r246: More modifications for MSVC
[ctsim.git] / libctsim / procsignal.cpp
index 9fdbb682a1fbb07f9aa30022178bd25e5fafd1e7..db00df703287c9e9a045e3bcc8a2091b70d7d2da 100644 (file)
@@ -9,7 +9,7 @@
 **  This is part of the CTSim program
 **  Copyright (C) 1983-2000 Kevin Rosenberg
 **
-**  $Id: procsignal.cpp,v 1.1 2000/08/19 23:00:05 kevin Exp $
+**  $Id: procsignal.cpp,v 1.8 2000/12/06 01:46:43 kevin Exp $
 **
 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
@@ -49,8 +49,8 @@ const char* ProcessSignal::s_aszFilterMethodName[] = {
 };
 const char* ProcessSignal::s_aszFilterMethodTitle[] = {
   {"Convolution"},
-  {"Direct Fourier"},
-  {"Fouier Trigometric Table Lookout"},
+  {"Fourier"},
+  {"Fouier Trigometric Table"},
   {"FFT"},
 #if HAVE_FFTW
   {"FFTW"},
@@ -77,7 +77,7 @@ const int ProcessSignal::s_iFilterGenerationCount = sizeof(s_aszFilterGeneration
 // CLASS IDENTIFICATION
 //   ProcessSignal
 //
-ProcessSignal::ProcessSignal (const char* szFilterName, const char* szFilterMethodName, double dBandwidth, double dSignalIncrement, int nSignalPoints, double dFilterParam, const char* szDomainName, const char* szFilterGenerationName, int iZeropad = 0, int iPreinterpolationFactor = 1)
+ProcessSignal::ProcessSignal (const char* szFilterName, const char* szFilterMethodName, double dBandwidth, double dSignalIncrement, int nSignalPoints, double dFilterParam, const char* szDomainName, const char* szFilterGenerationName, int iZeropad, int iPreinterpolationFactor, int iTraceLevel, int iGeometry, double dFocalLength, SGP* pSGP)
     : m_adFourierCosTable(NULL), m_adFourierSinTable(NULL), m_adFilter(NULL), m_fail(false)
 {
   m_idFilterMethod = convertFilterMethodNameToID (szFilterMethodName);
@@ -109,22 +109,25 @@ ProcessSignal::ProcessSignal (const char* szFilterName, const char* szFilterMeth
     return;
   }
 
-  init (m_idFilter, m_idFilterMethod, dBandwidth, dSignalIncrement, nSignalPoints, dFilterParam, m_idDomain, m_idFilterGeneration, iZeropad, iPreinterpolationFactor);
+  init (m_idFilter, m_idFilterMethod, dBandwidth, dSignalIncrement, nSignalPoints, dFilterParam, m_idDomain, m_idFilterGeneration, iZeropad, iPreinterpolationFactor, iTraceLevel, iGeometry, dFocalLength, pSGP);
 }
 
 
 void
-ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandwidth, double dSignalIncrement, int nSignalPoints, double dFilterParam, const int idDomain, const int idFilterGeneration, const int iZeropad, const int iPreinterpolationFactor)
+ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandwidth, double dSignalIncrement, int nSignalPoints, double dFilterParam, const int idDomain, const int idFilterGeneration, const int iZeropad, const int iPreinterpolationFactor, int iTraceLevel, int iGeometry, double dFocalLength, SGP* pSGP)
 {
   m_idFilter = idFilter;
   m_idDomain = idDomain;
   m_idFilterMethod = idFilterMethod;
   m_idFilterGeneration = idFilterGeneration;
+  m_idGeometry = iGeometry;
+  m_dFocalLength = dFocalLength;
+
   if (m_idFilter == SignalFilter::FILTER_INVALID || m_idDomain == SignalFilter::DOMAIN_INVALID || m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_INVALID || m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_INVALID) {
     m_fail = true;
     return;
   }
-  m_traceLevel = TRACE_NONE;
+  m_traceLevel = iTraceLevel;
   m_nameFilterMethod = convertFilterMethodIDToName (m_idFilterMethod);
   m_nameFilterGeneration = convertFilterGenerationIDToName (m_idFilterGeneration);
   m_dBandwidth = dBandwidth;
@@ -134,6 +137,13 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
   m_iZeropad = iZeropad;
   m_iPreinterpolationFactor = iPreinterpolationFactor;
 
