sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2003 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp-orf)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  30   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  31                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  32          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  33                                     order)
  34                       ""))
  35          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  36          (%%where (when where-name
  37                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  38                           (if like " like " "")))))
  39     `(concatenate
  40       'string
  41       ,%%fields
  42       ,@(when %%where (list %%where))
  43       ,@(when %%where
  44               `((typecase ,where-value
  45                   (fixnum
  46                    (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  47                   (number
  48                    (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  49                   (null
  50                    " is null")
  51                   (t
  52                    (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  53       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  54       ,@(when %%order (list %%order))
  55       ,@(when single (list " limit 1")))))
  56
  57 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  58                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  59   (concatenate
  60    'string
  61    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62            (if distinct "distinct " "") fields table)
  63    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  64    (if where-name
  65        (format nil
  66                (typecase where-value
  67                  (number "=~D")
  68                  (null " is null")
  69                  (t
  70                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  71                where-value)
  72        "")
  73    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  74    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  75    (if single " limit 1" "")))
  76
  77
  78 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  79                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
  80                         (query-cmd 'mutex-sql-query))
  81   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  82 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  83   `(,query-cmd
  84     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  85      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  86
  87 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  88                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  89   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  90 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  91   `(mutex-sql-query
  92     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  93      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  94
  95 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  96 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  97                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  98                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query))
  99                                 &body body)
 100   (let ((value (gensym))
 101         (r (gensym)))
 102     (if single
 103         `(let* ((,value ,where-value)
 104                 (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 105                                           :lrl ,lrl :single ,single
 106                                           :distinct ,distinct :order ,order
 107                                           :like ,like
 108                                           :query-cmd ,query-cmd))))
 109           ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 110           (when tuple
 111                 (destructuring-bind ,fields tuple
 112                   ,@body)))
 113         `(let ((,value ,where-value))
 114            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 115            (let ((,r '()))
 116              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 117                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 118                                           :order ,order :like ,like))
 119                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 120              (nreverse ,r))
 121            #+ignore
 122            (loop for tuple in
 123                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 124                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 125                                :order ,order :like ,like)
 126                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 127
 128 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 129                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 130                                          order like)
 131                                   &body body)
 132   (let ((value (gensym))
 133         (r (gensym))
 134         (eval-fields (cadr fields)))
 135     (if single
 136         `(let* ((,value ,where-value)
 137                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 138                                                :lrl ,lrl :single ,single
 139                                                :distinct ,distinct :order ,order
 140                                                :like ,like))))
 141           (when tuple
 142             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 143               ,@body)))
 144         `(let ((,value ,where-value)
 145                (,r '()))
 146            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 147                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 148                                              :order ,order :like ,like))
 149              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 150            (nreverse ,r)
 151            #+ignore
 152            (loop for tuple in
 153                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 154                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 155                                     :order ,order :like ,like)
 156                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 157
 158 ;;;
 159 ;;; Read from SQL database
 160
 161 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 162   `(if (stringp ,cui)
 163     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 164     ,cui))
 165
 166 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 167   `(if (stringp ,lui)
 168     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 169     ,lui))
 170
 171 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 172   `(if (stringp ,sui)
 173     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 174     ,sui))
 175
 176 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 177   `(if (stringp ,tui)
 178     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 179     ,tui))
 180
 181 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 182   `(if (stringp ,eui)
 183     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 184     ,eui))
 185
 186 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 187   "Find ucon for a cui"
 188   (ensure-cui-integer cui)
 189   (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui cui :single t)
 190     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 191                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 192
 193 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 194   "Find ucon for a cui"
 195   (ensure-cui-integer cui)
 196   (collect-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 197     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 198                    :pfstr nil)))
