parse-2002.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:          parse-2002.lisp
   6 ;;;; Purpose:       Parsing and SQL insertion routines for UMLisp which may
   7 ;;;;                change from year to year
   8 ;;;; Programmer:    Kevin M. Rosenberg
   9 ;;;; Date Started:  Apr 2000
  10 ;;;;
  11 ;;;; $Id: parse-2002.lisp,v 1.6 2003/05/06 06:09:29 kevin Exp $
  12 ;;;;
  13 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  14 ;;;;    Copyright (c) 2000-2002 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  15 ;;;;
  16 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  17 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  18 ;;;; *************************************************************************
  19
  20 (in-package :umlisp)
  21 (declaim (optimize (speed 3) (safety 1) (compilation-speed 0) (debug 3)))
  22
  23 ;;; Pre-read data for custom fields into hash tables
  24 (defvar *parse-hash-init?* nil)
  25
  26 (eval-when (:compile-toplevel :load-toplevel :execute)
  27 (let ((pfstr-hash nil)      ;;; Preferred concept strings by CUI
  28       (cui-lrl-hash nil)    ;;; LRL by CUI
  29       (lui-lrl-hash nil)    ;;; LRL by LUI
  30       (cuisui-lrl-hash nil) ;;; LRL by CUISUI
  31       (sab-srl-hash nil))   ;;; SRL by SAB
  32
  33   (defun make-parse-hash-table ()
  34     (if pfstr-hash
  35         (progn
  36           (clrhash pfstr-hash)
  37           (clrhash cui-lrl-hash)
  38           (clrhash lui-lrl-hash)
  39           (clrhash cuisui-lrl-hash)
  40           (clrhash sab-srl-hash))
  41       (setf
  42           pfstr-hash (make-hash-table :size 800000)
  43           cui-lrl-hash (make-hash-table :size 800000)
  44           lui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
  45           cuisui-lrl-hash (make-hash-table :size 1800000)
  46           sab-srl-hash (make-hash-table :size 100 :test 'equal))))
  47
  48   (defun binit-hash-table (&optional (force-read nil))
  49     (when (or force-read (not *parse-hash-init?*))
  50       (make-parse-hash-table)
  51       (setq *parse-hash-init?* t))
  52     (with-buffered-umls-file (line "MRCON")
  53       (let ((cui (parse-ui (aref line 0)))
  54             (lui (parse-ui (aref line 3)))
  55             (sui (parse-ui (aref line 5)))
  56             (lrl (parse-integer (aref line 7))))
  57         (unless (gethash cui pfstr-hash)  ;; if haven't stored pfstr for cui
  58           (if (and (string-equal (aref line 1) "ENG") ; LAT
  59                    (string-equal (aref line 2) "P") ; ts
  60                    (string-equal (aref line 4) "PF")) ; stt
  61               (setf (gethash cui pfstr-hash) (aref line 6))))
  62         (set-lrl-hash cui lrl cui-lrl-hash)
  63         (set-lrl-hash lui lrl lui-lrl-hash)
  64         (set-lrl-hash (make-cuisui cui sui) lrl cuisui-lrl-hash)))
  65     (with-buffered-umls-file (line "MRSO")
  66       (let ((sab (aref line 3)))
  67         (unless (gethash sab sab-srl-hash)  ;; if haven't stored
  68           (setf (gethash sab sab-srl-hash) (aref line 6))))))
  69
  70   (defun init-hash-table (&optional (force-read nil))
  71     (when (or force-read (not *parse-hash-init?*))
  72       (make-parse-hash-table)
  73       (setq *parse-hash-init?* t))
  74     (with-umls-file (line "MRCON")
  75       (let ((cui (parse-ui (nth 0 line)))
  76             (lui (parse-ui (nth 3 line)))
  77             (sui (parse-ui (nth 5 line)))
  78             (lrl (parse-integer (nth 7 line))))
  79         (unless (gethash cui pfstr-hash)  ;; if haven't stored pfstr for cui
  80           (if (and (string-equal (nth 1 line) "ENG") ; LAT
  81                    (string-equal (nth 2 line) "P") ; ts
  82                    (string-equal (nth 4 line) "PF")) ; stt
  83               (setf (gethash cui pfstr-hash) (nth 6 line))))
  84         (set-lrl-hash cui lrl cui-lrl-hash)