+  // scale signalInc/BW to signalInc/2 to adjust for imaginary detector
+  // through origin of phantom, see Kak-Slaney Fig 3.22, for Collinear
+  if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
+    m_dSignalInc /= 2;
+    m_dBandwidth *= 2;
+  }
+
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FFT) {
 #if HAVE_FFTW
     m_idFilterMethod = FILTER_METHOD_RFFTW;
@@ -152,7 +162,7 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
   if (! m_bFrequencyFiltering) {
 
     if (m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_DIRECT) {
-       m_nFilterPoints = 2 * m_nSignalPoints - 1;
+       m_nFilterPoints = 2 * (m_nSignalPoints - 1) + 1;
        m_dFilterMin = -m_dSignalInc * (m_nSignalPoints - 1);
        m_dFilterMax = m_dSignalInc * (m_nSignalPoints - 1);
        m_dFilterInc = (m_dFilterMax - m_dFilterMin) / (m_nFilterPoints - 1);
@@ -160,66 +170,227 @@ ProcessSignal::init (const int idFilter, const int idFilterMethod, double dBandw
        m_adFilter = new double[ m_nFilterPoints ];
        filter.copyFilterData (m_adFilter, 0, m_nFilterPoints);
     } else if (m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_INVERSE_FOURIER) {
-       m_nFilterPoints = m_nSignalPoints;
+       m_nFilterPoints = 2 * (m_nSignalPoints - 1) + 1;
        m_dFilterMin = -1. / (2 * m_dSignalInc);
        m_dFilterMax = 1. / (2 * m_dSignalInc);
        m_dFilterInc = (m_dFilterMax - m_dFilterMin) / (m_nFilterPoints - 1);
        SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, m_nFilterPoints, m_dBandwidth, m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_FREQUENCY);
        m_adFilter = new double[ m_nFilterPoints ];
-       double adFrequencyFilter [m_nFilterPoints];
-       double adInverseFilter [m_nFilterPoints];
+       double* adFrequencyFilter = new double [m_nFilterPoints];
        filter.copyFilterData (adFrequencyFilter, 0, m_nFilterPoints);
+#ifdef HAVE_SGP
+       EZPlot* pEZPlot = NULL;
+       if (pSGP && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
+         pEZPlot = new EZPlot (*pSGP);
+         pEZPlot->ezset ("title Filter Response: Natural Order");
+         pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
+         pEZPlot->addCurve (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
+         pEZPlot->plot();
+       }
+#endif     
        shuffleNaturalToFourierOrder (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
-       ProcessSignal::finiteFourierTransform (adFrequencyFilter, adInverseFilter, m_nFilterPoints, 1);
-       for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
-           m_adFilter [i] = adInverseFilter[i];
-    }
-  } 
-
-  // Frequency-based filtering
-  else if (m_bFrequencyFiltering) {
-
-    // calculate number of filter points with zeropadding
-    m_nFilterPoints = m_nSignalPoints;
-    if (m_iZeropad > 0) {
-      double logBase2 = log(m_nSignalPoints) / log(2);
-      int nextPowerOf2 = static_cast<int>(floor(logBase2));
-      if (logBase2 != floor(logBase2))
-       nextPowerOf2++;
-      nextPowerOf2 += (m_iZeropad - 1);
-      m_nFilterPoints = 1 << nextPowerOf2;
-      if (m_traceLevel >= TRACE_TEXT)
-       cout << "nFilterPoints = " << m_nFilterPoints << endl;
+#ifdef HAVE_SGP
+       if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
+         pEZPlot->ezset ("title Filter Response: Fourier Order");
+         pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
+         pEZPlot->ezset ("yporigin 0.25");
+         pEZPlot->addCurve (adFrequencyFilter, m_nFilterPoints);
+         pEZPlot->plot();
+       }
+#endif
+       ProcessSignal::finiteFourierTransform (adFrequencyFilter, m_adFilter, m_nFilterPoints, -1);
+       delete adFrequencyFilter;\r
+#ifdef HAVE_SGP
+       if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
+         pEZPlot->ezset ("title Inverse Fourier Frequency: Fourier Order");
+         pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
+         pEZPlot->ezset ("yporigin 0.50");
+         pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+         pEZPlot->plot();
+       }
+#endif
+       shuffleFourierToNaturalOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+#ifdef HAVE_SGP
+       if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
+         pEZPlot->ezset ("title Inverse Fourier Frequency: Natural Order");
+         pEZPlot->ezset ("ylength 0.25");
+         pEZPlot->ezset ("yporigin 0.75");
+         pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+         pEZPlot->plot();
+         delete pEZPlot;
+       }
+#endif
+       for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
+           m_adFilter[i] /= m_dSignalInc;
+       }
     }
-    m_nOutputPoints = m_nFilterPoints * m_iPreinterpolationFactor;
+    if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
+       for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
+           m_adFilter[i] *= 0.5;
+    } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
+       for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
+         int iDetFromZero = i - ((m_nFilterPoints - 1) / 2);
+         double sinScale = sin (iDetFromZero * m_dSignalInc);
+         if (fabs(sinScale) < 1E-7)
+             sinScale = 1;
+         else
+             sinScale = (iDetFromZero * m_dSignalInc) / sinScale;
+         double dScale = 0.5 * sinScale * sinScale;
+         m_adFilter[i] *= dScale;
+       }
+    } // if (geometry)
+  } // if (spatial filtering)
+
+  else if (m_bFrequencyFiltering) {  // Frequency-based filtering
 
