Use OpenMP for signal filtering
[ctsim.git] / libctsim / procsignal.cpp
index a7933b21eb2a4ffb508c88d5caa35ffc834d3723..3a28676ff606bbb94c5f4b9753f8b189d2c5268d 100644 (file)
@@ -1,15 +1,13 @@
 /*****************************************************************************
 ** File IDENTIFICATION
-** 
-**     Name:                   filter.cpp
-**     Purpose:                Routines for signal-procesing filters
-**     Progammer:             Kevin Rosenberg
-**     Date Started:           Aug 1984
 **
-**  This is part of the CTSim program
-**  Copyright (C) 1983-2000 Kevin Rosenberg
+**     Name:            procsignal.cpp
+**     Purpose:         Routines for processing signals and projections
+**     Progammer:           Kevin Rosenberg
+**     Date Started:    Aug 1984
 **
-**  $Id: procsignal.cpp,v 1.11 2000/12/29 15:45:06 kevin Exp $
+**  This is part of the CTSim program
+**  Copyright (c) 1983-2009 Kevin Rosenberg
 **
 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
 
 #include "ct.h"
 
+#ifdef HAVE_WXWINDOWS
+#include "nographics.h"
+#endif
+
 // FilterMethod ID/Names
 const int ProcessSignal::FILTER_METHOD_INVALID = -1;
 const int ProcessSignal::FILTER_METHOD_CONVOLUTION = 0;
@@ -37,24 +39,24 @@ const int ProcessSignal::FILTER_METHOD_FFT = 3;
 const int ProcessSignal::FILTER_METHOD_FFTW = 4;
 const int ProcessSignal::FILTER_METHOD_RFFTW =5 ;
 #endif
-const char* ProcessSignal::s_aszFilterMethodName[] = {
-  {"convolution"},
-  {"fourier"},
-  {"fouier_table"},
-  {"fft"},
+const char* const ProcessSignal::s_aszFilterMethodName[] = {
+  "convolution",
+  "fourier",
+  "fouier-table",
+  "fft",
 #if HAVE_FFTW
-  {"fftw"},
-  {"rfftw"},
+  "fftw",
+  "rfftw",
 #endif
 };
-const char* ProcessSignal::s_aszFilterMethodTitle[] = {
-  {"Convolution"},
-  {"Fourier"},
-  {"Fouier Trigometric Table"},
-  {"FFT"},
+const char* const ProcessSignal::s_aszFilterMethodTitle[] = {
+  "Convolution",
+  "Fourier",
+  "Fouier Trigometric Table",
+  "FFT",
 #if HAVE_FFTW
-  {"FFTW"},
-  {"Real/Half-Complex FFTW"},
+  "FFTW",
+  "Real/Half-Complex FFTW",
 #endif
 };
 const int ProcessSignal::s_iFilterMethodCount = sizeof(s_aszFilterMethodName) / sizeof(const char*);
@@ -63,13 +65,13 @@ const int ProcessSignal::s_iFilterMethodCount = sizeof(s_aszFilterMethodName) /
 const int ProcessSignal::FILTER_GENERATION_INVALID = -1;
 const int ProcessSignal::FILTER_GENERATION_DIRECT = 0;
 const int ProcessSignal::FILTER_GENERATION_INVERSE_FOURIER = 1;
-const char* ProcessSignal::s_aszFilterGenerationName[] = {
-  {"direct"},
-  {"inverse_fourier"},
+const char* const ProcessSignal::s_aszFilterGenerationName[] = {
+  "direct",
+  "inverse-fourier",
 };
-const char* ProcessSignal::s_aszFilterGenerationTitle[] = {
-  {"Direct"},
-  {"Inverse Fourier"},
+const char* const ProcessSignal::s_aszFilterGenerationTitle[] = {
+  "Direct",
+  "Inverse Fourier",
 };
 const int ProcessSignal::s_iFilterGenerationCount = sizeof(s_aszFilterGenerationName) / sizeof(const char*);
 
@@ -77,8 +79,11 @@ const int ProcessSignal::s_iFilterGenerationCount = sizeof(s_aszFilterGeneration
 // CLASS IDENTIFICATION
 //   ProcessSignal
 //
-ProcessSignal::ProcessSignal (const char* szFilterName, const char* szFilterMethodName, double dBandwidth, double dSignalIncrement, int nSignalPoints, double dFilterParam, const char* szDomainName, const char* szFilterGenerationName, int iZeropad, int iPreinterpolationFactor, int iTraceLevel, int iGeometry, double dFocalLength, SGP* pSGP)
-: m_adFourierCosTable(NULL), m_adFourierSinTable(NULL), m_adFilter(NULL), m_fail(false)
+ProcessSignal::ProcessSignal (const char* szFilterName, const char* szFilterMethodName, double dBandwidth,
+                              double dSignalIncrement, int nSignalPoints, double dFilterParam, const char* szDomainName,
+                              const char* szFilterGenerationName, int iZeropad, int iPreinterpolationFactor, int iTraceLevel,
+                              int iGeometry, double dFocalLength, double dSourceDetectorLength, SGP* pSGP)
+                              : m_adFourierCosTable(NULL), m_adFourierSinTable(NULL), m_adFilter(NULL), m_fail(false)
 {
   m_idFilterMethod = convertFilterMethodNameToID (szFilterMethodName);
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_INVALID) {
@@ -108,14 +113,19 @@ ProcessSignal::ProcessSignal (const char* szFilterName, const char* szFilterMeth
     m_failMessage += szDomainName;
     return;
   }
-  
-  init (m_idFilter, m_idFilterMethod, dBandwidth, dSignalIncrement, nSignalPoints, dFilterParam, m_idDomain, m_idFilterGeneration, iZeropad, iPreinterpolationFactor, iTraceLevel, iGeometry, dFocalLength, pSGP);
+
+  init (m_idFilter, m_idFilterMethod, dBandwidth, dSignalIncrement, nSignalPoints, dFilterParam, m_idDomain,
+    m_idFilterGeneration, iZeropad, iPreinterpolationFactor, iTraceLevel, iGeometry, dFocalLength,
+    dSourceDetectorLength, pSGP);
 }
 
