Interim developed on DDA for projecting through imagefiles
[ctsim.git] / ChangeLog
index 210c5ea1c95713933d9b3bbd718b00871fa5629d..ba7dd6cfedd79d5c0fe10c78fdd4ebed62b4c45e 100644 (file)
--- a/ChangeLog
+++ b/ChangeLog
+Mar 21, 2018  Version 6.0.2
+       * Add more OpenMP parallelism
+       * Improve testing script comparing results between OpenMP and non-OpenMP builds
+       * Fix all remaining compiler warnings
+
+Mar 20, 2018  Version 6.0.0
+       * Migrate to wxgtk3.0
+       * Add OpenMP parallelism and use by default
+
+Dec 21, 2012  Version 5.2.1
+       * tools/phm2helix.cpp: Fix spelling mistake
+
+Nov  7, 2010  Version 5.2.0
+       * tools/ifexport.cpp: Add Text output option (thanks to
+       Christian Thibaudeau)
+
+Aug 22, 2009  Version 5.1.3
+       * src/ctsim.cpp
+       - Improve numbering of unnamed documents. Reduce cut-and-paste code.
+       * configure.ac
+       - Use new AC_INIT form to include package information, email, url
+
+Aug 21, 2009  Version 5.1.2
+       * Conditionalize debugging output
+
+Aug 20, 2009  Version 5.1.1
+       * Use new wxFont constructor. Adjust font sizes.
+
+Aug 12, 2009  Version 5.1.0
+       * All known wxwidgets 2.8 compatibility issues have been fixed
+
+Aug 6, 2009  Version 5.0.6
+       * Use wxWidgets command-line processing rather than existing
+       native processing.
+       * ezset.cpp: Initialize scale settings in constructor
+       * Improve titles of frames
+       * configure.ac: Use wx-config to determine name of wxGL library
+       * src/graph3dview.cpp: wx2.8 compatibility changes to eliminate
+       segv crash when creating 3D objects
+
+Aug 3, 2009  Version 5.0.5
+       * Fix plots when maximum plot value is the same as minimum
+
+Aug 3, 2009  Version 5.0.5
+       * More wx2.8 compatibility fixes.
+       * Fix initial size of Log TextCtrl at start-up.
+       * Fix display of values in Log window by cleaning up string
+       transformtions.
+
+Aug 2, 2009  Version 5.0.4
+       * More wx2.8 compatibility fixes. Ensure that a resize of a window
+       causes a full repaint for phantom, plot, and graph3d canvases.
+
+Aug 1, 2009  Version 5.0.1
+       * missing: Update to latest automake version
+       * configure: make compatible with wxMac
+       * update few source files for non-unicode wxWidgets 2.8 compatibility
+
+Aug 1, 2009  Version 5.0.0
+       * Major revision of wxWidgets code to port from wx2.4 to wx2.8
+       Currently, code compiles without warnings, but there are
+       GUI visual problems at the momemt running with wx2.8
+
+Sep 17, 2007  Version 4.5.5
+       * better cleaning in makefiles
+       * use "const char" variables for string literals
+
+Sep 10, 2007  Version 4.5.4
+       * configure.ac: Fix builds with multiple versions of wx-config
+       -- thanks to Steve White
+
+Apr 1, 2007  Version 4.5.3
+       * include/timer.h: Fix building on GCC 4.3
+       -- thanks to Martin Michlmayr
+
+Oct 19, 2006  Version 4.5.2
+       * src/lipctsim/imagefile.cpp: Change delete to fftw_free
+       -- thanks to Sven Huth
+
+Oct 18, 2006  Version 4.5.1
+       * configure: rebuild from configure.ac
+
+Oct 15, 2006  Version 4.5.0
+       * libctsim/backprojectors.cpp: Fix for iteration bug in backprojection
+       and simply computing rotScale -- thanks to Dan Martin.
+
+Mar 16, 2006  Version 4.4.4
+       * Changes for g++ 4.1 support
+
+Aug 22, 2005  Version 4.4.2
+       * New URL for downloading CTSim
+
+Aug 22, 2005  Version 4.4.1
+        * work-around for compilation problems on Fedora 4 and wxWin 2.4.2
+
+Aug 22, 2005  Version 4.4.0
+        * Changes in configure.ac for X.org compatibility with Debian Etch
+       and FC4. May not be backward compatibility with XFree86.
+
+Aug 10, 2004  Version 4.3.2, Version 4.3.3
+       * Minor changes in man pages to fix groff warnings
+
+Nov 1, 2003  Version 4.3.1
+       * Add support for SuSE AMD64
+
+Oct 5, 2003  Version 4.3.0
+       * Ported to incompatible FFTW3 library. CTSim will no longer compile or
+       run with FFTW2.
+       * Save FFTW3 in $HOME/.fftw3-wisdom on platforms where getenv function
+       is available
+
+Oct 3, 2003  Version 4.2.7
+       * Add support for building on RedHat AMD64
+
+Sep 30, 2003  Version 4.2.7
+       * Fix minor issue with floating point difference backprojection, add
+       optimization
+
+       * Fix building with newest versions of automake 1.7
+
+       * Add support for 8-byte longs [for example, Athlon64] in
+       integer difference backprojection allowing for 64-bit integer
+       math.
+
+Mar 22, 2003  Version 4.2.3
+
+       * Added Fourier reconstruction method
+
+       * Support gcc 3.2, wxWindows 2.4, and MacOS X
+
+       * Fix polar interpolation
+
+Jun 26, 2002  Version 3.5.6
+
+       * Fix minor color PNG image importing bug
+
+       * Bug fix for building on Debian alpha platform
+
+       * Fix g++ compilation warnings
+
+Jun 13, 2002  Version 3.5.5
+
+       * Fix printing of version number
+
+       * Minor bug fixes
+
+       * Updated Win32 compatibility
+
+Jun 8, 2002  Version 3.5.4
+
+       * Print version number in log window with About command
+
+       * Fix problem with captions not showing on some windows. Reworked
+       creation of new windows.
+
+       * Disabled status bar on 3d views
+
+       * Fix bug in configure.ac that prevented using compiler
+       optimizations.
+
+       * Updated About splash screen
+
+May 29, 2002  Version 3.5.3
+       * Added support for g++ 3.04 compiler
+
