ChangeLog

   1 Jul 1, 2002  Version 3.5.5
   2
   3         * Fix printing of version number
   4
   5         * Minor bug fixes
   6
   7         * Updated Win32 compatibility
   8
   9 Jun 8, 2002  Version 3.5.4
  10
  11         * Print version number in log window with About command
  12
  13         * Fix problem with captions not showing on some windows. Reworked
  14         creation of new windows.
  15
  16         * Disabled status bar on 3d views
  17
  18         * Fix bug in configure.ac that prevented using compiler
  19         optimizations.
  20
  21         * Updated About splash screen
  22
  23 May 29, 2002  Version 3.5.3
  24         * Added support for g++ 3.04 compiler
  25
  26 May 8, 2002  Version 3.5.2
  27         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
  28         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
  29
  30 May 5, 2002  Version 3.5.1
  31
  32         New Features:
  33
  34         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  35         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  36         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  37         projection files are not incompatible with previous version of
  38         CTSim.
  39         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  40         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  41         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  42         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  43         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  44         divergent beam reconstructions.
  45         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  46         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  47         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  48         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  49         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  50         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  51         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  52         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  53         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  54         * plotfile: Added scattergram plot functions
  55         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  56         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  57         surfaces.
  58         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  59         to reconstructions.
  60         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  61         projection data files.
  62
  63         Bug Fixes:
  64
  65         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
  66         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  67         not being displayed on Unix platforms.
  68         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  69         image and projection files.
  70         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  71         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  72         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  73         image.
  74         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  75         * distribution: fixed problem with documentation files not
  76         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  77         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  78         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  79         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  80
  81 3.0.3 - Released 2/20/01
  82
  83         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  84
  85         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  86
  87         * ctsim: Fixed About box on Linux
  88
  89 3.0.2 - Released 2/20/01
  90
  91         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  92
  93         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  94         divergent projections into polar form.
  95
  96 3.0.1 - Released 2/19/01
  97
  98         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  99         rotation angle setting will stay fixed in-between use
 100         of the dialog box.
 101
 102         * syserror: Fixed display bug for trace messages
 103
 104         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
 105         options changed.
 106
 107 3.0.0 - Released 2/19/01
 108
 109         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
 110
 111         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
 112
 113         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
 114
 115         * ctsim: Improved accelerator key handling
 116
 117         * global: Added Hanning filter.
 118
 119         * global: Improved default parameters to that all defaults give
 120         sensible output.
 121
 122 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
 123
 124         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 125         registry storage between executions.
 126
 127         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 128
 129         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 130
 131         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 132
 133         * ctsim: Added graphical About box
 134
 135         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 136
 137         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 138
 139         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 140
 141         * ctsim: Online help added!
 142
 143         * backprojector: Added cubic interpolation
 144
 145         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 146
 147         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 148         reconstruction dialogs.
 149
 150         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 151
 152         * global: Projection files are not compatible with previous version
 153         due to new scanner definitions.
 154
 155         * global: deleted concept of field-of-view and added
 156           view ratio and scan ratio concepts.
 157
 158         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 159
 160         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 161
 162         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 163
 164         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 165
 166
 167 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 168
 169         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 170         procsignal.cpp
 171
 172         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 173         bug in parsing command-line parameters.
 174
 175         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 176         plotfiles
 177
 178         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 179
 180         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 181
 182         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 183         for frequency/inverse-fourier filtering
 184
 185 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 186
 187         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 188
 189         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 190         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 191
 192         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 193         for math tips]
 194
 195         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 196
 197         * ctsim: Added more analyze menuitems
 198
 199         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 200         through this master shell. Has both command-line and interactive
 201         interface
 202
 203         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 204
 205         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 206
 207         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 208
 209 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 210
 211         * ctsim: Added plotting of histograms
 212
 213         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 214
 215         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 216
 217 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 218
 219         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 220
 221         * ctsim: added generation of filter images
 222
 223         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 224
 225         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 226
 227         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 228
 229         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 230         text files suitable for reading.
