ChangeLog

   1 Jul 1, 2002  Version 3.5.6
   2
   3         * Bug fix for Debian alpha platform
   4
   5         * Fix some compilation warnings
   6
   7 Jun 20, 2002  Version 3.5.5
   8         * Fix printing of version number
   9
  10         * Minor bug fixes
  11
  12         * Updated Win32 compatibility
  13
  14 Jun 8, 2002  Version 3.5.4
  15
  16         * Print version number in log window with About command
  17
  18         * Fix problem with captions not showing on some windows. Reworked
  19         creation of new windows.
  20
  21         * Disabled status bar on 3d views
  22
  23         * Fix bug in configure.ac that prevented using compiler
  24         optimizations.
  25
  26         * Updated About splash screen
  27
  28 May 29, 2002  Version 3.5.3
  29         * Added support for g++ 3.04 compiler
  30
  31 May 8, 2002  Version 3.5.2
  32         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
  33         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
  34
  35 May 5, 2002  Version 3.5.1
  36
  37         New Features:
  38
  39         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  40         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  41         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  42         projection files are not incompatible with previous version of
  43         CTSim.
  44         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  45         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  46         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  47         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  48         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  49         divergent beam reconstructions.
  50         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  51         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  52         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  53         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  54         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  55         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  56         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  57         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  58         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  59         * plotfile: Added scattergram plot functions
  60         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  61         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  62         surfaces.
  63         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  64         to reconstructions.
  65         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  66         projection data files.
  67
  68         Bug Fixes:
  69
  70         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
  71         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  72         not being displayed on Unix platforms.
  73         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  74         image and projection files.
  75         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  76         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  77         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  78         image.
  79         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  80         * distribution: fixed problem with documentation files not
  81         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  82         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  83         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  84         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  85
  86 3.0.3 - Released 2/20/01
  87
  88         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  89
  90         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  91
  92         * ctsim: Fixed About box on Linux
  93
  94 3.0.2 - Released 2/20/01
  95
  96         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  97
  98         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  99         divergent projections into polar form.
 100
 101 3.0.1 - Released 2/19/01
 102
 103         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
 104         rotation angle setting will stay fixed in-between use
 105         of the dialog box.
 106
 107         * syserror: Fixed display bug for trace messages
 108
 109         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
 110         options changed.
 111
 112 3.0.0 - Released 2/19/01
 113
 114         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
 115
 116         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
 117
 118         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
 119
 120         * ctsim: Improved accelerator key handling
 121
 122         * global: Added Hanning filter.
 123
 124         * global: Improved default parameters to that all defaults give
 125         sensible output.
 126
 127 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
 128
 129         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 130         registry storage between executions.
 131
 132         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 133
 134         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 135
 136         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 137
 138         * ctsim: Added graphical About box
 139
 140         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 141
 142         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 143
 144         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 145
 146         * ctsim: Online help added!
 147
 148         * backprojector: Added cubic interpolation
 149
 150         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 151
 152         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 153         reconstruction dialogs.
 154
 155         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 156
 157         * global: Projection files are not compatible with previous version
 158         due to new scanner definitions.
 159
 160         * global: deleted concept of field-of-view and added
 161           view ratio and scan ratio concepts.
 162
 163         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 164
 165         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 166
 167         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 168
 169         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 170
 171
 172 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 173
 174         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 175         procsignal.cpp
 176
 177         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 178         bug in parsing command-line parameters.
 179
 180         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 181         plotfiles
 182
 183         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 184
 185         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 186
 187         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 188         for frequency/inverse-fourier filtering
 189
 190 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 191
 192         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 193
 194         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 195         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 196
 197         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 198         for math tips]
 199
 200         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 201
 202         * ctsim: Added more analyze menuitems
 203
 204         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 205         through this master shell. Has both command-line and interactive
 206         interface
 207
 208         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 209
 210         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 211
 212         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 213
 214 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 215
 216         * ctsim: Added plotting of histograms
 217
 218         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 219
 220         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 221
 222 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 223
 224         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 225
 226         * ctsim: added generation of filter images
 227
 228         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 229
 230         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 231
 232         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 233
 234         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 235         text files suitable for reading.
