cgi-bin/ctsim.cgi.in

   1 #!/usr/bin/perl
   2 # @configure_input@
   3
   4 use strict;
   5 use CGI;
   6 use File::Basename;
   7 use Fcntl ':flock';
   8
   9 require './ctsim.conf';
  10
  11 my $opt_d = 0;
  12 $ENV{'PATH'} = "$::bindir:$::lamrundir";
  13
  14 my $fromhost = $ENV{'REMOTE_HOST'};
  15
  16 my $gmt_start = time();
  17 my $gmt_end;
  18 my $execution_time;
  19
  20 my %in;
  21 CGI::ReadParse(\%in);
  22
  23 # Incoming variables
  24 #   Phantom_Name, Phantom_Nx, Phantom_Ny, Phantom_NSample
  25 #   PJ_NDet, PJ_NRot, PJ_NRay, PJ_RotAngle,
  26 #   IR_Nx, IR_Ny, IR_Filter, IR_Filter_Param
  27
  28 my $error = "";
  29
  30 my $Phantom_Name = FilterMetaChars($in{'Phantom_Name'});
  31 my $Phantom_Nx = FilterToNumber($in{'Phantom_Nx'});
  32 my $Phantom_Ny = FilterToNumber($in{'Phantom_Ny'});
  33 my $Phantom_NSample = FilterToNumber($in{'Phantom_NSample'});
  34 $error .= "Phantom name must not be blank<br>" if ($Phantom_Name eq "");
  35 $error .= "Phantom NX and NY must be between 5 and 1024<br>" if ($Phantom_Nx < 5 || $Phantom_Nx > 1024 || $Phantom_Ny < 5 || $Phantom_Ny > 1024);
  36 $error .= "Phantom NSample must be between 1 and 10<br>" if ($Phantom_NSample < 1 || $Phantom_NSample > 10);
  37
  38 my $PJ_NDet = FilterToNumber($in{'PJ_NDet'});
  39 my $PJ_NRot = FilterToNumber($in{'PJ_NRot'});
  40 my $PJ_NRay = FilterToNumber($in{'PJ_NRay'});
  41 my $PJ_RotAngle = FilterToNumber($in{'PJ_RotAngle'});
  42 $error .= "Projection NDet must be between 5 and 1800<br>" if ($PJ_NDet < 5 || $PJ_NDet > 1800);
  43 $error .= "Projection NRot must be between 5 and 2048<br>" if ($PJ_NRot < 5 || $PJ_NRot > 2048);
  44 $error .= "Projection RotAngle must be between 0.1 and 2<br>" if ($PJ_RotAngle < 0.1 || $PJ_RotAngle > 2);
  45
  46 #my $IR_Nx = FilterToNumber($in{'IR_Nx'});
  47 #my $IR_Ny = FilterToNumber($in{'IR_Ny'});
  48 my $IR_Nx = $Phantom_Nx;
  49 my $IR_Ny = $Phantom_Ny;
  50 my $IR_FilterMethod = FilterMetaChars($in{'IR_FilterMethod'});
  51 my $IR_Zeropad = FilterToNumber($in{'IR_Zeropad'});
  52 my $IR_Filter = FilterMetaChars($in{'IR_Filter'});
  53 my $IR_Filter_Param = FilterToNumber($in{'IR_Filter_Param'});
  54 my $IR_Interp = FilterMetaChars($in{'IR_Interp'});
  55 my $IR_Backproj = FilterMetaChars($in{'IR_Backproj'});
  56
  57 my $Disp_Min = "auto";
  58 my $Disp_Max = "auto";
  59 $Disp_Min = FilterToNumber($in{'Disp_Min'}) if ($in{'Disp_Min'} ne "auto" && $in{'Disp_Min'} ne "");
  60 $Disp_Max = FilterToNumber($in{'Disp_Max'}) if ($in{'Disp_Max'} ne "auto" && $in{'Disp_Max'} ne "");
  61 if ($Disp_Min ne 'auto' && ! ($Disp_Min =~ /^[\d\.\-]+$/)) {
  62     $error .= "Display Minimum must be 'auto' or numeric (received $Disp_Min) <br>";
  63 }
  64 if ($Disp_Max ne 'auto' && ! ($Disp_Max =~ /^[\d\.\-]+$/)) {
  65     $error .= "Display Maximum must be 'auto' or numeric (received $Disp_Max) <br>";
  66 }
  67
  68 my $MPI_Str = FilterMetaChars($in{'MPI'});
  69 my $MPI = 0;
  70 $MPI = 1 if ($MPI_Str eq "yes" && $::mpi_enable ne "");
  71
  72 $error .= "IR Nx and Ny must be between 5 and 1024<br>" if ($IR_Nx < 5 || $IR_Nx > 1024 || $IR_Ny < 5 || $IR_Ny > 1024);
  73 $error .= "IR Filter Parameter must be between 0 and 1<br>" if ($IR_Filter_Param < 0 || $IR_Filter_Param > 1);
