ChangeLog

   1 Oct 5, 2003  Version 4.3.0
   2
   3         * Ported to incompatible FFTW3 library. CTSim will no longer compile or run with FFTW2.
   4         * Save FFTW3 in $HOME/.fftw3-wisdom on platforms where getenv function is available
   5
   6 Oct 3, 2003  Version 4.2.7
   7
   8         * Add support for building on RedHat AMD64
   9
  10 Sep 30, 2003  Version 4.2.7
  11
  12         * Fix minor issue with floating point difference backprojection, add
  13         optimization
  14
  15         * Fix building with newest versions of automake 1.7
  16
  17         * Add support for 8-byte longs [for example, Athlon64] in
  18         integer difference backprojection allowing for 64-bit integer
  19         math.
  20
  21 Mar 22, 2003  Version 4.2.3
  22
  23         * Added Fourier reconstruction method
  24
  25         * Support gcc 3.2, wxWindows 2.4, and MacOS X
  26
  27         * Fix polar interpolation
  28
  29 Jun 26, 2002  Version 3.5.6
  30
  31         * Fix minor color PNG image importing bug
  32
  33         * Bug fix for building on Debian alpha platform
  34
  35         * Fix g++ compilation warnings
  36
  37 Jun 13, 2002  Version 3.5.5
  38
  39         * Fix printing of version number
  40
  41         * Minor bug fixes
  42
  43         * Updated Win32 compatibility
  44
  45 Jun 8, 2002  Version 3.5.4
  46
  47         * Print version number in log window with About command
  48
  49         * Fix problem with captions not showing on some windows. Reworked
  50         creation of new windows.
  51
  52         * Disabled status bar on 3d views
  53
  54         * Fix bug in configure.ac that prevented using compiler
  55         optimizations.
  56
  57         * Updated About splash screen
  58
  59 May 29, 2002  Version 3.5.3
  60         * Added support for g++ 3.04 compiler
  61
  62 May 8, 2002  Version 3.5.2
  63         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
  64         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
  65
  66 May 5, 2002  Version 3.5.1
  67
  68         New Features:
  69
  70         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  71         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  72         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  73         projection files are not incompatible with previous version of
  74         CTSim.
  75         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  76         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  77         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  78         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  79         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  80         divergent beam reconstructions.
  81         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  82         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  83         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  84         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  85         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  86         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  87         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  88         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  89         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  90         * plotfile: Added scattergram plot functions
  91         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  92         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  93         surfaces.
  94         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  95         to reconstructions.
  96         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  97         projection data files.
  98
  99         Bug Fixes:
 100
 101         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
 102         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
 103         not being displayed on Unix platforms.
 104         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
 105         image and projection files.
 106         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
 107         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
 108         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
 109         image.
 110         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
 111         * distribution: fixed problem with documentation files not
 112         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
 113         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
 114         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
 115         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
 116
 117 3.0.3 - Released 2/20/01
 118
 119         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
 120
 121         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
 122
 123         * ctsim: Fixed About box on Linux
 124
 125 3.0.2 - Released 2/20/01
 126
 127         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
 128
 129         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
 130         divergent projections into polar form.
 131
 132 3.0.1 - Released 2/19/01
 133
 134         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
 135         rotation angle setting will stay fixed in-between use
 136         of the dialog box.
 137
 138         * syserror: Fixed display bug for trace messages
 139
 140         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
 141         options changed.
 142
 143 3.0.0 - Released 2/19/01
 144
 145         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
 146
 147         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
 148
 149         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
 150
 151         * ctsim: Improved accelerator key handling
 152
 153         * global: Added Hanning filter.
 154
 155         * global: Improved default parameters to that all defaults give
 156         sensible output.
 157
 158 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
 159
 160         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 161         registry storage between executions.
 162
 163         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 164
 165         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 166
 167         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 168
 169         * ctsim: Added graphical About box
 170
 171         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 172
 173         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 174
 175         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 176
 177         * ctsim: Online help added!
 178
 179         * backprojector: Added cubic interpolation
 180
 181         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 182
 183         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 184         reconstruction dialogs.
 185
 186         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 187
 188         * global: Projection files are not compatible with previous version
 189         due to new scanner definitions.
 190
 191         * global: deleted concept of field-of-view and added
 192           view ratio and scan ratio concepts.
 193
 194         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 195
 196         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 197
 198         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 199
 200         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 201
 202
 203 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 204
 205         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 206         procsignal.cpp
 207
 208         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 209         bug in parsing command-line parameters.
