ChangeLog

   1 Jun 1, 2002  Version 3.5.4
   2         * Print version number in log window with About command
   3         * Fix problem with captions not showing on some windows.
   4         * Disable status bar on 3d views
   5
   6 May 29, 2002  Version 3.5.3
   7         * Added support for g++ 3.04 compiler
   8
   9 May 8, 2002  Version 3.5.2
  10         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
  11         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
  12
  13 May 5, 2002  Version 3.5.1
  14
  15         New Features:
  16
  17         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  18         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  19         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  20         projection files are not incompatible with previous version of
  21         CTSim.
  22         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  23         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  24         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  25         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  26         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  27         divergent beam reconstructions.
  28         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  29         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  30         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  31         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  32         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  33         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  34         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  35         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  36         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  37         * plotfile: Added scattergram plot functions
  38         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  39         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  40         surfaces.
  41         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  42         to reconstructions.
  43         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  44         projection data files.
  45
  46         Bug Fixes:
  47
  48         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
  49         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  50         not being displayed on Unix platforms.
  51         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  52         image and projection files.
  53         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  54         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  55         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  56         image.
  57         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  58         * distribution: fixed problem with documentation files not
  59         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  60         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  61         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  62         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  63
  64 3.0.3 - Released 2/20/01
  65
  66         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  67
  68         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  69
  70         * ctsim: Fixed About box on Linux
  71
  72 3.0.2 - Released 2/20/01
  73
  74         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  75
  76         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  77         divergent projections into polar form.
  78
  79 3.0.1 - Released 2/19/01
  80
  81         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  82         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  83         of the dialog box.
  84
  85         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  86
  87         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  88         options changed.
  89
  90 3.0.0 - Released 2/19/01
  91
  92         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  93
  94         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  95
  96         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  97
  98         * ctsim: Improved accelerator key handling
  99
 100         * global: Added Hanning filter.
 101
 102         * global: Improved default parameters to that all defaults give
 103         sensible output.
 104
 105 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
 106
 107         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 108         registry storage between executions.
 109
 110         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 111
 112         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 113
 114         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 115
 116         * ctsim: Added graphical About box
 117
 118         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 119
 120         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 121
 122         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 123
 124         * ctsim: Online help added!
 125
 126         * backprojector: Added cubic interpolation
 127
 128         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 129
 130         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 131         reconstruction dialogs.
 132
 133         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 134
 135         * global: Projection files are not compatible with previous version
 136         due to new scanner definitions.
 137
 138         * global: deleted concept of field-of-view and added
 139           view ratio and scan ratio concepts.
 140
 141         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 142
 143         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 144
 145         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 146
 147         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 148
 149
 150 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 151
 152         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 153         procsignal.cpp
 154
 155         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 156         bug in parsing command-line parameters.
 157
 158         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 159         plotfiles
 160
 161         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 162
 163         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 164
 165         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 166         for frequency/inverse-fourier filtering
 167
 168 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 169
 170         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 171
 172         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 173         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 174
 175         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 176         for math tips]
 177
 178         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 179
 180         * ctsim: Added more analyze menuitems
 181
 182         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 183         through this master shell. Has both command-line and interactive
 184         interface
 185
 186         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 187
 188         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 189
 190         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 191
 192 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 193
 194         * ctsim: Added plotting of histograms
 195
 196         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 197
 198         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 199
 200 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 201
 202         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 203
 204         * ctsim: added generation of filter images
 205
 206         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 207
 208         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 209
 210         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 211
 212         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 213         text files suitable for reading.
 214
 215         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 216         when performing properties of images.
 217
 218         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 219         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 220         fourier.cpp
 221
 222         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 223         image math functions to complex-valued math.
 224
 225         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 226
 227 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 228
 229         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 230         and column plots and comparison plots
 231
 232         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 233
 234         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 235
 236         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 237         files.
 238
 239         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 240         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 241         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 242
 243         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 244         imagefile and plotfile classes.
 245
 246         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 247         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 248         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 249         images.
 250
 251         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 252         images.
 253
 254         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 255         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 256
 257         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 258         math functions
 259
 260         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 261
 262         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 263         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 264         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 265
 266         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 267         class.
 268
 269         * sgp: Added linestyle settings
 270
 271 2.5.0 - 12/18/00
 272    First Microsoft Windows GUI version
 273    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 274    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 275         when manually compiling phantoms that vary during projection
 276         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 277    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 278    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 279    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 280    Fixed display of plotting in Projection views
 281    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 282    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 283         "namespace using std" statements
 284    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 285    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 286
 287 2.0.6 - 12/03/00
 288    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 289    Updated README file
 290    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 291    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 292
 293 2.0.5 - 12/01/00
 294    Improved compilation on RedHat 7
 295    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 296    Removed README.RedHat7
 297
 298 2.0.4 - 11/25/00
 299    Added documentation for --geometry setting
 300    Added README.RedHat7 document
 301
 302 2.0.3 - 11/20/00
 303    Fixed bug in generation of binary PGM files
 304    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 305    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 306
