sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit
  30                         filter)
  31   (let* ((%%fields (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  32                            (if distinct "DISTINCT " "") fields table))
  33          (%%order (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  34                                     order)
  35                       ""))
  36          (%%lrl (format nil " AND ~:@(~A~)<=" lrl))
  37          (%%where (when where-name
  38                     (format nil " WHERE ~:@(~A~)~A" where-name
  39                           (if like " like " ""))))
  40          (%filter (gensym "FILTER-"))
  41          (%single (gensym "SINGLE-"))
  42          (%limit (gensym "LIMIT-")))
  43     `(let ((,%limit ,limit)
  44            (,%single ,single)
  45            (,%filter ,filter))
  46        (concatenate
  47         'string
  48         ,%%fields
  49         ,@(when %%where (list %%where))
  50         ,@(when %%where
  51             `((typecase ,where-value
  52                 #+ignore
  53                 (fixnum
  54                  (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  55                 (number
  56                  (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  57                 (null
  58                  " IS NULL")
  59                 (t
  60                  (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  61         (if ,%filter (concatenate 'string
  62                                   ,(if %%where " AND " " WHERE ")
  63                                   ,%filter) "")
  64         (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  65         ,@(when %%order (list %%order))
  66         (cond
  67          ((and ,%single ,%limit)
  68           (error  "Can't set single (~S) and limit (~S)" ,%single ,%limit))
  69          (,%single
  70           " LIMIT 1")
  71          (,%limit
  72           (format nil " LIMIT ~D" ,%limit))
  73          (t
  74           ""))))))
  75
  76 (defun query-string-eval (table fields srl where-name where-value
  77                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like limit filter)
  78   (when single (setq limit 1))
  79   (concatenate
  80    'string
  81    (format nil "SELECT ~A~{~:@(~A~)~^,~} FROM ~:@(~A~)"
  82            (if distinct "DISTINCT " "") fields table)
  83    (if where-name (format nil " WHERE ~:@(~A~)" where-name) "")
  84    (if where-name
  85        (format nil
  86                (typecase where-value
  87                  (number "='~D'")
  88                  (null " IS NULL")
  89                  (t
  90                   (if like " LINK '%~A%""='~A'")))
  91                where-value)
  92        "")
  93    (if filter (concatenate 'string " AND " filter) nil)
  94    (if srl (format nil " AND ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  95    (if order (format nil " ORDER BY ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  96    (if limit (format nil " LIMIT ~D" limit) "")))
  97
  98
  99 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
 100                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 101                      limit filter (query-cmd 'mutex-sql-query))
 102   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 103 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 104   `(,query-cmd
 105     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 106      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 107      :filter ,filter :limit ,limit)))
 108
 109 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
 110                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
 111                      filter limit)
 112   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
 113 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
 114   `(mutex-sql-query
 115     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
 116      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like
 117      :filter ,filter :limit ,limit)))
 118
 119 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
 120 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
 121                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 122                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query)
 123                                     filter limit)
 124                                 &body body)
 125   (let ((value (gensym))
 126         (r (gensym)))
 127     (if single
 128         (if (and limit (> limit 1))
 129             (error "Can't set limit along with single.")
