ChangeLog

   1 Jun 8, 2002  Version 3.5.4
   2         * Print version number in log window with About command
   3
   4         * Fix problem with captions not showing on some windows. Reworked
   5         creation of new windows.
   6
   7         * Disabled status bar on 3d views
   8
   9         * Fix bug in configure.ac that prevented using compiler
  10         optimizations.
  11
  12         * Updated About splash screen
  13
  14 May 29, 2002  Version 3.5.3
  15         * Added support for g++ 3.04 compiler
  16
  17 May 8, 2002  Version 3.5.2
  18         * configure: improved CTN (DICOM) installation search
  19         * src/ctsim.cpp: Fixed initial image size with import command
  20
  21 May 5, 2002  Version 3.5.1
  22
  23         New Features:
  24
  25         * ctsim: Added tips to be displayed at startup and via the help menu.
  26         * ctsim: Added center-detector concept. Allow for detector array
  27         to be any arbitrary distance from center of scanner. As a result,
  28         projection files are not incompatible with previous version of
  29         CTSim.
  30         * ctsim: Added threaded tasks and background manager for
  31         background processing as well as taking advantage of multiple-CPU's
  32         on SMP systems.  (Microsoft Windows only)
  33         * ctsim: Added plot t-theta sampling to projection file menu.
  34         * ctsim: Added Reconstruction with Rebinning for faster
  35         divergent beam reconstructions.
  36         * ctsim: Added import and export of DICOM image files.
  37         * ctsim: Added PPM, PGM, and PNG file import to imagefile.
  38         * ctsim: Added FFT/IFFT of columns of image files.
  39         * ctsim: Added clipboard cut/copy/paste for image files.
  40         * ctsim: Added region of interest to reconstructions.
  41         * ctsim: Added Convert Rectangular Image to Projection files
  42         * ctsim: Added "Verbose Logging", "Startup Tips", and
  43         "Background processes" options  to Preferences dialog.
  44         * ctsim: Added plotting of projection file histograms.
  45         * plotfile: Added scattergram plot functions
  46         * ctsim: Added accelerator key for File-Properties
  47         * ctsim: Improved wireframe 3-d display to remove hidden
  48         surfaces.
  49         * backprojectors.cpp: Added setting of axis extent and increment
  50         to reconstructions.
  51         * projections.cpp: Can read and reconstruct SIEMENS AR.STAR DICOM
  52         projection data files.
  53
  54         Bug Fixes:
  55
  56         * views.cpp: reduced calls to progress bar update, significant speedup
  57         * views.cpp,ctsim.cpp: Fixed bug with window frames sometimes
  58         not being displayed on Unix platforms.
  59         * views.cpp: Added out-of-memory checks to display for huge
  60         image and projection files.
  61         * filter.cpp: Fixed Hanning parameter to be 0.5 rather than 0.54
  62         * imagefile.cpp: Fixed scaling factor in fftRows
  63         * imagefile.cpp: Fixed bug when performing magnitude() on real-valued
  64         image.
  65         * sgp.cpp: Fixed bug in drawCircle.
  66         * distribution: fixed problem with documentation files not
  67         being included with the distribution (Reported by Ian Kay).
  68         * sgp.cpp/ezplot.cpp: Improved plotting with markers.
  69         * fixed ctsimtext shell when giving no parameters to function-name
  70         * phm2if, phm2pj: Updated help messages for renamed phantoms
  71
  72 3.0.3 - Released 2/20/01
  73
  74         * ctsim: Fixed core dump on Linux with OpenGL
  75
  76         * ctsim: Fixed context-sensitive help on Linux
  77
  78         * ctsim: Fixed About box on Linux
  79
  80 3.0.2 - Released 2/20/01
  81
  82         * scanner.cpp: Fixed bug when number of detectors was even.
  83
  84         * ctsim: Improved error handling when trying to convert
  85         divergent projections into polar form.
  86
  87 3.0.1 - Released 2/19/01
  88
  89         * ctsim: Fixed dialog box for reconstruction so that
  90         rotation angle setting will stay fixed in-between use
  91         of the dialog box.