 231
 232         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 233         when performing properties of images.
 234
 235         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 236         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 237         fourier.cpp
 238
 239         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 240         image math functions to complex-valued math.
 241
 242         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 243
 244 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 245
 246         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 247         and column plots and comparison plots
 248
 249         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 250
 251         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 252
 253         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 254         files.
 255
 256         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 257         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 258         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 259
 260         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 261         imagefile and plotfile classes.
 262
 263         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 264         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 265         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 266         images.
 267
 268         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 269         images.
 270
 271         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 272         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 273
 274         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 275         math functions
 276
 277         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 278
 279         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 280         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 281         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 282
 283         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 284         class.
 285
 286         * sgp: Added linestyle settings
 287
 288 2.5.0 - 12/18/00
 289    First Microsoft Windows GUI version
 290    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 291    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 292         when manually compiling phantoms that vary during projection
 293         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 294    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 295    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 296    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 297    Fixed display of plotting in Projection views
 298    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 299    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 300         "namespace using std" statements
 301    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 302    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 303
 304 2.0.6 - 12/03/00
 305    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 306    Updated README file
 307    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 308    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 309
 310 2.0.5 - 12/01/00
 311    Improved compilation on RedHat 7
 312    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 313    Removed README.RedHat7
 314
 315 2.0.4 - 11/25/00
 316    Added documentation for --geometry setting
 317    Added README.RedHat7 document
 318
 319 2.0.3 - 11/20/00
 320    Fixed bug in generation of binary PGM files
 321    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 322    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 323
 324 2.0.2 - 11/8/00
 325    Additions to man pages (Ian Kay)
 326    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 327
 328 2.0.1 - 10/1/00
 329    Fixed syntax error in fftw configuration
 330    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 331
 332 2.0.0 - 9/7/00
 333    Version 2.0.0 released!
 334    ctsim: Added Window menu to Main frame
 335    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 336    Fixed obscure bug in sys_error
 337    Fixed compilation in mingw environment not present
 338    Fixed compilation in non-graphical environments
 339
 340 2.0.0-b12 - 9/4/00
 341    ctsim: Added animation of reconstruction
 342    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 343    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 344    ctsim: used setpriority to set lower priority
 345    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 346    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 347
 348 2.0.0-b11 - 9/1/00
 349    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 350    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 351    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 352    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 353    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 354    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 355    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 356    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 357    Separated reconstruction into Reconstructor class
 358    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 359    Added --enable-static to generate statically linked programs
 360
 361 2.0.0-b10 - 8/25/00
 362    ctsim: Added animation of projection collection processs
 363    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 364    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 365    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 366    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 367    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 368    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 369    Fixed bug in backprojection selection
 370
 371 2.0.0-b9 - 8/22/00
 372    Added RCS Id strings to executable files
 373    Added RPM Spec file for RPM package creation
 374    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 375    Fixed compilation for non-SGP architectures
 376    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 377    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 378         inverse_fourier construction of filters
 379    Added median to statistics and to auto-windowing
 380
 381 2.0.0-b8 - 8/1/00
 382    Added line color support to SGP
 383    Fixed lineAbs bug
 384
 385 2.0.0-b7 - 7/25/00
 386    Finished support for dmallocxx library
 387    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 388    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 389         G2 windows and well as WXWindows.
