ChangeLog

   1 3.5.0 - Released 2//01
   2
   3         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
   4
   5         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
   6         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
   7         projection files are not incompatible with previous version of
   8         CTSim.
   9
  10         * ctsim: Added generic threaded tasks and background manager for
  11         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  12         on SMP systems.
  13
  14         * ctsim: Added PPM/PGM and PNG file import to imagefile.
  15
  16         * ctsim: Added import of DICOM grayscale files.
  17
  18         * ctsim: Added imagefile export to DICOM files.
  19
  20         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  21
  22         * ctsim: Added background and SMP processing for reconstructions.
  23
  24         * ctsim: Added background and SMP processing for scanning.
  25
  26         * ctsim: Added background and SMP processing for rasterization.
  27
  28         * ctsim: Added region of interest to reconstruction dialog.
  29
  30         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  31         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  32
  33         * plotfile: Added scattergram plot functions
  34
  35         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  36
  37         * views.cpp: Added out of memory checks to display for huge
  38         image and projection files.
  39
  40         * distribution: fixed problem with documentation files not
  41         being included with the distribution [Reported by Ian Kay].
  42
  43         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle
  44
  45 3.0.3 - Released 2/20/01
  46
  47         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  48
  49         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  50
  51         * ctsim: Fixed About box on Linux
  52
  53 3.0.2 - Released 2/20/01
  54
  55         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  56
  57         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  58         divergent projections into polar form.
  59
  60 3.0.1 - Released 2/19/01
  61
  62         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  63         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  64         of the dialog box.
  65
  66         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  67
  68         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  69         options changed.
  70
  71 3.0.0 - Released 2/19/01
  72
  73         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
  74
  75         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
  76
  77         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
  78
  79         * ctsim: Improved accelerator key handling
  80
  81         * global: Added Hanning filter.
  82
  83         * global: Improved default parameters to that all defaults give
  84         sensible output.
  85
  86 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
  87
  88         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
  89         registry storage between executions.
  90
  91         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
  92
  93         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
  94
  95         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
  96
  97         * ctsim: Added graphical About box
  98
  99         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 100
 101         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 102
 103         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 104
 105         * ctsim: Online help added!
 106
 107         * backprojector: Added cubic interpolation
 108
 109         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 110
 111         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 112         reconstruction dialogs.
 113
 114         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 115
 116         * global: Projection files are not compatible with previous version
 117         due to new scanner definitions.
 118
 119         * global: deleted concept of field-of-view and added
 120           view ratio and scan ratio concepts.
 121
 122         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 123
 124         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 125
 126         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 127
 128         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 129
 130
 131 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 132
 133         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 134         procsignal.cpp
 135
 136         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 137         bug in parsing command-line parameters.
 138
 139         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 140         plotfiles
 141
 142         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 143
 144         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 145
 146         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 147         for frequency/inverse-fourier filtering
 148
 149 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 150
 151         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 152
 153         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 154         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 155
 156         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 157         for math tips]
 158
 159         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 160
 161         * ctsim: Added more analyze menuitems
 162
 163         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 164         through this master shell. Has both command-line and interactive
 165         interface
 166
 167         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 168
 169         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 170
 171         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 172
 173 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 174
 175         * ctsim: Added plotting of histograms
 176
 177         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 178
 179         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 180
 181 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 182
 183         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 184
 185         * ctsim: added generation of filter images
 186
 187         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 188
 189         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 190
 191         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 192
 193         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 194         text files suitable for reading.
 195
 196         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 197         when performing properties of images.
 198
 199         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 200         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 201         fourier.cpp
 202
 203         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 204         image math functions to complex-valued math.
 205
 206         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 207
 208 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 209
 210         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 211         and column plots and comparison plots
 212
 213         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 214
 215         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 216
 217         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 218         files.
 219
 220         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 221         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 222         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 223
 224         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 225         imagefile and plotfile classes.
 226
 227         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 228         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 229         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 230         images.
 231
 232         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 233         images.
 234
 235         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 236         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 237
 238         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 239         math functions
 240
 241         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 242
 243         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 244         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 245         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 246
 247         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 248         class.
 249
 250         * sgp: Added linestyle settings
 251
 252 2.5.0 - 12/18/00
 253    First Microsoft Windows GUI version
 254    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 255    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 256         when manually compiling phantoms that vary during projection
 257         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 258    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 259    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 260    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 261    Fixed display of plotting in Projection views
 262    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 263    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 264         "namespace using std" statements
 265    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 266    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 267
 268 2.0.6 - 12/03/00
 269    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 270    Updated README file
 271    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 272    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 273
 274 2.0.5 - 12/01/00
 275    Improved compilation on RedHat 7
 276    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 277    Removed README.RedHat7
 278
 279 2.0.4 - 11/25/00
 280    Added documentation for --geometry setting
 281    Added README.RedHat7 document
 282
 283 2.0.3 - 11/20/00
 284    Fixed bug in generation of binary PGM files
 285    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 286    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 287