  92
  93         * syserror: Fixed display bug for trace messages
  94
  95         * ctsim: MSVC optimization bug work-around, compiler
  96         options changed.
  97
  98 3.0.0 - Released 2/19/01
  99
 100         * ctsim: Massive update/fix to online help and print manual.
 101
 102         * ctsim: Added context-sensitive help to dialog boxes
 103
 104         * ctsim: Reformated all dialog boxes, much nicer now.
 105
 106         * ctsim: Improved accelerator key handling
 107
 108         * global: Added Hanning filter.
 109
 110         * global: Improved default parameters to that all defaults give
 111         sensible output.
 112
 113 3.0.0beta1 - Released 2/11/01
 114
 115         * ctsim: Added most-recently-used files to File menu with
 116         registry storage between executions.
 117
 118         * ctsim: Hides arcane features unless enabled by Preferences dialog
 119
 120         * ctsim: Added MDI interface for Windows version and made it default for Windows.
 121
 122         * ctsim: Added 3-D wireframe view of images (uses OpenGL)
 123
 124         * ctsim: Added graphical About box
 125
 126         * ctsim: Escape key now removes cursor lines from image file view
 127
 128         * ctsim: Added Revert to ImageFile menu
 129
 130         * ctsim: Added accelerator (hotkeys) to frames
 131
 132         * ctsim: Online help added!
 133
 134         * backprojector: Added cubic interpolation
 135
 136         * ctsim: Added icons to Frames on X-Window and MS Windows versions
 137
 138         * ctsim: Fixed tick-label placement for plots on projection and
 139         reconstruction dialogs.
 140
 141         * timer.h: Add use of _ftime when compiling on MSVC
 142
 143         * global: Projection files are not compatible with previous version
 144         due to new scanner definitions.
 145
 146         * global: deleted concept of field-of-view and added
 147           view ratio and scan ratio concepts.
 148
 149         * ctsim: Fixed crash on shutdown bug
 150
 151         * pjinfo: Fixed bug when doing --dump and not specifing --endview
 152
 153         * phm2pj: Fixed MPI bug with broadcasting of variables
 154
 155         * ctsimtext-lam: Changes for first version to compile under lam
 156
 157
 158 3.0.0alpha5 - Released 1/12/00
 159
 160         * ctsim: Added EZPlotDialog, used by debugging plots in
 161         procsignal.cpp
 162
 163         * ctsimtext: Fixed bugs for MSVC and with empty input lines. Fixed
 164         bug in parsing command-line parameters.
 165
 166         * views.cpp: Fixed bug in copying of labels from images to
 167         plotfiles
 168
 169         * syserror.cpp: fixed reporting for fatal errors
 170
 171         * projections.cpp: fixed MSVC failure with std:: namespace
 172
 173         * procsignal.cpp: fixed bug in equiangular reconstructions
 174         for frequency/inverse-fourier filtering
 175
 176 3.0.0alpha4 - Released 1/09/01
 177
 178         * ctsim: Added reset to full-intensity scale menu item
 179
 180         * ctsim: Add conversion of projections to polar plot [Thanks to
 181         Ian Kay for reference and math hints in polar bilinear scaling]
 182
 183         * ctsim: improve bilinear scaling of image size [Thanks to Ian Kay
 184         for math tips]
 185
 186         * ctsim: imagefile labels are now copied to plotfiles
 187
 188         * ctsim: Added more analyze menuitems
 189
 190         * ctsimtext: First version. All command-line tools are now accessed
 191         through this master shell. Has both command-line and interactive
 192         interface
 193
 194         * ctsim: Fixed initialization of min/max bug for PlotFiles
 195
 196         * ezplot: Cleaned up y-tick label placement
 197
 198         * sgp: Added better support for projection/reconstruction animation
 199
 200 3.0.0alpha3 - Released 1/02/01
 201
 202         * ctsim: Added plotting of histograms
 203
 204         * imagefile.cpp: fixed bug in generation of 16-bit PNG images
 205
 206         * ezplot.cpp: adjusted xtick label displays for better placement
 207
 208 3.0alpha2 - Released 1/02/01
 209
 210         * ctsim: All functions of command-line tools are now in graphical ctsim
 211
 212         * ctsim: added generation of filter images
 213
 214         * ctsim: Added 2-image math functions (mul, add, div, sub)
 215
 216         * ctsim: Added export of imagefiles to graphic file formats
 217
 218         * ctsim: Added support for scaling imagefiles in new sizes
 219
 220         * ctsim: Added ability to save standard phantom definitions as
 221         text files suitable for reading.
