projects / umlisp.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
r11448: counter is not used on all platforms
[umlisp.git] / parse-rrf.lisp
diff --git a/parse-rrf.lisp b/parse-rrf.lisp
index 145b13c24409de805aed34abd28d27df4dc83b65..90ddc78c5c887f479108c6c5ee0a49de45f23b24 100644 (file)
--- a/parse-rrf.lisp
+++ b/parse-rrf.lisp
@@ -2,7 +2,7 @@
 ;;;; *************************************************************************
 ;;;; FILE IDENTIFICATION
 ;;;;
 ;;;; *************************************************************************
 ;;;; FILE IDENTIFICATION
 ;;;;
-;;;; Name:     parse-2002.lisp
+;;;; Name:     parse-rrf.lisp
 ;;;; Purpose:  Parsing and SQL insertion routines for UMLisp which may
 ;;;;           change from year to year
 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
 ;;;; Purpose:  Parsing and SQL insertion routines for UMLisp which may
 ;;;;           change from year to year
 ;;;; Author:   Kevin M. Rosenberg
@@ -11,7 +11,7 @@
 ;;;; $Id$
 ;;;;
 ;;;; This file, part of UMLisp, is
 ;;;; $Id$
 ;;;;
 ;;;; This file, part of UMLisp, is
-;;;;    Copyright (c) 2000-2004 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
+;;;;    Copyright (c) 2000-2006 by Kevin M. Rosenberg, M.D.
 ;;;;
 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
 ;;;;
 ;;;; UMLisp users are granted the rights to distribute and use this software
 ;;;; as governed by the terms of the GNU General Public License.
@@ -29,55 +29,65 @@
       (sui-lrl-hash nil)    ;; LRL by SUI
       (cuisui-lrl-hash nil) ;; LRL by CUISUI
       (sab-srl-hash nil))   ;; SRL by SAB
       (sui-lrl-hash nil)    ;; LRL by SUI
       (cuisui-lrl-hash nil) ;; LRL by CUISUI
       (sab-srl-hash nil))   ;; SRL by SAB
-  
+
   (defun make-preparse-hash-table ()
     (if sui-lrl-hash
        (progn
   (defun make-preparse-hash-table ()
     (if sui-lrl-hash
        (progn
-         (clrhash pfstr-hash)
-         (clrhash cui-lrl-hash)
-         (clrhash lui-lrl-hash)
-         (clrhash sui-lrl-hash)
-         (clrhash cuisui-lrl-hash)
-         (clrhash sab-srl-hash))
+          (clrhash pfstr-hash)
+          (clrhash cui-lrl-hash)
+          (clrhash lui-lrl-hash)
+          (clrhash sui-lrl-hash)
+          (clrhash cuisui-lrl-hash)
+          (clrhash sab-srl-hash))
       (setf
       (setf
-         pfstr-hash (make-hash-table :size 800000)
-         cui-lrl-hash (make-hash-table :size 800000)
-         lui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
-         sui-lrl-hash (make-hash-table :size 1500000)
-         cuisui-lrl-hash (make-hash-table :size 1800000)
+         pfstr-hash (make-hash-table :size 1300000)
+         cui-lrl-hash (make-hash-table :size 1300000)
+         lui-lrl-hash (make-hash-table :size 4600000)
+         sui-lrl-hash (make-hash-table :size 5100000)
+         cuisui-lrl-hash (make-hash-table :size 2000000)
          sab-srl-hash (make-hash-table :size 100 :test 'equal))))
          sab-srl-hash (make-hash-table :size 100 :test 'equal))))
-    
+
   (defun ensure-preparse (&optional (force-read nil))
   (defun ensure-preparse (&optional (force-read nil))
-    (when (or force-read (not *preparse-hash-init?*))