 130           `(let* ((,value ,where-value)
 131                   (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 132                                             :lrl ,lrl :single ,single
 133                                             :distinct ,distinct :order ,order
 134                                             :like ,like :filter ,filter
 135                                             :query-cmd ,query-cmd))))
 136              ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 137              (when tuple
 138                (destructuring-bind ,fields tuple
 139                  ,@body))))
 140         `(let ((,value ,where-value))
 141            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 142            (let ((,r '()))
 143              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 144                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 145                                           :order ,order :filter ,filter :like ,like
 146                                           :limit ,limit))
 147                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 148              (nreverse ,r))
 149            #+ignore
 150            (loop for tuple in
 151                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 152                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 153                                :order ,order :like ,like :filter ,filter :limit ,limit)
 154                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 155
 156 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 157                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 158                                          order like filter limit)
 159                                   &body body)
 160   (let ((value (gensym))
 161         (r (gensym))
 162         (eval-fields (cadr fields)))
 163     (if single
 164         `(let* ((,value ,where-value)
 165                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 166                                                :lrl ,lrl :single ,single
 167                                                :distinct ,distinct :order ,order
 168                                                :like ,like :filter ,filter
 169                                                :limit ,limit))))
 170           (when tuple
 171             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 172               ,@body)))
 173         `(let ((,value ,where-value)
 174                (,r '()))
 175            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 176                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 177                                              :order ,order :like ,like
 178                                              :filter ,filter :limit ,limit))
 179              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 180            (nreverse ,r)
 181            #+ignore
 182            (loop for tuple in
 183                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 184                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 185                                     :order ,order :like ,like :filter ,filter
 186                                     :limit ,limit)
 187                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 188
 189 ;;;
 190 ;;; Read from SQL database
 191
 192 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 193   `(if (stringp ,cui)
 194     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 195     ,cui))
 196
 197 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 198   `(if (stringp ,lui)
 199     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 200     ,lui))
 201
 202 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 203   `(if (stringp ,sui)
 204     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 205     ,sui))
 206
 207 (defmacro ensure-aui-integer (aui)
 208   `(if (stringp ,aui)
 209     (setq ,aui (parse-aui ,aui))
 210     ,aui))
 211
 212 (defmacro ensure-rui-integer (rui)
 213   `(if (stringp ,rui)
 214     (setq ,rui (parse-rui ,rui))
 215     ,rui))
 216
 217 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 218   `(if (stringp ,tui)
 219     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 220     ,tui))
 221
 222 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 223   `(if (stringp ,eui)
 224     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 225     ,eui))
 226
 227 (defun make-ucon-cui (cui)
 228   (ensure-cui-integer cui)
 229   (when cui
 230     (make-instance 'ucon :cui cui)))
 231
 232 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*) without-pfstr)
 233   "Find ucon for a cui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 234   (ensure-cui-integer cui)
 235   (unless cui (return-from find-ucon-cui nil))
 236
 237   (if without-pfstr
 238       (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 239                             (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 240                                            :pfstr nil)))
 241    (or
 242      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t :filter "KPFENG=1")
 243         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 244                        :lrl kcuilrl))
 245      (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl str) srl cui cui :single t)
 246         (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr str
 247                        :lrl kcuilrl))))
 248
 249 (defun find-uconso-cui (cui &key sab (srl *current-srl*))
 250   "Find uconso for a cui."
 251   (ensure-cui-integer cui)
 252   (unless cui (return-from find-uconso-cui nil))
 253
 254   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 255                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 256                                       kluilrl ksuilrl) srl cui cui
 257                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 258     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 259                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 260                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 261                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 262                    :ksuilrl ksuilrl)))
 263
 264 (defun find-uconso-sui (sui &key sab (srl *current-srl*))
 265   "Find uconso for a sui. If set SAB, the without-pfstr is on by default"
 266   (ensure-sui-integer sui)
 267   (unless (and sui (stringp sab))
 268     (return-from find-uconso-sui nil))
 269
 270   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts lui stt sui ispref aui saui scui sdui sab tty code str
 271                                       srl suppress cvf kpfeng kcuisui kcuilui kcuilrl
 272                                       kluilrl ksuilrl) srl sui sui
 273                                       :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 274     (make-instance 'uconso :cui cui :lat lat :ts ts :lui lui :stt stt :sui sui :ispref ispref
 275                    :aui aui :saui saui :scui scui :sdui sdui :sab sab :tty tty :code code
 276                    :str str :srl srl :suppress suppress :cvf cvf :kpfeng kpfeng
