ChangeLog

   1 3.5.0 - Released 2//01
   2
   3         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
   4
   5         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
   6         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
   7         projection files are not incompatible with previous version of
   8         CTSim.
   9
  10         * ctsim: Added generic threaded tasks and background manager for
  11         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  12         on SMP systems.
  13
  14         * ctsim: Added PPM/PGM and PNG file import to imagefile.
  15
  16         * ctsim: Added import of DICOM grayscale files.
  17
  18         * ctsim: Added imagefile export to DICOM files.
  19
  20         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  21
  22         * ctsim: Added background and SMP processing for reconstructions.
  23
  24         * ctsim: Added background and SMP processing for scanning.
  25
  26         * ctsim: Added background and SMP processing for rasterization.
  27
  28         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  29         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  30
  31         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  32
  33         * views.cpp: Added out of memory checks to display for huge
  34         image and projection files.
  35
  36         * distribution: fixed problem with documentation files not
  37         being included with the distribution [Reported by Ian Kay].
  38
  39 3.0.3 - Released 2/20/01
  40
  41         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  42
  43         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  44
  45         * ctsim: Fixed About box on Linux
  46
  47 3.0.2 - Released 2/20/01
  48
  49         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  50
  51         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  52         divergent projections into polar form.
  53
  54 3.0.1 - Released 2/19/01
  55
  56         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  57         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  58         of the dialog box.
  59
  60         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  61
  62         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  63         options changed.
  64
  65 3.0.0 - Released 2/19/01
  66
  67         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  68
  69         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  70
  71         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  72
  73         * ctsim: Improved accelerator key handling
  74
  75         * global: Added Hanning filter.
  76
  77         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  78         sensible output.
  79
  80 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
  81
  82         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
  83         registry storage between executions.
  84
  85         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
  86
  87         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
  88
  89         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
  90
  91         * ctsim: Added graphical About box
  92
  93         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
  94
  95         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
  96
  97         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
  98
  99         * ctsim: Online help added!
 100
 101         * backprojector: Added cubic interpolation
 102
 103         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 104
 105         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 106         reconstruction dialogs.
 107
 108         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 109
 110         * global: Projection files are not compatible with previous version
 111         due to new scanner definitions.
 112
 113         * global: deleted concept of field-of-view and added
 114           view ratio and scan ratio concepts.
 115
 116         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 117
 118         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 119
 120         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 121
 122         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 123
 124
 125 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 126
 127         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 128         procsignal.cpp
 129
 130         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 131         bug in parsing command-line parameters.
 132
 133         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 134         plotfiles
 135
 136         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 137
 138         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 139
 140         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 141         for frequency/inverse-fourier filtering
 142
 143 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 144
 145         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 146
 147         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 148         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 149
 150         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 151         for math tips]
 152
 153         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 154
 155         * ctsim: Added more analyze menuitems
 156
 157         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 158         through this master shell. Has both command-line and interactive
 159         interface
 160
 161         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 162
 163         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 164
 165         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 166
 167 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 168
 169         * ctsim: Added plotting of histograms
 170
 171         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 172
 173         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 174
 175 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 176
 177         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 178
 179         * ctsim: added generation of filter images
 180
 181         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 182
 183         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 184
 185         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 186
 187         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 188         text files suitable for reading.
 189
 190         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 191         when performing properties of images.
 192
 193         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 194         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 195         fourier.cpp
 196
 197         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 198         image math functions to complex-valued math.
 199
 200         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 201
 202 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 203
 204         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 205         and column plots and comparison plots
 206
 207         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 208
 209         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 210
 211         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 212         files.
 213
 214         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 215         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 216         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 217
 218         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 219         imagefile and plotfile classes.
 220
 221         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 222         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 223         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 224         images.
 225
 226         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 227         images.
 228
 229         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 230         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 231
 232         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 233         math functions
 234
 235         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 236
 237         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 238         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 239         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 240
 241         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 242         class.
 243
 244         * sgp: Added linestyle settings
 245
 246 2.5.0 - 12/18/00
 247    First Microsoft Windows GUI version
 248    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 249    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 250         when manually compiling phantoms that vary during projection
 251         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 252    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 253    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 254    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 255    Fixed display of plotting in Projection views
 256    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 257    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 258         "namespace using std" statements
 259    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 260    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 261
 262 2.0.6 - 12/03/00
 263    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 264    Updated README file
 265    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 266    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 267
 268 2.0.5 - 12/01/00
 269    Improved compilation on RedHat 7
 270    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 271    Removed README.RedHat7
 272
 273 2.0.4 - 11/25/00
 274    Added documentation for --geometry setting
 275    Added README.RedHat7 document
 276
 277 2.0.3 - 11/20/00
 278    Fixed bug in generation of binary PGM files
 279    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 280    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 281
