src/snark/analyze2.c

   1 /*
   2  ***********************************************************
   3  $SNARK_Header: S N A R K  1 4 - A PICTURE RECONSTRUCTION PROGRAM $
   4  $HeadURL: svn://dig.cs.gc.cuny.edu/snark/trunk/src/snark/analyze2.c $
   5  $LastChangedRevision: 137 $
   6  $Date: 2014-07-15 16:38:33 -0400 (Tue, 15 Jul 2014) $
   7  $Author: bprommegger $
   8  ***********************************************************
   9
  10  Previously part of SuperSNARK
  11  */
  12
  13 #include <malloc.h>
  14 #include <string.h>
  15 #include <strings.h>
  16 #include <stdio.h>
  17 #include "experimenter.h"
  18 #include "getfom.h"
  19 #include "getiters.h"
  20 #include "errorc.h"
  21 #include "signif1.h"
  22 #include "analyze2.h"
  23
  24 /*
  25  * This function reads the information in the file containing the comparisons
  26  * to be made and coordinates the calculation and storage of the significance
  27  * levels.
  28  *
  29  * INPUTS:
  30  * iexp - experiment number.
  31  * nrun - number of runs in a given experiment.
  32  * tot_PAIRS - number of phantoms with PAIRed structures used for a given
  33  * experiment.
  34  * anaflname - name of file containing comparisons to be made.
  35  *
  36  * OUTPUTS:
  37  * none.
  38  */
  39 void analyze2(int iexp, int nrun, int tot_PAIRS, char* anaflname)
  40 {
  41         int *itr1, *itr2, niters, stru, poin, hitr, usr1, usr2, usr3, usr4, usr5, iroi, klds, wsqd, compare = 0, mode_flag = 0;
  42         int i;
  43
  44         char string[MAXLINESIZE], key1[50], sigflname[MAXLINESIZE], key2[50],
  45                         keywrd1[50], keywrd2[50];
  46
  47         float lowden = 0.0, highden = 0.0;
  48
  49         FILE *anafl, *sigfl;
  50
  51         if ((anafl = fopen(anaflname, "r")) == NULL)
  52         {
  53                 errorc("in analyze2.c: error in opening file ", anaflname);
  54         }
  55
  56         fgets(string, sizeof(string), anafl); // get name of file to store significance levels
  57         while (isSkip(string))     //jump over comment lines and blank lines
  58         {
  59                 fgets(string, sizeof(string), anafl);
  60         }
  61
  62         for (i = strlen(string) - 1; i >= 0; i--)
  63         {
  64                 if (iscntrl(string[i]) || string[i] == ' ')
  65                         string[i] = '\0';
  66         }
  67         if (strlen(string) == 0)
  68                 errorc("in analyze2.c: error in opening file ", sigflname);
  69
  70         strcpy(sigflname, string);
  71         sprintf(sigflname, "%s.%d", sigflname, iexp);
  72
  73         if ((sigfl = fopen(sigflname, "w")) == NULL)
  74         {
  75                 errorc("in analyze2.c: error in opening file ", sigflname);
  76         }
  77
  78         fgets(string, sizeof(string), anafl); /* second line is either a MODE
  79          * command or a COMPARE command */
  80         while (isSkip(string))     //jump over comment lines and blank lines
  81         {
  82                 fgets(string, sizeof(string), anafl);
  83         }
  84
  85         if (strncasecmp(string, "mode", 4) == 0)
  86         {
  87                 /* set mode_flag to 1 if second line is MODE and read in
  88                  * MODE values */
  89                 mode_flag = 1;
  90                 sscanf(string, "%*s %f %f", &lowden, &highden);
  91         }
  92
  93         if (mode_flag == 1)
  94         { /* if second line is MODE */
  95                 fgets(string, sizeof(string), anafl); /* third line is COMPARE */
  96                 while (isSkip(string))     //jump over comment lines and blank lines
  97                 {
  98                         fgets(string, sizeof(string), anafl);
  99                 }
 100         }
 101
 102         /* at this point string contains the COMPARE command */
 103
 104         while (strncasecmp(string, "end", 3) != 0)
 105         {
 106                 /* beginning of while loop */
 107
 108                 if (strncasecmp(string, "comp", 4) == 0)
 109                 {
 110                         /* If the string just read in has the COMPARE command:
 111                          * (1) increment compare counter and read in the two keywords.
 112                          * (2) get flags for the figures of merit (FOMs)
 113                          * (3) get the iteration numbers to be compared
 114                          * (4) compute significance for these iteration numbers.