 277                    :kcuisui kcuisui :kcuilui kcuilui :kcuilrl kcuilrl :kluilrl kluilrl
 278                    :ksuilrl ksuilrl)))
 279
 280 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 281   "Find preferred string for a cui"
 282   (ensure-cui-integer cui)
 283   (or
 284    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 285                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 286       str)
 287    (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl cui cui :distinct t
 288                                   :single t)
 289                          str)))
 290
 291 (defun find-lrl-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 292   "Find LRL for a cui"
 293   (ensure-cui-integer cui)
 294   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl cui cui :distinct t :single t)
 295                         (ensure-integer kcuilrl)))
 296
 297 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 298   "Find list of ucon for lui"
 299   (ensure-lui-integer lui)
 300   (unless lui (return-from find-ucon-lui nil))
 301   (or
 302    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 303                                   :filter " KPFENG=1" :single t)
 304       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 305                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))
 306    (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl str) srl lui lui
 307                                   :single t)
 308       (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 309                      :pfstr str :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 310
 311 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 312   "Find list of ucon for sui"
 313   (ensure-sui-integer sui)
 314   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 315     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 316                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 317
 318 (defun find-ucon-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 319   "Find list of ucon for aui"
 320   (ensure-aui-integer aui)
 321   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl aui aui :distinct t)
 322     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 323                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 324
 325 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 326   "Find ucon for cui/sui"
 327   (ensure-cui-integer cui)
 328   (ensure-sui-integer sui)
 329   (when (and cui sui)
 330     (collect-umlisp-query (mrconso (kcuilrl) srl kcuisui
 331                               (make-cuisui cui sui))
 332       (make-instance 'ucon :cui cui
 333                      :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 334                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 335
 336 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 337   "Find ucon that are exact match for str"
 338   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl str str :distinct t)
 339     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 340                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 341
 342 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 343   "Return list of all ucon's"
 344   (with-sql-connection (db)
 345     (clsql:map-query
 346      'list
 347      #'(lambda (tuple)
 348          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 349              (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 350                             :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 351                             :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 352      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil
 353                    :order (cui asc) :distinct t)
 354      :database db)))
 355
 356 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 357   "Return list of all ucon's"
 358   (collect-umlisp-query (mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 359                             :distinct t)
 360     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 361                    :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 362                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 363
 364 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 365   "Return list of CUIs for all ucons"
 366   (collect-umlisp-query (mrconso (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 367                                :distinct t)
 368                         cui))
 369
 370 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 371   "Map a function over all ucon's"
 372   (with-sql-connection (db)
 373     (clsql:map-query
 374      nil
 375      #'(lambda (tuple)
 376          (destructuring-bind (cui cuilrl) tuple
 377            (funcall fn (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 378                                       :pfstr (find-pfstr-cui cui)
 379                                       :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 380      (query-string mrconso (cui kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 381                    :distinct t)
 382      :database db)))
 383
 384
 385 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 386   "Return a list of udefs for cui"
 387   (ensure-cui-integer cui)
 388   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def suppress) srl cui cui :lrl "KSRL")
 389     (make-instance 'udef :sab sab :def def :suppress suppress)))
 390
 391 (defun find-udoc-key (key)
 392   "Return list of abbreviation documentation for a key"
 393   (collect-umlisp-query (mrdoc (value type expl) nil dockey key)
 394     (make-instance 'udoc :dockey key :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 395
 396 (defun find-udoc-value (value)
 397   "Return abbreviation documentation"
 398   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey type expl) nil value value)
 399     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 400
 401 (defun find-udoc-key-value (dockey value)
 402   (collect-umlisp-query (mrdoc (type expl) nil dockey dockey :filter (format nil "VALUE='~A'" value))
 403       (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 404
 405 (defun find-udoc-all ()
 406   "Return all abbreviation documentation"
 407   (collect-umlisp-query (mrdoc (dockey value type expl) nil nil nil)
 408     (make-instance 'udoc :dockey dockey :dvalue value :dtype type :expl expl)))
 409
 410 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 411   "Return a list of usty for cui"
 412   (ensure-cui-integer cui)
 413   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 414     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 415
 416 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 417   "Return a list of usty that match word"
 418   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 419                             :distinct t)
 420     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 421
 422 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*) filter without-pfstr2)
 423   "Return a list of urel for cui"
 424   (ensure-cui-integer cui)