 307 2.0.2 - 11/8/00
 308    Additions to man pages (Ian Kay)
 309    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 310
 311 2.0.1 - 10/1/00
 312    Fixed syntax error in fftw configuration
 313    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 314
 315 2.0.0 - 9/7/00
 316    Version 2.0.0 released!
 317    ctsim: Added Window menu to Main frame
 318    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 319    Fixed obscure bug in sys_error
 320    Fixed compilation in mingw environment not present
 321    Fixed compilation in non-graphical environments
 322
 323 2.0.0-b12 - 9/4/00
 324    ctsim: Added animation of reconstruction
 325    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 326    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 327    ctsim: used setpriority to set lower priority
 328    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 329    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 330
 331 2.0.0-b11 - 9/1/00
 332    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 333    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 334    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 335    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 336    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 337    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 338    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 339    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 340    Separated reconstruction into Reconstructor class
 341    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 342    Added --enable-static to generate statically linked programs
 343
 344 2.0.0-b10 - 8/25/00
 345    ctsim: Added animation of projection collection processs
 346    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 347    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 348    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 349    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 350    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 351    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 352    Fixed bug in backprojection selection
 353
 354 2.0.0-b9 - 8/22/00
 355    Added RCS Id strings to executable files
 356    Added RPM Spec file for RPM package creation
 357    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 358    Fixed compilation for non-SGP architectures
 359    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 360    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 361         inverse_fourier construction of filters
 362    Added median to statistics and to auto-windowing
 363
 364 2.0.0-b8 - 8/1/00
 365    Added line color support to SGP
 366    Fixed lineAbs bug
 367
 368 2.0.0-b7 - 7/25/00
 369    Finished support for dmallocxx library
 370    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 371    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 372         G2 windows and well as WXWindows.
 373    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 374    Fixed row-plot bug in if-2
 375    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 376
 377 2.0.0-b6 - 7/22/00
 378    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 379         and projection files
 380    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 381         and reconstruction parameters dialogs
 382    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 383    Completely reorganized option processing in classes to improve
 384         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 385
 386 2.0.0-b5 - 7/17/00
 387    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 388    Started ctsim.tex document file
 389
 390 2.0.0-b4 - 7/13/00
 391    Fixed compiler warnings at -Wall level
 392    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 393    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 394    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 395
 396 2.0.0-b3 - 7/10/00
 397    Added highly optimized backprojection method idiff3
 398    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 399    Fixed image display in if2img using G2 library
 400    Added column-plot and row-plot options to if-2
 401    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 402    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 403         backprojection method. Currently, this technique is still under
 404         development and debugging
 405    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 406
 407 2.0.0-b2 - 7/07/00
 408    Cleaned up SignalFilter class
 409    Added zeropad option to pjrec
 410    Added zeropad options to html and cgi files
 411    Added fourier_table and rfttw filter methods
 412    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 413
 414 2.0.0-b1 - 7/05/00
 415    Updated trace level processing
 416    Added trace level to SignalFilter
 417    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 418
 419 1.9.9 - 7/04/00
 420    Fixed const issue with ImageFileArray
 421    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 422    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 423    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 424    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 425    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 426         between convolution, dft, & fft filtering
 427    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 428    Added support for FFTW library
 429
 430 1.9.8 - 6/27/2000
 431    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 432    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 433    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 434    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 435    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 436    Added signature tag and creation date/time to projection files
 437
 438 1.9.7 - 6/25/2000
 439    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 440         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 441         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 442    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 443    Rewrote ImageFile class
 444    Started support for dmallocxx library, not finished
 445    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 446    Updated ifinfo to show comparative statistics
 447    Added printLabels() to Array2dFile class
 448    Added printStatistics() to ImageFile class
 449
 450 1.9.6 - 6/22/2000
 451    Moved conversion filter name/id to Filter class
 452    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 453    Added MPI broadcasting of strings
 454
 455 1.9.5 - 6/21/2000
 456    Merged proj_reconstr into class Projections
 457    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 458    Code cleanup in projections.cpp
 459    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 460
 461 1.9.4 - 6/20/2000
 462    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 463    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 464    Converted filter and convolution to object-oriented code
 465    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 466    Optimized image file writing on little-endian architectures
 467    Updated README and INSTALL
 468
 469 1.9.3 - 6/19/2000
 470    Reorganized source files
 471    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 472
 473 1.9.2 - 6/18/2000
 474    Reorganized include files
 475    Fixed const pointers in strfuncs
 476
 477 1.9.1 - 6/16/2000
 478    Renamed directories, moved source files, combined source files
 479    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 480    and libctgraphics)
 481
 482 1.9.0 - 6/15/2000
 483    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 484    Renamed Raysums to Projections throughout files
 485    Renamed Detector to Scanner
 486    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 487
 488 0.6.1 - 6/12/2000
 489    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 490    Converted Detector to Object-Oriented
 491
 492 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 493    Improved Integer backprojection method
 494         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 495         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 496    Finished converting all C files to C++
 497    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 498    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 499
 500 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 501    Converted MPI data structures to C++ object
 502    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 503
 504 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 505    First C++ conversions
 506    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 507         - Now all data files are cross-platform compatible
 508    Converted from MPI to MPI++
 509    Converted backprojection to object-oriented
 510    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 511
 512 0.5.4 - 6/4/2000
 513    Simpilifed endian handling
 514
 515 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 516    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 517    Removed broken B-spline interpolation
 518    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 519    Added support for 16-bit PNG graphics
 520
 521 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 522    Added compile-time configuration of endian order
 523
 524 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 525    Modified the raysum file format to be platform independent
 526
 527 0.5.3 - 5/11/2000
 528    Added Microsoft VC compatibility
 529    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 530
 531 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 532    Continued conversion to ANSI C
 533    Removed old CRT routines
 534
 535 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 536    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 537    Continued code cleanup
 538
 539 0.5.2-b3 - 4/30/200
 540     More code cleanup with reorganizing libraries
 541     Added --log and --exp to sdf-1
 542     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 543
 544 0.5.2-b2 - 4/30/200
 545     Continued code cleanup
 546
 547 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 548     Fixed a few MPI bugs
 549     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 550
 551 0.5.1 - 4/28/2000
 552     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 553     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 554
 555 0.5.0 - 4/27/2000
 556     First open source distribution for GNU/Linux
 557
 558 6/1999
 559   Converted to GNU/Linux
 560   added MPI support via LAM library
 561
 562 1983-84
 563   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 564