  85         (set-lrl-hash lui lrl lui-lrl-hash)
  86         (set-lrl-hash (make-cuisui cui sui) lrl cuisui-lrl-hash)))
  87     (with-umls-file (line "MRSO")
  88       (let ((sab (nth 3 line)))
  89         (multiple-value-bind (val found) (gethash sab sab-srl-hash)
  90           (declare (ignore val))
  91           (unless found
  92             (setf (gethash sab sab-srl-hash) (parse-integer (nth 6 line))))))))
  93
  94   (defun pfstr-hash (cui)
  95     (gethash cui pfstr-hash))
  96
  97   (defun cui-lrl (cui)
  98     (gethash cui cui-lrl-hash))
  99
 100   (defun lui-lrl (lui)
 101     (gethash lui lui-lrl-hash))
 102
 103   (defun cuisui-lrl (cuisui)
 104     (gethash cuisui cuisui-lrl-hash))
 105
 106   (defun sab-srl (sab)
 107     (kmrcl:aif (gethash sab sab-srl-hash) kmrcl::it 0))
 108 )) ;; closure
 109
 110 (defun set-lrl-hash (key lrl hash)
 111   "Set the least restrictive level in hash table"
 112   (multiple-value-bind (hash-lrl found) (gethash key hash)
 113     (if (or (not found) (< lrl hash-lrl))
 114         (setf (gethash key hash) lrl))))
 115
 116 ;; UMLS file and column structures
 117 ;;; SQL datatypes symbols
 118 ;;; sql-u - Unique identifier
 119 ;;; sql-s - Small integer (16-bit)
 120 ;;; sql-i - Integer (32-bit)
 121 ;;; sql-l - Big integer (64-bit)
 122 ;;; sql-f - Floating point
 123
 124 (defparameter +col-datatypes+
 125     '(("AV" sql-f) ("BTS" sql-i) ("CLS" sql-i) ("COF" sql-i) ("CUI1" sql-u)
 126       ("CUI2" sql-u) ("CUI" sql-u) ("CXN" sql-s) ("FR" sql-i) ("LRL" sql-s)
 127       ("LUI" sql-u) ("MAX" sql-s) ("MIN" sql-s) ("RANK" sql-s) ("REF" sql-s)
 128       ("RNK" sql-s) ("RWS" sql-i) ("SRL" sql-s) ("SUI" sql-u) ("TUI" sql-u)
 129       ;;; Custom columns
 130       ("KCUISUI" sql-l) ("KCUILUI" sql-l) ("KCUILRL" sql-i) ("KLUILRL" sql-i)
 131       ("KSRL" sql-i) ("KLRL" sql-i)
 132       ;;; LEX columns
 133       ("EUI" sql-u) ("EUI2" sql-u)
 134       ;;; Semantic net columns
 135       ("UI" sql-u) ("UI2" sql-u) ("UI3" sql-u)
 136       ;; New fields for 2002AD
 137       ("RCUI" sql-u) ("VCUI" sql-u) ("CFR" sql-i) ("TFR" sql-i)
 138       )
 139     "SQL data types for each non-string column")
 140
 141 (defparameter +custom-tables+
 142     nil
 143   #+ignore
 144   '(("MRCONSO" "SELECT m.CUI, m.LAT, m.TS, m.LUI, m.STT, m.SUI, m.STR, m.LRL, s.SAB, s.TTY, s.SCD, s.SRL FROM MRCON m, MRSO s WHERE m.CUI=s.CUI AND m.LUI=s.LUI AND m.SUI=s.SUI")
 145     ("MRCONFULL" "SELECT m.CUI, m.LAT, m.TS, m.LUI, m.STT, m.SUI, m.STR, m.LRL, s.SAB, s.TTY, s.SCD, s.SRL, t.TUI FROM MRCON m, MRSO s, MRSTY t WHERE m.CUI=s.CUI AND m.LUI=s.LUI AND m.SUI=s.SUI AND m.CUI=t.CUI AND s.CUI=t.CUI"))
 146   "Custom tables to create")
 147
 148 (defparameter +custom-cols+
 149     '(("MRCON" "KPFSTR" "TEXT" 1024
 150                (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 0 x)))))
 151       ("MRCON" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 152        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 5 x))))))
 153       ("MRCON" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 154        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 3 x))))))
 155       ("MRCON" "KCUILRL" "INTEGER" 0
 156        (lambda (x) (format nil "~d" (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 157       ("MRCON" "KLUILRL" "INTEGER" 0
 158        (lambda (x) (format nil "~d" (lui-lrl (parse-ui (nth 3 x))))))
 159       ("MRLO" "KLRL" "INTEGER" 0
 160        (lambda (x) (format nil "~d"
 161                     (if (zerop (length (nth 4 x)))
 162                         (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 163                       (cuisui-lrl (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))))
 164       ("MRSTY" "KLRL" "INTEGER" 0
 165        (lambda (x) (format nil "~d" (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
 166       ("MRCOC" "KLRL" "INTEGER" 0
