r648: no message
[ctsim.git] / libctsim / procsignal.cpp
index a7933b21eb2a4ffb508c88d5caa35ffc834d3723..1685f191857147033fa92fc0acbdab778f2cfbf4 100644 (file)
@@ -1,15 +1,15 @@
 /*****************************************************************************
 ** File IDENTIFICATION
 ** 
-**     Name:                   filter.cpp
-**     Purpose:                Routines for signal-procesing filters
-**     Progammer:             Kevin Rosenberg
-**     Date Started:           Aug 1984
+**     Name:            procsignal.cpp
+**     Purpose:         Routines for processing signals and projections
+**     Progammer:          Kevin Rosenberg
+**     Date Started:    Aug 1984
 **
 **  This is part of the CTSim program
-**  Copyright (C) 1983-2000 Kevin Rosenberg
+**  Copyright (c) 1983-2001 Kevin Rosenberg
 **
-**  $Id: procsignal.cpp,v 1.11 2000/12/29 15:45:06 kevin Exp $
+**  $Id: procsignal.cpp,v 1.32 2001/03/30 19:17:32 kevin Exp $
 **
 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
 
 #include "ct.h"
 
+#ifdef HAVE_WXWINDOWS
+#include "nographics.h"
+#endif
+
 // FilterMethod ID/Names
 const int ProcessSignal::FILTER_METHOD_INVALID = -1;
 const int ProcessSignal::FILTER_METHOD_CONVOLUTION = 0;
@@ -37,17 +41,17 @@ const int ProcessSignal::FILTER_METHOD_FFT = 3;
 const int ProcessSignal::FILTER_METHOD_FFTW = 4;
 const int ProcessSignal::FILTER_METHOD_RFFTW =5 ;
 #endif
-const char* ProcessSignal::s_aszFilterMethodName[] = {
+const char* const ProcessSignal::s_aszFilterMethodName[] = {
   {"convolution"},
   {"fourier"},
-  {"fouier_table"},
+  {"fouier-table"},
   {"fft"},
 #if HAVE_FFTW
   {"fftw"},
   {"rfftw"},
 #endif
 };
-const char* ProcessSignal::s_aszFilterMethodTitle[] = {
+const char* const ProcessSignal::s_aszFilterMethodTitle[] = {
   {"Convolution"},
   {"Fourier"},
   {"Fouier Trigometric Table"},
@@ -63,11 +67,11 @@ const int ProcessSignal::s_iFilterMethodCount = sizeof(s_aszFilterMethodName) /
 const int ProcessSignal::FILTER_GENERATION_INVALID = -1;
 const int ProcessSignal::FILTER_GENERATION_DIRECT = 0;
 const int ProcessSignal::FILTER_GENERATION_INVERSE_FOURIER = 1;
-const char* ProcessSignal::s_aszFilterGenerationName[] = {
+const char* const ProcessSignal::s_aszFilterGenerationName[] = {
   {"direct"},
-  {"inverse_fourier"},
+  {"inverse-fourier"},
 };
-const char* ProcessSignal::s_aszFilterGenerationTitle[] = {
+const char* const ProcessSignal::s_aszFilterGenerationTitle[] = {
   {"Direct"},
   {"Inverse Fourier"},
 };
@@ -77,8 +81,11 @@ const int ProcessSignal::s_iFilterGenerationCount = sizeof(s_aszFilterGeneration
 // CLASS IDENTIFICATION
 //   ProcessSignal
 //
-ProcessSignal::ProcessSignal (const char* szFilterName, const char* szFilterMethodName, double dBandwidth, double dSignalIncrement, int nSignalPoints, double dFilterParam, const char* szDomainName, const char* szFilterGenerationName, int iZeropad, int iPreinterpolationFactor, int iTraceLevel, int iGeometry, double dFocalLength, SGP* pSGP)
-: m_adFourierCosTable(NULL), m_adFourierSinTable(NULL), m_adFilter(NULL), m_fail(false)
+ProcessSignal::ProcessSignal (const char* szFilterName, const char* szFilterMethodName, double dBandwidth, 
+                              double dSignalIncrement, int nSignalPoints, double dFilterParam, const char* szDomainName, 
+                              const char* szFilterGenerationName, int iZeropad, int iPreinterpolationFactor, int iTraceLevel, 
+                              int iGeometry, double dFocalLength, double dSourceDetectorLength, SGP* pSGP)
+                              : m_adFourierCosTable(NULL), m_adFourierSinTable(NULL), m_adFilter(NULL), m_fail(false)
 {
   m_idFilterMethod = convertFilterMethodNameToID (szFilterMethodName);
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_INVALID) {
@@ -109,13 +116,18 @@ ProcessSignal::ProcessSignal (const char* szFilterName, const char* szFilterMeth
     return;
   }
   