-      (make-preparse-hash-table)
-      (setq *preparse-hash-init?* t))
-    (with-umls-file (line "MRCONSO.RRF")
-      (let ((cui (parse-ui (nth 0 line)))
-           (lui (parse-ui (nth 3 line)))
-           (sui (parse-ui (nth 5 line)))
-           (sab (nth 11 line))
-           (srl (parse-integer (nth 15 line))))
-       (unless (gethash cui pfstr-hash)  ;; if haven't stored pfstr for cui
-         (if (and (string-equal (nth 1 line) "ENG") ; LAT
-                  (string-equal (nth 2 line) "P") ; ts
-                  (string-equal (nth 4 line) "PF")) ; stt
+    (when (and *preparse-hash-init?* (not force-read))
+      (return-from ensure-preparse 'already-done))
+    (make-preparse-hash-table)
+    (let ((counter 0))
+      (declare (fixnum counter)
+               (ignorable counter))
+      (with-umls-file (line "MRCONSO.RRF")
+        (let ((cui (parse-ui (nth 0 line)))
+              (lui (parse-ui (nth 3 line)))
+              (sui (parse-ui (nth 5 line)))
+              (sab (nth 11 line))
+              (srl (parse-integer (nth 15 line))))
+          #+sbcl
+          (when (= 0 (mod (incf counter) 100000)) (sb-ext:gc :full t))
+
+          ;; pfstr deprecated by KPKENG field in MRCONSO
+          #+nil
+          (unless (gethash cui pfstr-hash)  ;; if haven't stored pfstr for cui
+            (when (and (string-equal (nth 1 line) "ENG") ; LAT
+                       (string-equal (nth 2 line) "P") ; ts
+                       (string-equal (nth 4 line) "PF")) ; stt
              (setf (gethash cui pfstr-hash) (nth 14 line))))
              (setf (gethash cui pfstr-hash) (nth 14 line))))
-       (set-lrl-hash cui srl cui-lrl-hash)
-       (set-lrl-hash lui srl lui-lrl-hash)
-       (set-lrl-hash sui srl sui-lrl-hash)
-       (set-lrl-hash (make-cuisui cui sui) srl cuisui-lrl-hash)
-        (multiple-value-bind (val found) (gethash sab sab-srl-hash)
-          (declare (ignore val))
-          (unless found
-            (setf (gethash sab sab-srl-hash) srl))))))
-  
-  (defun pfstr-hash (cui) (gethash cui pfstr-hash))
+          (set-lrl-hash cui srl cui-lrl-hash)
+          (set-lrl-hash lui srl lui-lrl-hash)
+          (set-lrl-hash sui srl sui-lrl-hash)
+          (set-lrl-hash (make-cuisui cui sui) srl cuisui-lrl-hash)
+          (multiple-value-bind (val found) (gethash sab sab-srl-hash)
+            (declare (ignore val))
+            (unless found
+              (setf (gethash sab sab-srl-hash) srl))))))
+    (setq *preparse-hash-init?* t)
+    t)
+
+  #+nil (defun pfstr-hash (cui) (gethash cui pfstr-hash))
   (defun cui-lrl (cui)    (gethash cui cui-lrl-hash))
   (defun lui-lrl (lui)    (gethash lui lui-lrl-hash))
   (defun sui-lrl (sui)    (gethash sui sui-lrl-hash))
   (defun sab-srl (sab)    (aif (gethash sab sab-srl-hash) it 0))
   (defun cuisui-lrl (cuisui) (gethash cuisui cuisui-lrl-hash))
   (defun cui-lrl (cui)    (gethash cui cui-lrl-hash))
   (defun lui-lrl (lui)    (gethash lui lui-lrl-hash))
   (defun sui-lrl (sui)    (gethash sui sui-lrl-hash))
   (defun sab-srl (sab)    (aif (gethash sab sab-srl-hash) it 0))
   (defun cuisui-lrl (cuisui) (gethash cuisui cuisui-lrl-hash))
-  
+
 )) ;; closure
 
