r1856: *** empty log message ***
[ctsim.git] / src / views.cpp
index c20009dbf38813fec99bc18711f64237e2527678..3aca5d4d1ff979ef68a63cb11c6974e2aeaa4292 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 /*****************************************************************************
 ** FILE IDENTIFICATION
 **
-**   Name:          view.cpp
+**   Name:          views.cpp
 **   Purpose:       View & Canvas routines for CTSim program
 **   Programmer:    Kevin Rosenberg
 **   Date Started:  July 2000
@@ -9,7 +9,7 @@
 **  This is part of the CTSim program
 **  Copyright (c) 1983-2001 Kevin Rosenberg
 **
-**  $Id: views.cpp,v 1.111 2001/02/22 00:56:50 kevin Exp $
+**  $Id: views.cpp,v 1.150 2002/05/01 15:17:36 kevin Exp $
 **
 **  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
 **  it under the terms of the GNU General Public License (version 2) as
 **  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
 ******************************************************************************/
 
-// For compilers that support precompilation, includes "wx/wx.h".
 #include "wx/wxprec.h"
-
-#ifdef __BORLANDC__
-#pragma hdrstop
-#endif
-
 #ifndef WX_PRECOMP
 #include "wx/wx.h"
 #endif
@@ -42,6 +36,7 @@
 
 #include "wx/image.h"
 #include "wx/progdlg.h"
+#include "wx/clipbrd.h"
 
 #include "ct.h"
 #include "ctsim.h"
@@ -53,6 +48,9 @@
 #include "backprojectors.h"
 #include "reconstruct.h"
 #include "timer.h"
+#include "threadproj.h"
+#include "threadrecon.h"
+#include "threadraster.h"
 
 #if defined(MSVC) || HAVE_SSTREAM
 #include <sstream>
@@ -119,6 +117,7 @@ ImageFileCanvas::OnMouseEvent(wxMouseEvent& event)
   if (! m_pView)
     return;
   
+  
   wxClientDC dc(this);
   PrepareDC(dc);
   
@@ -206,6 +205,9 @@ IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(ImageFileView, wxView)
 BEGIN_EVENT_TABLE(ImageFileView, wxView)
 EVT_MENU(IFMENU_FILE_EXPORT, ImageFileView::OnExport)
 EVT_MENU(IFMENU_FILE_PROPERTIES, ImageFileView::OnProperties)
+EVT_MENU(IFMENU_EDIT_COPY, ImageFileView::OnEditCopy)
+EVT_MENU(IFMENU_EDIT_CUT, ImageFileView::OnEditCut)
+EVT_MENU(IFMENU_EDIT_PASTE, ImageFileView::OnEditPaste)
 EVT_MENU(IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, ImageFileView::OnScaleMinMax)
 EVT_MENU(IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO, ImageFileView::OnScaleAuto)
 EVT_MENU(IFMENU_VIEW_SCALE_FULL, ImageFileView::OnScaleFull)
@@ -239,6 +241,8 @@ EVT_MENU(IFMENU_FILTER_IFFT_COLS, ImageFileView::OnIFFTCols)
 #endif
 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_MAGNITUDE, ImageFileView::OnMagnitude)
 EVT_MENU(IFMENU_FILTER_PHASE, ImageFileView::OnPhase)
+EVT_MENU(IFMENU_FILTER_REAL, ImageFileView::OnReal)
+EVT_MENU(IFMENU_FILTER_IMAGINARY, ImageFileView::OnImaginary)
 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_ROW, ImageFileView::OnPlotRow)
 EVT_MENU(IFMENU_PLOT_COL, ImageFileView::OnPlotCol)
 #ifdef HAVE_FFT
@@ -249,9 +253,9 @@ EVT_MENU(IFMENU_PLOT_HISTOGRAM, ImageFileView::OnPlotHistogram)
 END_EVENT_TABLE()
 
 ImageFileView::ImageFileView() 
-: wxView(), m_pFrame(NULL), m_pCanvas(NULL), m_pFileMenu(0), m_bMinSpecified(false), m_bMaxSpecified(false)
+: wxView(), m_pFrame(NULL), m_pCanvas(NULL), m_pFileMenu(0), m_pFilterMenu(0), m_bMinSpecified(false), m_bMaxSpecified(false)
 {
-  m_iDefaultExportFormatID = ImageFile::FORMAT_PNG;
+  m_iDefaultExportFormatID = ImageFile::EXPORT_FORMAT_PNG;
 }
 
 ImageFileView::~ImageFileView()
@@ -291,6 +295,7 @@ ImageFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
     wxMessageDialog dialogMsg (getFrameForChild(), os.str().c_str(), "Imagefile Properties", wxOK | wxICON_INFORMATION);
     dialogMsg.ShowModal();
   }
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void 
@@ -309,9 +314,10 @@ ImageFileView::OnScaleAuto (wxCommandEvent& event)
       m_dMinPixel = dMin;
       m_dMaxPixel = dMax;
       m_dAutoScaleFactor = dialogAutoScale.getAutoScaleFactor();
-      OnUpdate (this, NULL);
+      GetDocument()->UpdateAllViews (this);
     }
   }
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void 
@@ -334,8 +340,9 @@ ImageFileView::OnScaleMinMax (wxCommandEvent& event)
     m_bMaxSpecified = true;
     m_dMinPixel = dialogMinMax.getMinimum();
     m_dMaxPixel = dialogMinMax.getMaximum();
-    OnUpdate (this, NULL);
+    GetDocument()->UpdateAllViews (this);
   }
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void 
@@ -344,8 +351,9 @@ ImageFileView::OnScaleFull (wxCommandEvent& event)
   if (m_bMinSpecified || m_bMaxSpecified) {
     m_bMinSpecified = false;
     m_bMaxSpecified = false;
-    OnUpdate (this, NULL);
+    GetDocument()->UpdateAllViews (this);
   }
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -388,7 +396,7 @@ ImageFileView::OnCompare (wxCommandEvent& event)
           return;
         }
         pDifferenceDoc->setImageFile (pDifferenceImage);
-
+        
         wxString s = GetFrame()->GetTitle() + ": ";
         pDifferenceImage->labelsCopy (rIF, s.c_str());
         s = pCompareDoc->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle() + ": ";
@@ -403,6 +411,7 @@ ImageFileView::OnCompare (wxCommandEvent& event)
         pDifferenceDoc->UpdateAllViews (this);
         pDifferenceDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
         pDifferenceDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+        pDifferenceDoc->Activate();
       }
       wxMessageBox(os.str().c_str(), "Image Comparison");
     }
@@ -416,8 +425,9 @@ ImageFileView::OnInvertValues (wxCommandEvent& event)
   rIF.invertPixelValues (rIF);
   rIF.labelAdd ("Invert Pixel Values");
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-          GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -427,8 +437,9 @@ ImageFileView::OnSquare (wxCommandEvent& event)
   rIF.square (rIF);
   rIF.labelAdd ("Square Pixel Values");
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -438,8 +449,9 @@ ImageFileView::OnSquareRoot (wxCommandEvent& event)
   rIF.sqrt (rIF);
   rIF.labelAdd ("Square-root Pixel Values");
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -449,8 +461,9 @@ ImageFileView::OnLog (wxCommandEvent& event)
   rIF.log (rIF);
   rIF.labelAdd ("Logrithm base-e Pixel Values");
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -460,8 +473,9 @@ ImageFileView::OnExp (wxCommandEvent& event)
   rIF.exp (rIF);
   rIF.labelAdd ("Exponent base-e Pixel Values");
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -499,8 +513,8 @@ ImageFileView::OnAdd (wxCommandEvent& event)
       if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
         pNewDoc->Modify (true);
       pNewDoc->UpdateAllViews (this);
-      pNewDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
       pNewDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+      pNewDoc->Activate();
     }
   }
 }
@@ -540,8 +554,8 @@ ImageFileView::OnSubtract (wxCommandEvent& event)
       if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
         pNewDoc->Modify (true);
       pNewDoc->UpdateAllViews (this);
-      pNewDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
       pNewDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+      pNewDoc->Activate();
     }
   }
 }
@@ -581,8 +595,8 @@ ImageFileView::OnMultiply (wxCommandEvent& event)
       if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
         pNewDoc->Modify (true);
       pNewDoc->UpdateAllViews (this);
-      pNewDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
       pNewDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+      pNewDoc->Activate();
     }
   }
 }
@@ -622,8 +636,8 @@ ImageFileView::OnDivide (wxCommandEvent& event)
       if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
         pNewDoc->Modify (true);
       pNewDoc->UpdateAllViews (this);
-      pNewDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
       pNewDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+      pNewDoc->Activate();
     }
   }
 }
@@ -639,8 +653,9 @@ ImageFileView::OnFFT (wxCommandEvent& event)
   m_bMinSpecified = false;
   m_bMaxSpecified = false;
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -652,8 +667,9 @@ ImageFileView::OnIFFT (wxCommandEvent& event)
   m_bMinSpecified = false;
   m_bMaxSpecified = false;
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -665,8 +681,9 @@ ImageFileView::OnFFTRows (wxCommandEvent& event)
   m_bMinSpecified = false;
   m_bMaxSpecified = false;
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -678,8 +695,9 @@ ImageFileView::OnIFFTRows (wxCommandEvent& event)
   m_bMinSpecified = false;
   m_bMaxSpecified = false;
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -691,8 +709,9 @@ ImageFileView::OnFFTCols (wxCommandEvent& event)
   m_bMinSpecified = false;
   m_bMaxSpecified = false;
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -704,8 +723,9 @@ ImageFileView::OnIFFTCols (wxCommandEvent& event)
   m_bMinSpecified = false;
   m_bMaxSpecified = false;
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 #endif
 
@@ -719,8 +739,9 @@ ImageFileView::OnFourier (wxCommandEvent& event)
   m_bMinSpecified = false;
   m_bMaxSpecified = false;
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -733,8 +754,9 @@ ImageFileView::OnInverseFourier (wxCommandEvent& event)
   m_bMinSpecified = false;
   m_bMaxSpecified = false;
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -746,8 +768,9 @@ ImageFileView::OnShuffleNaturalToFourierOrder (wxCommandEvent& event)
   m_bMinSpecified = false;
   m_bMaxSpecified = false;
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
@@ -759,38 +782,71 @@ ImageFileView::OnShuffleFourierToNaturalOrder (wxCommandEvent& event)
   m_bMinSpecified = false;
   m_bMaxSpecified = false;
   if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-     GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->Modify (true);
   GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
 ImageFileView::OnMagnitude (wxCommandEvent& event)
+{
+  ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
+  rIF.magnitude (rIF);
+  rIF.labelAdd ("Magnitude");
+  m_bMinSpecified = false;
+  m_bMaxSpecified = false;
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    GetDocument()->Modify (true);
+  GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  GetDocument()->Activate();
+}
+
+void
+ImageFileView::OnPhase (wxCommandEvent& event)
 {
   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
   if (rIF.isComplex()) {
-    rIF.magnitude (rIF);
-    rIF.labelAdd ("Magnitude of complex-image");
+    rIF.phase (rIF);
+    rIF.labelAdd ("Phase of complex-image");
     m_bMinSpecified = false;
     m_bMaxSpecified = false;
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-       GetDocument()->Modify (true);
+      GetDocument()->Modify (true);
     GetDocument()->UpdateAllViews (this);
   }
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void
-ImageFileView::OnPhase (wxCommandEvent& event)
+ImageFileView::OnReal (wxCommandEvent& event)
 {
   ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
   if (rIF.isComplex()) {
-    rIF.phase (rIF);
-    rIF.labelAdd ("Phase of complex-image");
+    rIF.real (rIF);
+    rIF.labelAdd ("Real component of complex-image");
     m_bMinSpecified = false;
     m_bMaxSpecified = false;
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-       GetDocument()->Modify (true);
+      GetDocument()->Modify (true);
     GetDocument()->UpdateAllViews (this);
   }
+  GetDocument()->Activate();
+}
+
+void
+ImageFileView::OnImaginary (wxCommandEvent& event)
+{
+  ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
+  if (rIF.isComplex()) {
+    rIF.imaginary (rIF);
+    rIF.labelAdd ("Imaginary component of complex-image");
+    m_bMinSpecified = false;
+    m_bMaxSpecified = false;
+    if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+      GetDocument()->Modify (true);
+    GetDocument()->UpdateAllViews (this);
+  }
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 
@@ -825,7 +881,6 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   theApp->setIconForFrame (subframe);
   
   m_pFileMenu = new wxMenu;
-  
   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
   m_pFileMenu->Append(wxID_OPEN, "&Open...\tCtrl-O");
@@ -835,13 +890,15 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   m_pFileMenu->Append(wxID_REVERT, "Re&vert");
   
