r591: Added Center-Detector length to scanning and reconstruction
[ctsim.git] / libctsim / scanner.cpp
index ef72c5b4cc99a7672a9d3ba2a25eac03a8d26edf..2314595219d76c45801d1a8dbf8a57f91de10f05 100644 (file)
@@ -7,9 +7,9 @@
 **   Date Started:  1984
 **
 **  This is part of the CTSim program
-**  Copyright (C) 1983-2000 Kevin Rosenberg
+**  Copyright (c) 1983-2001 Kevin Rosenberg
 **
-**  $Id: scanner.cpp,v 1.13 2000/08/31 08:38:58 kevin Exp $
+**  $Id: scanner.cpp,v 1.33 2001/03/01 07:30:49 kevin Exp $
 **
 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
@@ -71,21 +71,22 @@ DetectorArray::~DetectorArray (void)
 
 
 /* NAME
- *   Scanner::Scanner          Construct a user specified detector structure
- *
- * SYNOPSIS
- *   Scanner (phm, nDet, nView, nSample)
- *   Phantom& phm              PHANTOM that we are making detector for
- *   int geomety                Geometry of detector
- *   int nDet                  Number of detector along detector array
- *   int nView                 Number of rotated views
- *   int nSample               Number of rays per detector
- */
-
-Scanner::Scanner (const Phantom& phm, const char* const geometryName, int nDet, int nView, int nSample, const double rot_anglen, const double dFocalLengthRatio, const double dFieldOfViewRatio)
-{
-  m_phmLen = phm.maxAxisLength();      // maximal length along an axis
+*   Scanner::Scanner           Construct a user specified detector structure
+*
+* SYNOPSIS
+*   Scanner (phm, nDet, nView, nSample)
+*   Phantom& phm               PHANTOM that we are making detector for
+*   int geomety                Geometry of detector
+*   int nDet                   Number of detector along detector array
+*   int nView                  Number of rotated views
+*   int nSample                Number of rays per detector
+*/
 
+Scanner::Scanner (const Phantom& phm, const char* const geometryName, 
+                  int nDet, int nView, int nSample, const double rot_anglen, 
+                  const double dFocalLengthRatio, const double dCenterDetectorRatio,
+                  const double dViewRatio, const double dScanRatio)
+{
   m_fail = false;
   m_idGeometry = convertGeometryNameToID (geometryName);
   if (m_idGeometry == GEOMETRY_INVALID) {
@@ -94,95 +95,113 @@ Scanner::Scanner (const Phantom& phm, const char* const geometryName, int nDet,
     m_failMessage += geometryName;
     return;
   }
-
-  if (nView < 1)
-    nView = 1;
+  
+  if (nView < 1 || nDet < 1) {
+    m_fail = true;
+    m_failMessage = "nView & nDet must be greater than 0";
+    return;
+  }
   if (nSample < 1)
     m_nSample = 1;
-  if (nDet < 1)
-    nDet = 1;
-
+  
   m_nDet     = nDet;
   m_nView    = nView;
   m_nSample  = nSample;
   m_dFocalLengthRatio = dFocalLengthRatio;
-  m_dFieldOfViewRatio = dFieldOfViewRatio;
-  m_dFocalLength = (m_phmLen * SQRT2 / 2) * dFocalLengthRatio;
-  m_dFieldOfView = m_phmLen * SQRT2 * dFieldOfViewRatio;
-
+  m_dCenterDetectorRatio = dCenterDetectorRatio;
+  m_dViewRatio = dViewRatio;
+  m_dScanRatio = dScanRatio;
+
+  m_dViewDiameter = phm.getDiameterBoundaryCircle() * m_dViewRatio;
+  m_dFocalLength = (m_dViewDiameter / 2) * m_dFocalLengthRatio;
+  m_dCenterDetectorLength = (m_dViewDiameter / 2) * m_dCenterDetectorRatio;
+  m_dSourceDetectorLength = m_dFocalLength + m_dCenterDetectorLength;
+  m_dScanDiameter = m_dViewDiameter * m_dScanRatio;
+  
   m_dXCenter = phm.xmin() + (phm.xmax() - phm.xmin()) / 2;
   m_dYCenter = phm.ymin() + (phm.ymax() - phm.ymin()) / 2;
   m_rotLen  = rot_anglen;
   m_rotInc  = m_rotLen / m_nView;
   if (m_idGeometry == GEOMETRY_PARALLEL) {
-    m_detLen   = m_dFieldOfView;
+    m_dFanBeamAngle = 0;
+    m_detLen   = m_dScanDiameter;
     m_detInc  = m_detLen / m_nDet;
-    
+    double dDetectorArrayEndOffset = 0;
+    // For even number of detectors, make detInc slightly larger so that center lies
+    // at nDet/2. Also, extend detector array by one detInc so that all of the phantom is scanned
+    if (m_nDet % 2 == 0) { // Adjust for Even number of detectors
+      m_detInc = m_detLen / (m_nDet - 1); // center detector = (nDet/2)
+      dDetectorArrayEndOffset = m_detInc;
+    }
+
     double dHalfDetLen = m_detLen / 2;
-    m_initPos.xs1 = m_dXCenter - m_dFocalLength;
-    m_initPos.ys1 = m_dYCenter + dHalfDetLen;
-    m_initPos.xs2 = m_dXCenter + m_dFocalLength;
-    m_initPos.ys2 = m_dYCenter + dHalfDetLen;
-    m_initPos.xd1 = m_dXCenter - m_dFocalLength;
-    m_initPos.yd1 = m_dYCenter - dHalfDetLen;
-    m_initPos.xd2 = m_dXCenter + m_dFocalLength;
-    m_initPos.yd2 = m_dYCenter - dHalfDetLen;
+    m_initPos.xs1 = m_dXCenter - dHalfDetLen;
+    m_initPos.ys1 = m_dYCenter + m_dFocalLength;
+    m_initPos.xs2 = m_dXCenter + dHalfDetLen + dDetectorArrayEndOffset;
+    m_initPos.ys2 = m_dYCenter + m_dFocalLength;
+    m_initPos.xd1 = m_dXCenter - dHalfDetLen;
+    m_initPos.yd1 = m_dYCenter - m_dCenterDetectorLength;
+    m_initPos.xd2 = m_dXCenter + dHalfDetLen + dDetectorArrayEndOffset;
+    m_initPos.yd2 = m_dYCenter - m_dCenterDetectorLength;
     m_initPos.angle = 0.0;
   } else if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUILINEAR) {
-#if 0
-    double dAngle = (m_dFieldOfView / 2) / cos (asin (m_dFieldOfView / 2 / m_dFocalLength));
-#else
-    double dHalfSquare = m_dFieldOfView / SQRT2 / 2;
-    double dFocalPastPhm = m_dFocalLength - dHalfSquare;
-    if (dFocalPastPhm <= 0.) {
+  if (m_dScanDiameter / 2 >= m_dFocalLength) {
       m_fail = true;
-      m_failMessage = "Focal Point inside of phantom";
+      m_failMessage = "Invalid geometry: Focal length must be larger than scan length";
       return;
     }
-    double dAngle = atan( dHalfSquare / dFocalPastPhm );
-#endif
-    double dHalfDetLen = 2 * m_dFocalLength * tan (dAngle);
 
