sql-classes.lisp

   1 ;;;; -*- Mode: Lisp; Syntax: ANSI-Common-Lisp; Base: 10; Package: umlisp -*-
   2 ;;;; *************************************************************************
   3 ;;;; FILE IDENTIFICATION
   4 ;;;;
   5 ;;;; Name:     sql-classes.lisp
   6 ;;;; Purpose:  Routines for reading UMLS objects from SQL database
   7 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
   8 ;;;; Created:  Apr 2000
   9 ;;;;
  10 ;;;; $Id$
  11 ;;;;
  12 ;;;; This file, part of UMLisp, is
  13 ;;;;    Copyright (c) 2000-2003 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
  14 ;;;;
  15 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
  16 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
  17 ;;;; *************************************************************************
  18
  19 (in-package #:umlisp-orf)
  20
  21
  22 (defvar *current-srl* nil)
  23 (defun current-srl ()
  24   *current-srl*)
  25 (defun current-srl! (srl)
  26   (setq *current-srl* srl))
  27
  28 (defmacro query-string (table fields &optional srl where-name where-value
  29                         &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  30   (let* ((%%fields (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  31                            (if distinct "distinct " "") fields table))
  32          (%%order (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}"
  33                                     order)
  34                       ""))
  35          (%%lrl (format nil " and ~:@(~A~)<=" lrl))
  36          (%%where (when where-name
  37                     (format nil " where ~:@(~A~)~A" where-name
  38                           (if like " like " "")))))
  39     `(concatenate
  40       'string
  41       ,%%fields
  42       ,@(when %%where (list %%where))
  43       ,@(when %%where
  44               `((typecase ,where-value
  45                   (fixnum
  46                    (concatenate 'string "='" (prefixed-fixnum-string ,where-value #\0 10) "'"))
  47                   (number
  48                    (concatenate 'string "='" (write-to-string ,where-value) "'"))
  49                   (null
  50                    " is null")
  51                   (t
  52                    (format nil ,(if like "'%~A%'" "='~A'") ,where-value)))))
  53       (if ,srl (concatenate 'string ,%%lrl (write-to-string ,srl)) "")
  54       ,@(when %%order (list %%order))
  55       ,@(when single (list " limit 1")))))
  56
  57 (defun query-string-eval (table fields &optional srl where-name where-value
  58                           &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  59   (concatenate
  60    'string
  61    (format nil "select ~A~{~:@(~A~)~^,~} from ~:@(~A~)"
  62            (if distinct "distinct " "") fields table)
  63    (if where-name (format nil " where ~:@(~A~)" where-name) "")
  64    (if where-name
  65        (format nil
  66                (typecase where-value
  67                  (number "=~D")
  68                  (null " is null")
  69                  (t
  70                   (if like " like '%~A%""='~A'")))
  71                where-value)
  72        "")
  73    (if srl (format nil " and ~:@(~A~)<=~D" lrl srl) "")
  74    (if order (format nil " order by ~{~:@(~A~) ~(~A~)~^,~}" order) "")
  75    (if single " limit 1" "")))
  76
  77
  78 (defmacro umlisp-query (table fields srl where-name where-value
  79                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like
  80                         (query-cmd 'mutex-sql-query))
  81   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  82 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  83   `(,query-cmd
  84     (query-string ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  85      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  86
  87 (defmacro umlisp-query-eval (table fields srl where-name where-value
  88                      &key (lrl "KCUILRL") single distinct order like)
  89   "Query the UMLisp database. Return a list of umlisp objects whose name
  90 is OBJNAME from TABLE where WHERE-NAME field = WHERE-VALUE with FIELDS"
  91   `(mutex-sql-query
  92     (query-string-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,where-value
  93      :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct :order ,order :like ,like)))
  94
  95 ;; only WHERE-VALUE and SRL are evaluated
  96 (defmacro collect-umlisp-query ((table fields srl where-name where-value
  97                                     &key (lrl "KCUILRL") distinct single
  98                                     order like (query-cmd 'mutex-sql-query))
  99                                 &body body)
 100   (let ((value (gensym))
 101         (r (gensym)))
 102     (if single
 103         `(let* ((,value ,where-value)
 104                 (tuple (car (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 105                                           :lrl ,lrl :single ,single
 106                                           :distinct ,distinct :order ,order
 107                                           :like ,like
 108                                           :query-cmd ,query-cmd))))
 109           ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 110           (when tuple
 111                 (destructuring-bind ,fields tuple
 112                   ,@body)))
 113         `(let ((,value ,where-value))