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
-  m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
-  m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_EXPORT, "&Export...");
+  m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties\tCtrl-I");
+  m_pFileMenu->Append(IFMENU_FILE_EXPORT, "Expor&t...");
   
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Preview");
+  m_pFileMenu->AppendSeparator();
+  m_pFileMenu->Append(MAINMENU_IMPORT, "&Import...\tCtrl-M");
 #ifdef CTSIM_MDI
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append (MAINMENU_FILE_PREFERENCES, "Prefere&nces...");
@@ -850,35 +907,43 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   GetDocumentManager()->FileHistoryAddFilesToMenu(m_pFileMenu);
   GetDocumentManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
   
+  wxMenu* edit_menu = new wxMenu;
+  edit_menu->Append(IFMENU_EDIT_COPY, "Copy\tCtrl-C");
+  edit_menu->Append(IFMENU_EDIT_CUT, "Cut\tCtrl-X");
+  edit_menu->Append(IFMENU_EDIT_PASTE, "Paste\tCtrl-V");
+  
   wxMenu *view_menu = new wxMenu;
   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, "Display Scale S&et...\tCtrl-E");
   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO, "Display Scale &Auto...\tCtrl-A");
   view_menu->Append(IFMENU_VIEW_SCALE_FULL, "Display F&ull Scale\tCtrl-U");
   
-  wxMenu* filter_menu = new wxMenu;
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERTVALUES, "&Invert Values");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SQUARE, "&Square");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SQRT, "Square &Root");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_LOG, "&Log");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_EXP, "&Exp");
-  filter_menu->AppendSeparator();
+  m_pFilterMenu = new wxMenu;
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_INVERTVALUES, "In&vert Values");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_SQUARE, "&Square");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_SQRT, "Square &Root");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_LOG, "&Log");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_EXP, "E&xp");
+  m_pFilterMenu->AppendSeparator();
 #ifdef HAVE_FFT
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT, "2-D &FFT");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT, "2-D &IFFT");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_ROWS, "FFT Rows");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_ROWS, "IFFT Rows");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_COLS, "FFT Columns");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_COLS, "IFFT Columns");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "2-D F&ourier");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "2-D Inverse Fo&urier");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_FFT, "2-D &FFT\tCtrl-2");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT, "2-D &IFFT\tAlt-2");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_ROWS, "FFT Rows");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_ROWS, "IFFT Rows");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_FFT_COLS, "FFT Columns");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_IFFT_COLS, "IFFT Columns");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "2-D F&ourier");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "2-D Inverse Fo&urier");
 #else
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "&Fourier");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "&Inverse Fourier");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_FOURIER, "&Fourier");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_INVERSE_FOURIER, "&Inverse Fourier");
 #endif
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLEFOURIERTONATURALORDER, "S&huffle Fourier to Natural Order");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLENATURALTOFOURIERORDER, "Shu&ffle Natural to Fourier Order");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_MAGNITUDE, "&Magnitude");
-  filter_menu->Append (IFMENU_FILTER_PHASE, "&Phase");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLEFOURIERTONATURALORDER, "Shuffl&e Fourier to Natural Order");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_SHUFFLENATURALTOFOURIERORDER, "Shuffle &Natural to Fourier Order");
+  m_pFilterMenu->AppendSeparator();
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_MAGNITUDE, "&Magnitude");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_PHASE, "&Phase");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_REAL, "Re&al");
+  m_pFilterMenu->Append (IFMENU_FILTER_IMAGINARY, "Ima&ginary");
   
   wxMenu* image_menu = new wxMenu;
   image_menu->Append (IFMENU_IMAGE_ADD, "&Add...");
@@ -896,12 +961,12 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_PLOT_COL, "Plot &Column");
   m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_PLOT_HISTOGRAM, "Plot &Histogram");
   m_pMenuAnalyze->AppendSeparator();
-  m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_PLOT_FFT_ROW, "Plot FFT Row");
-  m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_PLOT_FFT_COL, "Plot FFT Column");
+  m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_PLOT_FFT_ROW, "P&lot FFT Row");
+  m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_PLOT_FFT_COL, "Plo&t FFT Column");
   m_pMenuAnalyze->AppendSeparator();
   m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_COMPARE_IMAGES, "Compare &Images...");
-  m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_COMPARE_ROW, "Compare &Row");
-  m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_COMPARE_COL, "Compare &Column");
+  m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_COMPARE_ROW, "Compare Ro&w");
+  m_pMenuAnalyze->Append (IFMENU_COMPARE_COL, "Compare Colu&mn");
   m_pMenuAnalyze->Enable (IFMENU_PLOT_ROW, false);
   m_pMenuAnalyze->Enable (IFMENU_PLOT_COL, false);
   m_pMenuAnalyze->Enable (IFMENU_COMPARE_ROW, false);
@@ -918,9 +983,10 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   wxMenuBar *menu_bar = new wxMenuBar;
   
   menu_bar->Append(m_pFileMenu, "&File");
+  menu_bar->Append(edit_menu, "&Edit");
   menu_bar->Append(view_menu, "&View");
   menu_bar->Append(image_menu, "&Image");
-  menu_bar->Append(filter_menu, "Fi&lter");
+  menu_bar->Append(m_pFilterMenu, "Fi&lter");
   menu_bar->Append(m_pMenuAnalyze, "&Analyze");
   menu_bar->Append(help_menu, "&Help");
   
@@ -928,17 +994,24 @@ ImageFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   
   subframe->Centre(wxBOTH);
   
-  wxAcceleratorEntry accelEntries[4];
+  wxAcceleratorEntry accelEntries[10];
   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('A'), IFMENU_VIEW_SCALE_AUTO);
   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('U'), IFMENU_VIEW_SCALE_FULL);
   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), IFMENU_VIEW_SCALE_MINMAX);
+  accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('I'), IFMENU_FILE_PROPERTIES);
+  accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('C'), IFMENU_EDIT_COPY);
+  accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('X'), IFMENU_EDIT_CUT);
+  accelEntries[6].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('V'), IFMENU_EDIT_PASTE);
+  int iEntry = 7;
+#ifdef HAVE_FFT
+  accelEntries[iEntry++].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('2'), IFMENU_FILTER_FFT);
+  accelEntries[iEntry++].Set (wxACCEL_ALT,  static_cast<int>('2'), IFMENU_FILTER_IFFT);
+#endif
 #if wxUSE_GLCANVAS
-  accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('3'), IFMENU_IMAGE_CONVERT3D);
-  wxAcceleratorTable accelTable (4, accelEntries);
-#else
-  wxAcceleratorTable accelTable (3, accelEntries);
+  accelEntries[iEntry++].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('3'), IFMENU_IMAGE_CONVERT3D);
 #endif
-
+  wxAcceleratorTable accelTable (iEntry, accelEntries);
+  
   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
   
   return subframe;
@@ -954,17 +1027,17 @@ ImageFileView::OnCreate (wxDocument *doc, long WXUNUSED(flags) )
   m_bMaxSpecified = false;
   m_dAutoScaleFactor = 1.;
   
-  int width, height;
-  m_pFrame->GetClientSize (&width, &height);
+  //  int width, height;
+  //  m_pFrame->GetClientSize (&width, &height);
   m_pFrame->SetTitle("ImageFileView");
   m_pCanvas = CreateCanvas (m_pFrame);
   
-  int x, y;  // X requires a forced resize
-  m_pFrame->GetSize(&x, &y);
-  m_pFrame->SetSize(-1, -1, x, y);
+  //  int x, y;  // X requires a forced resize
+  //  m_pFrame->GetSize(&x, &y);
+  //  m_pFrame->SetSize(-1, -1, x, y);
   m_pFrame->SetFocus();
   m_pFrame->Show(true);
-  Activate(true);
+  //  Activate(true);
   
   return true;
 }
@@ -990,6 +1063,15 @@ void
 ImageFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
 {
   const ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
+  if (m_pFilterMenu && rIF.isComplex()) {
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_REAL, true);
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_IMAGINARY, true);
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_PHASE, true);
+  } else {
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_REAL, false);
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_IMAGINARY, false);
+    m_pFilterMenu->Enable(IFMENU_FILTER_PHASE, false);
+  }
   ImageFileArrayConst v = rIF.getArray();
   int nx = rIF.nx();
   int ny = rIF.ny();
@@ -1005,6 +1087,10 @@ ImageFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
     double scaleWidth = m_dMaxPixel - m_dMinPixel;
     
     unsigned char* imageData = new unsigned char [nx * ny * 3];
+    if (! imageData) {
+      sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to allocate memory for Image display");
+      return;
+    }
     for (int ix = 0; ix < nx; ix++) {
       for (int iy = 0; iy < ny; iy++) {
         double scaleValue = ((v[ix][iy] - m_dMinPixel) / scaleWidth) * 255;
@@ -1020,7 +1106,7 @@ ImageFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
     int xSize = nx;
     int ySize = ny;
     ySize = clamp (ySize, 0, 800);
-    m_pFrame->SetClientSize (xSize, ySize);
+    //    m_pFrame->SetClientSize (xSize, ySize); // KMR
     m_pCanvas->SetScrollbars(20, 20, nx/20, ny/20);
     m_pCanvas->SetBackgroundColour(*wxWHITE);
   } 
@@ -1035,7 +1121,7 @@ ImageFileView::OnClose (bool deleteWindow)
   //GetDocumentManager()->ActivateView (this, false, true);
   if (! GetDocument() || ! GetDocument()->Close())
     return false;
-
+  
   Activate (false);
   if (m_pCanvas) {
     m_pCanvas->setView(NULL);
@@ -1057,6 +1143,81 @@ ImageFileView::OnClose (bool deleteWindow)
   return true;
 }
 