+    const double dAngle = asin ((m_dScanDiameter / 2) / m_dFocalLength);
+    const double dHalfDetLen = m_dSourceDetectorLength * tan (dAngle);
+    
     m_detLen = dHalfDetLen * 2;
     m_detInc  = m_detLen / m_nDet;
-    
+    double dDetectorArrayEndOffset = 0;
+    if (m_nDet % 2 == 0) { // Adjust for Even number of detectors
+      m_detInc = m_detLen / (m_nDet - 1); // center detector = (nDet/2)
+      dDetectorArrayEndOffset = m_detInc;
+    }
+  
+    m_dFanBeamAngle = dAngle * 2;
     m_initPos.angle = 0.0;
     m_initPos.xs1 = m_dXCenter;
     m_initPos.ys1 = m_dYCenter + m_dFocalLength;
     m_initPos.xs2 = m_dXCenter;
     m_initPos.ys2 = m_dYCenter + m_dFocalLength;
     m_initPos.xd1 = m_dXCenter - dHalfDetLen;
-    m_initPos.yd1 = m_dYCenter - m_dFocalLength;
-    m_initPos.xd2 = m_dXCenter + dHalfDetLen;
-    m_initPos.yd2 = m_dYCenter - m_dFocalLength;
+    m_initPos.yd1 = m_dYCenter - m_dCenterDetectorLength;
+    m_initPos.xd2 = m_dXCenter + dHalfDetLen + dDetectorArrayEndOffset;
+    m_initPos.yd2 = m_dYCenter - m_dCenterDetectorLength;
     m_initPos.angle = 0.0;
   } else if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
-#if 0
-    double dAngle = atan ((m_dFieldOfView / 2) / m_dFocalLength);
-#else
-    double dHalfSquare = m_dFieldOfView / SQRT2 / 2;
-    double dFocalPastPhm = m_dFocalLength - dHalfSquare;
-    if (dFocalPastPhm <= 0.) {
+    if (m_dScanDiameter / 2 > m_dFocalLength) {
       m_fail = true;
-      m_failMessage = "Focal Point inside of phantom";
+      m_failMessage = "Invalid geometry: Focal length must be larger than scan length";
       return;
     }
-    double dAngle =  atan ( dHalfSquare / dFocalPastPhm ); 
-#endif
+    const double dAngle = asin ((m_dScanDiameter / 2) / m_dFocalLength);
+
     m_detLen = 2 * dAngle;
     m_detInc = m_detLen / m_nDet;
-
-    m_dAngularDetIncrement = m_detInc * 2; // Angular Position 2x gamma angle
-    m_dAngularDetLen = m_detLen * 2;
+    double dDetectorArrayEndOffset = 0;
+    if (m_nDet % 2 == 0) { // Adjust for Even number of detectors
+      m_detInc = m_detLen / (m_nDet - 1); // center detector = (nDet/2)
+      dDetectorArrayEndOffset = m_detInc;
+    }
+    double dA1 = acos ((m_dScanDiameter / 2) / m_dCenterDetectorLength);
+    double dAngularScale = 2 * (HALFPI + dAngle - dA1) / m_detLen;
+    m_dAngularDetLen = dAngularScale * (m_detLen + dDetectorArrayEndOffset);
+    m_dAngularDetIncrement = dAngularScale * m_detInc;
     m_initPos.dAngularDet = -m_dAngularDetLen / 2;
-
+    
+    m_dFanBeamAngle = dAngle * 2;
     m_initPos.angle = 0;
     m_initPos.xs1 = m_dXCenter;
     m_initPos.ys1 = m_dYCenter + m_dFocalLength;;
     m_initPos.xs2 = m_dXCenter;
     m_initPos.ys2 = m_dYCenter + m_dFocalLength;
   }
-
+  
   // Calculate incrementatal rotation matrix 
   GRFMTX_2D temp;
   xlat_mtx2 (m_rotmtxIncrement, -m_dXCenter, -m_dYCenter);
@@ -202,10 +221,10 @@ const char*
 Scanner::convertGeometryIDToName (const int geomID)
 {
   const char *name = "";
-
+  
   if (geomID >= 0 && geomID < s_iGeometryCount)
-      return (s_aszGeometryName[geomID]);
-
+    return (s_aszGeometryName[geomID]);
+  
   return (name);
 }
 