 114            ,@(unless where-name `((declare (ignore ,value))))
 115            (let ((,r '()))
 116              (dolist (tuple (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 117                                           :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 118                                           :order ,order :like ,like))
 119                (push (destructuring-bind ,fields tuple ,@body) ,r))
 120              (nreverse ,r))
 121            #+ignore
 122            (loop for tuple in
 123                  (umlisp-query ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 124                                :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 125                                :order ,order :like ,like)
 126                collect (destructuring-bind ,fields tuple ,@body))))))
 127
 128 (defmacro collect-umlisp-query-eval ((table fields srl where-name where-value
 129                                          &key (lrl "KCUILRL") distinct single
 130                                          order like)
 131                                   &body body)
 132   (let ((value (gensym))
 133         (r (gensym))
 134         (eval-fields (cadr fields)))
 135     (if single
 136         `(let* ((,value ,where-value)
 137                 (tuple (car (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 138                                                :lrl ,lrl :single ,single
 139                                                :distinct ,distinct :order ,order
 140                                                :like ,like))))
 141           (when tuple
 142             (destructuring-bind ,eval-fields tuple
 143               ,@body)))
 144         `(let ((,value ,where-value)
 145                (,r '()))
 146            (dolist (tuple (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 147                                              :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 148                                              :order ,order :like ,like))
 149              (push (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body) ,r))
 150            (nreverse ,r)
 151            #+ignore
 152            (loop for tuple in
 153                  (umlisp-query-eval ,table ,fields ,srl ,where-name ,value
 154                                     :lrl ,lrl :single ,single :distinct ,distinct
 155                                     :order ,order :like ,like)
 156                collect (destructuring-bind ,eval-fields tuple ,@body))))))
 157
 158 ;;;
 159 ;;; Read from SQL database
 160
 161 (defmacro ensure-cui-integer (cui)
 162   `(if (stringp ,cui)
 163     (setq ,cui (parse-cui ,cui))
 164     ,cui))
 165
 166 (defmacro ensure-lui-integer (lui)
 167   `(if (stringp ,lui)
 168     (setq ,lui (parse-lui ,lui))
 169     ,lui))
 170
 171 (defmacro ensure-sui-integer (sui)
 172   `(if (stringp ,sui)
 173     (setq ,sui (parse-sui ,sui))
 174     ,sui))
 175
 176 (defmacro ensure-tui-integer (tui)
 177   `(if (stringp ,tui)
 178     (setq ,tui (parse-tui ,tui))
 179     ,tui))
 180
 181 (defmacro ensure-eui-integer (eui)
 182   `(if (stringp ,eui)
 183     (setq ,eui (parse-eui ,eui))
 184     ,eui))
 185
 186 (defun find-ucon-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 187   "Find ucon for a cui"
 188   (ensure-cui-integer cui)
 189   (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl cui cui :single t)
 190     (make-instance 'ucon :cui cui :pfstr kpfstr
 191                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 192
 193 (defun find-ucon-cui-sans-pfstr (cui &key (srl *current-srl*))
 194   "Find ucon for a cui"
 195   (ensure-cui-integer cui)
 196   (collect-umlisp-query (mrcon (kcuilrl) srl cui cui :single t)
 197     (make-instance 'ucon :cui cui :lrl (ensure-integer kcuilrl)
 198                    :pfstr nil)))
 199
 200 (defun find-pfstr-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 201   "Find preferred string for a cui"
 202   (ensure-cui-integer cui)
 203   (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr) srl cui cui :single t)
 204     kpfstr))
 205
 206 (defun find-ucon-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 207   "Find list of ucon for lui"
 208   (ensure-lui-integer lui)
 209   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl lui lui
 210                             :distinct t)
 211     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 212                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 213
 214 (defun find-ucon-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 215   "Find list of ucon for sui"
 216   (ensure-sui-integer sui)
 217   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl sui sui :distinct t)
 218     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 219                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 220
 221 (defun find-ucon-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 222   "Find ucon for cui/sui"
 223   (ensure-cui-integer cui)
 224   (ensure-sui-integer sui)
 225   (when (and cui sui)
 226     (collect-umlisp-query (mrcon (kpfstr kcuilrl) srl kcuisui
 227                               (make-cuisui cui sui))
 228       (make-instance 'ucon :cui cui
 229                      :pfstr kpfstr
 230                      :lrl (ensure-integer kcuilrl)))))
 231
 232 (defun find-ucon-str (str &key (srl *current-srl*))
