ChangeLog

   1 Jun 1, 2002  Version 3.5.4
   2         * Print version number in log window with About command
   3
   4         * Fix problem with captions not showing on some windows.
   5
   6         * Disable status bar on 3d views
   7
   8         * Fix bug in configure.ac that prevented using compiler
   9         optimizations.
  10
  11 May 29, 2002  Version 3.5.3
  12         * Added support for g++ 3.04 compiler
  13
  14 May 8, 2002  Version 3.5.2
  15         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
  16         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
  17
  18 May 5, 2002  Version 3.5.1
  19
  20         New Features:
  21
  22         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  23         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  24         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  25         projection files are not incompatible with previous version of
  26         CTSim.
  27         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  28         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  29         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  30         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  31         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  32         divergent beam reconstructions.
  33         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  34         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  35         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  36         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  37         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  38         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  39         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  40         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  41         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  42         * plotfile: Added scattergram plot functions
  43         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  44         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  45         surfaces.
  46         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  47         to reconstructions.
  48         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  49         projection data files.
  50
  51         Bug Fixes:
  52
  53         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
  54         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  55         not being displayed on Unix platforms.
  56         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  57         image and projection files.
  58         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  59         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  60         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  61         image.
  62         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  63         * distribution: fixed problem with documentation files not
  64         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  65         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  66         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  67         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  68
  69 3.0.3 - Released 2/20/01
  70
  71         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  72
  73         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  74
  75         * ctsim: Fixed About box on Linux
  76
  77 3.0.2 - Released 2/20/01
  78
  79         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  80
  81         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  82         divergent projections into polar form.
  83
  84 3.0.1 - Released 2/19/01
  85
  86         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  87         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  88         of the dialog box.
  89
  90         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  91
  92         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  93         options changed.
  94
  95 3.0.0 - Released 2/19/01
  96
  97         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  98
  99         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
 100
 101         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
 102
 103         * ctsim: Improved accelerator key handling
 104
 105         * global: Added Hanning filter.
 106
 107         * global: Improved default parameters to that all defaults give
 108         sensible output.
 109
 110 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
 111
 112         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 113         registry storage between executions.
 114
 115         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 116
 117         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 118
 119         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 120
 121         * ctsim: Added graphical About box
 122
 123         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 124
 125         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 126
 127         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 128
 129         * ctsim: Online help added!
 130
 131         * backprojector: Added cubic interpolation
 132
 133         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 134
 135         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 136         reconstruction dialogs.
 137
 138         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 139
 140         * global: Projection files are not compatible with previous version
 141         due to new scanner definitions.
 142
 143         * global: deleted concept of field-of-view and added
 144           view ratio and scan ratio concepts.
 145
 146         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 147
 148         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 149
 150         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 151
 152         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 153
 154
 155 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 156
 157         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 158         procsignal.cpp
 159
 160         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 161         bug in parsing command-line parameters.
 162
 163         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 164         plotfiles
 165
 166         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 167
 168         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 169
 170         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 171         for frequency/inverse-fourier filtering
 172
 173 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 174
 175         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 176
 177         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 178         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 179
 180         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 181         for math tips]
 182
 183         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 184
 185         * ctsim: Added more analyze menuitems
 186
 187         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 188         through this master shell. Has both command-line and interactive
 189         interface
 190
 191         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 192
 193         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 194
 195         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 196
 197 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 198
 199         * ctsim: Added plotting of histograms
 200
 201         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 202
 203         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 204
 205 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 206
 207         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 208
 209         * ctsim: added generation of filter images
 210
 211         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 212
 213         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 214
 215         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 216
 217         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 218         text files suitable for reading.
 219
 220         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 221         when performing properties of images.
 222
 223         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 224         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 225         fourier.cpp
 226
 227         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 228         image math functions to complex-valued math.
 229
 230         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 231
 232 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 233
 234         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 235         and column plots and comparison plots
 236
 237         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 238
 239         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 240
 241         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 242         files.