@@ -213,37 +232,37 @@ const char*
 Scanner::convertGeometryIDToTitle (const int geomID)
 {
   const char *title = "";
-
+  
   if (geomID >= 0 && geomID < s_iGeometryCount)
-      return (s_aszGeometryName[geomID]);
-
+    return (s_aszGeometryName[geomID]);
+  
   return (title);
 }
-      
+
 int
 Scanner::convertGeometryNameToID (const char* const geomName) 
 {
   int id = GEOMETRY_INVALID;
-
+  
   for (int i = 0; i < s_iGeometryCount; i++)
-      if (strcasecmp (geomName, s_aszGeometryName[i]) == 0) {
-         id = i;
-         break;
-      }
-
-  return (id);
+    if (strcasecmp (geomName, s_aszGeometryName[i]) == 0) {
+      id = i;
+      break;
+    }
+    
+    return (id);
 }
-  
+
 
 /* NAME
- *   collectProjections                Calculate projections for a Phantom
- *
- * SYNOPSIS
- *   collectProjections (proj, phm, start_view, nView, bStoreViewPos, trace)
- *   Projectrions& proj      Projection storage
- *   Phantom& phm           Phantom for which we collect projections
- *   bool bStoreViewPos      TRUE then storage proj at normal view position
- *   int trace              Trace level
+*   collectProjections         Calculate projections for a Phantom
+*
+* SYNOPSIS
+*   collectProjections (proj, phm, start_view, nView, bStoreViewPos, trace)
+*   Projectrions& proj      Projection storage
+*   Phantom& phm            Phantom for which we collect projections
+*   bool bStoreViewPos      TRUE then storage proj at normal view position
+*   int trace               Trace level
 */
 
 
@@ -254,11 +273,20 @@ Scanner::collectProjections (Projections& proj, const Phantom& phm, const int tr
 }
 
 void
-Scanner::collectProjections (Projections& proj, const Phantom& phm, const int iStartView, const int iNumViews, bool bStoreAtViewPosition, const int trace, SGP* pSGP)
+Scanner::collectProjections (Projections& proj, const Phantom& phm, const int iStartView, const int iNumViews, 
+                             bool bStoreAtViewPosition, const int trace, SGP* pSGP)
+{
+  int iStorageOffset = (bStoreAtViewPosition ? iStartView : 0);
+  collectProjections (proj, phm, iStartView, iNumViews, iStorageOffset, trace, pSGP);
+}
+
+void
+Scanner::collectProjections (Projections& proj, const Phantom& phm, const int iStartView, const int iNumViews, 
+                             int iStorageOffset, const int trace, SGP* pSGP)
 {
   m_trace = trace;
   double start_angle = iStartView * proj.rotInc();
-
+  
   // Calculate initial rotation matrix 
   GRFMTX_2D rotmtx_initial, temp;
   xlat_mtx2 (rotmtx_initial, -m_dXCenter, -m_dYCenter);
@@ -266,15 +294,15 @@ Scanner::collectProjections (Projections& proj, const Phantom& phm, const int iS
   mult_mtx2 (rotmtx_initial, temp, rotmtx_initial);
   xlat_mtx2 (temp, m_dXCenter, m_dYCenter);
   mult_mtx2 (rotmtx_initial, temp, rotmtx_initial);
-
+  
   double xd1=0, yd1=0, xd2=0, yd2=0;
   if (m_idGeometry != GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
-      xd1 = m_initPos.xd1;
-      yd1 = m_initPos.yd1;
-      xd2 = m_initPos.xd2;
-      yd2 = m_initPos.yd2;
-      xform_mtx2 (rotmtx_initial, xd1, yd1);      // rotate detector endpoints 
-      xform_mtx2 (rotmtx_initial, xd2, yd2);      // to initial view_angle 
+    xd1 = m_initPos.xd1;
+    yd1 = m_initPos.yd1;
+    xd2 = m_initPos.xd2;
+    yd2 = m_initPos.yd2;
+    xform_mtx2 (rotmtx_initial, xd1, yd1);      // rotate detector endpoints 
+    xform_mtx2 (rotmtx_initial, xd2, yd2);      // to initial view_angle 
   }
   