 233   "Find ucon that are exact match for str"
 234   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl str str :distinct t)
 235     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui) :pfstr kpfstr
 236                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 237
 238 (defun find-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 239   "Return list of all ucon's"
 240   (with-sql-connection (db)
 241     (clsql:map-query
 242      'list
 243      #'(lambda (tuple)
 244          (destructuring-bind (cui pfstr cuilrl) tuple
 245            (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 246                           :pfstr pfstr
 247                           :lrl (ensure-integer cuilrl))))
 248      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil
 249                    :order (cui asc) :distinct t)
 250      :database db)))
 251
 252 (defun find-ucon-all2 (&key (srl *current-srl*))
 253   "Return list of all ucon's"
 254   (collect-umlisp-query (mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 255                             :distinct t)
 256     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 257                    :pfstr kpfstr
 258                    :lrl (ensure-integer kcuilrl))))
 259
 260 (defun find-cui-ucon-all (&key (srl *current-srl*))
 261   "Return list of CUIs for all ucons"
 262   (collect-umlisp-query (mrcon (cui) srl nil nil :order (cui asc)
 263                                :distinct t)
 264                         cui))
 265
 266 (defun map-ucon-all (fn &key (srl *current-srl*))
 267   "Map a function over all ucon's"
 268   (with-sql-connection (db)
 269     (clsql:map-query
 270      nil
 271      #'(lambda (tuple)
 272          (destructuring-bind (cui pfstr cuilrl) tuple
 273            (funcall fn
 274                     (make-instance 'ucon :cui (ensure-integer cui)
 275                                    :pfstr pfstr
 276                                    :lrl (ensure-integer cuilrl)))))
 277      (query-string mrcon (cui kpfstr kcuilrl) srl nil nil :order (cui asc)
 278                    :distinct t)
 279      :database db)))
 280
 281
 282 (defun find-udef-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 283   "Return a list of udefs for cui"
 284   (ensure-cui-integer cui)
 285   (collect-umlisp-query (mrdef (sab def) srl cui cui :lrl "KSRL")
 286     (make-instance 'udef :sab sab :def def)))
 287
 288 (defun find-usty-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 289   "Return a list of usty for cui"
 290   (ensure-cui-integer cui)
 291   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl cui cui :lrl "KLRL")
 292     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 293
 294 (defun find-usty-word (word &key (srl *current-srl*))
 295   "Return a list of usty that match word"
 296   (collect-umlisp-query (mrsty (tui sty) srl sty word :lrl klrl :like t
 297                             :distinct t)
 298     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 299
 300 (defun find-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 301   "Return a list of urel for cui"
 302   (ensure-cui-integer cui)
 303   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui2 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui1
 304                             cui :lrl "KSRL")
 305     (make-instance 'urel :cui1 cui :rel rel
 306                    :cui2 (ensure-integer cui2) :rela rela :sab sab :sl sl
 307                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 308
 309 (defun find-cui2-urel-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 310   "Return a list of urel for cui"
 311   (ensure-cui-integer cui)
 312   (collect-umlisp-query (mrrel (cui2) srl cui1
 313                                cui :lrl "KSRL")
 314                         cui2))
 315
 316 (defun find-urel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 317   "Return a list of urel for cui2"
 318   (ensure-cui-integer cui2)
 319   (collect-umlisp-query (mrrel (rel cui1 rela sab sl mg kpfstr2) srl cui2
 320                             cui2 :lrl "KSRL")
 321     (make-instance 'urel :cui2 cui2 :rel rel
 322                    :cui1 (ensure-integer cui1) :rela rela :sab sab :sl sl
 323                    :mg mg :pfstr2 kpfstr2)))
 324
 325 (defun find-ucon-rel-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 326   (ensure-cui-integer cui2)
 327   (loop for cui in (remove-duplicates
 328                     (mapcar #'cui1 (find-urel-cui2 cui2 :srl srl)))
 329         collect (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 330
 331 (defun find-ucoc-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 332   "Return a list of ucoc for cui"
 333   (ensure-cui-integer cui)
 334   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui2 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui1
 335                             cui :lrl klrl :order (cof asc))
 336     (setq cui2 (ensure-integer cui2))
 337     (when (eql 0 cui2) (setq cui2 nil))
 338     (make-instance 'ucoc :cui1 cui :cui2 (ensure-integer cui2)
 339                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 340                    :pfstr2 kpfstr2)))
 341
 342 (defun find-ucoc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 343   "Return a list of ucoc for cui2"
 344   (ensure-cui-integer cui2)