 199
 200 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 201   "Find preferred string for a cui"
 202   (ensure-cui-integer cui)
 203   (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui cui :single t)
 204     kpfstr))
 205
 206 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 207   "Find list of ucon for lui"
 208   (ensure-lui-integer lui)
 209   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui lui
 210                             :distinct t)
 211     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 212                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 213
 214 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 215   "Find list of ucon for sui"
 216   (ensure-sui-integer sui)
 217   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 218     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 219                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 220
 221 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 222   "Find ucon for cui/sui"
 223   (ensure-cui-integer cui)
 224   (ensure-sui-integer sui)
 225   (when (and cui sui)
 226     (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 227                               (make-cuisui cui sui))
 228       (make-instance 'ucon :cui cui
 229                      :pfstr kpfstr
 230                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 231
 232 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 233   "Find ucon that are exact match for str"
 234   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 235     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 236                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 237
 238 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 239   "Return list of all ucon's"
 240   (with-sql-connection (db)
 241     (clsql:map-query
 242      'list
 243      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 244          (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 245                         :pfstr pfstr
 246                         :lrl (ensure-integer cuilrl)))
 247      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 248                    :order (cui asc) :distinct t)
 249      :database db)))
 250
 251 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 252   "Return list of all ucon's"
 253   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 254                             :distinct t)
 255     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 256                    :pfstr kpfstr
 257                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 258
 259 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 260   "Return list of CUIs for all ucons"
 261   (collect-umlisp-query (mrcon (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 262                                :distinct t)
 263                         cui))
 264
 265 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 266   "Map a function over all ucon's"
 267   (with-sql-connection (db)
 268     (clsql:map-query
 269      nil
 270      #'(lambda (cui pfstr cuilrl)
 271          (funcall fn
 272                   (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 273                                  :pfstr pfstr
 274                                  :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 275      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 276                    :distinct t)
 277      :database db)))
 278
 279
 280 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 281   "Return a list of udefs for cui"
 282   (ensure-cui-integer cui)
 283   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui cui :lrl "KSRL")
 284     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 285
 286 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 287   "Return a list of usty for cui"
 288   (ensure-cui-integer cui)
 289   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 290     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 291
 292 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 293   "Return a list of usty that match word"
 294   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 295                             :distinct t)
 296     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 297
 298 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 299   "Return a list of urel for cui"
 300   (ensure-cui-integer cui)
 301   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1
 302                             cui :lrl "KSRL")
 303     (make-instance 'urel :cui1 cui :rel rel
 304                    :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela :sab sab :sl sl
 305                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 306
 307 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 308   "Return a list of urel for cui"
 309   (ensure-cui-integer cui)
 310   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 311                                cui :lrl "KSRL")
 312                         cui2))
 313
 314 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 315   "Return a list of urel for cui2"
 316   (ensure-cui-integer cui2)
 317   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2
 318                             cui2 :lrl "KSRL")
 319     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel
 320                    :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela :sab sab :sl sl
 321                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 322
 323 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 324   (ensure-cui-integer cui2)
 325   (loop for cui in (remove-duplicates
 326                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 327         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 328
 329 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 330   "Return a list of ucoc for cui"
 331   (ensure-cui-integer cui)
 332   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1
 333                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 334     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 335     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 336     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :cui2 (ensure-integer cui2)
 337                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 338                    :pfstr2 kpfstr2)))
 339
 340 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 341   "Return a list of ucoc for cui2"
 342   (ensure-cui-integer cui2)
 343   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2
 344                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 345     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 346     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 347                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 348                    :pfstr2 kpfstr2)))
 349
 350 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 351   "List of ucon with co-occurance cui2"
 352   (ensure-cui-integer cui2)
 353   (mapcar
 354    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 355    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 356
 357 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 358   "Return a list of ulo for cui"
 359   (ensure-cui-integer cui)
 360   (collect-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui cui
 361                            :lrl "KLRL")
 362     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un
 363                    :sui (ensure-integer sui) :sna sna :soui soui)))
 364
 365 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 366   "Return a list of uatx for cui"
 367   (ensure-cui-integer cui)
 368   (collect-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui cui :lrl ksrl)
 369     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 370
 371
 372 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 373   "Return a list of uterm for cui"
