21687029c6930745d3112823540b09e83e570ea0
[ctsim.git] / doc / ctsim-gui.tex
1 \chapter{The Graphical User Interface}\label{ctsim}\index{ctsim}\index{Graphical interface}%
2 \setheader{{\it CHAPTER \thechapter}}{}{}{\ctsimheadtitle}{}{{\it CHAPTER \thechapter}}%
3 \ctsimfooter%
4
5
6 \ctsim\ is the graphical shell for the CTSim project. This shell uses
7 the \urlref{wxWindows}{http://www.wxwindows.org} library for
8 cross-platform compatibility. The graphical shell is compatible
9 with Microsoft Windows, \urlref{GTK}{http://www.gtk.org}, and
10 \urlref{Motif}{http://www.openmotif.org} graphical environments.
11
12 \section{Starting CTSim}
13 \usage \texttt{ctsim [files to open...]}
14
15 You can invoke \ctsim\ by itself on the command line, or include
16 any number of files that you want \ctsim\ to
17 automatically open. \ctsim\ can open projection files, image
18 files, phantom files, and plot files.
19
20 On Microsoft Windows platforms, the simplest way to invoke \ctsim\ is
21 via the \emph{Start} menu under the \emph{Programs} sub-menu.
22
23 \section{Quick Start}\label{IDH_QUICKSTART}\index{Quick Start}
24 The fastest way to put \ctsim\ through it's basic operation is:
25 \begin{enumerate}\itemsep=0pt
26 \item \texttt{File - Create Phantom...} \\
27 This creates a window with the geometric phantom. Choose the \texttt{Herman} head phantom.
28 \item \texttt{Process - Rasterize...} \\
29 This creates an image file of the phantom by converting it from a
30 geometric definition into a rasterized image. You may use the defaults
31 shown in the dialog box.
32 \item \texttt{View - Auto...} \\
33 Use this command on the new rasterized image window. This will optimize the intensity scale for
34 viewing the soft-tissue details of the phantom. Select the \texttt{median} center and
35 a standard deviation factor of \texttt{0.1}.
36 \item \texttt{Process - Projections...} \\
37 Use this command on the geometric phantom window. This simulates the collection of x-ray
38 data. You may use the defaults shown in the dialog box. Additionally, you may wish to turn on
39 \texttt{Trace - Projections} to watch to x-ray data being simulated.
40 \item \texttt{Reconstruction - Filtered Backprojection...} \\
41 Use this command on the projection window. This will reconstruct an image
42 from the projections. Once again, you may use the defaults shown in the dialog box.
43 \item \texttt{View - Auto...} \\
44 Use this command on the new reconstructed image window. This will optimize the intensity scale for
45 viewing the soft-tissue details of the reconstruction. Select the \texttt{median} center and
46 a standard deviation factor of \texttt{0.1}.
47 \item \texttt{Analyze - Compare Images...} \\
48 Use this command on the rasterized phantom image window. This will bring up a dialog box
49 asking for the comparison image. Select the reconstruction image that you just made and also select the "Make difference image"
50 check box. You'll then see the image distance measurements and also a new window with the difference between the rasterized
51 phantom and the reconstruction.
52 \item \textbf{That's it!} You have just performed the basic operations with \ctsim. By varying the parameters of the rasterization,
53 projection, and reconstructions you perform endless computed tomography experiments. \ctsim\ also has many other visualization
54 and analysis features that you learn more about by reading the manual.
55 \end{enumerate}
56
57 \section{File Types}\index{File types}
58
59 \subsection{Phantom}
60 Besides loading phantom files from the disk, the Herman\cite{HERMAN80} and
61 Shepp-Logan\cite{SHEPP74} phantoms are built-in to \ctsim. Phantom files can be
62 read from and written to the disk. Phantom files are stored in a simple
63 ASCII format. A text editor is required to
64 create and edit these files.
65
66 \subsection{Image}
67 Image files contain 2-dimensional arrays that store 4-byte floating
68 point values. Images files can be either real or complex-valued.
69 Typically, all images are real-valued except for images that have been
70 processed by Fourier transforms. As you might expect,
71 complex-valued images are twice the size of real-valued images
72 since both a real and imaginary component need to be stored. When
73 complex-valued images are viewed on the screen, only the real
74 component is displayed.