     if (m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_DIRECT) {
+      // calculate number of filter points with zeropadding
+      m_nFilterPoints = m_nSignalPoints;
+      if (m_iZeropad > 0) {
+       double logBase2 = log(m_nFilterPoints) / log(2);
+       int nextPowerOf2 = static_cast<int>(floor(logBase2));
+       if (logBase2 != floor(logBase2))
+         nextPowerOf2++;
+       nextPowerOf2 += (m_iZeropad - 1);
+       m_nFilterPoints = 1 << nextPowerOf2;
+#ifdef DEBUG
+       if (m_traceLevel >= Trace::TRACE_CONSOLE)
+         cout << "nFilterPoints = " << m_nFilterPoints << endl;
+#endif
+      }
+      m_nOutputPoints = m_nFilterPoints * m_iPreinterpolationFactor;
+
+      if (m_nFilterPoints % 2) { // Odd
        m_dFilterMin = -1. / (2 * m_dSignalInc);
        m_dFilterMax = 1. / (2 * m_dSignalInc);
        m_dFilterInc = (m_dFilterMax - m_dFilterMin) / (m_nFilterPoints - 1);
-       SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, m_nFilterPoints, m_dBandwidth, m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_FREQUENCY);
-       m_adFilter = new double [m_nFilterPoints];
-       filter.copyFilterData (m_adFilter, 0, m_nFilterPoints);
-       shuffleNaturalToFourierOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+      } else { // Even
+       m_dFilterMin = -1. / (2 * m_dSignalInc);
+       m_dFilterMax = 1. / (2 * m_dSignalInc);
+       m_dFilterInc = (m_dFilterMax - m_dFilterMin) / m_nFilterPoints;
+       m_dFilterMax -= m_dFilterInc;
+      }
+
+      SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, m_nFilterPoints, m_dBandwidth, m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_FREQUENCY);
+      m_adFilter = new double [m_nFilterPoints];
+      filter.copyFilterData (m_adFilter, 0, m_nFilterPoints);
+
+      // This doesn't work!
+      // Need to add filtering for divergent geometries & Frequency/Direct filtering
+      if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
+       for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
+         m_adFilter[i] *= 0.5;
+      } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
+       for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
+         int iDetFromZero = i - ((m_nFilterPoints - 1) / 2);
+         double sinScale = sin (iDetFromZero * m_dSignalInc);
+         if (fabs(sinScale) < 1E-7)
+           sinScale = 1;
+         else
+           sinScale = (iDetFromZero * m_dSignalInc) / sinScale;
+         double dScale = 0.5 * sinScale * sinScale;
+         m_adFilter[i] *= dScale;
+       }
+      }
+#ifdef HAVE_SGP
+      EZPlot* pEZPlot = NULL;
+      if (pSGP && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
+       pEZPlot = new EZPlot (*pSGP);
+       pEZPlot->ezset ("title Filter Filter: Natural Order");
+       pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
+       pEZPlot->ezset ("yporigin 0.00");
+       pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+       pEZPlot->plot();
+      }
+#endif
+      shuffleNaturalToFourierOrder (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+#ifdef HAVE_SGP
+      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
+       pEZPlot->ezset ("title Filter Filter: Fourier Order");
+       pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
+       pEZPlot->ezset ("yporigin 0.50");
+       pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+       pEZPlot->plot();
+       delete pEZPlot;
+      }
+#endif
     } else if (m_idFilterGeneration == FILTER_GENERATION_INVERSE_FOURIER) {
-       m_nFilterPoints = 2 * m_nSignalPoints - 1;
-       m_dFilterMin = -m_dSignalInc * (m_nSignalPoints - 1);
-       m_dFilterMax = m_dSignalInc * (m_nSignalPoints - 1);
-       m_dFilterInc = (m_dFilterMax - m_dFilterMin) / (m_nFilterPoints - 1);
-       double adSpatialFilter [m_nFilterPoints];
-       double adInverseFilter [m_nFilterPoints];
-       SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, m_nFilterPoints, m_dBandwidth, m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_SPATIAL);
