composite.lisp

   1 ;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     composite.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Composite Classes for UMLisp
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  11 ;;;;    Copyright (c) 2000-2010 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  12 ;;;;
  13 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  14 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  15 ;;;; *************************************************************************
  16
  17 (in-package #:umlisp)
  18
  19 ;;; Semantic type constants
  20
  21 (defun find-tui-word (words)
  22   (aif (car (find-usty-word words))
  23        (tui it)
  24        nil))
  25 (memoize 'find-tui-word)
  26
  27 (defun tui-disease-or-syndrome ()
  28   (find-tui-word "disease or syndrome"))
  29 (defun tui-sign-or-symptom ()
  30   (find-tui-word "sign or symptom"))
  31 (defun tui-finding ()
  32   (find-tui-word "finding"))
  33
  34
  35 ;;;; Related concepts with specific tui lookup functions
  36
  37 (defun ucon-is-tui? (ucon tui)
  38   "Returns t if ucon has a semantic type of tui"
  39   (find tui (s#sty ucon) :key #'tui))
  40
  41 (defun find-ucon2-tui (ucon tui cui2-func related-con-func)
  42   "Returns a list of related ucons that have specific tui"
  43   (remove-duplicates
  44    (filter
  45     #'(lambda (c)
  46         (aif (funcall cui2-func c)
  47              (let ((ucon2 (find-ucon-cui it)))
  48                (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
  49                  ucon2)) nil))
  50     (funcall related-con-func ucon))
  51    :key #'cui))
  52
  53 #+mrcoc (defun find-ucon2-coc-tui (ucon tui)
  54   "Return list of ucon's that have co-occuring concepts of semantic type tui"
  55   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#coc))
  56
  57 (defun find-ucon2-rel-tui (ucon tui)
  58   "Return list of ucon's that have related concepts to ucon and semantic type tui"
  59   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#rel))
  60
  61 ;;; Composite Objects
  62
  63 (defclass freq (hyperobject)
  64   ((freq :value-type integer :initarg :freq :accessor freq
  65          :print-formatter fmt-comma-integer))
  66   (:metaclass hyperobject-class)
  67   (:default-initargs :freq 0)
  68   (:user-name "Frequency class" "Frequency classes")
  69   (:default-print-slots freq)
  70   (:description "Base class containing frequency slot, used for multi-inherited objects"))
  71
  72 (defclass ucon_freq (ucon freq)
  73   ()
  74   (:metaclass hyperobject-class)
  75   (:user-name "Concept and Count" "Concepts and Counts")
  76   (:default-print-slots cui freq pfstr)
  77   (:description "Composite object of ucon/freq"))
  78
  79 (defclass ustr_freq (ustr freq)
  80   ()
  81   (:metaclass hyperobject-class)
  82   (:user-name "String and Count" "Strings and Counts")
  83   (:default-print-slots sui freq stt lrl str)
  84   (:description "Composite object of ustr/freq"))
  85
  86 (defclass usty_freq (usty freq)
  87   ()
  88   (:metaclass hyperobject-class)
  89   (:user-name "Semantic Type and Count" "Semantic Types and Counts")
  90   (:default-print-slots tui freq sty)
  91   (:description "Composite object of usty/freq"))
  92
  93 (defun find-usty_freq-all ()
  94   (let ((usty_freqs '()))
  95     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
  96       (let* ((tui (car tuple))
  97              (freq (ensure-integer
  98                      (caar (mutex-sql-query
  99                             (format nil "select count(*) from MRSTY where TUI=~a" tui)))))
 100              (usty (find-usty-tui tui)))
 101         (push (make-instance 'usty_freq :sty (sty usty)
 102                              :tui (tui usty) :freq freq) usty_freqs)))
 103     (sort usty_freqs #'> :key #'freq)))
 104
 105
 106 (defclass usrl_freq (usrl freq)
 107   ()