 243
 244         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 245         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 246         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 247
 248         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 249         imagefile and plotfile classes.
 250
 251         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 252         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 253         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 254         images.
 255
 256         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 257         images.
 258
 259         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 260         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 261
 262         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 263         math functions
 264
 265         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 266
 267         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 268         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 269         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 270
 271         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 272         class.
 273
 274         * sgp: Added linestyle settings
 275
 276 2.5.0 - 12/18/00
 277    First Microsoft Windows GUI version
 278    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 279    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 280         when manually compiling phantoms that vary during projection
 281         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 282    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 283    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 284    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 285    Fixed display of plotting in Projection views
 286    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 287    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 288         "namespace using std" statements
 289    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 290    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 291
 292 2.0.6 - 12/03/00
 293    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 294    Updated README file
 295    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 296    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 297
 298 2.0.5 - 12/01/00
 299    Improved compilation on RedHat 7
 300    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 301    Removed README.RedHat7
 302
 303 2.0.4 - 11/25/00
 304    Added documentation for --geometry setting
 305    Added README.RedHat7 document
 306
 307 2.0.3 - 11/20/00
 308    Fixed bug in generation of binary PGM files
 309    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 310    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 311
 312 2.0.2 - 11/8/00
 313    Additions to man pages (Ian Kay)
 314    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 315
 316 2.0.1 - 10/1/00
 317    Fixed syntax error in fftw configuration
 318    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 319
 320 2.0.0 - 9/7/00
 321    Version 2.0.0 released!
 322    ctsim: Added Window menu to Main frame
 323    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 324    Fixed obscure bug in sys_error
 325    Fixed compilation in mingw environment not present
 326    Fixed compilation in non-graphical environments
 327
 328 2.0.0-b12 - 9/4/00
 329    ctsim: Added animation of reconstruction
 330    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 331    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 332    ctsim: used setpriority to set lower priority
 333    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 334    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 335
 336 2.0.0-b11 - 9/1/00
 337    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 338    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 339    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 340    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 341    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 342    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 343    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 344    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 345    Separated reconstruction into Reconstructor class
 346    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 347    Added --enable-static to generate statically linked programs
 348
 349 2.0.0-b10 - 8/25/00
 350    ctsim: Added animation of projection collection processs
 351    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 352    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 353    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 354    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 355    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 356    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 357    Fixed bug in backprojection selection
 358
 359 2.0.0-b9 - 8/22/00
 360    Added RCS Id strings to executable files
 361    Added RPM Spec file for RPM package creation
 362    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 363    Fixed compilation for non-SGP architectures
 364    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 365    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 366         inverse_fourier construction of filters
 367    Added median to statistics and to auto-windowing
 368
 369 2.0.0-b8 - 8/1/00
 370    Added line color support to SGP
 371    Fixed lineAbs bug
 372
 373 2.0.0-b7 - 7/25/00
 374    Finished support for dmallocxx library
 375    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 376    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 377         G2 windows and well as WXWindows.