75
76 Images files can    store any number of text labels. \ctsim\ uses
77 these labels for recording history information regarding
78 the creation and modifications of images.
79
80 \subsection{Projection}
81 Projection files are created from phantom files via the
82 projection process. Numerous options are available for the
83 creation of the these files. The files are stored in a binary
84 format with cross-platform compatibility on little and big-endian
85 architectures.
86
87 \subsection{Plot}
88 Plot files are created by \ctsim\ during analysis of image files.
89 They can be read from and written to the disk. They are stored as ASCII
90 files for easy cross-platform support and editing.
91
92 \section{Global Menu Commands}
93 These global commands are present on the menus of all windows.
94
95 \subsection{File - Create Phantom}\label{IDH_DLG_PHANTOM}\index{Dialog!Create phantom}
96 This command displays a dialog box showing the phantoms that are pre-programmed
97 into \ctsim. After selecting one of these phantoms, the new window with that
98 phantom will be generated. The pre-programmed phantoms are:
99
100 \begin{twocollist}
101 \twocolitem{\textbf{Herman}}{The Herman head phantom\cite{HERMAN80}}
102 \twocolitem{\textbf{Shepp-Logan}}{The head phantom of Shepp \& Logan\cite{SHEPP74}}
103 \twocolitem{\textbf{Unit pulse}}{A phantom that has a value of \texttt{1} for the
104 center of the phantom and \texttt{0} everywhere else.}
105 \end{twocollist}
106
107 \subsection{File - Create Filter}\label{IDH_DLG_FILTER}\index{Dialog!Create filter}
108 This command displays a dialog box showing the pre-programmed filters
109 of \ctsim. This command will create a 2-dimensional image of the selected filter.
110 The center of the filter is at the center of the image.
111
112 These filters can be created in their natural frequency domain or in their inverse
113 spatial domain.
114
115 \begin{twocollist}
116 \twocolitem{\textbf{Filter}}{Selects the filter to generate. The available filters are:
117
118 \begin{itemize}\itemsep=0pt
119 \item $|w|$ Bandlimit
120 \item $|w|$ Hamming
121 \item $|w|$ Hanning
122 \item $|w|$ Cosine
123 \item $|w|$ Sinc
124 \item Shepp
125 \item Bandlimit
126 \item Sinc
127 \item Hamming
128 \item Hanning
129 \item Cosine
130 \item Triangle
131 \end{itemize}
132 }
133 \twocolitem{\textbf{Domain}}{Selects either the \texttt{Frequency} or \texttt{Spatial} domain. The filters have the
134 frequency domain as their natural domain. The spatial domain is obtained either analytically or performing
135 an inverse Fourier transformation.}
136 \twocolitem{\textbf{X Size}}{Number of columns in the output image.}
137 \twocolitem{\textbf{Y Size}}{Number of rows in the output image.}
138 \twocolitem{\textbf{Hamming Parameter}}{ This parameter adjusts the smoothing of the Hamming
139 filter and can range from \texttt{0} to \texttt{1}.
140 At a setting of \texttt{1}, the Hamming filter is the same as the bandlimit filter.
141 At a setting of \texttt{0.54}, the Hamming filter is the same as the Hanning
142 window.}
143 \twocolitem{\textbf{Bandwidth}}{Sets the bandwidth of the filter.}
144 \end{twocollist}
145 \begin{twocollist}
146 \twocolitem{\textbf{Axis (input) Scale}}{Sets the scale for the filter input. By default, the input to the filter is
147 the distance in pixels from the center of the image. By changing this value, one can set a scale the input to the filter.
148 For example, if the output image is \texttt{101} by \texttt{101} pixels and thus the center of the image is at \texttt{(50,50)}, then a pixel
149 lying at point \texttt{100,50} would be 50 units from the center of the filter. By applying an \texttt{Axis scale} of
150 \texttt{0.1}, then that point would be scaled to 5 units from the center of the filter.}
151 \twocolitem{\textbf{Filter (output) Scale}}{Multiplies the output of the filter by this amount. By default, the filter has a maximum
152 value of \texttt{1}.}
153 \end{twocollist}
154
155 \subsection{File - Preferences}\label{IDH_DLG_PREFERENCES}\index{Dialog!Preferences}
156 This command displays a dialog box that allows users to control
157 the behavior of \ctsim. These options are saved across \ctsim\ sessions.
