sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  11 ;;;;    Copyright (c) 2000-2010 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  12 ;;;;
  13 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  14 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  15 ;;;; *************************************************************************
  16
  17 (in-package #:umlisp)
  18
  19
  20 (defvar *current-srl* nil)
  21 (defun current-srl ()
  22   *current-srl*)
  23 (defun set-current-srl (srl)
  24   (setq *current-srl* srl))
  25
  26 (defmacro query-string (table fields srl where-name where-value
  27                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  28                         filter)
  29   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  30                            (if distinct "DISTINCT " "") (sqlname fields) table))
  31          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  32                                     order)
  33                       ""))
  34          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  35          (%%where (when where-name
  36                     (format nil " WHERE ~:@(~A~)~A" (sqlname where-name)
  37                           (if like " like " ""))))
  38          (%filter (gensym "FILTER-"))
  39          (%single (gensym "SINGLE-"))
  40          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  41     `(let ((,%limit ,limit)
  42            (,%single ,single)
  43            (,%filter ,filter))
  44        (concatenate
  45         'string
  46         ,%%fields
  47         ,@(when %%where (list %%where))
  48         ,@(when %%where
  49             `((typecase ,where-value
  50                 #+ignore
  51                 (fixnum
  52                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  53                 (number
  54                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  55                 (null
  56                  " IS NULL")
  57                 (t
  58                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  59         (if ,%filter (concatenate 'string
  60                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  61                                   ,%filter) "")
  62         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  63         ,@(when %%order (list %%order))
  64         (cond
  65          ((and ,%single ,%limit)
  66           (error  "Can't set single (~S) and limit (~S)" ,%single ,%limit))
  67          (,%single
  68           " LIMIT 1")
  69          (,%limit
  70           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  71          (t
  72           ""))))))
  73
  74 (defun query-string-eval (table fields srl where-name where-value
  75                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  76   (when single (setq limit 1))
  77   (concatenate
  78    'string
  79    (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  80            (if distinct "DISTINCT " "") (sqlname fields) table)
  81    (if where-name (format nil " WHERE ~:@(~A~)" (sqlname where-name)) "")
  82    (if where-name
  83        (format nil
  84                (typecase where-value
  85                  (number "='~D'")
  86                  (null " IS NULL")
  87                  (t
  88                   (if like " LIKE '%~A%'" "='~A'")))
  89                where-value)
  90        "")
  91    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  92    (if srl (format nil " AND ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  93    (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  94    (if limit (format nil " LIMIT ~D" limit) "")))
  95
  96
  97 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  98                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
  99                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 100   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 101 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 102   `(,query-cmd
 103     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 104      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 105      :filter ,filter :limit ,limit)))
 106
 107 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 108                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 109                      filter limit)
 110   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 111 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 112   `(mutex-sql-query
 113     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 114      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 115      :filter ,filter :limit ,limit)))
 116
 117 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 118 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 119                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 120                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 121                                     filter limit)
 122                                 &body body)
 123   (let ((value (gensym))
 124         (r (gensym)))
 125     (if single
 126         (if (and limit (> limit 1))
 127             (error "Can't set limit along with single.")