 210
 211         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 212         plotfiles
 213
 214         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 215
 216         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 217
 218         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 219         for frequency/inverse-fourier filtering
 220
 221 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 222
 223         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 224
 225         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 226         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 227
 228         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 229         for math tips]
 230
 231         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 232
 233         * ctsim: Added more analyze menuitems
 234
 235         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 236         through this master shell. Has both command-line and interactive
 237         interface
 238
 239         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 240
 241         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 242
 243         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 244
 245 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 246
 247         * ctsim: Added plotting of histograms
 248
 249         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 250
 251         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 252
 253 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 254
 255         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 256
 257         * ctsim: added generation of filter images
 258
 259         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 260
 261         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 262
 263         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 264
 265         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 266         text files suitable for reading.
 267
 268         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 269         when performing properties of images.
 270
 271         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 272         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 273         fourier.cpp
 274
 275         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 276         image math functions to complex-valued math.
 277
 278         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 279
 280 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 281
 282         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 283         and column plots and comparison plots
 284
 285         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 286
 287         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 288
 289         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 290         files.
 291
 292         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 293         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 294         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 295
 296         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 297         imagefile and plotfile classes.
 298
 299         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 300         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 301         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 302         images.
 303
 304         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 305         images.
 306
 307         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 308         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 309
 310         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 311         math functions
 312
 313         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 314
 315         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 316         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 317         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 318
 319         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 320         class.
 321
 322         * sgp: Added linestyle settings
 323
 324 2.5.0 - 12/18/00
 325    First Microsoft Windows GUI version
 326    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 327    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 328         when manually compiling phantoms that vary during projection
 329         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 330    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 331    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 332    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 333    Fixed display of plotting in Projection views
 334    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 335    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 336         "namespace using std" statements
 337    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 338    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 339
 340 2.0.6 - 12/03/00
 341    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 342    Updated README file
 343    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 344    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 345
 346 2.0.5 - 12/01/00
 347    Improved compilation on RedHat 7
 348    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 349    Removed README.RedHat7
 350
 351 2.0.4 - 11/25/00
 352    Added documentation for --geometry setting
 353    Added README.RedHat7 document
 354
 355 2.0.3 - 11/20/00
 356    Fixed bug in generation of binary PGM files
 357    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 358    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 359
 360 2.0.2 - 11/8/00
 361    Additions to man pages (Ian Kay)
 362    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 363
 364 2.0.1 - 10/1/00
 365    Fixed syntax error in fftw configuration
 366    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 367
 368 2.0.0 - 9/7/00
 369    Version 2.0.0 released!
 370    ctsim: Added Window menu to Main frame
 371    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 372    Fixed obscure bug in sys_error
 373    Fixed compilation in mingw environment not present
 374    Fixed compilation in non-graphical environments
 375
 376 2.0.0-b12 - 9/4/00
 377    ctsim: Added animation of reconstruction
 378    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 379    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 380    ctsim: used setpriority to set lower priority
 381    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 382    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 383
 384 2.0.0-b11 - 9/1/00
 385    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 386    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 387    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 388    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 389    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 390    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 391    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 392    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 393    Separated reconstruction into Reconstructor class
 394    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 395    Added --enable-static to generate statically linked programs
 396
 397 2.0.0-b10 - 8/25/00
 398    ctsim: Added animation of projection collection processs
 399    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 400    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 401    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 402    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 403    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 404    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 405    Fixed bug in backprojection selection
 406
 407 2.0.0-b9 - 8/22/00
 408    Added RCS Id strings to executable files
 409    Added RPM Spec file for RPM package creation
 410    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 411    Fixed compilation for non-SGP architectures
 412    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 413    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 414         inverse_fourier construction of filters
 415    Added median to statistics and to auto-windowing
 416
 417 2.0.0-b8 - 8/1/00
 418    Added line color support to SGP
 419    Fixed lineAbs bug
 420
 421 2.0.0-b7 - 7/25/00
 422    Finished support for dmallocxx library
 423    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 424    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 425         G2 windows and well as WXWindows.