-  init (m_idFilter, m_idFilterMethod, dBandwidth, dSignalIncrement, nSignalPoints, dFilterParam, m_idDomain, m_idFilterGeneration, iZeropad, iPreinterpolationFactor, iTraceLevel, iGeometry, dFocalLength, pSGP);
+  init (m_idFilter, m_idFilterMethod, dBandwidth, dSignalIncrement, nSignalPoints, dFilterParam, m_idDomain, 
+    m_idFilterGeneration, iZeropad, iPreinterpolationFactor, iTraceLevel, iGeometry, dFocalLength, 
+    dSourceDetectorLength, pSGP);
 }
 
 
 void
-ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandwidth, double dSignalIncrement, int nSignalPoints, double dFilterParam, const int idDomain, const int idFilterGeneration, const int iZeropad, const int iPreinterpolationFactor, int iTraceLevel, int iGeometry, double dFocalLength, SGP* pSGP)
-{\r
+ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandwidth, double dSignalIncrement, 
+                     int nSignalPoints, double dFilterParam, const int idDomain, const int idFilterGeneration, 
+                     const int iZeropad, const int iPreinterpolationFactor, int iTraceLevel, int iGeometry, 
+                     double dFocalLength, double dSourceDetectorLength, SGP* pSGP)
+{
   int i;
   m_idFilter = idFilter;
   m_idDomain = idDomain;
@@ -123,6 +135,7 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
   m_idFilterGeneration = idFilterGeneration;
   m_idGeometry = iGeometry;
   m_dFocalLength = dFocalLength;
+  m_dSourceDetectorLength = dSourceDetectorLength;
   
   if (m_idFilter == SignalFilter::FILTER_INVALID || m_idDomain == SignalFilter::DOMAIN_INVALID || m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_INVALID || m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_INVALID) {
     m_fail = true;
@@ -138,11 +151,12 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
   m_iZeropad = iZeropad;
   m_iPreinterpolationFactor = iPreinterpolationFactor;
   
-  // scale signalInc/BW to signalInc/2 to adjust for imaginary detector
-  // through origin of phantom, see Kak-Slaney Fig 3.22, for Collinear
+  // scale signalInc/BW to adjust for imaginary detector through origin of phantom 
+  // see Kak-Slaney Fig 3.22, for Collinear diagram
   if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
-    m_dSignalInc /= 2;
-    m_dBandwidth *= 2;
+    double dEquilinearScale = m_dSourceDetectorLength / m_dFocalLength;
+    m_dSignalInc /= dEquilinearScale;
+    m_dBandwidth *= dEquilinearScale;
   }
   
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FFT) {
@@ -179,46 +193,40 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
       m_adFilter = new double[ m_nFilterPoints ];
       double* adFrequencyFilter = new double [m_nFilterPoints];
       filter.copyFilterData (adFrequencyFilter, 0, m_nFilterPoints);
-#ifdef HAVE_SGP
-      EZPlot* pEZPlot = NULL;
-      if (pSGP && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot = new EZPlot ();
-        pEZPlot->ezset ("title Filter Response: Natural Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
-        pEZPlot->addCurve (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Filter Response: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif     
-      shuffleNaturalToFourierOrder (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
+      Fourier::shuffleNaturalToFourierOrder (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
 #ifdef HAVE_SGP
-      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot->ezset ("title Filter Response: Fourier Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.25");
-        pEZPlot->addCurve (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Filter Response: Fourier Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
-      ProcessSignal::finiteFourierTransform (adFrequencyFilter, m_adFilter, m_nFilterPoints, -1);
-      delete adFrequencyFilter;\r
-#ifdef HAVE_SGP
-      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot->ezset ("title Inverse Fourier Frequency: Fourier Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.50");
-        pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
+      ProcessSignal::finiteFourierTransform (adFrequencyFilter, m_adFilter, m_nFilterPoints, FORWARD);
+      delete adFrequencyFilter;
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Inverse Fourier Frequency: Fourier Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
-      shuffleFourierToNaturalOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-#ifdef HAVE_SGP
-      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot->ezset ("title Inverse Fourier Frequency: Natural Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.75");
-        pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
-        delete pEZPlot;
+      Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Inverse Fourier Frequency: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
       for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
@@ -231,14 +239,18 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
     } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
       for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
         int iDetFromZero = i - ((m_nFilterPoints - 1) / 2);
-        double sinScale = sin (iDetFromZero * m_dSignalInc);
-        if (fabs(sinScale) < 1E-7)
-          sinScale = 1;
-        else
-          sinScale = (iDetFromZero * m_dSignalInc) / sinScale;
+        double sinScale = 1 / SignalFilter::sinc (iDetFromZero * m_dSignalInc);
         double dScale = 0.5 * sinScale * sinScale;
         m_adFilter[i] *= dScale;
       }
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Scaled Inverse Fourier Frequency: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
+      }
+#endif
     } // if (geometry)
   } // if (spatial filtering)
   
