ChangeLog

   1 Oct 5, 2003  Version 4.3.0
   2
   3         * Ported to incompatible FFTW3 library. CTSim will no longer compile or run with FFTW2.
   4
   5 Oct 3, 2003  Version 4.2.7
   6
   7         * Add support for building on RedHat AMD64
   8
   9 Sep 30, 2003  Version 4.2.7
  10
  11         * Fix minor issue with floating point difference backprojection, add
  12         optimization
  13
  14         * Fix building with newest versions of automake 1.7
  15
  16         * Add support for 8-byte longs [for example, Athlon64] in
  17         integer difference backprojection allowing for 64-bit integer
  18         math.
  19
  20 Mar 22, 2003  Version 4.2.3
  21
  22         * Added Fourier reconstruction method
  23
  24         * Support gcc 3.2, wxWindows 2.4, and MacOS X
  25
  26         * Fix polar interpolation
  27
  28 Jun 26, 2002  Version 3.5.6
  29
  30         * Fix minor color PNG image importing bug
  31
  32         * Bug fix for building on Debian alpha platform
  33
  34         * Fix g++ compilation warnings
  35
  36 Jun 13, 2002  Version 3.5.5
  37
  38         * Fix printing of version number
  39
  40         * Minor bug fixes
  41
  42         * Updated Win32 compatibility
  43
  44 Jun 8, 2002  Version 3.5.4
  45
  46         * Print version number in log window with About command
  47
  48         * Fix problem with captions not showing on some windows. Reworked
  49         creation of new windows.
  50
  51         * Disabled status bar on 3d views
  52
  53         * Fix bug in configure.ac that prevented using compiler
  54         optimizations.
  55
  56         * Updated About splash screen
  57
  58 May 29, 2002  Version 3.5.3
  59         * Added support for g++ 3.04 compiler
  60
  61 May 8, 2002  Version 3.5.2
  62         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
  63         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
  64
  65 May 5, 2002  Version 3.5.1
  66
  67         New Features:
  68
  69         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  70         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  71         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  72         projection files are not incompatible with previous version of
  73         CTSim.
  74         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  75         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  76         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  77         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  78         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  79         divergent beam reconstructions.
  80         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  81         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  82         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  83         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  84         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  85         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  86         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  87         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  88         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  89         * plotfile: Added scattergram plot functions
  90         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  91         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  92         surfaces.
  93         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  94         to reconstructions.
  95         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  96         projection data files.
  97
  98         Bug Fixes:
  99
 100         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
 101         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
 102         not being displayed on Unix platforms.
 103         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
 104         image and projection files.
 105         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
 106         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
 107         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
 108         image.
 109         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
 110         * distribution: fixed problem with documentation files not
 111         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
 112         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
 113         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
 114         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
 115
 116 3.0.3 - Released 2/20/01
 117
 118         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
 119
 120         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
 121
 122         * ctsim: Fixed About box on Linux
 123
 124 3.0.2 - Released 2/20/01
 125
 126         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
 127
 128         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
 129         divergent projections into polar form.
 130
 131 3.0.1 - Released 2/19/01
 132
 133         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
 134         rotation angle setting will stay fixed in-between use
 135         of the dialog box.
 136
 137         * syserror: Fixed display bug for trace messages
 138
 139         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
 140         options changed.
 141
 142 3.0.0 - Released 2/19/01
 143
 144         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
 145
 146         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
 147
 148         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
 149
 150         * ctsim: Improved accelerator key handling
 151
 152         * global: Added Hanning filter.
 153
 154         * global: Improved default parameters to that all defaults give
 155         sensible output.
 156
 157 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
 158
 159         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 160         registry storage between executions.
 161
 162         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 163
 164         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 165
 166         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 167
 168         * ctsim: Added graphical About box
 169
 170         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 171
 172         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 173
 174         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 175
 176         * ctsim: Online help added!
 177
 178         * backprojector: Added cubic interpolation
 179
 180         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 181
 182         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 183         reconstruction dialogs.
 184
 185         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 186
 187         * global: Projection files are not compatible with previous version
 188         due to new scanner definitions.
 189
 190         * global: deleted concept of field-of-view and added
 191           view ratio and scan ratio concepts.
 192
 193         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 194
 195         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 196
 197         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 198
 199         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 200
 201
 202 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 203
 204         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 205         procsignal.cpp
 206
 207         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 208         bug in parsing command-line parameters.