+void
+ImageFileView::OnEditCopy (wxCommandEvent& event)
+{
+  wxBitmapDataObject *pBitmapObject = new wxBitmapDataObject;
+  
+  pBitmapObject->SetBitmap (m_bitmap);
+  
+  if (wxTheClipboard->Open()) {
+    wxTheClipboard->SetData (pBitmapObject);
+    wxTheClipboard->Close();
+  }
+}
+
+void
+ImageFileView::OnEditCut (wxCommandEvent& event)
+{
+  OnEditCopy (event);
+  ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
+  int nx = rIF.nx();
+  int ny = rIF.ny();
+  ImageFile* pIF = new ImageFile (nx, ny);
+  pIF->arrayDataClear();
+  GetDocument()->setImageFile (pIF); // deletes old IF
+  OnUpdate(this, NULL);
+  GetDocument()->UpdateAllViews();
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    GetDocument()->Modify (true);
+}
+
+void
+ImageFileView::OnEditPaste (wxCommandEvent& event)
+{
+  ImageFile& rIF = GetDocument()->getImageFile();
+  
+  if (wxTheClipboard->Open()) {
+    wxBitmap bitmap;
+    if (wxTheClipboard->IsSupported (wxDF_BITMAP)) {
+      wxBitmapDataObject bitmapObject;
+      wxTheClipboard->GetData (bitmapObject);
+      bitmap = bitmapObject.GetBitmap ();
+    }
+    wxTheClipboard->Close();
+    
+    int nx = rIF.nx();
+    int ny = rIF.ny();
+    bool bMonochrome = false;
+
+    if (bitmap.Ok() == true && bitmap.GetWidth() == nx && bitmap.GetHeight() == ny) {
+      wxImage image (bitmap);
+      double dScale3 = 3 * 255;
+      unsigned char* pixels = image.GetData();
+      ImageFileArray v = rIF.getArray();
+      for (unsigned int ix = 0; ix < rIF.nx(); ix++) {
+        for (unsigned int iy = 0; iy < rIF.ny(); iy++) {
+          unsigned int iBase = 3 * (iy * nx + ix);
+          if (ix == 0 && iy == 0 && (pixels[iBase] == pixels[iBase+1] && pixels[iBase+1] == pixels[iBase+2]))
+            bMonochrome = true;
+          if (bMonochrome) {
+            v[ix][ny - 1 - iy] = (pixels[iBase]+pixels[iBase+1]+pixels[iBase+2]) / dScale3;
+          } else {
+            double dR = pixels[iBase] / 255.;
+            double dG = pixels[iBase+1] / 255.;
+            double dB = pixels[iBase+2] / 255.;
+            v[ix][ny - 1 - iy] = ImageFile::colorToGrayscale (dR, dG, dB);
+          }
+        }
+      }
+      OnUpdate(this, NULL);
+      GetDocument()->UpdateAllViews();
+      if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+        GetDocument()->Modify(true);
+    }
+  }
+}
+
 void
 ImageFileView::OnExport (wxCommandEvent& event)
 {
@@ -1077,20 +1238,34 @@ ImageFileView::OnExport (wxCommandEvent& event)
     DialogExportParameters dialogExport (getFrameForChild(), m_iDefaultExportFormatID);
     if (dialogExport.ShowModal() == wxID_OK) {
       wxString strFormatName (dialogExport.getFormatName ());
-      m_iDefaultExportFormatID = ImageFile::convertFormatNameToID (strFormatName.c_str());
+      m_iDefaultExportFormatID = ImageFile::convertExportFormatNameToID (strFormatName.c_str());
       
       wxString strExt;
       wxString strWildcard;
-      if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PGM || m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PGMASCII) {
+      if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::EXPORT_FORMAT_PGM || m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::EXPORT_FORMAT_PGMASCII) {
         strExt = ".pgm";
         strWildcard = "PGM Files (*.pgm)|*.pgm";
       }
 #ifdef HAVE_PNG
-      else if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PNG || m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::FORMAT_PNG16) {
+      else if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::EXPORT_FORMAT_PNG || m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::EXPORT_FORMAT_PNG16) {
         strExt = ".png";
         strWildcard = "PNG Files (*.png)|*.png";
       }
 #endif
+#ifdef HAVE_CTN_DICOM
+      else if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::EXPORT_FORMAT_DICOM) {
+        strExt = "";
+        strWildcard = "DICOM Files (*.*)|*.*";
+      }
+#endif
+      else if (m_iDefaultExportFormatID == ImageFile::EXPORT_FORMAT_TEXT) {
+        strExt = ".txt";
+        strWildcard = "Text (*.txt)|*.txt";
+      }
+      else {
+        strExt = "";
+        strWildcard = "Miscellaneous (*.*)|*.*";
+      }
       
       const wxString& strFilename = wxFileSelector (wxString("Export Filename"), wxString(""), 
         wxString(""), strExt, strWildcard, wxOVERWRITE_PROMPT | wxHIDE_READONLY | wxSAVE);
@@ -1127,10 +1302,10 @@ ImageFileView::OnScaleSize (wxCommandEvent& event)
     rIF.scaleImage (rScaledIF);
     *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-       pScaledDoc->Modify (true);
+      pScaledDoc->Modify (true);
     pScaledDoc->UpdateAllViews (this);
-    pScaledDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
     pScaledDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+    pScaledDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -1231,10 +1406,10 @@ ImageFileView::OnPlotRow (wxCommandEvent& event)
       delete pYMag;
     }
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-       pPlotDoc->Modify (true);
-    pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-    pPlotDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
+      pPlotDoc->Modify (true);
     pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+    pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+    pPlotDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -1317,10 +1492,10 @@ ImageFileView::OnPlotCol (wxCommandEvent& event)
       delete pYMag;
     }
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-       pPlotDoc->Modify (true);
-    pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-    pPlotDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
+      pPlotDoc->Modify (true);
     pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+    pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+    pPlotDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -1352,7 +1527,7 @@ ImageFileView::OnPlotFFTRow (wxCommandEvent& event)
         pcIn[i].im = 0;
     }
     
-    fftw_plan plan = fftw_create_plan (nx, FFTW_FORWARD, FFTW_IN_PLACE);
+    fftw_plan plan = fftw_create_plan (nx, FFTW_FORWARD, FFTW_IN_PLACE | FFTW_ESTIMATE | FFTW_USE_WISDOM);
     fftw_one (plan, pcIn, NULL);
     fftw_destroy_plan (plan);
     
@@ -1362,8 +1537,8 @@ ImageFileView::OnPlotFFTRow (wxCommandEvent& event)
     double* pYMag = new double [nx];
     for (i = 0; i < nx; i++) {
       pX[i] = i;
-      pYReal[i] = pcIn[i].re;
-      pYImag[i] = pcIn[i].im;
+      pYReal[i] = pcIn[i].re / nx;
+      pYImag[i] = pcIn[i].im / nx;
       pYMag[i] = ::sqrt (pcIn[i].re * pcIn[i].re + pcIn[i].im * pcIn[i].im);
     }
     Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (pYReal, nx);
@@ -1399,7 +1574,7 @@ ImageFileView::OnPlotFFTRow (wxCommandEvent& event)
       rPlotFile.addColumn (1, pYReal);
       rPlotFile.addColumn (2, pYImag);
       rPlotFile.addColumn (3, pYMag);
-      for (int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
+      for (unsigned int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
         rPlotFile.addDescription (rIF.labelGet(iL).getLabelString().c_str());
       os << " FFT Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
@@ -1412,10 +1587,10 @@ ImageFileView::OnPlotFFTRow (wxCommandEvent& event)
     delete [] pcIn;
     
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-       pPlotDoc->Modify (true);
-    pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-    pPlotDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
+      pPlotDoc->Modify (true);
     pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+    pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+    pPlotDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -1455,7 +1630,7 @@ ImageFileView::OnPlotFFTCol (wxCommandEvent& event)
     for (i = 0; i < ny; i++)
       pcIn[i].im = pdTemp[i];
     
-    fftw_plan plan = fftw_create_plan (ny, FFTW_BACKWARD, FFTW_IN_PLACE);
+    fftw_plan plan = fftw_create_plan (ny, FFTW_BACKWARD, FFTW_IN_PLACE | FFTW_ESTIMATE | FFTW_USE_WISDOM);
     fftw_one (plan, pcIn, NULL);
     fftw_destroy_plan (plan);
     
@@ -1465,8 +1640,8 @@ ImageFileView::OnPlotFFTCol (wxCommandEvent& event)
     double* pYMag = new double [ny];
     for (i = 0; i < ny; i++) {
       pX[i] = i;
-      pYReal[i] = pcIn[i].re;
-      pYImag[i] = pcIn[i].im;
+      pYReal[i] = pcIn[i].re / ny;
+      pYImag[i] = pcIn[i].im / ny;
       pYMag[i] = ::sqrt (pcIn[i].re * pcIn[i].re + pcIn[i].im * pcIn[i].im);
     }
     
@@ -1499,7 +1674,7 @@ ImageFileView::OnPlotFFTCol (wxCommandEvent& event)
       rPlotFile.addColumn (1, pYReal);
       rPlotFile.addColumn (2, pYImag);
       rPlotFile.addColumn (3, pYMag);
-      for (int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
+      for (unsigned int iL = 0; iL < rIF.nLabels(); iL++)
         rPlotFile.addDescription (rIF.labelGet(iL).getLabelString().c_str());
       os << " FFT Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
@@ -1513,10 +1688,10 @@ ImageFileView::OnPlotFFTCol (wxCommandEvent& event)
     delete [] pcIn;
     
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-       pPlotDoc->Modify (true);
-    pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-    pPlotDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
+      pPlotDoc->Modify (true);
     pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+    pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+    pPlotDoc->Activate();
   }
 }
 #endif
@@ -1605,9 +1780,9 @@ ImageFileView::OnCompareCol (wxCommandEvent& event)
       delete pY2;
       if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
         pPlotDoc->Modify (true);
-      pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-      pPlotDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
       pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+      pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+      pPlotDoc->Activate();
     }
   }
 }
@@ -1697,9 +1872,9 @@ ImageFileView::OnCompareRow (wxCommandEvent& event)
       delete pY2;
       if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
         pPlotDoc->Modify (true);
-      pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-      pPlotDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
       pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+      pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+      pPlotDoc->Activate();
     }
   }
 }
@@ -1757,16 +1932,16 @@ ImageFileView::OnPlotHistogram (wxCommandEvent& event)
         s += rIF.labelGet(iL).getLabelString();
         rPlotFile.addDescription (s.c_str());
       }
-      os << " Plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
+      os << "  plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
       *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
       rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
       delete pX;
       delete pY;
       if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
         pPlotDoc->Modify (true);
-      pPlotDoc->UpdateAllViews ();
-      pPlotDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
       pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+      pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+      pPlotDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -1796,11 +1971,15 @@ PhantomCanvas::GetBestSize() const
 {
   if (! m_pView)
     return wxSize(0,0);
-
+  
   int xSize, ySize;
   theApp->getMainFrame()->GetClientSize (&xSize, &ySize);
   xSize = maxValue<int> (xSize, ySize);
-  ySize = xSize = (xSize / 3);
+#ifdef CTSIM_MDI
+  ySize = xSize = (xSize / 4);
+#else
+  ySize = xSize;
+#endif
   return wxSize (xSize, ySize);
 }
 
