ChangeLog

   1 May 8, 2000  Version 3.5.2
   2         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
   3
   4 May 5, 2000  Version 3.5.1
   5
   6         New Features:
   7
   8         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
   9         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  10         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  11         projection files are not incompatible with previous version of
  12         CTSim.
  13         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  14         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  15         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  16         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  17         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  18         divergent beam reconstructions.
  19         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  20         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  21         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  22         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  23         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  24         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  25         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  26         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  27         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  28         * plotfile: Added scattergram plot functions
  29         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  30         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  31         surfaces.
  32         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  33         to reconstructions.
  34         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  35         projection data files.
  36
  37         Bug Fixes:
  38
  39         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
  40         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  41         not being displayed on Unix platforms.
  42         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  43         image and projection files.
  44         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  45         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  46         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  47         image.
  48         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  49         * distribution: fixed problem with documentation files not
  50         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  51         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  52         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  53         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  54
  55 3.0.3 - Released 2/20/01
  56
  57         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  58
  59         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  60
  61         * ctsim: Fixed About box on Linux
  62
  63 3.0.2 - Released 2/20/01
  64
  65         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  66
  67         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  68         divergent projections into polar form.
  69
  70 3.0.1 - Released 2/19/01
  71
  72         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  73         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  74         of the dialog box.
  75
  76         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  77
  78         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  79         options changed.
  80
  81 3.0.0 - Released 2/19/01
  82
  83         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  84
  85         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  86
  87         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  88
  89         * ctsim: Improved accelerator key handling
  90
  91         * global: Added Hanning filter.
  92
  93         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  94         sensible output.
  95
  96 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
  97
  98         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
  99         registry storage between executions.
 100
 101         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 102
 103         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 104
 105         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 106
 107         * ctsim: Added graphical About box
 108
 109         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 110
 111         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 112
 113         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 114
 115         * ctsim: Online help added!
 116
 117         * backprojector: Added cubic interpolation
 118
 119         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 120
 121         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 122         reconstruction dialogs.
 123
 124         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 125
 126         * global: Projection files are not compatible with previous version
 127         due to new scanner definitions.
 128
 129         * global: deleted concept of field-of-view and added
 130           view ratio and scan ratio concepts.
 131
 132         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 133
 134         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 135
 136         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 137
 138         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 139
 140
 141 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 142
 143         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 144         procsignal.cpp
 145
 146         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 147         bug in parsing command-line parameters.
 148
 149         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 150         plotfiles
 151
 152         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 153
 154         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 155
 156         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 157         for frequency/inverse-fourier filtering
 158
 159 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 160
 161         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 162
 163         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 164         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 165
 166         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 167         for math tips]
 168
 169         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 170
 171         * ctsim: Added more analyze menuitems
 172
 173         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 174         through this master shell. Has both command-line and interactive
 175         interface
 176
 177         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 178
 179         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 180
 181         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 182
 183 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 184
 185         * ctsim: Added plotting of histograms
 186
 187         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 188
 189         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 190
 191 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 192
 193         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 194
 195         * ctsim: added generation of filter images
 196
 197         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 198
 199         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 200
 201         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 202
 203         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 204         text files suitable for reading.
 205
 206         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 207         when performing properties of images.
 208
 209         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 210         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 211         fourier.cpp
 212
 213         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 214         image math functions to complex-valued math.
 215
 216         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 217
 218 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 219
 220         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 221         and column plots and comparison plots
 222
 223         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 224
 225         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 226
 227         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 228         files.
 229
 230         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 231         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 232         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 233
 234         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 235         imagefile and plotfile classes.
 236
 237         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 238         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 239         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 240         images.
 241
 242         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 243         images.
 244
 245         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 246         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 247
 248         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 249         math functions
 250
 251         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 252
 253         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 254         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 255         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 256
 257         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 258         class.
 259
 260         * sgp: Added linestyle settings
 261
 262 2.5.0 - 12/18/00
 263    First Microsoft Windows GUI version
 264    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 265    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 266         when manually compiling phantoms that vary during projection
 267         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 268    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 269    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 270    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 271    Fixed display of plotting in Projection views
 272    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 273    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 274         "namespace using std" statements
 275    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 276    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 277
 278 2.0.6 - 12/03/00
 279    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 280    Updated README file
 281    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 282    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 283
 284 2.0.5 - 12/01/00
 285    Improved compilation on RedHat 7
 286    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 287    Removed README.RedHat7
 288
 289 2.0.4 - 11/25/00
 290    Added documentation for --geometry setting
 291    Added README.RedHat7 document
 292
 293 2.0.3 - 11/20/00
 294    Fixed bug in generation of binary PGM files
 295    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 296    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 297
