ChangeLog

   1 Jul 1, 2002  Version 3.5.5
   2
   3         * Fix printing of version number
   4
   5
   6 Jun 8, 2002  Version 3.5.4
   7
   8         * Print version number in log window with About command
   9
  10         * Fix problem with captions not showing on some windows. Reworked
  11         creation of new windows.
  12
  13         * Disabled status bar on 3d views
  14
  15         * Fix bug in configure.ac that prevented using compiler
  16         optimizations.
  17
  18         * Updated About splash screen
  19
  20 May 29, 2002  Version 3.5.3
  21         * Added support for g++ 3.04 compiler
  22
  23 May 8, 2002  Version 3.5.2
  24         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
  25         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
  26
  27 May 5, 2002  Version 3.5.1
  28
  29         New Features:
  30
  31         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  32         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  33         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  34         projection files are not incompatible with previous version of
  35         CTSim.
  36         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  37         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  38         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  39         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  40         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  41         divergent beam reconstructions.
  42         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  43         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  44         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  45         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  46         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  47         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  48         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  49         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  50         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  51         * plotfile: Added scattergram plot functions
  52         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  53         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  54         surfaces.
  55         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  56         to reconstructions.
  57         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  58         projection data files.
  59
  60         Bug Fixes:
  61
  62         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
  63         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  64         not being displayed on Unix platforms.
  65         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  66         image and projection files.
  67         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  68         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  69         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  70         image.
  71         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  72         * distribution: fixed problem with documentation files not
  73         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  74         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  75         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  76         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  77
  78 3.0.3 - Released 2/20/01
  79
  80         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  81
  82         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  83
  84         * ctsim: Fixed About box on Linux
  85
  86 3.0.2 - Released 2/20/01
  87
  88         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  89
  90         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  91         divergent projections into polar form.
  92
  93 3.0.1 - Released 2/19/01
  94
  95         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  96         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  97         of the dialog box.
  98
  99         * syserror: Fixed display bug for trace messages
 100
 101         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
 102         options changed.
 103
 104 3.0.0 - Released 2/19/01
 105
 106         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
 107
 108         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
 109
 110         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
 111
 112         * ctsim: Improved accelerator key handling
 113
 114         * global: Added Hanning filter.
 115
 116         * global: Improved default parameters to that all defaults give
 117         sensible output.
 118
 119 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
 120
 121         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 122         registry storage between executions.
 123
 124         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 125
 126         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 127
 128         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 129
 130         * ctsim: Added graphical About box
 131
 132         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 133
 134         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 135
 136         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 137
 138         * ctsim: Online help added!
 139
 140         * backprojector: Added cubic interpolation
 141
 142         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 143
 144         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 145         reconstruction dialogs.
 146
 147         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 148
 149         * global: Projection files are not compatible with previous version
 150         due to new scanner definitions.
 151
 152         * global: deleted concept of field-of-view and added
 153           view ratio and scan ratio concepts.
 154
 155         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 156
 157         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 158
 159         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 160
 161         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 162
 163
 164 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 165
 166         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 167         procsignal.cpp
 168
 169         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 170         bug in parsing command-line parameters.
 171
 172         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 173         plotfiles
 174
 175         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 176
 177         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 178
 179         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 180         for frequency/inverse-fourier filtering
 181
 182 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 183
 184         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 185
 186         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 187         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 188
 189         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 190         for math tips]
 191
 192         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 193
 194         * ctsim: Added more analyze menuitems
 195
 196         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 197         through this master shell. Has both command-line and interactive
 198         interface
 199
 200         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 201
 202         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 203
 204         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 205
 206 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 207
 208         * ctsim: Added plotting of histograms
 209
 210         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 211
 212         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 213
 214 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 215
 216         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 217
 218         * ctsim: added generation of filter images
 219
 220         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 221
 222         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 223
 224         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 225
 226         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 227         text files suitable for reading.
 228
 229         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 230         when performing properties of images.