@@ -246,22 +258,10 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
     
     if (m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_DIRECT) {
       // calculate number of filter points with zeropadding
-      m_nFilterPoints = m_nSignalPoints;
-      if (m_iZeropad > 0) {
-        double logBase2 = log(m_nFilterPoints) / log(2);
-        int nextPowerOf2 = static_cast<int>(floor(logBase2));
-        if (logBase2 != floor(logBase2))
-          nextPowerOf2++;
-        nextPowerOf2 += (m_iZeropad - 1);
-        m_nFilterPoints = 1 << nextPowerOf2;
-#ifdef DEBUG
-        if (m_traceLevel >= Trace::TRACE_CONSOLE)
-          std::cout << "nFilterPoints = " << m_nFilterPoints << endl;
-#endif
-      }
+      m_nFilterPoints = addZeropadFactor (m_nSignalPoints, m_iZeropad);
       m_nOutputPoints = m_nFilterPoints * m_iPreinterpolationFactor;
       
-      if (m_nFilterPoints % 2) { // Odd
+      if (isOdd (m_nFilterPoints)) { // Odd
         m_dFilterMin = -1. / (2 * m_dSignalInc);
         m_dFilterMax = 1. / (2 * m_dSignalInc);
         m_dFilterInc = (m_dFilterMax - m_dFilterMin) / (m_nFilterPoints - 1);
@@ -272,49 +272,54 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
         m_dFilterMax -= m_dFilterInc;
       }
       
-      SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, m_nFilterPoints, m_dBandwidth, m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_FREQUENCY);
+      SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, m_nFilterPoints, m_dBandwidth, 
+        m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_FREQUENCY);
       m_adFilter = new double [m_nFilterPoints];
       filter.copyFilterData (m_adFilter, 0, m_nFilterPoints);
       
