src/snark/supersnk.c

   1 /*
   2  * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
   3  *                                                               *
   4  *                         S N A R K   1 4                       *
   5  *                                                               *
   6  *                A PICTURE RECONSTRUCTION PROGRAM               *
   7  *                                                               *
   8  * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
   9
  10   supersnk.c,v 1.16 2011/02/21 00:45:48 jklukowska Exp
  11
  12  Previously part of SuperSNARK*/
  13
  14 //#define SS_DEBUG  //bug 269, Joanna Klukowska, converted to a variable below
  15
  16 #include <stdio.h>
  17 #include <time.h>
  18 #include <string.h>
  19 #include <stdlib.h>
  20
  21 #include "experimenter.h"
  22
  23 #include "get_phantom.h"
  24 #include "create_phantom.h"
  25 #include "projection.h"
  26 #include "recon.h"
  27 #include "analysis.h"
  28 #include "errorc.h"
  29 #include "analyze.h"
  30 #include "analyze2.h"
  31 #include "get_iter_flag.h"
  32 //#include "get_seed.h"
  33 #include "check_if_iroi.h"
  34 #include "snark.h"
  35
  36 /* --------------------------- supersnk.c -------------------------------
  37  *
  38  * This function is the driver program to SNARK. It controls phantom
  39  * selection and feeds SNARK the necessary commands to generate the phantoms
  40  * plus their projection data, to implement the desired reconstruciton
  41  * algorithms on these data, and to evaluate the reconstructed images.
  42  * This function also calls the necessary routines to compute the
  43  * desired figures of merit and their statistical significance.
  44  *
  45  * INPUTS:
  46  * nexp - number of experiments.
  47  * expflg - controls the phantom-file set used in each experiment as
  48  * follows: if expflg=0 the same set of phantom files is available
  49  * for use in both experiments. If expflg=1 the phantom files used
  50  * in the first experiment are excluded in the second experiment.
  51  * navel, nelem,pixsz - modifiers described by Set 4 of the SNARK CREATE
  52  * input sequence (see the SNARK manual for details).
  53  * nphan - two-element array: nphan[i-1]= number of phantom files used for
  54  * experiment i (i=1,2).
  55  * nrun - two-element array: nrun[i-1]= number of runs for experiment i
  56  * (i=1,2).
  57  * ensflname - name of ensemble data file.
  58  * projflname - name of file containing information about the projection
  59  * data.
  60  * recflname - name of file containing information about the reconstruction
  61  * algorithms to be implemented.
  62  * anaflname - name of file containing information about the algorithms
  63  * being compared.
  64  *
  65  * OUTPUTS:
  66  * none
  67  * -------------------------------------------------------------------- */
  68
  69
  70 void supersnk(
  71         int nexp,
  72         int expflg,
  73         int nelem,
  74         float pixsz,
  75         int navel,
  76         int* nphan,
  77         int* nrun,
  78         char* ensflname,
  79         char* projflname,
  80         char* recflname,
  81         char* anaflname,
  82         char* progName,
  83         long seed
  84         )
  85 //int nexp,expflg,nelem,navel,*nphan,*nrun;
  86 //float pixsz;
  87 //char *ensflname,*projflname,*recflname,*anaflname;
  88 {
  89
  90     //jk 01/01/08
  91     //changed pairsarray[MAXNSTR] to *pairsarray
  92     //changed structure[MAXNSTR][MAXLINESIZE] to **structure
  93     //to allow unlimited number of structures
  94     //the file will need to be scanned firest to
  95     //allocate the array of right size
  96     int *pairsarray;
  97     char **structure;
  98     int i, j, run, szens, nstr, npairs, tot_PAIRS;
  99     int iroi_used; //set to 0 or 1 by check_if_iroi
 100     //it is used by create_phantom() to verify that density of one out
 101     //of each paired  structures is zero
 102     char namelst[MAXENSEMSIZE][MAXLINESIZE],
 103             phanflname[MAXLINESIZE],
 104             currentlst[MAXENSEMSIZE][MAXLINESIZE], fomflname[MAXLINESIZE],
 105             iter_flag[51], ifname[64], ofname[64], recfilname[64], enums[8], rnums[8], command[256],pipcommand[256];
 106
 107     FILE *fomfl;
 108
 109     char * mode;
 110     int SS_DEBUG = 0;
 111     mode = getenv("SNARK_EXP");
 112     if (mode != NULL && strcasecmp(mode, "DEBUG") == 0)
 113     {
 114         SS_DEBUG = 1;
 115         printf("Running in DEBUG mode: extra files will be saved.\n");
 116     }
 117
 118     /* get list of phantom filenames and iteration flag for EVALUATE command */
 119     read_ensemble(ensflname, namelst, &szens);
 120     strncpy(iter_flag, "10000000000000000000000000000000000000000000000000\0",51);
 121     getiterflag(anaflname, iter_flag);
 122
 123     strcat(pipcommand,"tee snark_e.in | (");
 124     strcat(pipcommand,progName);
 125     strcat(pipcommand," > snark_e.out)");
 126     for (i = 0; i < nexp; i++) {
 127         fprintf(stdout, "experiment %d\n", i + 1); // bug 187 - progress indicator - swr - 11/11/05
 128         /* sprintf(fomflname,"%s.%d",fomflname,i+1); */ /* bug: concats. exp.# onto prev. name ('fomfil.1.2.3....') */
 129         sprintf(fomflname, "fomfil.%d", i + 1); /* fix: concats. exp.# onto 'fomfil' only (JD 8/8/05) */