@@ -1822,13 +2001,16 @@ PhantomFileView::PhantomFileView()
 #if defined(DEBUG) || defined(_DEBUG)
   m_iDefaultNDet = 165;
   m_iDefaultNView = 180;
+  m_iDefaultNSample = 1;
 #else
   m_iDefaultNDet = 367;
   m_iDefaultNView = 320;
-#endif
   m_iDefaultNSample = 2;
+#endif
+  m_iDefaultOffsetView = 0;
   m_dDefaultRotation = 1;
   m_dDefaultFocalLength = 2;
+  m_dDefaultCenterDetectorLength = 2;
   m_dDefaultViewRatio = 1;
   m_dDefaultScanRatio = 1;
   m_iDefaultGeometry = Scanner::GEOMETRY_PARALLEL;
@@ -1866,6 +2048,7 @@ PhantomFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
 #endif
   *theApp->getLog() << ">>>>\n" << os.str().c_str() << "<<<<\n";
   wxMessageBox (os.str().c_str(), "Phantom Properties");
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 
@@ -1873,99 +2056,132 @@ void
 PhantomFileView::OnProjections (wxCommandEvent& event)
 {
   DialogGetProjectionParameters dialogProjection (getFrameForChild(), 
-    m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultNSample, m_dDefaultRotation, 
-    m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultViewRatio, m_dDefaultScanRatio, m_iDefaultGeometry
-    m_iDefaultTrace);
+    m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultOffsetView, m_iDefaultNSample, m_dDefaultRotation, 
+    m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultCenterDetectorLength, m_dDefaultViewRatio, m_dDefaultScanRatio
+    m_iDefaultGeometry, m_iDefaultTrace);
   int retVal = dialogProjection.ShowModal();
-  if (retVal == wxID_OK) {
-    m_iDefaultNDet = dialogProjection.getNDet();
-    m_iDefaultNView = dialogProjection.getNView();
-    m_iDefaultNSample = dialogProjection.getNSamples();
-    m_iDefaultTrace = dialogProjection.getTrace();
-    m_dDefaultRotation = dialogProjection.getRotAngle();
-    m_dDefaultFocalLength = dialogProjection.getFocalLengthRatio();
-    m_dDefaultViewRatio = dialogProjection.getViewRatio();
-    m_dDefaultScanRatio = dialogProjection.getScanRatio();
-    wxString sGeometry = dialogProjection.getGeometry();
-    m_iDefaultGeometry = Scanner::convertGeometryNameToID (sGeometry.c_str());
+  if (retVal != wxID_OK) 
+    return;
+  
+  m_iDefaultNDet = dialogProjection.getNDet();
+  m_iDefaultNView = dialogProjection.getNView();
+  m_iDefaultOffsetView = dialogProjection.getOffsetView();
+  m_iDefaultNSample = dialogProjection.getNSamples();
+  m_iDefaultTrace = dialogProjection.getTrace();
+  m_dDefaultRotation = dialogProjection.getRotAngle();
+  m_dDefaultFocalLength = dialogProjection.getFocalLengthRatio();
+  m_dDefaultCenterDetectorLength = dialogProjection.getCenterDetectorLengthRatio();
+  m_dDefaultViewRatio = dialogProjection.getViewRatio();
+  m_dDefaultScanRatio = dialogProjection.getScanRatio();
+  wxString sGeometry = dialogProjection.getGeometry();
+  m_iDefaultGeometry = Scanner::convertGeometryNameToID (sGeometry.c_str());
+  double dRotationRadians = m_dDefaultRotation;
+  m_dDefaultRotation /= TWOPI;  // convert back to fraction of a circle
+  
+  if (m_iDefaultNDet <= 0 || m_iDefaultNView <= 0 || sGeometry == "")
+    return;
+  
+  const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
+  Scanner theScanner (rPhantom, sGeometry.c_str(), m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultOffsetView, m_iDefaultNSample, 
+    dRotationRadians, m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultCenterDetectorLength, m_dDefaultViewRatio, m_dDefaultScanRatio);
+  if (theScanner.fail()) {
+    wxString msg = "Failed making scanner\n";
+    msg += theScanner.failMessage().c_str();
+    *theApp->getLog() << msg << "\n";
+    wxMessageBox (msg, "Error");
+    return;
+  }
+  
+  std::ostringstream os;
+  os << "Projections for " << rPhantom.name() 
+       << ": nDet=" << m_iDefaultNDet 
+    << ", nView=" << m_iDefaultNView 
+       << ", gantry offset=" << m_iDefaultOffsetView 
+       << ", nSamples=" << m_iDefaultNSample 
+    << ", RotAngle=" << m_dDefaultRotation 
+       << ", FocalLengthRatio=" << m_dDefaultFocalLength 
+    << ", CenterDetectorLengthRatio=" << m_dDefaultCenterDetectorLength
+    << ", ViewRatio=" << m_dDefaultViewRatio 
+       << ", ScanRatio=" << m_dDefaultScanRatio 
+    << ", Geometry=" << sGeometry.c_str() 
+       << ", FanBeamAngle=" << convertRadiansToDegrees (theScanner.fanBeamAngle());
+  
+  Timer timer;
+  Projections* pProj = NULL;
+  if (m_iDefaultTrace > Trace::TRACE_CONSOLE) {
+    pProj = new Projections;
+    pProj->initFromScanner (theScanner);
     
-    if (m_iDefaultNDet > 0 && m_iDefaultNView > 0 && sGeometry != "") {
-      const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
-      Projections* pProj = new Projections;
-      Scanner theScanner (rPhantom, sGeometry.c_str(), m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView, m_iDefaultNSample, 
-                          m_dDefaultRotation, m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultViewRatio, m_dDefaultScanRatio);
-      if (theScanner.fail()) {
-        wxString msg = "Failed making scanner\n";
-        msg += theScanner.failMessage().c_str();
-        *theApp->getLog() << msg << "\n";
-        wxMessageBox (msg, "Error");
+    ProjectionsDialog dialogProjections (theScanner, *pProj, rPhantom, m_iDefaultTrace, dynamic_cast<wxWindow*>(getFrameForChild()));
+    for (int iView = 0; iView < pProj->nView(); iView++) {
+      ::wxYield();
+      if (dialogProjections.isCancelled() || ! dialogProjections.projectView (iView)) {
+        delete pProj;
         return;
       }
-      pProj->initFromScanner (theScanner);
-      m_dDefaultRotation /= TWOPI;  // convert back to fraction of a circle
-      
-      Timer timer;
-      if (m_iDefaultTrace > Trace::TRACE_CONSOLE) {
-        ProjectionsDialog dialogProjections (theScanner, *pProj, rPhantom, m_iDefaultTrace, dynamic_cast<wxWindow*>(getFrameForChild()));
-        for (int iView = 0; iView < pProj->nView(); iView++) {
-          ::wxYield();
-          if (dialogProjections.isCancelled() || ! dialogProjections.projectView (iView)) {
-            delete pProj;
-            return;
-          }
-          ::wxYield();
-          while (dialogProjections.isPaused()) {
-            ::wxYield();
-            ::wxUsleep(50);
-          }
-        }
-      } else {
-        wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Projection"), wxString("Projection Progress"), pProj->nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT);
-        for (int i = 0; i < pProj->nView(); i++) {
-          theScanner.collectProjections (*pProj, rPhantom, i, 1, true, m_iDefaultTrace);
-          if (! dlgProgress.Update (i+1)) {
-            delete pProj;
-            return;
-          }
-        }
-      }
-      
-      std::ostringstream os;
-      os << "Projections for " << rPhantom.name() << ": nDet=" << m_iDefaultNDet 
-        << ", nView=" << m_iDefaultNView << ", nSamples=" << m_iDefaultNSample 
-        << ", RotAngle=" << m_dDefaultRotation << ", FocalLengthRatio=" << m_dDefaultFocalLength 
-        << ", ViewRatio=" << m_dDefaultViewRatio << ", ScanRatio=" << m_dDefaultScanRatio 
-        << ", Geometry=" << sGeometry.c_str() << ", FanBeamAngle=" << 
-        convertRadiansToDegrees (theScanner.fanBeamAngle());
-      pProj->setCalcTime (timer.timerEnd());
-      pProj->setRemark (os.str());
-      *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
-      
       ::wxYield();
-      ProjectionFileDocument* pProjectionDoc = theApp->newProjectionDoc();
-      if (! pProjectionDoc) {
-        sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create projection document");
+      while (dialogProjections.isPaused()) {
+        ::wxYield();
+        ::wxUsleep(50);
+      }
+    }
+  } else {
+#if HAVE_WXTHREADS
+    if (theApp->getUseBackgroundTasks()) {
+      ProjectorSupervisorThread* pProjector = new ProjectorSupervisorThread (this, m_iDefaultNDet,
+        m_iDefaultNView, m_iDefaultOffsetView, sGeometry.c_str(), m_iDefaultNSample, dRotationRadians,
+        m_dDefaultFocalLength, m_dDefaultCenterDetectorLength, m_dDefaultViewRatio, m_dDefaultScanRatio, os.str().c_str());
+      if (pProjector->Create() != wxTHREAD_NO_ERROR) {
+        sys_error (ERR_SEVERE, "Error creating projector thread");
+        delete pProjector;
         return;
       }
-      pProjectionDoc->setProjections (pProj);
-      ProjectionFileView* projView = pProjectionDoc->getView();
-      if (projView) {
-        projView->OnUpdate (projView, NULL);
-        if (projView->getCanvas())
-             projView->getCanvas()->SetClientSize (m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView);
-        if (wxFrame* pFrame = projView->getFrame()) {
-          pFrame->Show(true);
-          pFrame->SetFocus();
-          pFrame->Raise();
+      pProjector->SetPriority(60);
+      pProjector->Run();
+      return;
+    } else     
+#endif // HAVE_WXTHREADS
+    {
+      pProj = new Projections;
+      pProj->initFromScanner (theScanner);
+      wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Projection"), wxString("Projection Progress"), pProj->nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT );
+      for (int i = 0; i < pProj->nView(); i++) {
+        //theScanner.collectProjections (*pProj, rPhantom, i, 1, true, m_iDefaultTrace);
+        theScanner.collectProjections (*pProj, rPhantom, i, 1, theScanner.offsetView(), true, m_iDefaultTrace);
+        if (! dlgProgress.Update (i+1)) {
+          delete pProj;
+          return;
         }
-        GetDocumentManager()->ActivateView (projView, true, false);
       }
-      ::wxYield();
-      if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-        pProjectionDoc-> Modify(true);
-      pProjectionDoc->UpdateAllViews (this);
     }
   }
+  
+  *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
+  pProj->setRemark (os.str());
+  pProj->setCalcTime (timer.timerEnd());
+  
+  ProjectionFileDocument* pProjectionDoc = theApp->newProjectionDoc();
+  if (! pProjectionDoc) {
+    sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create projection document");
+    return;
+  }
+  pProjectionDoc->setProjections (pProj);
+  ProjectionFileView* projView = pProjectionDoc->getView();
+  if (projView) {
+    projView->OnUpdate (projView, NULL);
+    if (projView->getCanvas())
+      projView->getCanvas()->SetClientSize (m_iDefaultNDet, m_iDefaultNView);
+    if (wxFrame* pFrame = projView->getFrame()) {
+      pFrame->Show(true);
+      pFrame->SetFocus();
+      pFrame->Raise();
+    }
+    GetDocumentManager()->ActivateView (projView, true, false);
+  }
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    pProjectionDoc-> Modify(true);
+  pProjectionDoc->UpdateAllViews (this);
+  pProjectionDoc->Activate();
 }
 