 345   (collect-umlisp-query (mrcoc (cui1 soc cot cof coa kpfstr2) srl cui2
 346                             cui2 :lrl klrl :order (cof asc))
 347     (when (zerop cui2) (setq cui2 nil))
 348     (make-instance 'ucoc :cui1 (ensure-integer cui1) :cui2 cui2
 349                    :soc soc :cot cot :cof (ensure-integer cof) :coa coa
 350                    :pfstr2 kpfstr2)))
 351
 352 (defun find-ucon-coc-cui2 (cui2 &key (srl *current-srl*))
 353   "List of ucon with co-occurance cui2"
 354   (ensure-cui-integer cui2)
 355   (mapcar
 356    #'(lambda (cui) (find-ucon-cui cui :srl srl))
 357    (remove-duplicates (mapcar #'cui1 (find-ucoc-cui2 cui2 :srl srl)))))
 358
 359 (defun find-ulo-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 360   "Return a list of ulo for cui"
 361   (ensure-cui-integer cui)
 362   (collect-umlisp-query (mrlo (isn fr un sui sna soui) srl cui cui
 363                            :lrl "KLRL")
 364     (make-instance 'ulo :isn isn :fr (ensure-integer fr) :un un
 365                    :sui (ensure-integer sui) :sna sna :soui soui)))
 366
 367 (defun find-uatx-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 368   "Return a list of uatx for cui"
 369   (ensure-cui-integer cui)
 370   (collect-umlisp-query (mratx (sab rel atx) srl cui cui :lrl ksrl)
 371     (make-instance 'uatx :sab sab :rel rel :atx atx)))
 372
 373
 374 (defun find-uterm-cui (cui &key (srl *current-srl*))
 375   "Return a list of uterm for cui"
 376   (ensure-cui-integer cui)
 377   (collect-umlisp-query (mrcon (lui lat ts kluilrl) srl cui cui
 378                             :lrl kluilrl :distinct t)
 379     (make-instance 'uterm :lui (ensure-integer lui) :cui cui
 380                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 381
 382 (defun find-uterm-lui (lui &key (srl *current-srl*))
 383   "Return a list of uterm for lui"
 384   (ensure-lui-integer lui)
 385   (collect-umlisp-query (mrcon (cui lat ts kluilrl) srl lui lui
 386                              :lrl kluilrl :distinct t)
 387     (make-instance 'uterm :cui (ensure-integer cui) :lui lui
 388                    :lat lat :ts ts :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 389
 390 (defun find-uterm-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 391   "Return single uterm for cui/lui"
 392   (ensure-cui-integer cui)
 393   (ensure-lui-integer lui)
 394   (collect-umlisp-query (mrcon (lat ts kluilrl) srl kcuilui
 395                              (make-cuilui cui lui)
 396                              :lrl kluilrl :single t)
 397     (make-instance 'uterm :cui cui :lui lui :lat lat :ts ts
 398                    :lrl (ensure-integer kluilrl))))
 399
 400 (defun find-ustr-cuilui (cui lui &key (srl *current-srl*))
 401   "Return a list of ustr for cui/lui"
 402   (ensure-cui-integer cui)
 403   (ensure-lui-integer lui)
 404   (collect-umlisp-query (mrcon (sui stt str lrl) srl kcuilui
 405                             (make-cuilui cui lui) :lrl lrl)
 406     (make-instance 'ustr :sui (ensure-integer sui) :cui cui :lui lui
 407                    :cuisui (make-cuisui cui sui) :stt stt :str str
 408                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 409
 410 (defun find-ustr-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 411   "Return the single ustr for cuisui"
 412   (ensure-cui-integer cui)
 413   (ensure-sui-integer sui)
 414   (collect-umlisp-query (mrcon (lui stt str lrl) srl kcuisui
 415                             (make-cuisui cui sui) :lrl lrl :single t)
 416     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :cuisui (make-cuisui cui sui)
 417                    :lui (ensure-integer lui) :stt stt :str str
 418                    :lrl (ensure-integer lrl))))
 419
 420 (defun find-ustr-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 421   "Return the list of ustr for sui"
 422   (ensure-sui-integer sui)
 423   (collect-umlisp-query (mrcon (cui lui stt str lrl) srl sui sui
 424                             :lrl lrl)
 425     (make-instance 'ustr :sui sui :cui cui :stt stt :str str
 426                    :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui) sui)
 427                    :lui (ensure-integer lui) :lrl (ensure-integer lrl))))
 428
 429 (defun find-ustr-sab (sab &key (srl *current-srl*))
 430   "Return the list of ustr for sab"
 431   (collect-umlisp-query (mrso (kcuisui) srl sab sab :lrl srl)
 432     (let ((cuisui (ensure-integer kcuisui)))
 433       (apply #'find-ustr-cuisui
 434              (append
 435               (multiple-value-list (decompose-cuisui cuisui))
 436               (list :srl srl))))))
 437
 438 (defun find-ustr-all (&key (srl *current-srl*))
 439   "Return list of all ustr's"
 440     (with-sql-connection (db)
 441       (clsql:map-query
 442        'list
 443        #'(lambda (tuple)
 444            (destructuring-bind (cui lui sui stt lrl pfstr) tuple
 445              (make-instance 'ustr :cui (ensure-integer cui)
 446                             :lui (ensure-integer lui) :sui (ensure-integer sui)
 447                             :stt stt :str pfstr
 448                             :cuisui (make-cuisui (ensure-integer cui)
 449                                                  (ensure-integer sui))
 450                           :lrl (ensure-integer lrl))))
 451        (query-string mrcon (cui lui sui stt lrl kpfstr) srl nil nil :lrl lrl