 167        (lambda (x) (format nil "~d"
 168                     (max (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
 169                          (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (nth 1 x))) kmrcl::it 0)))))
 170       ("MRSAT" "KSRL" "INTEGER" 0
 171        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 5 x)))))
 172       ("MRREL" "KSRL" "INTEGER" 0
 173        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 4 x)))))
 174       ("MRRANK" "KSRL" "INTEGER" 0
 175        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 1 x)))))
 176       ("MRDEF" "KSRL" "INTEGER" 0
 177        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 1 x)))))
 178       ("MRCXT" "KSRL" "INTEGER" 0
 179        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 2 x)))))
 180       ("MRATX" "KSRL" "INTEGER" 0
 181        (lambda (x) (format nil "~d" (sab-srl (nth 1 x)))))
 182       ("MRXW.ENG" "KLRL" "INTEGER" 0
 183        (lambda (x) (format nil "~d" (cuisui-lrl (make-cuisui
 184                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 185                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 186       ("MRXW.NONENG" "KLRL" "INTEGER" 0
 187        (lambda (x) (format nil "~d" (cuisui-lrl (make-cuisui
 188                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 189                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 190       ("MRXNW.ENG" "KLRL" "INTEGER" 0
 191        (lambda (x) (format nil "~d" (cuisui-lrl (make-cuisui
 192                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 193                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 194       ("MRXNS.ENG" "KLRL" "INTEGER" 0
 195        (lambda (x) (format nil "~d" (cuisui-lrl (make-cuisui
 196                                                  (parse-ui (nth 2 x))
 197                                                  (parse-ui (nth 4 x)))))))
 198       ("MRREL" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
 199        (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 2 x)))))
 200       ("MRCOC" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
 201        (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 1 x)))))
 202       ("MRCXT" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 203        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 204       ("MRSAT" "KCUILUI" "BIGINT" 0
 205        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
 206       ("MRSAT" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 207        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 2 x))))))
 208       ("MRSO" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 209        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 2 x))))))
 210       ("MRXW.ENG" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 211        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 212       ("MRXNW.ENG" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 213        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 214       ("MRXNS.ENG" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 215        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))
 216       ("MRXW.NONENG" "LAT" "CHAR" 3 (lambda (x) (nth 0 x)))
 217       ("MRXW.NONENG" "WD"  "CHAR" 200  (lambda (x) (nth 1 x)))
 218       ("MRXW.NONENG" "CUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (parse-ui (nth 2 x))))
 219       ("MRXW.NONENG" "LUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (parse-ui (nth 3 x))))
 220       ("MRXW.NONENG" "SUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (parse-ui (nth 4 x))))
 221       ("MRXW.NONENG" "KCUISUI" "BIGINT" 0
 222        (lambda (x) (format nil "~d" (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x)))))))
 223   "Custom columns to create.(filename, col, sqltype, value-func).")
