composite.lisp

   1 ;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp-orf -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     composite.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Composite Classes for UMLisp
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2004 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp-orf)
  20
  21 ;;; Semantic type constants
  22
  23 (defun find-tui-word (words)
  24   (aif (car (find-usty-word words))
  25        (tui it)
  26        nil))
  27 (memoize 'find-tui-word)
  28
  29 (defun tui-disease-or-syndrome ()
  30   (find-tui-word "disease or syndrome"))
  31 (defun tui-sign-or-symptom ()
  32   (find-tui-word "sign or symptom"))
  33 (defun tui-finding ()
  34   (find-tui-word "finding"))
  35
  36
  37 ;;;; Related concepts with specific tui lookup functions
  38
  39 (defun ucon-is-tui? (ucon tui)
  40   "Returns t if ucon has a semantic type of tui"
  41   (find tui (s#sty ucon) :key #'tui))
  42
  43 (defun find-ucon2-tui (ucon tui cui2-func related-con-func)
  44   "Returns a list of related ucons that have specific tui"
  45   (remove-duplicates
  46    (filter
  47     #'(lambda (c)
  48         (aif (funcall cui2-func c)
  49              (let ((ucon2 (find-ucon-cui it)))
  50                (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
  51                  ucon2)) nil))
  52     (funcall related-con-func ucon))
  53    :key #'cui))
  54
  55 (defun find-ucon2-coc-tui (ucon tui)
  56   "Return list of ucon's that have co-occuring concepts of semantic type tui"
  57   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#coc))
  58
  59 (defun find-ucon2-rel-tui (ucon tui)
  60   "Return list of ucon's that have related concepts to ucon and semantic type tui"
  61   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#rel))
  62
  63 ;;; Composite Objects
  64
  65 (defclass freq (hyperobject)
  66   ((freq :value-type integer :initarg :freq :accessor freq
  67          :print-formatter fmt-comma-integer))
  68   (:metaclass hyperobject-class)
  69   (:default-initargs :freq 0)
  70   (:user-name "Frequency class" "Frequency classes")
  71   (:default-print-slots freq)
  72   (:description "Base class containing frequency slot, used for multi-inherited objects"))
  73
  74 (defclass ucon_freq (ucon freq)
  75   ()
  76   (:metaclass hyperobject-class)
  77   (:user-name "Concept and Count" "Concepts and Counts")
  78   (:default-print-slots cui freq pfstr)
  79   (:description "Composite object of ucon/freq"))
  80
  81 (defclass ustr_freq (ustr freq)
  82   ()
  83   (:metaclass hyperobject-class)
  84   (:user-name "String and Count" "Strings and Counts")
  85   (:default-print-slots sui freq stt lrl str)
  86   (:description "Composite object of ustr/freq"))
  87
  88 (defclass usty_freq (usty freq)
  89   ()
  90   (:metaclass hyperobject-class)
  91   (:user-name "Semantic Type and Count" "Semantic Types and Counts")
  92   (:default-print-slots tui freq sty)
  93   (:description "Composite object of usty/freq"))
  94
  95 (defun find-usty_freq-all ()
  96   (let ((usty_freqs '()))
  97     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
  98       (let* ((tui (car tuple))
  99              (freq (ensure-integer
 100                      (caar (mutex-sql-query
 101                             (format nil "select count(*) from MRSTY where TUI=~a" tui)))))
 102              (usty (find-usty-tui tui)))
 103         (push (make-instance 'usty_freq :sty (sty usty)
 104                              :tui (tui usty) :freq freq) usty_freqs)))
 105     (sort usty_freqs #'> :key #'freq)))
 106
 107
 108 (defclass usrl_freq (usrl freq)
 109   ()
 110   (:metaclass hyperobject-class)
 111   (:user-name "Source and Count" "Sources and Counts")
 112   (:default-print-slots sab freq srl)
 113   (:description "Composite object of usrl/freq"))
 114
 115 ;; Frequency finding functions
 116
 117 (defun find-usrl_freq-all ()
 118   (let ((freqs '()))
 119     (dolist (usrl (find-usrl-all))
 120       (let ((freq (ensure-integer
 121                    (caar (mutex-sql-query
 122                           (format nil "select count(*) from MRSO where SAB='~a'"
 123                                   (sab usrl)))))))
 124         (push (make-instance 'usrl_freq :sab (sab usrl) :srl (srl usrl)
 125                              :freq freq)
 126               freqs)))
 127     (sort freqs #'> :key #'freq)))
 128
 129 (defun find-ucon2_freq-coc-tui (ucon tui)
 130 "Return sorted list of tuples with ucon and freq that have co-occuring concepts of semantic type tui"
 131   (let ((ucon_freqs '()))
 132     (dolist (ucoc (s#coc ucon))
 133       (aif (cui2 ucoc)
 134            (let ((ucon2 (find-ucon-cui it)))
 135              (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
 136                (push (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 137                                     :pfstr (pfstr ucon2) :freq (cof ucoc))
 138                      ucon_freqs)))))
 139     (setq ucon_freqs (delete-duplicates ucon_freqs :key #'cui))
 140     (sort ucon_freqs #'> :key #'freq)))
 141
 142 (defun find-ucon2-str&sty (str sty lookup-func)
 143   "Call lookup-func for ucon and usty for given str and sty"
 144   (let ((ucon (car (find-ucon-str str)))
 145         (usty (car (find-usty-word sty))))
 146     (if (and ucon usty)
 147         (funcall lookup-func ucon (tui usty))
 148       nil)))
 149
 150 (defun find-ucon2-coc-str&sty (str sty)
 151   "Find all ucons that are a co-occuring concept for concept named str
 152    and that have semantic type of sty"
 153   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-coc-tui))
 154
 155 (defun find-ucon2-rel-str&sty (str sty)
 156   "Find all ucons that are a relationship to concept named str
 157    and that have semantic type of sty"
 158   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-rel-tui))
 159
 160 ;;; Most common relationships, co-occurances
 161
 162 (defun find-ucon2_freq-tui-all (tui ucon2-tui-func)
 163   "Return sorted list of all ucon2 that have a semantic type tui with ucon that is also has sty of tui"
 164   (let ((ucon_freqs (make-array (1+ (find-cui-max)) :initial-element nil)))
 165     (dolist (ucon (find-ucon-tui tui)) ;; for all disease-or-syn
 166       (dolist (ucon2 (funcall ucon2-tui-func ucon tui)) ;; for each related disease
 167         (aif (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 168              (setf (freq it) (1+ (freq it)))
 169              (setf (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 170                (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 171                               :pfstr (pfstr ucon2) :freq 1)))))
 172     (let ((ucon_freq-list '()))
 173       (dotimes (i (find-cui-max))
 174         (declare (fixnum i))
 175         (awhen (aref ucon_freqs i)
 176              (push it ucon_freq-list)))
 177       (sort ucon_freq-list #'> :key #'freq))))
 178
 179 (defun find-ucon2_freq-rel-tui-all (tui)
 180   "Sorted list of ucon_freq with semantic type tui that are rel's of ucons with semantic type tui"
 181   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-rel-tui))
 182
 183 (defun find-ucon2_freq-coc-tui-all (tui)
 184   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-coc-tui))
 185
 186 #+(or scl)
 187 (dolist (c '(ucon_freq ustr_freq usty_freq usrl_freq))
 188   (let ((cl #+cmu (pcl:find-class c)
 189             #+scl (find-class c)))
 190     #+cmu (pcl:finalize-inheritance cl)
 191     #+scl (clos:finalize-inheritance cl)))