 108   (:metaclass hyperobject-class)
 109   (:user-name "Source and Count" "Sources and Counts")
 110   (:default-print-slots sab freq srl)
 111   (:description "Composite object of usrl/freq"))
 112
 113 ;; Frequency finding functions
 114
 115 (defun find-usrl_freq-all ()
 116   (let ((freqs '()))
 117     (dolist (usrl (find-usrl-all))
 118       (let ((freq (ensure-integer
 119                    (caar (mutex-sql-query
 120                           (format nil "select count(*) from MRSO where SAB='~a'"
 121                                   (sab usrl)))))))
 122         (push (make-instance 'usrl_freq :sab (sab usrl) :srl (srl usrl)
 123                              :freq freq)
 124               freqs)))
 125     (sort freqs #'> :key #'freq)))
 126
 127 #+mrcoc (defun find-ucon2_freq-coc-tui (ucon tui)
 128 "Return sorted list of tuples with ucon and freq that have co-occuring concepts of semantic type tui"
 129   (let ((ucon_freqs '()))
 130     (dolist (ucoc (s#coc ucon))
 131       (aif (cui2 ucoc)
 132            (let ((ucon2 (find-ucon-cui it)))
 133              (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
 134                (push (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 135                                     :pfstr (pfstr ucon2) :freq (cof ucoc))
 136                      ucon_freqs)))))
 137     (setq ucon_freqs (delete-duplicates ucon_freqs :key #'cui))
 138     (sort ucon_freqs #'> :key #'freq)))
 139
 140 (defun find-ucon2-str&sty (str sty lookup-func)
 141   "Call lookup-func for ucon and usty for given str and sty"
 142   (let ((ucon (car (find-ucon-str str)))
 143         (usty (car (find-usty-word sty))))
 144     (if (and ucon usty)
 145         (funcall lookup-func ucon (tui usty))
 146       nil)))
 147
 148 #+mrcoc (defun find-ucon2-coc-str&sty (str sty)
 149   "Find all ucons that are a co-occuring concept for concept named str
 150    and that have semantic type of sty"
 151   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-coc-tui))
 152
 153 (defun find-ucon2-rel-str&sty (str sty)
 154   "Find all ucons that are a relationship to concept named str
 155    and that have semantic type of sty"
 156   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-rel-tui))
 157
 158 ;;; Most common relationships, co-occurances
 159
 160 (defun find-ucon2_freq-tui-all (tui ucon2-tui-func)
 161   "Return sorted list of all ucon2 that have a semantic type tui with ucon that is also has sty of tui"
 162   (let ((ucon_freqs (make-array (1+ (find-cui-max)) :initial-element nil)))
 163     (dolist (ucon (find-ucon-tui tui)) ;; for all disease-or-syn
 164       (dolist (ucon2 (funcall ucon2-tui-func ucon tui)) ;; for each related disease
 165         (aif (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 166              (setf (freq it) (1+ (freq it)))
 167              (setf (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 168                (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 169                               :pfstr (pfstr ucon2) :freq 1)))))
 170     (let ((ucon_freq-list '()))
 171       (dotimes (i (find-cui-max))
 172         (declare (fixnum i))
 173         (awhen (aref ucon_freqs i)
 174              (push it ucon_freq-list)))
 175       (sort ucon_freq-list #'> :key #'freq))))
 176
 177 (defun find-ucon2_freq-rel-tui-all (tui)
 178   "Sorted list of ucon_freq with semantic type tui that are rel's of ucons with semantic type tui"
 179   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-rel-tui))
 180
 181 #+mrcoc (defun find-ucon2_freq-coc-tui-all (tui)
 182   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-coc-tui))
 183
 184 #+(or scl)
 185 (dolist (c '(ucon_freq ustr_freq usty_freq usrl_freq))
 186   (let ((cl #+cmu (pcl:find-class c)
 187             #+scl (find-class c)))
 188     #+cmu (pcl:finalize-inheritance cl)
 189     #+scl (clos:finalize-inheritance cl)))