 288 2.0.2 - 11/8/00
 289    Additions to man pages (Ian Kay)
 290    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 291
 292 2.0.1 - 10/1/00
 293    Fixed syntax error in fftw configuration
 294    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 295
 296 2.0.0 - 9/7/00
 297    Version 2.0.0 released!
 298    ctsim: Added Window menu to Main frame
 299    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 300    Fixed obscure bug in sys_error
 301    Fixed compilation in mingw environment not present
 302    Fixed compilation in non-graphical environments
 303
 304 2.0.0-b12 - 9/4/00
 305    ctsim: Added animation of reconstruction
 306    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 307    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 308    ctsim: used setpriority to set lower priority
 309    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 310    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 311
 312 2.0.0-b11 - 9/1/00
 313    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 314    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 315    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 316    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 317    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 318    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 319    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 320    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 321    Separated reconstruction into Reconstructor class
 322    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 323    Added --enable-static to generate statically linked programs
 324
 325 2.0.0-b10 - 8/25/00
 326    ctsim: Added animation of projection collection processs
 327    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 328    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 329    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 330    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 331    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 332    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 333    Fixed bug in backprojection selection
 334
 335 2.0.0-b9 - 8/22/00
 336    Added RCS Id strings to executable files
 337    Added RPM Spec file for RPM package creation
 338    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 339    Fixed compilation for non-SGP architectures
 340    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 341    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 342         inverse_fourier construction of filters
 343    Added median to statistics and to auto-windowing
 344
 345 2.0.0-b8 - 8/1/00
 346    Added line color support to SGP
 347    Fixed lineAbs bug
 348
 349 2.0.0-b7 - 7/25/00
 350    Finished support for dmallocxx library
 351    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 352    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 353         G2 windows and well as WXWindows.
 354    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 355    Fixed row-plot bug in if-2
 356    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 357
 358 2.0.0-b6 - 7/22/00
 359    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 360         and projection files
 361    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 362         and reconstruction parameters dialogs
 363    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 364    Completely reorganized option processing in classes to improve
 365         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 366
 367 2.0.0-b5 - 7/17/00
 368    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 369    Started ctsim.tex document file
 370
 371 2.0.0-b4 - 7/13/00
 372    Fixed compiler warnings at -Wall level
 373    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 374    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 375    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 376
 377 2.0.0-b3 - 7/10/00
 378    Added highly optimized backprojection method idiff3
 379    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 380    Fixed image display in if2img using G2 library
 381    Added column-plot and row-plot options to if-2
 382    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 383    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 384         backprojection method. Currently, this technique is still under
 385         development and debugging
 386    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 387
 388 2.0.0-b2 - 7/07/00
 389    Cleaned up SignalFilter class
 390    Added zeropad option to pjrec
 391    Added zeropad options to html and cgi files
 392    Added fourier_table and rfttw filter methods
 393    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 394
 395 2.0.0-b1 - 7/05/00
 396    Updated trace level processing
 397    Added trace level to SignalFilter
 398    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 399
 400 1.9.9 - 7/04/00
 401    Fixed const issue with ImageFileArray
 402    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 403    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 404    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 405    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 406    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 407         between convolution, dft, & fft filtering
 408    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 409    Added support for FFTW library
 410
 411 1.9.8 - 6/27/2000
 412    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 413    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 414    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 415    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 416    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 417    Added signature tag and creation date/time to projection files
 418
 419 1.9.7 - 6/25/2000
 420    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 421         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 422         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 423    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 424    Rewrote ImageFile class
 425    Started support for dmallocxx library, not finished
 426    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 427    Updated ifinfo to show comparative statistics
 428    Added printLabels() to Array2dFile class
 429    Added printStatistics() to ImageFile class
 430
 431 1.9.6 - 6/22/2000
 432    Moved conversion filter name/id to Filter class
 433    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 434    Added MPI broadcasting of strings
 435
 436 1.9.5 - 6/21/2000
 437    Merged proj_reconstr into class Projections
 438    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 439    Code cleanup in projections.cpp
 440    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 441
 442 1.9.4 - 6/20/2000
 443    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 444    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 445    Converted filter and convolution to object-oriented code
 446    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 447    Optimized image file writing on little-endian architectures
 448    Updated README and INSTALL
 449
 450 1.9.3 - 6/19/2000
 451    Reorganized source files
 452    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 453
 454 1.9.2 - 6/18/2000
 455    Reorganized include files
 456    Fixed const pointers in strfuncs
 457
 458 1.9.1 - 6/16/2000
 459    Renamed directories, moved source files, combined source files
 460    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 461    and libctgraphics)
 462
 463 1.9.0 - 6/15/2000
 464    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 465    Renamed Raysums to Projections throughout files
 466    Renamed Detector to Scanner
 467    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 468
 469 0.6.1 - 6/12/2000
 470    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 471    Converted Detector to Object-Oriented
 472
 473 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 474    Improved Integer backprojection method
 475         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 476         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 477    Finished converting all C files to C++
 478    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 479    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 480
 481 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 482    Converted MPI data structures to C++ object
 483    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 484
 485 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 486    First C++ conversions
 487    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 488         - Now all data files are cross-platform compatible
 489    Converted from MPI to MPI++
 490    Converted backprojection to object-oriented
 491    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 492
 493 0.5.4 - 6/4/2000
 494    Simpilifed endian handling
 495
 496 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 497    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 498    Removed broken B-spline interpolation
 499    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 500    Added support for 16-bit PNG graphics
 501
 502 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 503    Added compile-time configuration of endian order
 504
 505 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 506    Modified the raysum file format to be platform independent
 507
 508 0.5.3 - 5/11/2000
 509    Added Microsoft VC compatibility
 510    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 511
 512 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 513    Continued conversion to ANSI C
 514    Removed old CRT routines
 515
 516 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 517    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 518    Continued code cleanup
 519
 520 0.5.2-b3 - 4/30/200
 521     More code cleanup with reorganizing libraries
 522     Added --log and --exp to sdf-1
 523     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 524
 525 0.5.2-b2 - 4/30/200
 526     Continued code cleanup
 527
 528 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 529     Fixed a few MPI bugs
 530     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 531
 532 0.5.1 - 4/28/2000
 533     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 534     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 535
 536 0.5.0 - 4/27/2000
 537     First open source distribution for GNU/Linux
 538
 539 6/1999
 540   Converted to GNU/Linux
 541   added MPI support via LAM library
 542
 543 1983-84
 544   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 545