 452                      :distinct t
 453                      :order (sui asc))
 454        :database db)))
 455
 456 (defun find-string-sui (sui &key (srl *current-srl*))
 457   "Return the string associated with sui"
 458   (ensure-sui-integer sui)
 459   (collect-umlisp-query (mrcon (str) srl sui sui :lrl lrl :single t)
 460     str))
 461
 462 (defun find-uso-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 463   (ensure-sui-integer sui)
 464   (ensure-cui-integer cui)
 465   (collect-umlisp-query (mrso (sab code srl tty) srl kcuisui
 466                            (make-cuisui cui sui) :lrl srl)
 467       (make-instance 'uso :sab sab :code code :srl srl :tty tty)))
 468
 469 (defun find-ucxt-cuisui (cui sui &key (srl *current-srl*))
 470   (ensure-cui-integer cui)
 471   (ensure-sui-integer sui)
 472   (collect-umlisp-query (mrcxt (sab code cxn cxl rnk cxs cui2 hcd rela xc)
 473                             srl kcuisui (make-cuisui cui sui) :lrl ksrl)
 474     (make-instance 'ucxt :sab sab :code code
 475                    :cxn (ensure-integer cxn) :cxl cxl :cxs cxs :hcd hcd
 476                    :rela rela :xc xc :rnk (ensure-integer rnk)
 477                    :cui2 (ensure-integer cui2))))
 478
 479 (defun find-usat-ui (cui &optional (lui nil) (sui nil) &key (srl *current-srl*))
 480   (ensure-cui-integer cui)
 481   (ensure-lui-integer lui)
 482   (ensure-sui-integer sui)
 483   (let ((ls "select CODE,ATN,SAB,ATV from MRSAT where "))
 484     (cond
 485       (sui (string-append ls "KCUISUI='"
 486                           (integer-string (make-cuisui cui sui) 14)
 487                           "'"))
 488       (lui (string-append ls "KCUILUI='"
 489                           (integer-string (make-cuilui cui lui) 14)
 490                           "' and sui='0'"))
 491       (t (string-append ls "cui='" (prefixed-fixnum-string cui nil 7)
 492                         "' and lui='0' and sui='0'")))
 493     (when srl
 494       (string-append ls " and KSRL<=" (prefixed-fixnum-string srl nil 3)))
 495     (loop for tuple in (mutex-sql-query ls) collect
 496           (destructuring-bind (code atn sab atv) tuple
 497             (make-instance 'usat :code code :atn atn :sab sab :atv atv)))))
 498
 499 (defun find-usty-tui (tui)
 500   "Find usty for tui"
 501   (ensure-tui-integer tui)
 502   (collect-umlisp-query (mrsty (sty) nil tui tui :single t)
 503     (make-instance 'usty :tui tui :sty sty)))
 504
 505 (defun find-usty-sty (sty)
 506   "Find usty for a sty"
 507   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil sty sty :single t)
 508     (make-instance 'usty :tui (ensure-integer tui) :sty sty)))
 509
 510 (defun find-usty-all ()
 511   "Return list of usty's for all semantic types"
 512   (collect-umlisp-query (mrsty (tui) nil nil nil :distinct t)
 513     (find-usty-tui tui)))
 514
 515 (defun find-usab-all ()
 516   "Find usab for a key"
 517   (collect-umlisp-query (mrsab (vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart vend imeta
 518                                   rmeta slc scc srl tfr cfr cxty ttyl atnl lat
 519                                   cenc curver sabin) nil nil nil)
 520     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 521                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 522                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 523                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc  :srl (ensure-integer srl)
 524                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 525                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 526                    :curver curver :sabin sabin)))
 527
 528 (defun find-usab-by-key (key-name key)
 529   "Find usab for a key"
 530   (collect-umlisp-query-eval ('mrsab '(vcui rcui vsab rsab son sf sver vstart
 531                                     vend imeta rmeta slc scc srl tfr cfr cxty
 532                                     ttyl atnl lat cenc curver sabin)
 533                                   nil key-name key :single t)
 534     (make-instance 'usab :vcui (ensure-integer vcui)
 535                    :rcui (ensure-integer rcui) :vsab vsab :rsab rsab :son son
 536                    :sf sf :sver sver :vstart vstart :vend vend :imeta imeta
 537                    :rmeta rmeta :slc slc :scc scc :srl (ensure-integer srl)
 538                    :tfr (ensure-integer tfr) :cfr (ensure-integer cfr)
 539                    :cxty cxty :ttyl ttyl :atnl atnl :lat lat :cenc cenc
 540                    :curver curver :sabin sabin)))
 541
 542 (defun find-usab-rsab (rsab)
 543   "Find usab for rsab"
 544   (find-usab-by-key 'rsab rsab))
 545
 546 (defun find-usab-vsab (vsab)
 547   "Find usab for vsab"
 548   (find-usab-by-key 'vsab vsab))
 549
 550 (defun find-cui-max ()
 551   (ensure-integer (caar (mutex-sql-query "select max(CUI) from MRCON"))))
 552
 553 ;;;; Cross table find functions
 554
 555 (defun find-ucon-tui (tui &key (srl *current-srl*))
 556   "Find list of ucon for tui"
 557   (ensure-tui-integer tui)
 558   (collect-umlisp-query (mrsty (cui) srl tui tui :lrl klrl :order (cui asc))
 559     (find-ucon-cui (ensure-integer cui) :srl srl)))
 560
 561 (defun find-ucon-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 562   "Return list of ucons that match word. Optionally, use SQL's LIKE syntax"
