src/snark/recfile.cpp

   1 /*\r
   2  ***********************************************************\r
   3  $SNARK_Header: S N A R K  1 4 - A PICTURE RECONSTRUCTION PROGRAM $\r
   4  $HeadURL: svn://dig.cs.gc.cuny.edu/snark/trunk/src/snark/recfile.cpp $\r
   5  $LastChangedRevision: 118 $\r
   6  $Date: 2014-07-09 14:22:29 -0400 (Wed, 09 Jul 2014) $\r
   7  $Author: agulati $\r
   8  ***********************************************************\r
   9  */\r
  10 \r
  11 #include <cstring>\r
  12 #include <cstdlib>       \r
  13 #include <cstdio>\r
  14 #include <cctype>\r
  15 \r
  16 #include "int2str.h"\r
  17 #include "DIGFile.h"\r
  18 #include "modefl.h"\r
  19 #include "recfile.h"\r
  20 \r
  21 SnarkRecFile RecFile;\r
  22 \r
  23 void SnarkRecFile::FlipImage(REAL* Dst, REAL* Src)\r
  24 {\r
  25         unsigned INTEGER i;\r
  26         REAL* SrcPtr = Src;  // first row\r
  27         REAL* DstPtr = Dst + NumberOfElements * (NumberOfElements - 1); // last row\r
  28 \r
  29         for (i = 0; i < NumberOfElements; i++)\r
  30         {\r
  31 \r
  32                 // copy row of data\r
  33                 memcpy(DstPtr, SrcPtr, NumberOfElements * sizeof(REAL));\r
  34 \r
  35                 DstPtr -= NumberOfElements; // set to previous row\r
  36                 SrcPtr += NumberOfElements; // set to next row\r
  37         }\r
  38 }\r
  39 \r
  40 INTEGER SnarkRecFile::Open(const CHAR* FileName, INTEGER nelem, REAL pixsiz)\r
  41 {\r
  42         // opens a file for writing\r
  43         // and sets main header values\r
  44 \r
  45         NumberOfElements = nelem;\r
  46 \r
  47         // allocate data buffer\r
  48         DataBuffer = new REAL[NumberOfElements * NumberOfElements];\r
  49 \r
  50         PixelSize = pixsiz;\r
  51 \r
  52         if (DIGFileSnarkRec::Open(FileName, "Proj Name", nelem, pixsiz, "This reconstruction file has been created by snark14") != 0)\r
  53         {\r
  54                 return 1;\r
  55         }\r
  56         return 0;\r
  57 }\r
  58 \r
  59 INTEGER SnarkRecFile::Open(const CHAR* FileName)\r
  60 {\r
  61         // opens a file for reading\r
  62 \r
  63         if (DIGFileSnarkRec::Open(FileName) != 0)\r
  64         {\r
  65                 return 1;\r
  66         }\r
  67 \r
  68         if (GetSampling(&PixelSize) != 0)\r
  69         {\r
  70                 return 2;\r
  71         }\r
  72 \r
  73         if (GetDimensions(&NumberOfElements) != 0)\r
  74         {\r
  75                 return 3;\r
  76         }\r
  77 \r
  78         DataBuffer = new REAL[NumberOfElements * NumberOfElements];\r
  79 \r
  80         RecNum = 0;\r
  81         RecSetNum = 0;\r
  82 \r
  83         return 0;\r
  84 }\r
  85 \r
  86 INTEGER SnarkRecFile::GetNelem(INTEGER* nelem)\r
  87 {\r
  88 \r
  89         // returns the value of nelem\r
  90 \r
  91         *nelem = NumberOfElements;\r
  92 \r
  93         return 0;\r
  94 }\r
  95 \r
  96 INTEGER SnarkRecFile::GetPixSize(REAL* pixsize)\r
  97 {\r
  98 \r
  99         // returns the value of nelem\r
 100 \r
 101         *pixsize = PixelSize;\r
 102         return 0;\r
 103 }\r
 104 \r
 105 INTEGER SnarkRecFile::GetProjName(CHAR pProjName[81])\r
 106 {\r
 107         // returns the projection name\r
 108 \r
 109         const CHAR* ProjName;\r
 110 \r
 111         if (DIGFileSnarkRec::GetProjName(&ProjName) != 0)\r
 112         {\r
 113                 return -1;\r
 114         }\r
 115 \r
 116         strncpy(pProjName, ProjName, 80);\r
 117 \r
 118         pProjName[80] = 0;\r
 119 \r
 120         return 0;\r
 121 }\r
 122 \r
 123 INTEGER SnarkRecFile::SetProjName(CHAR* pProjName)\r
 124 {\r
 125         // changes the projection name (already set when opening file for writing)\r
 126         return DIGFileSnarkRec::SetProjName(pProjName);\r
 127 }\r
 128 \r
 129 INTEGER SnarkRecFile::WritePhan(CHAR* pPhanName, REAL* pData)\r
 130 {\r
 131         // flip image to DIGFile order\r
 132         FlipImage(DataBuffer, pData);\r
 133 \r
 134         // append to DIGFile\r
 135         return AppendPhantom(pPhanName, "Phantom created by snark14", DataBuffer);\r
 136 }\r
 137 \r
 138 INTEGER SnarkRecFile::WriteRec(CHAR* pRecName, CHAR pAlgName[4],\r