 
 void
-ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandwidth, double dSignalIncrement, int nSignalPoints, double dFilterParam, const int idDomain, const int idFilterGeneration, const int iZeropad, const int iPreinterpolationFactor, int iTraceLevel, int iGeometry, double dFocalLength, SGP* pSGP)
-{\r
+ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandwidth, double dSignalIncrement,
+                     int nSignalPoints, double dFilterParam, const int idDomain, const int idFilterGeneration,
+                     const int iZeropad, const int iPreinterpolationFactor, int iTraceLevel, int iGeometry,
+                     double dFocalLength, double dSourceDetectorLength, SGP* pSGP)
+{
   int i;
   m_idFilter = idFilter;
   m_idDomain = idDomain;
@@ -123,7 +133,8 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
   m_idFilterGeneration = idFilterGeneration;
   m_idGeometry = iGeometry;
   m_dFocalLength = dFocalLength;
-  
+  m_dSourceDetectorLength = dSourceDetectorLength;
+
   if (m_idFilter == SignalFilter::FILTER_INVALID || m_idDomain == SignalFilter::DOMAIN_INVALID || m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_INVALID || m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_INVALID) {
     m_fail = true;
     return;
@@ -134,17 +145,18 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
   m_dBandwidth = dBandwidth;
   m_nSignalPoints = nSignalPoints;
   m_dSignalInc = dSignalIncrement;
-  m_dFilterParam = dFilterParam;  
+  m_dFilterParam = dFilterParam;
   m_iZeropad = iZeropad;
   m_iPreinterpolationFactor = iPreinterpolationFactor;
-  
-  // scale signalInc/BW to signalInc/2 to adjust for imaginary detector
-  // through origin of phantom, see Kak-Slaney Fig 3.22, for Collinear
+
+  // scale signalInc/BW to adjust for imaginary detector through origin of phantom
+  // see Kak-Slaney Fig 3.22, for Collinear diagram
   if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
-    m_dSignalInc /= 2;
-    m_dBandwidth *= 2;
+    double dEquilinearScale = m_dSourceDetectorLength / m_dFocalLength;
+    m_dSignalInc /= dEquilinearScale;
+    m_dBandwidth *= dEquilinearScale;
   }
-  
+
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FFT) {
 #if HAVE_FFTW
     m_idFilterMethod = FILTER_METHOD_RFFTW;
@@ -154,14 +166,14 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
     return;
 #endif
   }
-  
+
   bool m_bFrequencyFiltering = true;
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_CONVOLUTION)
     m_bFrequencyFiltering = false;
-  
+
   // Spatial-based filtering
   if (! m_bFrequencyFiltering) {
-    
+
     if (m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_DIRECT) {
       m_nFilterPoints = 2 * (m_nSignalPoints - 1) + 1;
       m_dFilterMin = -m_dSignalInc * (m_nSignalPoints - 1);
@@ -179,46 +191,40 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
       m_adFilter = new double[ m_nFilterPoints ];
       double* adFrequencyFilter = new double [m_nFilterPoints];
       filter.copyFilterData (adFrequencyFilter, 0, m_nFilterPoints);
-#ifdef HAVE_SGP
-      EZPlot* pEZPlot = NULL;
-      if (pSGP && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot = new EZPlot ();
-        pEZPlot->ezset ("title Filter Response: Natural Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
-        pEZPlot->addCurve (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Filter Response: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
-#endif     
-      shuffleNaturalToFourierOrder (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
+#endif
+      Fourier::shuffleNaturalToFourierOrder (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
 #ifdef HAVE_SGP
-      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot->ezset ("title Filter Response: Fourier Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.25");
-        pEZPlot->addCurve (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Filter Response: Fourier Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
-      ProcessSignal::finiteFourierTransform (adFrequencyFilter, m_adFilter, m_nFilterPoints, -1);
-      delete adFrequencyFilter;\r
-#ifdef HAVE_SGP
-      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot->ezset ("title Inverse Fourier Frequency: Fourier Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.50");
-        pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
+      ProcessSignal::finiteFourierTransform (adFrequencyFilter, m_adFilter, m_nFilterPoints, FORWARD);
+      delete adFrequencyFilter;
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Inverse Fourier Frequency: Fourier Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
-      shuffleFourierToNaturalOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-#ifdef HAVE_SGP
-      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot->ezset ("title Inverse Fourier Frequency: Natural Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.75");
-        pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
-        delete pEZPlot;
+      Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Inverse Fourier Frequency: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
       for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
@@ -231,37 +237,29 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
     } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
       for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
         int iDetFromZero = i - ((m_nFilterPoints - 1) / 2);
-        double sinScale = sin (iDetFromZero * m_dSignalInc);
-        if (fabs(sinScale) < 1E-7)
-          sinScale = 1;
-        else
-          sinScale = (iDetFromZero * m_dSignalInc) / sinScale;
+        double sinScale = 1 / SignalFilter::sinc (iDetFromZero * m_dSignalInc);
         double dScale = 0.5 * sinScale * sinScale;
         m_adFilter[i] *= dScale;
       }
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Scaled Inverse Fourier Frequency: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
+      }
+#endif
     } // if (geometry)
   } // if (spatial filtering)
-  
+
   else if (m_bFrequencyFiltering) {  // Frequency-based filtering
-    
+
     if (m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_DIRECT) {
       // calculate number of filter points with zeropadding
-      m_nFilterPoints = m_nSignalPoints;
-      if (m_iZeropad > 0) {
-        double logBase2 = log(m_nFilterPoints) / log(2);
-        int nextPowerOf2 = static_cast<int>(floor(logBase2));
-        if (logBase2 != floor(logBase2))
-          nextPowerOf2++;
-        nextPowerOf2 += (m_iZeropad - 1);
-        m_nFilterPoints = 1 << nextPowerOf2;
-#ifdef DEBUG
-        if (m_traceLevel >= Trace::TRACE_CONSOLE)
-          std::cout << "nFilterPoints = " << m_nFilterPoints << endl;
-#endif
-      }
+      m_nFilterPoints = addZeropadFactor (m_nSignalPoints, m_iZeropad);
       m_nOutputPoints = m_nFilterPoints * m_iPreinterpolationFactor;
-      
-      if (m_nFilterPoints % 2) { // Odd
+
+      if (isOdd (m_nFilterPoints)) { // Odd
         m_dFilterMin = -1. / (2 * m_dSignalInc);
         m_dFilterMax = 1. / (2 * m_dSignalInc);
         m_dFilterInc = (m_dFilterMax - m_dFilterMin) / (m_nFilterPoints - 1);
@@ -271,50 +269,55 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
         m_dFilterInc = (m_dFilterMax - m_dFilterMin) / m_nFilterPoints;
         m_dFilterMax -= m_dFilterInc;
       }
-      
-      SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, m_nFilterPoints, m_dBandwidth, m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_FREQUENCY);
+
+      SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, m_nFilterPoints, m_dBandwidth,
+        m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_FREQUENCY);
       m_adFilter = new double [m_nFilterPoints];
       filter.copyFilterData (m_adFilter, 0, m_nFilterPoints);
-      
-      // This doesn't work!
-      // Need to add filtering for divergent geometries & Frequency/Direct filtering
+
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Frequency Filter: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
+      }
+#endif
+
+      // This works fairly well. I'm not sure why since scaling for geometries is done on
+      // frequency filter rather than spatial filter as it should be.
+      // It gives values slightly off than freq/inverse filtering
       if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
         for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
           m_adFilter[i] *= 0.5;
       } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
         for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
           int iDetFromZero = i - ((m_nFilterPoints - 1) / 2);
-          double sinScale = sin (iDetFromZero * m_dSignalInc);
-          if (fabs(sinScale) < 1E-7)
-            sinScale = 1;
-          else
-            sinScale = (iDetFromZero * m_dSignalInc) / sinScale;
+          double sinScale = 1 / SignalFilter::sinc (iDetFromZero * m_dSignalInc);
