r1856: *** empty log message ***
[ctsim.git] / src / views.cpp
index 6b3553fd8166c495d3d65e5ee4e9e137a97d6b56..3aca5d4d1ff979ef68a63cb11c6974e2aeaa4292 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 /*****************************************************************************
 ** FILE IDENTIFICATION
 **
-**   Name:          view.cpp
+**   Name:          views.cpp
 **   Purpose:       View & Canvas routines for CTSim program
 **   Programmer:    Kevin Rosenberg
 **   Date Started:  July 2000
@@ -9,7 +9,7 @@
 **  This is part of the CTSim program
 **  Copyright (c) 1983-2001 Kevin Rosenberg
 **
-**  $Id: views.cpp,v 1.135 2001/03/11 18:52:03 kevin Exp $
+**  $Id: views.cpp,v 1.150 2002/05/01 15:17:36 kevin Exp $
 **
 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
@@ -241,6 +241,8 @@ EVT_MENU(IFMENU_FILTER_IFFT_COLS, ImageFileView::OnIFFTCols)
 #endif
 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_MAGNITUDE, ImageFileView::OnMagnitude)
 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_PHASE, ImageFileView::OnPhase)
+EVT_MENU(IFMENU_FILTER_REAL, ImageFileView::OnReal)
+EVT_MENU(IFMENU_FILTER_IMAGINARY, ImageFileView::OnImaginary)
 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_ROW, ImageFileView::OnPlotRow)
 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_COL, ImageFileView::OnPlotCol)
 #ifdef HAVE_FFT
@@ -251,7 +253,7 @@ EVT_MENU(IFMENU_PLOT_HISTOGRAM, ImageFileView::OnPlotHistogram)
 END_EVENT_TABLE()
 
 ImageFileView::ImageFileView() 
-: wxView(), m_pFrame(NULL), m_pCanvas(NULL), m_pFileMenu(0), m_bMinSpecified(false), m_bMaxSpecified(false)
+: wxView(), m_pFrame(NULL), m_pCanvas(NULL), m_pFileMenu(0), m_pFilterMenu(0), m_bMinSpecified(false), m_bMaxSpecified(false)
 {
   m_iDefaultExportFormatID = ImageFile::EXPORT_FORMAT_PNG;
 }
@@ -787,11 +789,25 @@ ImageFileView::OnShuffleFourierToNaturalOrder (wxCommandEvent& event)
 
 void
 ImageFileView::OnMagnitude (wxCommandEvent& event)
+{
+  ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
+  rIF.magnitude (rIF);
+  rIF.labelAdd ("Magnitude");
+  m_bMinSpecified = false;
+  m_bMaxSpecified = false;
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    GetDocument()->Modify (true);
+  GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
+}
+
+void
+ImageFileView::OnPhase (wxCommandEvent& event)
 {
   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
   if (rIF.isComplex()) {
-    rIF.magnitude (rIF);
-    rIF.labelAdd ("Magnitude of complex-image");
+    rIF.phase (rIF);
+    rIF.labelAdd ("Phase of complex-image");
     m_bMinSpecified = false;
     m_bMaxSpecified = false;
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
@@ -802,12 +818,28 @@ ImageFileView::OnMagnitude (wxCommandEvent& event)
 }
 
 void
-ImageFileView::OnPhase (wxCommandEvent& event)
+ImageFileView::OnReal (wxCommandEvent& event)
 {
   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
   if (rIF.isComplex()) {
-    rIF.phase (rIF);
-    rIF.labelAdd ("Phase of complex-image");
+    rIF.real (rIF);
+    rIF.labelAdd ("Real component of complex-image");
+    m_bMinSpecified = false;
+    m_bMaxSpecified = false;
+    if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+      GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  }
+  GetDocument()->Activate();
+}
+
+void
+ImageFileView::OnImaginary (wxCommandEvent& event)
+{
+  ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
+  if (rIF.isComplex()) {
+    rIF.imaginary (rIF);
+    rIF.labelAdd ("Imaginary component of complex-image");
     m_bMinSpecified = false;
     m_bMaxSpecified = false;
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
@@ -849,7 +881,6 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   theApp->setIconForFrame (subframe);
   
   m_pFileMenu = new wxMenu;
-  
   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
@@ -860,7 +891,7 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties\tCtrl-I");
-  m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_EXPORT, "&Export...");
+  m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_EXPORT, "Expor&t...");
   
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
@@ -880,36 +911,39 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   edit_menu->Append(IFMENU_EDIT_COPY, "Copy\tCtrl-C");
   edit_menu->Append(IFMENU_EDIT_CUT, "Cut\tCtrl-X");
   edit_menu->Append(IFMENU_EDIT_PASTE, "Paste\tCtrl-V");
-
+  
   wxMenu *view_menu = new wxMenu;
   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, "Display Scale S&et...\tCtrl-E");
   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO, "Display Scale &Auto...\tCtrl-A");
   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_FULL, "Display F&ull Scale\tCtrl-U");
   
-  wxMenu* filter_menu = new wxMenu;
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERTVALUES, "&Invert Values");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SQUARE, "&Square");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SQRT, "Square &Root");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_LOG, "&Log");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_EXP, "&Exp");
-  filter_menu->AppendSeparator();
+  m_pFilterMenu = new wxMenu;
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_INVERTVALUES, "In&vert Values");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_SQUARE, "&Square");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_SQRT, "Square &Root");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_LOG, "&Log");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_EXP, "E&xp");
+  m_pFilterMenu->AppendSeparator();
 #ifdef HAVE_FFT
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT, "2-D &FFT");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT, "2-D &IFFT");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_ROWS, "FFT Rows");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_ROWS, "IFFT Rows");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_COLS, "FFT Columns");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_COLS, "IFFT Columns");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "2-D F&ourier");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "2-D Inverse Fo&urier");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_FFT, "2-D &FFT\tCtrl-2");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT, "2-D &IFFT\tAlt-2");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_ROWS, "FFT Rows");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_ROWS, "IFFT Rows");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_COLS, "FFT Columns");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_COLS, "IFFT Columns");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "2-D F&ourier");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "2-D Inverse Fo&urier");
 #else
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "&Fourier");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "&Inverse Fourier");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "&Fourier");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "&Inverse Fourier");
 #endif
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLEFOURIERTONATURALORDER, "S&huffle Fourier to Natural Order");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLENATURALTOFOURIERORDER, "Shu&ffle Natural to Fourier Order");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_MAGNITUDE, "&Magnitude");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_PHASE, "&Phase");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLEFOURIERTONATURALORDER, "Shuffl&e Fourier to Natural Order");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLENATURALTOFOURIERORDER, "Shuffle &Natural to Fourier Order");
+  m_pFilterMenu->AppendSeparator();
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_MAGNITUDE, "&Magnitude");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_PHASE, "&Phase");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_REAL, "Re&al");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_IMAGINARY, "Ima&ginary");
   