 425   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 426                                srl cui1 cui :lrl "KSRL" :filter filter)
 427     (let ((rel
 428       (make-instance 'urel :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 429                      :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 430                      :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 431                      :suppress suppress :cvf cvf)))
 432       (unless without-pfstr2
 433         (setf (slot-value rel 'pfstr2) (find-pfstr-cui cui2)))
 434       rel)))
 435
 436 (defun find-urel-rui (rui &key (srl *current-srl*))
 437   "Return the urel for a rui"
 438   (ensure-rui-integer rui)
 439   (collect-umlisp-query (mrrel (aui1 rel stype1 cui1 cui2 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 440                                srl rui rui :lrl "KSRL" :single t)
 441     (make-instance 'urel :cui1 cui1 :aui1 (ensure-integer aui1) :stype1 stype1 :rel rel
 442                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2) :stype2 stype2
 443                    :rui (ensure-integer rui) :srui srui :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir
 444                    :suppress suppress :cvf cvf :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 445
 446 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 447   "Return a list of urel for cui"
 448   (ensure-cui-integer cui)
 449   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 450                                cui :lrl "KSRL")
 451                         cui2))
 452
 453 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 454   "Return a list of urel for cui2"
 455   (ensure-cui-integer cui2)
 456   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 aui1 stype1 aui2 stype2 rela rui srui sab sl rg dir suppress cvf)
 457                                srl cui2 cui2 :lrl "KSRL")
 458     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel :aui2 (ensure-integer aui2)
 459                    :stype2 stype2 :rui (ensure-integer rui) :srui srui
 460                    :stype1 stype1 :cui1 (ensure-integer cui1)
 461                    :aui1 (ensure-integer aui1)
 462                    :rela rela :sab sab :sl sl :rg rg :dir dir :suppress suppress :cvf cvf
 463                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 464
 465 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 466   (ensure-cui-integer cui2)
 467   (loop for cui in (remove-duplicates
 468                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 469         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 470
 471 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 472   "Return a list of ucoc for cui"
 473   (ensure-cui-integer cui)
 474   (collect-umlisp-query (mrcoc (aui1 cui2 aui2 sab cot cof coa) srl cui1
 475                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 476     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 477     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 478     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :aui1 (ensure-integer aui1)
 479                    :cui2 (ensure-integer cui2) :aui2 (ensure-integer aui2)
 480                    :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa :sab sab
 481                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 482
 483 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 484   "Return a list of ucoc for cui2"
 485   (ensure-cui-integer cui2)
 486   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 aui1 aui2 sab cot cof coa) srl cui2
 487                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 488     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 489     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 490                    :aui1 (ensure-integer aui1) :aui2 (ensure-integer aui2)
 491                    :sab sab :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 492                    :pfstr2 (find-pfstr-cui cui2))))
 493
 494 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 495   "List of ucon with co-occurance cui2"
 496   (ensure-cui-integer cui2)
 497   (mapcar
 498    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 499    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 500
 501
 502 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 503   "Return a list of uterm for cui"
 504   (ensure-cui-integer cui)
 505   (collect-umlisp-query (mrconso (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 506                             :lrl kluilrl :distinct t)
 507     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 508                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 509
 510 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 511   "Return a list of uterm for lui"
 512   (ensure-lui-integer lui)
 513   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 514                              :lrl kluilrl :distinct t)
 515     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 516                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 517
 518 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 519   "Return single uterm for cui/lui"
 520   (ensure-cui-integer cui)
 521   (ensure-lui-integer lui)
 522   (collect-umlisp-query (mrconso (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 523                              (make-cuilui cui lui)
 524                              :lrl kluilrl :single t)
 525     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 526                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 527
 528 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 529   "Return a list of ustr for cui/lui"
 530   (ensure-cui-integer cui)
 531   (ensure-lui-integer lui)
 532   (collect-umlisp-query (mrconso (sui stt str suppress ksuilrl) srl kcuilui
 533                                  (make-cuilui cui lui) :lrl ksuilrl)
 534                 (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 535                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str :suppress suppress
 536                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 537
 538 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 539   "Return the single ustr for cuisui"
 540   (ensure-cui-integer cui)
 541   (ensure-sui-integer sui)
 542   (collect-umlisp-query (mrconso (lui stt str suppress ksuilrl) srl kcuisui
 543                             (make-cuisui cui sui) :lrl lsuilrl :single t)
 544     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 545                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str :suppress suppress
 546                    :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 547
 548 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 549   "Return the list of ustr for sui"
 550   (ensure-sui-integer sui)
 551   (collect-umlisp-query (mrconso (cui lui stt str suppress ksuilrl) srl sui sui
 552                             :lrl ksuilrl)
 553     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 554                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 555                    :suppress suppress