 426    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 427    Fixed row-plot bug in if-2
 428    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 429
 430 2.0.0-b6 - 7/22/00
 431    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 432         and projection files
 433    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 434         and reconstruction parameters dialogs
 435    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 436    Completely reorganized option processing in classes to improve
 437         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 438
 439 2.0.0-b5 - 7/17/00
 440    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 441    Started ctsim.tex document file
 442
 443 2.0.0-b4 - 7/13/00
 444    Fixed compiler warnings at -Wall level
 445    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 446    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 447    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 448
 449 2.0.0-b3 - 7/10/00
 450    Added highly optimized backprojection method idiff3
 451    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 452    Fixed image display in if2img using G2 library
 453    Added column-plot and row-plot options to if-2
 454    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 455    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 456         backprojection method. Currently, this technique is still under
 457         development and debugging
 458    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 459
 460 2.0.0-b2 - 7/07/00
 461    Cleaned up SignalFilter class
 462    Added zeropad option to pjrec
 463    Added zeropad options to html and cgi files
 464    Added fourier_table and rfttw filter methods
 465    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 466
 467 2.0.0-b1 - 7/05/00
 468    Updated trace level processing
 469    Added trace level to SignalFilter
 470    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 471
 472 1.9.9 - 7/04/00
 473    Fixed const issue with ImageFileArray
 474    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 475    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 476    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 477    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 478    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 479         between convolution, dft, & fft filtering
 480    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 481    Added support for FFTW library
 482
 483 1.9.8 - 6/27/2000
 484    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 485    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 486    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 487    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 488    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 489    Added signature tag and creation date/time to projection files
 490
 491 1.9.7 - 6/25/2000
 492    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 493         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 494         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 495    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 496    Rewrote ImageFile class
 497    Started support for dmallocxx library, not finished
 498    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 499    Updated ifinfo to show comparative statistics
 500    Added printLabels() to Array2dFile class
 501    Added printStatistics() to ImageFile class
 502
 503 1.9.6 - 6/22/2000
 504    Moved conversion filter name/id to Filter class
 505    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 506    Added MPI broadcasting of strings
 507
 508 1.9.5 - 6/21/2000
 509    Merged proj_reconstr into class Projections
 510    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 511    Code cleanup in projections.cpp
 512    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 513
 514 1.9.4 - 6/20/2000
 515    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 516    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 517    Converted filter and convolution to object-oriented code
 518    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 519    Optimized image file writing on little-endian architectures
 520    Updated README and INSTALL
 521
 522 1.9.3 - 6/19/2000
 523    Reorganized source files
 524    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 525
 526 1.9.2 - 6/18/2000
 527    Reorganized include files
 528    Fixed const pointers in strfuncs
 529
 530 1.9.1 - 6/16/2000
 531    Renamed directories, moved source files, combined source files
 532    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 533    and libctgraphics)
 534
 535 1.9.0 - 6/15/2000
 536    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 537    Renamed Raysums to Projections throughout files
 538    Renamed Detector to Scanner
 539    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 540
 541 0.6.1 - 6/12/2000
 542    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 543    Converted Detector to Object-Oriented
 544
 545 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 546    Improved Integer backprojection method
 547         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 548         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 549    Finished converting all C files to C++
 550    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 551    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 552
 553 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 554    Converted MPI data structures to C++ object
 555    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 556
 557 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 558    First C++ conversions
 559    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 560         - Now all data files are cross-platform compatible
 561    Converted from MPI to MPI++
 562    Converted backprojection to object-oriented
 563    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 564
 565 0.5.4 - 6/4/2000
 566    Simpilifed endian handling
 567
 568 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 569    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 570    Removed broken B-spline interpolation
 571    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 572    Added support for 16-bit PNG graphics
 573
 574 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 575    Added compile-time configuration of endian order
 576
 577 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 578    Modified the raysum file format to be platform independent
 579
 580 0.5.3 - 5/11/2000
 581    Added Microsoft VC compatibility
 582    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 583
 584 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 585    Continued conversion to ANSI C
 586    Removed old CRT routines
 587
 588 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 589    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 590    Continued code cleanup
 591
 592 0.5.2-b3 - 4/30/200
 593     More code cleanup with reorganizing libraries
 594     Added --log and --exp to sdf-1
 595     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 596
 597 0.5.2-b2 - 4/30/200
 598     Continued code cleanup
 599
 600 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 601     Fixed a few MPI bugs
 602     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 603
 604 0.5.1 - 4/28/2000
 605     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 606     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 607
 608 0.5.0 - 4/27/2000
 609     First open source distribution for GNU/Linux
 610
 611 6/1999
 612   Converted to GNU/Linux
 613   added MPI support via LAM library
 614
 615 1983-84
 616   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 617