 209
 210         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 211         plotfiles
 212
 213         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 214
 215         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 216
 217         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 218         for frequency/inverse-fourier filtering
 219
 220 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 221
 222         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 223
 224         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 225         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 226
 227         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 228         for math tips]
 229
 230         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 231
 232         * ctsim: Added more analyze menuitems
 233
 234         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 235         through this master shell. Has both command-line and interactive
 236         interface
 237
 238         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 239
 240         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 241
 242         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 243
 244 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 245
 246         * ctsim: Added plotting of histograms
 247
 248         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 249
 250         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 251
 252 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 253
 254         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 255
 256         * ctsim: added generation of filter images
 257
 258         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 259
 260         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 261
 262         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 263
 264         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 265         text files suitable for reading.
 266
 267         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 268         when performing properties of images.
 269
 270         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 271         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 272         fourier.cpp
 273
 274         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 275         image math functions to complex-valued math.
 276
 277         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 278
 279 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 280
 281         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 282         and column plots and comparison plots
 283
 284         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 285
 286         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 287
 288         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 289         files.
 290
 291         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 292         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 293         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 294
 295         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 296         imagefile and plotfile classes.
 297
 298         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 299         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 300         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 301         images.
 302
 303         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 304         images.
 305
 306         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 307         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 308
 309         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 310         math functions
 311
 312         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 313
 314         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 315         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 316         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 317
 318         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 319         class.
 320
 321         * sgp: Added linestyle settings
 322
 323 2.5.0 - 12/18/00
 324    First Microsoft Windows GUI version
 325    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 326    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 327         when manually compiling phantoms that vary during projection
 328         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 329    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 330    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 331    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 332    Fixed display of plotting in Projection views
 333    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 334    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 335         "namespace using std" statements
 336    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 337    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 338
 339 2.0.6 - 12/03/00
 340    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 341    Updated README file
 342    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 343    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 344
 345 2.0.5 - 12/01/00
 346    Improved compilation on RedHat 7
 347    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 348    Removed README.RedHat7
 349
 350 2.0.4 - 11/25/00
 351    Added documentation for --geometry setting
 352    Added README.RedHat7 document
 353
 354 2.0.3 - 11/20/00
 355    Fixed bug in generation of binary PGM files
 356    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 357    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 358
 359 2.0.2 - 11/8/00
 360    Additions to man pages (Ian Kay)
 361    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 362
 363 2.0.1 - 10/1/00
 364    Fixed syntax error in fftw configuration
 365    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 366
 367 2.0.0 - 9/7/00
 368    Version 2.0.0 released!
 369    ctsim: Added Window menu to Main frame
 370    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 371    Fixed obscure bug in sys_error
 372    Fixed compilation in mingw environment not present
 373    Fixed compilation in non-graphical environments
 374
 375 2.0.0-b12 - 9/4/00
 376    ctsim: Added animation of reconstruction
 377    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 378    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 379    ctsim: used setpriority to set lower priority
 380    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 381    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 382
 383 2.0.0-b11 - 9/1/00
 384    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 385    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 386    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 387    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 388    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 389    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 390    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 391    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 392    Separated reconstruction into Reconstructor class
 393    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 394    Added --enable-static to generate statically linked programs
 395
 396 2.0.0-b10 - 8/25/00
 397    ctsim: Added animation of projection collection processs
 398    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 399    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 400    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 401    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 402    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 403    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 404    Fixed bug in backprojection selection
 405
 406 2.0.0-b9 - 8/22/00
 407    Added RCS Id strings to executable files
 408    Added RPM Spec file for RPM package creation
 409    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 410    Fixed compilation for non-SGP architectures
 411    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 412    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 413         inverse_fourier construction of filters
 414    Added median to statistics and to auto-windowing
 415
 416 2.0.0-b8 - 8/1/00
 417    Added line color support to SGP
 418    Fixed lineAbs bug
 419
 420 2.0.0-b7 - 7/25/00
 421    Finished support for dmallocxx library
 422    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 423    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 424         G2 windows and well as WXWindows.