           double dScale = 0.5 * sinScale * sinScale;
           m_adFilter[i] *= dScale;
         }
       }
-#ifdef HAVE_SGP
-      EZPlot* pEZPlot = NULL;
-      if (pSGP && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot = new EZPlot;
-        pEZPlot->ezset ("title Filter Filter: Natural Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.00");
-        pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Filter Geometry Scaled: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
-      shuffleNaturalToFourierOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-#ifdef HAVE_SGP
-      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot->ezset ("title Filter Filter: Fourier Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.50");
-        pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
-        delete pEZPlot;
+      Fourier::shuffleNaturalToFourierOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Filter Geometry Scaled: Fourier Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
+
+      // FILTERING:  FREQUENCY - INVERSE FOURIER
+
     } else if (m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_INVERSE_FOURIER) {
       // calculate number of filter points with zeropadding
       int nSpatialPoints = 2 * (m_nSignalPoints - 1) + 1;
@@ -331,31 +334,29 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
         m_nFilterPoints = 1 << nextPowerOf2;
       }
       m_nOutputPoints = m_nFilterPoints * m_iPreinterpolationFactor;
-#ifdef DEBUG
+#if defined(DEBUG) || defined(_DEBUG)
       if (m_traceLevel >= Trace::TRACE_CONSOLE)
-        std::cout << "nFilterPoints = " << m_nFilterPoints << endl;
+        sys_error (ERR_TRACE, "nFilterPoints = %d", m_nFilterPoints);
 #endif
-      double* adSpatialFilter = new double [m_nFilterPoints];\r
-      SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, nSpatialPoints, m_dBandwidth, m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_SPATIAL);
+      double* adSpatialFilter = new double [m_nFilterPoints];
+      SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, nSpatialPoints, m_dBandwidth,
+        m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_SPATIAL);
       filter.copyFilterData (adSpatialFilter, 0, nSpatialPoints);
-#ifdef HAVE_SGP
-      EZPlot* pEZPlot = NULL;
-      if (pSGP && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot = new EZPlot;
-        pEZPlot->ezset ("title Spatial Filter: Natural Order");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.00");
-        pEZPlot->addCurve (adSpatialFilter, nSpatialPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
-        delete pEZPlot;
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Spatial Filter: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (adSpatialFilter, nSpatialPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
+
       if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
-        for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
+        for (i = 0; i < nSpatialPoints; i++)
           adSpatialFilter[i] *= 0.5;
       } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
-        for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
-          int iDetFromZero = i - ((m_nFilterPoints - 1) / 2);
+        for (i = 0; i < nSpatialPoints; i++) {
+          int iDetFromZero = i - ((nSpatialPoints - 1) / 2);
           double sinScale = sin (iDetFromZero * m_dSignalInc);
           if (fabs(sinScale) < 1E-7)
             sinScale = 1;
@@ -364,30 +365,36 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
           double dScale = 0.5 * sinScale * sinScale;
           adSpatialFilter[i] *= dScale;
         }
-      }\r
+      }
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Scaled Spatial Filter: Natural Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (adSpatialFilter, nSpatialPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
+      }
+#endif
       for (i = nSpatialPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
         adSpatialFilter[i] = 0;
-      
+
       m_adFilter = new double [m_nFilterPoints];
-      std::complex<double>* acInverseFilter = new std::complex<double> [m_nFilterPoints];\r
-      finiteFourierTransform (adSpatialFilter, acInverseFilter, m_nFilterPoints, 1);
-      delete adSpatialFilter;\r
+      std::complex<double>* acInverseFilter = new std::complex<double> [m_nFilterPoints];
+      finiteFourierTransform (adSpatialFilter, acInverseFilter, m_nFilterPoints, BACKWARD);
+      delete adSpatialFilter;
       for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
-        m_adFilter[i] = std::abs(acInverseFilter[i]) * m_dSignalInc;
-      delete acInverseFilter;\r
-#ifdef HAVE_SGP
-      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
-        pEZPlot->ezset ("title Spatial Filter: Inverse");
-        pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
-        pEZPlot->ezset ("yporigin 0.50");
-        pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
-        pEZPlot->plot (pSGP);
-        delete pEZPlot;\r
+        m_adFilter[i] = std::abs (acInverseFilter[i]) * m_dSignalInc;
+      delete acInverseFilter;
+#if defined(HAVE_WXWINDOWS) && (defined(DEBUG) || defined(_DEBUG))
+      if (g_bRunningWXWindows && m_traceLevel > 0) {
+        EZPlotDialog dlgEZPlot;
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->ezset ("title Fourier Scaled Spatial Filter: Fourier Order");
+        dlgEZPlot.getEZPlot()->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+        dlgEZPlot.ShowModal();
       }
 #endif
     }
   }
-  
+
   // precalculate sin and cosine tables for fourier transform
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FOURIER_TABLE) {
     int nFourier = imax (m_nFilterPoints,m_nOutputPoints) * imax (m_nFilterPoints, m_nOutputPoints) + 1;
@@ -401,32 +408,37 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
       angle += angleIncrement;
     }
   }
-  
+
 #if HAVE_FFTW
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FFTW || m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_RFFTW) {
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)  //fftw uses unnormalized fft
       m_adFilter[i] /= m_nFilterPoints;
   }
-  
+
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_RFFTW) {
-    m_realPlanForward = rfftw_create_plan (m_nFilterPoints, FFTW_REAL_TO_COMPLEX, FFTW_ESTIMATE);
-    m_realPlanBackward = rfftw_create_plan (m_nOutputPoints, FFTW_COMPLEX_TO_REAL, FFTW_ESTIMATE);
-    m_adRealFftInput = new fftw_real [ m_nFilterPoints ];
-    m_adRealFftSignal = new fftw_real [ m_nOutputPoints ];
-    for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) 
+    m_adRealFftInput = static_cast<double*>(fftw_malloc (sizeof(double) * m_nFilterPoints));
+    m_adRealFftOutput = static_cast<double*>(fftw_malloc (sizeof(double) * m_nFilterPoints));
+    m_realPlanForward = fftw_plan_r2r_1d (m_nFilterPoints, m_adRealFftInput, m_adRealFftOutput, FFTW_R2HC, FFTW_ESTIMATE);
+    m_adRealFftSignal = static_cast<double*>(fftw_malloc (sizeof(double) *  m_nOutputPoints));
+    m_adRealFftBackwardOutput = static_cast<double*>(fftw_malloc (sizeof(double) * m_nOutputPoints));
+    m_realPlanBackward = fftw_plan_r2r_1d (m_nOutputPoints, m_adRealFftSignal, m_adRealFftBackwardOutput, FFTW_HC2R, FFTW_ESTIMATE);
+    for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
       m_adRealFftInput[i] = 0;
   } else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FFTW) {
-    m_complexPlanForward = fftw_create_plan (m_nFilterPoints, FFTW_FORWARD, FFTW_ESTIMATE);
-    m_complexPlanBackward = fftw_create_plan (m_nOutputPoints, FFTW_BACKWARD, FFTW_ESTIMATE);
-    m_adComplexFftInput = new fftw_complex [ m_nFilterPoints ];
-    m_adComplexFftSignal = new fftw_complex [ m_nOutputPoints ];
-    for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) 
-      m_adComplexFftInput[i].re = m_adComplexFftInput[i].im = 0;
-    for (i = 0; i < m_nOutputPoints; i++) 
-      m_adComplexFftSignal[i].re = m_adComplexFftSignal[i].im = 0;
+    m_adComplexFftInput = static_cast<fftw_complex*>(fftw_malloc (sizeof(fftw_complex) * m_nFilterPoints));
+    m_adComplexFftOutput = static_cast<fftw_complex*>(fftw_malloc (sizeof(fftw_complex) * m_nFilterPoints));
+    m_complexPlanForward = fftw_plan_dft_1d (m_nFilterPoints, m_adComplexFftInput, m_adComplexFftOutput, FFTW_FORWARD,  FFTW_ESTIMATE);
+    m_adComplexFftSignal = static_cast<fftw_complex*>(fftw_malloc (sizeof(fftw_complex) * m_nOutputPoints));
+    m_adComplexFftBackwardOutput = static_cast<fftw_complex*>(fftw_malloc (sizeof(fftw_complex) * m_nOutputPoints));
+    m_complexPlanBackward = fftw_plan_dft_1d (m_nOutputPoints, m_adComplexFftSignal, m_adComplexFftBackwardOutput, FFTW_BACKWARD,  FFTW_ESTIMATE);
+
+    for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
+      m_adComplexFftInput[i][0] = m_adComplexFftInput[i][1] = 0;
+    for (i = 0; i < m_nOutputPoints; i++)
+      m_adComplexFftSignal[i][0] = m_adComplexFftSignal[i][1] = 0;
   }
 #endif
-  
+
 }
 