-      // This doesn't work!
-      // Need to add filtering for divergent geometries & Frequency/Direct filtering
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Frequency Filter: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
+      }
+#endif
+      
+      // This works fairly well. I'm not sure why since scaling for geometries is done on
+      // frequency filter rather than spatial filter as it should be.
+      // It gives values slightly off than freq/inverse filtering
       if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
         for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
           m_adFilter[i] *= 0.5;
       } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
         for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
           int iDetFromZero = i - ((m_nFilterPoints - 1) / 2);
-          double sinScale = sin (iDetFromZero * m_dSignalInc);
-          if (fabs(sinScale) < 1E-7)
-            sinScale = 1;
-          else
-            sinScale = (iDetFromZero * m_dSignalInc) / sinScale;
+          double sinScale = 1 / SignalFilter::sinc (iDetFromZero * m_dSignalInc);
           double dScale = 0.5 * sinScale * sinScale;
           m_adFilter[i] *= dScale;
         }
       }
-#ifdef HAVE_SGP
-      EZPlot* pEZPlot = NULL;
-      if (pSGP && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot = new EZPlot;
-        pEZPlot->ezset ("title Filter Filter: Natural Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.00");
-        pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Filter Geometry Scaled: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
-      shuffleNaturalToFourierOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-#ifdef HAVE_SGP
-      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot->ezset ("title Filter Filter: Fourier Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.50");
-        pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
-        delete pEZPlot;
+      Fourier::shuffleNaturalToFourierOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Filter Geometry Scaled: Fourier Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
+      
+      // FILTERING:  FREQUENCY - INVERSE FOURIER
+      
     } else if (m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_INVERSE_FOURIER) {
       // calculate number of filter points with zeropadding
       int nSpatialPoints = 2 * (m_nSignalPoints - 1) + 1;
@@ -331,31 +336,29 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
         m_nFilterPoints = 1 << nextPowerOf2;
       }
       m_nOutputPoints = m_nFilterPoints * m_iPreinterpolationFactor;
-#ifdef DEBUG
+#if defined(DEBUG) || defined(_DEBUG)
       if (m_traceLevel >= Trace::TRACE_CONSOLE)
-        std::cout << "nFilterPoints = " << m_nFilterPoints << endl;
+        sys_error (ERR_TRACE, "nFilterPoints = %d", m_nFilterPoints);
 #endif
-      double* adSpatialFilter = new double [m_nFilterPoints];\r
-      SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, nSpatialPoints, m_dBandwidth, m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_SPATIAL);
+      double* adSpatialFilter = new double [m_nFilterPoints];
+      SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, nSpatialPoints, m_dBandwidth, 
+        m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_SPATIAL);
       filter.copyFilterData (adSpatialFilter, 0, nSpatialPoints);
-#ifdef HAVE_SGP
-      EZPlot* pEZPlot = NULL;
-      if (pSGP && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot = new EZPlot;
-        pEZPlot->ezset ("title Spatial Filter: Natural Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.00");
-        pEZPlot->addCurve (adSpatialFilter, nSpatialPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
-        delete pEZPlot;
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Spatial Filter: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (adSpatialFilter, nSpatialPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
+      
       if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
-        for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
+        for (i = 0; i < nSpatialPoints; i++)
           adSpatialFilter[i] *= 0.5;
       } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
-        for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
-          int iDetFromZero = i - ((m_nFilterPoints - 1) / 2);
+        for (i = 0; i < nSpatialPoints; i++) {
+          int iDetFromZero = i - ((nSpatialPoints - 1) / 2);
           double sinScale = sin (iDetFromZero * m_dSignalInc);
           if (fabs(sinScale) < 1E-7)
             sinScale = 1;
@@ -364,25 +367,31 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
           double dScale = 0.5 * sinScale * sinScale;
           adSpatialFilter[i] *= dScale;
         }
-      }\r
+      }
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Scaled Spatial Filter: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (adSpatialFilter, nSpatialPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
+      }
+#endif
       for (i = nSpatialPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
         adSpatialFilter[i] = 0;
       
       m_adFilter = new double [m_nFilterPoints];
-      std::complex<double>* acInverseFilter = new std::complex<double> [m_nFilterPoints];\r
-      finiteFourierTransform (adSpatialFilter, acInverseFilter, m_nFilterPoints, 1);
-      delete adSpatialFilter;\r
+      std::complex<double>* acInverseFilter = new std::complex<double> [m_nFilterPoints];
+      finiteFourierTransform (adSpatialFilter, acInverseFilter, m_nFilterPoints, BACKWARD);
+      delete adSpatialFilter;
       for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
-        m_adFilter[i] = std::abs(acInverseFilter[i]) * m_dSignalInc;
-      delete acInverseFilter;\r
-#ifdef HAVE_SGP
-      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot->ezset ("title Spatial Filter: Inverse");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.50");
-        pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
-        delete pEZPlot;\r
+        m_adFilter[i] = std::abs (acInverseFilter[i]) * m_dSignalInc;
+      delete acInverseFilter;
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Fourier Scaled Spatial Filter: Fourier Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
     }
@@ -409,15 +418,15 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
   }
   
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_RFFTW) {
-    m_realPlanForward = rfftw_create_plan (m_nFilterPoints, FFTW_REAL_TO_COMPLEX, FFTW_ESTIMATE);
-    m_realPlanBackward = rfftw_create_plan (m_nOutputPoints, FFTW_COMPLEX_TO_REAL, FFTW_ESTIMATE);
+    m_realPlanForward = rfftw_create_plan (m_nFilterPoints, FFTW_REAL_TO_COMPLEX, FFTW_ESTIMATE | FFTW_USE_WISDOM);
+    m_realPlanBackward = rfftw_create_plan (m_nOutputPoints, FFTW_COMPLEX_TO_REAL, FFTW_ESTIMATE | FFTW_USE_WISDOM);
     m_adRealFftInput = new fftw_real [ m_nFilterPoints ];
     m_adRealFftSignal = new fftw_real [ m_nOutputPoints ];
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) 
       m_adRealFftInput[i] = 0;
   } else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FFTW) {
-    m_complexPlanForward = fftw_create_plan (m_nFilterPoints, FFTW_FORWARD, FFTW_ESTIMATE);
-    m_complexPlanBackward = fftw_create_plan (m_nOutputPoints, FFTW_BACKWARD, FFTW_ESTIMATE);
+    m_complexPlanForward = fftw_create_plan (m_nFilterPoints, FFTW_FORWARD,  FFTW_ESTIMATE | FFTW_USE_WISDOM);
+    m_complexPlanBackward = fftw_create_plan (m_nOutputPoints, FFTW_BACKWARD,  FFTW_ESTIMATE | FFTW_USE_WISDOM);
     m_adComplexFftInput = new fftw_complex [ m_nFilterPoints ];
     m_adComplexFftSignal = new fftw_complex [ m_nOutputPoints ];
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) 
@@ -528,7 +537,7 @@ void
 ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
 {
   double* input = new double [m_nSignalPoints];
-  int i;\r
+  int i;
   for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
     input[i] = constInput[i];
   