 425    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 426    Fixed row-plot bug in if-2
 427    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 428
 429 2.0.0-b6 - 7/22/00
 430    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 431         and projection files
 432    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 433         and reconstruction parameters dialogs
 434    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 435    Completely reorganized option processing in classes to improve
 436         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 437
 438 2.0.0-b5 - 7/17/00
 439    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 440    Started ctsim.tex document file
 441
 442 2.0.0-b4 - 7/13/00
 443    Fixed compiler warnings at -Wall level
 444    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 445    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 446    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 447
 448 2.0.0-b3 - 7/10/00
 449    Added highly optimized backprojection method idiff3
 450    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 451    Fixed image display in if2img using G2 library
 452    Added column-plot and row-plot options to if-2
 453    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 454    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 455         backprojection method. Currently, this technique is still under
 456         development and debugging
 457    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 458
 459 2.0.0-b2 - 7/07/00
 460    Cleaned up SignalFilter class
 461    Added zeropad option to pjrec
 462    Added zeropad options to html and cgi files
 463    Added fourier_table and rfttw filter methods
 464    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 465
 466 2.0.0-b1 - 7/05/00
 467    Updated trace level processing
 468    Added trace level to SignalFilter
 469    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 470
 471 1.9.9 - 7/04/00
 472    Fixed const issue with ImageFileArray
 473    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 474    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 475    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 476    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 477    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 478         between convolution, dft, & fft filtering
 479    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 480    Added support for FFTW library
 481
 482 1.9.8 - 6/27/2000
 483    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 484    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 485    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 486    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 487    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 488    Added signature tag and creation date/time to projection files
 489
 490 1.9.7 - 6/25/2000
 491    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 492         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 493         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 494    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 495    Rewrote ImageFile class
 496    Started support for dmallocxx library, not finished
 497    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 498    Updated ifinfo to show comparative statistics
 499    Added printLabels() to Array2dFile class
 500    Added printStatistics() to ImageFile class
 501
 502 1.9.6 - 6/22/2000
 503    Moved conversion filter name/id to Filter class
 504    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 505    Added MPI broadcasting of strings
 506
 507 1.9.5 - 6/21/2000
 508    Merged proj_reconstr into class Projections
 509    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 510    Code cleanup in projections.cpp
 511    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 512
 513 1.9.4 - 6/20/2000
 514    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 515    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 516    Converted filter and convolution to object-oriented code
 517    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 518    Optimized image file writing on little-endian architectures
 519    Updated README and INSTALL
 520
 521 1.9.3 - 6/19/2000
 522    Reorganized source files
 523    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 524
 525 1.9.2 - 6/18/2000
 526    Reorganized include files
 527    Fixed const pointers in strfuncs
 528
 529 1.9.1 - 6/16/2000
 530    Renamed directories, moved source files, combined source files
 531    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 532    and libctgraphics)
 533
 534 1.9.0 - 6/15/2000
 535    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 536    Renamed Raysums to Projections throughout files
 537    Renamed Detector to Scanner
 538    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 539
 540 0.6.1 - 6/12/2000
 541    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 542    Converted Detector to Object-Oriented
 543
 544 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 545    Improved Integer backprojection method
 546         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 547         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 548    Finished converting all C files to C++
 549    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 550    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 551
 552 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 553    Converted MPI data structures to C++ object
 554    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 555
 556 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 557    First C++ conversions
 558    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 559         - Now all data files are cross-platform compatible
 560    Converted from MPI to MPI++
 561    Converted backprojection to object-oriented
 562    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 563
 564 0.5.4 - 6/4/2000
 565    Simpilifed endian handling
 566
 567 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 568    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 569    Removed broken B-spline interpolation
 570    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 571    Added support for 16-bit PNG graphics
 572
 573 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 574    Added compile-time configuration of endian order
 575
 576 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 577    Modified the raysum file format to be platform independent
 578
 579 0.5.3 - 5/11/2000
 580    Added Microsoft VC compatibility
 581    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 582
 583 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 584    Continued conversion to ANSI C
 585    Removed old CRT routines
 586
 587 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 588    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 589    Continued code cleanup
 590
 591 0.5.2-b3 - 4/30/200
 592     More code cleanup with reorganizing libraries
 593     Added --log and --exp to sdf-1
 594     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 595
 596 0.5.2-b2 - 4/30/200
 597     Continued code cleanup
 598
 599 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 600     Fixed a few MPI bugs
 601     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 602
 603 0.5.1 - 4/28/2000
 604     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 605     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 606
 607 0.5.0 - 4/27/2000
 608     First open source distribution for GNU/Linux
 609
 610 6/1999
 611   Converted to GNU/Linux
 612   added MPI support via LAM library
 613
 614 1983-84
 615   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 616