 ProcessSignal::~ProcessSignal (void)
@@ -434,19 +446,23 @@ ProcessSignal::~ProcessSignal (void)
   delete [] m_adFourierSinTable;
   delete [] m_adFourierCosTable;
   delete [] m_adFilter;
-  
+
 #if HAVE_FFTW
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FFTW) {
     fftw_destroy_plan(m_complexPlanForward);
     fftw_destroy_plan(m_complexPlanBackward);
-    delete [] m_adComplexFftInput;
-    delete [] m_adComplexFftSignal;
+    fftw_free (m_adComplexFftInput);
+    fftw_free (m_adComplexFftOutput);
+    fftw_free (m_adComplexFftSignal);
+    fftw_free (m_adComplexFftBackwardOutput);
   }
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_RFFTW) {
-    rfftw_destroy_plan(m_realPlanForward);
-    rfftw_destroy_plan(m_realPlanBackward);
-    delete [] m_adRealFftInput;
-    delete [] m_adRealFftSignal;
+    fftw_destroy_plan(m_realPlanForward);
+    fftw_destroy_plan(m_realPlanBackward);
+    fftw_free (m_adRealFftInput);
+    fftw_free (m_adRealFftOutput);
+    fftw_free (m_adRealFftSignal);
+    fftw_free (m_adRealFftBackwardOutput);
   }
 #endif
 }
@@ -455,24 +471,24 @@ int
 ProcessSignal::convertFilterMethodNameToID (const char* const filterMethodName)
 {
   int fmID = FILTER_METHOD_INVALID;
-  
-  for (int i = 0; i < s_iFilterMethodCount; i++)
+
+  for (int i = 0; i < s_iFilterMethodCount; i++) {
     if (strcasecmp (filterMethodName, s_aszFilterMethodName[i]) == 0) {
       fmID = i;
       break;
     }
-    
-    return (fmID);
+  }
+  return (fmID);
 }
 