+May 8, 2002  Version 3.5.2
+       * configure: improved CTN (DICOM) installation search
+       * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
+
+May 5, 2002  Version 3.5.1
+
+       New Features:
+
+       * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
+       * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
+       to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
+       projection files are not incompatible with previous version of
+       CTSim.
+       * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
+       background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
+       on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
+       * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
+       * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
+       divergent beam reconstructions.
+       * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
+       * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
+       * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
+       * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
+       * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
+       * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
+       * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
+       "Background processes" options  to Preferences dialog.
+       * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
+       * plotfile: Added scattergram plot functions
+       * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
+       * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
+       surfaces.
+       * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
+       to reconstructions.
+       * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
+       projection data files.
+
+       Bug Fixes:
+
+       * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
+       * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
+       not being displayed on Unix platforms.
+       * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
+       image and projection files.
+       * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
+       * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
+       * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
+       image.
+       * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
+       * distribution: fixed problem with documentation files not
+       being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
+       * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
+       * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
+       * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
+
+3.0.3 - Released 2/20/01
+
+       * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
+
+       * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
+
+       * ctsim: Fixed About box on Linux
+
+3.0.2 - Released 2/20/01
+
+       * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
+
+       * ctsim: Improved error handling when trying to convert
+       divergent projections into polar form.
+
+3.0.1 - Released 2/19/01
+
+       * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
+       rotation angle setting will stay fixed in-between use
+       of the dialog box.
+
+       * syserror: Fixed display bug for trace messages
+
+       * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
+       options changed.
+
+3.0.0 - Released 2/19/01
+
+       * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
+
+       * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
+
+       * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
+
+       * ctsim: Improved accelerator key handling
+
+       * global: Added Hanning filter.
+
+       * global: Improved default parameters to that all defaults give
+       sensible output.
+
+3.0.0beta1 - Released 2/11/01
+
+       * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
+       registry storage between executions.
+
+       * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
+
+       * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
+
+       * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
+
+       * ctsim: Added graphical About box
+
+       * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
+
+       * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
+
+       * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
+
+       * ctsim: Online help added!
+
+       * backprojector: Added cubic interpolation
+
+       * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
+
+       * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
+       reconstruction dialogs.
+
+       * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
+
+       * global: Projection files are not compatible with previous version
+       due to new scanner definitions.
+
+       * global: deleted concept of field-of-view and added
+         view ratio and scan ratio concepts.
+
+       * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
+
+       * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
+
+       * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
+
+       * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
+
+
 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 
        * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
        procsignal.cpp
-       
-       * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed 
+
+       * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
        bug in parsing command-line parameters.
 
        * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
        plotfiles
-       
+
        * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 
        * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 
        * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
        for frequency/inverse-fourier filtering
-       
+
 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 
        * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
        * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 
        * ctsim: Added more analyze menuitems
-       
+
        * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
        through this master shell. Has both command-line and interactive
        interface
-       
+
        * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 
        * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 
        * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
-       
+
 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 
        * ctsim: Added plotting of histograms
-       
+
        * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 
        * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
-       
+
 3.0alpha2 - Released 1/02/01
-       
+
        * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
-       
+
        * ctsim: added generation of filter images
 
        * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 
        * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
        text files suitable for reading.
-       
+
        * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
        when performing properties of images.
 
        image math functions to complex-valued math.
 
        * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
-       
+
 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 
        * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 
        * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 
-       * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling 
+       * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 
        * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
        files.
 
        * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
        negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
-       
+
        * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
        math functions
 
 
        * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
        class.
-       
+
        * sgp: Added linestyle settings
-       
-2.5.0 - 12/18/00 
+
+2.5.0 - 12/18/00
    First Microsoft Windows GUI version
    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
        when manually compiling phantoms that vary during projection
        process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
-   Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay) 
+   Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
    Fixed display of plotting in Projection views
    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
-   Changed code to explicitly use std:: namespace rather than 
+   Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
        "namespace using std" statements
    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
-       
+
 2.0.6 - 12/03/00
    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
    Updated README file
    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
-       
+
 2.0.5 - 12/01/00
    Improved compilation on RedHat 7
    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
    Removed README.RedHat7
-       
+
 2.0.4 - 11/25/00
    Added documentation for --geometry setting
    Added README.RedHat7 document
-        
+
 2.0.3 - 11/20/00
    Fixed bug in generation of binary PGM files
    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
-       
+
 2.0.2 - 11/8/00
    Additions to man pages (Ian Kay)
    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 2.0.1 - 10/1/00
    Fixed syntax error in fftw configuration
    Slight modifications to support gcc v2.9.6
-       
+
 2.0.0 - 9/7/00
    Version 2.0.0 released!
    ctsim: Added Window menu to Main frame
    ctsim: Disabled not support reconstruction method
    Fixed obscure bug in sys_error
    Fixed compilation in mingw environment not present
-   Fixed compilation in non-graphical environments     
-       
+   Fixed compilation in non-graphical environments
+
 2.0.0-b12 - 9/4/00
    ctsim: Added animation of reconstruction
    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 
 2.0.0-b11 - 9/1/00
-   ctsim: Added projection graph to animation of projection collection 
+   ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
    ctsim: improved File/Properties display for projection files
    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
    Separated reconstruction into Reconstructor class
    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
    Added --enable-static to generate statically linked programs
-       
+
 2.0.0-b10 - 8/25/00
    ctsim: Added animation of projection collection processs
    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
    Fixed bug in backprojection selection
-       
+
 2.0.0-b9 - 8/22/00
    Added RCS Id strings to executable files
    Added RPM Spec file for RPM package creation
    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
-   Fixed compilation for non-SGP architectures 
+   Fixed compilation for non-SGP architectures
    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
-   Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or 
+   Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
        inverse_fourier construction of filters
    Added median to statistics and to auto-windowing
-       
+
 2.0.0-b8 - 8/1/00
    Added line color support to SGP
    Fixed lineAbs bug
-       
+
 2.0.0-b7 - 7/25/00
    Finished support for dmallocxx library
    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
-   Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to 
+   Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