   wxMenu* image_menu = new wxMenu;
   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_ADD, "&Add...");
@@ -952,7 +986,7 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   menu_bar->Append(edit_menu, "&Edit");
   menu_bar->Append(view_menu, "&View");
   menu_bar->Append(image_menu, "&Image");
-  menu_bar->Append(filter_menu, "Fi&lter");
+  menu_bar->Append(m_pFilterMenu, "Fi&lter");
   menu_bar->Append(m_pMenuAnalyze, "&Analyze");
   menu_bar->Append(help_menu, "&Help");
   
@@ -960,7 +994,7 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   
   subframe->Centre(wxBOTH);
   
-  wxAcceleratorEntry accelEntries[8];
+  wxAcceleratorEntry accelEntries[10];
   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('A'), IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO);
   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('U'), IFMENU_VIEW_SCALE_FULL);
   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX);
@@ -968,12 +1002,15 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('C'), IFMENU_EDIT_COPY);
   accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('X'), IFMENU_EDIT_CUT);
   accelEntries[6].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('V'), IFMENU_EDIT_PASTE);
+  int iEntry = 7;
+#ifdef HAVE_FFT
+  accelEntries[iEntry++].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('2'), IFMENU_FILTER_FFT);
+  accelEntries[iEntry++].Set (wxACCEL_ALT,  static_cast<int>('2'), IFMENU_FILTER_IFFT);
+#endif
 #if wxUSE_GLCANVAS
-  accelEntries[7].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('3'), IFMENU_IMAGE_CONVERT3D);
-  wxAcceleratorTable accelTable (8, accelEntries);
-#else
-  wxAcceleratorTable accelTable (7, accelEntries);
+  accelEntries[iEntry++].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('3'), IFMENU_IMAGE_CONVERT3D);
 #endif
+  wxAcceleratorTable accelTable (iEntry, accelEntries);
   
   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
   
@@ -990,17 +1027,17 @@ ImageFileView::OnCreate (wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
   m_bMaxSpecified = false;
   m_dAutoScaleFactor = 1.;
   
-  int width, height;
-  m_pFrame->GetClientSize (&width, &height);
+  //  int width, height;
+  //  m_pFrame->GetClientSize (&width, &height);
   m_pFrame->SetTitle("ImageFileView");
   m_pCanvas = CreateCanvas (m_pFrame);
   
-  int x, y;  // X requires a forced resize
-  m_pFrame->GetSize(&x, &y);
-  m_pFrame->SetSize(-1, -1, x, y);
+  //  int x, y;  // X requires a forced resize
+  //  m_pFrame->GetSize(&x, &y);
+  //  m_pFrame->SetSize(-1, -1, x, y);
   m_pFrame->SetFocus();
   m_pFrame->Show(true);
-  Activate(true);
+  //  Activate(true);
   
   return true;
 }
@@ -1026,6 +1063,15 @@ void
 ImageFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
 {
   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
+  if (m_pFilterMenu && rIF.isComplex()) {
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_REAL, true);
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_IMAGINARY, true);
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_PHASE, true);
+  } else {
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_REAL, false);
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_IMAGINARY, false);
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_PHASE, false);
+  }
   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
   int nx = rIF.nx();
   int ny = rIF.ny();
@@ -1060,7 +1106,7 @@ ImageFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
     int xSize = nx;
     int ySize = ny;
     ySize = clamp (ySize, 0, 800);
-    m_pFrame->SetClientSize (xSize, ySize);
+    //    m_pFrame->SetClientSize (xSize, ySize); // KMR
     m_pCanvas->SetScrollbars(20, 20, nx/20, ny/20);
     m_pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
   } 
@@ -1101,9 +1147,9 @@ void
 ImageFileView::OnEditCopy (wxCommandEvent& event)
 {
   wxBitmapDataObject *pBitmapObject = new wxBitmapDataObject;
-
+  
   pBitmapObject->SetBitmap (m_bitmap);
-
+  
   if (wxTheClipboard->Open()) {
     wxTheClipboard->SetData (pBitmapObject);
     wxTheClipboard->Close();
@@ -1130,7 +1176,7 @@ void
 ImageFileView::OnEditPaste (wxCommandEvent& event)
 {
   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
-
+  
   if (wxTheClipboard->Open()) {
     wxBitmap bitmap;
     if (wxTheClipboard->IsSupported (wxDF_BITMAP)) {
@@ -1139,20 +1185,29 @@ ImageFileView::OnEditPaste (wxCommandEvent& event)
       bitmap = bitmapObject.GetBitmap ();
     }
     wxTheClipboard->Close();
-
+    
     int nx = rIF.nx();
     int ny = rIF.ny();
+    bool bMonochrome = false;
+
     if (bitmap.Ok() == true && bitmap.GetWidth() == nx && bitmap.GetHeight() == ny) {
       wxImage image (bitmap);
+      double dScale3 = 3 * 255;
       unsigned char* pixels = image.GetData();
       ImageFileArray v = rIF.getArray();
-      for (int ix = 0; ix < rIF.nx(); ix++) {
-        for (int iy = 0; iy < rIF.ny(); iy++) {
+      for (unsigned int ix = 0; ix < rIF.nx(); ix++) {
+        for (unsigned int iy = 0; iy < rIF.ny(); iy++) {
           unsigned int iBase = 3 * (iy * nx + ix);
-          double dR = pixels[iBase] / 255.;
-          double dG = pixels[iBase+1] / 255.;
-          double dB = pixels[iBase+2] / 255.;
-          v[ix][ny - 1 - iy] = ImageFile::colorToGrayscale (dR, dG, dB);
+          if (ix == 0 && iy == 0 && (pixels[iBase] == pixels[iBase+1] && pixels[iBase+1] == pixels[iBase+2]))
+            bMonochrome = true;
+          if (bMonochrome) {
+            v[ix][ny - 1 - iy] = (pixels[iBase]+pixels[iBase+1]+pixels[iBase+2]) / dScale3;
+          } else {
+            double dR = pixels[iBase] / 255.;
+            double dG = pixels[iBase+1] / 255.;
+            double dB = pixels[iBase+2] / 255.;
+            v[ix][ny - 1 - iy] = ImageFile::colorToGrayscale (dR, dG, dB);
+          }
         }
       }
       OnUpdate(this, NULL);
@@ -1203,6 +1258,10 @@ ImageFileView::OnExport (wxCommandEvent& event)
         strWildcard = "DICOM Files (*.*)|*.*";
       }
 #endif
+      else if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::EXPORT_FORMAT_TEXT) {
+        strExt = ".txt";
+        strWildcard = "Text (*.txt)|*.txt";
+      }
       else {
         strExt = "";
         strWildcard = "Miscellaneous (*.*)|*.*";
@@ -1246,7 +1305,7 @@ ImageFileView::OnScaleSize (wxCommandEvent& event)
       pScaledDoc->Modify (true);
     pScaledDoc->UpdateAllViews (this);
     pScaledDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
-       pScaledDoc->Activate();
+    pScaledDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -1265,7 +1324,6 @@ ImageFileView::OnConvert3d (wxCommandEvent& event)
   GetDocumentManager()->ActivateView (pGraph3d->getView(), true, false);
   ::wxYield();
   pGraph3d->getView()->getCanvas()->SetFocus();
-  pGraph3d->Activate();
 }
 #endif
 