 
@@ -1975,57 +2191,71 @@ PhantomFileView::OnRasterize (wxCommandEvent& event)
   DialogGetRasterParameters dialogRaster (getFrameForChild(), m_iDefaultRasterNX, m_iDefaultRasterNY, 
     m_iDefaultRasterNSamples, m_dDefaultRasterViewRatio);
   int retVal = dialogRaster.ShowModal();
-  if (retVal == wxID_OK) {
-    m_iDefaultRasterNX = dialogRaster.getXSize();
-    m_iDefaultRasterNY  = dialogRaster.getYSize();
-    m_iDefaultRasterNSamples = dialogRaster.getNSamples();
-    m_dDefaultRasterViewRatio = dialogRaster.getViewRatio();
-    if (m_iDefaultRasterNSamples < 1)
-      m_iDefaultRasterNSamples = 1;
-    if (m_dDefaultRasterViewRatio < 0)
-      m_dDefaultRasterViewRatio = 0;
-    if (m_iDefaultRasterNX > 0 && m_iDefaultRasterNY > 0) {
-      const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
-
-      ImageFile* pImageFile = new ImageFile;
-      
-      pImageFile->setArraySize (m_iDefaultRasterNX, m_iDefaultRasterNY);
-      wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Rasterize"), wxString("Rasterization Progress"), 
-                                    pImageFile->nx() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT);
-      Timer timer;
-      for (unsigned int i = 0; i < pImageFile->nx(); i++) {
-        rPhantom.convertToImagefile (*pImageFile, m_dDefaultRasterViewRatio, m_iDefaultRasterNSamples, 
-          Trace::TRACE_NONE, i, 1, true);
-        if (! dlgProgress.Update (i+1)) {
-          delete pImageFile;
-          return;
-        }
-      }
-
-      ImageFileDocument* pRasterDoc = theApp->newImageDoc();
-      if (! pRasterDoc) {
-        sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
-        return;
+  if (retVal != wxID_OK)
+    return;
+  
+  m_iDefaultRasterNX = dialogRaster.getXSize();
+  m_iDefaultRasterNY  = dialogRaster.getYSize();
+  m_iDefaultRasterNSamples = dialogRaster.getNSamples();
+  m_dDefaultRasterViewRatio = dialogRaster.getViewRatio();
+  if (m_iDefaultRasterNSamples < 1)
+    m_iDefaultRasterNSamples = 1;
+  if (m_dDefaultRasterViewRatio < 0)
+    m_dDefaultRasterViewRatio = 0;
+  if (m_iDefaultRasterNX <= 0 || m_iDefaultRasterNY <= 0) 
+    return;
+  
+  const Phantom& rPhantom = GetDocument()->getPhantom();
+  std::ostringstream os;
+  os << "Rasterize Phantom " << rPhantom.name() << ": XSize=" << m_iDefaultRasterNX << ", YSize=" 
+    << m_iDefaultRasterNY << ", ViewRatio=" << m_dDefaultRasterViewRatio << ", nSamples=" 
+    << m_iDefaultRasterNSamples;;
+  
+#if HAVE_WXTHREADS
+  if (theApp->getUseBackgroundTasks()) {
+    RasterizerSupervisorThread* pThread = new RasterizerSupervisorThread (this, m_iDefaultRasterNX, m_iDefaultRasterNY,
+      m_iDefaultRasterNSamples, m_dDefaultRasterViewRatio, os.str().c_str());
+    if (pThread->Create() != wxTHREAD_NO_ERROR) {
+      *theApp->getLog() << "Error creating rasterizer thread\n";
+      return;
+    }
+    pThread->SetPriority (60);
+    pThread->Run();
+  } else 
+#endif
+  {
+    ImageFile* pImageFile = new ImageFile (m_iDefaultRasterNX, m_iDefaultRasterNY);
+
+    wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Rasterize"), wxString("Rasterization Progress"), 
+                 pImageFile->nx() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT );
+    Timer timer;
+    for (unsigned int i = 0; i < pImageFile->nx(); i++) {
+      rPhantom.convertToImagefile (*pImageFile, m_dDefaultRasterViewRatio, m_iDefaultRasterNSamples, Trace::TRACE_NONE, i, 1, true);
+      if (! dlgProgress.Update (i+1)) {
+       delete pImageFile;
+       return;
       }
-      pRasterDoc->setImageFile (pImageFile);
+    }
+    
+    ImageFileDocument* pRasterDoc = theApp->newImageDoc();
+    if (! pRasterDoc) {
+      sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
+      return;
+    }
+    pRasterDoc->setImageFile (pImageFile);
+    if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+      pRasterDoc->Modify (true);
+    *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
+    pImageFile->labelAdd (os.str().c_str(), timer.timerEnd());
 
-      if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-        pRasterDoc->Modify (true);
-      pRasterDoc->UpdateAllViews (this);
-      pRasterDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
-      std::ostringstream os;
-      os << "Rasterize Phantom " << rPhantom.name() << ": XSize=" << m_iDefaultRasterNX << ", YSize=" 
-        << m_iDefaultRasterNY << ", ViewRatio=" << m_dDefaultRasterViewRatio << ", nSamples=" 
-        << m_iDefaultRasterNSamples;;
-      *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
-      pImageFile->labelAdd (os.str().c_str(), timer.timerEnd());
-      ImageFileView* rasterView = pRasterDoc->getView();
-      if (rasterView) {
-        rasterView->getFrame()->SetFocus();
-        rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
-      }
-      
+    if (ImageFileView* rasterView = pRasterDoc->getView()) {
+      rasterView->getFrame()->Show(true);
+      rasterView->getFrame()->SetFocus();
+      rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
     }
+    // Causes loss of frame in wxGTK 
+    // pRasterDoc->UpdateAllViews (this); 
+    // pRasterDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -2065,12 +2295,14 @@ PhantomFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close");
   
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
-  m_pFileMenu->Append(PHMMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
+  m_pFileMenu->Append(PHMMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties\tCtrl-I");
   
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
+  m_pFileMenu->AppendSeparator();
+  m_pFileMenu->Append(MAINMENU_IMPORT, "&Import...\tCtrl-M");
 #ifdef CTSIM_MDI
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append (MAINMENU_FILE_PREFERENCES, "Prefere&nces...");
@@ -2098,10 +2330,11 @@ PhantomFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
   subframe->Centre(wxBOTH);
   
-  wxAcceleratorEntry accelEntries[2];
+  wxAcceleratorEntry accelEntries[3];
   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('J'), PHMMENU_PROCESS_PROJECTIONS);
   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('R'), PHMMENU_PROCESS_RASTERIZE);
-  wxAcceleratorTable accelTable (2, accelEntries);
+  accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('I'), PHMMENU_FILE_PROPERTIES);
+  wxAcceleratorTable accelTable (3, accelEntries);
   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
   
   return subframe;
@@ -2218,10 +2451,18 @@ IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(ProjectionFileView, wxView)
 BEGIN_EVENT_TABLE(ProjectionFileView, wxView)
 EVT_MENU(PJMENU_FILE_PROPERTIES, ProjectionFileView::OnProperties)
 EVT_MENU(PJMENU_RECONSTRUCT_FBP, ProjectionFileView::OnReconstructFBP)
+EVT_MENU(PJMENU_RECONSTRUCT_FBP_REBIN, ProjectionFileView::OnReconstructFBPRebin)
+EVT_MENU(PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER, ProjectionFileView::OnReconstructFourier)
+EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_RECTANGULAR, ProjectionFileView::OnConvertRectangular)
 EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_POLAR, ProjectionFileView::OnConvertPolar)
 EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR, ProjectionFileView::OnConvertFFTPolar)
+EVT_MENU(PJMENU_CONVERT_PARALLEL, ProjectionFileView::OnConvertParallel)
+EVT_MENU(PJMENU_PLOT_TTHETA_SAMPLING, ProjectionFileView::OnPlotTThetaSampling)
+EVT_MENU(PJMENU_PLOT_HISTOGRAM, ProjectionFileView::OnPlotHistogram)
+  // EVT_MENU(PJMENU_ARTIFACT_REDUCTION, ProjectionFileView::OnArtifactReduction)
 END_EVENT_TABLE()
 
+
 ProjectionFileView::ProjectionFileView() 
 : wxView(), m_pFrame(0), m_pCanvas(0), m_pFileMenu(0)
 {
@@ -2269,27 +2510,65 @@ ProjectionFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
   *theApp->getLog() << ">>>>\n" << os.str().c_str() << "<<<<\n";
   wxMessageDialog dialogMsg (getFrameForChild(), os.str().c_str(), "Projection File Properties", wxOK | wxICON_INFORMATION);
   dialogMsg.ShowModal();
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 
+void
+ProjectionFileView::OnConvertRectangular (wxCommandEvent& event)
+{
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  
+  int nDet = rProj.nDet();
+  int nView = rProj.nView();
+  ImageFile* pIF = new ImageFile (nDet, nView);
+  ImageFileArray v = pIF->getArray();
+  for (int iv = 0; iv < nView; iv++) {
+    DetectorValue* detval = rProj.getDetectorArray(iv).detValues();
+    
+    for (int id = 0; id < nDet; id++)
+      v[id][iv] = detval[id];
+  }
+  
+  ImageFileDocument* pRectDoc = theApp->newImageDoc ();
+  if (! pRectDoc) {
+    sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
+    return;
+  }
+  pRectDoc->setImageFile (pIF);
+  pIF->labelAdd (rProj.getLabel().getLabelString().c_str(), rProj.calcTime());
+  std::ostringstream os;
+  os << "Convert projection file " << GetFrame()->GetTitle().c_str() << " to rectangular image";
+  *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
+  pIF->labelAdd (os.str().c_str());
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    pRectDoc->Modify (true);
+  pRectDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+  pRectDoc->UpdateAllViews ();
+  pRectDoc->Activate();
+}
+
 void
 ProjectionFileView::OnConvertPolar (wxCommandEvent& event)
 {
   Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
   DialogGetConvertPolarParameters dialogPolar (getFrameForChild(), "Convert Polar", m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY,
-    m_iDefaultPolarInterpolation, -1);
+    m_iDefaultPolarInterpolation, -1, IDH_DLG_POLAR);
   if (dialogPolar.ShowModal() == wxID_OK) {
+    wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Convert Polar"), wxString("Conversion Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
     wxString strInterpolation (dialogPolar.getInterpolationName());
     m_iDefaultPolarNX = dialogPolar.getXSize();
     m_iDefaultPolarNY = dialogPolar.getYSize();
     ImageFileDocument* pPolarDoc = theApp->newImageDoc();
     ImageFile* pIF = new ImageFile (m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY);
     m_iDefaultPolarInterpolation = Projections::convertInterpNameToID (strInterpolation.c_str());
+    
     if (! rProj.convertPolar (*pIF, m_iDefaultPolarInterpolation)) {
       delete pIF;
       *theApp->getLog() << "Error converting to Polar\n";
       return;
     }
+    
     pPolarDoc = theApp->newImageDoc ();
     if (! pPolarDoc) {
       sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
@@ -2305,9 +2584,9 @@ ProjectionFileView::OnConvertPolar (wxCommandEvent& event)
     pIF->labelAdd (os.str().c_str());
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
       pPolarDoc->Modify (true);
-    pPolarDoc->UpdateAllViews ();
-    pPolarDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
     pPolarDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+    pPolarDoc->UpdateAllViews ();
+    pPolarDoc->Activate();
   }
 }
 
@@ -2316,14 +2595,15 @@ ProjectionFileView::OnConvertFFTPolar (wxCommandEvent& event)
 {
   Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
   DialogGetConvertPolarParameters dialogPolar (getFrameForChild(), "Convert to FFT Polar", m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY,
-    m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad);
+    m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad, IDH_DLG_FFT_POLAR);
   if (dialogPolar.ShowModal() == wxID_OK) {
+    wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Convert FFT Polar"), wxString("Conversion Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
     wxString strInterpolation (dialogPolar.getInterpolationName());
     m_iDefaultPolarNX = dialogPolar.getXSize();
     m_iDefaultPolarNY = dialogPolar.getYSize();
     m_iDefaultPolarZeropad = dialogPolar.getZeropad();
     ImageFile* pIF = new ImageFile (m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY);
-
+    
     m_iDefaultPolarInterpolation = Projections::convertInterpNameToID (strInterpolation.c_str());
     if (! rProj.convertFFTPolar (*pIF, m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad)) {
       delete pIF;
@@ -2345,106 +2625,353 @@ ProjectionFileView::OnConvertFFTPolar (wxCommandEvent& event)
     pIF->labelAdd (os.str().c_str());
     if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
       pPolarDoc->Modify (true);
-    pPolarDoc->UpdateAllViews ();
-    pPolarDoc->getView()->OnUpdate (this, NULL);
     pPolarDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+    pPolarDoc->UpdateAllViews ();
+    pPolarDoc->Activate();
   }
 }
 
+void
+ProjectionFileView::OnPlotTThetaSampling (wxCommandEvent& event)
+{
+  DialogGetThetaRange dlgTheta (this->getFrame(), ParallelRaysums::THETA_RANGE_UNCONSTRAINED);
+  if (dlgTheta.ShowModal() != wxID_OK)
+    return;
+  
+  int iThetaRange = dlgTheta.getThetaRange();
+  
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  ParallelRaysums parallel (&rProj, iThetaRange);
+  PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
+  PlotFile& rPlot = pPlotDoc->getPlotFile();
+  ParallelRaysums::CoordinateContainer& coordContainer = parallel.getCoordinates();
+  double* pdT = new double [parallel.getNumCoordinates()];
+  double* pdTheta = new double [parallel.getNumCoordinates()];
+  
+  for (int i = 0; i < parallel.getNumCoordinates(); i++) {
+    pdT[i] = coordContainer[i]->m_dT;
+    pdTheta[i] = coordContainer[i]->m_dTheta;
+  }
+  rPlot.setCurveSize (2, parallel.getNumCoordinates(), true);
+  rPlot.addEzsetCommand ("title T-Theta Sampling");
+  rPlot.addEzsetCommand ("xlabel T");
+  rPlot.addEzsetCommand ("ylabel Theta");
+  rPlot.addEzsetCommand ("curve 1");
+  if (rProj.nDet() < 50 && rProj.nView() < 50)
+    rPlot.addEzsetCommand ("symbol 1"); // x symbol
+  else
+    rPlot.addEzsetCommand ("symbol 6"); // point symbol
+  rPlot.addEzsetCommand ("noline");
+  rPlot.addColumn (0, pdT);
+  rPlot.addColumn (1, pdTheta);
+  delete pdT;
+  delete pdTheta;
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    pPlotDoc->Modify (true);
+  pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+  pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+  pPlotDoc->Activate();
+}
+
+
+void
+ProjectionFileView::OnPlotHistogram (wxCommandEvent& event)
+{ 
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  int nDet = rProj.nDet();
+  int nView = rProj.nView();
+  
+  if (nDet < 1 || nView < 1)
+    return;
+
+  PlotFileDocument* pPlotDoc = theApp->newPlotDoc();
+  if (! pPlotDoc) {
+    sys_error (ERR_SEVERE, "Internal error: unable to create Plot file");
+    return;
+  }
+    
+  DetectorValue* pdDetval = rProj.getDetectorArray(0).detValues();
+  double dMin = pdDetval[0], dMax = pdDetval[0];
+
+  for (int iv = 0; iv < nView; iv++) {
+    pdDetval = rProj.getDetectorArray(iv).detValues();
+    for (int id = 0; id < nDet; id++) {
+      double dV = pdDetval[id];
+      if (dV < dMin)
+        dMin = dV;
+      else if (dV > dMax)
+        dMax = dV;
+    }
+  }
+
+  double* pX = new double [NUMBER_HISTOGRAM_BINS];
+  double* pY = new double [NUMBER_HISTOGRAM_BINS];
+  double dBinWidth = (dMax - dMin) / NUMBER_HISTOGRAM_BINS;
+    
+  for (int i = 0; i < NUMBER_HISTOGRAM_BINS; i++) {
+    pX[i] = dMin + (i + 0.5) * dBinWidth;
+    pY[i] = 0;
+  }
+  for (int j = 0; j < nView; j++) {
+    pdDetval = rProj.getDetectorArray(j).detValues();
+    for (int id = 0; id < nDet; id++) {
+      int iBin = nearest<int> ((pdDetval[id] - dMin) / dBinWidth);
+      if (iBin >= 0 && iBin < NUMBER_HISTOGRAM_BINS)
+        pY[iBin] += 1;
+    }
+  }      
+  PlotFile& rPlotFile = pPlotDoc->getPlotFile();
+  std::ostringstream os;
+  os << "Histogram";
+  std::string title("title ");
+  title += os.str();
+  rPlotFile.addEzsetCommand (title.c_str());
+  rPlotFile.addEzsetCommand ("xlabel Detector Value");
+  rPlotFile.addEzsetCommand ("ylabel Count");
+  rPlotFile.addEzsetCommand ("box");
+  rPlotFile.addEzsetCommand ("grid");
+  rPlotFile.setCurveSize (2, NUMBER_HISTOGRAM_BINS);
+  rPlotFile.addColumn (0, pX);
+  rPlotFile.addColumn (1, pY);
+  rPlotFile.addDescription (rProj.remark());
+  os << " plot of " << GetDocument()->GetFirstView()->GetFrame()->GetTitle().c_str();
+  *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
+  rPlotFile.addDescription (os.str().c_str());
+  delete pX;
+  delete pY;
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    pPlotDoc->Modify (true);
+  pPlotDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+  pPlotDoc->UpdateAllViews ();
+  pPlotDoc->Activate();
+}
+
+
+void
+ProjectionFileView::OnConvertParallel (wxCommandEvent& event)
+{
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  if (rProj.geometry() == Scanner::GEOMETRY_PARALLEL) {
+    wxMessageBox ("Projections are already parallel", "Error");
+    return;
+  }
+  wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Convert to Parallel"), wxString("Conversion Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
+  Projections* pProjNew = rProj.interpolateToParallel();
+  ProjectionFileDocument* pProjDocNew = theApp->newProjectionDoc();
+  pProjDocNew->setProjections (pProjNew);  
+  
+  if (ProjectionFileView* projView = pProjDocNew->getView()) {
+    projView->OnUpdate (projView, NULL);
+    if (projView->getCanvas())
+      projView->getCanvas()->SetClientSize (pProjNew->nDet(), pProjNew->nView());
+    if (wxFrame* pFrame = projView->getFrame()) {
+      pFrame->Show(true);
+      pFrame->SetFocus();
+      pFrame->Raise();
+    }
+    GetDocumentManager()->ActivateView (projView, true, false);
+  }
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    pProjDocNew-> Modify(true);
+  pProjDocNew->UpdateAllViews (this);
+  pProjDocNew->Activate();
+}
+
 void
 ProjectionFileView::OnReconstructFourier (wxCommandEvent& event)
 {
-  wxMessageBox ("Fourier Reconstruction is not yet supported", "Unimplemented function");
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  DialogGetConvertPolarParameters dialogPolar (getFrameForChild(), "Fourier Reconstruction", m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY,
+    m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad, IDH_DLG_RECON_FOURIER);
+  if (dialogPolar.ShowModal() == wxID_OK) {
+    wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Reconstruction Fourier"), wxString("Reconstruction Progress"), 1, getFrameForChild(), wxPD_APP_MODAL);
+    wxString strInterpolation (dialogPolar.getInterpolationName());
+    m_iDefaultPolarNX = dialogPolar.getXSize();
+    m_iDefaultPolarNY = dialogPolar.getYSize();
+    m_iDefaultPolarZeropad = dialogPolar.getZeropad();
+    ImageFile* pIF = new ImageFile (m_iDefaultPolarNX, m_iDefaultPolarNY);
+    
+    m_iDefaultPolarInterpolation = Projections::convertInterpNameToID (strInterpolation.c_str());
+    if (! rProj.convertFFTPolar (*pIF, m_iDefaultPolarInterpolation, m_iDefaultPolarZeropad)) {
+      delete pIF;
+      *theApp->getLog() << "Error converting to polar\n";
+      return;
+    }
+#ifdef HAVE_FFT
+    pIF->ifft(*pIF);
+#endif
+    pIF->magnitude(*pIF);
+    Fourier::shuffleFourierToNaturalOrder (*pIF);
+
+    ImageFileDocument* pPolarDoc = theApp->newImageDoc();
+    if (! pPolarDoc) {
+      sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
+      return;
+    }
+    pPolarDoc->setImageFile (pIF);
+    pIF->labelAdd (rProj.getLabel().getLabelString().c_str(), rProj.calcTime());
+    std::ostringstream os;
+    os << "Reconstruct Fourier " << GetFrame()->GetTitle().c_str() << ": xSize=" 
+      << m_iDefaultPolarNX << ", ySize=" << m_iDefaultPolarNY << ", interpolation=" 
+      << strInterpolation.c_str() << ", zeropad=" << m_iDefaultPolarZeropad;
+    *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
+    pIF->labelAdd (os.str().c_str());
+    if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+      pPolarDoc->Modify (true);
+    pPolarDoc->getView()->getFrame()->Show(true);
+    pPolarDoc->UpdateAllViews ();
+    pPolarDoc->Activate();
+  }
+}
+
+void
+ProjectionFileView::OnReconstructFBPRebin (wxCommandEvent& event)
+{
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  doReconstructFBP (rProj, true);
 }
 
 void
 ProjectionFileView::OnReconstructFBP (wxCommandEvent& event)
 {
+  Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
+  doReconstructFBP (rProj, false);
+}
+
+void
+ProjectionFileView::doReconstructFBP (const Projections& rProj, bool bRebinToParallel)
+{
+  ReconstructionROI defaultROI;
+  defaultROI.m_dXMin = -rProj.phmLen() / 2;
+  defaultROI.m_dXMax = defaultROI.m_dXMin + rProj.phmLen();
+  defaultROI.m_dYMin = -rProj.phmLen() / 2;
+  defaultROI.m_dYMax = defaultROI.m_dYMin + rProj.phmLen();
+  
   DialogGetReconstructionParameters dialogReconstruction (getFrameForChild(), m_iDefaultNX, m_iDefaultNY, 
     m_iDefaultFilter, m_dDefaultFilterParam, m_iDefaultFilterMethod, m_iDefaultFilterGeneration, 
     m_iDefaultZeropad, m_iDefaultInterpolation, m_iDefaultInterpParam, m_iDefaultBackprojector, 
-    m_iDefaultTrace);
+    m_iDefaultTrace,  &defaultROI);
   