 130         tot_PAIRS = 0; /* number of phantoms with PAIRed structures */
 131
 132         for (run = 0; run < nrun[i]; run++) {
 133             fprintf(stdout, "run %d\n", run + 1); // bug 187 - progress indicator - swr - 11/11/05
 134             /* beginning of inner for loop */
 135
 136
 137             if(SS_DEBUG) {
 138             //fprintf(stdout, "------------------------------");
 139
 140                 enums[0] = 0;
 141                 sprintf(enums, "%02d", i);
 142
 143                 rnums[0] = 0;
 144                 sprintf(rnums, "%02d", run);
 145
 146                 ifname[0] = 0;
 147                 //strcat(ifname, "snark_e");
 148                 //strcat(ifname, ".in");
 149                 sprintf(ifname, "snark_e%d.in", run);
 150
 151                 ofname[0] = 0;
 152                 //strcat(ofname, "snark_e");
 153                 //strcat(ofname, ".out");
 154                 sprintf(ofname, "snark_e%d.out", run);
 155
 156                 recfilname[0] = '\0';
 157                 sprintf(recfilname, "recfil%d", run);
 158
 159                 if ((pstream = fopen(ifname, "w")) == NULL) {
 160                     errorc("Could not open", ifname);
 161                 }
 162             } else {
 163                 // bug 170 - swr - 10/01/05
 164                 if (system("test -x ./bin/snark14UserDefined") || // file exists and executable
 165                         system("test -s ./bin/snark14UserDefined") || // exists and has non-zero size
 166                         system("test -f ./bin/snark14UserDefined")) { // exists and is regular (not a directory
 167                 // bug 298 - Ze Ye 08/13/15
 168                       if ((pstream = popen("tee snark_e.in | (./bin/snark14 > snark_e.out)", "w")) == NULL) {
 169                         errorc("Could not run", "snark");
 170                     }
 171                 }
 172                         else {
 173                    if ((pstream = popen("tee snark_e.in | (./bin/snark14UserDefined> snark_e.out )", "w")) == NULL) {
 174                         errorc("Could not run", "snark");
 175                     }
 176
 177                 }
 178             }
 179
 180             get_phantom(i, run, expflg, nphan, &szens, namelst, currentlst,
 181                     phanflname);
 182
 183             check_if_iroi(anaflname, &iroi_used);
 184
 185             create_phantom(phanflname, seed, navel, nelem, pixsz, &structure,
 186                     &nstr, &npairs, &pairsarray, iroi_used);
 187
 188             projection(projflname, seed);
 189
 190             recon(recflname, i + 1, run + 1);
 191
 192             evaluate(anaflname, &structure, nstr, iter_flag);
 193
 194             fprintf(pstream, "END \n");
 195
 196             if (SS_DEBUG) {
 197                 fclose(pstream);
 198
 199                 command[0] = 0;
 200                 //strcat(command, "snark14 ");
 201                 strcat(command, progName);
 202                 strcat(command, " ");
 203                 strcat(command, ifname);
 204                 strcat(command, " > ");
 205                 strcat(command, ofname);
 206
 207                 if (system(command) != 0) {
 208                     fprintf(stdout, "\nERROR running: %s\n", command);
 209                     exit(1);
 210                 }
 211                 else
 212                     rename ("recfil", recfilname);
 213
 214
 215             } else {
 216                 pclose(pstream);
 217             }
 218
 219             /*    keep count of the number of phantoms */
 220             if (npairs != 0) {
 221                 tot_PAIRS += 1; /* with PAIRed structures */
 222             }
 223
 224             if (run == 0) {
 225                 if ((fomfl = fopen(fomflname, "w")) == NULL) {
 226                     errorc("in supersnk.c: error opening file ", fomflname);
 227                 }
 228             } else {
 229                 if ((fomfl = fopen(fomflname, "a")) == NULL) {
 230                     errorc("in supersnk.c: error opening file ", fomflname);
 231                 }
 232             }
 233
 234
 235             analyze(i + 1, run + 1, npairs, pairsarray, anaflname, fomfl);
 236             fclose(fomfl);
 237
 238             /* remove snark.out after every run except the very last run */
 239
 240             if( !SS_DEBUG) {
 241                 if (nexp == 1) {
 242                     if (run != nrun[0] - 1) {
 243                         if (remove("snark_e.out") != 0) {
 244                             errorc("in supersnk: error deleting file ", "snark.out");
 245                         }
 246                     }
 247                 } else {
 248                     if ((i == 0) || ((i == 1) && (run != nrun[1] - 1))) {
 249                         if (remove("snark_e.out") != 0) {
 250                             errorc("in supersnk: error deleting file ", "snark_e.out");
 251                         }
 252                     }
 253                 }
 254             }
 255
 256         } /*    end of inner for loop */
 257
 258         //jk 01/01/08 free memory
 259         free(pairsarray);
 260         for (j = nstr - 1; j >= 0; j--) {
 261             free((void*) (structure[j]));
 262         }
 263
 264         analyze2(i + 1, nrun[i], tot_PAIRS, anaflname);
 265
 266     } /* end of outer for loop */
 267 }