   double xs1 = m_initPos.xs1;
@@ -283,87 +311,86 @@ Scanner::collectProjections (Projections& proj, const Phantom& phm, const int iS
   double ys2 = m_initPos.ys2;
   xform_mtx2 (rotmtx_initial, xs1, ys1);      // rotate source endpoints to
   xform_mtx2 (rotmtx_initial, xs2, ys2);      // initial view angle
-
+  
   int iView;
   double viewAngle;
   for (iView = 0, viewAngle = start_angle;  iView < iNumViews; iView++, viewAngle += proj.rotInc()) {
-    int iStoragePosition = iView;
-    if (bStoreAtViewPosition)
-      iStoragePosition += iStartView;
+    int iStoragePosition = iView + iStorageOffset;
 
     DetectorArray& detArray = proj.getDetectorArray( iStoragePosition );
-
+    
 #ifdef HAVE_SGP 
-  if (pSGP && m_trace >= Trace::TRACE_PHANTOM) {
+    if (pSGP && m_trace >= Trace::TRACE_PHANTOM) {
       m_pSGP = pSGP;
-      m_pSGP->eraseWindow();
-      double dWindowSize = max(m_detLen, m_dFocalLength * 2) * SQRT2;
+      double dWindowSize = dmax (m_detLen, m_dSourceDetectorLength) * 2;
       double dHalfWindowSize = dWindowSize / 2;
       m_dXMinWin = m_dXCenter - dHalfWindowSize;
       m_dXMaxWin = m_dXCenter + dHalfWindowSize;
       m_dYMinWin = m_dYCenter - dHalfWindowSize;
       m_dYMaxWin = m_dYCenter + dHalfWindowSize;
-      double dHalfPhmLen = m_phmLen /  2;
-
-    m_pSGP->eraseWindow ();
-    m_pSGP->setWindow (m_dXMinWin, m_dYMinWin, m_dXMaxWin, m_dYMaxWin);
-    m_pSGP->setRasterOp (RO_COPY);
-    m_pSGP->setColor (C_RED);
-    m_pSGP->moveAbs (0., 0.);
-    m_pSGP->drawRect (m_dXCenter - dHalfPhmLen, m_dYCenter - dHalfPhmLen, m_dXCenter + dHalfPhmLen, m_dYCenter + dHalfPhmLen);
-    m_pSGP->moveAbs (0., 0.);
-    m_pSGP->drawCircle (m_dFocalLength);
-    m_pSGP->setColor (C_BLUE);
-    phm.draw (*m_pSGP);
-    m_dTextHeight = m_pSGP->getCharHeight ();
-
-    traceShowParam ("Projection Collector", "%s", PROJECTION_TRACE_ROW_TITLE, C_BLACK, " ");
-    traceShowParam ("________________", "%s", PROJECTION_TRACE_ROW_TITLE2, C_LTGRAY, " ");
-    traceShowParam ("Phantom:",       "%s", PROJECTION_TRACE_ROW_PHANT_ID, C_BLACK, phm.name().c_str());
-    traceShowParam ("Geometry:", "%s", PROJECTION_TRACE_ROW_GEOMETRY, C_BLUE, convertGeometryIDToName(m_idGeometry));
-    traceShowParam ("Focal Length Ratio:", "%.2f", PROJECTION_TRACE_ROW_FOCAL_LENGTH, C_BLUE, m_dFocalLengthRatio);
-    traceShowParam ("Field Of View Ratio:", "%.2f", PROJECTION_TRACE_ROW_FIELD_OF_VIEW, C_BLUE, m_dFieldOfViewRatio);
-    traceShowParam ("Num Detectors:", "%d", PROJECTION_TRACE_ROW_NDET, C_BLUE, proj.nDet());
-    traceShowParam ("Num Views:", "%d", PROJECTION_TRACE_ROW_NVIEW, C_BLUE, proj.nView());
-    traceShowParam ("Samples / Ray:", "%d", PROJECTION_TRACE_ROW_SAMPLES, C_BLUE, m_nSample);
-    
-    m_pSGP->setMarker (SGP::MARK_BDIAMOND, C_LTGREEN);
-  }
+      
+      m_pSGP->setWindow (m_dXMinWin, m_dYMinWin, m_dXMaxWin, m_dYMaxWin);
+      m_pSGP->setRasterOp (RO_COPY);
+
+      m_pSGP->setColor (C_RED);
+      m_pSGP->moveAbs (0., 0.);
+      m_pSGP->drawCircle (m_dViewDiameter / 2);
+
+      m_pSGP->moveAbs (0., 0.);
+      m_pSGP->setColor (C_GREEN);
+      m_pSGP->drawCircle (m_dFocalLength);
+      m_pSGP->setColor (C_BLUE);
+      m_pSGP->setTextPointSize (9);
+      phm.draw (*m_pSGP);
+      m_dTextHeight = m_pSGP->getCharHeight ();
+      
+      traceShowParam ("Phantom:",       "%s", PROJECTION_TRACE_ROW_PHANT_ID, C_BLACK, phm.name().c_str());
+      traceShowParam ("Geometry:", "%s", PROJECTION_TRACE_ROW_GEOMETRY, C_BLUE, convertGeometryIDToName(m_idGeometry));