@@ -542,7 +551,7 @@ ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
       int iDetFromCenter = i - (m_nSignalPoints / 2);
       input[i] *= m_dFocalLength * cos (iDetFromCenter * m_dSignalInc);
     }
-  }\r
+  }
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_CONVOLUTION) {
     for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
       output[i] = convolve (input, m_dSignalInc, i, m_nSignalPoints);
@@ -553,15 +562,15 @@ ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
     for (i = m_nSignalPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
       inputSignal[i] = 0;  // zeropad
     std::complex<double>* fftSignal = new std::complex<double> [m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, m_nFilterPoints, -1);\r
+    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, m_nFilterPoints, FORWARD);
     delete inputSignal;
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
       fftSignal[i] *= m_adFilter[i];
     double* inverseFourier = new double [m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, m_nFilterPoints, 1);\r
+    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, m_nFilterPoints, BACKWARD);
     delete fftSignal;
     for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) 
-      output[i] = inverseFourier[i];\r
+      output[i] = inverseFourier[i];
     delete inverseFourier;
   } else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FOURIER_TABLE) {
     double* inputSignal = new double [m_nFilterPoints];
@@ -570,15 +579,15 @@ ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
     for (i = m_nSignalPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
       inputSignal[i] = 0;  // zeropad
     std::complex<double>* fftSignal = new std::complex<double> [m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, -1);\r
+    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, FORWARD);
     delete inputSignal;
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
       fftSignal[i] *= m_adFilter[i];
     double* inverseFourier = new double [m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, 1);\r
+    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, BACKWARD);
     delete fftSignal;
     for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) 
-      output[i] = inverseFourier[i];\r
+      output[i] = inverseFourier[i];
     delete inverseFourier;
   }
 #if HAVE_FFTW
@@ -589,7 +598,7 @@ ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
     fftw_real* fftOutput = new fftw_real [ m_nFilterPoints ];
     rfftw_one (m_realPlanForward, m_adRealFftInput, fftOutput);
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
-      m_adRealFftSignal[i] = m_adFilter[i] * fftOutput[i];\r
+      m_adRealFftSignal[i] = m_adFilter[i] * fftOutput[i];
     delete [] fftOutput;
     for (i = m_nFilterPoints; i < m_nOutputPoints; i++)
             m_adRealFftSignal[i] = 0;
@@ -597,7 +606,7 @@ ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
     fftw_real* ifftOutput = new fftw_real [ m_nOutputPoints ];
     rfftw_one (m_realPlanBackward, m_adRealFftSignal, ifftOutput);
     for (i = 0; i < m_nSignalPoints * m_iPreinterpolationFactor; i++)
-      output[i] = ifftOutput[i];\r
+      output[i] = ifftOutput[i];
     delete [] ifftOutput;
   } else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FFTW) {
     for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
@@ -608,15 +617,15 @@ ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
       m_adComplexFftSignal[i].re = m_adFilter[i] * fftOutput[i].re;
       m_adComplexFftSignal[i].im = m_adFilter[i] * fftOutput[i].im;
-    }\r
+    }
     delete [] fftOutput;
     fftw_complex* ifftOutput = new fftw_complex [ m_nOutputPoints ];
     fftw_one (m_complexPlanBackward, m_adComplexFftSignal, ifftOutput);
     for (i = 0; i < m_nSignalPoints * m_iPreinterpolationFactor; i++) 
-      output[i] = ifftOutput[i].re;\r
+      output[i] = ifftOutput[i].re;
     delete [] ifftOutput;
   }
-#endif\r
+#endif
   delete input;
 }
 