 139                 unsigned INTEGER pCount, unsigned INTEGER pIter, REAL* pData)\r
 140 {\r
 141 \r
 142         // writes a reconstruction array\r
 143         // opens a new array set if necessary\r
 144 \r
 145         // trim string for 3 letter algorithm names\r
 146         if (pAlgName[3] == ' ')\r
 147         {\r
 148                 pAlgName[3] = 0;\r
 149         }\r
 150 \r
 151         // convert to upper case\r
 152         for (int i = 0; i < 4; i++)\r
 153         {\r
 154                 pAlgName[i] = toupper(pAlgName[i]);\r
 155         }\r
 156 \r
 157         if (pCount == 1)\r
 158         { // new  array set\r
 159                 if (AppendRecSet(pAlgName, pRecName, "") != 0)\r
 160                 {\r
 161                         return 1;\r
 162                 }\r
 163         }\r
 164 \r
 165         // flip image to DIGFile order\r
 166         FlipImage(DataBuffer, pData);\r
 167 \r
 168         if (AppendRec(pCount, "Reconstruction created by snark14", DataBuffer) != 0)\r
 169         {\r
 170                 return 2;\r
 171         }\r
 172 \r
 173         return 0;\r
 174 }\r
 175 \r
 176 INTEGER SnarkRecFile::ReadPhan(CHAR pPhantomName[81], REAL* pData)\r
 177 {\r
 178         // reads a phatom array (first array set)\r
 179         // if none exists, returns 2\r
 180 \r
 181         const CHAR* PhantomName;\r
 182 \r
 183         if (!PhantomPresent)\r
 184         { // no phantom in file\r
 185                 return 2;\r
 186         }\r
 187 \r
 188         if (GetPhantomName(&PhantomName) != 0)\r
 189         {\r
 190                 return 3;\r
 191         }\r
 192 \r
 193         strncpy(pPhantomName, PhantomName, 80);\r
 194 \r
 195         pPhantomName[80] = 0;\r
 196 \r
 197         if (GetPhantomData(DataBuffer) != 0)\r
 198         {\r
 199                 return 5;\r
 200         }\r
 201 \r
 202         // flip image to Snark order\r
 203         FlipImage(pData, DataBuffer);\r
 204 \r
 205         unsigned int ArraySize;\r
 206 \r
 207         GetArrayNoOfItems(&ArraySize);\r
 208 \r
 209         ApplyLimits(ArraySize, pData);\r
 210 \r
 211         return 0;\r
 212 }\r
 213 \r
 214 INTEGER SnarkRecFile::ApplyLimits(unsigned int pArraySize, REAL* pData)\r
 215 {\r
 216         unsigned int i;\r
 217 \r
 218         if (Modefl.lofl)\r
 219         {\r
 220                 if (Modefl.upfl)\r
 221                 {\r
 222                         for (i = 0; i < pArraySize; i++)\r
 223                         {\r
 224                                 if (pData[i] < Modefl.lower)\r
 225                                         pData[i] = Modefl.lower;\r
 226                                 if (pData[i] > Modefl.upper)\r
 227                                         pData[i] = Modefl.upper;\r
 228                         }\r
 229                 }\r
 230                 else\r
 231                 {\r
 232                         for (i = 0; i < pArraySize; i++)\r
 233                         {\r
 234                                 if (pData[i] < Modefl.lower)\r
 235                                         pData[i] = Modefl.lower;\r
 236                         }\r
 237                 }\r
 238         }\r
 239         else\r
 240         {\r
 241                 if (Modefl.upfl)\r
 242                 {\r
 243                         for (i = 0; i < pArraySize; i++)\r
 244                         {\r
 245                                 if (pData[i] > Modefl.upper)\r
 246                                         pData[i] = Modefl.upper;\r
 247                         }\r
 248                 }\r
 249         };\r
 250 \r
 251         return 0;\r
 252 }\r
 253 \r
 254 INTEGER SnarkRecFile::ReadRec(CHAR pRecName[81], CHAR pAlgName[4],\r
 255                 unsigned INTEGER* pCount, unsigned INTEGER* pIter, REAL* pData)\r
 256 {\r
 257         // reads the next reconstruction array\r
 258 \r
 259         const char* AlgName;\r
 260         const char* RecName;\r
 261         unsigned INTEGER NoOfRecs;\r
 262 \r
 263         // Reconstruction set\r
 264         if (SelectRecSet(RecSetNum) != 0)\r
 265         {\r
 266                 return 7;\r
 267         }\r
 268 \r