   int retVal = dialogReconstruction.ShowModal();
-  if (retVal == wxID_OK) {
-    m_iDefaultNX = dialogReconstruction.getXSize();
-    m_iDefaultNY = dialogReconstruction.getYSize();
-    wxString optFilterName = dialogReconstruction.getFilterName();
-    m_iDefaultFilter = SignalFilter::convertFilterNameToID (optFilterName.c_str());
-    m_dDefaultFilterParam = dialogReconstruction.getFilterParam();
-    wxString optFilterMethodName = dialogReconstruction.getFilterMethodName();
-    m_iDefaultFilterMethod = ProcessSignal::convertFilterMethodNameToID(optFilterMethodName.c_str());
-    m_iDefaultZeropad = dialogReconstruction.getZeropad();
-    wxString optFilterGenerationName = dialogReconstruction.getFilterGenerationName();
-    m_iDefaultFilterGeneration = ProcessSignal::convertFilterGenerationNameToID (optFilterGenerationName.c_str());
-    wxString optInterpName = dialogReconstruction.getInterpName();
-    m_iDefaultInterpolation = Backprojector::convertInterpNameToID (optInterpName.c_str());
-    m_iDefaultInterpParam = dialogReconstruction.getInterpParam();
-    wxString optBackprojectName = dialogReconstruction.getBackprojectName();
-    m_iDefaultBackprojector = Backprojector::convertBackprojectNameToID (optBackprojectName.c_str());
-    m_iDefaultTrace = dialogReconstruction.getTrace();
-
-    if (m_iDefaultNX > 0 && m_iDefaultNY > 0) {
-      const Projections& rProj = GetDocument()->getProjections();
-      ImageFile* pImageFile = new ImageFile;
-      pImageFile->setArraySize (m_iDefaultNX, m_iDefaultNY);
-      
+  if (retVal != wxID_OK)
+    return;
+  
+  m_iDefaultNX = dialogReconstruction.getXSize();
+  m_iDefaultNY = dialogReconstruction.getYSize();
+  wxString optFilterName = dialogReconstruction.getFilterName();
+  m_iDefaultFilter = SignalFilter::convertFilterNameToID (optFilterName.c_str());
+  m_dDefaultFilterParam = dialogReconstruction.getFilterParam();
+  wxString optFilterMethodName = dialogReconstruction.getFilterMethodName();
+  m_iDefaultFilterMethod = ProcessSignal::convertFilterMethodNameToID(optFilterMethodName.c_str());
+  m_iDefaultZeropad = dialogReconstruction.getZeropad();
+  wxString optFilterGenerationName = dialogReconstruction.getFilterGenerationName();
+  m_iDefaultFilterGeneration = ProcessSignal::convertFilterGenerationNameToID (optFilterGenerationName.c_str());
+  wxString optInterpName = dialogReconstruction.getInterpName();
+  m_iDefaultInterpolation = Backprojector::convertInterpNameToID (optInterpName.c_str());
+  m_iDefaultInterpParam = dialogReconstruction.getInterpParam();
+  wxString optBackprojectName = dialogReconstruction.getBackprojectName();
+  m_iDefaultBackprojector = Backprojector::convertBackprojectNameToID (optBackprojectName.c_str());
+  m_iDefaultTrace = dialogReconstruction.getTrace();
+  dialogReconstruction.getROI (&defaultROI);
+  
+  if (m_iDefaultNX <= 0 && m_iDefaultNY <= 0) 
+    return;
+  
+  std::ostringstream os;
+  os << "Reconstruct " << rProj.getFilename() << ": xSize=" << m_iDefaultNX << ", ySize=" << m_iDefaultNY << ", Filter=" << optFilterName.c_str() << ", FilterParam=" << m_dDefaultFilterParam << ", FilterMethod=" << optFilterMethodName.c_str() << ", FilterGeneration=" << optFilterGenerationName.c_str() << ", Zeropad=" << m_iDefaultZeropad << ", Interpolation=" << optInterpName.c_str() << ", InterpolationParam=" << m_iDefaultInterpParam << ", Backprojection=" << optBackprojectName.c_str();
+  if (bRebinToParallel)
+    os << "; Interpolate to Parallel";
+  
+  Timer timerRecon;
+  ImageFile* pImageFile = NULL;
+  if (m_iDefaultTrace > Trace::TRACE_CONSOLE) {
+    pImageFile = new ImageFile (m_iDefaultNX, m_iDefaultNY);
+    Reconstructor* pReconstructor = new Reconstructor (rProj, *pImageFile, optFilterName.c_str(), 
+      m_dDefaultFilterParam, optFilterMethodName.c_str(), m_iDefaultZeropad, optFilterGenerationName.c_str(), 
+      optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, optBackprojectName.c_str(), m_iDefaultTrace, 
+      &defaultROI, bRebinToParallel);
+    
+    ReconstructDialog* pDlgReconstruct = new ReconstructDialog (*pReconstructor, rProj, *pImageFile, m_iDefaultTrace, getFrameForChild());
+    for (int iView = 0; iView < rProj.nView(); iView++) {
+      ::wxYield();
+      if (pDlgReconstruct->isCancelled() || ! pDlgReconstruct->reconstructView (iView, true)) {
+        delete pDlgReconstruct;
+        delete pReconstructor;
+        return;
+      }
+      ::wxYield();
+      ::wxYield();
+      while (pDlgReconstruct->isPaused()) {
+        ::wxYield();
+        ::wxUsleep(50);
+      }
+    }
+    pReconstructor->postProcessing();
+    delete pDlgReconstruct;
+    delete pReconstructor;
+  } else {
+#if HAVE_WXTHREADS
+    if (theApp->getUseBackgroundTasks()) {
+      ReconstructorSupervisorThread* pReconstructor = new ReconstructorSupervisorThread (this, m_iDefaultNX, 
+        m_iDefaultNY, optFilterName.c_str(), m_dDefaultFilterParam, optFilterMethodName.c_str(), 
+        m_iDefaultZeropad, optFilterGenerationName.c_str(), optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, 
+        optBackprojectName.c_str(), os.str().c_str(), &defaultROI, bRebinToParallel);
+      if (pReconstructor->Create() != wxTHREAD_NO_ERROR) {
+        sys_error (ERR_SEVERE, "Error creating reconstructor thread");
+        delete pReconstructor;
+        return;
+      }
+      pReconstructor->SetPriority (60);
+      pReconstructor->Run();
+      return;
+    } else 
+#endif
+    {
+      pImageFile = new ImageFile (m_iDefaultNX, m_iDefaultNY);
+      wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Reconstruction"), wxString("Reconstruction Progress"), rProj.nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT );
       Reconstructor* pReconstructor = new Reconstructor (rProj, *pImageFile, optFilterName.c_str(), 
         m_dDefaultFilterParam, optFilterMethodName.c_str(), m_iDefaultZeropad, optFilterGenerationName.c_str(), 
-        optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, optBackprojectName.c_str(), m_iDefaultTrace);
+        optInterpName.c_str(), m_iDefaultInterpParam, optBackprojectName.c_str(), m_iDefaultTrace, 
+        &defaultROI, bRebinToParallel);
       
-      Timer timerRecon;
-      if (m_iDefaultTrace > Trace::TRACE_CONSOLE) {
-        ReconstructDialog* pDlgReconstruct = new ReconstructDialog (*pReconstructor, rProj, *pImageFile, m_iDefaultTrace, getFrameForChild());
-        for (int iView = 0; iView < rProj.nView(); iView++) {
-          ::wxYield();
-          if (pDlgReconstruct->isCancelled() || ! pDlgReconstruct->reconstructView (iView, true)) {
-            delete pDlgReconstruct;
-            delete pReconstructor;
-            delete pImageFile;
-            return;
-          }
-          ::wxYield();
-          ::wxYield();
-          while (pDlgReconstruct->isPaused()) {
-            ::wxYield();
-            ::wxUsleep(50);
-          }
-        }
-        delete pDlgReconstruct;
-      } else {
-        wxProgressDialog dlgProgress (wxString("Reconstruction"), wxString("Reconstruction Progress"), rProj.nView() + 1, getFrameForChild(), wxPD_CAN_ABORT);
-        for (int iView = 0; iView < rProj.nView(); iView++) {
-          pReconstructor->reconstructView (iView, 1);
-          if (! dlgProgress.Update (iView + 1)) {
-            delete pReconstructor;
-            delete pImageFile;
-            return;
-          }
+      for (int iView = 0; iView < rProj.nView(); iView++) {
+        pReconstructor->reconstructView (iView, 1);
+        if (! dlgProgress.Update (iView + 1)) {
+          delete pReconstructor;
+          return; // don't make new window, thread will do this
         }
       }
+      pReconstructor->postProcessing();
       delete pReconstructor;
-      ImageFileDocument* pReconDoc = theApp->newImageDoc();
-      if (! pReconDoc) {
-        sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
-        return;
-      }
-      pReconDoc->setImageFile (pImageFile);
-      if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
-        pReconDoc->Modify (true);
-      pReconDoc->UpdateAllViews (this);
-      if (ImageFileView* rasterView = pReconDoc->getView()) {
-        rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
-        rasterView->getFrame()->SetFocus();
-        rasterView->getFrame()->Show(true);
-      }
-      std::ostringstream os;
-      os << "Reconstruct " << rProj.getFilename() << ": xSize=" << m_iDefaultNX << ", ySize=" << m_iDefaultNY << ", Filter=" << optFilterName.c_str() << ", FilterParam=" << m_dDefaultFilterParam << ", FilterMethod=" << optFilterMethodName.c_str() << ", FilterGeneration=" << optFilterGenerationName.c_str() << ", Zeropad=" << m_iDefaultZeropad << ", Interpolation=" << optInterpName.c_str() << ", InterpolationParam=" << m_iDefaultInterpParam << ", Backprojection=" << optBackprojectName.c_str();
-      *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
-      pImageFile->labelAdd (rProj.getLabel());
-      pImageFile->labelAdd (os.str().c_str(), timerRecon.timerEnd());
     }
   }
+  ImageFileDocument* pReconDoc = theApp->newImageDoc();
+  if (! pReconDoc) {
+    sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to create image file");
+    return;
+  }
+  pReconDoc->setImageFile (pImageFile);
+  if (theApp->getAskDeleteNewDocs())
+    pReconDoc->Modify (true);
+  *theApp->getLog() << os.str().c_str() << "\n";
+  pImageFile->labelAdd (rProj.getLabel());
+  pImageFile->labelAdd (os.str().c_str(), timerRecon.timerEnd());    
+
+  //  if (ImageFileView* rasterView = pReconDoc->getView()) {
+  //    rasterView->getFrame()->Show(true);
+  //    rasterView->getFrame()->SetFocus();
+  //    rasterView->OnUpdate (rasterView, NULL);
+  //  }
+  // causes loss of frame in wxGTK
+  pReconDoc->GetFirstView()->GetFrame()->Show(true);
+  pReconDoc->UpdateAllViews ();
+  // pReconDoc->Activate();
+}
+
+
+void
+ProjectionFileView::OnArtifactReduction (wxCommandEvent& event)
+{
 }
 
 
@@ -2488,12 +3015,14 @@ ProjectionFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close\tCtrl-W");
   
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
-  m_pFileMenu->Append(PJMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
+  m_pFileMenu->Append(PJMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties\tCtrl-I");
   