        G2 windows and well as WXWindows.
    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
    Fixed row-plot bug in if-2
    Reworked EZPlot's multiple plot operation
-       
+
 2.0.0-b6 - 7/22/00
-   ctsim program: improved initial size and scroll area for image 
+   ctsim program: improved initial size and scroll area for image
        and projection files
    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
        and reconstruction parameters dialogs
    Moved char[] static definition from header files to c++ files
    Completely reorganized option processing in classes to improve
        expandability and to assist ctsim graphical user interface.
-       
+
 2.0.0-b5 - 7/17/00
-   ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels 
+   ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
    Started ctsim.tex document file
-       
+
 2.0.0-b4 - 7/13/00
    Fixed compiler warnings at -Wall level
    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
-       
+
 2.0.0-b3 - 7/10/00
    Added highly optimized backprojection method idiff3
    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
        development and debugging
    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 
-2.0.0-b2 - 7/07/00  
+2.0.0-b2 - 7/07/00
    Cleaned up SignalFilter class
    Added zeropad option to pjrec
    Added zeropad options to html and cgi files
    Added fourier_table and rfttw filter methods
    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
-       
+
 2.0.0-b1 - 7/05/00
    Updated trace level processing
    Added trace level to SignalFilter
    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
-       
+
 1.9.9 - 7/04/00
    Fixed const issue with ImageFileArray
    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
        between convolution, dft, & fft filtering
    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
    Added support for FFTW library
-       
+
 1.9.8 - 6/27/2000
    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
    Added signature tag and creation date/time to projection files
-       
+
 1.9.7 - 6/25/2000
    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
        to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
    Updated ifinfo to show comparative statistics
    Added printLabels() to Array2dFile class
    Added printStatistics() to ImageFile class
-       
+
 1.9.6 - 6/22/2000
    Moved conversion filter name/id to Filter class
    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
    Added MPI broadcasting of strings
-       
+
 1.9.5 - 6/21/2000
    Merged proj_reconstr into class Projections
    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
    Code cleanup in projections.cpp
    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
-       
+
 1.9.4 - 6/20/2000
    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
    Optimized image file writing on little-endian architectures
    Updated README and INSTALL
-       
+
 1.9.3 - 6/19/2000
    Reorganized source files
    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
-       
+
 1.9.2 - 6/18/2000
    Reorganized include files
    Fixed const pointers in strfuncs
-       
+
 1.9.1 - 6/16/2000
    Renamed directories, moved source files, combined source files
    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
    and libctgraphics)
-       
+
 1.9.0 - 6/15/2000
    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
    Renamed Raysums to Projections throughout files
    Renamed Detector to Scanner
    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
-       
+
 0.6.1 - 6/12/2000
    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
    Converted Detector to Object-Oriented
-       
+
 0.6.0-b3 - 6/10/2000
    Improved Integer backprojection method
        Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
    Finished converting all C files to C++
    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
-       
+
 0.6.0-b2 - 6/8/2000
    Converted MPI data structures to C++ object
    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
-       
+
 0.6.0-b1 - 6/6/2000
    First C++ conversions
    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
        - Now all data files are cross-platform compatible
    Converted from MPI to MPI++
    Converted backprojection to object-oriented
-   Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices            
-       
+   Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
+
 0.5.4 - 6/4/2000
    Simpilifed endian handling
-       
+
 0.5.4-b3 - 6/1/2000
    Added support for 64-bit (IA64) CPU
    Removed broken B-spline interpolation
    Added support for cygwin platform under Windows 2000
    Added support for 16-bit PNG graphics
-       
+
 0.5.4-b2 - 5/16/2000
    Added compile-time configuration of endian order
 
 0.5.4-b1 - 5/14/2000
    Modified the raysum file format to be platform independent
-       
+
 0.5.3 - 5/11/2000
    Added Microsoft VC compatibility
    Cleaned up compilation warnings in libgraph
-       
+
 0.5.2-b5 - 5/7/2000
-   Continued conversion to ANSI C      
+   Continued conversion to ANSI C
    Removed old CRT routines
-       
+
 0.5.2-b4 - 5/4/2000
    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
    Continued code cleanup
-       
+
 0.5.2-b3 - 4/30/200
     More code cleanup with reorganizing libraries
     Added --log and --exp to sdf-1
 
 0.5.2-b2 - 4/30/200
     Continued code cleanup
-       
+
 0.5.2-b1 - 4/29/2000
     Fixed a few MPI bugs
     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
-       
+
 0.5.1 - 4/28/2000
-    Cleaned out library that wasn't being used by CTSim         
+    Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 
-0.5.0 - 4/27/2000 
+0.5.0 - 4/27/2000
     First open source distribution for GNU/Linux
-       
-6/1999 
+
+6/1999
   Converted to GNU/Linux
   added MPI support via LAM library
-       
-1983-84 
-  Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 
+1983-84
+  Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics