projects / umlisp.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Updates for new debian standards
[umlisp.git] / parse-rrf.lisp
diff --git a/parse-rrf.lisp b/parse-rrf.lisp
index ef56f8516358913b292bb6f88473e28163ec18ef..08b633d3100d9588873baf3557fd5b52d2344330 100644 (file)
--- a/parse-rrf.lisp
+++ b/parse-rrf.lisp
@@ -85,18 +85,18 @@ used in the United States. We create a new scale (SRLUS) where SRL to SRLUS mapp
 
   (defun make-preparse-hash-table ()
     (if sui-lrl-hash
-       (clear-preparse-hash-tables)
+        (clear-preparse-hash-tables)
       (setf
-         pfstr-hash (make-hash-table :size 1500000)
-         cui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
-         lui-lrl-hash (make-hash-table :size 5000000)
-         sui-lrl-hash (make-hash-table :size 6000000)
-         cuisui-lrl-hash (make-hash-table :size 6000000)
-         cui-lrlus-hash (make-hash-table :size 1500000)
-         lui-lrlus-hash (make-hash-table :size 5000000)
-         sui-lrlus-hash (make-hash-table :size 6000000)
-         cuisui-lrlus-hash (make-hash-table :size 6000000)
-         sab-srl-hash (make-hash-table :size 200 :test 'equal)
+          pfstr-hash (make-hash-table :size 1500000)
+          cui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
+          lui-lrl-hash (make-hash-table :size 5000000)
+          sui-lrl-hash (make-hash-table :size 6000000)
+          cuisui-lrl-hash (make-hash-table :size 6000000)
+          cui-lrlus-hash (make-hash-table :size 1500000)
+          lui-lrlus-hash (make-hash-table :size 5000000)
+          sui-lrlus-hash (make-hash-table :size 6000000)
+          cuisui-lrlus-hash (make-hash-table :size 6000000)
+          sab-srl-hash (make-hash-table :size 200 :test 'equal)
           sab-srlus-hash (make-hash-table :size 200 :test 'equal))))
 
   (defun ensure-preparse (&optional (force-read nil))
@@ -123,7 +123,7 @@ used in the United States. We create a new scale (SRLUS) where SRL to SRLUS mapp
             (when (and (string-equal (vff "MRCONSO.RRF" "LAT" line) "ENG")
                        (string-equal (vff "MRCONSO.RRF" "TS" line) "P")
                        (string-equal (vff "MRCONSO.RRF" "STT" line) "PF"))
-             (setf (gethash cui pfstr-hash) (vff "MRCONSO.RRF" "STR" line))))
+              (setf (gethash cui pfstr-hash) (vff "MRCONSO.RRF" "STR" line))))
           (set-lrl-hash cui srl cui-lrl-hash)
           (set-lrl-hash lui srl lui-lrl-hash)
           (set-lrl-hash sui srl sui-lrl-hash)
@@ -165,7 +165,7 @@ used in the United States. We create a new scale (SRLUS) where SRL to SRLUS mapp
     (declare (type (or null fixnum) hash-lrl)
              (boolean found))
     (if (or (not found) (< srl hash-lrl))
-       (setf (gethash key hash) srl))))
+        (setf (gethash key hash) srl))))
 
 ;; UMLS file and column structures
 ;;; SQL datatypes symbols
@@ -247,12 +247,12 @@ used in the United States. We create a new scale (SRLUS) where SRL to SRLUS mapp
        (lambda (x) (write-to-string (cui-lrlus (parse-ui (vff "MRSTY.RRF" "CUI" x))))))
       ("MRCOC.RRF" "KLRL" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string
-                   (max (cui-lrl (parse-ui (vff "MRCOC.RRF" "CUI1" x)))
-                        (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (vff "MRCOC.RRF" "CUI2" x))) kmrcl::it 0)))))
+                    (max (cui-lrl (parse-ui (vff "MRCOC.RRF" "CUI1" x)))
+                         (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (vff "MRCOC.RRF" "CUI2" x))) kmrcl::it 0)))))
       ("MRCOC.RRF" "KLRLUS" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string
-                   (max (cui-lrlus (parse-ui (vff "MRCOC.RRF" "CUI1" x)))
-                        (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (vff "MRCOC.RRF" "CUI2" x))) kmrcl::it 0)))))
+                    (max (cui-lrlus (parse-ui (vff "MRCOC.RRF" "CUI1" x)))
+                         (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (vff "MRCOC.RRF" "CUI2" x))) kmrcl::it 0)))))
       ("MRSAT.RRF" "KSRL" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (vff "MRSAT.RRF" "SAB" x)))))
       ("MRSAT.RRF" "KSRLUS" "TINYINT" 0
@@ -283,36 +283,36 @@ used in the United States. We create a new scale (SRLUS) where SRL to SRLUS mapp
        (lambda (x) (write-to-string (sab-srlus (vff "MRDEF.RRF" "SAB" x)))))
       ("MRXW_ENG.RRF" "KLRL" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
-                                                (parse-ui (vff "MRXW_ENG.RRF" "CUI" x))
-                                                (parse-ui (vff "MRXW_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXW_ENG.RRF" "CUI" x))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXW_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
       ("MRXW_ENG.RRF" "KLRLUS" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrlus (make-cuisui
-                                                (parse-ui (vff "MRXW_ENG.RRF" "CUI" x))
-                                                (parse-ui (vff "MRXW_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXW_ENG.RRF" "CUI" x))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXW_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
       ("MRXW_NONENG.RRF" "KLRL" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
-                                                (parse-ui (vff "MRXW_NONENG.RRF" "CUI" x))
-                                                (parse-ui (vff "MRXW_NONENG.RRF" "SUI" x)))))))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXW_NONENG.RRF" "CUI" x))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXW_NONENG.RRF" "SUI" x)))))))
       ("MRXW_NONENG.RRF" "KLRLUS" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrlus (make-cuisui
-                                                (parse-ui (vff "MRXW_NONENG.RRF" "CUI" x))
-                                                (parse-ui (vff "MRXW_NONENG.RRF" "SUI" x)))))))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXW_NONENG.RRF" "CUI" x))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXW_NONENG.RRF" "SUI" x)))))))
       ("MRXNW_ENG.RRF" "KLRL" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
-                                                (parse-ui (vff "MRXNW_ENG.RRF" "CUI" x))
-                                                (parse-ui (vff "MRXNW_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXNW_ENG.RRF" "CUI" x))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXNW_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
       ("MRXNW_ENG.RRF" "KLRLUS" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrlus (make-cuisui
-                                                (parse-ui (vff "MRXNW_ENG.RRF" "CUI" x))
-                                                (parse-ui (vff "MRXNW_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXNW_ENG.RRF" "CUI" x))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXNW_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
       ("MRXNS_ENG.RRF" "KLRL" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
-                                                (parse-ui (vff "MRXNS_ENG.RRF" "CUI" x))
-                                                (parse-ui (vff "MRXNS_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXNS_ENG.RRF" "CUI" x))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXNS_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
       ("MRXNS_ENG.RRF" "KLRLUS" "TINYINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrlus (make-cuisui
-                                                (parse-ui (vff "MRXNS_ENG.RRF" "CUI" x))
-                                                (parse-ui (vff "MRXNS_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXNS_ENG.RRF" "CUI" x))
+                                                 (parse-ui (vff "MRXNS_ENG.RRF" "SUI" x)))))))
 