 236
 237         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 238         when performing properties of images.
 239
 240         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 241         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 242         fourier.cpp
 243
 244         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 245         image math functions to complex-valued math.
 246
 247         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 248
 249 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 250
 251         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 252         and column plots and comparison plots
 253
 254         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 255
 256         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 257
 258         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 259         files.
 260
 261         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 262         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 263         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 264
 265         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 266         imagefile and plotfile classes.
 267
 268         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 269         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 270         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 271         images.
 272
 273         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 274         images.
 275
 276         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 277         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 278
 279         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 280         math functions
 281
 282         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 283
 284         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 285         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 286         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 287
 288         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 289         class.
 290
 291         * sgp: Added linestyle settings
 292
 293 2.5.0 - 12/18/00
 294    First Microsoft Windows GUI version
 295    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 296    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 297         when manually compiling phantoms that vary during projection
 298         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 299    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 300    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 301    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 302    Fixed display of plotting in Projection views
 303    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 304    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 305         "namespace using std" statements
 306    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 307    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 308
 309 2.0.6 - 12/03/00
 310    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 311    Updated README file
 312    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 313    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 314
 315 2.0.5 - 12/01/00
 316    Improved compilation on RedHat 7
 317    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 318    Removed README.RedHat7
 319
 320 2.0.4 - 11/25/00
 321    Added documentation for --geometry setting
 322    Added README.RedHat7 document
 323
 324 2.0.3 - 11/20/00
 325    Fixed bug in generation of binary PGM files
 326    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 327    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 328
 329 2.0.2 - 11/8/00
 330    Additions to man pages (Ian Kay)
 331    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 332
 333 2.0.1 - 10/1/00
 334    Fixed syntax error in fftw configuration
 335    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 336
 337 2.0.0 - 9/7/00
 338    Version 2.0.0 released!
 339    ctsim: Added Window menu to Main frame
 340    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 341    Fixed obscure bug in sys_error
 342    Fixed compilation in mingw environment not present
 343    Fixed compilation in non-graphical environments
 344
 345 2.0.0-b12 - 9/4/00
 346    ctsim: Added animation of reconstruction
 347    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 348    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 349    ctsim: used setpriority to set lower priority
 350    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 351    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 352
 353 2.0.0-b11 - 9/1/00
 354    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 355    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 356    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 357    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 358    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 359    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 360    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 361    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 362    Separated reconstruction into Reconstructor class
 363    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 364    Added --enable-static to generate statically linked programs
 365
 366 2.0.0-b10 - 8/25/00
 367    ctsim: Added animation of projection collection processs
 368    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 369    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 370    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 371    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 372    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 373    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 374    Fixed bug in backprojection selection
 375
 376 2.0.0-b9 - 8/22/00
 377    Added RCS Id strings to executable files
 378    Added RPM Spec file for RPM package creation
 379    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 380    Fixed compilation for non-SGP architectures
 381    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 382    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 383         inverse_fourier construction of filters
 384    Added median to statistics and to auto-windowing
 385
 386 2.0.0-b8 - 8/1/00
 387    Added line color support to SGP
 388    Fixed lineAbs bug
 389
 390 2.0.0-b7 - 7/25/00
 391    Finished support for dmallocxx library
 392    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 393    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 394         G2 windows and well as WXWindows.