+      traceShowParam ("Focal Length Ratio:", "%.2f", PROJECTION_TRACE_ROW_FOCAL_LENGTH, C_BLUE, m_dFocalLengthRatio);
+//      traceShowParam ("Field Of View Ratio:", "%.2f", PROJECTION_TRACE_ROW_FIELD_OF_VIEW, C_BLUE, m_dFieldOfViewRatio);
+      traceShowParam ("Num Detectors:", "%d", PROJECTION_TRACE_ROW_NDET, C_BLUE, proj.nDet());
+      traceShowParam ("Num Views:", "%d", PROJECTION_TRACE_ROW_NVIEW, C_BLUE, proj.nView());
+      traceShowParam ("Samples / Ray:", "%d", PROJECTION_TRACE_ROW_SAMPLES, C_BLUE, m_nSample);
+      
+      m_pSGP->setMarker (SGP::MARK_BDIAMOND, C_LTGREEN);
+    }
 #endif
-
+    
 #ifdef HAVE_SGP
     if (m_pSGP && m_trace >= Trace::TRACE_PHANTOM) {
       m_pSGP->setColor (C_BLACK);
       m_pSGP->setPenWidth (2);
       if (m_idGeometry == GEOMETRY_PARALLEL) {
-       m_pSGP->moveAbs (xs1, ys1);
-       m_pSGP->lineAbs (xs2, ys2);
-       m_pSGP->moveAbs (xd1, yd1);
-       m_pSGP->lineAbs (xd2, yd2);
+        m_pSGP->moveAbs (xs1, ys1);
+        m_pSGP->lineAbs (xs2, ys2);
+        m_pSGP->moveAbs (xd1, yd1);
+        m_pSGP->lineAbs (xd2, yd2);
       } else if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUILINEAR) {        
-       m_pSGP->setPenWidth (4);
-       m_pSGP->moveAbs (xs1, ys1);
-       m_pSGP->lineAbs (xs2, ys2);
-       m_pSGP->setPenWidth (2);
-       m_pSGP->moveAbs (xd1, yd1);
-       m_pSGP->lineAbs (xd2, yd2);
+        m_pSGP->setPenWidth (4);
+        m_pSGP->moveAbs (xs1, ys1);
+        m_pSGP->lineAbs (xs2, ys2);
+        m_pSGP->setPenWidth (2);
+        m_pSGP->moveAbs (xd1, yd1);
+        m_pSGP->lineAbs (xd2, yd2);
       } else if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
-       m_pSGP->setPenWidth (4);
-       m_pSGP->moveAbs (xs1, ys1);
-       m_pSGP->lineAbs (xs2, ys2);
-       m_pSGP->setPenWidth (2);
-       m_pSGP->moveAbs (0., 0.);
-       m_pSGP->drawArc (m_dFocalLength, viewAngle + 3 * HALFPI - (m_dAngularDetLen/2), viewAngle + 3 * HALFPI + (m_dAngularDetLen/2));
+        m_pSGP->setPenWidth (4);
+        m_pSGP->moveAbs (xs1, ys1);
+        m_pSGP->lineAbs (xs2, ys2);
+        m_pSGP->setPenWidth (2);
+        m_pSGP->moveAbs (0., 0.);
+        m_pSGP->drawArc (m_dCenterDetectorLength, viewAngle + 3 * HALFPI - (m_dAngularDetLen/2), viewAngle + 3 * HALFPI + (m_dAngularDetLen/2));
       }
       m_pSGP->setPenWidth (1);
     }
-    if (m_trace >= Trace::TRACE_CONSOLE)
+    if (m_trace > Trace::TRACE_CONSOLE)
       traceShowParam ("Current View:", "%d (%.0f%%)", PROJECTION_TRACE_ROW_CURR_VIEW, C_RED, iView + iStartView, (iView + iStartView) / static_cast<double>(m_nView) * 100.);
 #endif
-           
+    if (m_trace == Trace::TRACE_CONSOLE)
+      std::cout << "Current View: " << iView+iStartView << std::endl;
+    
     projectSingleView (phm, detArray, xd1, yd1, xd2, yd2, xs1, ys1, xs2, ys2, viewAngle + 3 * HALFPI);
     detArray.setViewAngle (viewAngle);
-      
+    
 #ifdef HAVE_SGP
     if (m_pSGP && m_trace >= Trace::TRACE_PHANTOM) {
       //       rs_plot (detArray, xd1, yd1, dXCenter, dYCenter, theta);
@@ -372,124 +399,124 @@ Scanner::collectProjections (Projections& proj, const Phantom& phm, const int iS
     xform_mtx2 (m_rotmtxIncrement, xs1, ys1);
     xform_mtx2 (m_rotmtxIncrement, xs2, ys2);
     if (m_idGeometry != GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
-       xform_mtx2 (m_rotmtxIncrement, xd1, yd1);  // rotate detector endpoints 
-       xform_mtx2 (m_rotmtxIncrement, xd2, yd2);
+      xform_mtx2 (m_rotmtxIncrement, xd1, yd1);  // rotate detector endpoints 
+      xform_mtx2 (m_rotmtxIncrement, xd2, yd2);
     }
   } /* for each iView */
 }
 