 const char *
 ProcessSignal::convertFilterMethodIDToName (const int fmID)
 {
   static const char *name = "";
-  
+
   if (fmID >= 0 && fmID < s_iFilterMethodCount)
     return (s_aszFilterMethodName [fmID]);
-  
+
   return (name);
 }
 
@@ -480,10 +496,10 @@ const char *
 ProcessSignal::convertFilterMethodIDToTitle (const int fmID)
 {
   static const char *title = "";
-  
+
   if (fmID >= 0 && fmID < s_iFilterMethodCount)
     return (s_aszFilterMethodTitle [fmID]);
-  
+
   return (title);
 }
 
@@ -492,24 +508,24 @@ int
 ProcessSignal::convertFilterGenerationNameToID (const char* const fgName)
 {
   int fgID = FILTER_GENERATION_INVALID;
-  
-  for (int i = 0; i < s_iFilterGenerationCount; i++)
+
+  for (int i = 0; i < s_iFilterGenerationCount; i++) {
     if (strcasecmp (fgName, s_aszFilterGenerationName[i]) == 0) {
       fgID = i;
       break;
     }
-    
-    return (fgID);
+  }
+  return (fgID);
 }
 
 const char *
 ProcessSignal::convertFilterGenerationIDToName (const int fgID)
 {
   static const char *name = "";
-  
+
   if (fgID >= 0 && fgID < s_iFilterGenerationCount)
     return (s_aszFilterGenerationName [fgID]);
-  
+
   return (name);
 }
 
@@ -517,10 +533,10 @@ const char *
 ProcessSignal::convertFilterGenerationIDToTitle (const int fgID)
 {
   static const char *name = "";
-  
+
   if (fgID >= 0 && fgID < s_iFilterGenerationCount)
     return (s_aszFilterGenerationTitle [fgID]);
-  
+
   return (name);
 }
 