  74
  75
  76 my $tmpid = $$;
  77 my $auto_window_img = "std0.1";
  78 my $auto_window_diff = "std1";
  79 my $auto_window_pj = "full";
  80 my $logfile = "$::jobdir/ctsim.log";
  81
  82 my $result_fname = "$::datadir/result-$tmpid.html";
  83 my $phantom_fname = "$::datadir/phantom-$tmpid.if";
  84 my $pj_fname = "$::datadir/pj-$tmpid.pj";
  85 my $ir_fname = "$::datadir/ir-$tmpid.if";
  86 my $pj_if_fname = "$::datadir/pj-$tmpid.if";
  87 my $sub_fname = "$::datadir/sub-$tmpid.if";
  88 my $phantom_png = "$::datadir/phantom-$tmpid.png";
  89 my $ir_png = "$::datadir/ir-$tmpid.png";
  90 my $pj_png = "$::datadir/pj-$tmpid.png";
  91 my $sub_png = "$::datadir/sub-$tmpid.png";
  92
  93 my $result_url = "$::url_datadir/result-$tmpid.html";
  94 my $phantom_png_url = "$::url_datadir/phantom-$tmpid.png";
  95 my $ir_png_url = "$::url_datadir/ir-$tmpid.png";
  96 my $pj_png_url = "$::url_datadir/pj-$tmpid.png";
  97 my $sub_png_url = "$::url_datadir/sub-$tmpid.png";
  98
  99 my $pjrec_ver = "$::bindir/pjrec";
 100 my $phm2pj_ver = "$::bindir/phm2pj";
 101 my $phm2if_ver = "$::bindir/phm2if";
 102 my $diff_ver = "$::bindir/if-2";
 103
 104 $pjrec_ver = "/opt/lam/bin/mpirun N N $::lamrundir/pjrec-lam" if $MPI;
 105 $phm2pj_ver = "/opt/lam/bin/mpirun N N $::lamrundir/phm2pj-lam" if $MPI;
 106 $phm2if_ver = "/opt/lam/bin/mpirun N N $::lamrundir/phm2if-lam" if $MPI;
 107
 108 my $gp_cmd = "$phm2if_ver $phantom_fname $Phantom_Nx $Phantom_Ny --phantom $Phantom_Name --nsample $Phantom_NSample";
 109 my $pj_cmd = "$phm2pj_ver $pj_fname $PJ_NDet $PJ_NRot --phantom $Phantom_Name --nray $PJ_NRay --rotangle $PJ_RotAngle";
 110 my $pj_if_cmd = "$::bindir/pj2if $pj_fname $pj_if_fname";
 111 my $pjrec_cmd = "$pjrec_ver $pj_fname $ir_fname $IR_Nx $IR_Ny --filter $IR_Filter --filter-param $IR_Filter_Param --interp $IR_Interp --backproj $IR_Backproj --filter-method $IR_FilterMethod --zeropad $IR_Zeropad";
 112 my $sub_cmd = "$diff_ver $phantom_fname $ir_fname $sub_fname --sub";
 113 my $diff_cmd = "$diff_ver $phantom_fname $ir_fname --comp";
 114
 115 my $window_options = "--auto $auto_window_img";
 116 if ($Disp_Min ne 'auto') {
 117     $window_options .= " --min $Disp_Min";
 118 }
 119 if ($Disp_Max ne 'auto') {
 120     $window_options .= " --max $Disp_Max";
 121 }
 122
 123 my $png1_cmd = "$::bindir/ifexport $phantom_fname $phantom_png $window_options --stats --format png";
 124 my $png2_cmd = "$::bindir/ifexport $ir_fname $ir_png $window_options --stats --format png";
 125 my $png3_cmd = "$::bindir/ifexport $pj_if_fname $pj_png --auto $auto_window_pj --stats --format png";
 126 my $png4_cmd = "$::bindir/ifexport $sub_fname $sub_png --auto $auto_window_diff --stats --format png";
 127
 128 my $title = "CT Simulation Results";
 129
 130 my $out = head();
 131 $out .= "<HTML> <HEAD><TITLE> $title </TITLE></HEAD>\n";
 132 $out .= "<BODY  BGCOLOR=\"#FFFFFF\" TEXT=\"#000000\"  VLINK=\"#800020\" LINK=\"#0000FF\">\n";
 133 $out .= "<H1>$title</H1><HR>\n";
 134
 135 if ($opt_d) {
 136     $out .= "<H2>Commands</H2>\n";
 137     $out .= "$gp_cmd<br>\n$pj_cmd<br>\n$pj_if_cmd<br>\n$pjrec_cmd<br>\n$diff_cmd<br>\n$png1_cmd<br>\n$png2_cmd<br>\n" .