@@ -690,7 +699,7 @@ ProcessSignal::finiteFourierTransform (const double input[], double output[], co
   
   finiteFourierTransform (input, complexOutput, n, direction);
   for (int i = 0; i < n; i++)
-    output[i] = complexOutput[i].real();\r
+    output[i] = complexOutput[i].real();
   delete [] complexOutput;
 }
 
@@ -855,119 +864,19 @@ ProcessSignal::finiteFourierTransform (const std::complex<double> input[], doubl
   }
 }
 
-// Odd Number of Points
-//   Natural Frequency Order: -(n-1)/2...-1,0,1...(n-1)/2
-//   Fourier Frequency Order: 0, 1..(n-1)/2,-(n-1)/2...-1
-// Even Number of Points
-//   Natural Frequency Order: -n/2...-1,0,1...((n/2)-1)
-//   Fourier Frequency Order: 0,1...((n/2)-1),-n/2...-1
-
-void\r
-ProcessSignal::shuffleNaturalToFourierOrder (double* pdVector, const int n)\r
-{\r
-  double* pdTemp = new double [n];\r
-  int i;\r
-  if (n % 2) { // Odd\r
-    int iHalfN = (n - 1) / 2;\r
-    \r
-    pdTemp[0] = pdVector[iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1] = pdVector[i + 1 + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i];\r
-  } else {     // Even\r
-    int iHalfN = n / 2;\r
-    pdTemp[0] = pdVector[iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1] = pdVector[i + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN - 1; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i];\r
-  }\r
-  \r
-  for (i = 0; i < n; i++)\r
-    pdVector[i] = pdTemp[i];\r
-  delete pdTemp;\r
-}\r
-\r
-void\r
-ProcessSignal::shuffleNaturalToFourierOrder (std::complex<double>* pdVector, const int n)\r
-{\r
-  std::complex<double>* pdTemp = new std::complex<double> [n];\r
-  int i;\r
-  if (n % 2) { // Odd\r
-    int iHalfN = (n - 1) / 2;\r
-    \r
-    pdTemp[0] = pdVector[iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1] = pdVector[i + 1 + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i];\r
-  } else {     // Even\r
-    int iHalfN = n / 2;\r
-    pdTemp[0] = pdVector[iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1] = pdVector[i + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN - 1; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i];\r
-  }\r
-  \r
-  for (i = 0; i < n; i++)\r
-    pdVector[i] = pdTemp[i];\r
-  delete [] pdTemp;\r
-}\r
-\r
-
-void\r
-ProcessSignal::shuffleFourierToNaturalOrder (double* pdVector, const int n)\r
-{\r
-  double* pdTemp = new double [n];\r
-  int i;\r
-  if (n % 2) { // Odd\r
-    int iHalfN = (n - 1) / 2;\r
-    \r
-    pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1 + iHalfN] = pdVector[i + 1];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i] = pdVector[i + iHalfN + 1];\r
-  } else {     // Even\r
-    int iHalfN = n / 2;\r
-    pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i] = pdVector[i + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN - 1; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i+1];\r
-  }\r
-  \r
-  for (i = 0; i < n; i++)\r
-    pdVector[i] = pdTemp[i];\r
-  delete pdTemp;\r
-}\r
-\r
-void\r
-ProcessSignal::shuffleFourierToNaturalOrder (std::complex<double>* pdVector, const int n)\r
-{\r
-  std::complex<double>* pdTemp = new std::complex<double> [n];\r
-  int i;\r
-  if (n % 2) { // Odd\r
-    int iHalfN = (n - 1) / 2;\r
-    \r
-    pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1 + iHalfN] = pdVector[i + 1];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i] = pdVector[i + iHalfN + 1];\r
-  } else {     // Even\r
-    int iHalfN = n / 2;\r
-    pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i] = pdVector[i + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN - 1; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i+1];\r
-  }\r
-  \r
-  for (i = 0; i < n; i++)\r
-    pdVector[i] = pdTemp[i];\r
-  delete [] pdTemp;\r
-}\r
-\r
+
+int
+ProcessSignal::addZeropadFactor (int n, int iZeropad)
+{
+  if (iZeropad > 0) {
+    double dLogBase2 = log(n) / log(2);
+    int iLogBase2 = static_cast<int>(floor (dLogBase2));
+    int iPaddedN = 1 << (iLogBase2 + iZeropad);
+#ifdef DEBUG
+    sys_error (ERR_TRACE, "Zeropadding %d to %d", n, iPaddedN);
+#endif
+    return iPaddedN;
+  }
+
+  return n;
+}