composite.lisp

   1 ;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          composite.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Composite Classes for UMLisp
   7 ;;;; Programmer:    Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Date Started:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id: composite.lisp,v 1.19 2002/12/14 02:35:28 kevin Exp $
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package :umlisp)
  20 (declaim (optimize (speed 3) (safety 1) (compilation-speed 0) (debug 3)))
  21
  22
  23 ;;; Semantic type constants
  24
  25 (defun find-tui-word (words)
  26   (aif (car (find-usty-word words))
  27        (tui it)
  28        nil))
  29 (memoize 'find-tui-word)
  30
  31 (defun tui-disease-or-syndrome ()
  32   (find-tui-word "disease or syndrome"))
  33 (defun tui-sign-or-symptom ()
  34   (find-tui-word "sign or symptom"))
  35 (defun tui-finding ()
  36   (find-tui-word "finding"))
  37
  38
  39 ;;;; Related concepts with specific tui lookup functions
  40
  41 (defun ucon-is-tui? (ucon tui)
  42   "Returns t if ucon has a semantic type of tui"
  43   (find tui (s#sty ucon) :key #'tui))
  44
  45 (defun find-ucon2-tui (ucon tui cui2-func related-con-func)
  46   "Returns a list of related ucons that have specific tui"
  47   (remove-duplicates
  48    (filter
  49     #'(lambda (c)
  50         (aif (funcall cui2-func c)
  51              (let ((ucon2 (find-ucon-cui it)))
  52                (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
  53                  ucon2)) nil))
  54     (funcall related-con-func ucon))
  55    :key #'cui))
  56
  57 (defun find-ucon2-coc-tui (ucon tui)
  58   "Return list of ucon's that have co-occuring concepts of semantic type tui"
  59   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#coc))
  60
  61 (defun find-ucon2-rel-tui (ucon tui)
  62   "Return list of ucon's that have related concepts to ucon and semantic type tui"
  63   (find-ucon2-tui ucon tui #'cui2 #'s#rel))
  64
  65 ;;; Composite Objects
  66
  67 (defclass freq (hyperobject)
  68   ((freq :value-type integer :initarg :freq :accessor freq :print-formatter fmt-comma-integer))
  69   (:metaclass hyperobject-class)
  70   (:default-initargs :freq 0)
  71   (:user-name "Frequency class")
  72   (:default-print-slots freq)
  73   (:description "Base class containing frequency slot, used for multi-inherited objects"))
  74
  75 (defclass ucon_freq (ucon freq)
  76   ()
  77   (:metaclass hyperobject-class)
  78   (:user-name "Concept and Count")
  79   (:default-print-slots cui freq pfstr)
  80   (:description "Composite object of ucon/freq"))
  81
  82 (defclass ustr_freq (ustr freq)
  83   ()
  84   (:metaclass hyperobject-class)
  85   (:user-name "String and Count")
  86   (:default-print-slots sui freq stt lrl str)
  87   (:description "Composite object of ustr/freq"))
  88
  89 (defclass usty_freq (usty freq)
  90   ((freq :value-type fixnum :initarg :freq :accessor freq))
  91   (:metaclass hyperobject-class)
  92   (:user-name "Semantic Type and Count")
  93   (:default-print-slots tui freq sty)
  94   (:description "Composite object of usty/freq"))
  95
  96 (defun find-usty_freq-all ()
  97   (let ((usty_freqs '()))
  98     (dolist (tuple (mutex-sql-query "select distinct TUI from MRSTY"))
  99       (let* ((tui (car tuple))
 100              (freq (ensure-integer
 101                      (caar (mutex-sql-query
 102                             (format nil "select count(*) from MRSTY where TUI=~a" tui))))))
 103         (push (make-instance 'usty_freq :usty (find-usty-tui tui) :freq freq) usty_freqs)))
 104     (sort usty_freqs #'> :key #'freq)))
 105
 106
 107 (defclass usrl_freq (usrl freq)
 108   ()
