examples/b5/b5r.out

   1    snark14.s170426 - A PICTURE RECONSTRUCTION PROGRAM
   2
   3
   4      <*> EXAMPLE 5
   5
   6      <*> STAR PATTERN WITH 24 PARALLEL STRIP PROJECTIONS
   7
   8      <*> RECONSTRUCTION BY ALL APPROPRIATE ALGORITHMS WITH DEFAULT
   9
  10      <*> OR EASY OPTIONS.
  11
  12      <*>
  13
  14      <#> CREATE
  15
  16          EXAMPLE 5 STAR PATTERN WITH 24 PARALLEL STRIP PROJECTIONS
  17
  18
  19      <#> SPECTRUM MONOCHROMATIC 10
  20          energy spectrum is monochromatic at energy level    10
  21
  22
  23      <#> OBJECTS
  24          description of objects
  25                                                                 density at levels
  26  numb type  x-coord  y-coord x-length y-length    angle  av dens        10
  27
  28     1 sect   0.0000 -24.0000   6.0000  24.0000   0.0000   1.0000    1.0000
  29
  30     2 sect  21.0000 -12.0000   6.0000  24.0000  60.0000   1.0000    1.0000
  31
  32     3 sect  21.0000  12.0000   6.0000  24.0000 120.0000   1.0000    1.0000
  33
  34     4 sect   0.0000  24.0000   6.0000  24.0000 180.0000   1.0000    1.0000
  35
  36     5 sect -21.0000  12.0000   6.0000  24.0000 240.0000   1.0000    1.0000
  37
  38     6 sect -21.0000 -12.0000   6.0000  24.0000 300.0000   1.0000    1.0000
  39
  40          scale factor multiplying object densities     1.0000
  41
  42          seed set to 0
  43          inhomogeneity set to     0.0000
  44
  45      <#> PHANTOM AVERAGE 5
  46
  47          this run will generate a phantom
  48          density in each pixel is obtained as the average of 5 x 5 points
  49
  50
  51      <#> 25 PIXELS OF SIZE 2.0
  52          picture size 25 x 25,  pixel size     2.0000
  53
  54
  55      <#> RAYSUM AVERAGE 1
  56
  57          this run will generate projection data
  58          projection data are calculated by dividing each ray interval into 1 substrips
  59
  60          with aperture (substrip) weights     1
  61
  62
  63      <#> GEOMETRY
  64
  65
  66      <#> PARALLEL UNIFORM STRIP
  67          rays are parallel with uniform spacing between rays
  68          data collected along strips
  69
  70
  71
  72      <#> RAYS USER 25 DETECTOR SPACING 2.0
  73          number of rays per projection    25
  74          at detector spacing     2.0000
  75
  76
  77      <#> ANGLES 24 EQUAL SPACING
  78          total number of projections    24
  79
  80          projection angles    0.0000    7.5000   15.0000   22.5000   30.0000   37.5000   45.0000   52.5000   60.0000   67.5000
  81                              75.0000   82.5000   90.0000   97.5000  105.0000  112.5000  120.0000  127.5000  135.0000  142.5000
  82                             150.0000  157.5000  165.0000  172.5000
  83
  84
  85      <#> MEASUREMENT PERFECT
  86          projection data are noiseless
  87
  88
  89      <#> BACKGROUND 0.0
  90                                at levels
  91                                       10
  92           background absorption   0.0000
  93
  94
  95      <#> RUN
  96               0.000 seconds phantom creation
  97               0.000 seconds projection data creation
  98               0.000 seconds used for processing command crea
  99
 100
 101      <*>
 102
 103      <#> PICTURE TEST
 104
 105          EXAMPLE 5 STAR PATTERN WITH 24 PARALLEL STRIP PROJECTIONS
 106
 107
 108      <#> spec    mono   10
 109          energy spectrum is monochromatic at energy level    10
 110
 111
 112      <#> obje
 113          description of objects
 114                                                                 density at levels
 115  numb type  x-coord  y-coord x-length y-length    angle  av dens        10
 116
 117     1 sect   0.0000 -24.0000   6.0000  24.0000   0.0000   1.0000    1.0000
 118
 119     2 sect  21.0000 -12.0000   6.0000  24.0000  60.0000   1.0000    1.0000
 120
 121     3 sect  21.0000  12.0000   6.0000  24.0000 120.0000   1.0000    1.0000
 122
 123     4 sect   0.0000  24.0000   6.0000  24.0000 180.0000   1.0000    1.0000
 124
 125     5 sect -21.0000  12.0000   6.0000  24.0000 240.0000   1.0000    1.0000
 126
 127     6 sect -21.0000 -12.0000   6.0000  24.0000 300.0000   1.0000    1.0000
 128
 129          scale factor multiplying object densities     1.0000
 130
 131          seed set to 0
 132          inhomogeneity set to     0.0000
 133
 134      <#> phan    aver    5
 135
 136          density in each pixel is obtained as the average of 5 x 5 points
 137
 138
 139      <#> pixe       25    size        2.0000
 140          picture size 25 x 25,  pixel size     2.0000
 141
 142          test picture read
 143          EXAMPLE 5 STAR PATTERN WITH 24 PARALLEL STRIP PROJECTIONS