 282 2.0.2 - 11/8/00
 283    Additions to man pages (Ian Kay)
 284    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 285
 286 2.0.1 - 10/1/00
 287    Fixed syntax error in fftw configuration
 288    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 289
 290 2.0.0 - 9/7/00
 291    Version 2.0.0 released!
 292    ctsim: Added Window menu to Main frame
 293    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 294    Fixed obscure bug in sys_error
 295    Fixed compilation in mingw environment not present
 296    Fixed compilation in non-graphical environments
 297
 298 2.0.0-b12 - 9/4/00
 299    ctsim: Added animation of reconstruction
 300    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 301    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 302    ctsim: used setpriority to set lower priority
 303    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 304    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 305
 306 2.0.0-b11 - 9/1/00
 307    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 308    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 309    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 310    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 311    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 312    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 313    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 314    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 315    Separated reconstruction into Reconstructor class
 316    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 317    Added --enable-static to generate statically linked programs
 318
 319 2.0.0-b10 - 8/25/00
 320    ctsim: Added animation of projection collection processs
 321    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 322    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 323    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 324    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 325    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 326    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 327    Fixed bug in backprojection selection
 328
 329 2.0.0-b9 - 8/22/00
 330    Added RCS Id strings to executable files
 331    Added RPM Spec file for RPM package creation
 332    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 333    Fixed compilation for non-SGP architectures
 334    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 335    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 336         inverse_fourier construction of filters
 337    Added median to statistics and to auto-windowing
 338
 339 2.0.0-b8 - 8/1/00
 340    Added line color support to SGP
 341    Fixed lineAbs bug
 342
 343 2.0.0-b7 - 7/25/00
 344    Finished support for dmallocxx library
 345    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 346    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 347         G2 windows and well as WXWindows.
 348    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 349    Fixed row-plot bug in if-2
 350    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 351
 352 2.0.0-b6 - 7/22/00
 353    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 354         and projection files
 355    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 356         and reconstruction parameters dialogs
 357    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 358    Completely reorganized option processing in classes to improve
 359         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 360
 361 2.0.0-b5 - 7/17/00
 362    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 363    Started ctsim.tex document file
 364
 365 2.0.0-b4 - 7/13/00
 366    Fixed compiler warnings at -Wall level
 367    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 368    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 369    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 370
 371 2.0.0-b3 - 7/10/00
 372    Added highly optimized backprojection method idiff3
 373    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 374    Fixed image display in if2img using G2 library
 375    Added column-plot and row-plot options to if-2
 376    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 377    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 378         backprojection method. Currently, this technique is still under
 379         development and debugging
 380    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 381
 382 2.0.0-b2 - 7/07/00
 383    Cleaned up SignalFilter class
 384    Added zeropad option to pjrec
 385    Added zeropad options to html and cgi files
 386    Added fourier_table and rfttw filter methods
 387    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 388
 389 2.0.0-b1 - 7/05/00
 390    Updated trace level processing
 391    Added trace level to SignalFilter
 392    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 393
 394 1.9.9 - 7/04/00
 395    Fixed const issue with ImageFileArray
 396    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 397    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 398    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 399    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 400    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 401         between convolution, dft, & fft filtering
 402    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 403    Added support for FFTW library
 404
 405 1.9.8 - 6/27/2000
 406    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 407    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 408    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 409    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 410    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 411    Added signature tag and creation date/time to projection files
 412
 413 1.9.7 - 6/25/2000
 414    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 415         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 416         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 417    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 418    Rewrote ImageFile class
 419    Started support for dmallocxx library, not finished
 420    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 421    Updated ifinfo to show comparative statistics
 422    Added printLabels() to Array2dFile class
 423    Added printStatistics() to ImageFile class
 424
 425 1.9.6 - 6/22/2000
 426    Moved conversion filter name/id to Filter class
 427    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 428    Added MPI broadcasting of strings
 429
 430 1.9.5 - 6/21/2000
 431    Merged proj_reconstr into class Projections
 432    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 433    Code cleanup in projections.cpp
 434    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 435
 436 1.9.4 - 6/20/2000
 437    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 438    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 439    Converted filter and convolution to object-oriented code
 440    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 441    Optimized image file writing on little-endian architectures
 442    Updated README and INSTALL
 443
 444 1.9.3 - 6/19/2000
 445    Reorganized source files
 446    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 447
 448 1.9.2 - 6/18/2000
 449    Reorganized include files
 450    Fixed const pointers in strfuncs
 451
 452 1.9.1 - 6/16/2000
 453    Renamed directories, moved source files, combined source files
 454    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 455    and libctgraphics)
 456
 457 1.9.0 - 6/15/2000
 458    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 459    Renamed Raysums to Projections throughout files
 460    Renamed Detector to Scanner
 461    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 462
 463 0.6.1 - 6/12/2000
 464    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 465    Converted Detector to Object-Oriented
 466
 467 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 468    Improved Integer backprojection method
 469         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 470         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 471    Finished converting all C files to C++
 472    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 473    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 474
 475 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 476    Converted MPI data structures to C++ object
 477    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 478
 479 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 480    First C++ conversions
 481    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 482         - Now all data files are cross-platform compatible
 483    Converted from MPI to MPI++
 484    Converted backprojection to object-oriented
 485    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 486
 487 0.5.4 - 6/4/2000
 488    Simpilifed endian handling
 489
 490 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 491    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 492    Removed broken B-spline interpolation
 493    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 494    Added support for 16-bit PNG graphics
 495
 496 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 497    Added compile-time configuration of endian order
 498
 499 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 500    Modified the raysum file format to be platform independent
 501
 502 0.5.3 - 5/11/2000
 503    Added Microsoft VC compatibility
 504    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 505
 506 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 507    Continued conversion to ANSI C
 508    Removed old CRT routines
 509
 510 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 511    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 512    Continued code cleanup
 513
 514 0.5.2-b3 - 4/30/200
 515     More code cleanup with reorganizing libraries
 516     Added --log and --exp to sdf-1
 517     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 518
 519 0.5.2-b2 - 4/30/200
 520     Continued code cleanup
 521
 522 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 523     Fixed a few MPI bugs
 524     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 525
 526 0.5.1 - 4/28/2000
 527     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 528     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 529
 530 0.5.0 - 4/27/2000
 531     First open source distribution for GNU/Linux
 532
 533 6/1999
 534   Converted to GNU/Linux
 535   added MPI support via LAM library
 536
 537 1983-84
 538   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 539