158 Under Microsoft Windows environments, they are stored in the registry.
159 On UNIX and Linux environments, they are stored in the user's home
160 directory with the filename of \texttt{.ctsim}.
161
162 \begin{twocollist}
163 \twocolitem{\textbf{Advanced options}}{This option is initially turned off in new installations.
164 These advanced options are not required for normal simulations. When \texttt{Advanced
165 Options} is set, \ctsim\ will display more options during scanning of phantoms and
166 the reconstruction of projections.}
167
168 \twocolitem{\textbf{Ask before closing new documents}}{This option is initially turned on in
169 new installations. With this option set, \ctsim\ will ask before closing
170 documents that have been modified or never saved on disk. By turning off
171 this option, \ctsim\ will never ask if you want to save a file -- you'll
172 be responsible for saving any files that you create.}
173
174 \twocolitem{\textbf{Verbose logging}}{This option is initially turned off in
175 new installations. With this option set, \ctsim\ will log more events than
176 usual. There extra events are not important for viewing with typical operation of
177 \ctsim.}
178
179 \twocolitem{\textbf{Show startup tips}}{This option is initially turned on in
180 new installations. With this option set, \ctsim\ will display
181 helpful tips when \ctsim\ is started.}
182
183 \end{twocollist}
184
185 \subsection{File - Open}
186 This command opens a file section dialog box. Of special consideration
187 is the \texttt{File Type} combo box on the bottom of the dialog. You need
188 to set the this combo box to the type of file that you wish to open.
189
190 \subsection{File - Save}
191 This command saves the contents of the active window. If the window hasn't
192 been named, a dialog box will open asking for the file name to use.
193
194 \subsection{File - Close}
195 As one would expect, this closes the active window. If the contents of the window have not been
196 saved and the \emph{Advanced Preferences} option \texttt{Ask before closing new documents}
197 is turned on, then you will be prompted if decide if you want to save the contents of the window
198 prior to closing.
199
200 \subsection{File - Save As}
201 Allows the saving of the contents of the active window to any file name.
202
203 \subsection{Help - Contents}
204 This command displays the online help.
205
206 \subsection{Help - Tips}
207 This command displays a dialog with tips on using \ctsim.
208
209 \subsection{Help - Quick Start}
210 This command displays a recommend approach to helping new users learn to use \ctsim.
211
212 \subsection{Help - About}
213 This command shows the version number and operating environment of \ctsim.
214
215
216 \section{Phantom Menus}
217
218 \subsection{Properties}
219 Displays the properties of a phantom which includes:
220
221 \begin{itemize}\itemsep=0pt
222 \item Overall dimensions of a phantom
223 \item A list of all component phantom elements
224 \end{itemize}
225
226 \subsection{Process - Rasterize}\label{IDH_DLG_RASTERIZE}\index{Dialog!Rasterize}
227 This creates an image file from a phantom. Technically, it
228 converts the phantom from a vector (infinite resolution) object
229 into a 2-dimension array of floating-point pixels. The parameters
230 to set are:
231
232 \begin{twocollist}
233 \twocolitem{\textbf{X size}}{Number of columns in image file}
234 \twocolitem{\textbf{Y size}}{Number of rows in image file}
235 \twocolitem{\textbf{Samples per pixel}}{Numbers of samples taken
236 per pixel in both the x and y directions. For example, if the
237 \texttt{Samples per pixel} is set to \texttt{3}, then for every
238 pixel in the image file 9 samples \latexonly{($3\times3$)}\latexignore{(3 x 3)}
239 are averaged.}
240 \end{twocollist}
241
242 \subsection{Process - Projections}\label{IDH_DLG_PROJECTIONS}\index{Dialog!Projections}
243 This command creates a projection file from a phantom. The options