 563   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_eng '(cui) srl 'wd word :like like :distinct t
 564                                      :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 565     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 566
 567 (defun find-ucon-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 568   "Return list of ucons that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 569   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 570                                       :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 571     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 572
 573 (defun find-cui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 574   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 575   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(cui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 576                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 577                              cui))
 578
 579 (defun find-lui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 580   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 581   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(lui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 582                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 583                              lui))
 584
 585 (defun find-sui-normalized-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 586   "Return list of cui that match word, optionally use SQL's LIKE syntax"
 587   (collect-umlisp-query-eval ('mrxnw_eng '(sui) srl 'nwd word :like like :distinct t
 588                                          :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 589                              sui))
 590
 591 (defun find-ustr-word (word &key (srl *current-srl*))
 592   "Return list of ustrs that match word"
 593   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 594                                :order (cui asc sui asc))
 595     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 596
 597 (defun find-ustr-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 598   "Return list of ustrs that match word"
 599   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui sui) srl nwd word :lrl klrl
 600                                  :order (cui asc sui asc))
 601     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 602
 603 (defun find-uterm-word (word &key (srl *current-srl*))
 604   "Return list of uterms that match word"
 605   (collect-umlisp-query (mrxw_eng (cui lui) srl wd word :lrl klrl
 606                                :order (cui asc lui asc))
 607     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 608
 609 (defun find-uterm-normalized-word (word &key (srl *current-srl*))
 610   "Return list of uterms that match word"
 611   (collect-umlisp-query (mrxnw_eng (cui lui) srl nwd word :lrl klrl
 612                                  :order (cui asc lui asc))
 613     (find-uterm-cuilui (ensure-integer cui) (ensure-integer lui) :srl srl)))
 614
 615 (defun find-ucon-noneng-word (word &key (srl *current-srl*) (like nil))
 616   "Return list of ucons that match non-english word"
 617   (collect-umlisp-query-eval ('mrxw_noneng '(cui) srl 'wd word :like like
 618                                         :distinct t :lrl 'klrl :order '(cui asc))
 619     (find-ucon-cui cui :srl srl)))
 620
 621 (defun find-ustr-noneng-word (word &key (srl *current-srl*))
 622   "Return list of ustrs that match non-english word"
 623   (collect-umlisp-query (mrxw_noneng (cui sui) srl wd word :lrl klrl
 624                                   :order (cui asc sui asc))
 625     (find-ustr-cuisui (ensure-integer cui) (ensure-integer sui) :srl srl)))
 626
 627 ;; Special tables
 628
 629 (defun find-usrl-all ()
 630   (collect-umlisp-query (usrl (sab srl) nil nil nil :order (sab asc))
 631     (make-instance 'usrl :sab sab :srl (ensure-integer srl))))
 632
 633 ;;; Multiword lookup and score functions
 634
 635 (defun find-uobj-multiword (str obj-lookup-fun sort-fun key srl
 636                             only-exact-if-match)
 637   (let ((uobjs '()))
 638     (dolist (word (delimited-string-to-list str #\space))
 639       (setq uobjs (append uobjs (funcall obj-lookup-fun word :srl srl))))
 640     (let ((sorted
 641            (funcall sort-fun str
 642                     (delete-duplicates uobjs :test #'= :key key))))
 643       (if (and (plusp (length sorted))
 644                only-exact-if-match
 645                (multiword-match str (pfstr (first sorted))))
 646           (first sorted)
 647         sorted))))
 648
 649 (defun find-ucon-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 650                                      (only-exact-if-match t))
 651   (find-uobj-multiword str #'find-ucon-word #'sort-score-pfstr-str
 652                        #'cui srl only-exact-if-match))
 653
 654 (defun find-uterm-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 655                                       (only-exact-if-match t))
 656   (find-uobj-multiword str #'find-uterm-word #'sort-score-pfstr-str
 657                        #'lui srl only-exact-if-match))
 658
 659 (defun find-ustr-multiword (str &key (srl *current-srl*)
 660                                      (only-exact-if-match t))
 661   (find-uobj-multiword str #'find-ustr-word #'sort-score-ustr-str