@@ -1351,7 +1409,7 @@ ImageFileView::OnPlotRow (wxCommandEvent& event)
       pPlotDoc->Modify (true);
     pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
     pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-       pPlotDoc->Activate();
+    pPlotDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -1437,7 +1495,7 @@ ImageFileView::OnPlotCol (wxCommandEvent& event)
       pPlotDoc->Modify (true);
     pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
     pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-       pPlotDoc->Activate();
+    pPlotDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -1469,7 +1527,7 @@ ImageFileView::OnPlotFFTRow (wxCommandEvent& event)
         pcIn[i].im = 0;
     }
     
-    fftw_plan plan = fftw_create_plan (nx, FFTW_FORWARD, FFTW_IN_PLACE);
+    fftw_plan plan = fftw_create_plan (nx, FFTW_FORWARD, FFTW_IN_PLACE | FFTW_ESTIMATE | FFTW_USE_WISDOM);
     fftw_one (plan, pcIn, NULL);
     fftw_destroy_plan (plan);
     
@@ -1479,8 +1537,8 @@ ImageFileView::OnPlotFFTRow (wxCommandEvent& event)
     double* pYMag = new double [nx];
     for (i = 0; i < nx; i++) {
       pX[i] = i;
-      pYReal[i] = pcIn[i].re;
-      pYImag[i] = pcIn[i].im;
+      pYReal[i] = pcIn[i].re / nx;
+      pYImag[i] = pcIn[i].im / nx;
       pYMag[i] = ::sqrt (pcIn[i].re * pcIn[i].re + pcIn[i].im * pcIn[i].im);
     }
     Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (pYReal, nx);
@@ -1532,7 +1590,7 @@ ImageFileView::OnPlotFFTRow (wxCommandEvent& event)
       pPlotDoc->Modify (true);
     pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
     pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-       pPlotDoc->Activate();
+    pPlotDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -1572,7 +1630,7 @@ ImageFileView::OnPlotFFTCol (wxCommandEvent& event)
     for (i = 0; i < ny; i++)
       pcIn[i].im = pdTemp[i];
     
-    fftw_plan plan = fftw_create_plan (ny, FFTW_BACKWARD, FFTW_IN_PLACE);
+    fftw_plan plan = fftw_create_plan (ny, FFTW_BACKWARD, FFTW_IN_PLACE | FFTW_ESTIMATE | FFTW_USE_WISDOM);
     fftw_one (plan, pcIn, NULL);
     fftw_destroy_plan (plan);
     
@@ -1582,8 +1640,8 @@ ImageFileView::OnPlotFFTCol (wxCommandEvent& event)
     double* pYMag = new double [ny];
     for (i = 0; i < ny; i++) {
       pX[i] = i;
-      pYReal[i] = pcIn[i].re;
-      pYImag[i] = pcIn[i].im;
+      pYReal[i] = pcIn[i].re / ny;
+      pYImag[i] = pcIn[i].im / ny;
       pYMag[i] = ::sqrt (pcIn[i].re * pcIn[i].re + pcIn[i].im * pcIn[i].im);
     }
     
@@ -1633,7 +1691,7 @@ ImageFileView::OnPlotFFTCol (wxCommandEvent& event)
       pPlotDoc->Modify (true);
     pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
     pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-       pPlotDoc->Activate();
+    pPlotDoc->Activate();
   }
 }
 #endif
@@ -1874,7 +1932,7 @@ ImageFileView::OnPlotHistogram (wxCommandEvent& event)
         s += rIF.labelGet(iL).getLabelString();
         rPlotFile.addDescription (s.c_str());
       }
-      os << " Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
+      os << "  plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
       delete pX;
@@ -1917,7 +1975,11 @@ PhantomCanvas::GetBestSize() const
   int xSize, ySize;
   theApp->getMainFrame()->GetClientSize (&xSize, &ySize);
   xSize = maxValue<int> (xSize, ySize);
+#ifdef CTSIM_MDI
   ySize = xSize = (xSize / 4);
+#else
+  ySize = xSize;
+#endif
   return wxSize (xSize, ySize);
 }
 
