ChangeLog

   1 3.5.0 - Released 2//01
   2
   3         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
   4
   5         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
   6         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
   7         projection files are not incompatible with previous version of
   8         CTSim.
   9
  10         * ctsim: Added generic threaded tasks and background manager for
  11         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  12         on SMP systems.
  13
  14         * ctsim: Added PPM/PGM and PNG file import to imagefile.
  15
  16         * ctsim: Added import of DICOM grayscale files.
  17
  18         * ctsim: Added imagefile export to DICOM files.
  19
  20         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  21
  22         * ctsim: Added background and SMP processing for reconstructions.
  23
  24         * ctsim: Added background and SMP processing for scanning.
  25
  26         * ctsim: Added background and SMP processing for rasterization.
  27
  28         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  29         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  30
  31         * plotfile: Added scattergram plot functions
  32
  33         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  34
  35         * views.cpp: Added out of memory checks to display for huge
  36         image and projection files.
  37
  38         * distribution: fixed problem with documentation files not
  39         being included with the distribution [Reported by Ian Kay].
  40
  41         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle
  42
  43 3.0.3 - Released 2/20/01
  44
  45         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  46
  47         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  48
  49         * ctsim: Fixed About box on Linux
  50
  51 3.0.2 - Released 2/20/01
  52
  53         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  54
  55         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  56         divergent projections into polar form.
  57
  58 3.0.1 - Released 2/19/01
  59
  60         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  61         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  62         of the dialog box.
  63
  64         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  65
  66         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  67         options changed.
  68
  69 3.0.0 - Released 2/19/01
  70
  71         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  72
  73         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  74
  75         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  76
  77         * ctsim: Improved accelerator key handling
  78
  79         * global: Added Hanning filter.
  80
  81         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  82         sensible output.
  83
  84 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
  85
  86         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
  87         registry storage between executions.
  88
  89         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
  90
  91         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
  92
  93         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
  94
  95         * ctsim: Added graphical About box
  96
  97         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
  98
  99         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 100
 101         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 102
 103         * ctsim: Online help added!
 104
 105         * backprojector: Added cubic interpolation
 106
 107         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 108
 109         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 110         reconstruction dialogs.
 111
 112         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 113
 114         * global: Projection files are not compatible with previous version
 115         due to new scanner definitions.
 116
 117         * global: deleted concept of field-of-view and added
 118           view ratio and scan ratio concepts.
 119
 120         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 121
 122         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 123
 124         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 125
 126         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 127
 128
 129 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 130
 131         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 132         procsignal.cpp
 133
 134         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 135         bug in parsing command-line parameters.
 136
 137         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 138         plotfiles
 139
 140         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 141
 142         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 143
 144         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 145         for frequency/inverse-fourier filtering
 146
 147 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 148
 149         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 150
 151         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 152         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 153
 154         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 155         for math tips]
 156
 157         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 158
 159         * ctsim: Added more analyze menuitems
 160
 161         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 162         through this master shell. Has both command-line and interactive
 163         interface
 164
 165         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 166
 167         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 168
 169         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 170
 171 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 172
 173         * ctsim: Added plotting of histograms
 174
 175         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 176
 177         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 178
 179 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 180
 181         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 182
 183         * ctsim: added generation of filter images
 184
 185         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 186
 187         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 188
 189         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 190
 191         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 192         text files suitable for reading.
 193
 194         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 195         when performing properties of images.
 196
 197         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 198         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 199         fourier.cpp
 200
 201         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 202         image math functions to complex-valued math.
 203
 204         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 205
 206 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 207
 208         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 209         and column plots and comparison plots
 210
 211         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 212
 213         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 214
 215         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 216         files.
 217
 218         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 219         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 220         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 221
 222         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 223         imagefile and plotfile classes.
 224
 225         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 226         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 227         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 228         images.
 229
 230         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 231         images.
 232
 233         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 234         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 235
 236         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 237         math functions
 238
 239         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 240
 241         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 242         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 243         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 244
 245         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 246         class.
 247
 248         * sgp: Added linestyle settings
 249
 250 2.5.0 - 12/18/00
 251    First Microsoft Windows GUI version
 252    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 253    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 254         when manually compiling phantoms that vary during projection
 255         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 256    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 257    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 258    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 259    Fixed display of plotting in Projection views
 260    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 261    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 262         "namespace using std" statements
 263    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 264    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 265
 266 2.0.6 - 12/03/00
 267    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 268    Updated README file
 269    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 270    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 271
 272 2.0.5 - 12/01/00
 273    Improved compilation on RedHat 7
 274    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 275    Removed README.RedHat7
 276
 277 2.0.4 - 11/25/00
 278    Added documentation for --geometry setting
 279    Added README.RedHat7 document
 280
 281 2.0.3 - 11/20/00
 282    Fixed bug in generation of binary PGM files
 283    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 284    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 285