 (defun set-lrl-hash (key lrl hash)
 )) ;; closure
 
 (defun set-lrl-hash (key lrl hash)
@@ -98,9 +108,10 @@
 (defparameter +col-datatypes+
     '(("AV" sql-f) ("BTS" sql-i) ("CLS" sql-i) ("COF" sql-i) ("CUI1" sql-u)
       ("AUI" sql-u) ("AUI1" sql-u) ("AUI2" sql-u) ("PCUI" sql-u)
 (defparameter +col-datatypes+
     '(("AV" sql-f) ("BTS" sql-i) ("CLS" sql-i) ("COF" sql-i) ("CUI1" sql-u)
       ("AUI" sql-u) ("AUI1" sql-u) ("AUI2" sql-u) ("PCUI" sql-u)
-      ("PLUI" sql-u) ("PAUI" sql-u)
+      ("PLUI" sql-u) ("PAUI" sql-u) ("RUI" sql-u)
       ("CUI2" sql-u) ("CUI" sql-u) ("CXN" sql-s) ("FR" sql-i) ("LRL" sql-s)
       ("LUI" sql-u) ("MAX" sql-s) ("MIN" sql-s) ("RANK" sql-s) ("REF" sql-c)
       ("CUI2" sql-u) ("CUI" sql-u) ("CXN" sql-s) ("FR" sql-i) ("LRL" sql-s)
       ("LUI" sql-u) ("MAX" sql-s) ("MIN" sql-s) ("RANK" sql-s) ("REF" sql-c)
+      ("PTR" sql-c)
       ("RNK" sql-s) ("RWS" sql-i) ("SRL" sql-s) ("SUI" sql-u) ("TUI" sql-u)
       ("MAPRANK" sql-s)
       ;;; Custom columns
       ("RNK" sql-s) ("RWS" sql-i) ("SRL" sql-s) ("SUI" sql-u) ("TUI" sql-u)
       ("MAPRANK" sql-s)
       ;;; Custom columns
@@ -115,7 +126,7 @@
       ("RCUI" sql-u) ("VCUI" sql-u) ("CFR" sql-i) ("TFR" sql-i)
       ;; New fields for 2004AA
       ("MAPSETCUI" sql-u)
       ("RCUI" sql-u) ("VCUI" sql-u) ("CFR" sql-i) ("TFR" sql-i)
       ;; New fields for 2004AA
       ("MAPSETCUI" sql-u)
-      ) 
+      )
     "SQL data types for each non-string column")
 
 (defparameter +custom-tables+
     "SQL data types for each non-string column")
 
 (defparameter +custom-tables+
@@ -125,9 +136,16 @@
   "Custom tables to create")
 
 (defparameter +custom-cols+
   "Custom tables to create")
 
 (defparameter +custom-cols+
-    '(("MRCONSO.RRF" "KPFSTR" "TEXT"
-                    (slot-value (find-ucol "STR" "MRCONSO.RRF") 'max)
-                    (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 0 x)))))
+    '(#+nil ("MRCONSO.RRF" "KPFSTR" "TEXT"
+             (slot-value (find-ucol "STR" "MRCONSO.RRF") 'max)
+             (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 0 x)))))
+      ;; Set to 1 if term is prefered term for english
+      ("MRCONSO.RRF" "KPFENG" "TINYINT" 0
+       (lambda (x)  (if (and (string-equal (nth 1 x) "ENG") ; LAT
+                             (string-equal (nth 2 x) "P") ; ts
+                             (string-equal (nth 4 x) "PF")) ; stt
+                      "1"
+                      "0")))
       ("MRCONSO.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 5 x))))))
       ("MRCONSO.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
       ("MRCONSO.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 5 x))))))
       ("MRCONSO.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
@@ -138,17 +156,10 @@
        (lambda (x) (write-to-string (lui-lrl (parse-ui (nth 3 x))))))
       ("MRCONSO.RRF" "KSUILRL" "SMALLINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (sui-lrl (parse-ui (nth 5 x))))))
        (lambda (x) (write-to-string (lui-lrl (parse-ui (nth 3 x))))))
       ("MRCONSO.RRF" "KSUILRL" "SMALLINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (sui-lrl (parse-ui (nth 5 x))))))
-      ;; Deprecated, last in 2004AA -- skip index
-      #+ignore
-      ("MRLO.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
-       (lambda (x) (write-to-string 
-                   (if (zerop (length (nth 4 x)))
-                       (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
-                     (cuisui-lrl (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 4 x))))))))
       ("MRSTY.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
       ("MRCOC.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
       ("MRSTY.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x))))))
       ("MRCOC.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
-       (lambda (x) (write-to-string 
+       (lambda (x) (write-to-string
                    (max (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
                         (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (nth 1 x))) kmrcl::it 0)))))
       ("MRSAT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
                    (max (cui-lrl (parse-ui (nth 0 x)))
                         (kmrcl:aif (cui-lrl (parse-ui (nth 1 x))) kmrcl::it 0)))))
       ("MRSAT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
@@ -157,32 +168,34 @@
        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 10 x)))))
       ("MRRANK.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 1 x)))))
        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 10 x)))))
       ("MRRANK.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 1 x)))))
+      ("MRHIER.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