 128           `(let* ((,value ,where-value)
 129                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 130                                             :lrl ,lrl :single ,single
 131                                             :distinct ,distinct :order ,order
 132                                             :like ,like :filter ,filter
 133                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 134              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 135              (when tuple
 136                (destructuring-bind ,fields tuple
 137                  ,@body))))
 138         `(let ((,value ,where-value))
 139            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 140            (let ((,r '()))
 141              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 142                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 143                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 144                                           :limit ,limit))
 145                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 146              (nreverse ,r))
 147            #+ignore
 148            (loop for tuple in
 149                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 150                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 151                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 152                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 153
 154 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 155                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 156                                          order like filter limit)
 157                                   &body body)
 158   (let ((value (gensym))
 159         (r (gensym))
 160         (eval-fields (cadr fields)))
 161     (if single
 162         `(let* ((,value ,where-value)
 163                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 164                                                :lrl ,lrl :single ,single
 165                                                :distinct ,distinct :order ,order
 166                                                :like ,like :filter ,filter
 167                                                :limit ,limit))))
 168           (when tuple
 169             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 170               ,@body)))
 171         `(let ((,value ,where-value)
 172                (,r '()))
 173            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 174                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 175                                              :order ,order :like ,like
 176                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 177              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 178            (nreverse ,r)
 179            #+ignore
 180            (loop for tuple in
 181                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 182                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 183                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 184                                     :limit ,limit)
 185                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 186
 187 ;;;
 188 ;;; Read from SQL database
 189
 190 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 191   `(if (stringp ,cui)
 192     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 193     ,cui))
 194
 195 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 196   `(if (stringp ,lui)
 197     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 198     ,lui))
 199
 200 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 201   `(if (stringp ,sui)
 202     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 203     ,sui))
 204
 205 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 206   `(if (stringp ,aui)
 207     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 208     ,aui))
 209
 210 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 211   `(if (stringp ,rui)
 212     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 213     ,rui))
 214
 215 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 216   `(if (stringp ,tui)
 217     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 218     ,tui))
 219
 220 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 221   `(if (stringp ,eui)
 222     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 223     ,eui))
 224
 225 (defun make-ucon-cui (cui)
 226   (ensure-cui-integer cui)
 227   (when cui
 228     (make-instance 'ucon :cui cui)))
 229
 230 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*) without-pfstr)
 231   "Find ucon for a cui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 232   (ensure-cui-integer cui)
 233   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 234
 235   (if without-pfstr
 236       (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 237                             (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 238                                            :pfstr nil)))
 239    (or
 240      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t :filter "KPFENG=1")
 241         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 242                        :lrl kcuilrl))
 243      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t)
 244         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 245                        :lrl kcuilrl))))
 246
 247 (defun find-uconso-cui (cui &key sab (srl *current-srl*))
 248   "Find uconso for a cui."
 249   (ensure-cui-integer cui)
 250   (unless cui (return-from find-uconso-cui nil))
 251
 252   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 253                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 254                                       kluilrl ksuilrl) srl cui cui
 255                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 256     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 257                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 258                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 259                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 260                    :ksuilrl ksuilrl)))
 261
 262 (defun find-uconso-cuisui (cuisui &key sab (srl *current-srl*))
 263   "Find uconso for a cuisui."
 264   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 265                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 266                                       kluilrl ksuilrl) srl kcuisui cuisui
 267                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 268     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 269                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 270                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 271                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 272                    :ksuilrl ksuilrl)))
 273
 274
 275 (defun find-uconso-code (code &key first sab (srl *current-srl*) (like nil))
 276   "Return list of uconso objects that match code. Optional, filter for SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 277   (collect-umlisp-query (mrconso (cui sab) srl code code :like like :distinct t
 278                                  :lrl klrl
 279                                  :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 280     (let ((uconsos (find-uconso-cui cui :sab sab :srl srl)))
 281       (if first
 282           (first uconsos)
 283           uconsos))))
 284
 285 (defun find-uconso-sui (sui &key sab (srl *current-srl*))
 286   "Find uconso for a sui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 287   (ensure-sui-integer sui)
 288 ;;  (unless (and sui (stringp sab))
 289   (unless sui
 290     (return-from find-uconso-sui nil))
 291
 292   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 293                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 294                                       kluilrl ksuilrl) srl sui sui
 295                                       :distinct t