 224
 225 (defparameter +index-cols+
 226     '(("CUI" "MRATX") ("CUI1" "MRCOC") ("CUI" "MRCON") ("LUI" "MRCON")
 227       ("LRL" "MRCON")
 228       ("SUI" "MRCON") ("CUI" "MRCXT") ("CUI" "MRDEF") ("CUI" "MRLO")
 229       ("CUI1" "MRREL") ("CUI" "MRSAT") ("LUI" "MRSAT") ("SUI" "MRSAT")
 230       ("CUI" "MRSO") ("SAB" "MRSO") ("SRL" "MRSO") ("CUI" "MRSTY")
 231       ("TUI" "MRSTY") ("CUI" "MRXNS_ENG") ("NSTR" "MRXNS_ENG" 10)
 232       ("CUI" "MRXNW_ENG") ("NWD" "MRXNW_ENG") ("WD" "MRXW_ENG")
 233       ("KCUISUI" "MRCON") ("KCUILUI" "MRCON") ("KCUILRL" "MRCON")
 234       ("KLUILRL" "MRCON") ("KCUISUI" "MRCXT")
 235       ("KCUISUI" "MRSO") ("KCUISUI" "MRSAT")  ("KCUILUI" "MRSAT")
 236       ("KCUISUI" "MRXW_ENG") ("KCUISUI" "MRXNW_ENG")
 237       ("KCUISUI" "MRXNS_ENG") ("KCUISUI" "MRXW_NONENG")
 238       ("KSRL" "MRATX") ("KSRL" "MRCXT") ("KSRL" "MRDEF") ("KSRL" "MRRANK")
 239       ("KSRL" "MRREL") ("KSRL" "MRSAT") ("KLRL" "MRCOC")
 240       ("KLRL" "MRLO") ("KLRL" "MRSTY") ("KLRL" "MRXW_ENG") ("KLRL" "MRXNW_ENG")
 241       ("KLRL" "MRXNS_ENG") ("KLRL" "MRXW_NONENG")
 242       ;; LEX indices
 243       ("EUI" "LRABR") ("EUI2" "LRABR") ("EUI" "LRAGR") ("EUI" "LRCMP") ("EUI" "LRMOD")
 244       ("EUI" "LRNOM") ("EUI2" "LRNOM") ("EUI" "LRPRN") ("EUI" "LRPRP") ("EUI" "LRSPL")
 245       ("EUI" "LRTRM") ("EUI" "LRTYP") ("EUI" "LRWD") ("WRD" "LRWD")
 246       ("BAS" "LRABR")
 247       ;; Semantic NET indices
 248       ("UI" "SRSTRE1") ("UI2" "SRSTRE1") ("UI3" "SRSTRE1")
 249       ("STY_RL" "SRDEF") ("RT" "SRDEF") ("STY_RL" "SRSTR") ("STY_RL2" "SRSTR")
 250       ("RL" "SRSTR")
 251       ("SRL" "MRSAB") ("RSAB" "MRSAB") ("VSAB" "MRSAB") ("RCUI" "MRSAB")
 252       ("VCUI" "MRSAB") ("LAT" "MRSAB"))
 253   "Columns in files to index")
 254
 255 (defparameter +custom-index-cols+
 256   nil
 257   #+ignore
 258   '(("CUI" "MRCONFULL") ("SAB" "MRCONFULL") ("TUI" "MRCONFULL"))
 259   "Indexes to custom tables")
 260
 261 ;; File & Column functions
 262
 263 (defun init-umls (&optional (alwaysclear nil))
 264 "Initialize all UMLS file and column structures if not already initialized"
 265   (when (or alwaysclear (null *umls-files*))
 266     (init-umls-cols)
 267     (init-umls-files)
 268     (init-field-lengths)))
 269
 270 (defun init-umls-cols ()
 271   (setq *umls-cols* (append
 272                      (init-meta-cols)
 273                      (init-custom-cols)
 274                      (init-generic-cols "LRFLD")
 275                      (init-generic-cols "SRFLD"))))
 276
 277 (defun init-meta-cols ()
 278 "Initialize all umls columns"
 279   (let ((cols '()))
 280     (with-umls-file (line "MRCOLS")
 281       (destructuring-bind (col des ref min av max fil dty) line
 282         (let ((c (make-umls-col
 283                   :col col
 284                   :des des
 285                   :ref ref
 286                   :min (parse-integer min)
 287                   :av (read-from-string av)
 288                   :max (parse-integer max)
 289                   :fil fil
 290                   :dty dty  ;; new in 2002 UMLS
 291                   :sqltype "VARCHAR"    ; default data type
 292                   :parsefunc #'add-sql-quotes
 293                   :custom-value-func nil
 294                   :quotechar "'")))