 390    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 391    Fixed row-plot bug in if-2
 392    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 393
 394 2.0.0-b6 - 7/22/00
 395    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 396         and projection files
 397    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 398         and reconstruction parameters dialogs
 399    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 400    Completely reorganized option processing in classes to improve
 401         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 402
 403 2.0.0-b5 - 7/17/00
 404    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 405    Started ctsim.tex document file
 406
 407 2.0.0-b4 - 7/13/00
 408    Fixed compiler warnings at -Wall level
 409    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 410    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 411    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 412
 413 2.0.0-b3 - 7/10/00
 414    Added highly optimized backprojection method idiff3
 415    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 416    Fixed image display in if2img using G2 library
 417    Added column-plot and row-plot options to if-2
 418    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 419    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 420         backprojection method. Currently, this technique is still under
 421         development and debugging
 422    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 423
 424 2.0.0-b2 - 7/07/00
 425    Cleaned up SignalFilter class
 426    Added zeropad option to pjrec
 427    Added zeropad options to html and cgi files
 428    Added fourier_table and rfttw filter methods
 429    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 430
 431 2.0.0-b1 - 7/05/00
 432    Updated trace level processing
 433    Added trace level to SignalFilter
 434    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 435
 436 1.9.9 - 7/04/00
 437    Fixed const issue with ImageFileArray
 438    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 439    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 440    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 441    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 442    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 443         between convolution, dft, & fft filtering
 444    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 445    Added support for FFTW library
 446
 447 1.9.8 - 6/27/2000
 448    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 449    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 450    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 451    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 452    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 453    Added signature tag and creation date/time to projection files
 454
 455 1.9.7 - 6/25/2000
 456    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 457         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 458         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 459    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 460    Rewrote ImageFile class
 461    Started support for dmallocxx library, not finished
 462    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 463    Updated ifinfo to show comparative statistics
 464    Added printLabels() to Array2dFile class
 465    Added printStatistics() to ImageFile class
 466
 467 1.9.6 - 6/22/2000
 468    Moved conversion filter name/id to Filter class
 469    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 470    Added MPI broadcasting of strings
 471
 472 1.9.5 - 6/21/2000
 473    Merged proj_reconstr into class Projections
 474    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 475    Code cleanup in projections.cpp
 476    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 477
 478 1.9.4 - 6/20/2000
 479    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 480    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 481    Converted filter and convolution to object-oriented code
 482    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 483    Optimized image file writing on little-endian architectures
 484    Updated README and INSTALL
 485
 486 1.9.3 - 6/19/2000
 487    Reorganized source files
 488    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 489
 490 1.9.2 - 6/18/2000
 491    Reorganized include files
 492    Fixed const pointers in strfuncs
 493
 494 1.9.1 - 6/16/2000
 495    Renamed directories, moved source files, combined source files
 496    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 497    and libctgraphics)
 498
 499 1.9.0 - 6/15/2000
 500    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 501    Renamed Raysums to Projections throughout files
 502    Renamed Detector to Scanner
 503    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 504
 505 0.6.1 - 6/12/2000
 506    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 507    Converted Detector to Object-Oriented
 508
 509 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 510    Improved Integer backprojection method
 511         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 512         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 513    Finished converting all C files to C++
 514    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 515    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 516
 517 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 518    Converted MPI data structures to C++ object
 519    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 520
 521 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 522    First C++ conversions
 523    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 524         - Now all data files are cross-platform compatible
 525    Converted from MPI to MPI++
 526    Converted backprojection to object-oriented
 527    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 528
 529 0.5.4 - 6/4/2000
 530    Simpilifed endian handling
 531
 532 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 533    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 534    Removed broken B-spline interpolation
 535    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 536    Added support for 16-bit PNG graphics
 537
 538 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 539    Added compile-time configuration of endian order
 540
 541 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 542    Modified the raysum file format to be platform independent
 543
 544 0.5.3 - 5/11/2000
 545    Added Microsoft VC compatibility
 546    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 547
 548 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 549    Continued conversion to ANSI C
 550    Removed old CRT routines
 551
 552 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 553    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 554    Continued code cleanup
 555
 556 0.5.2-b3 - 4/30/200
 557     More code cleanup with reorganizing libraries
 558     Added --log and --exp to sdf-1
 559     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 560
 561 0.5.2-b2 - 4/30/200
 562     Continued code cleanup
 563
 564 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 565     Fixed a few MPI bugs
 566     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 567
 568 0.5.1 - 4/28/2000
 569     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 570     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 571
 572 0.5.0 - 4/27/2000
 573     First open source distribution for GNU/Linux
 574
 575 6/1999
 576   Converted to GNU/Linux
 577   added MPI support via LAM library
 578
 579 1983-84
 580   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 581