@@ -1945,6 +2007,7 @@ PhantomFileView::PhantomFileView()
   m_iDefaultNView = 320;
   m_iDefaultNSample = 2;
 #endif
+  m_iDefaultOffsetView = 0;
   m_dDefaultRotation = 1;
   m_dDefaultFocalLength = 2;
   m_dDefaultCenterDetectorLength = 2;
@@ -1993,7 +2056,7 @@ void
 PhantomFileView::OnProjections (wxCommandEvent& event)
 {
   DialogGetProjectionParameters dialogProjection (getFrameForChild(), 
-    m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultNSample, m_dDefaultRotation, 
+    m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultOffsetView, m_iDefaultNSample, m_dDefaultRotation, 
     m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultCenterDetectorLength, m_dDefaultViewRatio, m_dDefaultScanRatio, 
     m_iDefaultGeometry, m_iDefaultTrace);
   int retVal = dialogProjection.ShowModal();
@@ -2002,6 +2065,7 @@ PhantomFileView::OnProjections (wxCommandEvent& event)
   
   m_iDefaultNDet = dialogProjection.getNDet();
   m_iDefaultNView = dialogProjection.getNView();
+  m_iDefaultOffsetView = dialogProjection.getOffsetView();
   m_iDefaultNSample = dialogProjection.getNSamples();
   m_iDefaultTrace = dialogProjection.getTrace();
   m_dDefaultRotation = dialogProjection.getRotAngle();
@@ -2018,7 +2082,7 @@ PhantomFileView::OnProjections (wxCommandEvent& event)
     return;
   
   const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
-  Scanner theScanner (rPhantom, sGeometry.c_str(), m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultNSample, 
+  Scanner theScanner (rPhantom, sGeometry.c_str(), m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultOffsetView, m_iDefaultNSample, 
     dRotationRadians, m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultCenterDetectorLength, m_dDefaultViewRatio, m_dDefaultScanRatio);
   if (theScanner.fail()) {
     wxString msg = "Failed making scanner\n";
@@ -2029,13 +2093,18 @@ PhantomFileView::OnProjections (wxCommandEvent& event)
   }
   
   std::ostringstream os;
-  os << "Projections for " << rPhantom.name() << ": nDet=" << m_iDefaultNDet 
-    << ", nView=" << m_iDefaultNView << ", nSamples=" << m_iDefaultNSample 
-    << ", RotAngle=" << m_dDefaultRotation << ", FocalLengthRatio=" << m_dDefaultFocalLength 
+  os << "Projections for " << rPhantom.name() 
+       << ": nDet=" << m_iDefaultNDet 
+    << ", nView=" << m_iDefaultNView 
+       << ", gantry offset=" << m_iDefaultOffsetView 
+       << ", nSamples=" << m_iDefaultNSample 
+    << ", RotAngle=" << m_dDefaultRotation 
+       << ", FocalLengthRatio=" << m_dDefaultFocalLength 
     << ", CenterDetectorLengthRatio=" << m_dDefaultCenterDetectorLength
-    << ", ViewRatio=" << m_dDefaultViewRatio << ", ScanRatio=" << m_dDefaultScanRatio 
-    << ", Geometry=" << sGeometry.c_str() << ", FanBeamAngle=" << 
-    convertRadiansToDegrees (theScanner.fanBeamAngle());
+    << ", ViewRatio=" << m_dDefaultViewRatio 
+       << ", ScanRatio=" << m_dDefaultScanRatio 
+    << ", Geometry=" << sGeometry.c_str() 
+       << ", FanBeamAngle=" << convertRadiansToDegrees (theScanner.fanBeamAngle());
   
   Timer timer;
   Projections* pProj = NULL;
@@ -2060,7 +2129,7 @@ PhantomFileView::OnProjections (wxCommandEvent& event)
 #if HAVE_WXTHREADS
     if (theApp->getUseBackgroundTasks()) {
       ProjectorSupervisorThread* pProjector = new ProjectorSupervisorThread (this, m_iDefaultNDet,
-        m_iDefaultNView, sGeometry.c_str(), m_iDefaultNSample, dRotationRadians,
+        m_iDefaultNView, m_iDefaultOffsetView, sGeometry.c_str(), m_iDefaultNSample, dRotationRadians,
         m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultCenterDetectorLength, m_dDefaultViewRatio, m_dDefaultScanRatio, os.str().c_str());
       if (pProjector->Create() != wxTHREAD_NO_ERROR) {
         sys_error (ERR_SEVERE, "Error creating projector thread");
@@ -2072,12 +2141,13 @@ PhantomFileView::OnProjections (wxCommandEvent& event)
       return;
     } else     
 #endif // HAVE_WXTHREADS
-       {
+    {
       pProj = new Projections;
       pProj->initFromScanner (theScanner);
       wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Projection"), wxString("Projection Progress"), pProj->nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT );
       for (int i = 0; i < pProj->nView(); i++) {
-        theScanner.collectProjections (*pProj, rPhantom, i, 1, true, m_iDefaultTrace);
+        //theScanner.collectProjections (*pProj, rPhantom, i, 1, true, m_iDefaultTrace);
+        theScanner.collectProjections (*pProj, rPhantom, i, 1, theScanner.offsetView(), true, m_iDefaultTrace);
         if (! dlgProgress.Update (i+1)) {
           delete pProj;
           return;
@@ -2140,7 +2210,7 @@ PhantomFileView::OnRasterize (wxCommandEvent& event)
   os << "Rasterize Phantom " << rPhantom.name() << ": XSize=" << m_iDefaultRasterNX << ", YSize=" 
     << m_iDefaultRasterNY << ", ViewRatio=" << m_dDefaultRasterViewRatio << ", nSamples=" 
     << m_iDefaultRasterNSamples;;
-
+  
 #if HAVE_WXTHREADS
   if (theApp->getUseBackgroundTasks()) {
     RasterizerSupervisorThread* pThread = new RasterizerSupervisorThread (this, m_iDefaultRasterNX, m_iDefaultRasterNY,
@@ -2155,17 +2225,18 @@ PhantomFileView::OnRasterize (wxCommandEvent& event)
 #endif
   {
     ImageFile* pImageFile = new ImageFile (m_iDefaultRasterNX, m_iDefaultRasterNY);
+
     wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Rasterize"), wxString("Rasterization Progress"), 
-      pImageFile->nx() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT );
+                 pImageFile->nx() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT );
     Timer timer;
     for (unsigned int i = 0; i < pImageFile->nx(); i++) {
       rPhantom.convertToImagefile (*pImageFile, m_dDefaultRasterViewRatio, m_iDefaultRasterNSamples, Trace::TRACE_NONE, i, 1, true);
       if (! dlgProgress.Update (i+1)) {
-        delete pImageFile;
-        return;
+       delete pImageFile;
+       return;
       }
     }
-  
+    
     ImageFileDocument* pRasterDoc = theApp->newImageDoc();
     if (! pRasterDoc) {
       sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
@@ -2174,16 +2245,17 @@ PhantomFileView::OnRasterize (wxCommandEvent& event)
     pRasterDoc->setImageFile (pImageFile);
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
       pRasterDoc->Modify (true);
-    pRasterDoc->UpdateAllViews (this);
-    pRasterDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
     *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
     pImageFile->labelAdd (os.str().c_str(), timer.timerEnd());
-    ImageFileView* rasterView = pRasterDoc->getView();
-    if (rasterView) {
+
+    if (ImageFileView* rasterView = pRasterDoc->getView()) {
+      rasterView->getFrame()->Show(true);
       rasterView->getFrame()->SetFocus();
       rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
     }
-       pRasterDoc->Activate();
+    // Causes loss of frame in wxGTK 
+    // pRasterDoc->UpdateAllViews (this); 
+    // pRasterDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -2379,12 +2451,15 @@ IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(ProjectionFileView, wxView)
 BEGIN_EVENT_TABLE(ProjectionFileView, wxView)
 EVT_MENU(PJMENU_FILE_PROPERTIES, ProjectionFileView::OnProperties)
 EVT_MENU(PJMENU_RECONSTRUCT_FBP, ProjectionFileView::OnReconstructFBP)
+EVT_MENU(PJMENU_RECONSTRUCT_FBP_REBIN, ProjectionFileView::OnReconstructFBPRebin)
 EVT_MENU(PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER, ProjectionFileView::OnReconstructFourier)
+EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_RECTANGULAR, ProjectionFileView::OnConvertRectangular)
 EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_POLAR, ProjectionFileView::OnConvertPolar)
 EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR, ProjectionFileView::OnConvertFFTPolar)
 EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_PARALLEL, ProjectionFileView::OnConvertParallel)
 EVT_MENU(PJMENU_PLOT_TTHETA_SAMPLING, ProjectionFileView::OnPlotTThetaSampling)
-EVT_MENU(PJMENU_ARTIFACT_REDUCTION, ProjectionFileView::OnArtifactReduction)
+EVT_MENU(PJMENU_PLOT_HISTOGRAM, ProjectionFileView::OnPlotHistogram)
+  // EVT_MENU(PJMENU_ARTIFACT_REDUCTION, ProjectionFileView::OnArtifactReduction)
 END_EVENT_TABLE()
 