-       filter.copyFilterData (adSpatialFilter, 0, m_nFilterPoints);
-       m_adFilter = new double [m_nFilterPoints];
-       finiteFourierTransform (adSpatialFilter, adInverseFilter, m_nFilterPoints, -1);
+      // calculate number of filter points with zeropadding
+      int nSpatialPoints = 2 * (m_nSignalPoints - 1) + 1;
+      m_dFilterMin = -m_dSignalInc * (m_nSignalPoints - 1);
+      m_dFilterMax = m_dSignalInc * (m_nSignalPoints - 1);
+      m_dFilterInc = (m_dFilterMax - m_dFilterMin) / (nSpatialPoints - 1);
+      m_nFilterPoints = nSpatialPoints;
+      if (m_iZeropad > 0) {
+       double logBase2 = log(nSpatialPoints) / log(2);
+       int nextPowerOf2 = static_cast<int>(floor(logBase2));
+       if (logBase2 != floor(logBase2))
+         nextPowerOf2++;
+       nextPowerOf2 += (m_iZeropad - 1);
+       m_nFilterPoints = 1 << nextPowerOf2;
+      }
+      m_nOutputPoints = m_nFilterPoints * m_iPreinterpolationFactor;
+#ifdef DEBUG
+      if (m_traceLevel >= Trace::TRACE_CONSOLE)
+       cout << "nFilterPoints = " << m_nFilterPoints << endl;
+#endif
+      double* adSpatialFilter = new double [m_nFilterPoints];\r
+      SignalFilter filter (m_idFilter, m_dFilterMin, m_dFilterMax, nSpatialPoints, m_dBandwidth, m_dFilterParam, SignalFilter::DOMAIN_SPATIAL);
+      filter.copyFilterData (adSpatialFilter, 0, nSpatialPoints);
+#ifdef HAVE_SGP
+      EZPlot* pEZPlot = NULL;
+      if (pSGP && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
+       pEZPlot = new EZPlot (*pSGP);
+       pEZPlot->ezset ("title Spatial Filter: Natural Order");
+       pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
+       pEZPlot->ezset ("yporigin 0.00");
+       pEZPlot->addCurve (adSpatialFilter, nSpatialPoints);
+       pEZPlot->plot();
+       delete pEZPlot;
+      }
+#endif
+      if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
        for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
-           m_adFilter [i] = adInverseFilter[i];
+         adSpatialFilter[i] *= 0.5;
+      } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
+       for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++) {
+         int iDetFromZero = i - ((m_nFilterPoints - 1) / 2);
+         double sinScale = sin (iDetFromZero * m_dSignalInc);
+         if (fabs(sinScale) < 1E-7)
+           sinScale = 1;
+         else
+           sinScale = (iDetFromZero * m_dSignalInc) / sinScale;
+         double dScale = 0.5 * sinScale * sinScale;
+         adSpatialFilter[i] *= dScale;
+       }
+      }\r
+         int i;
+      for (i = nSpatialPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
+       adSpatialFilter[i] = 0;
+
+      m_adFilter = new double [m_nFilterPoints];
+      complex<double>* acInverseFilter = new complex<double> [m_nFilterPoints];\r
+      finiteFourierTransform (adSpatialFilter, acInverseFilter, m_nFilterPoints, 1);
+       delete adSpatialFilter;\r
+       for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
+         m_adFilter[i] = abs(acInverseFilter[i]) * m_dSignalInc;
+       delete acInverseFilter;\r
+#ifdef HAVE_SGP
+      if (pEZPlot && m_traceLevel >= Trace::TRACE_PLOT) {
+       pEZPlot->ezset ("title Spatial Filter: Inverse");
+       pEZPlot->ezset ("ylength 0.50");
+       pEZPlot->ezset ("yporigin 0.50");
+       pEZPlot->addCurve (m_adFilter, m_nFilterPoints);
+       pEZPlot->plot();
+       delete pEZPlot;\r
       }
+#endif
     }
-
+  }
+  
   // precalculate sin and cosine tables for fourier transform
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FOURIER_TABLE) {
-    int nFourier = max(m_nFilterPoints,m_nOutputPoints) * max(m_nFilterPoints, m_nOutputPoints) + 1;
+    int nFourier = imax (m_nFilterPoints,m_nOutputPoints) * imax (m_nFilterPoints, m_nOutputPoints) + 1;
     double angleIncrement = (2. * PI) / m_nFilterPoints;
     m_adFourierCosTable = new double[ nFourier ];
     m_adFourierSinTable = new double[ nFourier ];
@@ -262,6 +433,7 @@ ProcessSignal::~ProcessSignal (void)
 {
     delete [] m_adFourierSinTable;
     delete [] m_adFourierCosTable;
+    delete [] m_adFilter;
 