 395    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 396    Fixed row-plot bug in if-2
 397    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 398
 399 2.0.0-b6 - 7/22/00
 400    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 401         and projection files
 402    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 403         and reconstruction parameters dialogs
 404    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 405    Completely reorganized option processing in classes to improve
 406         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 407
 408 2.0.0-b5 - 7/17/00
 409    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 410    Started ctsim.tex document file
 411
 412 2.0.0-b4 - 7/13/00
 413    Fixed compiler warnings at -Wall level
 414    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 415    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 416    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 417
 418 2.0.0-b3 - 7/10/00
 419    Added highly optimized backprojection method idiff3
 420    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 421    Fixed image display in if2img using G2 library
 422    Added column-plot and row-plot options to if-2
 423    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 424    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 425         backprojection method. Currently, this technique is still under
 426         development and debugging
 427    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 428
 429 2.0.0-b2 - 7/07/00
 430    Cleaned up SignalFilter class
 431    Added zeropad option to pjrec
 432    Added zeropad options to html and cgi files
 433    Added fourier_table and rfttw filter methods
 434    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 435
 436 2.0.0-b1 - 7/05/00
 437    Updated trace level processing
 438    Added trace level to SignalFilter
 439    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 440
 441 1.9.9 - 7/04/00
 442    Fixed const issue with ImageFileArray
 443    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 444    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 445    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 446    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 447    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 448         between convolution, dft, & fft filtering
 449    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 450    Added support for FFTW library
 451
 452 1.9.8 - 6/27/2000
 453    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 454    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 455    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 456    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 457    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 458    Added signature tag and creation date/time to projection files
 459
 460 1.9.7 - 6/25/2000
 461    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 462         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 463         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 464    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 465    Rewrote ImageFile class
 466    Started support for dmallocxx library, not finished
 467    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 468    Updated ifinfo to show comparative statistics
 469    Added printLabels() to Array2dFile class
 470    Added printStatistics() to ImageFile class
 471
 472 1.9.6 - 6/22/2000
 473    Moved conversion filter name/id to Filter class
 474    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 475    Added MPI broadcasting of strings
 476
 477 1.9.5 - 6/21/2000
 478    Merged proj_reconstr into class Projections
 479    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 480    Code cleanup in projections.cpp
 481    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 482
 483 1.9.4 - 6/20/2000
 484    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 485    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 486    Converted filter and convolution to object-oriented code
 487    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 488    Optimized image file writing on little-endian architectures
 489    Updated README and INSTALL
 490
 491 1.9.3 - 6/19/2000
 492    Reorganized source files
 493    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 494
 495 1.9.2 - 6/18/2000
 496    Reorganized include files
 497    Fixed const pointers in strfuncs
 498
 499 1.9.1 - 6/16/2000
 500    Renamed directories, moved source files, combined source files
 501    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 502    and libctgraphics)
 503
 504 1.9.0 - 6/15/2000
 505    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 506    Renamed Raysums to Projections throughout files
 507    Renamed Detector to Scanner
 508    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 509
 510 0.6.1 - 6/12/2000
 511    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 512    Converted Detector to Object-Oriented
 513
 514 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 515    Improved Integer backprojection method
 516         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 517         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 518    Finished converting all C files to C++
 519    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 520    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 521
 522 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 523    Converted MPI data structures to C++ object
 524    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 525
 526 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 527    First C++ conversions
 528    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 529         - Now all data files are cross-platform compatible
 530    Converted from MPI to MPI++
 531    Converted backprojection to object-oriented
 532    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 533
 534 0.5.4 - 6/4/2000
 535    Simpilifed endian handling
 536
 537 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 538    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 539    Removed broken B-spline interpolation
 540    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 541    Added support for 16-bit PNG graphics
 542
 543 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 544    Added compile-time configuration of endian order
 545
 546 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 547    Modified the raysum file format to be platform independent
 548
 549 0.5.3 - 5/11/2000
 550    Added Microsoft VC compatibility
 551    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 552
 553 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 554    Continued conversion to ANSI C
 555    Removed old CRT routines
 556
 557 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 558    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 559    Continued code cleanup
 560
 561 0.5.2-b3 - 4/30/200
 562     More code cleanup with reorganizing libraries
 563     Added --log and --exp to sdf-1
 564     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 565
 566 0.5.2-b2 - 4/30/200
 567     Continued code cleanup
 568
 569 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 570     Fixed a few MPI bugs
 571     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 572
 573 0.5.1 - 4/28/2000
 574     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 575     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 576
 577 0.5.0 - 4/27/2000
 578     First open source distribution for GNU/Linux
 579
 580 6/1999
 581   Converted to GNU/Linux
 582   added MPI support via LAM library
 583
 584 1983-84
 585   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 586