 662                        #'sui srl only-exact-if-match))
 663
 664 (defun sort-score-pfstr-str (str uobjs)
 665   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 666   (sort-score-umlsclass-str uobjs str #'pfstr))
 667
 668 (defun sort-score-ustr-str (str ustrs)
 669   "Return list of sorted and scored ucons. Score by match of str to ucon-pfstr"
 670   (sort-score-umlsclass-str ustrs str #'str))
 671
 672 (defun sort-score-umlsclass-str (objs str lookup-func)
 673   "Sort a list of objects based on scoring to a string"
 674   (let ((scored '()))
 675     (dolist (obj objs)
 676       (push (list obj (score-multiword-match str (funcall lookup-func obj)))
 677        scored))
 678     (mapcar #'car (sort scored #'> :key #'cadr))))
 679
 680
 681 ;;; LEX SQL functions
 682
 683 (defun find-lexterm-eui (eui)
 684   (ensure-eui-integer eui)
 685   (collect-umlisp-query (lrwd (wrd) nil eui eui :single t)
 686     (make-instance 'lexterm :eui eui :wrd wrd)))
 687
 688 (defun find-lexterm-word (wrd)
 689   (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 690     (make-instance 'lexterm :eui (ensure-integer eui)
 691                    :wrd (copy-seq wrd))))
 692
 693 ;; LEX SQL Read functions
 694
 695 (defun find-labr-eui (eui)
 696   (ensure-eui-integer eui)
 697   (collect-umlisp-query (lrabr (bas abr eui2 bas2) nil eui eui)
 698     (make-instance 'labr :eui eui :bas bas :abr abr :bas2 bas2
 699                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 700
 701 (defun find-labr-bas (bas)
 702   (collect-umlisp-query (labr (eui abr eui2 bas2) nil bas bas)
 703     (make-instance 'labr :eui (ensure-integer eui) :abr abr :bas2 bas2
 704                    :bas (copy-seq bas) :eui2 (ensure-integer eui2))))
 705
 706 (defun find-lagr-eui (eui)
 707   (ensure-eui-integer eui)
 708   (collect-umlisp-query (lragr (str sca agr cit bas) nil eui eui)
 709     (make-instance 'lagr :eui eui :str str :sca sca :agr agr
 710                    :cit cit :bas bas)))
 711
 712 (defun find-lcmp-eui (eui)
 713   (ensure-eui-integer eui)
 714   (collect-umlisp-query (lrcmp (bas sca com) nil eui eui)
 715     (make-instance 'lcmp :eui eui :bas bas :sca sca :com com)))
 716
 717 (defun find-lmod-eui (eui)
 718   (ensure-eui-integer eui)
 719   (collect-umlisp-query (lrmod (bas sca psn_mod fea) nil eui eui)
 720     (make-instance 'lmod :eui eui :bas bas :sca sca :psnmod psn_mod :fea fea)))
 721
 722 (defun find-lnom-eui (eui)
 723   (ensure-eui-integer eui)
 724   (collect-umlisp-query (lrnom (bas sca eui2 bas2 sca2) nil eui eui)
 725     (make-instance 'lnom :eui eui :bas bas :sca sca :bas2 bas2 :sca2 sca2
 726                    :eui2 (ensure-integer eui2))))
 727
 728 (defun find-lprn-eui (eui)
 729   (ensure-eui-integer eui)
 730   (collect-umlisp-query (lrprn (bas num gnd cas pos qnt fea) nil eui eui)
 731     (make-instance 'lprn :eui eui :bas bas :num num :gnd gnd
 732                    :cas cas :pos pos :qnt qnt :fea fea)))
 733
 734 (defun find-lprp-eui (eui)
 735   (ensure-eui-integer eui)
 736   (collect-umlisp-query (lrprp (bas str sca fea) nil eui eui)
 737     (make-instance 'lprp :eui eui :bas bas :str str :sca sca :fea fea)))
 738
 739 (defun find-lspl-eui (eui)
 740   (ensure-eui-integer eui)
 741   (collect-umlisp-query (lrspl (spv bas) nil eui eui)
 742     (make-instance 'lspl :eui eui :spv spv :bas bas)))
 743
 744 (defun find-ltrm-eui (eui)
 745   (ensure-eui-integer eui)
 746   (collect-umlisp-query (lrtrm (bas gen) nil eui eui)
 747     (make-instance 'ltrm :eui eui :bas bas :gen gen)))
 748
 749 (defun find-ltyp-eui (eui)
 750   (ensure-eui-integer eui)
 751   (collect-umlisp-query (lrtyp (bas sca typ) nil eui eui)
 752     (make-instance 'ltyp :eui eui :bas bas :sca sca :typ typ)))
 753
 754 (defun find-lwd-wrd (wrd)
 755   (make-instance 'lwd :wrd wrd
 756                  :euilist (collect-umlisp-query (lrwd (eui) nil wrd wrd)
 757                                                 (ensure-integer eui))))
 758
 759 ;;; Semantic Network SQL access functions
 760
 761 (defun find-sdef-ui (ui)
 762   (collect-umlisp-query (srdef (rt sty_rl stn_rtn def ex un rh abr rin)
 763                             nil ui ui :single t)
 764     (make-instance 'sdef :rt rt :ui ui :styrl sty_rl :stnrtn stn_rtn
 765                    :def def :ex ex :un un :rh rh :abr abr :rin rin)))
 766
 767 (defun find-sstre1-ui (ui)
 768   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui2 ui3) nil ui ui)
 769     (make-instance 'sstre1 :ui ui :ui2 (ensure-integer ui2)
 770                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 771
 772 (defun find-sstre1-ui2 (ui2)
 773   (collect-umlisp-query (srstre1 (ui ui3) nil ui2 ui2)
 774     (make-instance 'sstre1 :ui (ensure-integer ui) :ui2 ui2
 775                    :ui3 (ensure-integer ui3))))
 776
 777 (defun find-sstr-rl (rl)
 778   (collect-umlisp-query (srstre (sty_rl sty_rl2 ls) nil rl rl)
 779     (make-instance 'sstr :rl rl :styrl sty_rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 780
 781 (defun find-sstre2-sty (sty)
 782   (collect-umlisp-query (srstre2 (rl sty2) nil sty sty)
 783     (make-instance 'sstre2 :sty (copy-seq sty) :rl rl :sty2 sty2)))
 784
 785 (defun find-sstr-styrl (styrl)
 786   (collect-umlisp-query (srstr (rl sty_rl2 ls) nil styrl styrl)
 787     (make-instance 'sstr :styrl styrl :rl rl :styrl2 sty_rl2 :ls ls)))
 788
 789