 
 /* NAME
- *    rayview                  Calculate raysums for a view at any angle
- *
- * SYNOPSIS
- *    rayview (phm, detArray, xd1, nSample, yd1, xd2, yd2, xs1, ys1, xs2, ys2)
- *    Phantom& phm             Phantom to scan
- *    DETARRAY *detArray               Storage of values for detector array
- *    Scanner& det             Scanner parameters
- *    double xd1, yd1, xd2, yd2        Beginning & ending detector positions
- *    double xs1, ys1, xs2, ys2        Beginning & ending source positions
- *
- * RAY POSITIONING
- *         For each detector, have there are a variable number of rays traced.
- *     The source of each ray is the center of the source x-ray cell. The
- *     detector positions are equally spaced within the cell
- *
- *         The increments between rays are calculated so that the cells start
- *     at the beginning of a detector cell and they end on the endpoint
- *     of the cell.  Thus, the last cell starts at (xd2-ddx),(yd2-ddy).
- *         The exception to this is if there is only one ray per detector.
- *     In that case, the detector position is the center of the detector cell.
- */
+*    rayview                   Calculate raysums for a view at any angle
+*
+* SYNOPSIS
+*    rayview (phm, detArray, xd1, nSample, yd1, xd2, yd2, xs1, ys1, xs2, ys2)
+*    Phantom& phm              Phantom to scan
+*    DETARRAY *detArray                Storage of values for detector array
+*    Scanner& det              Scanner parameters
+*    double xd1, yd1, xd2, yd2 Beginning & ending detector positions
+*    double xs1, ys1, xs2, ys2 Beginning & ending source positions
+*
+* RAY POSITIONING
+*         For each detector, have there are a variable number of rays traced.
+*     The source of each ray is the center of the source x-ray cell. The
+*     detector positions are equally spaced within the cell
+*
+*         The increments between rays are calculated so that the cells start
+*     at the beginning of a detector cell and they end on the endpoint
+*     of the cell.  Thus, the last cell starts at (xd2-ddx),(yd2-ddy).
+*         The exception to this is if there is only one ray per detector.
+*     In that case, the detector position is the center of the detector cell.
+*/
 
