ChangeLog

   1 May 8, 2000  Version 3.5.2
   2         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
   3         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
   4
   5
   6 May 5, 2000  Version 3.5.1
   7
   8         New Features:
   9
  10         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  11         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  12         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  13         projection files are not incompatible with previous version of
  14         CTSim.
  15         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  16         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  17         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  18         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  19         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  20         divergent beam reconstructions.
  21         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  22         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  23         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  24         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  25         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  26         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  27         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  28         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  29         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  30         * plotfile: Added scattergram plot functions
  31         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  32         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  33         surfaces.
  34         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  35         to reconstructions.
  36         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  37         projection data files.
  38
  39         Bug Fixes:
  40
  41         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
  42         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  43         not being displayed on Unix platforms.
  44         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  45         image and projection files.
  46         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  47         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  48         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  49         image.
  50         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  51         * distribution: fixed problem with documentation files not
  52         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  53         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  54         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  55         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  56
  57 3.0.3 - Released 2/20/01
  58
  59         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  60
  61         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  62
  63         * ctsim: Fixed About box on Linux
  64
  65 3.0.2 - Released 2/20/01
  66
  67         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  68
  69         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  70         divergent projections into polar form.
  71
  72 3.0.1 - Released 2/19/01
  73
  74         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  75         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  76         of the dialog box.
  77
  78         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  79
  80         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  81         options changed.
  82
  83 3.0.0 - Released 2/19/01
  84
  85         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  86
  87         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  88
  89         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  90
  91         * ctsim: Improved accelerator key handling
  92
  93         * global: Added Hanning filter.
  94
  95         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  96         sensible output.
  97
  98 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
  99
 100         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 101         registry storage between executions.
 102
 103         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 104
 105         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 106
 107         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 108
 109         * ctsim: Added graphical About box
 110
 111         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 112
 113         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 114
 115         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 116
 117         * ctsim: Online help added!
 118
 119         * backprojector: Added cubic interpolation
 120
 121         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 122
 123         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 124         reconstruction dialogs.
 125
 126         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 127
 128         * global: Projection files are not compatible with previous version
 129         due to new scanner definitions.
 130
 131         * global: deleted concept of field-of-view and added
 132           view ratio and scan ratio concepts.
 133
 134         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 135
 136         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 137
 138         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 139
 140         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 141
 142
 143 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 144
 145         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 146         procsignal.cpp
 147
 148         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 149         bug in parsing command-line parameters.
 150
 151         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 152         plotfiles
 153
 154         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 155
 156         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 157
 158         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 159         for frequency/inverse-fourier filtering
 160
 161 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 162
 163         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 164
 165         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 166         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 167
 168         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 169         for math tips]
 170
 171         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 172
 173         * ctsim: Added more analyze menuitems
 174
 175         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 176         through this master shell. Has both command-line and interactive
 177         interface
 178
 179         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 180
 181         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 182
 183         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 184
 185 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 186
 187         * ctsim: Added plotting of histograms
 188
 189         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 190
 191         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 192
 193 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 194
 195         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 196
 197         * ctsim: added generation of filter images
 198
 199         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 200
 201         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 202
 203         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 204
 205         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 206         text files suitable for reading.
 207
 208         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 209         when performing properties of images.
 210
 211         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 212         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 213         fourier.cpp
 214
 215         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 216         image math functions to complex-valued math.
 217
 218         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 219
 220 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 221
 222         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 223         and column plots and comparison plots
 224
 225         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 226
 227         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 228
 229         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 230         files.
 231
 232         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 233         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 234         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 235
 236         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 237         imagefile and plotfile classes.
 238
 239         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 240         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 241         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 242         images.
 243
 244         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 245         images.
 246
 247         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 248         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 249
 250         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 251         math functions
 252
 253         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 254
 255         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 256         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 257         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 258
 259         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 260         class.
 261
 262         * sgp: Added linestyle settings
 263
 264 2.5.0 - 12/18/00
 265    First Microsoft Windows GUI version
 266    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 267    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 268         when manually compiling phantoms that vary during projection
 269         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 270    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 271    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 272    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 273    Fixed display of plotting in Projection views
 274    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 275    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 276         "namespace using std" statements
 277    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 278    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 279
 280 2.0.6 - 12/03/00
 281    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 282    Updated README file
 283    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 284    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 285
 286 2.0.5 - 12/01/00
 287    Improved compilation on RedHat 7
 288    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 289    Removed README.RedHat7
 290
 291 2.0.4 - 11/25/00
 292    Added documentation for --geometry setting
 293    Added README.RedHat7 document
 294
 295 2.0.3 - 11/20/00
 296    Fixed bug in generation of binary PGM files
 297    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 298    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 299