 138             "$png3_cmd<br>\n$png4_cmd<br>\n";
 139 }
 140
 141 my $cmdout = "";
 142 if ($error ne "") {
 143     $out .= "<FONT COLOR=\"#FF0000\">The following errors were present in your request.<br>\n";
 144     $out .= "Please correct them and try submitting your request again.</FONT><br>\n";
 145     $out .= "<i>$error</i>";
 146 } else {
 147   my $gp_out;
 148   my $pj_out;
 149   my $pj_if_out;
 150   my $pjrec_out;
 151   my $sub_out;
 152   my $diff_out;
 153   my $png_gp_out;
 154   my $png_pjrec_out;
 155   my $png_pj_out;
 156   my $png_sub_out;
 157   $gp_out = `$gp_cmd`;
 158   if (-s $phantom_fname) {
 159     $pj_out .= `$pj_cmd`;
 160     $png_gp_out .= `$png1_cmd`;
 161     if (-s $pj_fname) {
 162       $pj_if_out .= `$pj_if_cmd`;
 163       $png_pj_out .= `$png3_cmd`;
 164       $pjrec_out .= `$pjrec_cmd`;
 165       if (-s $ir_fname) {
 166         $png_pjrec_out .= `$png2_cmd`;
 167         $sub_out .= `$sub_cmd`;
 168         $diff_out .= `$diff_cmd`;
 169         $png_sub_out .= `$png4_cmd`;
 170       }
 171     }
 172   }
 173
 174   $cmdout = "$gp_cmd\n $gp_out $pj_cmd\n $pj_out $pj_if_cmd\n $pj_if_out $pjrec_cmd\n $pjrec_out $diff_cmd\n $diff_out $png1_cmd\n $png_gp_out $png2_cmd\n $png_pjrec_out $png3_cmd\n $png_pj_out $png4_cmd\n $png_sub_out";
 175   if (open(LOGFILE,">> $logfile")) {
 176     flock(LOGFILE,LOCK_EX);
 177     seek(LOGFILE, 0, 2);
 178     print LOGFILE "Job $tmpid\n";
 179     print LOGFILE $cmdout;
 180     print LOGFILE "----------------------------------------------------\n";
 181     flock(LOGFILE,LOCK_UN);
 182     close(LOGFILE);
 183   }
 184   $gmt_end = time();
 185   $execution_time = $gmt_end - $gmt_start;
 186   if ($opt_d) {
 187     $out .= "<H3>Command Output</H3>$cmdout<HR>\n";
 188   }
 189   my $png_gp_out_html = $png_gp_out;
 190   my $png_pjrec_out_html = $png_pjrec_out;
 191   my $png_pj_out_html = $png_pj_out;
 192   my $png_sub_out_html = $png_sub_out;
 193   $png_gp_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 194   $png_pjrec_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 195   $png_pj_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 196   $png_sub_out_html =~ s/\n/<br>/gms;
 197   $out .= "<TABLE><TR><TD>Phantom Image</TD><TD>Reconstructed Image</TD></TR>\n";
 198   $out .= "<TR><TD><IMG SRC=\"$phantom_png_url\"><br><FONT SIZE=1>$png_gp_out</FONT></TD>\n";
 199   $out .= "<TD><IMG SRC=\"$ir_png_url\"><br><FONT SIZE=1>$png_pjrec_out</FONT></TD></TR>\n";
 200   $out .= "<TR><TD>Projection Sinusoid</TD><TD>Phantom/Reconst Error</TD></TR>\n";
 201   $out .= "<TR><TD><IMG SRC=\"$pj_png_url\"><br><FONT SIZE=1>$png_pj_out</FONT></TD>\n";
 202   $out .= "<TD><IMG SRC=\"$sub_png_url\"><br><FONT SIZE=2>$sub_out</FONT><br><FONT SIZE=1>$png_sub_out</FONT></TD></TR>\n";