 790 ;;; **************************
 791 ;;; Local Classes
 792 ;;; **************************
 793
 794
 795 (defun make-ustats ()
 796   (with-sql-connection (conn)
 797     (ignore-errors (sql-execute "drop table USTATS" conn))
 798     (sql-execute "create table USTATS (NAME varchar(160), COUNT bigint, SRL integer)" conn)
 799
 800     (dotimes (srl 4)
 801       (insert-ustats-count conn "Concept Count" "MRCON" "distinct CUI" "KCUILRL" srl)
 802       (insert-ustats-count conn "Term Count" "MRCON" "distinct KCUILUI" "KCUILRL" srl)
 803       (insert-ustats-count conn "Distinct Term Count" "MRCON" "distinct LUI" "KLUILRL" srl)
 804       (insert-ustats-count conn "String Count" "MRCON" "*" "LRL" srl)
 805       (insert-ustats-count conn "Distinct String Count" "MRCON" "distinct SUI" "LRL" srl)
 806       (insert-ustats-count conn "Associated Expression Count" "MRATX" "*" "KSRL" srl)
 807       (insert-ustats-count conn "Context Count" "MRCXT" "*" "KSRL" srl)
 808       (insert-ustats-count conn "Co-occuring Concept Count" "MRCOC" "*" "KLRL" srl)
 809       (insert-ustats-count conn "Definition Count" "MRDEF" "*" "KSRL" srl)
 810       (insert-ustats-count conn "Locator Count" "MRLO" "*" "KLRL" srl)
 811       (insert-ustats-count conn "Rank Count" "MRRANK" "*" "KSRL" srl)
 812       (insert-ustats-count conn "Relationship Count" "MRREL" "*" "KSRL" srl)
 813       (insert-ustats-count conn "Semantic Type Count" "MRSTY" "*" "KLRL" srl)
 814       (insert-ustats-count conn "Simple Attribute Count" "MRSAT" "*" "KSRL" srl)
 815       (insert-ustats-count conn "Source Count" "MRSO" "*" "SRL" srl)
 816       (insert-ustats-count conn "Word Index Count" "MRXW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 817       (insert-ustats-count conn "Normalized Word Index Count" "MRXNW_ENG" "*" "KLRL" srl)
 818       (insert-ustats-count conn "Normalized String Index Count" "MRXNS_ENG" "*" "KLRL" srl)
 819       (insert-ustats-count conn "Bonus Attribute Name Count" "BONUS_ATN" "*" nil srl)
 820       (insert-ustats-count conn "Bonus Relationship Count" "BONUS_REL" "*" nil srl)
 821       (insert-ustats-count conn "Bonus Source Abbreviation Count" "BONUS_SAB" "*" nil srl)
 822       (insert-ustats-count conn "Bonus Term Type Count" "BONUS_TTY" "*" nil srl))
 823     (sql-execute "create index USTATS_SRL on USTATS (SRL)" conn))
 824   (find-ustats-all))
 825
 826 (defun insert-ustats-count (conn name table count-variable srl-control srl)
 827   (insert-ustats conn name (find-count-table conn table srl count-variable srl-control) srl))
 828
 829 (defun find-count-table (conn table srl count-variable srl-control)
 830   (cond
 831    ((stringp srl-control)
 832     (ensure-integer
 833      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a where ~a <= ~d"
 834                               count-variable table srl-control srl)
 835                       conn))))
 836    ((null srl-control)
 837     (ensure-integer
 838      (caar (sql-query (format nil "select count(~a) from ~a"
 839                               count-variable table )
 840                       conn))))
 841    (t
 842     (error "Unknown srl-control")
 843     0)))
 844
 845 (defun insert-ustats (conn name count srl)
 846   (sql-execute (format nil "insert into USTATS (name,count,srl) values ('~a',~d,~d)"
 847                        name count (if srl srl 3))
 848                conn))
 849
 850 (defun find-ustats-all (&key (srl *current-srl*))
 851   (if srl
 852       (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil srl srl
 853                                     :order (name asc))
 854                             (make-instance 'ustats :name name
 855                                            :hits (ensure-integer count)
 856                                            :srl (ensure-integer srl)))
 857     (collect-umlisp-query (ustats (name count srl) nil nil nil
 858                                   :order (name asc))
 859                           (make-instance 'ustats :name name
 860                                          :hits (ensure-integer count)
 861                                          :srl (ensure-integer srl)))))
 862
 863 (defun find-ustats-srl (srl)
 864   (collect-umlisp-query (ustats (name count) nil srl srl :order (name asc))
 865                            (make-instance 'ustats :name name :hits (ensure-integer count))))
 866
 867
 868
 869 (defun find-bsab-sab (sab)
 870  (collect-umlisp-query (bonus_sab (name count) nil sab sab :single t)
 871      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 872
 873 (defun find-bsab-all ()
 874  (collect-umlisp-query (bonus_sab (sab name count) nil nil nil :order (sab asc))
 875      (make-instance 'bsab :sab sab :name name :hits (ensure-integer count))))
 876
 877 (defun find-btty-tty (tty)
 878  (collect-umlisp-query (bonus_tty (name count) nil tty tty :single t)
 879      (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 880
 881 (defun find-btty-all ()
 882  (collect-umlisp-query (bonus_tty (tty name count) nil nil nil :order (tty asc))
 883   (make-instance 'btty :tty tty :name name :hits (ensure-integer count))))
 884
 885 (defun find-brel-rel (rel)
 886   (collect-umlisp-query (bonus_rel (sab sl rel rela count) nil rel rel)
 887     (make-instance 'brel :sab sab :sl sl :rel rel :rela rela
 888                     :hits (ensure-integer count))))