 296                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 297     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 298                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 299                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 300                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 301                    :ksuilrl ksuilrl)))
 302
 303 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 304   "Find preferred string for a cui"
 305   (ensure-cui-integer cui)
 306   (or
 307    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 308                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 309       str)
 310    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 311                                   :single t)
 312                          str)))
 313
 314 (defun find-lrl-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 315   "Find LRL for a cui"
 316   (ensure-cui-integer cui)
 317   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :distinct t :single t)
 318                         (ensure-integer kcuilrl)))
 319
 320 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 321   "Find list of ucon for lui"
 322   (ensure-lui-integer lui)
 323   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 324   (or
 325    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 326                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 327       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 328                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 329    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 330                                   :single t)
 331       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 332                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 333
 334 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 335   "Find list of ucon for sui"
 336   (ensure-sui-integer sui)
 337   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 338     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 339                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 340
 341 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 342   "Find list of ucon for aui"
 343   (ensure-aui-integer aui)
 344   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 345     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 346                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 347
 348 (defun find-ucon-cuisui (cuisui &key (srl *current-srl*))
 349   "Find ucon for cui/sui"
 350   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl kcuisui cuisui)
 351     (make-instance 'ucon :cui cui
 352                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 353                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 354
 355 (defun find-ucon-cui-sui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 356   "Find ucon for cui/sui"
 357   (ensure-cui-integer cui)
 358   (ensure-sui-integer sui)
 359   (when (and cui sui)
 360     (find-ucon-cui-sui cui sui :srl srl)))
 361
 362 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 363   "Find ucon that are exact match for str"
 364   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 365     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 366                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 367
 368 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 369   "Return list of all ucon's"
 370   (with-sql-connection (db)
 371     (clsql:map-query
 372      'list
 373      #'(lambda (tuple)
 374          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 375              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 376                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 377                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 378      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 379                    :order (cui asc) :distinct t)
 380      :database db)))
 381
 382 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 383   "Return list of all ucon's"
 384   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 385                             :distinct t)
 386     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 387                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 388                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 389
 390 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 391   "Return list of CUIs for all ucons"
 392   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 393                                :distinct t)
 394                         cui))
 395
 396 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 397   "Map a function over all ucon's"
 398   (with-sql-connection (db)
 399     (clsql:map-query
 400      nil
 401      #'(lambda (tuple)
 402          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 403            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 404                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 405                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 406      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 407                    :distinct t)
 408      :database db)))
 409
 410
 411 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 412   "Return a list of udefs for cui"
 413   (ensure-cui-integer cui)
 414   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL"
 415                                :distinct t)
 416     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 417
 418 (defun find-udoc-key (key)
 419   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 420   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 421     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 422
 423 (defun find-udoc-value (value)
 424   "Return abbreviation documentation"
 425   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 426     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 427
 428 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 429   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 430       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 431
 432 (defun find-udoc-all ()
 433   "Return all abbreviation documentation"
 434   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 435     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 436
 437 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 438   "Return a list of usty for cui"
 439   (ensure-cui-integer cui)
 440   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 441     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 442
 443 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 444   "Return a list of usty that match word"
 445   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 446                             :distinct t)
 447     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 448
 449 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*) filter without-pfstr2)
 450   "Return a list of urel for cui"
 451   (ensure-cui-integer cui)
 452   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 453                                srl cui1 cui :lrl "KSRL" :filter filter)
 454     (let ((rel
 455       (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 456                      :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 457                      :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 458                      :suppress suppress :cvf cvf)))
 459       (unless without-pfstr2
 460         (setf (slot-value rel 'pfstr2) (find-pfstr-cui cui2)))
 461       rel)))
 462
 463 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 464   "Return the urel for a rui"
 465   (ensure-rui-integer rui)
 466   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 467                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 468     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 469                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 470                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 471                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 472