 378    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 379    Fixed row-plot bug in if-2
 380    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 381
 382 2.0.0-b6 - 7/22/00
 383    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 384         and projection files
 385    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 386         and reconstruction parameters dialogs
 387    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 388    Completely reorganized option processing in classes to improve
 389         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 390
 391 2.0.0-b5 - 7/17/00
 392    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 393    Started ctsim.tex document file
 394
 395 2.0.0-b4 - 7/13/00
 396    Fixed compiler warnings at -Wall level
 397    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 398    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 399    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 400
 401 2.0.0-b3 - 7/10/00
 402    Added highly optimized backprojection method idiff3
 403    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 404    Fixed image display in if2img using G2 library
 405    Added column-plot and row-plot options to if-2
 406    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 407    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 408         backprojection method. Currently, this technique is still under
 409         development and debugging
 410    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 411
 412 2.0.0-b2 - 7/07/00
 413    Cleaned up SignalFilter class
 414    Added zeropad option to pjrec
 415    Added zeropad options to html and cgi files
 416    Added fourier_table and rfttw filter methods
 417    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 418
 419 2.0.0-b1 - 7/05/00
 420    Updated trace level processing
 421    Added trace level to SignalFilter
 422    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 423
 424 1.9.9 - 7/04/00
 425    Fixed const issue with ImageFileArray
 426    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 427    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 428    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 429    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 430    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 431         between convolution, dft, & fft filtering
 432    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 433    Added support for FFTW library
 434
 435 1.9.8 - 6/27/2000
 436    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 437    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 438    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 439    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 440    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 441    Added signature tag and creation date/time to projection files
 442
 443 1.9.7 - 6/25/2000
 444    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 445         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 446         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 447    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 448    Rewrote ImageFile class
 449    Started support for dmallocxx library, not finished
 450    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 451    Updated ifinfo to show comparative statistics
 452    Added printLabels() to Array2dFile class
 453    Added printStatistics() to ImageFile class
 454
 455 1.9.6 - 6/22/2000
 456    Moved conversion filter name/id to Filter class
 457    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 458    Added MPI broadcasting of strings
 459
 460 1.9.5 - 6/21/2000
 461    Merged proj_reconstr into class Projections
 462    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 463    Code cleanup in projections.cpp
 464    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 465
 466 1.9.4 - 6/20/2000
 467    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 468    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 469    Converted filter and convolution to object-oriented code
 470    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 471    Optimized image file writing on little-endian architectures
 472    Updated README and INSTALL
 473
 474 1.9.3 - 6/19/2000
 475    Reorganized source files
 476    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 477
 478 1.9.2 - 6/18/2000
 479    Reorganized include files
 480    Fixed const pointers in strfuncs
 481
 482 1.9.1 - 6/16/2000
 483    Renamed directories, moved source files, combined source files
 484    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 485    and libctgraphics)
 486
 487 1.9.0 - 6/15/2000
 488    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 489    Renamed Raysums to Projections throughout files
 490    Renamed Detector to Scanner
 491    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 492
 493 0.6.1 - 6/12/2000
 494    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 495    Converted Detector to Object-Oriented
 496
 497 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 498    Improved Integer backprojection method
 499         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 500         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 501    Finished converting all C files to C++
 502    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 503    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 504
 505 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 506    Converted MPI data structures to C++ object
 507    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 508
 509 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 510    First C++ conversions
 511    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 512         - Now all data files are cross-platform compatible
 513    Converted from MPI to MPI++
 514    Converted backprojection to object-oriented
 515    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 516
 517 0.5.4 - 6/4/2000
 518    Simpilifed endian handling
 519
 520 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 521    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 522    Removed broken B-spline interpolation
 523    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 524    Added support for 16-bit PNG graphics
 525
 526 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 527    Added compile-time configuration of endian order
 528
 529 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 530    Modified the raysum file format to be platform independent
 531
 532 0.5.3 - 5/11/2000
 533    Added Microsoft VC compatibility
 534    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 535
 536 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 537    Continued conversion to ANSI C
 538    Removed old CRT routines
 539
 540 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 541    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 542    Continued code cleanup
 543
 544 0.5.2-b3 - 4/30/200
 545     More code cleanup with reorganizing libraries
 546     Added --log and --exp to sdf-1
 547     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 548
 549 0.5.2-b2 - 4/30/200
 550     Continued code cleanup
 551
 552 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 553     Fixed a few MPI bugs
 554     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 555
 556 0.5.1 - 4/28/2000
 557     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 558     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 559
 560 0.5.0 - 4/27/2000
 561     First open source distribution for GNU/Linux
 562
 563 6/1999
 564   Converted to GNU/Linux
 565   added MPI support via LAM library
 566
 567 1983-84
 568   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 569