ChangeLog

   1 Jun 1, 2002  Version 3.5.4
   2         * Print version number in log window with About command
   3         * Fix problem with captions not showing on some windows.
   4
   5 May 29, 2002  Version 3.5.3
   6         * Added support for g++ 3.04 compiler
   7
   8 May 8, 2002  Version 3.5.2
   9         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
  10         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
  11
  12 May 5, 2002  Version 3.5.1
  13
  14         New Features:
  15
  16         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  17         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  18         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  19         projection files are not incompatible with previous version of
  20         CTSim.
  21         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  22         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  23         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  24         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  25         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  26         divergent beam reconstructions.
  27         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  28         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  29         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  30         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  31         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  32         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  33         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  34         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  35         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  36         * plotfile: Added scattergram plot functions
  37         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  38         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  39         surfaces.
  40         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  41         to reconstructions.
  42         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  43         projection data files.
  44
  45         Bug Fixes:
  46
  47         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
  48         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  49         not being displayed on Unix platforms.
  50         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  51         image and projection files.
  52         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  53         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  54         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  55         image.
  56         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  57         * distribution: fixed problem with documentation files not
  58         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  59         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  60         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  61         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  62
  63 3.0.3 - Released 2/20/01
  64
  65         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  66
  67         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  68
  69         * ctsim: Fixed About box on Linux
  70
  71 3.0.2 - Released 2/20/01
  72
  73         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  74
  75         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  76         divergent projections into polar form.
  77
  78 3.0.1 - Released 2/19/01
  79
  80         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  81         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  82         of the dialog box.
  83
  84         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  85
  86         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  87         options changed.
  88
  89 3.0.0 - Released 2/19/01
  90
  91         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  92
  93         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  94
  95         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  96
  97         * ctsim: Improved accelerator key handling
  98
  99         * global: Added Hanning filter.
 100
 101         * global: Improved default parameters to that all defaults give
 102         sensible output.
 103
 104 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
 105
 106         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 107         registry storage between executions.
 108
 109         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 110
 111         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 112
 113         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 114
 115         * ctsim: Added graphical About box
 116
 117         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 118
 119         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 120
 121         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 122
 123         * ctsim: Online help added!
 124
 125         * backprojector: Added cubic interpolation
 126
 127         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 128
 129         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 130         reconstruction dialogs.
 131
 132         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 133
 134         * global: Projection files are not compatible with previous version
 135         due to new scanner definitions.
 136
 137         * global: deleted concept of field-of-view and added
 138           view ratio and scan ratio concepts.
 139
 140         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 141
 142         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 143
 144         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 145
 146         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 147
 148
 149 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 150
 151         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 152         procsignal.cpp
 153
 154         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 155         bug in parsing command-line parameters.
 156
 157         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 158         plotfiles
 159
 160         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 161
 162         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 163
 164         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 165         for frequency/inverse-fourier filtering
 166
 167 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 168
 169         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 170
 171         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 172         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 173
 174         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 175         for math tips]
 176
 177         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 178
 179         * ctsim: Added more analyze menuitems
 180
 181         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 182         through this master shell. Has both command-line and interactive
 183         interface
 184
 185         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 186
 187         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 188
 189         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 190
 191 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 192
 193         * ctsim: Added plotting of histograms
 194
 195         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 196
 197         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 198
 199 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 200
 201         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 202
 203         * ctsim: added generation of filter images
 204
 205         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 206
 207         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 208
 209         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 210
 211         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 212         text files suitable for reading.
 213
 214         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 215         when performing properties of images.
 216
 217         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 218         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 219         fourier.cpp
 220
 221         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 222         image math functions to complex-valued math.
 223
 224         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 225
 226 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 227
 228         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 229         and column plots and comparison plots
 230
 231         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 232
 233         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 234
 235         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 236         files.
 237
 238         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 239         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 240         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 241
 242         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 243         imagefile and plotfile classes.
 244
 245         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 246         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 247         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 248         images.
 249
 250         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 251         images.
 252
 253         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 254         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 255
 256         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 257         math functions
 258
 259         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 260
 261         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 262         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 263         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 264
 265         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 266         class.
 267
 268         * sgp: Added linestyle settings
 269
 270 2.5.0 - 12/18/00
 271    First Microsoft Windows GUI version
 272    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 273    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 274         when manually compiling phantoms that vary during projection
 275         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 276    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 277    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 278    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 279    Fixed display of plotting in Projection views
 280    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 281    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 282         "namespace using std" statements
 283    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 284    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 285
 286 2.0.6 - 12/03/00
 287    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 288    Updated README file
 289    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 290    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 291
 292 2.0.5 - 12/01/00
 293    Improved compilation on RedHat 7
 294    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 295    Removed README.RedHat7
 296
 297 2.0.4 - 11/25/00
 298    Added documentation for --geometry setting
 299    Added README.RedHat7 document
 300
 301 2.0.3 - 11/20/00
 302    Fixed bug in generation of binary PGM files
 303    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 304    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 305