 300 2.0.2 - 11/8/00
 301    Additions to man pages (Ian Kay)
 302    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 303
 304 2.0.1 - 10/1/00
 305    Fixed syntax error in fftw configuration
 306    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 307
 308 2.0.0 - 9/7/00
 309    Version 2.0.0 released!
 310    ctsim: Added Window menu to Main frame
 311    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 312    Fixed obscure bug in sys_error
 313    Fixed compilation in mingw environment not present
 314    Fixed compilation in non-graphical environments
 315
 316 2.0.0-b12 - 9/4/00
 317    ctsim: Added animation of reconstruction
 318    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 319    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 320    ctsim: used setpriority to set lower priority
 321    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 322    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 323
 324 2.0.0-b11 - 9/1/00
 325    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 326    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 327    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 328    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 329    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 330    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 331    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 332    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 333    Separated reconstruction into Reconstructor class
 334    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 335    Added --enable-static to generate statically linked programs
 336
 337 2.0.0-b10 - 8/25/00
 338    ctsim: Added animation of projection collection processs
 339    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 340    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 341    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 342    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 343    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 344    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 345    Fixed bug in backprojection selection
 346
 347 2.0.0-b9 - 8/22/00
 348    Added RCS Id strings to executable files
 349    Added RPM Spec file for RPM package creation
 350    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 351    Fixed compilation for non-SGP architectures
 352    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 353    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 354         inverse_fourier construction of filters
 355    Added median to statistics and to auto-windowing
 356
 357 2.0.0-b8 - 8/1/00
 358    Added line color support to SGP
 359    Fixed lineAbs bug
 360
 361 2.0.0-b7 - 7/25/00
 362    Finished support for dmallocxx library
 363    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 364    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 365         G2 windows and well as WXWindows.
 366    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 367    Fixed row-plot bug in if-2
 368    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 369
 370 2.0.0-b6 - 7/22/00
 371    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 372         and projection files
 373    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 374         and reconstruction parameters dialogs
 375    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 376    Completely reorganized option processing in classes to improve
 377         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 378
 379 2.0.0-b5 - 7/17/00
 380    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 381    Started ctsim.tex document file
 382
 383 2.0.0-b4 - 7/13/00
 384    Fixed compiler warnings at -Wall level
 385    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 386    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 387    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 388
 389 2.0.0-b3 - 7/10/00
 390    Added highly optimized backprojection method idiff3
 391    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 392    Fixed image display in if2img using G2 library
 393    Added column-plot and row-plot options to if-2
 394    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 395    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 396         backprojection method. Currently, this technique is still under
 397         development and debugging
 398    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 399
 400 2.0.0-b2 - 7/07/00
 401    Cleaned up SignalFilter class
 402    Added zeropad option to pjrec
 403    Added zeropad options to html and cgi files
 404    Added fourier_table and rfttw filter methods
 405    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 406
 407 2.0.0-b1 - 7/05/00
 408    Updated trace level processing
 409    Added trace level to SignalFilter
 410    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 411
 412 1.9.9 - 7/04/00
 413    Fixed const issue with ImageFileArray
 414    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 415    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 416    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 417    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 418    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 419         between convolution, dft, & fft filtering
 420    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 421    Added support for FFTW library
 422
 423 1.9.8 - 6/27/2000
 424    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 425    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 426    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 427    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 428    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 429    Added signature tag and creation date/time to projection files
 430
 431 1.9.7 - 6/25/2000
 432    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 433         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 434         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 435    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 436    Rewrote ImageFile class
 437    Started support for dmallocxx library, not finished
 438    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 439    Updated ifinfo to show comparative statistics
 440    Added printLabels() to Array2dFile class
 441    Added printStatistics() to ImageFile class
 442
 443 1.9.6 - 6/22/2000
 444    Moved conversion filter name/id to Filter class
 445    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 446    Added MPI broadcasting of strings
 447
 448 1.9.5 - 6/21/2000
 449    Merged proj_reconstr into class Projections
 450    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 451    Code cleanup in projections.cpp
 452    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 453
 454 1.9.4 - 6/20/2000
 455    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 456    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 457    Converted filter and convolution to object-oriented code
 458    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 459    Optimized image file writing on little-endian architectures
 460    Updated README and INSTALL
 461
 462 1.9.3 - 6/19/2000
 463    Reorganized source files
 464    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 465
 466 1.9.2 - 6/18/2000
 467    Reorganized include files
 468    Fixed const pointers in strfuncs
 469
 470 1.9.1 - 6/16/2000
 471    Renamed directories, moved source files, combined source files
 472    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 473    and libctgraphics)
 474
 475 1.9.0 - 6/15/2000
 476    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 477    Renamed Raysums to Projections throughout files
 478    Renamed Detector to Scanner
 479    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 480
 481 0.6.1 - 6/12/2000
 482    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 483    Converted Detector to Object-Oriented
 484
 485 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 486    Improved Integer backprojection method
 487         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 488         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 489    Finished converting all C files to C++
 490    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 491    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 492
 493 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 494    Converted MPI data structures to C++ object
 495    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 496
 497 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 498    First C++ conversions
 499    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 500         - Now all data files are cross-platform compatible
 501    Converted from MPI to MPI++
 502    Converted backprojection to object-oriented
 503    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 504
 505 0.5.4 - 6/4/2000
 506    Simpilifed endian handling
 507
 508 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 509    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 510    Removed broken B-spline interpolation
 511    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 512    Added support for 16-bit PNG graphics
 513
 514 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 515    Added compile-time configuration of endian order
 516
 517 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 518    Modified the raysum file format to be platform independent
 519
 520 0.5.3 - 5/11/2000
 521    Added Microsoft VC compatibility
 522    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 523
 524 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 525    Continued conversion to ANSI C
 526    Removed old CRT routines
 527
 528 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 529    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 530    Continued code cleanup
 531
 532 0.5.2-b3 - 4/30/200
 533     More code cleanup with reorganizing libraries
 534     Added --log and --exp to sdf-1
 535     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 536
 537 0.5.2-b2 - 4/30/200
 538     Continued code cleanup
 539
 540 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 541     Fixed a few MPI bugs
 542     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 543
 544 0.5.1 - 4/28/2000
 545     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 546     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 547
 548 0.5.0 - 4/27/2000
 549     First open source distribution for GNU/Linux
 550
 551 6/1999
 552   Converted to GNU/Linux
 553   added MPI support via LAM library
 554
 555 1983-84
 556   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 557