244 available when collecting projections are:
245
246 \begin{twocollist}
247 \twocolitem{\textbf{Geometry}}{Sets the scanner geometry. The available geometries are:
248   \begin{itemize}\itemsep=0pt
249     \item \texttt{Parallel}
250     \item \texttt{Equiangular}
251     \item \texttt{Equilinear}
252   \end{itemize}}
253 \twocolitem{\textbf{Number of detectors}}{Sets the number of
254 detectors in the detector array.}
255
256 \twocolitem{\textbf{Number of views}}{Sets the number of views
257 to collect.}
258
259 \twocolitem{\textbf{Samples per detector}}{Sets the number of
260 samples collected for each detector.}
261
262 \twocolitem{\textbf{View Ratio}}{Sets the field of view as a ratio
263 of the diameter of the phantom.  For normal scanning, use a value of
264 \texttt{1.0}.}
265
266 \twocolitem{\textbf{Scan Ratio}}{Sets the length of scanning as a
267 ratio of the view diameter. For normal scanning, use a value of \texttt{1.0}.}
268
269 \twocolitem{\textbf{Focal length ratio}}{Sets the distance between the
270 radiation source and the center of the phantom as a
271 ratio of the radius of the phantom. For parallel geometries, a value
272 of \texttt{1.0} is optimal. For other
273 geometries, this should be at least \texttt{2.0} to avoid artifacts.}
274 \end{twocollist}
275
276 \textbf{Advanced Options}
277
278 These options are visible only if \emph{Advanced Options} has been
279 selected in the \texttt{File - Preferences} dialog. These parameters
280 default to optimal settings and don't need to be adjusted except
281 by expert users.
282
283 \begin{twocollist}
284 \twocolitem{\textbf{Rotation Angle}}{Sets the rotation amount as a
285 fraction of a circle. For parallel geometries use a rotation angle of \texttt{0.5}
286 and for equilinear and equiangular geometries use a rotation angle
287 of \texttt{1}. Using any other rotation angle will lead to artifacts.}
288 \end{twocollist}
289
290
291
292 \section{Image Menus}
293 \subsection{File - Properties}
294 Properties of image files include:
295 \begin{itemize}\itemsep=0pt
296   \item Whether the image is real or complex-valued.
297   \item Numeric statistics (minimum, maximum, mean, median, mode, and standard deviation).
298   \item History labels (text descriptions of the processing for this image).
299 \end{itemize}
300
301 \subsection{File - Export}\label{IDH_DLG_EXPORT}\index{Image!Export}
302 This command allows for exporting image files to a standard
303 graphics file format. This is helpful when you want to take an
304 image and import it into another application. The current
305 \helprefn{intensity scale}{intensityscale} is used when exporting
306 the file. The supported graphic formats are:
307
308 \begin{twocollist}
309 \twocolitem{\textbf{PNG}}{Portable Network Graphics format. This uses 8-bits or
310 256 shades of gray.}
311 \twocolitem{\textbf{PNG-16}}{This is a 16-bit version of PNG which allows for
312 65536 shades of gray.}
313 \twocolitem{\textbf{PGM}}{Portable Graymap format. This is a common format used on
314 UNIX systems.}
315 \twocolitem{\textbf{PGM ASCII}}{ASCII version of PGM.}
316 \end{twocollist}
317
318
319 \subsection{View}
320 \subsubsection{Intensity Scale}\label{intensityscale}\index{Intensity scale}
321 These commands are used change the intensity scale for viewing the image.
322 These commands do not change the image data. When the minimum value is
323 set, then the color pure black is assigned to that image value. Similarly,
324 when the maximum value is set, the the color pure white is assigned to that
325 image value.
326
327 Changing the intensity scale is useful when examining different image features.
328 In clinical medicine, the intensity scale is often changed to examine bone
329 (high value) versus soft-tissue (medium value) features.
330
331 \subsubsection{Set}\label{IDH_DLG_MINMAX}
332 This command displays a dialog box that sets the lower
333 and upper values to display.