 306 2.0.2 - 11/8/00
 307    Additions to man pages (Ian Kay)
 308    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 309
 310 2.0.1 - 10/1/00
 311    Fixed syntax error in fftw configuration
 312    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 313
 314 2.0.0 - 9/7/00
 315    Version 2.0.0 released!
 316    ctsim: Added Window menu to Main frame
 317    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 318    Fixed obscure bug in sys_error
 319    Fixed compilation in mingw environment not present
 320    Fixed compilation in non-graphical environments
 321
 322 2.0.0-b12 - 9/4/00
 323    ctsim: Added animation of reconstruction
 324    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 325    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 326    ctsim: used setpriority to set lower priority
 327    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 328    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 329
 330 2.0.0-b11 - 9/1/00
 331    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 332    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 333    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 334    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 335    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 336    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 337    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 338    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 339    Separated reconstruction into Reconstructor class
 340    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 341    Added --enable-static to generate statically linked programs
 342
 343 2.0.0-b10 - 8/25/00
 344    ctsim: Added animation of projection collection processs
 345    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 346    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 347    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 348    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 349    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 350    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 351    Fixed bug in backprojection selection
 352
 353 2.0.0-b9 - 8/22/00
 354    Added RCS Id strings to executable files
 355    Added RPM Spec file for RPM package creation
 356    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 357    Fixed compilation for non-SGP architectures
 358    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 359    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 360         inverse_fourier construction of filters
 361    Added median to statistics and to auto-windowing
 362
 363 2.0.0-b8 - 8/1/00
 364    Added line color support to SGP
 365    Fixed lineAbs bug
 366
 367 2.0.0-b7 - 7/25/00
 368    Finished support for dmallocxx library
 369    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 370    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 371         G2 windows and well as WXWindows.
 372    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 373    Fixed row-plot bug in if-2
 374    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 375
 376 2.0.0-b6 - 7/22/00
 377    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 378         and projection files
 379    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 380         and reconstruction parameters dialogs
 381    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 382    Completely reorganized option processing in classes to improve
 383         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 384
 385 2.0.0-b5 - 7/17/00
 386    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 387    Started ctsim.tex document file
 388
 389 2.0.0-b4 - 7/13/00
 390    Fixed compiler warnings at -Wall level
 391    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 392    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 393    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 394
 395 2.0.0-b3 - 7/10/00
 396    Added highly optimized backprojection method idiff3
 397    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 398    Fixed image display in if2img using G2 library
 399    Added column-plot and row-plot options to if-2
 400    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 401    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 402         backprojection method. Currently, this technique is still under
 403         development and debugging
 404    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 405
 406 2.0.0-b2 - 7/07/00
 407    Cleaned up SignalFilter class
 408    Added zeropad option to pjrec
 409    Added zeropad options to html and cgi files
 410    Added fourier_table and rfttw filter methods
 411    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 412
 413 2.0.0-b1 - 7/05/00
 414    Updated trace level processing
 415    Added trace level to SignalFilter
 416    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 417
 418 1.9.9 - 7/04/00
 419    Fixed const issue with ImageFileArray
 420    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 421    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 422    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 423    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 424    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 425         between convolution, dft, & fft filtering
 426    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 427    Added support for FFTW library
 428
 429 1.9.8 - 6/27/2000
 430    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 431    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 432    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 433    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 434    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 435    Added signature tag and creation date/time to projection files
 436
 437 1.9.7 - 6/25/2000
 438    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 439         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 440         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 441    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 442    Rewrote ImageFile class
 443    Started support for dmallocxx library, not finished
 444    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 445    Updated ifinfo to show comparative statistics
 446    Added printLabels() to Array2dFile class
 447    Added printStatistics() to ImageFile class
 448
 449 1.9.6 - 6/22/2000
 450    Moved conversion filter name/id to Filter class
 451    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 452    Added MPI broadcasting of strings
 453
 454 1.9.5 - 6/21/2000
 455    Merged proj_reconstr into class Projections
 456    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 457    Code cleanup in projections.cpp
 458    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 459
 460 1.9.4 - 6/20/2000
 461    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 462    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 463    Converted filter and convolution to object-oriented code
 464    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 465    Optimized image file writing on little-endian architectures
 466    Updated README and INSTALL
 467
 468 1.9.3 - 6/19/2000
 469    Reorganized source files
 470    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 471
 472 1.9.2 - 6/18/2000
 473    Reorganized include files
 474    Fixed const pointers in strfuncs
 475
 476 1.9.1 - 6/16/2000
 477    Renamed directories, moved source files, combined source files
 478    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 479    and libctgraphics)
 480
 481 1.9.0 - 6/15/2000
 482    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 483    Renamed Raysums to Projections throughout files
 484    Renamed Detector to Scanner
 485    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 486
 487 0.6.1 - 6/12/2000
 488    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 489    Converted Detector to Object-Oriented
 490
 491 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 492    Improved Integer backprojection method
 493         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 494         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 495    Finished converting all C files to C++
 496    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 497    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 498
 499 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 500    Converted MPI data structures to C++ object
 501    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 502
 503 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 504    First C++ conversions
 505    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 506         - Now all data files are cross-platform compatible
 507    Converted from MPI to MPI++
 508    Converted backprojection to object-oriented
 509    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 510
 511 0.5.4 - 6/4/2000
 512    Simpilifed endian handling
 513
 514 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 515    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 516    Removed broken B-spline interpolation
 517    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 518    Added support for 16-bit PNG graphics
 519
 520 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 521    Added compile-time configuration of endian order
 522
 523 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 524    Modified the raysum file format to be platform independent
 525
 526 0.5.3 - 5/11/2000
 527    Added Microsoft VC compatibility
 528    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 529
 530 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 531    Continued conversion to ANSI C
 532    Removed old CRT routines
 533
 534 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 535    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 536    Continued code cleanup
 537
 538 0.5.2-b3 - 4/30/200
 539     More code cleanup with reorganizing libraries
 540     Added --log and --exp to sdf-1
 541     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 542
 543 0.5.2-b2 - 4/30/200
 544     Continued code cleanup
 545
 546 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 547     Fixed a few MPI bugs
 548     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 549
 550 0.5.1 - 4/28/2000
 551     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 552     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 553
 554 0.5.0 - 4/27/2000
 555     First open source distribution for GNU/Linux
 556
 557 6/1999
 558   Converted to GNU/Linux
 559   added MPI support via LAM library
 560
 561 1983-84
 562   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 563