+       (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 4 x)))))
+      ("MRMAP.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
+       (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 1 x)))))
+      ("MRSMAP.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
+       (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 1 x)))))
       ("MRDEF.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 4 x)))))
       ("MRDEF.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 4 x)))))
-      ("MRCXT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0
-       (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 2 x)))))
+      #+nil  ("MRCXT.RRF" "KSRL" "SMALLINT" 0 (lambda (x) (write-to-string (sab-srl (nth 2 x)))))
       ("MRXW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
       ("MRXW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
-       (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui 
+       (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
                                                 (parse-ui (nth 2 x))
                                                 (parse-ui (nth 4 x)))))))
       ("MRXW_NONENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
                                                 (parse-ui (nth 2 x))
                                                 (parse-ui (nth 4 x)))))))
       ("MRXW_NONENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
-       (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui 
+       (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
                                                 (parse-ui (nth 2 x))
                                                 (parse-ui (nth 4 x)))))))
       ("MRXNW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
                                                 (parse-ui (nth 2 x))
                                                 (parse-ui (nth 4 x)))))))
       ("MRXNW_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
-       (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui 
+       (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
                                                 (parse-ui (nth 2 x))
                                                 (parse-ui (nth 4 x)))))))
       ("MRXNS_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
                                                 (parse-ui (nth 2 x))
                                                 (parse-ui (nth 4 x)))))))
       ("MRXNS_ENG.RRF" "KLRL" "SMALLINT" 0
-       (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui 
+       (lambda (x) (write-to-string (cuisui-lrl (make-cuisui
                                                 (parse-ui (nth 2 x))
                                                 (parse-ui (nth 4 x)))))))
                                                 (parse-ui (nth 2 x))
                                                 (parse-ui (nth 4 x)))))))
-      ("MRREL.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
-       (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 4 x)))))
-      ("MRCOC.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024
-       (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 2 x)))))
-      ("MRCXT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0 
-       (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
+
+      #+nil  ("MRREL.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024 (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 4 x)))))
+      #+nil  ("MRCOC.RRF" "KPFSTR2" "TEXT" 1024 (lambda (x) (pfstr-hash (parse-ui (nth 2 x)))))
       ("MRSAT.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
       ("MRSAT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
       ("MRSAT.RRF" "KCUILUI" "BIGINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (make-cuilui (parse-ui (nth 0 x)) (parse-ui (nth 1 x))))))
       ("MRSAT.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
@@ -198,42 +211,47 @@
       ("MRXW_NONENG.RRF" "CUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 2 x)))))
       ("MRXW_NONENG.RRF" "LUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 3 x)))))
       ("MRXW_NONENG.RRF" "SUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 4 x)))))
       ("MRXW_NONENG.RRF" "CUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 2 x)))))
       ("MRXW_NONENG.RRF" "LUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 3 x)))))
       ("MRXW_NONENG.RRF" "SUI" "INTEGER" 0 (lambda (x) (write-to-string (parse-ui (nth 4 x)))))
-      ("MRXW_NONENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0 
+      ("MRXW_NONENG.RRF" "KCUISUI" "BIGINT" 0
        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x)))))))
   "Custom columns to create.(filename, col, sqltype, value-func).")
 
