
2778   if (iNColumns > 0 && iNRecords > 0) {
2779     if (m_pEZPlot)
2780       delete m_pEZPlot;
2781     m_pEZPlot = new EZPlot;
2782
2783     for (unsigned int iEzset = 0; iEzset < rPlotFile.getNumEzsetCommands(); iEzset++)
2784       m_pEZPlot->ezset (rPlotFile.getEzsetCommand (iEzset));
2785
2786     if (m_bMinSpecified) {
2787       std::ostringstream os;
2788       os << "ymin " << m_dMinPixel;
2789       m_pEZPlot->ezset (os.str());
2790     }
2791
2792     if (m_bMaxSpecified) {
2793       std::ostringstream os;
2794       os << "ymax " << m_dMaxPixel;
2795       m_pEZPlot->ezset (os.str());
2796     }
2797
2798     m_pEZPlot->ezset("box");
2799     m_pEZPlot->ezset("grid");
2800
2801     double* pdXaxis = new double [iNRecords];
2802     rPlotFile.getColumn (0, pdXaxis);
2803
2804     double* pdY = new double [iNRecords];
2805     for (int iCol = 1; iCol < iNColumns; iCol++) {
2806       rPlotFile.getColumn (iCol, pdY);
2807       m_pEZPlot->addCurve (pdXaxis, pdY, iNRecords);
2808     }
2809
2810     delete pdXaxis;
2811     delete pdY;
2812   }
2813
2814   if (m_canvas)
2815     m_canvas->Refresh();
2816 }
2817
2818 bool
2819 PlotFileView::OnClose (bool deleteWindow)
2820 {
2821   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
2822     return false;
2823
2824   if (m_canvas) {
2825     //m_canvas->Clear();
2826     m_canvas->setView (NULL);
2827     m_canvas = NULL;
2828   }
2829 //  wxString s(wxTheApp->GetAppName());
2830 //  if (m_frame)
2831 //    m_frame->SetTitle(s);
2832   SetFrame(NULL);
2833
2834   Activate(false);
2835
2836   if (deleteWindow) {
2837     delete m_frame;
2838     return true;
2839   }
2840   return true;
2841 }
2842
2843
2844 ////////////////////////////////////////////////////////////////
2845
2846
2847 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(TextFileView, wxView)
2848
2849 TextFileView::~TextFileView()
2850 {
2851
2852 }
2853
2854 bool TextFileView::OnCreate(wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
2855 {
2856   m_pFrame = CreateChildFrame(doc, this);
2857   SetFrame (m_pFrame);
2858
2859   int width, height;
2860   m_pFrame->GetClientSize(&width, &height);
2861   m_pFrame->SetTitle("TextFile");
2862   m_pCanvas = new TextFileCanvas (this, m_pFrame, wxPoint(0, 0), wxSize(width, height), wxTE_MULTILINE | wxTE_READONLY);
2863   m_pFrame->SetTitle("Log");
2864
2865 #ifdef __X__
2866   // X seems to require a forced resize
2867   int x, y;
2868   frame->GetSize(&x, &y);
2869   frame->SetSize(-1, -1, x, y);
2870 #endif
2871
2872   m_pFrame->Show (true);
2873   Activate (true);
2874
2875   return true;
2876 }
2877
2878 // Handled by wxTextWindow
2879 void TextFileView::OnDraw(wxDC *WXUNUSED(dc) )
2880 {
2881 }
2882
2883 void TextFileView::OnUpdate(wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
2884 {
2885 }
2886
2887 bool
2888 TextFileView::OnClose (bool deleteWindow)
2889 {
2890         if (m_pFrame && m_pFrame->GetTitle() == "Log")
2891        return false;
2892
2893   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
2894     return false;
2895
2896   Activate(false);
2897
2898   if (deleteWindow)
2899   {
2900     delete m_pFrame;
2901         m_pFrame = NULL;
2902
2903   }
2904   return TRUE;
2905 }
2906
2907 wxFrame*
2908 TextFileView::CreateChildFrame (wxDocument *doc, wxView *view)
2909 {
2910 #if CTSIM_MDI
2911   wxDocMDIChildFrame* subframe = new wxDocMDIChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "TextFile Frame", wxPoint(-1, -1), wxSize(300, 150), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2912 #else
2913   wxDocChildFrame* subframe = new wxDocChildFrame (doc, view, theApp->getMainFrame(), -1, "TextFile Frame", wxPoint(-1, -1), wxSize(300, 150), wxDEFAULT_FRAME_STYLE);
2914 #endif
2915   theApp->setIconForFrame (subframe);
2916
2917   wxMenu *m_pFileMenu = new wxMenu;
2918
2919   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
2920   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
2921   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
2922   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVE, "&Save\tCtrl-S");
2923   m_pFileMenu->Append(wxID_SAVEAS, "Save &As...");
2924   //  m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close\tCtrl-W");
2925
2926   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2927   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
2928   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
2929   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
2930 #ifdef CTSIM_MDI
2931   m_pFileMenu->AppendSeparator();
2932   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_EXIT, "E&xit");
2933 #endif
2934   theApp->getDocManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
2935   theApp->getDocManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
2936
2937   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
2938   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
2939   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_TOPICS, "&Topics\tCtrl-H");
2940   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_ABOUT, "&About");
2941
2942   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
2943
2944   menu_bar->Append(m_pFileMenu, "&File");
2945   menu_bar->Append(help_menu, "&Help");
2946
2947   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
2948   subframe->Centre(wxBOTH);
2949
2950   wxAcceleratorEntry accelEntries[5];
2951   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('O'), wxID_OPEN);
2952   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('S'), wxID_SAVE);
2953   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('W'), wxID_CLOSE);
2954   accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), MAINMENU_HELP_TOPICS);
2955   accelEntries[4].Set (wxACCEL_NORMAL, WXK_F1, MAINMENU_HELP_CONTENTS);
2956   wxAcceleratorTable accelTable (5, accelEntries);
2957   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
2958
2959   return subframe;
2960 }
2961
2962
2963 // Define a constructor for my text subwindow
2964 TextFileCanvas::TextFileCanvas (TextFileView* v, wxFrame* frame, const wxPoint& pos, const wxSize& size, long style)
2965   : wxTextCtrl (frame, -1, "", pos, size, style), m_pView(v)
2966 {
2967 }
2968
2969 TextFileCanvas::~TextFileCanvas ()
2970 {
2971   if (m_pView) {
2972     wxMenu* pMenu = m_pView->getFileMenu();
2973     theApp->getDocManager()->FileHistoryRemoveMenu (pMenu);
2974     m_pView->canvasClosed();
2975     m_pView = NULL;
2976   }
2977 }