       #+nil  ("MRREL.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024 (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (vff "MRREL.RRF" "CUI2" x)))))
       #+nil  ("MRCOC.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024 (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (vff "MRCOC.RRF" "CUI2" x)))))
@@ -410,29 +410,29 @@ used in the United States. We create a new scale (SRLUS) where SRL to SRLUS mapp
   (let ((cols '()))
     (with-umls-file (line "MRCOLS.RRF")
       (destructuring-bind (col des ref min av max fil dty) line
-       (push (make-ucol col des ref (parse-integer min) (read-from-string av)
-                        (parse-integer max) fil dty)
-             cols)))
+        (push (make-ucol col des ref (parse-integer min) (read-from-string av)
+                         (parse-integer max) fil dty)
+              cols)))
     (nreverse cols)))
 
 (defun gen-ucols-custom ()
 "Initialize umls columns for custom columns"
   (loop for customcol in +custom-cols+
-       collect
-       (make-ucol (nth 1 customcol) "" 0 0 0 (eval (nth 3 customcol))
-                  (nth 0 customcol) nil :sqltype (canonicalize-column-type (nth 2 customcol))
-                  :custom-value-fun (compile nil (nth 4 customcol)))))
+        collect
+        (make-ucol (nth 1 customcol) "" 0 0 0 (eval (nth 3 customcol))
+                   (nth 0 customcol) nil :sqltype (canonicalize-column-type (nth 2 customcol))
+                   :custom-value-fun (compile nil (nth 4 customcol)))))
 
 (defun gen-ucols-generic (col-filename)
 "Initialize for generic (LEX/NET) columns"
   (let ((cols '()))
     (with-umls-file (line col-filename)
       (destructuring-bind (nam des ref fil) line
-       (setq nam (escape-column-name nam))
-       (dolist (file (delimited-string-to-list fil #\,))
-         (push
-          (make-ucol nam des ref nil nil nil file nil)
-          cols))))
+        (setq nam (escape-column-name nam))
+        (dolist (file (delimited-string-to-list fil #\,))
+          (push
+           (make-ucol nam des ref nil nil nil file nil)
+           cols))))
     (nreverse cols)))
 
 
@@ -449,18 +449,18 @@ used in the United States. We create a new scale (SRLUS) where SRL to SRLUS mapp
   (let ((files '()))
     (with-umls-file (line files-filename)
       (destructuring-bind (fil des fmt cls rws bts) line
-       (push (make-ufile
-              dir fil des
-              (parse-integer cls)
-              (parse-integer rws) (parse-integer bts)
-              (concatenate 'list (umls-field-string-to-list fmt)
-                           (custom-colnames-for-filename fil)))
-             files)))
+        (push (make-ufile
+               dir fil des
+               (parse-integer cls)
+               (parse-integer rws) (parse-integer bts)
+               (concatenate 'list (umls-field-string-to-list fmt)
+                            (custom-colnames-for-filename fil)))
+              files)))
     (nreverse files)))
 
 (defun gen-ufiles-custom ()
   (make-ufile "META" "MRXW_NONENG.RRF" "Custom NonEnglish Index"
-             5 0 0 (fields (find-ufile "MRXW_ENG.RRF"))))
+              5 0 0 (fields (find-ufile "MRXW_ENG.RRF"))))
 
 
 
Common Lisp library for processing Unified Medical Language System files and representing UMLS objects