 222
 223         * ctsim: Add labels for image transformations and display of labels
 224         when performing properties of images.
 225
 226         * processsignal.cpp: Fixed "off by one" bug in
 227         shuffleNaturalToFourierOrder when n is even. Moved functions to
 228         fourier.cpp
 229
 230         * imagefile.cpp: Added FFTW library to imagefile processing. Converted
 231         image math functions to complex-valued math.
 232
 233         * phantom.cpp: Added ability to save phantom files as ASCII text.
 234
 235 3.0alpha1 - Released 12/29/00
 236
 237         * Added PlotFile class to system, used by if2 and ctsim for row
 238         and column plots and comparison plots
 239
 240         * ctsim: Added image comparison statistics and image subtraction
 241
 242         * ctsim: Added plotting of rows & columns with y-axis scaling
 243
 244         * ctsim: Added row and column plot comparisons between two image
 245         files.
 246
 247         * ctsim: Added "Process" menu to image file display with math
 248         functions. Added 2-dimensional inverse Fourier to math
 249         functions. Added support for complex (real/imaginary) images.
 250
 251         * mathfuncs.cpp: Reworked statistics algorithm to share between
 252         imagefile and plotfile classes.
 253
 254         * imagefile.cpp: Fixed scaling bug when rasterizing Phantom with
 255         nsamples > 2.  Added generic mage math functions, moved from
 256         if1.cpp and if2.cpp to imagefile.cpp. Added support complex
 257         images.
 258
 259         * array2dfile.cpp: Added code to support complex (real/imaginary)
 260         images.
 261
 262         * if1: Updated to handle error conditions, such as sqrt of a
 263         negative number. Converted to use new ImageFile math functions.
 264
 265         * if2: Updated to output plot files and use new ImageFile class
 266         math functions
 267
 268         * if1: Updated to use new ImageFile class math functions
 269
 270         * ezplot: Reworked to better store colors/linestyles/symbols with
 271         individual curves. Improved display of labels and ticks. Updated
 272         to use POL class member variable. Updated to more C++ conventions.
 273
 274         * pol: converted to C++ class. Extracted HashTable to separate
 275         class.
 276
 277         * sgp: Added linestyle settings
 278
 279 2.5.0 - 12/18/00
 280    First Microsoft Windows GUI version
 281    Modifications for Microsoft Visual C++ compilation.
 282    Improved pjinfo to output binary headers and view data, useful
 283         when manually compiling phantoms that vary during projection
 284         process. Thanks to Ian Kay for idea and code submission.