 #if HAVE_FFTW
     if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FFTW) {
@@ -353,39 +525,61 @@ ProcessSignal::convertFilterGenerationIDToTitle (const int fgID)
 }
 
 void
-ProcessSignal::filterSignal (const float input[], double output[]) const
+ProcessSignal::filterSignal (const float constInput[], double output[]) const
 {
+  double* input = new double [m_nSignalPoints];
+  int i;\r
+  for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
+    input[i] = constInput[i];
+
+  if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUILINEAR) {
+    for (int i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) {
+      int iDetFromCenter = i - (m_nSignalPoints / 2);
+      input[i] *= m_dFocalLength / sqrt (m_dFocalLength * m_dFocalLength + iDetFromCenter * iDetFromCenter * m_dSignalInc * m_dSignalInc);
+    }
+  } else if (m_idGeometry == Scanner::GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
+    for (int i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) {
+      int iDetFromCenter = i - (m_nSignalPoints / 2);
+      input[i] *= m_dFocalLength * cos (iDetFromCenter * m_dSignalInc);
+    }
+  }\r
   if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_CONVOLUTION) {
-    for (int i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
-      output[i] = convolve (input, m_dSignalInc, i, m_nSignalPoints);
+      for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
+       output[i] = convolve (input, m_dSignalInc, i, m_nSignalPoints);
   } else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FOURIER) {
-    double inputSignal[m_nFilterPoints];
-    for (int i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
+    double* inputSignal = new double [m_nFilterPoints];
+    for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
       inputSignal[i] = input[i];
-    for (int i = m_nSignalPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
+    for (i = m_nSignalPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
       inputSignal[i] = 0;  // zeropad
-    complex<double> fftSignal[m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, m_nFilterPoints, -1);
-    for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
+    complex<double>* fftSignal = new complex<double> [m_nFilterPoints];
+    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, m_nFilterPoints, -1);\r
+       delete inputSignal;
+    for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
       fftSignal[i] *= m_adFilter[i];
-    double inverseFourier[m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, m_nFilterPoints, 1);
-    for (int i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) 
-      output[i] = inverseFourier[i];
+    double* inverseFourier = new double [m_nFilterPoints];
+    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, m_nFilterPoints, 1);\r
+       delete fftSignal;
+    for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) 
+      output[i] = inverseFourier[i];\r
+       delete inverseFourier;
   } else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_FOURIER_TABLE) {
-    double inputSignal[m_nFilterPoints];
-    for (int i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
+    double* inputSignal = new double [m_nFilterPoints];
+    for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++)
       inputSignal[i] = input[i];
-    for (int i = m_nSignalPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
+    for (i = m_nSignalPoints; i < m_nFilterPoints; i++)
       inputSignal[i] = 0;  // zeropad
-    complex<double> fftSignal[m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, -1);
-    for (int i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
+    complex<double>* fftSignal = new complex<double> [m_nFilterPoints];
+    finiteFourierTransform (inputSignal, fftSignal, -1);\r
+       delete inputSignal;
+    for (i = 0; i < m_nFilterPoints; i++)
       fftSignal[i] *= m_adFilter[i];
-    double inverseFourier[m_nFilterPoints];
-    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, 1);
-    for (int i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) 
-      output[i] = inverseFourier[i];
+    double* inverseFourier = new double [m_nFilterPoints];
+    finiteFourierTransform (fftSignal, inverseFourier, 1);\r
+       delete fftSignal;
+    for (i = 0; i < m_nSignalPoints; i++) 
+      output[i] = inverseFourier[i];\r
+       delete inverseFourier;
   }
 #if HAVE_FFTW
   else if (m_idFilterMethod == FILTER_METHOD_RFFTW) {
@@ -418,7 +612,8 @@ ProcessSignal::filterSignal (const float input[], double output[]) const
       for (int i = 0; i < m_nSignalPoints * m_iPreinterpolationFactor; i++) 
          output[i] = ifftOutput[i].re;
   }
-#endif
+#endif\r
+  delete input;
 }
 