 void 
 Scanner::projectSingleView (const Phantom& phm, DetectorArray& detArray, const double xd1, const double yd1, const double xd2, const double yd2, const double xs1, const double ys1, const double xs2, const double ys2, const double dDetAngle)
 {
-
+  
   double sdx = (xs2 - xs1) / detArray.nDet();  // change in coords 
   double sdy = (ys2 - ys1) / detArray.nDet();  // between source
   double xs_maj = xs1 + (sdx / 2);     // put ray source in center of cell 
   double ys_maj = ys1 + (sdy / 2);
-
+  
   double ddx=0, ddy=0, ddx2=0, ddy2=0, ddx2_ofs=0, ddy2_ofs=0, xd_maj=0, yd_maj=0;
   double dAngleInc=0, dAngleSampleInc=0, dAngleSampleOffset=0, dAngleMajor=0;
   if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
-      dAngleInc = m_dAngularDetIncrement;
-      dAngleSampleInc = dAngleInc / m_nSample;
-      dAngleSampleOffset = dAngleSampleInc / 2;
-      dAngleMajor = dDetAngle - (m_dAngularDetLen/2) + dAngleSampleOffset;
+    dAngleInc = m_dAngularDetIncrement;
+    dAngleSampleInc = dAngleInc / m_nSample;
+    dAngleSampleOffset = dAngleSampleInc / 2;
+    dAngleMajor = dDetAngle - (m_dAngularDetLen/2) + dAngleSampleOffset;
   } else {
-      ddx = (xd2 - xd1) / detArray.nDet();  // change in coords 
-      ddy = (yd2 - yd1) / detArray.nDet();  // between detectors
-      ddx2 = ddx / m_nSample;  // Incr. between rays with detector cell
-      ddy2 = ddy / m_nSample;  // Doesn't include detector endpoints 
-      ddx2_ofs = ddx2 / 2;    // offset of 1st ray from start of detector cell
-      ddy2_ofs = ddy2 / 2;
-      
-      xd_maj = xd1 + ddx2_ofs;       // Incr. between detector cells
-      yd_maj = yd1 + ddy2_ofs;
+    ddx = (xd2 - xd1) / detArray.nDet();  // change in coords 
+    ddy = (yd2 - yd1) / detArray.nDet();  // between detectors
+    ddx2 = ddx / m_nSample;    // Incr. between rays with detector cell
+    ddy2 = ddy / m_nSample;  // Doesn't include detector endpoints 
+    ddx2_ofs = ddx2 / 2;    // offset of 1st ray from start of detector cell
+    ddy2_ofs = ddy2 / 2;
+    
+    xd_maj = xd1 + ddx2_ofs;       // Incr. between detector cells
+    yd_maj = yd1 + ddy2_ofs;
   }
-
+  
   DetectorValue* detval = detArray.detValues();
-
+  
   if (phm.getComposition() == P_UNIT_PULSE) {  // put unit pulse in center of view
     for (int d = 0; d < detArray.nDet(); d++)
       if (detArray.nDet() / 2 == d && (d % 2) == 1)
-       detval[d] = 1;
+        detval[d] = 1;
       else
-       detval[d] = 0;
+        detval[d] = 0;
   } else {
-      for (int d = 0; d < detArray.nDet(); d++) {
+    for (int d = 0; d < detArray.nDet(); d++) {
       double xs = xs_maj;
       double ys = ys_maj;
       double xd=0, yd=0, dAngle=0;
       if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
-         dAngle = dAngleMajor;
+        dAngle = dAngleMajor;
       } else {
-         xd = xd_maj;
-         yd = yd_maj;
+        xd = xd_maj;
+        yd = yd_maj;
       }
       double sum = 0.0;
       for (unsigned int i = 0; i < m_nSample; i++) {
-       if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
-           xd = m_dFocalLength * cos (dAngle);
-           yd = m_dFocalLength * sin (dAngle);
-       }
-
+        if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUIANGULAR) {
+          xd = m_dCenterDetectorLength * cos (dAngle);
+          yd = m_dCenterDetectorLength * sin (dAngle);
+        }
+        
 #ifdef HAVE_SGP
-       if (m_pSGP && m_trace >= Trace::TRACE_PROJECTIONS) {
-         m_pSGP->setColor (C_YELLOW);
-         m_pSGP->setRasterOp (RO_AND);
-         m_pSGP->moveAbs (xs, ys);
-         m_pSGP->lineAbs (xd, yd);
-       }
+        if (m_pSGP && m_trace >= Trace::TRACE_PROJECTIONS) {
+          m_pSGP->setColor (C_YELLOW);
+          m_pSGP->setRasterOp (RO_AND);
+          m_pSGP->moveAbs (xs, ys);
+          m_pSGP->lineAbs (xd, yd);
+        }
 #endif
-
-       sum += projectSingleLine (phm, xd, yd, xs, ys);
-             
+        
+        sum += projectSingleLine (phm, xd, yd, xs, ys);
+        
 #ifdef HAVE_SGP
-       if (m_trace >= Trace::TRACE_CLIPPING) {
-         traceShowParam ("Attenuation:", "%s", PROJECTION_TRACE_ROW_ATTEN, C_LTMAGENTA, "        ");
-         traceShowParam ("Attenuation:", "%.3f", PROJECTION_TRACE_ROW_ATTEN, C_LTMAGENTA, sum);
-       }
+        //     if (m_trace >= Trace::TRACE_CLIPPING) {
+        //       traceShowParam ("Attenuation:", "%s", PROJECTION_TRACE_ROW_ATTEN, C_LTMAGENTA, "        ");
+        //       traceShowParam ("Attenuation:", "%.3f", PROJECTION_TRACE_ROW_ATTEN, C_LTMAGENTA, sum);
+        //     }
 #endif
-       if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUIANGULAR)
-           dAngle += dAngleSampleInc;
-       else {
-           xd += ddx2;
-           yd += ddy2;
-       }
+        if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUIANGULAR)
+          dAngle += dAngleSampleInc;
+        else {
+          xd += ddx2;
+          yd += ddy2;
+        }
       } // for each sample in detector
-
+      
       detval[d] = sum / m_nSample;
       xs_maj += sdx;
       ys_maj += sdy;
       if (m_idGeometry == GEOMETRY_EQUIANGULAR)
-         dAngleMajor += dAngleInc;
-       else {
-           xd_maj += ddx;
-           yd_maj += ddy;
-       }
+        dAngleMajor += dAngleInc;
+      else {
+        xd_maj += ddx;
+        yd_maj += ddy;
+      }
     } /* for each detector */
   } /* if not unit pulse */
 }
@@ -500,7 +527,11 @@ Scanner::traceShowParam (const char *szLabel, const char *fmt, int row, int colo
 {  
   va_list arg;
   va_start(arg, color);
+#ifdef HAVE_SGP
   traceShowParamRasterOp (RO_COPY, szLabel, fmt, row, color, arg);
+#else
+  traceShowParamRasterOp (0, szLabel, fmt, row, color, arg);
+#endif  
   va_end(arg);
 }
 
@@ -509,7 +540,11 @@ Scanner::traceShowParamXOR (const char *szLabel, const char *fmt, int row, int c
 {  
   va_list arg;
   va_start(arg, color);
+#ifdef HAVE_SGP
   traceShowParamRasterOp (RO_XOR, szLabel, fmt, row, color, arg);
+#else
+  traceShowParamRasterOp (0, szLabel, fmt, row, color, arg);
+#endif
   va_end(arg);
 }
 