 295           (add-datatype-to-col c (datatype-for-col col))
 296           (push c cols))))
 297     (nreverse cols)))
 298
 299 (defun init-custom-cols ()
 300 "Initialize umls columns for custom columns"
 301   (let ((cols '()))
 302     (dolist (customcol +custom-cols+)
 303       (let ((c (make-umls-col :col (nth 1 customcol)
 304                               :des ""
 305                               :ref 0
 306                               :min 0
 307                               :max (nth 3 customcol)
 308                               :av 0
 309                               :dty nil
 310                               :fil (nth 0 customcol)
 311                               :sqltype (nth 2 customcol)
 312                               :parsefunc #'add-sql-quotes
 313                               :custom-value-func (nth 4 customcol)
 314                               :quotechar "'")))
 315         (add-datatype-to-col c (datatype-for-col (nth 1 customcol)))
 316         (push c cols)))
 317     (nreverse cols)))
 318
 319 (defun escape-column-name (name)
 320   (substitute #\_ #\/ name))
 321
 322 (defun init-generic-cols (col-filename)
 323 "Initialize for generic (LEX/NET) columns"
 324   (let ((cols '()))
 325     (with-umls-file (line col-filename)
 326       (destructuring-bind (nam des ref fil) line
 327         (setq nam (escape-column-name nam))
 328         (dolist (file (delimited-string-to-list fil #\,))
 329           (let ((c (make-umls-col
 330                   :col nam
 331                   :des des
 332                   :ref ref
 333                   :min nil
 334                   :av nil
 335                   :max nil
 336                   :fil file
 337                   :dty nil
 338                   :sqltype "VARCHAR"    ; default data type
 339                   :parsefunc #'add-sql-quotes
 340                   :custom-value-func nil
 341                   :quotechar "'")))
 342             (add-datatype-to-col c (datatype-for-col nam))
 343             (push c cols)))))
 344     (nreverse cols)))
 345
 346 (defun init-umls-files ()
 347   (setq *umls-files* (append
 348                       (init-generic-files "MRFILES")
 349                       (init-generic-files "LRFIL")
 350                       (init-generic-files "SRFIL")))
 351   ;; need to separate this since init-custom-files depends on *umls-files*
 352   (setq *umls-files* (append *umls-files* (init-custom-files))))
 353
 354
 355 (defun umls-field-string-to-list (fmt)
 356   "Converts a comma delimited list of fields into a list of field names. Will
 357 append a unique number (starting at 2) onto a column name that is repeated in the list"
 358   (let ((field-list (delimited-string-to-list (escape-column-name fmt) #\,))
 359         (col-count (make-hash-table :test 'equal)))
 360     (dotimes (i (length field-list))
 361       (declare (fixnum i))
 362       (let ((col (nth i field-list)))
 363         (multiple-value-bind (key found) (gethash col col-count)
 364           (if found
 365               (let ((next-id (1+ key)))
 366                 (setf (nth i field-list) (concatenate 'string
 367                                                     col
 368                                                     (format nil "~D" next-id)))