334
335 \subsubsection{Auto}\label{IDH_DLG_AUTOSCALE}\index{Auto scale}
336 This command displays a dialog box that allows \ctsim\ to automatically
337 make an intensity scale. The parameters that \ctsim\ needs to make this
338 automatic scale are:
339
340 \begin{twocollist}
341 \twocolitem{\textbf{Center}}{This sets the center of the intensity scale. Currently,
342 \ctsim\ allows you to use either the mean, mode, or median of the image
343 as the center of the intensity scale.}
344
345 \twocolitem{\textbf{Width}}{This sets the half-width of the intensity scale. The half-width
346 is specified as a multiple of the standard deviation.}
347 \end{twocollist}
348
349 As an example, if \texttt{median} is selected as the center and
350 \texttt{0.5} is selected as the width, the the minimum value will
351 be \latexonly{$median - 0.5 \times standardDeviation$}\latexignore{\emph{median - 0.5 x standardDeviation}}
352 and the maximum value will be \latexonly{$median + 0.5 \times standardDeviation$.}\latexignore{\emph{
353 median + 0.5 x standardDeviation}.}
354
355 \subsubsection{Full}
356 This command resets the intensity scale to the full scale of the image.
357
358 \subsection{Image}
359 These commands create a new image based upon the current image,
360 and for some commands, also upon a comparison image.
361
362 \subsubsection{Add, Subtract, Multiply, Divide}
363 These are simple arithmetic operations. \ctsim\ will display a dialog
364 box showing all of the currently opened image files that are the
365 same size as the active image. After the selection of a compatible image,
366 \ctsim\ will perform the arithmetic operation on the two images and
367 make a new result image.
368
369 \subsubsection{Image Size}
370 This command will generate a new image based on the current image. The new
371 image can be scaled to any size. A dialog
372 appears asking for the size of the new image. Bilinear interpolation
373 is used when calculating the new image.
374
375 \subsubsection{3-D Conversion}
376 This command generates a 3-dimensional view of the current phantom. This view can be
377 rotated in three dimensions. The left and right arrow control the z-axis
378 rotation and the up and down arrows control the x-axis rotation. The y-axis
379 rotation is controlled by the \texttt{T} and \texttt{Y} keys. Other options
380 are presented on the \texttt{View} menu and include:
381
382 \begin{itemize}\itemsep=0pt
383 \item Surface plot versus wireframe plot.
384 \item Smooth shading versus flat shading.
385 \item Lighting on or off.
386 \item Color scale on or off.
387 \end{itemize}
388
389 \subsection{Filter}\index{Image!Filter}
390 These commands filter and modify the image
391
392 \subsubsection{Arithmetic}
393 These commands operate on the image on a pixel-by-pixel basis. The commands
394 support both real and complex-valued images. The available arithmetic commards are:
395
396 \begin{twocollist}
397   \twocolitem{\textbf{Invert}}{Negate pixel values.}
398   \twocolitem{\textbf{Log}}{Take natural logrithm of pixel values.}
399   \twocolitem{\textbf{Exp}}{Take natural exponent of pixel values.}
400   \twocolitem{\textbf{Square}}{Take square of pixel values.}
401   \twocolitem{\textbf{Square root}}{Take square root of pixel values.}
402 \end{twocollist}
403
404
405 \subsubsection{Frequency Based}
406 These commands perform Fourier and inverse Fourier transformations of
407 images. By default, the transformations will automatically convert
408 images between Fourier to natural orders as expected. For example, \texttt{2-D FFT}
409 will transform the points into natural order after the Fourier transform.
410 Similarly the inverse, \texttt{2-D IFFT}, will reorder the points from
411 natural order to Fourier order before applying the inverse Fourier transformation.
412
413 As you would expect, images that undergo frequency filtering will be complex-valued
414 after than filtering. Only the real component is shown by \ctsim. However, \ctsim\ does
415 have options for converting a complex-valued image into a real-valued image via
416 the \texttt{Magnitude} and \texttt{Phase} filtering commands.