 556                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 557
 558 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 559   "Return the list of ustr for sab"
 560   (collect-umlisp-query (mrconso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 561     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 562       (apply #'find-ustr-cuisui
 563              (append
 564               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 565               (list :srl srl))))))
 566
 567 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 568   "Return list of all ustr's"
 569     (with-sql-connection (db)
 570       (clsql:map-query
 571        'list
 572        #'(lambda (tuple)
 573            (destructuring-bind (cui lui sui stt ksuilrl suppress) tuple
 574              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 575                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 576                             :stt stt :str (find-pfstr-cui cui)
 577                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 578                                                  (ensure-integer sui))
 579                             :suppress suppress
 580                             :lrl (ensure-integer ksuilrl))))
 581        (query-string mrconso (cui lui sui stt ksuilrl) srl nil nil :lrl ksuilrl
 582                      :distinct t
 583                      :order (sui asc))
 584        :database db)))
 585
 586 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 587   "Return the string associated with sui"
 588   (ensure-sui-integer sui)
 589   (collect-umlisp-query (mrconso (str) srl sui sui :lrl ksuilrl :single t)
 590     str))
 591
 592 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 593   (ensure-sui-integer sui)
 594   (ensure-cui-integer cui)
 595   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str)
 596                                  srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 597     (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 598                    :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 599                    :lat lat :str str)))
 600
 601 (defun find-uso-cui (cui &key (srl *current-srl*) (english-only nil) limit)
 602   (ensure-cui-integer cui)
 603   (collect-umlisp-query (mrconso (aui sab code srl tty saui sdui scui lat str sui)
 604                                  srl cui cui :lrl srl :limit limit
 605                                  :filter (when english-only "LAT='ENG'"))
 606      (make-instance 'uso :aui aui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 607                     :cui cui :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui
 608                     :lat lat :str str)))
 609
 610 (defun find-uso-aui (aui &key (srl *current-srl*))
 611   (ensure-sui-integer aui)
 612   (collect-umlisp-query (mrconso (sab cui sui code srl tty saui sdui scui lat
 613                                       str) srl aui aui :lrl srl :single t)
 614     (make-instance 'uso :aui aui :cui cui :sab sab :code code :srl srl :tty tty
 615                    :sui sui :saui saui :sdui sdui :scui scui :lat lat
 616                    :str str)))
 617
 618 (defun find-uhier-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 619   (ensure-cui-integer cui)
 620   (collect-umlisp-query (mrhier (aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 621                             srl cui cui :lrl ksrl)
 622     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 623                    :cxn (ensure-integer cxn)
 624                    :paui (ensure-integer paui)
 625                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 626
 627 (defun find-uhier-all (&key (srl *current-srl*))
 628   (collect-umlisp-query (mrhier (cui aui cxn paui sab rela ptr hcd cvf)
 629                             srl nil nil :lrl ksrl)
 630     (make-instance 'uhier :cui cui :aui (ensure-integer aui)
 631                    :cxn (ensure-integer cxn)
 632                    :paui (ensure-integer paui)
 633                    :sab sab :rela rela :ptr ptr :hcd hcd :cvf cvf)))
 634
 635 (defun find-usat-ui (cui &key lui sui (srl *current-srl*))
 636   (ensure-cui-integer cui)
 637   (ensure-lui-integer lui)
 638   (ensure-sui-integer sui)
 639   (let ((ls "SELECT CODE,ATN,SAB,ATV FROM MRSAT WHERE "))
 640     (cond
 641       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 642                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 643                           "'"))
 644       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 645                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 646                           "' and sui='0'"))
 647       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 648                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 649     (when srl
 650       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 651     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 652           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 653             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 654
 655 (defun find-usty-tui (tui)
 656   "Find usty for tui"
 657   (ensure-tui-integer tui)
 658   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 659     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 660
 661 (defun find-usty-sty (sty)
 662   "Find usty for a sty"
 663   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 664     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 665
 666 (defun find-usty-all ()
 667   "Return list of usty's for all semantic types"
 668   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 669     (find-usty-tui tui)))
 670
 671 (defun find-usab-all ()
 672   "Return all usab objects"
 673   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 674                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 675                                   cenc curver sabin ssn scit) nil nil nil)
 676     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 677                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 678                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 679                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 680                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 681                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 682                    :curver curver :sabin sabin :ssn ssn :scit scit)))
 683
 684 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 685   "Find usab for a key"
 686   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 687                                        vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 688                                        ttyl atnl lat cenc curver sabin
 689                                        ssn scit)
 690                                      nil key-name key :single t)
 691      (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 692                     :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 693                     :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 694                     :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 695                     :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 696                     :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 697                     :curver curver :sabin sabin
