ChangeLog

   1 May 29, 2000  Version 3.5.2
   2         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
   3         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
   4         * misc. files: Add support for g++ 3.04 compiler
   5
   6
   7 May 5, 2000  Version 3.5.1
   8
   9         New Features:
  10
  11         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  12         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  13         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  14         projection files are not incompatible with previous version of
  15         CTSim.
  16         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  17         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  18         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  19         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  20         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  21         divergent beam reconstructions.
  22         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  23         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  24         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  25         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  26         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  27         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  28         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  29         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  30         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  31         * plotfile: Added scattergram plot functions
  32         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  33         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  34         surfaces.
  35         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  36         to reconstructions.
  37         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  38         projection data files.
  39
  40         Bug Fixes:
  41
  42         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
  43         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  44         not being displayed on Unix platforms.
  45         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  46         image and projection files.
  47         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  48         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  49         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  50         image.
  51         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  52         * distribution: fixed problem with documentation files not
  53         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  54         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  55         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  56         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  57
  58 3.0.3 - Released 2/20/01
  59
  60         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  61
  62         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  63
  64         * ctsim: Fixed About box on Linux
  65
  66 3.0.2 - Released 2/20/01
  67
  68         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  69
  70         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  71         divergent projections into polar form.
  72
  73 3.0.1 - Released 2/19/01
  74
  75         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  76         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  77         of the dialog box.
  78
  79         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  80
  81         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  82         options changed.
  83
  84 3.0.0 - Released 2/19/01
  85
  86         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  87
  88         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  89
  90         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  91
  92         * ctsim: Improved accelerator key handling
  93
  94         * global: Added Hanning filter.
  95
  96         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  97         sensible output.
  98
  99 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
 100
 101         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 102         registry storage between executions.
 103
 104         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 105
 106         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 107
 108         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 109
 110         * ctsim: Added graphical About box
 111
 112         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 113
 114         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 115
 116         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 117
 118         * ctsim: Online help added!
 119
 120         * backprojector: Added cubic interpolation
 121
 122         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 123
 124         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 125         reconstruction dialogs.
 126
 127         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 128
 129         * global: Projection files are not compatible with previous version
 130         due to new scanner definitions.
 131
 132         * global: deleted concept of field-of-view and added
 133           view ratio and scan ratio concepts.
 134
 135         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 136
 137         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 138
 139         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 140
 141         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 142
 143
 144 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 145
 146         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 147         procsignal.cpp
 148
 149         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 150         bug in parsing command-line parameters.
 151
 152         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 153         plotfiles
 154
 155         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 156
 157         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 158
 159         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 160         for frequency/inverse-fourier filtering
 161
 162 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 163
 164         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 165
 166         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 167         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 168
 169         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 170         for math tips]
 171
 172         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 173
 174         * ctsim: Added more analyze menuitems
 175
 176         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 177         through this master shell. Has both command-line and interactive
 178         interface
 179
 180         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 181
 182         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 183
 184         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 185
 186 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 187
 188         * ctsim: Added plotting of histograms
 189
 190         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 191
 192         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 193
 194 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 195
 196         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 197
 198         * ctsim: added generation of filter images
 199
 200         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 201
 202         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 203
 204         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 205
 206         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 207         text files suitable for reading.
 208
 209         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 210         when performing properties of images.
 211
 212         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 213         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 214         fourier.cpp
 215
 216         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 217         image math functions to complex-valued math.
 218
 219         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 220
 221 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 222
 223         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 224         and column plots and comparison plots
 225
 226         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 227
 228         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 229
 230         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 231         files.
 232
 233         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 234         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 235         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 236
 237         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 238         imagefile and plotfile classes.
 239
 240         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 241         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 242         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 243         images.
 244
 245         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 246         images.
 247
 248         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 249         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 250
 251         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 252         math functions
 253
 254         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 255
 256         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 257         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 258         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 259
 260         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 261         class.
 262
 263         * sgp: Added linestyle settings
 264
 265 2.5.0 - 12/18/00
 266    First Microsoft Windows GUI version
 267    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 268    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 269         when manually compiling phantoms that vary during projection
 270         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 271    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 272    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 273    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 274    Fixed display of plotting in Projection views
 275    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 276    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 277         "namespace using std" statements
 278    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 279    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 280
 281 2.0.6 - 12/03/00
 282    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 283    Updated README file
 284    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 285    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 286
 287 2.0.5 - 12/01/00
 288    Improved compilation on RedHat 7
 289    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 290    Removed README.RedHat7
 291
 292 2.0.4 - 11/25/00
 293    Added documentation for --geometry setting
 294    Added README.RedHat7 document
 295
 296 2.0.3 - 11/20/00
 297    Fixed bug in generation of binary PGM files
 298    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 299    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 300