417
418 The available frequency-based filtering commards are:
419
420 \begin{itemize}\itemsep=0pt
421 \item 2-D FFT
422 \item 2-D IFFT
423 \item FFT Rows
424 \item IFFT Rows
425 \item FFT Columns
426 \item IFFT Columns
427 \item 2-D Fourier
428 \item 2-D Inverse Fourier
429 \item Shuffle Fourier to Natural Order
430 \item Shuffle Natural to Fourier Order
431 \item Magnitude
432 \item Phase
433 \end{itemize}
434
435 \subsection{Analyze - Plot}
436 The commands plot rows and columns of images. There are commands
437 that perform FFT transformations prior to plotting. To select
438 the row or column to plot, click the left mouse button over the
439 desired cursor point.
440
441 The available plot commands are:
442 \begin{itemize}\itemsep=0pt
443 \item Plot Row
444 \item Plot Column
445 \item Plot Histogram
446 \item Plot FFT Row
447 \item Plot FFT Col
448 \end{itemize}
449
450 \subsection{Analyze - Compare}\label{IDH_DLG_COMPARISON}\index{Image!Comparison}
451 This command performs statistical comparisons between two images. An option
452 also exists for generating a difference image from the two input images.
453
454 The three distance measures reported are:
455 \begin{itemize}\itemsep=0pt
456 \item[] \textbf{$d$}\quad The normalized root mean squared distance measure.
457 \item[] \textbf{$r$}\quad The normalized mean absolute distance measure.
458 \item[] \textbf{$e$}\quad The worst case distance measure over a \latexonly{$2\times2$}\latexignore{\emph{2 x 2}} pixel area.
459 \end{itemize}
460
461 There are also commands for comparison plotting of rows and columns from two images.
462 This is quite helpful when comparing a phantom to a reconstruction. As with plotting
463 of rows and columns, click the left mouse button over the desired cursor point to
464 choose which row and column to plot.
465
466
467 \section{Projection Menus}
468
469 \subsection{File - Properties}
470 The displayed properties include:
471
472 \begin{itemize}\itemsep=0pt
473 \item Number of detectors in the projections.
474 \item Number of views.
475 \item The parameters used when generating the projections from the phantom.
476 \end{itemize}
477
478 \subsection{Process - Convert Polar}\label{IDH_DLG_POLAR}\index{Polar conversion}
479 This command creates an image file with the polar conversion of the projection data.
480 The parameters to set are:
481
482 \begin{twocollist}
483 \twocolitem{\textbf{X Size}}{Number of columns in output image.}
484 \twocolitem{\textbf{Y Ssize}}{Number of rows in output image.}
485 \twocolitem{\textbf{Interpolation}}{Selects the interpolation method.
486 Currently, the \texttt{bilinear} option provides the highest
487 quality interpolation.}
488 \end{twocollist}
489
490 \subsection{Process - Convert FFT Polar}
491 The parameters for this option are the same as the \helprefn{Convert
492 Polar Dialog}{convertpolardialog}. For this command, though, the
493 projections are Fourier transformed prior to conversion to polar
494 image.
495
496 \subsection{Reconstruct - Filtered Backprojection}\label{IDH_DLG_RECONSTRUCTION}\index{Dialog!Reconstruction}
497 This command displays a dialog to set the parameters for reconstructing an image from projections
498 using the filtered backprojection technique. The parameters available are:
499
500 \begin{twocollist}
501 \twocolitem{\textbf{Filter}}{Selects the filter to apply to each
502 projection. To properly reconstruct an image, this filter should
503 consist of the the absolute value of distance from zero
504 frequency optionally multiplied by a smoothing filter. The optimal
505 filters to use are:
506 \begin{itemize}\itemsep=0pt
507 \item \texttt{abs\_bandlimit}
508 \item \texttt{abs\_hamming}
509 \item \texttt{abs\_hanning}
510 \item \texttt{abs\_cosine}
511 \end{itemize}
512 } \twocolitem{\textbf{Hamming parameter}}{Sets the alpha level for
513 Hamming window. This parameter adjusts the smoothing of the Hamming
514 filter and can range from \texttt{0} to \texttt{1}.
515 At a setting of \texttt{1}, the Hamming filter is the same as the bandlimit filter.
516 At a setting of \texttt{0.54}, the Hamming filter is the same as the Hanning
517 window.}
518 \twocolitem{\textbf{Filter Method}}{Selects the filtering method.