 369                 (setf (gethash col col-count) next-id))
 370             (setf (gethash col col-count) 1)))))
 371     field-list))
 372
 373 (defun init-generic-files (files-filename)
 374 "Initialize all LEX file structures"
 375   (let ((files '()))
 376   (with-umls-file (line files-filename)
 377     (destructuring-bind (fil des fmt cls rws bts) line
 378       (let ((f (make-umls-file
 379                 :fil fil
 380                 :table (substitute #\_ #\. fil)
 381                 :des des
 382                 :fmt (escape-column-name fmt)
 383                 :cls (parse-integer cls)
 384                 :rws (parse-integer rws)
 385                 :bts (parse-integer bts)
 386                 :fields (concatenate 'list
 387                           (umls-field-string-to-list fmt)
 388                           (custom-colnames-for-filename fil)))))
 389         (setf (umls-file-colstructs f) (umls-cols-for-umls-file f))
 390         (push f files))))
 391   (nreverse files)))
 392
 393 (defun init-custom-files ()
 394   (let ((ffile (make-umls-file :fil "MRXW.NONENG"
 395                                :des "Custom NonEnglish Index"
 396                                :table "MRXW_NONENG"
 397                                :cls 5
 398                                :rws 0
 399                                :bts 0
 400                                :fields (umls-file-fields (find-umls-file "MRXW.ENG")))))
 401     (setf (umls-file-colstructs ffile)
 402       (umls-cols-for-umls-file ffile))
 403     (list ffile)))
 404
 405 (defun datatype-for-col (colname)
 406 "Return datatype for column name"
 407   (car (cdr (find colname +col-datatypes+ :key #'car :test #'string-equal))))
 408
 409 (defun add-datatype-to-col (col datatype)
 410 "Add data type information to column"
 411   (setf (umls-col-datatype col) datatype)
 412   (case datatype
 413     (sql-u (setf (umls-col-sqltype col) "INTEGER"
 414                  (umls-col-parsefunc col) #'parse-ui
 415                  (umls-col-quotechar col) ""))
 416     (sql-s (setf (umls-col-sqltype col) "SMALLINT"
 417                  (umls-col-parsefunc col) #'parse-integer
 418                  (umls-col-quotechar col) ""))
 419     (sql-l (setf (umls-col-sqltype col) "BIGINT"
 420                  (umls-col-parsefunc col) #'parse-integer
 421                  (umls-col-quotechar col) ""))
 422     (sql-i (setf (umls-col-sqltype col) "INTEGER"
 423                  (umls-col-parsefunc col) #'parse-integer
 424                  (umls-col-quotechar col) ""))
 425     (sql-f (setf (umls-col-sqltype col) "NUMERIC"
 426                  (umls-col-parsefunc col) #'read-from-string
 427                  (umls-col-quotechar col) ""))
 428     (t                       ; Default column type, optimized text storage
 429      (setf (umls-col-parsefunc col) #'add-sql-quotes
 430            (umls-col-quotechar col) "'")
 431      (when (and (umls-col-max col) (umls-col-av col))
 432        (if (> (umls-col-max col) 255)
 433            (setf (umls-col-sqltype col) "TEXT")
 434          (if (< (- (umls-col-max col) (umls-col-av col)) 4)
 435              (setf (umls-col-sqltype col) "CHAR") ; if average bytes wasted < 4
 436            (setf (umls-col-sqltype col) "VARCHAR")))))))
 437
 438
 439