 144               0.003 seconds used for processing command pict
 145
 146
 147      <*>
 148
 149      <#> PROJECTION REAL
 150
 151          EXAMPLE 5 STAR PATTERN WITH 24 PARALLEL STRIP PROJECTIONS
 152
 153
 154      <#> spec    mono   10
 155          energy spectrum is monochromatic at energy level    10
 156
 157
 158      <#> obje
 159          description of objects
 160                                                                 density at levels
 161  numb type  x-coord  y-coord x-length y-length    angle  av dens        10
 162
 163     1 sect   0.0000 -24.0000   6.0000  24.0000   0.0000   1.0000    1.0000
 164
 165     2 sect  21.0000 -12.0000   6.0000  24.0000  60.0000   1.0000    1.0000
 166
 167     3 sect  21.0000  12.0000   6.0000  24.0000 120.0000   1.0000    1.0000
 168
 169     4 sect   0.0000  24.0000   6.0000  24.0000 180.0000   1.0000    1.0000
 170
 171     5 sect -21.0000  12.0000   6.0000  24.0000 240.0000   1.0000    1.0000
 172
 173     6 sect -21.0000 -12.0000   6.0000  24.0000 300.0000   1.0000    1.0000
 174
 175          scale factor multiplying object densities     1.0000
 176
 177          seed set to 0
 178          inhomogeneity set to     0.0000
 179
 180      <#> rays    aver    1
 181
 182          projection data are calculated by dividing each ray interval into 1 substrips
 183
 184          with aperture (substrip) weights     1
 185
 186
 187      <#> geom
 188
 189
 190      <#> para unif stri
 191          rays are parallel with uniform spacing between rays
 192          data collected along strips
 193
 194
 195
 196      <#> rays    user       25    spacing        2.0000
 197          number of rays per projection    25
 198          snark computed number of rays    37
 199          at detector spacing     2.0000
 200
 201
 202      <#> angl       24
 203          total number of projections    24
 204
 205
 206          projection angles    0.0000    7.5000   15.0000   22.5000   30.0000   37.5000   45.0000   52.5000   60.0000   67.5000
 207                              75.0000   82.5000   90.0000   97.5000  105.0000  112.5000  120.0000  127.5000  135.0000  142.5000
 208                             150.0000  157.5000  165.0000  172.5000
 209
 210
 211      <#> meas    perf
 212          projection data are noiseless
 213
 214
 215      <#> back      0.0000
 216                                at levels
 217                                       10
 218           background absorption   0.0000
 219
 220          estimate of totlen =     28263.966195
 221          estimate of totden =     10749.116539
 222          estimate of average density =     0.3803
 223          projection data read
 224          EXAMPLE 5 STAR PATTERN WITH 24 PARALLEL STRIP PROJECTIONS
 225               0.000 seconds used for processing command proj
 226
 227
 228      <*>
 229
 230      <#> EXECUTE BACKPROJECTION
 231
 232          EXAMPLE 5A CONTINUOUS BACKPROJECTION WITH LINEAR INTERPOLATION
 233
 234      <#> CONTINUOUS 2 MULTIPLICATIVE
 235           continuous back-projection
 236            2 order lagrange interpolation
 237           multiplicative normalization
 238          algorithm executed in iteration    1
 239               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 240          reconstruction completed after iteration    1
 241               0.000 seconds for this iteration
 242               0.000 seconds used for processing command exec
 243
 244
 245      <*>
 246
 247      <#> EXECUTE CONVOLUTION
 248
 249          EXAMPLE 5B CONVOLUTION WITH BANDLIMITING FILTER & LINEAR INTERPOLATION
 250
 251      <#> BANDLIMITING 1.0 2
 252           convolution reconstruction algorithm
 253           using filter band
 254           cutoff (or alpha) =     1.0000
 255           2 point lagrange interpolation
 256          algorithm executed in iteration    1
 257               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 258          reconstruction completed after iteration    1
 259               0.000 seconds for this iteration
 260               0.004 seconds used for processing command exec
 261
 262
 263      <*>
 264
 265      <#> EXECUTE RFL
 266
 267          EXAMPLE 5C RHO FILTERED LAYERGRAM WITH BANDLIMITING FILTER & LINEAR INTERPOLATIO
 268
 269      <#> BANDLIMITING 1.0 2
 270            rho-filtered layergram reconstruction algorithm
 271            using filter band
 272            cutoff (or alpha) =    1.0000
 273           2 point lagrange interpolation
 274            backprojection is performed on a    26 x    26 region
 275          algorithm executed in iteration    1