 269         // Reconstruction set header\r
 270         if (GetRecSetName(&RecName) != 0)\r
 271         {\r
 272                 return 1;\r
 273         }\r
 274 \r
 275         strncpy(pRecName, RecName, 80);\r
 276 \r
 277         pRecName[80] = 0;\r
 278 \r
 279         // Reconstruction set header\r
 280         if (GetRecSetAlgName(&AlgName) != 0)\r
 281         {\r
 282                 return 3;\r
 283         }\r
 284 \r
 285         pAlgName[0] = 0;\r
 286 \r
 287         strncat(pAlgName, AlgName, 4);\r
 288 \r
 289         // get number of recs in rec set\r
 290         if (GetNoOfRecs(&NoOfRecs))\r
 291         {\r
 292                 return 5;\r
 293         }\r
 294 \r
 295         // select reconstruction within reconstruction set\r
 296         if (DIGFileSnarkRec::SelectRec(RecNum) != 0)\r
 297         {\r
 298                 return 8;\r
 299         }\r
 300 \r
 301         /*\r
 302          if(GetRecCount(pCount) != 0) {\r
 303          return 4;\r
 304          }\r
 305          */\r
 306         *pCount = RecNum + 1;\r
 307 \r
 308         if (*pCount == NoOfRecs)\r
 309         {\r
 310                 *pIter = 1;\r
 311         }\r
 312         else\r
 313         {\r
 314                 *pIter = (*pCount - 1) % 50 + 2;\r
 315         }\r
 316 \r
 317         if (GetRecData(DataBuffer) != 0)\r
 318         {\r
 319                 return 6;\r
 320         }\r
 321 \r
 322         // flip image to Snark order\r
 323         FlipImage(pData, DataBuffer);\r
 324 \r
 325         unsigned int ArraySize;\r
 326 \r
 327         GetArrayNoOfItems(&ArraySize);\r
 328 \r
 329         ApplyLimits(ArraySize, pData);\r
 330 \r
 331         if (RecNum == (NoOfRecs - 1))\r
 332         {  // if - end of recnstruction set\r
 333                 RecSetNum++;\r
 334                 RecNum = 0;\r
 335         }\r
 336         else\r
 337         {                          // not end of recnstruction set\r
 338                 RecNum++;\r
 339         }\r
 340         return 0;\r
 341 }\r
 342 \r
 343 // closes the file      \r
 344 INTEGER SnarkRecFile::Close()\r
 345 {\r
 346         if (DataBuffer != NULL)\r
 347                 delete[] DataBuffer;\r
 348 \r
 349         return DIGFile::Close();\r
 350 }\r
 351 \r
 352 INTEGER SnarkRecFile::SelectRec(unsigned INTEGER pRecNo)\r
 353 {\r
 354         // selects a reconstruction\r
 355         // input: array number in file\r
 356         // output: will set the array set number and the array number\r
 357         // first array is 0\r
 358 \r
 359         unsigned INTEGER NoOfRecSets;\r
 360         unsigned INTEGER NoOfRecs;\r
 361         unsigned INTEGER RecSetNo;\r
 362         unsigned INTEGER RecNo;\r
 363 \r
 364         if (GetNoOfRecSets(&NoOfRecSets) != 0)\r
 365         {\r
 366                 return -1; // error\r
 367         }\r
 368 \r
 369         RecNo = pRecNo;\r
 370 \r
 371         for (RecSetNo = 0; RecSetNo < NoOfRecSets; RecSetNo++)\r
 372         {\r
 373 \r
 374                 // select reconstruction set\r
 375                 if (SelectRecSet(RecSetNo) != 0)\r
 376                 {\r
 377                         return -1; // error\r
 378                 }\r
 379 \r
 380                 // get number of reconstructions in set\r
 381                 if (GetNoOfRecs(&NoOfRecs) != 0)\r
 382                 {\r
 383                         return -1; // error\r
 384                 }\r
 385 \r
 386                 // Check if reconstruction in current set\r
 387                 if (RecNo < NoOfRecs)\r
 388                 { // reconstruction in curent reconstrction set\r
 389 \r
 390                         RecSetNum = RecSetNo;\r
 391                         RecNum = pRecNo;\r
 392 \r
 393                         // select reconstruction within reconstruction set\r
 394                         if (DIGFileSnarkRec::SelectRec(RecNum) != 0)\r
 395                         {\r
 396                                 return -1;\r
 397                         }\r
 398                         return 0;\r
 399                 }\r
 400 \r
 401                 RecNum -= NoOfRecs;\r
 402         }\r
 403 \r
 404         return -1; // requested reconstruction number is too high\r
 405 }\r