 115                          * (5) free arrays for next set of iteration numbers. */
 116
 117                         compare++; /* keeps count of number of COMPAREs read in */
 118                         sscanf(string, "%*s%s %s", key1, key2);
 119                         strncpy(keywrd1, key1, 4);
 120                         strncpy(keywrd2, key2, 4);
 121                         keywrd1[4] = '\0';
 122                         keywrd2[4] = '\0';
 123                         getfom(string, &stru, &poin, &hitr, &usr1, &usr2, &usr3, &usr4, &usr5, &iroi, &klds, &wsqd);
 124                         getiters(anafl, &itr1, &itr2, &niters, string);
 125                         computesig(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, keywrd1, keywrd2, stru, poin, hitr, iroi, klds, wsqd, usr1, usr2, usr3, usr4, usr5, lowden, highden);
 126                         free(itr1);
 127                         free(itr2);
 128                 }
 129
 130                 if (strncasecmp(string, "mode", 4) == 0)
 131                 {
 132                         /* If string just read in has the MODE command then read in
 133                          * clip values and read the next string (which has the COMPARE
 134                          * command). */
 135
 136                         sscanf(string, "%*s %f %f", &lowden, &highden);
 137                         fgets(string, sizeof(string), anafl);
 138                         while (isSkip(string))     //jump over comment lines and blank lines
 139                         {
 140                                 fgets(string, sizeof(string), anafl);
 141                         }
 142                 }
 143         } /* end of while loop */
 144
 145         fclose(anafl);
 146         fclose(sigfl);
 147 }
 148
 149 /*
 150  * This function coordinates the calculation and storage of the significance
 151  *
 152  * INPUTS:
 153  * iexp - experiment number.
 154  * nrun - number of runs for experiment iexp.
 155  * tot_PAIRS - number of phantoms with PAIRed structures for experiment iexp.
 156  * compare - number of COMPARE commands read in so far.
 157  * niters - number of iterations to be compared.
 158  * itr1 - array of length niters containing the iteration numbers to be
 159  * compared for the first algorithm.
 160  * itr2 - array of length niters containing the iteration numbers to be
 161  * compared for the second algorithm.
 162  * sigfl - file pointer to the file which stores the significance levels
 163  * keywrd1 - keyword which defines the first algorithm.
 164  * keywrd2 - keyword which defines the second algorithm.
 165  * stru - equals 1 if structural accuracy is to be computed, else equals 0.
 166  * poin - equals 1 if pointwise accuracy is to be computed, else equals 0.
 167  * hitr - equals 1 if hit-ratio is to be computed, else equals 0.
 168  * user - equals 1 if user-defined FOM is to be computed, else equals 0.
 169  * lowden - lower clip value of MODE command.
 170  * highden - higher clip value of MODE command.
 171  */
 172
 173 void computesig(int iexp, int nrun, int tot_PAIRS, int compare, int niters, int* itr1, int* itr2, FILE* sigfl, char* keywrd1, char* keywrd2, int stru, int poin, int hitr, int iroi, int klds, int wsqd, int usr1, int usr2, int usr3, int usr4, int usr5, float lowden, float highden)
 174 {
 175         //  Depending on the values of the FOM flags compute and print the corresponding significance levels
 176
 177         if (stru == 1)
 178         {
 179                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "Structural Accuracy", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 180         }
 181
 182         if (poin == 1)
 183         {
 184                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "Pointwise Accuracy", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 185         }
 186
 187         if (hitr == 1)
 188         {
 189                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "Hit-ratio", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 190         }
 191
 192         if (iroi == 1)
 193         {
 194                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "Imagewise-ROI", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 195         }
 196
 197         if (klds == 1)
 198         {
 199                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "Kullback-Leibler distance", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 200         }
 201
 202         if (wsqd == 1)
 203         {
 204                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "Weighted squared distance", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 205         }
 206
 207         if (usr1 == 1)
 208         {
 209                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "User-defined-1", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 210         }
 211
 212         if (usr2 == 1)
 213         {
 214                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "User-defined-2", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 215         }
 216
 217         if (usr3 == 1)
 218         {
 219                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "User-defined-3", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 220         }
 221
 222         if (usr4 == 1)
 223         {
 224                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "User-defined-4", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 225         }
 226
 227         if (usr5 == 1)
 228         {
 229                 signif(iexp, nrun, tot_PAIRS, compare, niters, itr1, itr2, sigfl, "User-defined-5", keywrd1, keywrd2, lowden, highden);
 230         }
 231 }