 286 2.0.2 - 11/8/00
 287    Additions to man pages (Ian Kay)
 288    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 289
 290 2.0.1 - 10/1/00
 291    Fixed syntax error in fftw configuration
 292    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 293
 294 2.0.0 - 9/7/00
 295    Version 2.0.0 released!
 296    ctsim: Added Window menu to Main frame
 297    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 298    Fixed obscure bug in sys_error
 299    Fixed compilation in mingw environment not present
 300    Fixed compilation in non-graphical environments
 301
 302 2.0.0-b12 - 9/4/00
 303    ctsim: Added animation of reconstruction
 304    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 305    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 306    ctsim: used setpriority to set lower priority
 307    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 308    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 309
 310 2.0.0-b11 - 9/1/00
 311    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 312    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 313    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 314    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 315    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 316    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 317    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 318    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 319    Separated reconstruction into Reconstructor class
 320    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 321    Added --enable-static to generate statically linked programs
 322
 323 2.0.0-b10 - 8/25/00
 324    ctsim: Added animation of projection collection processs
 325    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 326    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 327    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 328    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 329    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 330    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 331    Fixed bug in backprojection selection
 332
 333 2.0.0-b9 - 8/22/00
 334    Added RCS Id strings to executable files
 335    Added RPM Spec file for RPM package creation
 336    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 337    Fixed compilation for non-SGP architectures
 338    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 339    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 340         inverse_fourier construction of filters
 341    Added median to statistics and to auto-windowing
 342
 343 2.0.0-b8 - 8/1/00
 344    Added line color support to SGP
 345    Fixed lineAbs bug
 346
 347 2.0.0-b7 - 7/25/00
 348    Finished support for dmallocxx library
 349    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 350    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 351         G2 windows and well as WXWindows.
 352    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 353    Fixed row-plot bug in if-2
 354    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 355
 356 2.0.0-b6 - 7/22/00
 357    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 358         and projection files
 359    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 360         and reconstruction parameters dialogs
 361    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 362    Completely reorganized option processing in classes to improve
 363         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 364
 365 2.0.0-b5 - 7/17/00
 366    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 367    Started ctsim.tex document file
 368
 369 2.0.0-b4 - 7/13/00
 370    Fixed compiler warnings at -Wall level
 371    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 372    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 373    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 374
 375 2.0.0-b3 - 7/10/00
 376    Added highly optimized backprojection method idiff3
 377    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 378    Fixed image display in if2img using G2 library
 379    Added column-plot and row-plot options to if-2
 380    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 381    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 382         backprojection method. Currently, this technique is still under
 383         development and debugging
 384    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 385
 386 2.0.0-b2 - 7/07/00
 387    Cleaned up SignalFilter class
 388    Added zeropad option to pjrec
 389    Added zeropad options to html and cgi files
 390    Added fourier_table and rfttw filter methods
 391    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 392
 393 2.0.0-b1 - 7/05/00
 394    Updated trace level processing
 395    Added trace level to SignalFilter
 396    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 397
 398 1.9.9 - 7/04/00
 399    Fixed const issue with ImageFileArray
 400    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 401    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 402    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 403    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 404    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 405         between convolution, dft, & fft filtering
 406    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 407    Added support for FFTW library
 408
 409 1.9.8 - 6/27/2000
 410    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 411    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 412    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 413    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 414    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 415    Added signature tag and creation date/time to projection files
 416
 417 1.9.7 - 6/25/2000
 418    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 419         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 420         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 421    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 422    Rewrote ImageFile class
 423    Started support for dmallocxx library, not finished
 424    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 425    Updated ifinfo to show comparative statistics
 426    Added printLabels() to Array2dFile class
 427    Added printStatistics() to ImageFile class
 428
 429 1.9.6 - 6/22/2000
 430    Moved conversion filter name/id to Filter class
 431    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 432    Added MPI broadcasting of strings
 433
 434 1.9.5 - 6/21/2000
 435    Merged proj_reconstr into class Projections
 436    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 437    Code cleanup in projections.cpp
 438    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 439
 440 1.9.4 - 6/20/2000
 441    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 442    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 443    Converted filter and convolution to object-oriented code
 444    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 445    Optimized image file writing on little-endian architectures
 446    Updated README and INSTALL
 447
 448 1.9.3 - 6/19/2000
 449    Reorganized source files
 450    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 451
 452 1.9.2 - 6/18/2000
 453    Reorganized include files
 454    Fixed const pointers in strfuncs
 455
 456 1.9.1 - 6/16/2000
 457    Renamed directories, moved source files, combined source files
 458    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 459    and libctgraphics)
 460
 461 1.9.0 - 6/15/2000
 462    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 463    Renamed Raysums to Projections throughout files
 464    Renamed Detector to Scanner
 465    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 466
 467 0.6.1 - 6/12/2000
 468    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 469    Converted Detector to Object-Oriented
 470
 471 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 472    Improved Integer backprojection method
 473         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 474         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 475    Finished converting all C files to C++
 476    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 477    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 478
 479 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 480    Converted MPI data structures to C++ object
 481    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 482
 483 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 484    First C++ conversions
 485    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 486         - Now all data files are cross-platform compatible
 487    Converted from MPI to MPI++
 488    Converted backprojection to object-oriented
 489    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 490
 491 0.5.4 - 6/4/2000
 492    Simpilifed endian handling
 493
 494 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 495    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 496    Removed broken B-spline interpolation
 497    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 498    Added support for 16-bit PNG graphics
 499
 500 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 501    Added compile-time configuration of endian order
 502
 503 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 504    Modified the raysum file format to be platform independent
 505
 506 0.5.3 - 5/11/2000
 507    Added Microsoft VC compatibility
 508    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 509
 510 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 511    Continued conversion to ANSI C
 512    Removed old CRT routines
 513
 514 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 515    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 516    Continued code cleanup
 517
 518 0.5.2-b3 - 4/30/200
 519     More code cleanup with reorganizing libraries
 520     Added --log and --exp to sdf-1
 521     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 522
 523 0.5.2-b2 - 4/30/200
 524     Continued code cleanup
 525
 526 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 527     Fixed a few MPI bugs
 528     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 529
 530 0.5.1 - 4/28/2000
 531     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 532     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 533
 534 0.5.0 - 4/27/2000
 535     First open source distribution for GNU/Linux
 536
 537 6/1999
 538   Converted to GNU/Linux
 539   added MPI support via LAM library
 540
 541 1983-84
 542   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 543