 298 2.0.2 - 11/8/00
 299    Additions to man pages (Ian Kay)
 300    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 301
 302 2.0.1 - 10/1/00
 303    Fixed syntax error in fftw configuration
 304    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 305
 306 2.0.0 - 9/7/00
 307    Version 2.0.0 released!
 308    ctsim: Added Window menu to Main frame
 309    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 310    Fixed obscure bug in sys_error
 311    Fixed compilation in mingw environment not present
 312    Fixed compilation in non-graphical environments
 313
 314 2.0.0-b12 - 9/4/00
 315    ctsim: Added animation of reconstruction
 316    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 317    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 318    ctsim: used setpriority to set lower priority
 319    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 320    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 321
 322 2.0.0-b11 - 9/1/00
 323    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 324    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 325    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 326    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 327    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 328    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 329    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 330    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 331    Separated reconstruction into Reconstructor class
 332    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 333    Added --enable-static to generate statically linked programs
 334
 335 2.0.0-b10 - 8/25/00
 336    ctsim: Added animation of projection collection processs
 337    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 338    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 339    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 340    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 341    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 342    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 343    Fixed bug in backprojection selection
 344
 345 2.0.0-b9 - 8/22/00
 346    Added RCS Id strings to executable files
 347    Added RPM Spec file for RPM package creation
 348    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 349    Fixed compilation for non-SGP architectures
 350    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 351    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 352         inverse_fourier construction of filters
 353    Added median to statistics and to auto-windowing
 354
 355 2.0.0-b8 - 8/1/00
 356    Added line color support to SGP
 357    Fixed lineAbs bug
 358
 359 2.0.0-b7 - 7/25/00
 360    Finished support for dmallocxx library
 361    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 362    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 363         G2 windows and well as WXWindows.
 364    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 365    Fixed row-plot bug in if-2
 366    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 367
 368 2.0.0-b6 - 7/22/00
 369    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 370         and projection files
 371    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 372         and reconstruction parameters dialogs
 373    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 374    Completely reorganized option processing in classes to improve
 375         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 376
 377 2.0.0-b5 - 7/17/00
 378    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 379    Started ctsim.tex document file
 380
 381 2.0.0-b4 - 7/13/00
 382    Fixed compiler warnings at -Wall level
 383    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 384    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 385    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 386
 387 2.0.0-b3 - 7/10/00
 388    Added highly optimized backprojection method idiff3
 389    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 390    Fixed image display in if2img using G2 library
 391    Added column-plot and row-plot options to if-2
 392    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 393    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 394         backprojection method. Currently, this technique is still under
 395         development and debugging
 396    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 397
 398 2.0.0-b2 - 7/07/00
 399    Cleaned up SignalFilter class
 400    Added zeropad option to pjrec
 401    Added zeropad options to html and cgi files
 402    Added fourier_table and rfttw filter methods
 403    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 404
 405 2.0.0-b1 - 7/05/00
 406    Updated trace level processing
 407    Added trace level to SignalFilter
 408    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 409
 410 1.9.9 - 7/04/00
 411    Fixed const issue with ImageFileArray
 412    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 413    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 414    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 415    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 416    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 417         between convolution, dft, & fft filtering
 418    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 419    Added support for FFTW library
 420
 421 1.9.8 - 6/27/2000
 422    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 423    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 424    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 425    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 426    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 427    Added signature tag and creation date/time to projection files
 428
 429 1.9.7 - 6/25/2000
 430    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 431         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 432         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 433    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 434    Rewrote ImageFile class
 435    Started support for dmallocxx library, not finished
 436    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 437    Updated ifinfo to show comparative statistics
 438    Added printLabels() to Array2dFile class
 439    Added printStatistics() to ImageFile class
 440
 441 1.9.6 - 6/22/2000
 442    Moved conversion filter name/id to Filter class
 443    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 444    Added MPI broadcasting of strings
 445
 446 1.9.5 - 6/21/2000
 447    Merged proj_reconstr into class Projections
 448    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 449    Code cleanup in projections.cpp
 450    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 451
 452 1.9.4 - 6/20/2000
 453    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 454    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 455    Converted filter and convolution to object-oriented code
 456    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 457    Optimized image file writing on little-endian architectures
 458    Updated README and INSTALL
 459
 460 1.9.3 - 6/19/2000
 461    Reorganized source files
 462    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 463
 464 1.9.2 - 6/18/2000
 465    Reorganized include files
 466    Fixed const pointers in strfuncs
 467
 468 1.9.1 - 6/16/2000
 469    Renamed directories, moved source files, combined source files
 470    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 471    and libctgraphics)
 472
 473 1.9.0 - 6/15/2000
 474    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 475    Renamed Raysums to Projections throughout files
 476    Renamed Detector to Scanner
 477    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 478
 479 0.6.1 - 6/12/2000
 480    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 481    Converted Detector to Object-Oriented
 482
 483 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 484    Improved Integer backprojection method
 485         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 486         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 487    Finished converting all C files to C++
 488    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 489    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 490
 491 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 492    Converted MPI data structures to C++ object
 493    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 494
 495 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 496    First C++ conversions
 497    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 498         - Now all data files are cross-platform compatible
 499    Converted from MPI to MPI++
 500    Converted backprojection to object-oriented
 501    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 502
 503 0.5.4 - 6/4/2000
 504    Simpilifed endian handling
 505
 506 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 507    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 508    Removed broken B-spline interpolation
 509    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 510    Added support for 16-bit PNG graphics
 511
 512 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 513    Added compile-time configuration of endian order
 514
 515 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 516    Modified the raysum file format to be platform independent
 517
 518 0.5.3 - 5/11/2000
 519    Added Microsoft VC compatibility
 520    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 521
 522 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 523    Continued conversion to ANSI C
 524    Removed old CRT routines
 525
 526 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 527    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 528    Continued code cleanup
 529
 530 0.5.2-b3 - 4/30/200
 531     More code cleanup with reorganizing libraries
 532     Added --log and --exp to sdf-1
 533     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 534
 535 0.5.2-b2 - 4/30/200
 536     Continued code cleanup
 537
 538 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 539     Fixed a few MPI bugs
 540     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 541
 542 0.5.1 - 4/28/2000
 543     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 544     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 545
 546 0.5.0 - 4/27/2000
 547     First open source distribution for GNU/Linux
 548
 549 6/1999
 550   Converted to GNU/Linux
 551   added MPI support via LAM library
 552
 553 1983-84
 554   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 555