sql.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Low-level SQL routines data for UMLisp
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  11 ;;;;    Copyright (c) 2000-2012 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  12 ;;;;
  13 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  14 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  15 ;;;; *************************************************************************
  16
  17 (in-package #:umlisp)
  18
  19 (defparameter +umls-sql-map+
  20     '((:2004aa . "KUMLS2004AA")
  21       (:2006ac . "KUMLS2006AC")
  22       (:2006ad . "MTS2006AD")
  23       (:2009ab . "MTS2009AB")
  24       (:2010aa . "MTS2010AA")
  25       (:2012ab_all . "MTS2012AB_ALL")
  26       (:2020ab_all . "MTS2020AB_ALL")))
  27 (defvar +default-umls-db+ "MTS2020AB_ALL")
  28
  29 (defun lookup-db-name (db)
  30   (cdr (assoc (ensure-keyword db) +umls-sql-map+)))
  31
  32 (defvar *umls-sql-db* +default-umls-db+)
  33 (defun umls-sql-db ()
  34   *umls-sql-db*)
  35
  36 (defun set-umls-sql-db (db)
  37   (etypecase db
  38     (string
  39      (setq *umls-sql-db* db))
  40     (keyword
  41      (setq *umls-sql-db* (lookup-db-name db)))))
  42
  43 (defvar *umls-sql-user* "mts")
  44 (defun umls-sql-user ()
  45   *umls-sql-user*)
  46 (defun set-umls-sql-user (u)
  47   (sql-disconnect-pooled)
  48   (setq *umls-sql-user* u))
  49
  50 (defvar *umls-sql-passwd* "_mts")
  51 (defun umls-sql-passwd ()
  52   *umls-sql-passwd*)
  53 (defun set-umls-sql-passwd (p)
  54   (sql-disconnect-pooled)
  55   (setq *umls-sql-passwd* p))
  56
  57 (defvar *umls-sql-host* "mysql.med-info.com")
  58 (defun umls-sql-host ()
  59   *umls-sql-host*)
  60 (defun set-umls-sql-host (h)
  61   (sql-disconnect-pooled)
  62   (setq *umls-sql-host* h))
  63
  64 (defvar *umls-sql-type* :mysql)
  65 (defun umls-sql-type ()
  66   *umls-sql-type*)
  67 (defun set-umls-sql-type (h)
  68   (sql-disconnect-pooled)
  69   (setq *umls-sql-type* h))
  70
  71 (defun umls-connection-spec ()
  72   (if (eql *umls-sql-type* :mysql)
  73       (list *umls-sql-host* *umls-sql-db*
  74             *umls-sql-user* *umls-sql-passwd*
  75             nil '((:local-infile . 1))
  76             )
  77     (list *umls-sql-host* *umls-sql-db*
  78           *umls-sql-user* *umls-sql-passwd*)))
  79
  80 (defun sql-connect ()
  81   "Connect to UMLS database, automatically used pooled connections"
  82   (let ((db (clsql:connect (umls-connection-spec)
  83                            :database-type *umls-sql-type*
  84                            :encoding :utf-8
  85                            :pool t)))
  86     db))
  87
  88 (defun sql-disconnect (conn)
  89   "Disconnect from UMLS database, but put connection back into pool"
  90   (clsql:disconnect :database conn))
  91
  92 (defun sql-disconnect-pooled ()
  93   (clsql:disconnect-pooled))
  94
  95 (defmacro with-sql-connection ((conn) &body body)
  96   `(let ((,conn (sql-connect)))
  97      (unwind-protect
  98          (progn ,@body)
  99        (when ,conn (clsql:disconnect :database ,conn)))))
 100
 101 (defun sql-query (cmd conn &key (result-types :auto))
 102   (clsql:query cmd :database conn :result-types result-types :field-names nil))
 103
 104 (defun sql-execute (cmd conn)
 105   (clsql:execute-command cmd :database conn))
 106
 107 (defun sql (stmt conn)
 108   (if (string-equal "SELECT" (subseq stmt 0 6))
 109       (sql-query stmt conn)
 110     (sql-execute stmt conn)))
 111
 112 (defun umls-sql (stmt)
 113   (check-type stmt string)
 114   (with-sql-connection (conn)
 115     (sql stmt conn)))
 116
 117 ;;; Pool of open connections
 118
 119 (defmacro with-mutex-sql ((conn) &body body)
 120   `(let ((,conn (sql-connect)))
 121      (unwind-protect
 122          (progn ,@body)
 123        (when ,conn (sql-disconnect ,conn)))))
 124
 125 (defun mutex-sql-execute (cmd)
 126   (with-mutex-sql (conn)
 127     (sql-execute cmd conn)))
 128
 129 (defun mutex-sql-query (cmd &key (result-types :auto))
 130   (with-mutex-sql (conn)
 131     (sql-query cmd conn :result-types result-types)))