@@ -528,22 +544,35 @@ void
 ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
 {
   double* input = new double [m_nSignalPoints];
-  int i;\r
+  int i;
+
+#if HAVE_OPENMP
+  #pragma omp parallel for
+#endif
   for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
     input[i] = constInput[i];
-  
+
   if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
+#if HAVE_OPENMP
+    #pragma omp parallel for
+#endif
     for (int i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) {
       int iDetFromCenter = i - (m_nSignalPoints / 2);
       input[i] *= m_dFocalLength / sqrt (m_dFocalLength * m_dFocalLength + iDetFromCenter * iDetFromCenter * m_dSignalInc * m_dSignalInc);
     }
   } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
+#if HAVE_OPENMP
+    #pragma omp parallel for
+#endif
     for (int i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) {
       int iDetFromCenter = i - (m_nSignalPoints / 2);
       input[i] *= m_dFocalLength * cos (iDetFromCenter * m_dSignalInc);
     }
-  }\r
+  }
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_CONVOLUTION) {
+#if HAVE_OPENMP
+    #pragma omp parallel for
+#endif
     for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
       output[i] = convolve (input, m_dSignalInc, i, m_nSignalPoints);
   } else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FOURIER) {
@@ -553,15 +582,18 @@ ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
     for (i = m_nSignalPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
       inputSignal[i] = 0;  // zeropad
     std::complex<double>* fftSignal = new std::complex<double> [m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, m_nFilterPoints, -1);\r
+    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, m_nFilterPoints, FORWARD);
     delete inputSignal;
+#if HAVE_OPENMP
+    #pragma omp parallel for
+#endif
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
       fftSignal[i] *= m_adFilter[i];
     double* inverseFourier = new double [m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, m_nFilterPoints, 1);\r
+    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, m_nFilterPoints, BACKWARD);
     delete fftSignal;
-    for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) 
-      output[i] = inverseFourier[i];\r
+    for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
+      output[i] = inverseFourier[i];
     delete inverseFourier;
   } else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FOURIER_TABLE) {
     double* inputSignal = new double [m_nFilterPoints];
@@ -570,88 +602,86 @@ ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
     for (i = m_nSignalPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
       inputSignal[i] = 0;  // zeropad
     std::complex<double>* fftSignal = new std::complex<double> [m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, -1);\r
+    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, FORWARD);
     delete inputSignal;
+#if HAVE_OPENMP
+    #pragma omp parallel for
+#endif
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
       fftSignal[i] *= m_adFilter[i];
     double* inverseFourier = new double [m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, 1);\r
+    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, BACKWARD);
     delete fftSignal;
-    for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) 
-      output[i] = inverseFourier[i];\r
+    for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
+      output[i] = inverseFourier[i];
     delete inverseFourier;
   }
 #if HAVE_FFTW
   else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_RFFTW) {
     for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
       m_adRealFftInput[i] = input[i];
-    
-    fftw_real* fftOutput = new fftw_real [ m_nFilterPoints ];
-    rfftw_one (m_realPlanForward, m_adRealFftInput, fftOutput);
+
+    fftw_execute (m_realPlanForward);
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
-      m_adRealFftSignal[i] = m_adFilter[i] * fftOutput[i];\r
-    delete [] fftOutput;
+      m_adRealFftSignal[i] = m_adFilter[i] * m_adRealFftOutput[i];
     for (i = m_nFilterPoints; i < m_nOutputPoints; i++)
-            m_adRealFftSignal[i] = 0;
-    
-    fftw_real* ifftOutput = new fftw_real [ m_nOutputPoints ];
-    rfftw_one (m_realPlanBackward, m_adRealFftSignal, ifftOutput);
+             m_adRealFftSignal[i] = 0;
+
+    fftw_execute (m_realPlanBackward);
     for (i = 0; i < m_nSignalPoints * m_iPreinterpolationFactor; i++)
-      output[i] = ifftOutput[i];\r
-    delete [] ifftOutput;
+      output[i] = m_adRealFftBackwardOutput[i];
   } else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FFTW) {
     for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
-      m_adComplexFftInput[i].re = input[i];
-    
-    fftw_complex* fftOutput = new fftw_complex [ m_nFilterPoints ];
-    fftw_one (m_complexPlanForward, m_adComplexFftInput, fftOutput);
+      m_adComplexFftInput[i][0] = input[i];
+
+    fftw_execute (m_complexPlanForward);
+#if HAVE_OPENMP
+    #pragma omp parallel for
+#endif
     for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
-      m_adComplexFftSignal[i].re = m_adFilter[i] * fftOutput[i].re;
-      m_adComplexFftSignal[i].im = m_adFilter[i] * fftOutput[i].im;
-    }\r
-    delete [] fftOutput;
-    fftw_complex* ifftOutput = new fftw_complex [ m_nOutputPoints ];
-    fftw_one (m_complexPlanBackward, m_adComplexFftSignal, ifftOutput);
-    for (i = 0; i < m_nSignalPoints * m_iPreinterpolationFactor; i++) 
-      output[i] = ifftOutput[i].re;\r
-    delete [] ifftOutput;
+      m_adComplexFftSignal[i][0] = m_adFilter[i] * m_adComplexFftOutput[i][0];
+      m_adComplexFftSignal[i][1] = m_adFilter[i] * m_adComplexFftOutput[i][1];
+    }
+    fftw_execute (m_complexPlanBackward);
+    for (i = 0; i < m_nSignalPoints * m_iPreinterpolationFactor; i++)
+      output[i] = m_adComplexFftBackwardOutput[i][0];
   }
-#endif\r
+#endif
   delete input;
 }
 