 231
 232         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 233         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 234         fourier.cpp
 235
 236         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 237         image math functions to complex-valued math.
 238
 239         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 240
 241 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 242
 243         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 244         and column plots and comparison plots
 245
 246         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 247
 248         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 249
 250         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 251         files.
 252
 253         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 254         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 255         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 256
 257         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 258         imagefile and plotfile classes.
 259
 260         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 261         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 262         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 263         images.
 264
 265         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 266         images.
 267
 268         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 269         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 270
 271         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 272         math functions
 273
 274         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 275
 276         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 277         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 278         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 279
 280         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 281         class.
 282
 283         * sgp: Added linestyle settings
 284
 285 2.5.0 - 12/18/00
 286    First Microsoft Windows GUI version
 287    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 288    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 289         when manually compiling phantoms that vary during projection
 290         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 291    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 292    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 293    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 294    Fixed display of plotting in Projection views
 295    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 296    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 297         "namespace using std" statements
 298    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 299    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 300
 301 2.0.6 - 12/03/00
 302    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 303    Updated README file
 304    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 305    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 306
 307 2.0.5 - 12/01/00
 308    Improved compilation on RedHat 7
 309    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 310    Removed README.RedHat7
 311
 312 2.0.4 - 11/25/00
 313    Added documentation for --geometry setting
 314    Added README.RedHat7 document
 315
 316 2.0.3 - 11/20/00
 317    Fixed bug in generation of binary PGM files
 318    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 319    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 320
 321 2.0.2 - 11/8/00
 322    Additions to man pages (Ian Kay)
 323    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 324
 325 2.0.1 - 10/1/00
 326    Fixed syntax error in fftw configuration
 327    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 328
 329 2.0.0 - 9/7/00
 330    Version 2.0.0 released!
 331    ctsim: Added Window menu to Main frame
 332    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 333    Fixed obscure bug in sys_error
 334    Fixed compilation in mingw environment not present
 335    Fixed compilation in non-graphical environments
 336
 337 2.0.0-b12 - 9/4/00
 338    ctsim: Added animation of reconstruction
 339    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 340    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 341    ctsim: used setpriority to set lower priority
 342    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 343    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 344
 345 2.0.0-b11 - 9/1/00
 346    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 347    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 348    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 349    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 350    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 351    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 352    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 353    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 354    Separated reconstruction into Reconstructor class
 355    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 356    Added --enable-static to generate statically linked programs
 357
 358 2.0.0-b10 - 8/25/00
 359    ctsim: Added animation of projection collection processs
 360    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 361    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 362    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 363    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 364    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 365    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 366    Fixed bug in backprojection selection
 367
 368 2.0.0-b9 - 8/22/00
 369    Added RCS Id strings to executable files
 370    Added RPM Spec file for RPM package creation
 371    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 372    Fixed compilation for non-SGP architectures
 373    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 374    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 375         inverse_fourier construction of filters
 376    Added median to statistics and to auto-windowing
 377
 378 2.0.0-b8 - 8/1/00
 379    Added line color support to SGP
 380    Fixed lineAbs bug
 381
 382 2.0.0-b7 - 7/25/00
 383    Finished support for dmallocxx library
 384    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 385    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 386         G2 windows and well as WXWindows.