 285    Improved sorting to find median in ImageFile::statistics
 286    Fixed core-dump bug in Array2dFile::labelsCopy() function (Ian Kay)
 287    Changed reconstruction dialog to fix onto smaller screens
 288    Fixed display of plotting in Projection views
 289    Improved animation displays for Projections and Reconstructions
 290    Changed code to explicitly use std:: namespace rather than
 291         "namespace using std" statements
 292    Fixed reconstruction scaling bug introduced in 2.0.6
 293    Renamed if2img to ifexport, if-1 to if1, if-2 to if2
 294
 295 2.0.6 - 12/03/00
 296    Fixed minor compilation problem with procsignal.h
 297    Updated README file
 298    Fixed bug when simulating projections and Trace == CONSOLE
 299    Fixed scaling bug when performing redundant rotations around object
 300
 301 2.0.5 - 12/01/00
 302    Improved compilation on RedHat 7
 303    Changed some of ANSI C header files to C++ header files
 304    Removed README.RedHat7
 305
 306 2.0.4 - 11/25/00
 307    Added documentation for --geometry setting
 308    Added README.RedHat7 document
 309
 310 2.0.3 - 11/20/00
 311    Fixed bug in generation of binary PGM files
 312    Fixed MPI compilation bug in phm2pj.cpp
 313    Inverted y-axis output for pj2if (bug alert from Ian Kay)
 314
 315 2.0.2 - 11/8/00
 316    Additions to man pages (Ian Kay)
 317    Fix problem with reading of ASCII phantom files (Ian Kay)
 318
 319 2.0.1 - 10/1/00
 320    Fixed syntax error in fftw configuration
 321    Slight modifications to support gcc v2.9.6
 322
 323 2.0.0 - 9/7/00
 324    Version 2.0.0 released!
 325    ctsim: Added Window menu to Main frame
 326    ctsim: Disabled not support reconstruction method
 327    Fixed obscure bug in sys_error
 328    Fixed compilation in mingw environment not present
 329    Fixed compilation in non-graphical environments
 330
 331 2.0.0-b12 - 9/4/00
 332    ctsim: Added animation of reconstruction
 333    ctsim: Added saving of dialog parameters for Projection & Reconstruction
 334    ctsim: Added progress dialog for rasterization of phantom
 335    ctsim: used setpriority to set lower priority
 336    ctsim: fixed pReconstruct not being deleted causing scaling problem
 337    ctsim: fixed projection animation dialog buttons
 338
 339 2.0.0-b11 - 9/1/00
 340    ctsim: Added projection graph to animation of projection collection
 341    ctsim: Added single stepping to projection collection animation
 342    ctsim: improved File/Properties display for projection files
 343    ctsim: Added progress dialog for reconstructions
 344    ctsim: Added file labels for projection and reconstruction images
 345    ctsim: Made File/Properties bring up modal dialogs
 346    Added reconstruction for Equilinear and Equiangular geometries
 347    Changed theta to be -PI/2 to make compliant with Kak-Slaney formulas
 348    Separated reconstruction into Reconstructor class
 349    Fixed center of detector adjustment for even number of detectors
 350    Added --enable-static to generate statically linked programs
 351
 352 2.0.0-b10 - 8/25/00
 353    ctsim: Added animation of projection collection processs
 354    ctsim: Added Auto Scaling for image windows
 355    ctsim: Change menus from "windowing" to "display scaling"
 356    Added FieldOfView and FocalLength ratio parameters to projection collection
 357    Added FocalLength & FieldOfView fields to projection data files
 358    Added Projection collection for Equilinear and Equiangular geometries
 359    Changed name of Rowland Phantom to correct name of Shepp-Logan
 360    Fixed bug in backprojection selection
 361
 362 2.0.0-b9 - 8/22/00
 363    Added RCS Id strings to executable files
 364    Added RPM Spec file for RPM package creation
 365    Added loading of ASCII phanthom definitions from files
 366    Fixed compilation for non-SGP architectures
 367    Decomposed SignalFilter class into ProcessSignal and SignalFilter classes
 368    Added Filter-Generation option to reconstruction to allow direct or
 369         inverse_fourier construction of filters
 370    Added median to statistics and to auto-windowing
 371
 372 2.0.0-b8 - 8/1/00
 373    Added line color support to SGP
 374    Fixed lineAbs bug
 375
 376 2.0.0-b7 - 7/25/00
 377    Finished support for dmallocxx library
 378    Fixed bug in SignalFilter::convertFilterMethodNameToID()
 379    Rewrote SGP & EZPlot to use C++ object-oriented. SGP can now write to
 380         G2 windows and well as WXWindows.
 381    ctsim program: "Create Phantom" now shows phantom object
 382    Fixed row-plot bug in if-2
 383    Reworked EZPlot's multiple plot operation
 384
 385 2.0.0-b6 - 7/22/00
 386    ctsim program: improved initial size and scroll area for image
 387         and projection files
 388    ctsim program: added rasterization parameters, projections parameters,
 389         and reconstruction parameters dialogs
 390    Moved char[] static definition from header files to c++ files
 391    Completely reorganized option processing in classes to improve
 392         expandability and to assist ctsim graphical user interface.