 473 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 474   "Return a list of urel for cui"
 475   (ensure-cui-integer cui)
 476   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 477                                cui :lrl "KSRL")
 478                         cui2))
 479
 480 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 481   "Return a list of urel for cui2"
 482   (ensure-cui-integer cui2)
 483   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 484                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 485     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 486                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 487                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 488                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 489                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 490                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 491
 492 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 493   (ensure-cui-integer cui2)
 494   (loop for cui in (remove-duplicates
 495                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 496         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 497
 498 #+mrcoc (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 499   "Return a list of ucoc for cui"
 500   (ensure-cui-integer cui)
 501   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 502                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 503     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 504     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 505     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 506                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 507                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 508                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 509
 510 #+mrcoc (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 511   "Return a list of ucoc for cui2"
 512   (ensure-cui-integer cui2)
 513   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 514                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 515     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 516     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 517                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 518                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 519                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 520
 521 #+mrcoc (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 522   "List of ucon with co-occurance cui2"
 523   (ensure-cui-integer cui2)
 524   (mapcar
 525    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 526    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 527
 528
 529 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 530   "Return a list of uterm for cui"
 531   (ensure-cui-integer cui)
 532   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 533                             :lrl kluilrl :distinct t)
 534     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 535                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 536
 537 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 538   "Return a list of uterm for lui"
 539   (ensure-lui-integer lui)
 540   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 541                              :lrl kluilrl :distinct t)
 542     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 543                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 544
 545 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 546   "Return single uterm for cui/lui"
 547   (ensure-cui-integer cui)
 548   (ensure-lui-integer lui)
 549   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 550                              (make-cuilui cui lui)
 551                              :lrl kluilrl :single t)
 552     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 553                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 554
 555 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 556   "Return a list of ustr for cui/lui"
 557   (ensure-cui-integer cui)
 558   (ensure-lui-integer lui)
 559   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 560                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl :distinct t)
 561                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 562                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 563                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 564
 565 (defun find-ustr-cuisui (cuisui &key (srl *current-srl*))
 566   "Return the single ustr for cuisui"
 567   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 568                                  cuisui :lrl ksuilrl :single t)
 569     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui cuisui
 570                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 571                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 572
 573 (defun find-ustr-cui-sui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 574   "Return the single ustr for cuisui"
 575   (ensure-cui-integer cui)
 576   (ensure-sui-integer sui)
 577   (find-ustr-cuisui (make-cuisui cui sui) :srl srl))
 578
 579 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 580   "Return the list of ustr for sui"
 581   (ensure-sui-integer sui)
 582   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 583                             :lrl ksuilrl :distinct t)
 584     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 585                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 586                    :suppress suppress
 587                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 588
 589 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 590   "Return the list of ustr for sab"
 591   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 592     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 593       (find-ustr-cuisui cuisui :srl srl))))
 594
 595 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 596   "Return list of all ustr's"
 597     (with-sql-connection (db)
 598       (clsql:map-query
 599        'list
 600        #'(lambda (tuple)
 601            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 602              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 603                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 604                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 605                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 606                                                  (ensure-integer sui))
 607                             :suppress suppress
 608                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 609        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 610                      :distinct t
 611                      :order (sui asc))
 612        :database db)))
 613
 614 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 615   "Return the string associated with sui"
 616   (ensure-sui-integer sui)
 617   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 618     str))
 619
 620 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 621   (ensure-sui-integer sui)
 622   (ensure-cui-integer cui)
 623   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str ts)
 624                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 625     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 626                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 627                    :lat lat :str str :ts ts)))
 628
 629 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 630   (ensure-cui-integer cui)
 631   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui ts)
 632                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 633                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 634      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 635                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 636                     :lat lat :str str :ts ts)))