 (defparameter +index-cols+
        (lambda (x) (write-to-string (make-cuisui (parse-ui (nth 2 x)) (parse-ui (nth 4 x)))))))
   "Custom columns to create.(filename, col, sqltype, value-func).")
 
 (defparameter +index-cols+
-    '(("CUI1" "MRCOC") ("CUI" "MRCONSO") ("LUI" "MRCONSO") 
-      ("SRL" "MRCONSO") ("AUI" "MRCONSO")
-      ("SUI" "MRCONSO") ("CUI" "MRCXT") ("CUI" "MRDEF") ("CUI" "MRLO")
-      ("CUI1" "MRREL") ("CUI" "MRSAT") ("LUI" "MRSAT") ("SUI" "MRSAT")
-      ("CUI" "MRSTY")
-      ("TUI" "MRSTY") ("CUI" "MRXNS_ENG") 
+    '(("CUI1" "MRCOC") ("CUI" "MRCONSO") ("LUI" "MRCONSO")
+      ("SRL" "MRCONSO") ("AUI" "MRCONSO") ("KPFENG" "MRCONSO")
+      ("SUI" "MRCONSO") ("SAUI" "MRCONSO") ("CODE" "MRCONSO")
+      ("SCUI" "MRCONSO")
+      ("CUI" "MRDEF")
+      ("CUI1" "MRREL") ("CUI2" "MRREL") ("SAB" "MRREL")
+      ("RUI" "MRREL") ("AUI1" "MRREL") ("AUI2" "MRREL")
+      ("CUI" "MRSAT") ("LUI" "MRSAT") ("SUI" "MRSAT")
+      ("METAUI" "MRSAT") ("ATN" "MRSAT")
+      ("CUI" "MRSTY")  ("TUI" "MRSTY") ("CUI" "MRXNS_ENG")
+      ("AUI" "MRHIER") ("CUI" "MRHIER") ("CXN" "MRHIER") ("RELA" "MRHIER") ("PAUI" "MRHIER")
+      ("SAB" "MRHIER")
       #+ignore ("NSTR" "MRXNS_ENG" 10)
       ("CUI" "MRXNW_ENG") ("NWD" "MRXNW_ENG") ("WD" "MRXW_ENG")
       ("KCUISUI" "MRCONSO") ("KCUILUI" "MRCONSO") ("KCUILRL" "MRCONSO")
       #+ignore ("NSTR" "MRXNS_ENG" 10)
       ("CUI" "MRXNW_ENG") ("NWD" "MRXNW_ENG") ("WD" "MRXW_ENG")
       ("KCUISUI" "MRCONSO") ("KCUILUI" "MRCONSO") ("KCUILRL" "MRCONSO")
-      ("KLUILRL" "MRCONSO") ("KCUISUI" "MRCXT") 
+      ("KLUILRL" "MRCONSO")
       ("KCUISUI" "MRSAT")  ("KCUILUI" "MRSAT")
       ("KCUISUI" "MRSAT")  ("KCUILUI" "MRSAT")
-      ("KCUISUI" "MRXW_ENG") ("KCUISUI" "MRXNW_ENG") 
+      ("KCUISUI" "MRXW_ENG") ("KCUISUI" "MRXNW_ENG")
       ("KCUISUI" "MRXNS_ENG") ("KCUISUI" "MRXW_NONENG")
       ("KCUISUI" "MRXNS_ENG") ("KCUISUI" "MRXW_NONENG")
-      ("KSRL" "MRCXT") ("KSRL" "MRDEF") ("KSRL" "MRRANK") 
-      ("KSRL" "MRREL") ("KSRL" "MRSAT") ("KLRL" "MRCOC") 
-      #+ignore ("KLRL" "MRLO")  ;; deprecated
+      ("KSRL" "MRDEF") ("KSRL" "MRRANK")
+      ("KSRL" "MRREL") ("KSRL" "MRSAT") ("KLRL" "MRCOC")
       ("KLRL" "MRSTY") ("KLRL" "MRXW_ENG") ("KLRL" "MRXNW_ENG")
       ("KLRL" "MRXNS_ENG") ("KLRL" "MRXW_NONENG")
       ;; LEX indices
       ("EUI" "LRABR") ("EUI2" "LRABR") ("EUI" "LRAGR") ("EUI" "LRCMP") ("EUI" "LRMOD")
       ("EUI" "LRNOM") ("EUI2" "LRNOM") ("EUI" "LRPRN") ("EUI" "LRPRP") ("EUI" "LRSPL")
       ("EUI" "LRTRM") ("EUI" "LRTYP") ("EUI" "LRWD") ("WRD" "LRWD")
       ("KLRL" "MRSTY") ("KLRL" "MRXW_ENG") ("KLRL" "MRXNW_ENG")
       ("KLRL" "MRXNS_ENG") ("KLRL" "MRXW_NONENG")
       ;; LEX indices
       ("EUI" "LRABR") ("EUI2" "LRABR") ("EUI" "LRAGR") ("EUI" "LRCMP") ("EUI" "LRMOD")
       ("EUI" "LRNOM") ("EUI2" "LRNOM") ("EUI" "LRPRN") ("EUI" "LRPRP") ("EUI" "LRSPL")
       ("EUI" "LRTRM") ("EUI" "LRTYP") ("EUI" "LRWD") ("WRD" "LRWD")
-      ("BAS" "LRABR") 
+      ("BAS" "LRABR")
       ;; Semantic NET indices
       ;; Semantic NET indices
-      ("UI" "SRSTRE1") ("UI2" "SRSTRE1") ("UI3" "SRSTRE1") 
+      ("UI" "SRSTRE1") ("UI2" "SRSTRE1") ("UI3" "SRSTRE1")
       ("STY_RL" "SRDEF") ("RT" "SRDEF") ("STY_RL" "SRSTR") ("STY_RL2" "SRSTR")
       ("RL" "SRSTR")
       ("STY_RL" "SRDEF") ("RT" "SRDEF") ("STY_RL" "SRSTR") ("STY_RL2" "SRSTR")
       ("RL" "SRSTR")
-      
+
       ("SRL" "MRSAB") ("RSAB" "MRSAB") ("VSAB" "MRSAB") ("RCUI" "MRSAB")
       ("VCUI" "MRSAB") ("LAT" "MRSAB") ("MAPSETCUI" "MRMAP")  ("MAPSETCUI" "MRSMAP")
       ("SRL" "MRSAB") ("RSAB" "MRSAB") ("VSAB" "MRSAB") ("RCUI" "MRSAB")
       ("VCUI" "MRSAB") ("LAT" "MRSAB") ("MAPSETCUI" "MRMAP")  ("MAPSETCUI" "MRSMAP")
-      ("CUI" "MRHIER") ("AUI" "MRHIER") ("PAUI" "MRHIER"))
+      ("CUI" "MRHIER"))
   "Columns in files to index")
 