 374   (ensure-cui-integer cui)
 375   (collect-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 376                             :lrl kluilrl :distinct t)
 377     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 378                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 379
 380 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 381   "Return a list of uterm for lui"
 382   (ensure-lui-integer lui)
 383   (collect-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 384                              :lrl kluilrl :distinct t)
 385     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 386                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 387
 388 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 389   "Return single uterm for cui/lui"
 390   (ensure-cui-integer cui)
 391   (ensure-lui-integer lui)
 392   (collect-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 393                              (make-cuilui cui lui)
 394                              :lrl kluilrl :single t)
 395     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 396                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 397
 398 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 399   "Return a list of ustr for cui/lui"
 400   (ensure-cui-integer cui)
 401   (ensure-lui-integer lui)
 402   (collect-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui
 403                             (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 404     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 405                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 406                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 407
 408 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 409   "Return the single ustr for cuisui"
 410   (ensure-cui-integer cui)
 411   (ensure-sui-integer sui)
 412   (collect-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui
 413                             (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 414     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 415                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str
 416                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 417
 418 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 419   "Return the list of ustr for sui"
 420   (ensure-sui-integer sui)
 421   (collect-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui sui
 422                             :lrl lrl)
 423     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 424                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 425                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer lrl))))
 426
 427 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 428   "Return the list of ustr for sab"
 429   (collect-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 430     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 431       (apply #'find-ustr-cuisui
 432              (append
 433               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 434               (list :srl srl))))))
 435
 436 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 437   "Return list of all ustr's"
 438     (with-sql-connection (db)
 439       (clsql:map-query
 440        'list
 441        #'(lambda (cui lui sui stt lrl pfstr)
 442            (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 443                           :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 444                           :stt stt :str pfstr
 445                           :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 446                                                (ensure-integer sui))
 447                           :lrl (ensure-integer lrl)))
 448        (query-string mrcon (cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl
 449                      :distinct t
 450                      :order (sui asc))
 451        :database db)))
 452
 453 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 454   "Return the string associated with sui"
 455   (ensure-sui-integer sui)
 456   (collect-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 457     str))
 458
 459 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 460   (ensure-sui-integer sui)
 461   (ensure-cui-integer cui)
 462   (collect-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui
 463                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 464       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 465
 466 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 467   (ensure-cui-integer cui)
 468   (ensure-sui-integer sui)
 469   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc)
 470                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 471     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 472                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 473                    :rela rela :xc xc :rnk (ensure-integer rnk)
 474                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 475
 476 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 477   (ensure-cui-integer cui)
 478   (ensure-lui-integer lui)
 479   (ensure-sui-integer sui)
 480   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 481     (cond
 482       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 483                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 484                           "'"))
 485       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 486                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 487                           "' and sui='0'"))
 488       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 489                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 490     (when srl
 491       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 492     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 493           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 494             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 495
 496 (defun find-usty-tui (tui)
 497   "Find usty for tui"
 498   (ensure-tui-integer tui)
 499   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 500     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 501
 502 (defun find-usty-sty (sty)
 503   "Find usty for a sty"
 504   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 505     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 506
 507 (defun find-usty-all ()
 508   "Return list of usty's for all semantic types"
 509   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 510     (find-usty-tui tui)))
 511
 512 (defun find-usab-all ()
 513   "Find usab for a key"
 514   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 515                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 516                                   cenc curver sabin) nil nil nil)
 517     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 518                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 519                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 520                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 521                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 522                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 523                    :curver curver :sabin sabin)))
 524
 525 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 526   "Find usab for a key"
 527   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 528                                     vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 529                                     ttyl atnl lat cenc curver sabin)
 530                                   nil key-name key :single t)