 
@@ -2439,12 +2514,46 @@ ProjectionFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
 }
 
 
+void
+ProjectionFileView::OnConvertRectangular (wxCommandEvent& event)
+{
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  
+  int nDet = rProj.nDet();
+  int nView = rProj.nView();
+  ImageFile* pIF = new ImageFile (nDet, nView);
+  ImageFileArray v = pIF->getArray();
+  for (int iv = 0; iv < nView; iv++) {
+    DetectorValue* detval = rProj.getDetectorArray(iv).detValues();
+    
+    for (int id = 0; id < nDet; id++)
+      v[id][iv] = detval[id];
+  }
+  
+  ImageFileDocument* pRectDoc = theApp->newImageDoc ();
+  if (! pRectDoc) {
+    sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
+    return;
+  }
+  pRectDoc->setImageFile (pIF);
+  pIF->labelAdd (rProj.getLabel().getLabelString().c_str(), rProj.calcTime());
+  std::ostringstream os;
+  os << "Convert projection file " << GetFrame()->GetTitle().c_str() << " to rectangular image";
+  *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
+  pIF->labelAdd (os.str().c_str());
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    pRectDoc->Modify (true);
+  pRectDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+  pRectDoc->UpdateAllViews ();
+  pRectDoc->Activate();
+}
+
 void
 ProjectionFileView::OnConvertPolar (wxCommandEvent& event)
 {
   Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
   DialogGetConvertPolarParameters dialogPolar (getFrameForChild(), "Convert Polar", m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY,
-    m_iDefaultPolarInterpolation, -1);
+    m_iDefaultPolarInterpolation, -1, IDH_DLG_POLAR);
   if (dialogPolar.ShowModal() == wxID_OK) {
     wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Convert Polar"), wxString("Conversion Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
     wxString strInterpolation (dialogPolar.getInterpolationName());
@@ -2459,7 +2568,7 @@ ProjectionFileView::OnConvertPolar (wxCommandEvent& event)
       *theApp->getLog() << "Error converting to Polar\n";
       return;
     }
-
+    
     pPolarDoc = theApp->newImageDoc ();
     if (! pPolarDoc) {
       sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
@@ -2477,7 +2586,7 @@ ProjectionFileView::OnConvertPolar (wxCommandEvent& event)
       pPolarDoc->Modify (true);
     pPolarDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
     pPolarDoc->UpdateAllViews ();
-       pPolarDoc->Activate();
+    pPolarDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -2486,7 +2595,7 @@ ProjectionFileView::OnConvertFFTPolar (wxCommandEvent& event)
 {
   Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
   DialogGetConvertPolarParameters dialogPolar (getFrameForChild(), "Convert to FFT Polar", m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY,
-    m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad);
+    m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad, IDH_DLG_FFT_POLAR);
   if (dialogPolar.ShowModal() == wxID_OK) {
     wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Convert FFT Polar"), wxString("Conversion Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
     wxString strInterpolation (dialogPolar.getInterpolationName());
@@ -2518,47 +2627,126 @@ ProjectionFileView::OnConvertFFTPolar (wxCommandEvent& event)
       pPolarDoc->Modify (true);
     pPolarDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
     pPolarDoc->UpdateAllViews ();
-       pPolarDoc->Activate();
+    pPolarDoc->Activate();
   }
 }
 
