data-structures.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     data-structures.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Basic data objects for UMLisp
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  11 ;;;;    Copyright (c) 2000-2011 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  12 ;;;;
  13 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  14 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  15 ;;;; *************************************************************************
  16
  17 (in-package #:umlisp)
  18
  19 ;;; Paths for files
  20
  21 (defparameter *release* "2017AA")
  22
  23 (defparameter *umls-path*
  24   (make-pathname :directory (list :absolute "srv" "umls" *release* *release*))
  25   "Path for base of UMLS data files")
  26
  27 (defparameter *meta-dir*
  28   (make-pathname :directory '(:relative "META")))
  29
  30 (defparameter *lex-dir*
  31   (make-pathname :directory '(:relative "LEX")))
  32
  33 (defparameter *net-dir*
  34   (make-pathname :directory '(:relative "NET")))
  35
  36 (defparameter *meta-path*
  37   (merge-pathnames *meta-dir* *umls-path*))
  38
  39 (defparameter *lex-path*
  40   (merge-pathnames *lex-dir* *umls-path*))
  41
  42 (defparameter *net-path*
  43   (merge-pathnames *net-dir* *umls-path*))
  44
  45 (defun set-umls-path (p)
  46   (setq *umls-path* (etypecase p
  47                       (string (parse-namestring p))
  48                       (pathname p)))
  49   (setq *meta-path* (merge-pathnames *meta-dir* *umls-path*))
  50   (setq *lex-path* (merge-pathnames *lex-dir* *umls-path*))
  51   (setq *net-path* (merge-pathnames *net-dir* *umls-path*)))
  52
  53
  54 ;;; Structures for parsing UMLS text files
  55
  56 (defparameter *umls-files* nil
  57   "List of umls file structures. Used when parsing text files.")
  58 (defparameter *umls-cols* nil
  59   "List of meta column structures. Used when parsing text files.")
  60
  61
  62 ;; Special variables
  63
  64 (defvar *has-fixnum-class* (when (ignore-errors (find-class 'fixnum)) t))
  65
  66 (defvar *octet-sql-storage* t
  67   "Used to deciding field lengths. Use nil if using UTF-8 database encoding. But, UTF-8 will cause MySQL to double the bytes used for fixed field sizes.")
  68
  69 ;; Preliminary objects to replace structures
  70
  71 (defclass ufile ()
  72   ((subdir :initarg :subdir :accessor subdir)
  73    (dir :initarg :dir :accessor dir)
  74    (fil :initarg :fil :accessor fil)
  75    (table :initarg :table :accessor table)
  76    (des :initarg :des :accessor des)
  77    (fmt :initarg :fmt :accessor fmt)
  78    (cls :initarg :cls :accessor cls)
  79    (rws :initarg :rws :accessor rws)
  80    (bts :initarg :bts :accessor bts)
  81    (fields :initarg :fields :accessor fields)
  82    (ucols :initarg :ucols :accessor ucols))
  83   (:default-initargs :fil nil :table nil :des nil :fmt nil :cls nil :rws nil :bts nil
  84                      :fields nil :ucols nil :subdir nil :dir nil)
  85   (:documentation "UMLS File"))
  86
  87 (defclass ucol ()
  88   ((col :initarg :col :accessor col)
  89    (des :initarg :des :accessor des)
  90    (ref :initarg :ref :accessor ref)
  91    (min :initarg :min :accessor cmin)
  92    (av :initarg :av :accessor av)
  93    (max :initarg :max :accessor cmax)
  94    (fil :initarg :fil :accessor fil)
  95    (sqltype :initarg :sqltype :accessor sqltype)
  96    (dty :initarg :dty :accessor dty :documentation "new in 2002: suggested SQL datatype")
  97    (parse-fun :initarg :parse-fun :accessor parse-fun)
  98    (quote-str :initarg :quote-str :accessor quote-str)
  99    (datatype :initarg :datatype :accessor datatype)
 100    (custom-value-fun :initarg :custom-value-fun :accessor custom-value-fun))
 101   (:default-initargs :col nil :des nil :ref nil :min nil :av nil :max nil :fil nil
 102                      :sqltype nil :dty nil :parse-fun nil :datatype nil
 103                      :custom-value-fun nil)
 104   (:documentation "UMLS column"))
 105
 106
 107 (defmethod print-object ((obj ufile) s)
 108   (print-unreadable-object (obj s :type t)
 109     (format s "~A" (fil obj))))
 110
 111 (defmethod print-object ((obj ucol) s)
 112   (print-unreadable-object (obj s :type t)
 113     (format s "~A" (col obj))))