 698                     :ssn ssn :scit scit)))
 699
 700 (defun find-usab-rsab (rsab)
 701   "Find usab for rsab"
 702   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 703
 704 (defun find-usab-vsab (vsab)
 705   "Find usab for vsab"
 706   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 707
 708 (defun find-cui-max ()
 709   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 710
 711 (defun find-umap-cui (cui)
 712   (ensure-cui-integer cui)
 713   (collect-umlisp-query (mrmap (mapsetsab mapsubsetid maprank fromid fromsid fromexpr
 714                                           fromtype fromrule fromres rel rela toid tosid
 715                                           toexpr totype torule tores maprule maptype
 716                                           mapatn mapatv cvf)
 717                                nil mapsetcui cui)
 718     (make-instance 'umap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab :mapsubsetid mapsubsetid
 719                    :maprank (ensure-integer maprank) :fromid fromid :fromsid fromsid
 720                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype :fromrule fromrule :fromres fromres
 721                    :rel rel :rela rela :toid toid :tosid tosid :toexpr toexpr :totype totype
 722                    :torule torule :tores tores :maprule maprule :maptype maptype :mapatn mapatn
 723                    :mapatv mapatv :cvf cvf)))
 724
 725 (defun find-usmap-cui (cui)
 726   (ensure-cui-integer cui)
 727   (collect-umlisp-query (mrsmap (mapsetsab fromexpr fromtype rel rela toexpr totype cvf)
 728                                nil mapsetcui cui)
 729     (make-instance 'usmap :mapsetcui cui :mapsetsab mapsetsab
 730                    :fromexpr fromexpr :fromtype fromtype
 731                    :rel rel :rela rela :toexpr toexpr :totype totype
 732                    :cvf cvf)))
 733
 734 ;;;; Cross table find functions
 735
 736 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 737   "Find list of ucon for tui"
 738   (ensure-tui-integer tui)
 739   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 740     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 741
 742 (defun find-uconso-code (code &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 743   "Return list of uconso objects that match code. Optional, filter for SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 744   (collect-umlisp-query (mrconso (sui sab) srl code code :like like :distinct t
 745                                  :lrl klrl
 746                                  :filter (if sab (concatenate 'string "SAB='" sab "'") nil))
 747     (find-uconso-sui sui :sab sab :srl srl)))
 748
 749 (defun mrconso-query-word-cui (word sab srl like)
 750   (format nil "SELECT DISTINCT c.cui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.cui=c.cui~A~A"
 751           (if like " LIKE " "=")
 752           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 753           (etypecase sab
 754             (string
 755              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 756             (cons
 757              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 758                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 759             (null
 760              ""))
 761           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 762
 763 (defun mrconso-query-word-sui (word sab srl like)
 764   (format nil "SELECT DISTINCT c.sui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD~A'~A' AND x.sui=c.sui~A~A"
 765           (if like " LIKE " "=")
 766           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 767           (etypecase sab
 768             (string
 769              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 770             (cons
 771              (format nil " AND c.sab IN (~{'~A'~^,~})"
 772                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 773             (null
 774              ""))
 775           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~A" srl) "")))
 776
 777 (defun find-uconso-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 778   "Return list of uconso that match word. Optionally, matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 779   (cond
 780     (sab
 781      (let ((sui-query (mrconso-query-word-sui word sab srl like))
 782            (uconsos nil))
 783        (dolist (sui (remove-duplicates (sort (mapcar 'car (mutex-sql-query sui-query)) #'<)))
 784          (setq uconsos (nconc uconsos (find-uconso-sui sui :sab sab))))
 785        (remove-duplicates uconsos :key 'cui)))
 786     (t
 787      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 788                                            :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 789        (find-uconso-cui cui :srl srl)))))
 790
 791 (defun find-ucon-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 792   "Return list of ucon that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 793   (cond
 794     (sab
 795      (let ((query (mrconso-query-word-cui word sab srl like)))
 796        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 797              collect (make-instance 'ucon :cui (first tuple)))))
 798     (t
 799      (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 800                                            :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 801        (find-ucon-cui cui :srl srl)))))
 802
 803 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 804   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 805   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 806                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 807     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 808
 809 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 810   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 811   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 812                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 813                              cui))
 814
 815 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 816   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 817   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 818                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 819                              lui))
 820
 821 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 822   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 823   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 824                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 825                              sui))
 826
 827 (defun find-ustr-word (word &key sab (srl *current-srl*) (like nil))
 828   "Return list of ustr that match word in matching SAB. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 829   (cond
 830     (sab
 831      (let ((query (format nil "SELECT c.sui,c.cui,c.lui,c.str,c.lrl,c.stt,c.suppress,c.cuisui FROM MRCONSO c,MRXW_ENG x WHERE x.WD ~A '~A' AND x.cui=c.cui AND x.lui=c.lui AND x.sui=c.sui~A~A"