 301 2.0.2 - 11/8/00
 302    Additions to man pages (Ian Kay)
 303    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 304
 305 2.0.1 - 10/1/00
 306    Fixed syntax error in fftw configuration
 307    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 308
 309 2.0.0 - 9/7/00
 310    Version 2.0.0 released!
 311    ctsim: Added Window menu to Main frame
 312    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 313    Fixed obscure bug in sys_error
 314    Fixed compilation in mingw environment not present
 315    Fixed compilation in non-graphical environments
 316
 317 2.0.0-b12 - 9/4/00
 318    ctsim: Added animation of reconstruction
 319    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 320    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 321    ctsim: used setpriority to set lower priority
 322    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 323    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 324
 325 2.0.0-b11 - 9/1/00
 326    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 327    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 328    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 329    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 330    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 331    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 332    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 333    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 334    Separated reconstruction into Reconstructor class
 335    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 336    Added --enable-static to generate statically linked programs
 337
 338 2.0.0-b10 - 8/25/00
 339    ctsim: Added animation of projection collection processs
 340    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 341    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 342    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 343    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 344    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 345    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 346    Fixed bug in backprojection selection
 347
 348 2.0.0-b9 - 8/22/00
 349    Added RCS Id strings to executable files
 350    Added RPM Spec file for RPM package creation
 351    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 352    Fixed compilation for non-SGP architectures
 353    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 354    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 355         inverse_fourier construction of filters
 356    Added median to statistics and to auto-windowing
 357
 358 2.0.0-b8 - 8/1/00
 359    Added line color support to SGP
 360    Fixed lineAbs bug
 361
 362 2.0.0-b7 - 7/25/00
 363    Finished support for dmallocxx library
 364    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 365    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 366         G2 windows and well as WXWindows.
 367    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 368    Fixed row-plot bug in if-2
 369    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 370
 371 2.0.0-b6 - 7/22/00
 372    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 373         and projection files
 374    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 375         and reconstruction parameters dialogs
 376    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 377    Completely reorganized option processing in classes to improve
 378         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 379
 380 2.0.0-b5 - 7/17/00
 381    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 382    Started ctsim.tex document file
 383
 384 2.0.0-b4 - 7/13/00
 385    Fixed compiler warnings at -Wall level
 386    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 387    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 388    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 389
 390 2.0.0-b3 - 7/10/00
 391    Added highly optimized backprojection method idiff3
 392    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 393    Fixed image display in if2img using G2 library
 394    Added column-plot and row-plot options to if-2
 395    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 396    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 397         backprojection method. Currently, this technique is still under
 398         development and debugging
 399    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 400
 401 2.0.0-b2 - 7/07/00
 402    Cleaned up SignalFilter class
 403    Added zeropad option to pjrec
 404    Added zeropad options to html and cgi files
 405    Added fourier_table and rfttw filter methods
 406    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 407
 408 2.0.0-b1 - 7/05/00
 409    Updated trace level processing
 410    Added trace level to SignalFilter
 411    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 412
 413 1.9.9 - 7/04/00
 414    Fixed const issue with ImageFileArray
 415    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 416    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 417    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 418    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 419    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 420         between convolution, dft, & fft filtering
 421    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 422    Added support for FFTW library
 423
 424 1.9.8 - 6/27/2000
 425    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 426    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 427    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 428    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 429    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 430    Added signature tag and creation date/time to projection files
 431
 432 1.9.7 - 6/25/2000
 433    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 434         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 435         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 436    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 437    Rewrote ImageFile class
 438    Started support for dmallocxx library, not finished
 439    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 440    Updated ifinfo to show comparative statistics
 441    Added printLabels() to Array2dFile class
 442    Added printStatistics() to ImageFile class
 443
 444 1.9.6 - 6/22/2000
 445    Moved conversion filter name/id to Filter class
 446    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 447    Added MPI broadcasting of strings
 448
 449 1.9.5 - 6/21/2000
 450    Merged proj_reconstr into class Projections
 451    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 452    Code cleanup in projections.cpp
 453    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 454
 455 1.9.4 - 6/20/2000
 456    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 457    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 458    Converted filter and convolution to object-oriented code
 459    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 460    Optimized image file writing on little-endian architectures
 461    Updated README and INSTALL
 462
 463 1.9.3 - 6/19/2000
 464    Reorganized source files
 465    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 466
 467 1.9.2 - 6/18/2000
 468    Reorganized include files
 469    Fixed const pointers in strfuncs
 470
 471 1.9.1 - 6/16/2000
 472    Renamed directories, moved source files, combined source files
 473    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 474    and libctgraphics)
 475
 476 1.9.0 - 6/15/2000
 477    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 478    Renamed Raysums to Projections throughout files
 479    Renamed Detector to Scanner
 480    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 481
 482 0.6.1 - 6/12/2000
 483    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 484    Converted Detector to Object-Oriented
 485
 486 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 487    Improved Integer backprojection method
 488         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 489         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 490    Finished converting all C files to C++
 491    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 492    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 493
 494 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 495    Converted MPI data structures to C++ object
 496    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 497
 498 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 499    First C++ conversions
 500    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 501         - Now all data files are cross-platform compatible
 502    Converted from MPI to MPI++
 503    Converted backprojection to object-oriented
 504    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 505
 506 0.5.4 - 6/4/2000
 507    Simpilifed endian handling
 508
 509 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 510    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 511    Removed broken B-spline interpolation
 512    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 513    Added support for 16-bit PNG graphics
 514
 515 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 516    Added compile-time configuration of endian order
 517
 518 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 519    Modified the raysum file format to be platform independent
 520
 521 0.5.3 - 5/11/2000
 522    Added Microsoft VC compatibility
 523    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 524
 525 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 526    Continued conversion to ANSI C
 527    Removed old CRT routines
 528
 529 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 530    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 531    Continued code cleanup
 532
 533 0.5.2-b3 - 4/30/200
 534     More code cleanup with reorganizing libraries
 535     Added --log and --exp to sdf-1
 536     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 537
 538 0.5.2-b2 - 4/30/200
 539     Continued code cleanup
 540
 541 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 542     Fixed a few MPI bugs
 543     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 544
 545 0.5.1 - 4/28/2000
 546     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 547     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 548
 549 0.5.0 - 4/27/2000
 550     First open source distribution for GNU/Linux
 551
 552 6/1999
 553   Converted to GNU/Linux
 554   added MPI support via LAM library
 555
 556 1983-84
 557   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 558