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
+  m_pFileMenu->AppendSeparator();
+  m_pFileMenu->Append(MAINMENU_IMPORT, "&Import...\tCtrl-M");
 #ifdef CTSIM_MDI
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append (MAINMENU_FILE_PREFERENCES, "Prefere&nces...");
@@ -2503,13 +3032,24 @@ ProjectionFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   GetDocumentManager()->FileHistoryUseMenu(m_pFileMenu);
   
   wxMenu *convert_menu = new wxMenu;
+  convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_RECTANGULAR, "&Rectangular Image");
   convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_POLAR, "&Polar Image...\tCtrl-L");
-  convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR, "&FFT->Polar Image...\tCtrl-I");
+  convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR, "FF&T->Polar Image...\tCtrl-T");
+  convert_menu->AppendSeparator();
+  convert_menu->Append (PJMENU_CONVERT_PARALLEL, "&Interpolate to Parallel");
+  
+  //  wxMenu* filter_menu = new wxMenu;
+  //  filter_menu->Append (PJMENU_ARTIFACT_REDUCTION, "&Artifact Reduction");
   
+  wxMenu* analyze_menu = new wxMenu;
+  analyze_menu->Append (PJMENU_PLOT_HISTOGRAM, "&Plot Histogram");
+  analyze_menu->Append (PJMENU_PLOT_TTHETA_SAMPLING, "Plot T-T&heta Sampling...\tCtrl-H");
+
   wxMenu *reconstruct_menu = new wxMenu;
   reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FBP, "&Filtered Backprojection...\tCtrl-R", "Reconstruct image using filtered backprojection");
-  reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER, "&Fourier...\tCtrl-E", "Reconstruct image using inverse Fourier");
-  reconstruct_menu->Enable (PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER, false);
+  reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FBP_REBIN, "Filtered &Backprojection (Rebin to Parallel)...\tCtrl-B", "Reconstruct image using filtered backprojection");
+  // still buggy
+  //   reconstruct_menu->Append (PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER, "&Fourier...\tCtrl-E", "Reconstruct image using inverse Fourier");
   
   wxMenu *help_menu = new wxMenu;
   help_menu->Append(MAINMENU_HELP_CONTENTS, "&Contents\tF1");
@@ -2521,18 +3061,23 @@ ProjectionFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   
   menu_bar->Append (m_pFileMenu, "&File");
   menu_bar->Append (convert_menu, "&Convert");
+  //  menu_bar->Append (filter_menu, "Fi&lter");
+  menu_bar->Append (analyze_menu, "&Analyze");
   menu_bar->Append (reconstruct_menu, "&Reconstruct");
   menu_bar->Append (help_menu, "&Help");
   
   subframe->SetMenuBar(menu_bar);  
   subframe->Centre(wxBOTH);
   
-  wxAcceleratorEntry accelEntries[4];
+  wxAcceleratorEntry accelEntries[7];
   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('L'), PJMENU_CONVERT_POLAR);
-  accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('I'), PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR);
+  accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('T'), PJMENU_CONVERT_FFT_POLAR);
   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('R'), PJMENU_RECONSTRUCT_FBP);
-  accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER);
-  wxAcceleratorTable accelTable (4, accelEntries);
+  accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('B'), PJMENU_RECONSTRUCT_FBP_REBIN);
+  accelEntries[4].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), PJMENU_RECONSTRUCT_FOURIER);
+  accelEntries[5].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('I'), PJMENU_FILE_PROPERTIES);
+  accelEntries[6].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('H'), PJMENU_PLOT_TTHETA_SAMPLING);
+  wxAcceleratorTable accelTable (7, accelEntries);
   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
   
   return subframe;
@@ -2599,6 +3144,10 @@ ProjectionFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint)
     }
     
     unsigned char* imageData = new unsigned char [nDet * nView * 3];
+    if (! imageData) {
+      sys_error (ERR_SEVERE, "Unable to allocate memory for image display");
+      return;
+    }
     double scale = (max - min) / 255;
     for (int iy2 = 0; iy2 < nView; iy2++) {
       const DetectorArray& detarray = rProj.getDetectorArray (iy2);
@@ -2649,7 +3198,7 @@ ProjectionFileView::OnClose (bool deleteWindow)
     if (GetDocument() && GetDocument()->getBadFileOpen())
       ::wxYield();  // wxWindows bug workaround
   }
-
+  
   return true;
 }
 
@@ -2680,7 +3229,7 @@ PlotFileCanvas::OnDraw(wxDC& dc)
 IMPLEMENT_DYNAMIC_CLASS(PlotFileView, wxView)
 
 BEGIN_EVENT_TABLE(PlotFileView, wxView)
-EVT_MENU(PJMENU_FILE_PROPERTIES, PlotFileView::OnProperties)
+EVT_MENU(PLOTMENU_FILE_PROPERTIES, PlotFileView::OnProperties)
 EVT_MENU(PLOTMENU_VIEW_SCALE_MINMAX, PlotFileView::OnScaleMinMax)
 EVT_MENU(PLOTMENU_VIEW_SCALE_AUTO, PlotFileView::OnScaleAuto)
 EVT_MENU(PLOTMENU_VIEW_SCALE_FULL, PlotFileView::OnScaleFull)
@@ -2709,6 +3258,7 @@ PlotFileView::OnProperties (wxCommandEvent& event)
   *theApp->getLog() << ">>>>\n" << os.str().c_str() << "<<<<<\n";
   wxMessageDialog dialogMsg (getFrameForChild(), os.str().c_str(), "Plot File Properties", wxOK | wxICON_INFORMATION);
   dialogMsg.ShowModal();
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 
@@ -2731,6 +3281,7 @@ PlotFileView::OnScaleAuto (wxCommandEvent& event)
       OnUpdate (this, NULL);
     }
   }
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void 
@@ -2761,6 +3312,7 @@ PlotFileView::OnScaleMinMax (wxCommandEvent& event)
     m_dMaxPixel = dialogMinMax.getMaximum();
     OnUpdate (this, NULL);
   }
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 void 
@@ -2771,6 +3323,7 @@ PlotFileView::OnScaleFull (wxCommandEvent& event)
     m_bMaxSpecified = false;
     OnUpdate (this, NULL);
   }
+  GetDocument()->Activate();
 }
 
 
@@ -2813,12 +3366,14 @@ PlotFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   m_pFileMenu->Append(wxID_CLOSE, "&Close\tCtrl-W");
   
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
-  m_pFileMenu->Append(PJMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties");
+  m_pFileMenu->Append(PLOTMENU_FILE_PROPERTIES, "P&roperties\tCtrl-I");
   
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
+  m_pFileMenu->AppendSeparator();
+  m_pFileMenu->Append(MAINMENU_IMPORT, "&Import...\tCtrl-M");
 #ifdef CTSIM_MDI
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append (MAINMENU_FILE_PREFERENCES, "Prefere&nces...");
@@ -2847,11 +3402,12 @@ PlotFileView::CreateChildFrame(wxDocument *doc, wxView *view)
   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
   subframe->Centre(wxBOTH);
   
-  wxAcceleratorEntry accelEntries[3];
+  wxAcceleratorEntry accelEntries[4];
   accelEntries[0].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('E'), PLOTMENU_VIEW_SCALE_MINMAX);
   accelEntries[1].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('A'), PLOTMENU_VIEW_SCALE_AUTO);
   accelEntries[2].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('U'), PLOTMENU_VIEW_SCALE_FULL);
-  wxAcceleratorTable accelTable (3, accelEntries);
+  accelEntries[3].Set (wxACCEL_CTRL, static_cast<int>('I'), PLOTMENU_FILE_PROPERTIES);
+  wxAcceleratorTable accelTable (4, accelEntries);
   subframe->SetAcceleratorTable (accelTable);
   
   return subframe;
@@ -2909,6 +3465,7 @@ PlotFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
   const PlotFile& rPlotFile = GetDocument()->getPlotFile();
   const int iNColumns = rPlotFile.getNumColumns();
   const int iNRecords = rPlotFile.getNumRecords();
+  const bool bScatterPlot = rPlotFile.getIsScatterPlot();
   
   if (iNColumns > 0 && iNRecords > 0) {
     if (m_pEZPlot)
@@ -2933,16 +3490,21 @@ PlotFileView::OnUpdate (wxView *WXUNUSED(sender), wxObject *WXUNUSED(hint) )
     m_pEZPlot->ezset("box");
     m_pEZPlot->ezset("grid");
     
-    double* pdXaxis = new double [iNRecords];
-    rPlotFile.getColumn (0, pdXaxis);
-    
+    double* pdX = new double [iNRecords];
     double* pdY = new double [iNRecords];
-    for (int iCol = 1; iCol < iNColumns; iCol++) {
-      rPlotFile.getColumn (iCol, pdY);
-      m_pEZPlot->addCurve (pdXaxis, pdY, iNRecords);
+    if (! bScatterPlot) {
+      rPlotFile.getColumn (0, pdX);
+      
+      for (int iCol = 1; iCol < iNColumns; iCol++) {
+        rPlotFile.getColumn (iCol, pdY);
+        m_pEZPlot->addCurve (pdX, pdY, iNRecords);
+      }
+    } else {
+      rPlotFile.getColumn (0, pdX);
+      rPlotFile.getColumn (1, pdY);
+      m_pEZPlot->addCurve (pdX, pdY, iNRecords);
     }
-    
-    delete pdXaxis;
+    delete pdX;
     delete pdY;
   }
   
@@ -2972,8 +3534,8 @@ PlotFileView::OnClose (bool deleteWindow)
     m_pFrame = NULL;
     if (GetDocument() && GetDocument()->getBadFileOpen())
       ::wxYield();  // wxWindows bug workaround
- }
-
 }
+  
   return true;
 }
 
@@ -3040,7 +3602,7 @@ TextFileView::OnClose (bool deleteWindow)
     if (GetDocument() && GetDocument()->getBadFileOpen())
       ::wxYield();  // wxWindows bug workaround
   }
-
+  
   return TRUE;
 }
 
@@ -3058,7 +3620,7 @@ TextFileView::CreateChildFrame (wxDocument *doc, wxView *view)
 #endif
   theApp->setIconForFrame (subframe);
   
- m_pFileMenu = new wxMenu;
 m_pFileMenu = new wxMenu;
   
   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_PHANTOM, "Cr&eate Phantom...\tCtrl-P");
   m_pFileMenu->Append(MAINMENU_FILE_CREATE_FILTER, "Create &Filter...\tCtrl-F");
@@ -3071,6 +3633,8 @@ TextFileView::CreateChildFrame (wxDocument *doc, wxView *view)
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT, "&Print...");
   m_pFileMenu->Append(wxID_PRINT_SETUP, "Print &Setup...");
   m_pFileMenu->Append(wxID_PREVIEW, "Print Pre&view");
+  m_pFileMenu->AppendSeparator();
+  m_pFileMenu->Append(MAINMENU_IMPORT, "&Import...\tCtrl-M");
 #ifdef CTSIM_MDI
   m_pFileMenu->AppendSeparator();
   m_pFileMenu->Append (MAINMENU_FILE_PREFERENCES, "Prefere&nces...");
@@ -3092,7 +3656,7 @@ TextFileView::CreateChildFrame (wxDocument *doc, wxView *view)
   
   subframe->SetMenuBar(menu_bar);
   subframe->Centre(wxBOTH);
-    
+  
   return subframe;
 }