 void
 ProjectionFileView::OnPlotTThetaSampling (wxCommandEvent& event)
 {
+  DialogGetThetaRange dlgTheta (this->getFrame(), ParallelRaysums::THETA_RANGE_UNCONSTRAINED);
+  if (dlgTheta.ShowModal() != wxID_OK)
+    return;
+  
+  int iThetaRange = dlgTheta.getThetaRange();
+  
   Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
-    ParallelRaysums parallel (&rProj);
-    PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
-    PlotFile& rPlot = pPlotDoc->getPlotFile();
-    ParallelRaysums::CoordinateContainer& coordContainer = parallel.getCoordinates();
-    double* pdT = new double [parallel.getNumCoordinates()];
-    double* pdTheta = new double [parallel.getNumCoordinates()];
-
-    for (int i = 0; i < parallel.getNumCoordinates(); i++) {
-      pdT[i] = coordContainer[i]->m_dT;
-      pdTheta[i] = coordContainer[i]->m_dTheta;
-    }
-    rPlot.setCurveSize (2, parallel.getNumCoordinates(), true);
-    rPlot.addEzsetCommand ("title T-Theta Sampling");
-    rPlot.addEzsetCommand ("xlabel T");
-    rPlot.addEzsetCommand ("ylabel Theta");
-    rPlot.addEzsetCommand ("curve 1");
-    if (rProj.nDet() < 50 && rProj.nView() < 50)
-      rPlot.addEzsetCommand ("symbol 1"); // x symbol
-    else
-      rPlot.addEzsetCommand ("symbol 6"); // point symbol
-    rPlot.addEzsetCommand ("noline");
-    rPlot.addColumn (0, pdT);
-    rPlot.addColumn (1, pdTheta);
-    delete pdT;
-    delete pdTheta;
-    if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-      pPlotDoc->Modify (true);
-    pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
-    pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-       pPlotDoc->Activate();
+  ParallelRaysums parallel (&rProj, iThetaRange);
+  PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
+  PlotFile& rPlot = pPlotDoc->getPlotFile();
+  ParallelRaysums::CoordinateContainer& coordContainer = parallel.getCoordinates();
+  double* pdT = new double [parallel.getNumCoordinates()];
+  double* pdTheta = new double [parallel.getNumCoordinates()];
+  
+  for (int i = 0; i < parallel.getNumCoordinates(); i++) {
+    pdT[i] = coordContainer[i]->m_dT;
+    pdTheta[i] = coordContainer[i]->m_dTheta;
+  }
+  rPlot.setCurveSize (2, parallel.getNumCoordinates(), true);
+  rPlot.addEzsetCommand ("title T-Theta Sampling");
+  rPlot.addEzsetCommand ("xlabel T");
+  rPlot.addEzsetCommand ("ylabel Theta");
+  rPlot.addEzsetCommand ("curve 1");
+  if (rProj.nDet() < 50 && rProj.nView() < 50)
+    rPlot.addEzsetCommand ("symbol 1"); // x symbol
+  else
+    rPlot.addEzsetCommand ("symbol 6"); // point symbol
+  rPlot.addEzsetCommand ("noline");
+  rPlot.addColumn (0, pdT);
+  rPlot.addColumn (1, pdTheta);
+  delete pdT;
+  delete pdTheta;
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    pPlotDoc->Modify (true);
+  pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+  pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+  pPlotDoc->Activate();
+}
+
+
+void
+ProjectionFileView::OnPlotHistogram (wxCommandEvent& event)
+{ 
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  int nDet = rProj.nDet();
+  int nView = rProj.nView();
+  
+  if (nDet < 1 || nView < 1)
     return;
+
+  PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
+  if (! pPlotDoc) {
+    sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
+    return;
+  }
+    
+  DetectorValue* pdDetval = rProj.getDetectorArray(0).detValues();
+  double dMin = pdDetval[0], dMax = pdDetval[0];
+
+  for (int iv = 0; iv < nView; iv++) {
+    pdDetval = rProj.getDetectorArray(iv).detValues();
+    for (int id = 0; id < nDet; id++) {
+      double dV = pdDetval[id];
+      if (dV < dMin)
+        dMin = dV;
+      else if (dV > dMax)
+        dMax = dV;
+    }
+  }
+
+  double* pX = new double [NUMBER_HISTOGRAM_BINS];
+  double* pY = new double [NUMBER_HISTOGRAM_BINS];
+  double dBinWidth = (dMax - dMin) / NUMBER_HISTOGRAM_BINS;
+    
+  for (int i = 0; i < NUMBER_HISTOGRAM_BINS; i++) {
+    pX[i] = dMin + (i + 0.5) * dBinWidth;
+    pY[i] = 0;
+  }
+  for (int j = 0; j < nView; j++) {
+    pdDetval = rProj.getDetectorArray(j).detValues();
+    for (int id = 0; id < nDet; id++) {
+      int iBin = nearest<int> ((pdDetval[id] - dMin) / dBinWidth);
+      if (iBin >= 0 && iBin < NUMBER_HISTOGRAM_BINS)
+        pY[iBin] += 1;
+    }
+  }      
+  PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
+  std::ostringstream os;
+  os << "Histogram";
+  std::string title("title ");
+  title += os.str();
+  rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
+  rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Detector Value");
+  rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Count");
+  rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
+  rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
+  rPlotFile.setCurveSize (2, NUMBER_HISTOGRAM_BINS);
+  rPlotFile.addColumn (0, pX);
+  rPlotFile.addColumn (1, pY);
+  rPlotFile.addDescription (rProj.remark());
+  os << " plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
+  *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
+  rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
+  delete pX;
+  delete pY;
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    pPlotDoc->Modify (true);
+  pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+  pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+  pPlotDoc->Activate();
 }
 
+
 void
 ProjectionFileView::OnConvertParallel (wxCommandEvent& event)
 {
@@ -2571,7 +2759,7 @@ ProjectionFileView::OnConvertParallel (wxCommandEvent& event)
   Projections* pProjNew = rProj.interpolateToParallel();
   ProjectionFileDocument* pProjDocNew = theApp->newProjectionDoc();
   pProjDocNew->setProjections (pProjNew);  
-
+  
   if (ProjectionFileView* projView = pProjDocNew->getView()) {
     projView->OnUpdate (projView, NULL);
     if (projView->getCanvas())
@@ -2592,19 +2780,73 @@ ProjectionFileView::OnConvertParallel (wxCommandEvent& event)
 void
 ProjectionFileView::OnReconstructFourier (wxCommandEvent& event)
 {
-  wxMessageBox ("Fourier Reconstruction is not yet supported", "Unimplemented function");
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  DialogGetConvertPolarParameters dialogPolar (getFrameForChild(), "Fourier Reconstruction", m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY,
+    m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad, IDH_DLG_RECON_FOURIER);
+  if (dialogPolar.ShowModal() == wxID_OK) {
+    wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Reconstruction Fourier"), wxString("Reconstruction Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
+    wxString strInterpolation (dialogPolar.getInterpolationName());
+    m_iDefaultPolarNX = dialogPolar.getXSize();
+    m_iDefaultPolarNY = dialogPolar.getYSize();
+    m_iDefaultPolarZeropad = dialogPolar.getZeropad();
+    ImageFile* pIF = new ImageFile (m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY);
+    
+    m_iDefaultPolarInterpolation = Projections::convertInterpNameToID (strInterpolation.c_str());
+    if (! rProj.convertFFTPolar (*pIF, m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad)) {
+      delete pIF;
+      *theApp->getLog() << "Error converting to polar\n";
+      return;
+    }
+#ifdef HAVE_FFT
+    pIF->ifft(*pIF);
+#endif
+    pIF->magnitude(*pIF);
+    Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (*pIF);
+
+    ImageFileDocument* pPolarDoc = theApp->newImageDoc();
+    if (! pPolarDoc) {
+      sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
+      return;
+    }
+    pPolarDoc->setImageFile (pIF);
+    pIF->labelAdd (rProj.getLabel().getLabelString().c_str(), rProj.calcTime());
+    std::ostringstream os;
+    os << "Reconstruct Fourier " << GetFrame()->GetTitle().c_str() << ": xSize=" 
+      << m_iDefaultPolarNX << ", ySize=" << m_iDefaultPolarNY << ", interpolation=" 
+      << strInterpolation.c_str() << ", zeropad=" << m_iDefaultPolarZeropad;
+    *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
+    pIF->labelAdd (os.str().c_str());
+    if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+      pPolarDoc->Modify (true);
+    pPolarDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+    pPolarDoc->UpdateAllViews ();
+    pPolarDoc->Activate();
+  }
+}
+
+void
+ProjectionFileView::OnReconstructFBPRebin (wxCommandEvent& event)
+{
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  doReconstructFBP (rProj, true);
 }
 