 
 /* NAME
-*    convolve                  Discrete convolution of two functions
+*    convolve                   Discrete convolution of two functions
 *
 * SYNOPSIS
 *    r = convolve (f1, f2, dx, n, np, func_type)
-*    double r                  Convolved result
-*    double f1[], f2[]         Functions to be convolved
-*    double dx                 Difference between successive x values
-*    int n                     Array index to center convolution about
-*    int np                    Number of points in f1 array
-*    int func_type             EVEN or ODD or EVEN_AND_ODD function f2
+*    double r                   Convolved result
+*    double f1[], f2[]          Functions to be convolved
+*    double dx                  Difference between successive x values
+*    int n                      Array index to center convolution about
+*    int np                     Number of points in f1 array
+*    int func_type              EVEN or ODD or EVEN_AND_ODD function f2
 *
 * NOTES
 *    f1 is the projection data, its indices range from 0 to np - 1.
 *    The index for f2, the filter, ranges from -(np-1) to (np-1).
 *    There are 3 ways to handle the negative vertices of f2:
-*      1. If we know f2 is an EVEN function, then f2[-n] = f2[n].
-*         All filters used in reconstruction are even.
-*      2. If we know f2 is an ODD function, then f2[-n] = -f2[n] 
+*       1. If we know f2 is an EVEN function, then f2[-n] = f2[n].
+*          All filters used in reconstruction are even.
+*      2. If we know f2 is an ODD function, then f2[-n] = -f2[n]
 *      3. If f2 is both ODD AND EVEN, then we must store the value of f2
-*         for negative indices.  Since f2 must range from -(np-1) to (np-1),
-*         if we add (np - 1) to f2's array index, then f2's index will
-*         range from 0 to 2 * (np - 1), and the origin, x = 0, will be
-*         stored at f2[np-1].
+*          for negative indices.  Since f2 must range from -(np-1) to (np-1),
+*          if we add (np - 1) to f2's array index, then f2's index will
+*          range from 0 to 2 * (np - 1), and the origin, x = 0, will be
+*          stored at f2[np-1].
 */
 
-double 
+double
 ProcessSignal::convolve (const double func[], const double dx, const int n, const int np) const
 {
   double sum = 0.0;
-  
+
 #if UNOPTIMIZED_CONVOLUTION
   for (int i = 0; i < np; i++)
     sum += func[i] * m_adFilter[n - i + (np - 1)];
@@ -660,16 +690,16 @@ ProcessSignal::convolve (const double func[], const double dx, const int n, cons
   for (int i = 0; i < np; i++)
     sum += *func++ * *f2--;
 #endif
-  
+
   return (sum * dx);
 }
 
 
-double 
+double
 ProcessSignal::convolve (const float func[], const double dx, const int n, const int np) const
 {
   double sum = 0.0;
-  
+
 #if UNOPTIMIZED_CONVOLUTION
   for (int i = 0; i < np; i++)
     sum += func[i] * m_adFilter[n - i + (np - 1)];
@@ -678,7 +708,7 @@ ProcessSignal::convolve (const float func[], const double dx, const int n, const
   for (int i = 0; i < np; i++)
     sum += *func++ * *f2--;
 #endif
-  
+
   return (sum * dx);
 }
 
@@ -687,10 +717,10 @@ void
 ProcessSignal::finiteFourierTransform (const double input[], double output[], const int n, int direction)
 {
   std::complex<double>* complexOutput = new std::complex<double> [n];
-  
+
   finiteFourierTransform (input, complexOutput, n, direction);
   for (int i = 0; i < n; i++)
-    output[i] = complexOutput[i].real();\r
+    output[i] = complexOutput[i].real();
   delete [] complexOutput;
 }
 
@@ -699,9 +729,9 @@ ProcessSignal::finiteFourierTransform (const double input[], std::complex<double
 {
   if (direction < 0)
     direction = -1;
-  else 
+  else
     direction = 1;
-  
+
   double angleIncrement = direction * 2 * PI / n;
   for (int i = 0; i < n; i++) {
     double sumReal = 0;
@@ -725,9 +755,9 @@ ProcessSignal::finiteFourierTransform (const std::complex<double> input[], std::
 {
   if (direction < 0)
     direction = -1;
-  else 
+  else
     direction = 1;
-  
+
   double angleIncrement = direction * 2 * PI / n;
   for (int i = 0; i < n; i++) {
     std::complex<double> sum (0,0);
@@ -748,9 +778,9 @@ ProcessSignal::finiteFourierTransform (const std::complex<double> input[], doubl
 {
   if (direction < 0)
     direction = -1;
-  else 
+  else
     direction = 1;
-  
+
   double angleIncrement = direction * 2 * PI / n;
   for (int i = 0; i < n; i++) {
     double sumReal = 0;
@@ -772,9 +802,9 @@ ProcessSignal::finiteFourierTransform (const double input[], std::complex<double
 {
   if (direction < 0)
     direction = -1;
-  else 
+  else
     direction = 1;
-  
+
   for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
     double sumReal = 0, sumImag = 0;
     for (int j = 0; j < m_nFilterPoints; j++) {
@@ -801,20 +831,20 @@ ProcessSignal::finiteFourierTransform (const std::complex<double> input[], std::
 {
   if (direction < 0)
     direction = -1;
-  else 
+  else
     direction = 1;
-  
+
   for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
     double sumReal = 0, sumImag = 0;
     for (int j = 0; j < m_nFilterPoints; j++) {
       int tableIndex = i * j;
       if (direction > 0) {
-        sumReal += input[j].real() * m_adFourierCosTable[tableIndex] 
+        sumReal += input[j].real() * m_adFourierCosTable[tableIndex]
           - input[j].imag() * m_adFourierSinTable[tableIndex];
         sumImag += input[j].real() * m_adFourierSinTable[tableIndex]
           + input[j].imag() * m_adFourierCosTable[tableIndex];
       } else {
-        sumReal += input[j].real() * m_adFourierCosTable[tableIndex] 
+        sumReal += input[j].real() * m_adFourierCosTable[tableIndex]
           - input[j].imag() * -m_adFourierSinTable[tableIndex];
         sumImag += input[j].real() * -m_adFourierSinTable[tableIndex]
           + input[j].imag() * m_adFourierCosTable[tableIndex];
@@ -833,18 +863,18 @@ ProcessSignal::finiteFourierTransform (const std::complex<double> input[], doubl
 {
   if (direction < 0)
     direction = -1;
-  else 
+  else
     direction = 1;
-  
+
   for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
     double sumReal = 0;
     for (int j = 0; j < m_nFilterPoints; j++) {
       int tableIndex = i * j;
       if (direction > 0) {
-        sumReal += input[j].real() * m_adFourierCosTable[tableIndex] 
+        sumReal += input[j].real() * m_adFourierCosTable[tableIndex]
           - input[j].imag() * m_adFourierSinTable[tableIndex];
       } else {
-        sumReal += input[j].real() * m_adFourierCosTable[tableIndex] 
+        sumReal += input[j].real() * m_adFourierCosTable[tableIndex]
           - input[j].imag() * -m_adFourierSinTable[tableIndex];
       }
     }
@@ -855,119 +885,19 @@ ProcessSignal::finiteFourierTransform (const std::complex<double> input[], doubl
   }
 }
 