 276               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 277          reconstruction completed after iteration    1
 278               0.000 seconds for this iteration
 279               0.000 seconds used for processing command exec
 280
 281
 282      <*>
 283
 284      <#> EXECUTE FOURIER
 285
 286          EXAMPLE 5D FOURIER WITH BANDLIMITING FILTER & LINEAR INTERPOLATION
 287 f o u r i e r  r e c o n s t r u c t i o n
 288
 289 strip projections
 290
 291      <#> BANDLIMITING 1.0 3
 292 filter=    0
 293 cutoff=     1.00
 294 interp=      3
 295 nsize1=      38
 296 nsize2=     26
 297 time for projection transforms :        0.000  seconds
 298 time for interpolations :               0.000  seconds
 299 time for backtransform :                0.000  seconds
 300          algorithm executed in iteration    1
 301               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 302          reconstruction completed after iteration    1
 303               0.000 seconds for this iteration
 304               0.000 seconds used for processing command exec
 305
 306
 307      <*>
 308
 309      <#> STOP TERMINATION VARIANCE = 0.1
 310          termination test vari
 311          epsilon =   0.100000
 312               0.000 seconds used for processing command stop
 313
 314
 315      <*>
 316
 317      <#> EXECUTE ART
 318
 319          EXAMPLE 5F ART WITH NO TRICKS
 320
 321      <#> ART3
 322           art3 method
 323           relaxation parameter is 1.0
 324           norm is 2
 325           tolerance is 0.0
 326
 327      <#> CONSTRAINT ART2 STEPS 888
 328           constraint art2 way
 329           picture is not normalized
 330             888 rays are used for each iteration
 331          algorithm executed in iteration    1
 332               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 333          iteration    1 completed
 334               0.000 seconds for this iteration
 335          algorithm executed in iteration    2
 336               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 337          iteration    2 completed
 338               0.000 seconds for this iteration
 339          algorithm executed in iteration    3
 340               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 341           iterative process stops at iteration     3
 342           the change in variance is less than   0.006869 of the variance
 343          reconstruction completed after iteration    3
 344               0.000 seconds for this iteration
 345               0.000 seconds for all iterations
 346               0.004 seconds used for processing command exec
 347
 348
 349      <*>
 350
 351      <#> EXECUTE MART
 352
 353          EXAMPLE 5G MULTIPLICATIVE ART A LA LENT
 354
 355      <#> METHOD LENT 888 1.0 0.0
 356           multiplicative art version lent
 357           no of rays used in each iteration        888
 358           underrelaxation factor    1.00000
 359           all projection data with values less than     1.0000000000e-20 are ignored
 360           reconstruction not normalized
 361           entropy functional not calculated
 362          algorithm executed in iteration    1
 363               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 364          iteration    1 completed
 365               0.000 seconds for this iteration
 366          algorithm executed in iteration    2
 367               0.004 seconds for the execution of the algorithm
 368           iterative process stops at iteration     2
 369           the change in variance is less than   0.009779 of the variance
 370          reconstruction completed after iteration    2
 371               0.004 seconds for this iteration
 372               0.004 seconds for all iterations
 373               0.007 seconds used for processing command exec
 374
 375
 376      <*>
 377
 378      <#> EXECUTE QUADRATIC
 379
 380          EXAMPLE 5H OPTIMIZATION OF LEAST SQUARES FUNCTIONAL USING CONJUGATE
 381
 382      <#> 3  3  1  0  1  0.1  0.0  0.0
 383
 384      <#> 1  1  1  0  0  0    1.0  0.1 0
 385            the conjugate gradient algorithm
 386
 387                 direct gradient computation
 388           =================================
 389          algorithm executed in iteration    1
 390               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 391          iteration    1 completed
 392               0.000 seconds for this iteration
 393          algorithm executed in iteration    2
 394               0.003 seconds for the execution of the algorithm
 395          iteration    2 completed
 396               0.003 seconds for this iteration
 397          algorithm executed in iteration    3