 
@@ -487,11 +682,12 @@ for (int i = 0; i < np; i++)
 void
 ProcessSignal::finiteFourierTransform (const double input[], double output[], const int n, int direction)
 {
-    complex<double> complexOutput[n];
+    complex<double>* complexOutput = new complex<double> [n];
 
     finiteFourierTransform (input, complexOutput, n, direction);
     for (int i = 0; i < n; i++)
-       output[i] = abs(complexOutput[n]);
+       output[i] = complexOutput[i].real();\r
+       delete [] complexOutput;
 }
 
 void
@@ -665,21 +861,26 @@ ProcessSignal::finiteFourierTransform (const complex<double> input[], double out
 void
 ProcessSignal::shuffleNaturalToFourierOrder (double* pdVector, const int n)
 {
-  double* pdTemp = new double [n];
+  double* pdTemp = new double [n];\r
+  int i;
   if (n % 2) { // Odd
     int iHalfN = (n - 1) / 2;
     
     pdTemp[0] = pdVector[iHalfN];
-    for (int i = 1; i <= iHalfN; i++)
-      pdTemp[i] = pdVector[i+iHalfN];
-    for (int i = iHalfN+1; i < n; i++)
-      pdTemp[i] = pdVector[i-iHalfN];
+    for (i = 0; i < iHalfN; i++)
+      pdTemp[i + 1] = pdVector[i + 1 + iHalfN];
+    for (i = 0; i < iHalfN; i++)
+      pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i];
   } else {     // Even
       int iHalfN = n / 2;
       pdTemp[0] = pdVector[iHalfN];
+      for (i = 0; i < iHalfN; i++)
+       pdTemp[i + 1] = pdVector[i + iHalfN];
+      for (i = 0; i < iHalfN - 1; i++)
+       pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i];
   }
 
-  for (int i = 0; i < n; i++)
+  for (i = 0; i < n; i++)
     pdVector[i] = pdTemp[i];
   delete pdTemp;
 }
@@ -688,21 +889,26 @@ ProcessSignal::shuffleNaturalToFourierOrder (double* pdVector, const int n)
 void
 ProcessSignal::shuffleFourierToNaturalOrder (double* pdVector, const int n)
 {
-  double* pdTemp = new double [n];
+  double* pdTemp = new double [n];\r
+  int i;
   if (n % 2) { // Odd
     int iHalfN = (n - 1) / 2;
     
-    pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];
-    for (int i = 1; i <= iHalfN; i++)
-      pdTemp[i] = pdVector[i+iHalfN];
-    for (int i = iHalfN+1; i < n; i++)
-      pdTemp[i] = pdVector[i-iHalfN];
+    pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];\r
+       for (i = 0; i < iHalfN; i++)
+      pdTemp[i + 1 + iHalfN] = pdVector[i + 1];
+    for (i = 0; i < iHalfN; i++)
+      pdTemp[i] = pdVector[i + iHalfN + 1];
   } else {     // Even
       int iHalfN = n / 2;
       pdTemp[iHalfN] = pdVector[0];
+      for (i = 0; i < iHalfN; i++)
+       pdTemp[i] = pdVector[i + iHalfN];
+      for (i = 0; i < iHalfN - 1; i++)
+       pdTemp[i + iHalfN + 1] = pdVector[i+1];
   }
 
-  for (int i = 0; i < n; i++)
+  for (i = 0; i < n; i++)
     pdVector[i] = pdTemp[i];
   delete pdTemp;
 }