 393
 394 2.0.0-b5 - 7/17/00
 395    ctsim program: Added dialog to set minimum/maximum display levels
 396    Started ctsim.tex document file
 397
 398 2.0.0-b4 - 7/13/00
 399    Fixed compiler warnings at -Wall level
 400    Began work on CTSim program to be graphical front-end of all functions
 401    Moved current src/*.cpp to tools/*.cpp
 402    Made CTSim graphical front-end's home to be src/
 403
 404 2.0.0-b3 - 7/10/00
 405    Added highly optimized backprojection method idiff3
 406    Moved comparative stats to if-2 program from ifinfo
 407    Fixed image display in if2img using G2 library
 408    Added column-plot and row-plot options to if-2
 409    Added autoselection of analytic/calculated spatial responses to SignalFilter
 410    Added frequency-based preinterpolation to SignalFilter and idiff3
 411         backprojection method. Currently, this technique is still under
 412         development and debugging
 413    Moved graphic file writing to ImageFile class from if2img program
 414
 415 2.0.0-b2 - 7/07/00
 416    Cleaned up SignalFilter class
 417    Added zeropad option to pjrec
 418    Added zeropad options to html and cgi files
 419    Added fourier_table and rfttw filter methods
 420    Added FFTW routines to use real/half-complex transformations
 421
 422 2.0.0-b1 - 7/05/00
 423    Updated trace level processing
 424    Added trace level to SignalFilter
 425    Fixed magnitude vs. real output bug in FFT/Fourier filter
 426
 427 1.9.9 - 7/04/00
 428    Fixed const issue with ImageFileArray
 429    Fixed Array2dFile::labelsCopy()
 430    Added copy constructor and assignment for Array2dFileLabel class
 431    Added Timer to if-2.cpp and ifinfo.cpp
 432    Added beginning of frequency-based (DFT & FFT) filter to SignalFilter
 433    Added option processing for filter-method for pjrec to choose
 434         between convolution, dft, & fft filtering
 435    Fixed format string for EZPlot so axis labels now print
 436    Added support for FFTW library
 437
 438 1.9.8 - 6/27/2000
 439    Rewrote Array2dFile class to be non-templated
 440    Rewrote Array2dFile class to make reads and writes atomic. No disk files are kept open.
 441    Rewrote Array2dFileLabel class to make members private, added access routines
 442    Removed timedate.cpp in favor of standard C library time/date functions
 443    Renamed ctrec to pjrec, sample-ctrec.sh to sample-ctsim
 444    Added signature tag and creation date/time to projection files
 445
 446 1.9.7 - 6/25/2000
 447    Standardized string option processing by classes. All classes use character strings
 448         to select options rather than numeric constants. Added fail() and failMessage()
 449         methods to verify that objects are created correctly by character strings.