@@ -517,23 +552,33 @@ void
 Scanner::traceShowParamRasterOp (int iRasterOp, const char *szLabel, const char *fmt, int row, int color, va_list args)
 {  
   char szValue[256];
-
+  
   vsnprintf (szValue, sizeof(szValue), fmt, args);
-
-  //  cio_set_cpos (raysum_trace_menu_column, row);
-  //  cio_set_text_clr (color - 8, 0);
-  //  cio_set_text_clr (color, 0);
-
+  
+#ifdef HAVE_SGP
   if (m_pSGP) {
     m_pSGP->setRasterOp (iRasterOp);
-    double dYPos = m_dYMaxWin - (row * m_dTextHeight);
-    m_pSGP->moveAbs (m_dXMinWin, dYPos);
     m_pSGP->setTextColor (color, -1);
-    m_pSGP->drawText (szLabel);
-    double dValueOffset = (m_dXMaxWin - m_dXMinWin) / 5;
-    m_pSGP->moveAbs (m_dXMinWin + dValueOffset, dYPos);
-    m_pSGP->drawText (szValue);
-  } else {
+    double dValueOffset = (m_dXMaxWin - m_dXMinWin) / 4;
+    if (row < 4) {
+      double dYPos = m_dYMaxWin - (row * m_dTextHeight);
+      double dXPos = m_dXMinWin;
+      m_pSGP->moveAbs (dXPos, dYPos);
+      m_pSGP->drawText (szLabel);
+      m_pSGP->moveAbs (dXPos + dValueOffset, dYPos);
+      m_pSGP->drawText (szValue);
+    } else {
+      row -= 4;
+      double dYPos = m_dYMaxWin - (row * m_dTextHeight);
+      double dXPos = m_dXMinWin + (m_dXMaxWin - m_dXMinWin) * 0.5;
+      m_pSGP->moveAbs (dXPos, dYPos);
+      m_pSGP->drawText (szLabel);
+      m_pSGP->moveAbs (dXPos + dValueOffset, dYPos);
+      m_pSGP->drawText (szValue);
+    }
+  } else 
+#endif
+  {
     cio_put_str (szLabel);
     cio_put_str (szValue);
     cio_put_str ("\n");
@@ -543,14 +588,14 @@ Scanner::traceShowParamRasterOp (int iRasterOp, const char *szLabel, const char
 
 
 /* NAME
- *    projectSingleLine                        INTERNAL: Calculates raysum along a line for a Phantom
- *
- * SYNOPSIS
- *    rsum = phm_ray_attenuation (phm, x1, y1, x2, y2)
- *    double rsum              Ray sum of Phantom along given line
- *    Phantom& phm;            Phantom from which to calculate raysum
- *    double *x1, *y1, *x2, y2 Endpoints of ray path (in Phantom coords)
- */
+*    projectSingleLine                 INTERNAL: Calculates raysum along a line for a Phantom
+*
+* SYNOPSIS
+*    rsum = phm_ray_attenuation (phm, x1, y1, x2, y2)
+*    double rsum               Ray sum of Phantom along given line
+*    Phantom& phm;             Phantom from which to calculate raysum
+*    double *x1, *y1, *x2, y2  Endpoints of ray path (in Phantom coords)
+*/
 
 double 
 Scanner::projectSingleLine (const Phantom& phm, const double x1, const double y1, const double x2, const double y2)
@@ -559,20 +604,20 @@ Scanner::projectSingleLine (const Phantom& phm, const double x1, const double y1
   double rsum = 0.0;
   for (PElemConstIterator i = phm.listPElem().begin(); i != phm.listPElem().end(); i++)
     rsum += projectLineAgainstPElem (**i, x1, y1, x2, y2);
-
+  
   return (rsum);
 }
 
 
 /* NAME
- *   pelem_ray_attenuation             Calculate raysum of an pelem along one line
- *
- * SYNOPSIS
- *   rsum = pelem_ray_attenuation (pelem, x1, y1, x2, y2)
- *   double rsum               Computed raysum
- *   PhantomElement& pelem             Pelem to scan
- *   double x1, y1, x2, y2     Endpoints of raysum line
- */
+*   pelem_ray_attenuation              Calculate raysum of an pelem along one line
+*
+* SYNOPSIS
+*   rsum = pelem_ray_attenuation (pelem, x1, y1, x2, y2)
+*   double rsum                Computed raysum
+*   PhantomElement& pelem              Pelem to scan
+*   double x1, y1, x2, y2      Endpoints of raysum line
+*/
 
 double 
 Scanner::projectLineAgainstPElem (const PhantomElement& pelem, double x1, double y1, double x2, double y2)
@@ -582,7 +627,7 @@ Scanner::projectLineAgainstPElem (const PhantomElement& pelem, double x1, double
       cio_tone (1000., 0.05);
     return (0.0);
   }
-
+  
 #ifdef HAVE_SGP
   if (m_pSGP && m_trace == Trace::TRACE_CLIPPING) {
     m_pSGP->setRasterOp (RO_XOR);
@@ -594,7 +639,7 @@ Scanner::projectLineAgainstPElem (const PhantomElement& pelem, double x1, double
     m_pSGP->setRasterOp (RO_SET);
   }
 #endif
-
+  
   double len = lineLength (x1, y1, x2, y2);
   return (len * pelem.atten());
 }