 387    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 388    Fixed row-plot bug in if-2
 389    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 390
 391 2.0.0-b6 - 7/22/00
 392    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 393         and projection files
 394    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 395         and reconstruction parameters dialogs
 396    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 397    Completely reorganized option processing in classes to improve
 398         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 399
 400 2.0.0-b5 - 7/17/00
 401    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 402    Started ctsim.tex document file
 403
 404 2.0.0-b4 - 7/13/00
 405    Fixed compiler warnings at -Wall level
 406    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 407    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 408    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 409
 410 2.0.0-b3 - 7/10/00
 411    Added highly optimized backprojection method idiff3
 412    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 413    Fixed image display in if2img using G2 library
 414    Added column-plot and row-plot options to if-2
 415    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 416    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 417         backprojection method. Currently, this technique is still under
 418         development and debugging
 419    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 420
 421 2.0.0-b2 - 7/07/00
 422    Cleaned up SignalFilter class
 423    Added zeropad option to pjrec
 424    Added zeropad options to html and cgi files
 425    Added fourier_table and rfttw filter methods
 426    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 427
 428 2.0.0-b1 - 7/05/00
 429    Updated trace level processing
 430    Added trace level to SignalFilter
 431    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 432
 433 1.9.9 - 7/04/00
 434    Fixed const issue with ImageFileArray
 435    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 436    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 437    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 438    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 439    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 440         between convolution, dft, & fft filtering
 441    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 442    Added support for FFTW library
 443
 444 1.9.8 - 6/27/2000
 445    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 446    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 447    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 448    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 449    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 450    Added signature tag and creation date/time to projection files
 451
 452 1.9.7 - 6/25/2000
 453    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 454         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 455         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 456    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 457    Rewrote ImageFile class
 458    Started support for dmallocxx library, not finished
 459    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 460    Updated ifinfo to show comparative statistics
 461    Added printLabels() to Array2dFile class
 462    Added printStatistics() to ImageFile class
 463
 464 1.9.6 - 6/22/2000
 465    Moved conversion filter name/id to Filter class
 466    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 467    Added MPI broadcasting of strings
 468
 469 1.9.5 - 6/21/2000
 470    Merged proj_reconstr into class Projections
 471    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 472    Code cleanup in projections.cpp
 473    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 474
 475 1.9.4 - 6/20/2000
 476    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 477    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 478    Converted filter and convolution to object-oriented code
 479    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 480    Optimized image file writing on little-endian architectures
 481    Updated README and INSTALL
 482
 483 1.9.3 - 6/19/2000
 484    Reorganized source files
 485    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 486
 487 1.9.2 - 6/18/2000
 488    Reorganized include files
 489    Fixed const pointers in strfuncs
 490
 491 1.9.1 - 6/16/2000
 492    Renamed directories, moved source files, combined source files
 493    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 494    and libctgraphics)
 495
 496 1.9.0 - 6/15/2000
 497    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 498    Renamed Raysums to Projections throughout files
 499    Renamed Detector to Scanner
 500    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 501
 502 0.6.1 - 6/12/2000
 503    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 504    Converted Detector to Object-Oriented
 505
 506 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 507    Improved Integer backprojection method
 508         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 509         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 510    Finished converting all C files to C++
 511    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 512    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 513
 514 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 515    Converted MPI data structures to C++ object
 516    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 517
 518 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 519    First C++ conversions
 520    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 521         - Now all data files are cross-platform compatible
 522    Converted from MPI to MPI++
 523    Converted backprojection to object-oriented
 524    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 525
 526 0.5.4 - 6/4/2000
 527    Simpilifed endian handling
 528
 529 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 530    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 531    Removed broken B-spline interpolation
 532    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 533    Added support for 16-bit PNG graphics
 534
 535 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 536    Added compile-time configuration of endian order
 537
 538 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 539    Modified the raysum file format to be platform independent
 540
 541 0.5.3 - 5/11/2000
 542    Added Microsoft VC compatibility
 543    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 544
 545 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 546    Continued conversion to ANSI C
 547    Removed old CRT routines
 548
 549 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 550    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 551    Continued code cleanup
 552
 553 0.5.2-b3 - 4/30/200
 554     More code cleanup with reorganizing libraries
 555     Added --log and --exp to sdf-1
 556     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 557
 558 0.5.2-b2 - 4/30/200
 559     Continued code cleanup
 560
 561 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 562     Fixed a few MPI bugs
 563     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 564
 565 0.5.1 - 4/28/2000
 566     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 567     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 568
 569 0.5.0 - 4/27/2000
 570     First open source distribution for GNU/Linux
 571
 572 6/1999
 573   Converted to GNU/Linux
 574   added MPI support via LAM library
 575
 576 1983-84
 577   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 578