 void
 ProjectionFileView::OnReconstructFBP (wxCommandEvent& event)
 {
-  const Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  doReconstructFBP (rProj, false);
+}
+
+void
+ProjectionFileView::doReconstructFBP (const Projections& rProj, bool bRebinToParallel)
+{
   ReconstructionROI defaultROI;
   defaultROI.m_dXMin = -rProj.phmLen() / 2;
   defaultROI.m_dXMax = defaultROI.m_dXMin + rProj.phmLen();
   defaultROI.m_dYMin = -rProj.phmLen() / 2;
   defaultROI.m_dYMax = defaultROI.m_dYMin + rProj.phmLen();
-
+  
   DialogGetReconstructionParameters dialogReconstruction (getFrameForChild(), m_iDefaultNX, m_iDefaultNY, 
     m_iDefaultFilter, m_dDefaultFilterParam, m_iDefaultFilterMethod, m_iDefaultFilterGeneration, 
     m_iDefaultZeropad, m_iDefaultInterpolation, m_iDefaultInterpParam, m_iDefaultBackprojector, 
@@ -2631,12 +2873,14 @@ ProjectionFileView::OnReconstructFBP (wxCommandEvent& event)
   m_iDefaultBackprojector = Backprojector::convertBackprojectNameToID (optBackprojectName.c_str());
   m_iDefaultTrace = dialogReconstruction.getTrace();
   dialogReconstruction.getROI (&defaultROI);
-
+  
   if (m_iDefaultNX <= 0 && m_iDefaultNY <= 0) 
     return;
   
   std::ostringstream os;
   os << "Reconstruct " << rProj.getFilename() << ": xSize=" << m_iDefaultNX << ", ySize=" << m_iDefaultNY << ", Filter=" << optFilterName.c_str() << ", FilterParam=" << m_dDefaultFilterParam << ", FilterMethod=" << optFilterMethodName.c_str() << ", FilterGeneration=" << optFilterGenerationName.c_str() << ", Zeropad=" << m_iDefaultZeropad << ", Interpolation=" << optInterpName.c_str() << ", InterpolationParam=" << m_iDefaultInterpParam << ", Backprojection=" << optBackprojectName.c_str();
+  if (bRebinToParallel)
+    os << "; Interpolate to Parallel";
   
   Timer timerRecon;
   ImageFile* pImageFile = NULL;
@@ -2644,7 +2888,8 @@ ProjectionFileView::OnReconstructFBP (wxCommandEvent& event)
     pImageFile = new ImageFile (m_iDefaultNX, m_iDefaultNY);
     Reconstructor* pReconstructor = new Reconstructor (rProj, *pImageFile, optFilterName.c_str(), 
       m_dDefaultFilterParam, optFilterMethodName.c_str(), m_iDefaultZeropad, optFilterGenerationName.c_str(), 
-      optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, optBackprojectName.c_str(), m_iDefaultTrace, &defaultROI);
+      optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, optBackprojectName.c_str(), m_iDefaultTrace, 
+      &defaultROI, bRebinToParallel);
     
     ReconstructDialog* pDlgReconstruct = new ReconstructDialog (*pReconstructor, rProj, *pImageFile, m_iDefaultTrace, getFrameForChild());
     for (int iView = 0; iView < rProj.nView(); iView++) {
@@ -2667,10 +2912,10 @@ ProjectionFileView::OnReconstructFBP (wxCommandEvent& event)
   } else {
 #if HAVE_WXTHREADS
     if (theApp->getUseBackgroundTasks()) {
-      ReconstructorSupervisorThread* pReconstructor = new ReconstructorSupervisorThread (this, 
-        m_iDefaultNX, m_iDefaultNY, optFilterName.c_str(), 
-        m_dDefaultFilterParam, optFilterMethodName.c_str(), m_iDefaultZeropad, optFilterGenerationName.c_str()
-        optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, optBackprojectName.c_str(), os.str().c_str(), &defaultROI);
+      ReconstructorSupervisorThread* pReconstructor = new ReconstructorSupervisorThread (this, m_iDefaultNX, 
+        m_iDefaultNY, optFilterName.c_str(), m_dDefaultFilterParam, optFilterMethodName.c_str(), 
+        m_iDefaultZeropad, optFilterGenerationName.c_str(), optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam
+        optBackprojectName.c_str(), os.str().c_str(), &defaultROI, bRebinToParallel);
       if (pReconstructor->Create() != wxTHREAD_NO_ERROR) {
         sys_error (ERR_SEVERE, "Error creating reconstructor thread");
         delete pReconstructor;
@@ -2681,13 +2926,14 @@ ProjectionFileView::OnReconstructFBP (wxCommandEvent& event)
       return;
     } else 
 #endif
-       {
+    {
       pImageFile = new ImageFile (m_iDefaultNX, m_iDefaultNY);
+      wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Reconstruction"), wxString("Reconstruction Progress"), rProj.nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT );
       Reconstructor* pReconstructor = new Reconstructor (rProj, *pImageFile, optFilterName.c_str(), 
         m_dDefaultFilterParam, optFilterMethodName.c_str(), m_iDefaultZeropad, optFilterGenerationName.c_str(), 
-        optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, optBackprojectName.c_str(), m_iDefaultTrace, &defaultROI);
+        optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, optBackprojectName.c_str(), m_iDefaultTrace, 
+        &defaultROI, bRebinToParallel);
       