 109   (:metaclass hyperobject-class)
 110   (:user-name "Source and Count")
 111   (:default-print-slots sab freq srl)
 112   (:description "Composite object of usrl/freq"))
 113
 114 ;; Frequency finding functions
 115
 116 (defun find-usrl_freq-all ()
 117   (let ((freqs '()))
 118     (dolist (usrl (find-usrl-all))
 119       (let ((freq (ensure-integer
 120                    (caar (mutex-sql-query
 121                           (format nil "select count(*) from MRSO where SAB='~a'"
 122                                   (sab usrl)))))))
 123         (push (make-instance 'usrl_freq :usrl usrl :freq freq) freqs)))
 124     (sort freqs #'> :key #'freq)))
 125
 126 (defun find-ucon2_freq-coc-tui (ucon tui)
 127 "Return sorted list of tuples with ucon and freq that have co-occuring concepts of semantic type tui"
 128   (let ((ucon_freqs '()))
 129     (dolist (ucoc (s#coc ucon))
 130       (aif (cui2 ucoc)
 131            (let ((ucon2 (find-ucon-cui it)))
 132              (when (ucon-is-tui? ucon2 tui)
 133                (push (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 134                                     :pfstr (pfstr ucon2) :freq (cof ucoc))
 135                      ucon_freqs)))))
 136     (setq ucon_freqs (delete-duplicates ucon_freqs :key #'cui))
 137     (sort ucon_freqs #'> :key #'freq)))
 138
 139 (defun find-ucon2-str&sty (str sty lookup-func)
 140   "Call lookup-func for ucon and usty for given str and sty"
 141   (let ((ucon (car (find-ucon-str str)))
 142         (usty (car (find-usty-word sty))))
 143     (if (and ucon usty)
 144         (funcall lookup-func ucon (tui usty))
 145       nil)))
 146
 147 (defun find-ucon2-coc-str&sty (str sty)
 148   "Find all ucons that are a co-occuring concept for concept named str
 149    and that have semantic type of sty"
 150   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-coc-tui))
 151
 152 (defun find-ucon2-rel-str&sty (str sty)
 153   "Find all ucons that are a relationship to concept named str
 154    and that have semantic type of sty"
 155   (find-ucon2-str&sty str sty #'find-ucon2-rel-tui))
 156
 157 ;;; Most common relationships, co-occurances
 158
 159 (defun find-ucon2_freq-tui-all (tui ucon2-tui-func)
 160   "Return sorted list of all ucon2 that have a semantic type tui with ucon that is also has sty of tui"
 161   (let ((ucon_freqs (make-array (1+ (find-cui-max)) :initial-element nil)))
 162     (dolist (ucon (find-ucon-tui tui)) ;; for all disease-or-syn
 163       (dolist (ucon2 (funcall ucon2-tui-func ucon tui)) ;; for each related disease
 164         (aif (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 165              (setf (freq it) (1+ (freq it)))
 166              (setf (aref ucon_freqs (cui ucon2))
 167                (make-instance 'ucon_freq :cui (cui ucon2) :lrl (lrl ucon2)
 168                               :pfstr (pfstr ucon2) :freq 1)))))
 169     (let ((ucon_freq-list '()))
 170       (dotimes (i (find-cui-max))
 171         (declare (fixnum i))
 172         (awhen (aref ucon_freqs i)
 173              (push it ucon_freq-list)))
 174       (sort ucon_freq-list #'> :key #'freq))))
 175
 176 (defun find-ucon2_freq-rel-tui-all (tui)
 177   "Sorted list of ucon_freq with semantic type tui that are rel's of ucons with semantic type tui"
 178   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-rel-tui))
 179
 180 (defun find-ucon2_freq-coc-tui-all (tui)
 181   (find-ucon2_freq-tui-all tui #'find-ucon2-coc-tui))
 182
 183 #+(or cmu scl)
 184 (dolist (c '(ucon_freq ustr_freq usty_freq usrl_freq))
 185   (let ((cl #+cmu (pcl:find-class c)
 186             #+scl (find-class c)))
 187     #+cmu (pcl:finalize-inheritance cl)
 188     #+scl (clos:finalize-inheritance cl)))