 450    Hid C++ assignment and copy constructors in classes that should not have assignment/copy
 451    Rewrote ImageFile class
 452    Started support for dmallocxx library, not finished
 453    Added G.T. Herman image comparision statistics to ifinfo (see imagefile.cpp)
 454    Updated ifinfo to show comparative statistics
 455    Added printLabels() to Array2dFile class
 456    Added printStatistics() to ImageFile class
 457
 458 1.9.6 - 6/22/2000
 459    Moved conversion filter name/id to Filter class
 460    Moved conversion backprojection name/id to Backproj class
 461    Added MPI broadcasting of strings
 462
 463 1.9.5 - 6/21/2000
 464    Merged proj_reconstr into class Projections
 465    Used auto_ptr in Projections::reconstruct to make sure destructor is always called
 466    Code cleanup in projections.cpp
 467    Moved conversion of phantom names/id to Phantom class
 468
 469 1.9.4 - 6/20/2000
 470    Converted projection files to C++ library with frnetorderstream
 471    Converted image files to C++ library with frnetorderstream
 472    Converted filter and convolution to object-oriented code
 473    Changed default image file to float from double -- Changable in imagefile.h
 474    Optimized image file writing on little-endian architectures
 475    Updated README and INSTALL
 476
 477 1.9.3 - 6/19/2000
 478    Reorganized source files
 479    MPI bug fixed to phm2pj.cpp
 480
 481 1.9.2 - 6/18/2000
 482    Reorganized include files
 483    Fixed const pointers in strfuncs
 484
 485 1.9.1 - 6/16/2000
 486    Renamed directories, moved source files, combined source files
 487    to change from 6 libraries to 3 libraries (libctsim, libctsupport,
 488    and libctgraphics)
 489
 490 1.9.0 - 6/15/2000
 491    Skip versions to make version 2.0 the first fully C++ version
 492    Renamed Raysums to Projections throughout files
 493    Renamed Detector to Scanner
 494    Converted Scanner and Projecions to full object-oriented
 495
 496 0.6.1 - 6/12/2000
 497    Converted Phantom and PhantomElements to Object-Oriented
 498    Converted Detector to Object-Oriented
 499
 500 0.6.0-b3 - 6/10/2000
 501    Improved Integer backprojection method
 502         Fixed nearest neighbor to be truly nearest neighbor
 503         Made linear interpolation more integer arithmetic -> speed improvement
 504    Finished converting all C files to C++
 505    Converted all use of malloc/free to C++ new/delete
 506    Began object-oriented conversion of Phantom and Projection structures
 507
 508 0.6.0-b2 - 6/8/2000
 509    Converted MPI data structures to C++ object
 510    Made ImageFile directly inherit from Array2dFile
 511
 512 0.6.0-b1 - 6/6/2000
 513    First C++ conversions
 514    Portable IF (image file) format implemented with objects (SDF removed)
 515         - Now all data files are cross-platform compatible
 516    Converted from MPI to MPI++
 517    Converted backprojection to object-oriented
 518    Removed MTX from libkmath as no longer need -- replaced with C++ matrices
 519
 520 0.5.4 - 6/4/2000
 521    Simpilifed endian handling
 522
 523 0.5.4-b3 - 6/1/2000
 524    Added support for 64-bit (IA64) CPU
 525    Removed broken B-spline interpolation
 526    Added support for cygwin platform under Windows 2000
 527    Added support for 16-bit PNG graphics
 528
 529 0.5.4-b2 - 5/16/2000
 530    Added compile-time configuration of endian order
 531
 532 0.5.4-b1 - 5/14/2000
 533    Modified the raysum file format to be platform independent
 534
 535 0.5.3 - 5/11/2000
 536    Added Microsoft VC compatibility
 537    Cleaned up compilation warnings in libgraph
 538
 539 0.5.2-b5 - 5/7/2000
 540    Continued conversion to ANSI C
 541    Removed old CRT routines
 542
 543 0.5.2-b4 - 5/4/2000
 544    Renamed pictures to phantoms, objects to phantom elements
 545    Continued code cleanup
 546
 547 0.5.2-b3 - 4/30/200
 548     More code cleanup with reorganizing libraries
 549     Added --log and --exp to sdf-1
 550     Allowed negative numbers for window levels in CGI interface
 551
 552 0.5.2-b2 - 4/30/200
 553     Continued code cleanup
 554
 555 0.5.2-b1 - 4/29/2000
 556     Fixed a few MPI bugs
 557     Better documented, coded raysum in-memory on on-disk options
 558
 559 0.5.1 - 4/28/2000
 560     Cleaned out library that wasn't being used by CTSim
 561     Modified ctsim.cgi to read in configuration file ctsim.conf
 562
 563 0.5.0 - 4/27/2000
 564     First open source distribution for GNU/Linux
 565
 566 6/1999
 567   Converted to GNU/Linux
 568   added MPI support via LAM library
 569
 570 1983-84
 571   Developed under MS-DOS and IBM EGA graphics
 572