 637
 638 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 639   (ensure-sui-integer aui)
 640   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat
 641                                       str ts) srl aui aui :lrl srl :single t)
 642     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 643                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui :lat lat
 644                    :str str :ts ts)))
 645
 646 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 647   (ensure-cui-integer cui)
 648   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 649                             srl cui cui :lrl ksrl)
 650     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 651                    :cxn (ensure-integer cxn)
 652                    :paui (ensure-integer paui)
 653                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 654
 655 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 656   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 657                             srl nil nil :lrl ksrl)
 658     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 659                    :cxn (ensure-integer cxn)
 660                    :paui (ensure-integer paui)
 661                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 662
 663 (defun find-usat-ui (cui &optional lui sui &key (srl *current-srl*))
 664   (ensure-cui-integer cui)
 665   (ensure-lui-integer lui)
 666   (ensure-sui-integer sui)
 667   (let ((ls "SELECT CODE,ATN,SAB,ATV FROM MRSAT WHERE "))
 668     (cond
 669       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 670                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 671                           "'"))
 672       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 673                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 674                           "' and sui='0'"))
 675       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 676                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 677     (when srl
 678       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 679     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 680           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 681             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 682
 683 (defun find-usty-tui (tui)
 684   "Find usty for tui"
 685   (ensure-tui-integer tui)
 686   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 687     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 688
 689 (defun find-usty-sty (sty)
 690   "Find usty for a sty"
 691   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 692     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 693
 694 (defun find-usty-all ()
 695   "Return list of usty's for all semantic types"
 696   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 697     (find-usty-tui tui)))
 698
 699 (defun find-usab-all ()
 700   "Return all usab objects"
 701   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 702                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 703                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 704     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 705                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 706                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 707                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 708                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 709                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 710                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 711
 712 (defun find-usab-by-key (key-name key &key current)
 713   "Find usab for a key"
 714   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 715                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 716                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 717                                        ssn scit)
 718                                      nil key-name key :single t
 719                                      :filter (when current "RMETA=''"))
 720      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 721                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 722                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 723                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 724                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 725                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 726                     :curver curver :sabin sabin
 727                     :ssn ssn :scit scit)))
 728
 729 (defun find-usab-rsab (rsab &key (current t))
 730   "Find usab for rsab"
 731   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 732
 733 (defun find-usab-vsab (vsab &key (current t))
 734   "Find usab for vsab"
 735   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 736
 737 (defun find-cui-max ()
 738   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 739
 740 (defun find-umap-cui (cui)
 741   (ensure-cui-integer cui)
 742   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 743                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 744                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 745                                           mapatn mapatv cvf)
 746                                nil mapsetcui cui)
 747     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 748                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 749                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 750                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 751                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 752                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 753
 754 (defun find-usmap-cui (cui)
 755   (ensure-cui-integer cui)
 756   (collect-umlisp-query (mrsmap (mapsetsab fromexpr fromtype rel rela toexpr totype cvf)
 757                                nil mapsetcui cui)
 758     (make-instance 'usmap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab
 759                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype
 760                    :rel rel :rela rela :toexpr toexpr :totype totype
 761                    :cvf cvf)))
 762
 763 ;;;; Cross table find functions
 764
 765 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 766   "Find list of ucon for tui"
 767   (ensure-tui-integer tui)
 768   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 769     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 770
 771 (defun mrconso-query-word-cui (word sab srl like)
 772   (format nil "SELECT DISTINCT c.cui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.cui=c.cui~A~A"
 773           (if like " LIKE " "=")
 774           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 775           (etypecase sab
 776             (string
 777              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 778             (cons
 779              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 780                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 781             (null
 782              ""))
 783           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 784
 785 (defun mrconso-query-word-sui (word sab srl like)
 786   (format nil "SELECT DISTINCT c.sui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.sui=c.sui~A~A"
 787           (if like " LIKE " "=")
 788           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 789           (etypecase sab
 790             (string
 791              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 792             (cons
 793              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 794                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 795             (null
 796              ""))