 531     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 532                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 533                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 534                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 535                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 536                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 537                    :curver curver :sabin sabin)))
 538
 539 (defun find-usab-rsab (rsab)
 540   "Find usab for rsab"
 541   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 542
 543 (defun find-usab-vsab (vsab)
 544   "Find usab for vsab"
 545   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 546
 547 (defun find-cui-max ()
 548   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 549
 550 ;;;; Cross table find functions
 551
 552 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 553   "Find list of ucon for tui"
 554   (ensure-tui-integer tui)
 555   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 556     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 557
 558 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 559   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 560   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 561                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 562     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 563
 564 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 565   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 566   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 567                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 568     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 569
 570 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 571   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 572   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 573                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 574                              cui))
 575
 576 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 577   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 578   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 579                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 580                              lui))
 581
 582 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 583   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 584   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 585                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 586                              sui))
 587
 588 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 589   "Return list of ustrs that match word"
 590   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 591                                :order (cui asc sui asc))
 592     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 593
 594 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 595   "Return list of ustrs that match word"
 596   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 597                                  :order (cui asc sui asc))
 598     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 599
 600 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 601   "Return list of uterms that match word"
 602   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 603                                :order (cui asc lui asc))
 604     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 605
 606 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 607   "Return list of uterms that match word"
 608   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 609                                  :order (cui asc lui asc))
 610     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 611
 612 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 613   "Return list of ucons that match non-english word"
 614   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 615                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 616     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 617
 618 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 619   "Return list of ustrs that match non-english word"
 620   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 621                                   :order (cui asc sui asc))
 622     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 623
 624 ;; Special tables
 625
 626 (defun find-usrl-all ()
 627   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 628     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 629
 630 ;;; Multiword lookup and score functions
 631
 632 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 633                             only-exact-if-match)
 634   (let ((uobjs '()))
 635     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 636       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 637     (let ((sorted
 638            (funcall sort-fun str
 639                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 640       (if (and (plusp (length sorted))
 641                only-exact-if-match
 642                (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 643           (first sorted)
 644         sorted))))
 645
 646 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 647                                      (only-exact-if-match t))
 648   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 649                        #'cui srl only-exact-if-match))
 650
 651 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 652                                       (only-exact-if-match t))
 653   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 654                        #'lui srl only-exact-if-match))
 655
 656 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 657                                      (only-exact-if-match t))
 658   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 659                        #'sui srl only-exact-if-match))
 660
 661 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 662   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 663   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 664
 665 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 666   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 667   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 668
 669 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 670   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 671   (let ((scored '()))
 672     (dolist (obj objs)
 673       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 674        scored))
 675     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 676
 677
 678 ;;; LEX SQL functions
 679
 680 (defun find-lexterm-eui (eui)
 681   (ensure-eui-integer eui)
 682   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 683     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 684
 685 (defun find-lexterm-word (wrd)
 686   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 687     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 688                    :wrd (copy-seq wrd))))
 689
 690 ;; LEX SQL Read functions
 691
 692 (defun find-labr-eui (eui)
 693   (ensure-eui-integer eui)
 694   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 695     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 696                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 697
 698 (defun find-labr-bas (bas)
 699   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 700     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 701                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 702
 703 (defun find-lagr-eui (eui)
 704   (ensure-eui-integer eui)
 705   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 706     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 707                    :cit cit :bas bas)))
 708
 709 (defun find-lcmp-eui (eui)
 710   (ensure-eui-integer eui)
 711   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 712     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 713