 
   "Columns in files to index")
 
 
@@ -252,7 +270,7 @@
   (add-ucols (gen-ucols-generic "SRFLD")))
 
 (defun gen-ucols-meta ()
   (add-ucols (gen-ucols-generic "SRFLD")))
 
 (defun gen-ucols-meta ()
-"Initialize all umls columns"  
+"Initialize all umls columns"
   (let ((cols '()))
     (with-umls-file (line "MRCOLS.RRF")
       (destructuring-bind (col des ref min av max fil dty) line
   (let ((cols '()))
     (with-umls-file (line "MRCOLS.RRF")
       (destructuring-bind (col des ref min av max fil dty) line
@@ -262,7 +280,7 @@
     (nreverse cols)))
 
 (defun gen-ucols-custom ()
     (nreverse cols)))
 
 (defun gen-ucols-custom ()
-"Initialize umls columns for custom columns"  
+"Initialize umls columns for custom columns"
   (loop for customcol in +custom-cols+
        collect
        (make-ucol (nth 1 customcol) "" 0 0 0 (eval (nth 3 customcol))
   (loop for customcol in +custom-cols+
        collect
        (make-ucol (nth 1 customcol) "" 0 0 0 (eval (nth 3 customcol))
@@ -270,7 +288,7 @@
                   :custom-value-fun (nth 4 customcol))))
 
 (defun gen-ucols-generic (col-filename)
                   :custom-value-fun (nth 4 customcol))))
 
 (defun gen-ucols-generic (col-filename)
-"Initialize for generic (LEX/NET) columns"  
+"Initialize for generic (LEX/NET) columns"
   (let ((cols '()))
     (with-umls-file (line col-filename)
       (destructuring-bind (nam des ref fil) line
   (let ((cols '()))
     (with-umls-file (line col-filename)
       (destructuring-bind (nam des ref fil) line
@@ -289,14 +307,14 @@
   ;; needs to come last
   (add-ufiles (gen-ufiles-custom)))
 
   ;; needs to come last
   (add-ufiles (gen-ufiles-custom)))
 
-                       
+
 (defun gen-ufiles-generic (files-filename dir)
 (defun gen-ufiles-generic (files-filename dir)
-"Initialize all LEX file structures"  
+"Initialize all LEX file structures"
   (let ((files '()))
     (with-umls-file (line files-filename)
       (destructuring-bind (fil des fmt cls rws bts) line
        (push (make-ufile
   (let ((files '()))
     (with-umls-file (line files-filename)
       (destructuring-bind (fil des fmt cls rws bts) line
        (push (make-ufile
-              dir fil des 
+              dir fil des
               (parse-integer cls)
               (parse-integer rws) (parse-integer bts)
               (concatenate 'list (umls-field-string-to-list fmt)
               (parse-integer cls)
               (parse-integer rws) (parse-integer bts)
               (concatenate 'list (umls-field-string-to-list fmt)
@@ -305,7 +323,7 @@
     (nreverse files)))
 
 (defun gen-ufiles-custom ()
     (nreverse files)))
 
 (defun gen-ufiles-custom ()
-  (make-ufile "META" "MRXW_NONENG.RRF" "Custom NonEnglish Index" 
+  (make-ufile "META" "MRXW_NONENG.RRF" "Custom NonEnglish Index"
              5 0 0 (fields (find-ufile "MRXW_ENG.RRF"))))
 
 
              5 0 0 (fields (find-ufile "MRXW_ENG.RRF"))))
 
 
Common Lisp library for processing Unified Medical Language System files and representing UMLS objects