-      wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Reconstruction"), wxString("Reconstruction Progress"), rProj.nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT );
       for (int iView = 0; iView < rProj.nView(); iView++) {
         pReconstructor->reconstructView (iView, 1);
         if (! dlgProgress.Update (iView + 1)) {
@@ -2707,16 +2953,19 @@ ProjectionFileView::OnReconstructFBP (wxCommandEvent& event)
   pReconDoc->setImageFile (pImageFile);
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
     pReconDoc->Modify (true);
-  pReconDoc->UpdateAllViews (this);
-  pReconDoc->Activate();
-  if (ImageFileView* rasterView = pReconDoc->getView()) {
-    rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
-    rasterView->getFrame()->SetFocus();
-    rasterView->getFrame()->Show(true);
-  }
   *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
   pImageFile->labelAdd (rProj.getLabel());
   pImageFile->labelAdd (os.str().c_str(), timerRecon.timerEnd());    
+
+  //  if (ImageFileView* rasterView = pReconDoc->getView()) {
+  //    rasterView->getFrame()->Show(true);
+  //    rasterView->getFrame()->SetFocus();
+  //    rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
+  //  }
+  // causes loss of frame in wxGTK
+  pReconDoc->GetFirstView()->GetFrame()->Show(true);
+  pReconDoc->UpdateAllViews ();
+  // pReconDoc->Activate();
 }
 
 
@@ -2783,21 +3032,24 @@ ProjectionFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   GetDocumentManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
   
   wxMenu *convert_menu = new wxMenu;
+  convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_RECTANGULAR, "&Rectangular Image");
   convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_POLAR, "&Polar Image...\tCtrl-L");
-  convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR, "&FFT->Polar Image...\tCtrl-M");
+  convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR, "FF&T->Polar Image...\tCtrl-T");
   convert_menu->AppendSeparator();
   convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_PARALLEL, "&Interpolate to Parallel");
-
-  wxMenu* filter_menu = new wxMenu;
-  filter_menu->Append (PJMENU_ARTIFACT_REDUCTION, "&Artifact Reduction");
-
+  
+  //  wxMenu* filter_menu = new wxMenu;
+  //  filter_menu->Append (PJMENU_ARTIFACT_REDUCTION, "&Artifact Reduction");
+  
   wxMenu* analyze_menu = new wxMenu;
-  analyze_menu->Append (PJMENU_PLOT_TTHETA_SAMPLING, "&Plot T-Theta Sampling\tCtrl-T");
+  analyze_menu->Append (PJMENU_PLOT_HISTOGRAM, "&Plot Histogram");
+  analyze_menu->Append (PJMENU_PLOT_TTHETA_SAMPLING, "Plot T-T&heta Sampling...\tCtrl-H");
 
   wxMenu *reconstruct_menu = new wxMenu;
   reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FBP, "&Filtered Backprojection...\tCtrl-R", "Reconstruct image using filtered backprojection");
-  reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER, "&Fourier...\tCtrl-E", "Reconstruct image using inverse Fourier");
-  reconstruct_menu->Enable (PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER, false);
+  reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FBP_REBIN, "Filtered &Backprojection (Rebin to Parallel)...\tCtrl-B", "Reconstruct image using filtered backprojection");
+  // still buggy
+  //   reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER, "&Fourier...\tCtrl-E", "Reconstruct image using inverse Fourier");
   
   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
@@ -2809,7 +3061,7 @@ ProjectionFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   
   menu_bar->Append (m_pFileMenu, "&File");
   menu_bar->Append (convert_menu, "&Convert");
-  menu_bar->Append (filter_menu, "Fi&lter");
+  //  menu_bar->Append (filter_menu, "Fi&lter");
   menu_bar->Append (analyze_menu, "&Analyze");
   menu_bar->Append (reconstruct_menu, "&Reconstruct");
   menu_bar->Append (help_menu, "&Help");
@@ -2817,14 +3069,15 @@ ProjectionFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   subframe->SetMenuBar(menu_bar);  
   subframe->Centre(wxBOTH);
   
-  wxAcceleratorEntry accelEntries[6];
+  wxAcceleratorEntry accelEntries[7];
   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('L'), PJMENU_CONVERT_POLAR);
-  accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('M'), PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR);
+  accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('T'), PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR);
   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('R'), PJMENU_RECONSTRUCT_FBP);
-  accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER);
-  accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('I'), PJMENU_FILE_PROPERTIES);
-  accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('T'), PJMENU_PLOT_TTHETA_SAMPLING);
-  wxAcceleratorTable accelTable (6, accelEntries);
+  accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('B'), PJMENU_RECONSTRUCT_FBP_REBIN);
+  accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER);
+  accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('I'), PJMENU_FILE_PROPERTIES);
+  accelEntries[6].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), PJMENU_PLOT_TTHETA_SAMPLING);
+  wxAcceleratorTable accelTable (7, accelEntries);
   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
   
   return subframe;
@@ -3213,7 +3466,7 @@ PlotFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
   const int iNColumns = rPlotFile.getNumColumns();
   const int iNRecords = rPlotFile.getNumRecords();
   const bool bScatterPlot = rPlotFile.getIsScatterPlot();
-
+  
   if (iNColumns > 0 && iNRecords > 0) {
     if (m_pEZPlot)
       delete m_pEZPlot;
@@ -3236,12 +3489,12 @@ PlotFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
     
     m_pEZPlot->ezset("box");
     m_pEZPlot->ezset("grid");
-  
+    
     double* pdX = new double [iNRecords];
     double* pdY = new double [iNRecords];
     if (! bScatterPlot) {
       rPlotFile.getColumn (0, pdX);
-    
+      
       for (int iCol = 1; iCol < iNColumns; iCol++) {
         rPlotFile.getColumn (iCol, pdY);
         m_pEZPlot->addCurve (pdX, pdY, iNRecords);