 203   $out .= "</TABLE>";
 204   $out .= "Execution time: $execution_time seconds\n";
 205   $out .= "<p>\nStatistics<br>";
 206   $out .= "$diff_out";
 207 }
 208
 209 $out .= "<HR>\n";
 210 $out .= "Return to <A HREF=\"/ctsim/index.html\">CT Simulation Designer</a>.<br>\n";
 211 $out .= "Return to <A HREF=\"www.med-info.com\">Med-Info</a>.\n";
 212 $out .= "</BODY> </HTML>";
 213 $out .= "\n";
 214
 215 if (open(OUTFILE,"> $result_fname"))
 216 {
 217     flock(OUTFILE,LOCK_EX);
 218     print OUTFILE $out;
 219     flock(OUTFILE,LOCK_UN);
 220     close OUTFILE;
 221     print "Location: $result_url\n\n";
 222 }
 223 else
 224 {
 225     print "Content-type: text/plain\n\n";
 226     print "The simulator was unable to create an result file.\n";
 227 }
 228 if (open(JOBFILES,"> $::jobdir/$tmpid"))
 229 {
 230     flock(JOBFILES,LOCK_EX);
 231     print JOBFILES "gmt_start=$gmt_start\n";
 232     print JOBFILES "gmt_end=$gmt_end\n";
 233     print JOBFILES "execution_time=$execution_time\n";
 234     print JOBFILES "Phantom_Name=$Phantom_Name\n";
 235     print JOBFILES "Phantom_Nx=$Phantom_Nx\n";
 236     print JOBFILES "Phantom_Ny=$Phantom_Nx\n";
 237     print JOBFILES "Phantom_NSample=$Phantom_NSample\n";
 238     print JOBFILES "PJ_NDet=$PJ_NDet\n";
 239     print JOBFILES "PJ_NRot=$PJ_NRot\n";
 240     print JOBFILES "PJ_NRay=$PJ_NRay\n";
 241     print JOBFILES "PJ_RotAngle=$PJ_RotAngle\n";
 242     print JOBFILES "IR_Nx=$IR_Nx\n";
 243     print JOBFILES "IR_Ny=$IR_Ny\n";
 244     print JOBFILES "IR_Interp=$IR_Interp\n";
 245     print JOBFILES "IR_Filter=$IR_Filter\n";
 246     print JOBFILES "IR_Filter_Param=$IR_Filter_Param\n";
 247     print JOBFILES "IR_Backproj=$IR_Backproj\n";
 248     print JOBFILES "Disp_Min=$Disp_Min\n";
 249     print JOBFILES "Disp_Max=$Disp_Max\n";
 250     print JOBFILES "MPI=$MPI\n";
 251     print JOBFILES "Files=$result_fname,$phantom_fname,$pj_fname,$ir_fname,$phantom_png,$ir_png,$pj_if_fname,$pj_png\n" if ($error eq "");
 252     printf JOBFILES "cmdout=$cmdout\n";
 253     flock(JOBFILES,LOCK_UN);
 254     close JOBFILES;
 255 }
 256
 257
 258 exit;
 259
 260
 261 sub internal_error
 262 {
 263   my $out = head();
 264   $out .= "<H1>Internal error</H1>
 265   Please notify <A HREF=mailto:webmaster\@med-info.com>webmaster\@med-info.com</A>
 266   </BODY>";
 267   print $out;
 268   exit;
 269 }
 270
 271 sub head
 272 {
 273 #  "Content: text/html\n\n";
 274 }
 275
 276
 277 sub FilterMetaChars
 278 {
 279    my $var = pop(@_);
 280    $var =~ /^(\w+)$/;
 281    $1;
 282 }
 283
 284 sub FilterToNumber
 285 {
 286    my $var = pop(@_);
 287    $var =~ /^(\-*\d*\.*\d*)$/;
 288    $1;
 289 }