 797           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 798
 799 (defun find-uconso-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 800   "Return list of uconso that match word. Optionally, matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 801   (cond
 802     (sab
 803      (let ((sui-query (mrconso-query-word-sui word sab srl like))
 804            (uconsos nil))
 805        (dolist (sui (remove-duplicates (sort (mapcar 'car (mutex-sql-query sui-query)) #'<)))
 806          (setq uconsos (nconc uconsos (find-uconso-sui sui :sab sab))))
 807        (remove-duplicates uconsos :key 'cui)))
 808     (t
 809      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(kcuisui) srl 'wd word :like like
 810                                            :lrl 'klrl :order '(kcuisui asc))
 811        (find-uconso-cuisui kcuisui :srl srl)))))
 812
 813 (defun find-ucon-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 814   "Return list of ucon that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 815   (cond
 816     (sab
 817      (let ((query (mrconso-query-word-cui word sab srl like)))
 818        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 819              collect (make-instance 'ucon :cui (first tuple)))))
 820     (t
 821      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 822                                            :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 823        (find-ucon-cui cui :srl srl)))))
 824
 825 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 826   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 827   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 828                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 829     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 830
 831 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 832   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 833   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 834                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 835                              cui))
 836
 837 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 838   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 839   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 840                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 841                              lui))
 842
 843 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 844   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 845   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 846                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 847     sui))
 848
 849 (defun find-ustr-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 850   "Return list of ustr that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 851   (cond
 852     (sab
 853      (let ((query (format nil "SELECT c.sui,c.cui,c.lui,c.str,c.lrl,c.stt,c.suppress,c.cuisui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD ~A '~A' AND x.cui=c.cui AND x.lui=c.lui AND x.sui=c.sui~A~A"
 854                           (if like "LIKE" "=")
 855                           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 856                           (typecase sab
 857                             (string
 858                              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 859                             (cons
 860                              (format nil " AND c.sab IN (~('~A'~^,~))"
 861                                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 862                             (null
 863                              ""))
 864                           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~D" srl) ""))))
 865        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 866           collect (destructuring-bind (sui cui lui str lrl stt suppress cuisui) tuple
 867                     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :lui lui :str str :lrl lrl
 868                                    :stt stt :suppress suppress :cuisui cuisui)))))
 869     (t
 870      (collect-umlisp-query (mrxw_eng (kcuisui) srl wd word :lrl klrl
 871                                      :order (cui asc sui asc))
 872        (find-ustr-cuisui kcuisui :srl srl)))))
 873
 874 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 875   "Return list of ustrs that match word"
 876   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (kcuisui) srl nwd word :lrl klrl
 877                                  :order (cui asc sui asc))
 878     (find-ustr-cuisui kcuisui :srl srl)))
 879
 880 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 881   "Return list of uterms that match word"
 882   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 883                                :order (cui asc lui asc))
 884     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 885
 886 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 887   "Return list of uterms that match word"
 888   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 889                                  :order (cui asc lui asc))
 890     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 891
 892 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 893   "Return list of ucons that match non-english word"
 894   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 895                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 896     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 897
 898 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 899   "Return list of ustrs that match non-english word"
 900   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (kcuisui) srl wd word :lrl klrl
 901                                   :order (cui asc sui asc))
 902     (find-ustr-cuisui kcuisui :srl srl)))
 903
 904 ;; Special tables
 905
 906 (defun find-usrl-all ()
 907   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 908     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 909
 910 ;;; Multiword lookup and score functions
 911
 912 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 913                                 only-exact-if-match limit &key extra-lookup-args)
 914   (let ((uobjs '()))
 915     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 916       (setq uobjs (nconc uobjs
 917                          (kmrcl:flatten (apply obj-lookup-fun word :srl srl extra-lookup-args)))))
 918     (let ((sorted
 919            (funcall sort-fun str
 920                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 921       (let ((len (length sorted)))
 922         (cond
 923          ((zerop len)
 924           (return-from find-uobj-multiword nil))
 925          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 926           (first sorted))
 927          (limit
 928           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 929               (subseq sorted 0 limit)
 930             limit))
 931          (t
 932           sorted))))))
 933
 934 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 935                                      (only-exact-if-match t)
 936                                      limit
 937                                      sab)
 938   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 939                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 940                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 941
 942 (defun find-uconso-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 943                                      (only-exact-if-match t)
 944                                      limit
 945                                      sab)
 946   (find-uobj-multiword str #'find-uconso-word #'sort-score-pfstr-str
 947                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 948                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 949
 950 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 951                                       (only-exact-if-match t)
 952                                       limit)