519 For large numbers of detectors, the FFT-based filters are preferred whereas for
520 smaller numbers of detectors \texttt{convolution} can be
521 faster. When \emph{Advanced Options} have been turned off, this menu only shows
522 the two basic choices: \texttt{convolution} and \texttt{FFT}. However, when
523 \emph{Advanced Options} have been turned on, additional selections are available as
524 discussed in the next section.
525 }
526 \twocolitem{\textbf{Interpolation}}{Interpolation technique during backprojection.
527 \texttt{cubic} has optimal quality when the
528 data is smooth. Smooth data is obtained by taking many projections and/or
529 using a smoothing filter. In the absence of smooth data, \texttt{linear} gives better results and
530 is also many times faster than cubic interpolation.
531
532 \begin{itemize}\itemsep=0pt
533 \item \texttt{nearest} - No interpolation, selects nearest point.
534 \item \texttt{linear} - Uses fast straight line interpolation.
535 \item \texttt{cubic} - Uses cubic interpolating polynomial.
536 \end{itemize}
537 }
538 \end{twocollist}
539
540 \textbf{Advanced Options}
541
542 These options are visible only if \emph{Advanced Options} has been
543 selected in the \texttt{File - Preferences} dialog. These parameters
544 default to optimal settings and don't need to be adjusted except
545 by expert users.
546
547 \begin{twocollist}
548 \twocolitem{\textbf{Filter Method}}{Selects the filtering method.
549 The general comments about this parameter given the previous section still apply.
550 With \emph{Advanced Options} on, the full set of filter methods are available:
551 \begin{itemize}\itemsep=0pt
552 \item \texttt{convolution}
553 \item \texttt{fourier} - Uses simple Fourier transform.
554 \item \texttt{fourier-table} - Optimizes Fourier transform by precalculating trigometric functions.
555 \item \texttt{fftw} - Uses complex-valued Fourier transform with the \emph{fftw} library.
556 \item \texttt{rfftw} - Uses optimized real/half-complex Fourier transform.
557 \end{itemize}
558 }
559 \twocolitem{\textbf{Backprojection}}{Selects the backprojection
560 technique. A setting of \texttt{idiff} is optimal.
561 \begin{itemize}\itemsep=0pt
562 \item \texttt{trig} - Use trigometric functions at each image point.
563 \item \texttt{table} - Use precalculated trigometric tables.
564 \item \texttt{diff} - Use difference method to iterate within image.
565 \item \texttt{idiff} - Use integer iteration techique.
566 \end{itemize}
567 }
568
569 \twocolitem{\textbf{Filter Generation}}{Selects the filter
570 generation. With convolution, \texttt{direct} is the proper method
571 to select. With any of the frequency methods,
572 \texttt{inverse-fourier} is the best method.
573 \begin{itemize}\itemsep=0pt
574 \item \texttt{direct}
575 \item \texttt{inverse-fourier}
576 \end{itemize}
577 }
578
579 \twocolitem{\textbf{Zeropad}}{Zeropad factor when using
580 frequency-based filtering. A setting of \texttt{1} is optimal whereas
581 a setting of \texttt{0} disables zero padding. Settings greater than \texttt{1}
582 perform larger amounts of zero padding but without any significant benefit.}
583
584 \end{twocollist}
585
586 \section{Plot Menus}
587 \subsection{File - Properties}
588 The displayed properties include:
589
590 \begin{itemize}\itemsep=0pt
591 \item the number of curves in the plot and the number of points per curve.
592 \item the EZPlot commands used to format the plot are displayed.
593 \item history labels from the originating image(s) and the plot function.
594 \end{itemize}
595
596 \subsection{View Menu}
597 These commands set the scaling for the y-axis. They are analogous
598 to the options used for setting the intensity scale for images.
599
600 \subsubsection{Set}
601 This command sets the upper and lower limits for the y-axis.
602
603 \subsubsection{Auto}
604 This command automatically sets the upper and lower limits for the
605 y-axis. Please refer to the image file \helpref{\texttt{View - Auto}}{IDH_DLG_AUTOSCALE}
606 documentation for the details.
607
608 \subsubsection{Full}
609 The command resets the upper and lower limits of the y-axis to the
610 minimum and maximum values of the curves.