 832                           (if like "LIKE" "=")
 833                           (clsql-sys::sql-escape-quotes word)
 834                           (typecase sab
 835                             (string
 836                              (format nil " AND c.sab='~A'" (clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 837                             (cons
 838                              (format nil " AND c.sab IN (~('~A'~^,~))"
 839                                      (mapcar 'clsql-sys::sql-escape-quotes sab)))
 840                             (null
 841                              ""))
 842                           (if srl (format nil " AND KCUILRL <= ~D" srl) ""))))
 843        (loop for tuple in (mutex-sql-query query)
 844              collect (destructuring-bind (sui cui lui str lrl stt suppress cuisui) tuple
 845                        (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :lui lui :str str :lrl lrl
 846                                       :stt stt :suppress suppress :cuisui cuisui)))))
 847     (t
 848      (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 849                                      :order (cui asc sui asc))
 850        (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))))
 851
 852 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 853   "Return list of ustrs that match word"
 854   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 855                                  :order (cui asc sui asc))
 856     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 857
 858 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 859   "Return list of uterms that match word"
 860   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 861                                :order (cui asc lui asc))
 862     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 863
 864 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 865   "Return list of uterms that match word"
 866   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 867                                  :order (cui asc lui asc))
 868     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 869
 870 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 871   "Return list of ucons that match non-english word"
 872   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 873                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 874     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 875
 876 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 877   "Return list of ustrs that match non-english word"
 878   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 879                                   :order (cui asc sui asc))
 880     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 881
 882 ;; Special tables
 883
 884 (defun find-usrl-all ()
 885   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 886     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 887
 888 ;;; Multiword lookup and score functions
 889
 890 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 891                                 only-exact-if-match limit &key extra-lookup-args)
 892   (let ((uobjs '()))
 893     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 894       (setq uobjs (append uobjs (apply obj-lookup-fun word :srl srl extra-lookup-args))))
 895     (let ((sorted
 896            (funcall sort-fun str
 897                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 898       (let ((len (length sorted)))
 899         (cond
 900          ((zerop len)
 901           (return-from find-uobj-multiword nil))
 902          ((and only-exact-if-match (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 903           (first sorted))
 904          (limit
 905           (if (and (plusp limit) (> len limit))
 906               (subseq sorted 0 limit)
 907             limit))
 908          (t
 909           sorted))))))
 910
 911 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 912                                      (only-exact-if-match t)
 913                                      limit
 914                                      sab)
 915   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 916                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 917                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 918
 919 (defun find-uconso-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 920                                      (only-exact-if-match t)
 921                                      limit
 922                                      sab)
 923   (find-uobj-multiword str #'find-uconso-word #'sort-score-pfstr-str
 924                        #'cui srl only-exact-if-match limit
 925                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 926
 927 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 928                                       (only-exact-if-match t)
 929                                       limit)
 930   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 931                        #'lui srl only-exact-if-match limit))
 932
 933 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 934                                      (only-exact-if-match t)
 935                                      limit
 936                                      sab)
 937   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 938                        #'sui srl only-exact-if-match limit
 939                        :extra-lookup-args (list :sab sab)))
 940
 941 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 942   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 943   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 944
 945 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 946   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 947   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 948
 949 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 950   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 951   (let ((scored '()))
 952     (dolist (obj objs)
 953       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 954        scored))
 955     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 956
 957
 958 ;;; LEX SQL functions
 959
 960 (defun find-lexterm-eui (eui)
 961   (ensure-eui-integer eui)
 962   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 963     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 964
 965 (defun find-lexterm-word (wrd)
 966   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 967     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 968                    :wrd (copy-seq wrd))))
 969
 970 ;; LEX SQL Read functions
 971
 972 (defun find-labr-eui (eui)
 973   (ensure-eui-integer eui)
 974   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 975     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 976                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 977
 978 (defun find-labr-bas (bas)
 979   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 980     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 981                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 982