 398               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 399          iteration    3 completed
 400               0.000 seconds for this iteration
 401          algorithm executed in iteration    4
 402               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 403          iteration    4 completed
 404               0.000 seconds for this iteration
 405          algorithm executed in iteration    5
 406               0.004 seconds for the execution of the algorithm
 407           iterative process stops at iteration     5
 408           the change in variance is less than   0.095803 of the variance
 409          reconstruction completed after iteration    5
 410               0.004 seconds for this iteration
 411               0.007 seconds for all iterations
 412               0.007 seconds used for processing command exec
 413
 414
 415      <*>
 416
 417      <#> EXECUTE SIRT
 418
 419          EXAMPLE 5I GENERALIZED SIMULTANEOUS ITERATIVE RECONSTRUCTION TECHNOLOGY
 420           user rays selected
 421
 422      <#> METHOD GSIRT
 423           gsirt method
 424           sigma = inverse of relaxation =     1.0000
 425
 426           this run is unconstrained sirt
 427           this run is unnormalized sirt
 428           starting picture is as in execute command
 429          algorithm executed in iteration    1
 430               0.003 seconds for the execution of the algorithm
 431          iteration    1 completed
 432               0.003 seconds for this iteration
 433          algorithm executed in iteration    2
 434               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 435          iteration    2 completed
 436               0.000 seconds for this iteration
 437          algorithm executed in iteration    3
 438               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 439          iteration    3 completed
 440               0.000 seconds for this iteration
 441          algorithm executed in iteration    4
 442               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 443          iteration    4 completed
 444               0.000 seconds for this iteration
 445          algorithm executed in iteration    5
 446               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 447          iteration    5 completed
 448               0.000 seconds for this iteration
 449          algorithm executed in iteration    6
 450               0.002 seconds for the execution of the algorithm
 451          iteration    6 completed
 452               0.002 seconds for this iteration
 453          algorithm executed in iteration    7
 454               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 455          iteration    7 completed
 456               0.000 seconds for this iteration
 457          algorithm executed in iteration    8
 458               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 459          iteration    8 completed
 460               0.000 seconds for this iteration
 461          algorithm executed in iteration    9
 462               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 463          iteration    9 completed
 464               0.000 seconds for this iteration
 465          algorithm executed in iteration   10
 466               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 467          iteration   10 completed
 468               0.000 seconds for this iteration
 469          algorithm executed in iteration   11
 470               0.002 seconds for the execution of the algorithm
 471          iteration   11 completed
 472               0.002 seconds for this iteration
 473          algorithm executed in iteration   12
 474               0.000 seconds for the execution of the algorithm
 475           iterative process stops at iteration    12
 476           the change in variance is less than   0.086811 of the variance
 477          reconstruction completed after iteration   12
 478               0.000 seconds for this iteration
 479               0.008 seconds for all iterations
 480               0.008 seconds used for processing command exec
 481
 482
 483      <*>
 484
 485      <#> EVALUATE
 486
 487          EXAMPLE 5 RECONSTRUCTION OF STAR PATTERN FROM PARALLEL PROJECTIONS
 488
 489      <#> WHOLEPIC
 490  Region        cx        cy         u         v        ang      t1        t2
 491
 492  wholepic                                                        -1e+20     1e+20
 493
 494          iterations    1   2   3   4   5   6   7   8   9  10
 495                       11
 496          last iteration
 497
 498               0.003 seconds used for processing command eval
 499
 500
 501      <*>
 502
 503      <#> END