 953   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 954                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 955
 956 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 957                                      (only-exact-if-match t)
 958                                      limit
 959                                      sab)
 960   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 961                        #'sui srl only-exact-if-match limit
 962                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 963
 964 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 965   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 966   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 967
 968 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 969   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 970   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 971
 972 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 973   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 974   (let ((scored '()))
 975     (dolist (obj objs)
 976       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 977        scored))
 978     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 979
 980
 981 ;;; LEX SQL functions
 982
 983 (defun find-lexterm-eui (eui)
 984   (ensure-eui-integer eui)
 985   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 986     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 987
 988 (defun find-lexterm-word (wrd)
 989   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 990     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 991                    :wrd (copy-seq wrd))))
 992
 993 ;; LEX SQL Read functions
 994
 995 (defun find-labr-eui (eui)
 996   (ensure-eui-integer eui)
 997   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 998     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 999                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
1000
1001 (defun find-labr-bas (bas)
1002   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
1003     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
1004                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
1005
1006 (defun find-lagr-eui (eui)
1007   (ensure-eui-integer eui)
1008   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
1009     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
1010                    :cit cit :bas bas)))
1011
1012 (defun find-lcmp-eui (eui)
1013   (ensure-eui-integer eui)
1014   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
1015     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
1016
1017 (defun find-lmod-eui (eui)
1018   (ensure-eui-integer eui)
1019   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
1020     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
1021
1022 (defun find-lnom-eui (eui)
1023   (ensure-eui-integer eui)
1024   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
1025     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
1026                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
1027
1028 (defun find-lprn-eui (eui)
1029   (ensure-eui-integer eui)
1030   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
1031     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
1032                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
1033
1034 (defun find-lprp-eui (eui)
1035   (ensure-eui-integer eui)
1036   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
1037     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
1038
1039 (defun find-lspl-eui (eui)
1040   (ensure-eui-integer eui)
1041   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
1042     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
1043
1044 (defun find-ltrm-eui (eui)
1045   (ensure-eui-integer eui)
1046   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
1047     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
1048
1049 (defun find-ltyp-eui (eui)
1050   (ensure-eui-integer eui)
1051   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
1052     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
1053
1054 (defun find-lwd-wrd (wrd)
1055   (make-instance 'lwd :wrd wrd
1056                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
1057                                                 (ensure-integer eui))))
1058
1059 ;;; Semantic Network SQL access functions
1060
1061 (defun find-sdef-ui (ui)
1062   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
1063                             nil ui ui :single t)
1064     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
1065                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
1066
1067 (defun find-sstre1-ui (ui)
1068   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
1069     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
1070                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1071
1072 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
1073   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
1074     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
1075                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1076
1077 (defun find-sstr-rl (rl)
1078   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
1079     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1080
1081 (defun find-sstre2-sty (sty)
1082   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
1083     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
1084
1085 (defun find-sstr-styrl (styrl)
1086   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
1087     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1088
1089
1090 ;;; **************************
1091 ;;; Local Classes
1092 ;;; **************************
1093
1094
1095 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
1096   (with-sql-connection (conn)
1097   (cond
1098    ((stringp srl-control)
1099     (ensure-integer
1100      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
1101                               count-variable table srl-control srl)
1102                       conn))))
1103    ((null srl-control)
1104     (ensure-integer
1105      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
1106                               count-variable table )
1107                       conn))))
1108    (t
1109     (error "Unknown srl-control")
1110     0))))
1111
1112 (defun insert-ustats (conn name count srl)
1113   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
1114                        name count (if srl srl 3))
1115                conn))
1116
1117 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1118   (if srl
1119       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1120                                     :order (name asc))
1121                             (make-instance 'ustats :name name
1122                                            :hits (ensure-integer count)
1123                                            :srl (ensure-integer srl)))
1124     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1125                                   :order (name asc))
1126                           (make-instance 'ustats :name name
1127                                          :hits (ensure-integer count)
1128                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1129
1130 (defun find-ustats-srl (srl)
1131   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1132                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
1133
1134 (defun find-urank-sab (sab &key (srl *current-srl*))
1135   (collect-umlisp-query (mrrank (rank sab suppress tty) nil sab sab)
1136                         (make-instance 'urank :rank rank :sab sab :tty tty :suppress suppress)))
1137
1138 (defun find-urank-all (&key (srl *current-srl*))
1139   (if srl
1140       (collect-umlisp-query (mrrank (rank sab suppress tty) nil ksrl srl)
1141                             (make-instance 'urank :rank rank :sab sab :tty tty :suppress suppress))
1142       (collect-umlisp-query (mrrank (rank sab suppress tty ksrl) nil nil nil)
1143                             (make-instance 'urank :rank rank :sab sab :tty tty :suppress suppress))))