 983 (defun find-lagr-eui (eui)
 984   (ensure-eui-integer eui)
 985   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 986     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 987                    :cit cit :bas bas)))
 988
 989 (defun find-lcmp-eui (eui)
 990   (ensure-eui-integer eui)
 991   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 992     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 993
 994 (defun find-lmod-eui (eui)
 995   (ensure-eui-integer eui)
 996   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 997     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 998
 999 (defun find-lnom-eui (eui)
1000   (ensure-eui-integer eui)
1001   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
1002     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
1003                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
1004
1005 (defun find-lprn-eui (eui)
1006   (ensure-eui-integer eui)
1007   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
1008     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
1009                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
1010
1011 (defun find-lprp-eui (eui)
1012   (ensure-eui-integer eui)
1013   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
1014     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
1015
1016 (defun find-lspl-eui (eui)
1017   (ensure-eui-integer eui)
1018   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
1019     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
1020
1021 (defun find-ltrm-eui (eui)
1022   (ensure-eui-integer eui)
1023   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
1024     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
1025
1026 (defun find-ltyp-eui (eui)
1027   (ensure-eui-integer eui)
1028   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
1029     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
1030
1031 (defun find-lwd-wrd (wrd)
1032   (make-instance 'lwd :wrd wrd
1033                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
1034                                                 (ensure-integer eui))))
1035
1036 ;;; Semantic Network SQL access functions
1037
1038 (defun find-sdef-ui (ui)
1039   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
1040                             nil ui ui :single t)
1041     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
1042                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
1043
1044 (defun find-sstre1-ui (ui)
1045   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
1046     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
1047                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1048
1049 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
1050   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
1051     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
1052                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
1053
1054 (defun find-sstr-rl (rl)
1055   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
1056     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1057
1058 (defun find-sstre2-sty (sty)
1059   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
1060     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
1061
1062 (defun find-sstr-styrl (styrl)
1063   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
1064     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
1065
1066
1067 ;;; **************************
1068 ;;; Local Classes
1069 ;;; **************************
1070
1071
1072 (defun make-ustats ()
1073   (with-sql-connection (conn)
1074     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
1075     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
1076
1077     (dotimes (srl 5)
1078       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCONSO" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
1079       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCONSO" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
1080       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCONSO" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
1081       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCONSO" "*" "KSUILRL" srl)
1082       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCONSO" "distinct SUI" "KSUILRL" srl)
1083       (insert-ustats-count conn "Hierarchcy" "MRHIER" "*" "KSRL" srl)
1084       (insert-ustats-count conn "Mappings" "MRMAP" "*" "KSRL" srl)
1085       (insert-ustats-count conn "Simple Mappings" "MRSMAP" "*" "KSRL" srl)
1086       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
1087       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
1088       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
1089       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
1090       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
1091       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
1092       (insert-ustats-count conn "Source Abbreviation Count" "MRSAB" "*" "SRL" srl)
1093       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1094       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
1095       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl))
1096     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
1097   (find-ustats-all))
1098
1099 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
1100   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
1101
1102 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
1103   (cond
1104    ((stringp srl-control)
1105     (ensure-integer
1106      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
1107                               count-variable table srl-control srl)
1108                       conn))))
1109    ((null srl-control)
1110     (ensure-integer
1111      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
1112                               count-variable table )
1113                       conn))))
1114    (t
1115     (error "Unknown srl-control")
1116     0)))
1117
1118 (defun insert-ustats (conn name count srl)
1119   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
1120                        name count (if srl srl 3))
1121                conn))
1122
1123 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
1124   (if srl
1125       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
1126                                     :order (name asc))
1127                             (make-instance 'ustats :name name
1128                                            :hits (ensure-integer count)
1129                                            :srl (ensure-integer srl)))
1130     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
1131                                   :order (name asc))
1132                           (make-instance 'ustats :name name
1133                                          :hits (ensure-integer count)
1134                                          :srl (ensure-integer srl)))))
1135
1136 (defun find-ustats-srl (srl)
1137   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
1138                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
1139