-// Odd Number of Points
-//   Natural Frequency Order: -(n-1)/2...-1,0,1...(n-1)/2
-//   Fourier Frequency Order: 0, 1..(n-1)/2,-(n-1)/2...-1
-// Even Number of Points
-//   Natural Frequency Order: -n/2...-1,0,1...((n/2)-1)
-//   Fourier Frequency Order: 0,1...((n/2)-1),-n/2...-1
-
-void\r
-ProcessSignal::shuffleNaturalToFourierOrder (double* pdVector, const int n)\r
-{\r
-  double* pdTemp = new double [n];\r
-  int i;\r
-  if (n % 2) { // Odd\r
-    int iHalfN = (n - 1) / 2;\r
-    \r
-    pdTemp[0] = pdVector[iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1] = pdVector[i + 1 + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i];\r
-  } else {     // Even\r
-    int iHalfN = n / 2;\r
-    pdTemp[0] = pdVector[iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1] = pdVector[i + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN - 1; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i];\r
-  }\r
-  \r
-  for (i = 0; i < n; i++)\r
-    pdVector[i] = pdTemp[i];\r
-  delete pdTemp;\r
-}\r
-\r
-void\r
-ProcessSignal::shuffleNaturalToFourierOrder (std::complex<double>* pdVector, const int n)\r
-{\r
-  std::complex<double>* pdTemp = new std::complex<double> [n];\r
-  int i;\r
-  if (n % 2) { // Odd\r
-    int iHalfN = (n - 1) / 2;\r
-    \r
-    pdTemp[0] = pdVector[iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1] = pdVector[i + 1 + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i];\r
-  } else {     // Even\r
-    int iHalfN = n / 2;\r
-    pdTemp[0] = pdVector[iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1] = pdVector[i + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN - 1; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i];\r
-  }\r
-  \r
-  for (i = 0; i < n; i++)\r
-    pdVector[i] = pdTemp[i];\r
-  delete [] pdTemp;\r
-}\r
-\r
-
-void\r
-ProcessSignal::shuffleFourierToNaturalOrder (double* pdVector, const int n)\r
-{\r
-  double* pdTemp = new double [n];\r
-  int i;\r
-  if (n % 2) { // Odd\r
-    int iHalfN = (n - 1) / 2;\r
-    \r
-    pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1 + iHalfN] = pdVector[i + 1];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i] = pdVector[i + iHalfN + 1];\r
-  } else {     // Even\r
-    int iHalfN = n / 2;\r
-    pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i] = pdVector[i + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN - 1; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i+1];\r
-  }\r
-  \r
-  for (i = 0; i < n; i++)\r
-    pdVector[i] = pdTemp[i];\r
-  delete pdTemp;\r
-}\r
-\r
-void\r
-ProcessSignal::shuffleFourierToNaturalOrder (std::complex<double>* pdVector, const int n)\r
-{\r
-  std::complex<double>* pdTemp = new std::complex<double> [n];\r
-  int i;\r
-  if (n % 2) { // Odd\r
-    int iHalfN = (n - 1) / 2;\r
-    \r
-    pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i + 1 + iHalfN] = pdVector[i + 1];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i] = pdVector[i + iHalfN + 1];\r
-  } else {     // Even\r
-    int iHalfN = n / 2;\r
-    pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN; i++)\r
-      pdTemp[i] = pdVector[i + iHalfN];\r
-    for (i = 0; i < iHalfN - 1; i++)\r
-      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i+1];\r
-  }\r
-  \r
-  for (i = 0; i < n; i++)\r
-    pdVector[i] = pdTemp[i];\r
-  delete [] pdTemp;\r
-}\r
-\r
+
+int
+ProcessSignal::addZeropadFactor (int n, int iZeropad)
+{
+  if (iZeropad > 0) {
+    double dLogBase2 = log(n) / log(2);
+    int iLogBase2 = static_cast<int>(floor (dLogBase2));
+    int iPaddedN = 1 << (iLogBase2 + iZeropad);
+#ifdef DEBUG
+    sys_error (ERR_TRACE, "Zeropadding %d to %d", n, iPaddedN);
+#endif
+    return iPaddedN;
+  }
+
+  return n;
+}