 714 (defun find-lmod-eui (eui)
 715   (ensure-eui-integer eui)
 716   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 717     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 718
 719 (defun find-lnom-eui (eui)
 720   (ensure-eui-integer eui)
 721   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 722     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 723                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 724
 725 (defun find-lprn-eui (eui)
 726   (ensure-eui-integer eui)
 727   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 728     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 729                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 730
 731 (defun find-lprp-eui (eui)
 732   (ensure-eui-integer eui)
 733   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 734     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 735
 736 (defun find-lspl-eui (eui)
 737   (ensure-eui-integer eui)
 738   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 739     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 740
 741 (defun find-ltrm-eui (eui)
 742   (ensure-eui-integer eui)
 743   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 744     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 745
 746 (defun find-ltyp-eui (eui)
 747   (ensure-eui-integer eui)
 748   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 749     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 750
 751 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 752   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 753                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 754                                                 (ensure-integer eui))))
 755
 756 ;;; Semantic Network SQL access functions
 757
 758 (defun find-sdef-ui (ui)
 759   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 760                             nil ui ui :single t)
 761     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 762                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 763
 764 (defun find-sstre1-ui (ui)
 765   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 766     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 767                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 768
 769 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 770   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 771     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 772                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 773
 774 (defun find-sstr-rl (rl)
 775   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 776     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 777
 778 (defun find-sstre2-sty (sty)
 779   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 780     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 781
 782 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 783   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 784     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 785
 786
 787 ;;; **************************
 788 ;;; Local Classes
 789 ;;; **************************
 790
 791
 792 (defun make-ustats ()
 793   (with-sql-connection (conn)
 794     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
 795     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 796
 797     (dotimes (srl 4)
 798       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCON" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 799       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCON" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 800       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCON" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 801       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCON" "*" "LRL" srl)
 802       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCON" "distinct SUI" "LRL" srl)
 803       (insert-ustats-count conn "Associated Expression Count" "MRATX" "*" "KSRL" srl)
 804       (insert-ustats-count conn "Context Count" "MRCXT" "*" "KSRL" srl)
 805       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 806       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 807       (insert-ustats-count conn "Locator Count" "MRLO" "*" "KLRL" srl)
 808       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 809       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 810       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 811       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 812       (insert-ustats-count conn "Source Count" "MRSO" "*" "SRL" srl)
 813       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 814       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 815       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl)
 816       (insert-ustats-count conn "Bonus Attribute Name Count" "BONUS_ATN" "*" nil srl)
 817       (insert-ustats-count conn "Bonus Relationship Count" "BONUS_REL" "*" nil srl)
 818       (insert-ustats-count conn "Bonus Source Abbreviation Count" "BONUS_SAB" "*" nil srl)
 819       (insert-ustats-count conn "Bonus Term Type Count" "BONUS_TTY" "*" nil srl))
 820     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 821   (find-ustats-all))
 822
 823 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 824   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 825
 826 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 827   (cond
 828    ((stringp srl-control)
 829     (ensure-integer
 830      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 831                               count-variable table srl-control srl)
 832                       conn))))
 833    ((null srl-control)
 834     (ensure-integer
 835      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 836                               count-variable table )
 837                       conn))))
 838    (t
 839     (error "Unknown srl-control")
 840     0)))
 841
 842 (defun insert-ustats (conn name count srl)
 843   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
 844                        name count (if srl srl 3))
 845                conn))
 846
 847 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
 848   (if srl
 849       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
 850                                     :order (name asc))
 851                             (make-instance 'ustats :name name
 852                                            :hits (ensure-integer count)
 853                                            :srl (ensure-integer srl)))
 854     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
 855                                   :order (name asc))
 856                           (make-instance 'ustats :name name
 857                                          :hits (ensure-integer count)
 858                                          :srl (ensure-integer srl)))))
 859
 860 (defun find-ustats-srl (srl)
 861   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
 862                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
 863
 864
 865
 866 (defun find-bsab-sab (sab)
 867  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
 868      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 869
 870 (defun find-bsab-all ()
 871  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
 872      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 873
 874 (defun find-btty-tty (tty)
 875  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
 876      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 877
 878 (defun find-btty-all ()
 879  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
 880   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 881
 882 (defun find-brel-rel (rel)
 883   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
 884     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
 885                     :hits (ensure-integer count))))